中和二年（882）九月，朱温变节降唐。李详也欲投降，被黄巢所杀。黄巢任命黄思邺为华州刺史，但到了十一月，即被李详旧卒逐出。中和三年（883）正月，沙陀李克用率兵五万进至沙苑，击败了黄揆。二月，黄巢见义
军节节败退，粮食也将吃光，便“阴为遁计，发兵三万搤蓝田道”，黄巢殉难地为撤离长安做好准备。同年四月，唐诸镇兵从四面八方会集京师。李克用与河中、忠武镇将率先出战。黄巢率大军于渭桥迎战，一日三战，连战失利，其他诸道兵也乘机发起攻击，义军大败。四月十四日，李克用军攻入长安，黄巢力战不胜，遂连夜撤离长安。这时义军尚有十五万。黄巢扬言奔徐州，实际上却经蓝田关进入了商山（今陕西商县东）。在撤退中，义军把辎重珍货遗弃于道路，官军在长安大肆抢掠之后，又在路上争先拾取财物，不再追击，故黄巢“得整军而去”。
五月，黄巢骁将孟楷率万人奔袭蔡州（治今河南汝南），唐节度使秦宗权迎战败北，遂归顺了义军。接着孟楷又进攻陈州（治今河南淮阳），陈州刺史赵犨早有防备，乘机袭杀了孟楷。六月，黄巢与秦宗权合兵围攻陈州，“掘堑五重，百道攻之”。黄巢还在州城北“立宫室百司，为持久之计”。在黄巢围攻陈州时，唐廷不断调动军队，以围剿农民军。七月，朱全忠（温）被任命为宣武节度使，加东面招讨使。九月，命感化军节度使时溥为东面兵马都统。十二月，陈州被围困日久，即向邻道求救。于是忠武镇周岌与时溥、朱全忠等皆率兵前来救援。
中和四年（884）正月，黄巢军仍是势力强大，周岌等诸路救兵被义军打得落花流水，招架不住，不得不共同向河东节度使李克用求救。二月，李克用率蕃、汉兵五万前来增援。黄巢围攻陈州数百天，却始终未能攻克。这时李克用会同许、汴、徐、兖等州军马向陈州进发，先击败了驻守陈州北的太康尚让军，又击败了陈州西的西华黄思邺军，于是黄巢从陈州周围撤军，退至陈州北的故阳里。五月，连日大雨，平地水深三尺，黄巢军营为水所漂，又听说李克用大军将至，遂奔向汴州。当黄巢军从中牟（今河南中牟）北汴河王满渡口渡河时，李克用乘势袭击，义军大败，死伤万余人，尚让率其部下投降了时溥，别将李谠等人投降了朱全忠。义军损失惨重，黄巢率残兵败将向东北逃去，李克用又追杀到封丘（今河南封丘）。这时又遇大雨，黄巢只收集散兵近千人，冒雨东奔兖州。
六月十五日，武宁将李师悦与尚让追至瑕丘（今山东兖州），黄巢与唐军。
黄巢脸谱“殊死战，其众殆尽”，与其外甥林言走至泰山狼虎谷的襄王村（今山东莱芜西南）。这时，林言见大势已去，“惧追至并命”，于是便乘机杀了黄巢及其兄弟妻子。林言持黄巢等人首级欲向时溥献功，在路上却遇到沙陀博野军，他们杀了林言，将林言及黄巢等人首级一并献于时溥。黄巢残暴毒虐，观念狭隘，嗜好滥杀无辜，攻克长安之后不思进取，未消灭分镇关中的唐朝禁军，又缺乏经济政策，最后被唐军击败。黄巢从子黄皓率残部流窜，号“浪**军”。昭宗天复初年，进攻湖南时，为湘阴土豪邓进思所伏杀。至此唐末农民起义结束。
唐僖宗中和四年，秋七月，僖宗在大玄楼举行受俘仪式。武甯节度使时溥献上黄巢首级，另有黄巢姬妾二三十人。僖宗问“汝曹皆勋贵子女，世受国恩，何为从贼？”居首的女子回答：“狂贼凶逆，国家以百万之众，失守宗祧，播迁巴、蜀；今陛下以不能拒贼责一女子，置公卿将帅于何地乎！”上不复问，皆戮之于市。临刑前，执法人员可怜这些妇女，让她们喝醉后再执刑，女孩们边哭边喝，不久在醉卧中受死，独居首的女子不哭亦不醉，从容就死。黄巢乱后，唐朝又勉强维持了二十三年的国祚。
哀帝天佑四年（907年）宣武节度使朱温篡唐，建国号为梁。唐朝灭亡，进入五代十国。
黄仁宇《中国大历史》论及：“……黄巢渡过长江四次，黄河两次。这为历史上空前绝后的流寇发现唐帝国中有无数的罅隙可供他自由来区。各处地方官员只顾本区的安全，从未构成一种有效的战略将他网罗。”
黄巢从揭竿而起至失败身亡，历时十年之久。他的活动北起山东，南至广东，西至陕西，转战南北，纵横全国十二省，推动了各地的农民斗争，沉重地打击了唐朝的腐朽统治。黄巢打着“天补平均大将军”的旗帜，表明了农民朴素的平均主义思想，这对后世的农民战争具有深远的影响。
编辑本段生死之谜是自杀还是他杀？
公元874年，生于冤句的盐贩黄巢起兵造反。仅用5年时间，就攻入长安。不久，这个以为百姓谋生存为名而起义的英雄，就宣布称帝，国号大齐。他迫不及待地占有了唐僖宗留下的大明宫所有留在宫中的美女，过起了春风得意、歌舞升平的生活。此时一场危机正向他步步逼近。在唐朝军队的反攻下，黄巢被迫逃亡山东。他带领着残军逃至泰山脚下时已疲惫不堪。
然而，关于黄巢的最后结局，千年来却众说纷纭。令人疑惑的是，在记述唐代的正史中就有截然不同的两种说法。一说黄巢是被他人所杀，另一个却说是自刎而死。