“壬寅宫变”最终的结果事后，司礼监对她们进行了多次的严刑拷打，对她们逼供，但供招均与杨金英相同。最终司礼监得出：“杨金英等同谋弑逆。张金莲、徐秋花等将灯扑灭，都参与其中，一并处罚。”
从司礼监的题本中可知，朱厚熜后来下了道圣旨：“这群逆婢，并曹氏、王氏合谋弑于卧所，凶恶悖乱，罪及当死，你们既已打问明白，不分首从，都依律凌迟处死。其族属，如参与其中，逐一查出，着锦衣卫拿送法司，依律处决，没收其财产，收入国库。陈芙蓉虽系逆婢，阻拦免究。钦此钦遵。”邢部等衙门领了皇命，就赶紧去执行了。有个回奏，记录了后来的回执情况：“臣等奉了圣旨，随即会同锦衣卫掌卫事、左都督陈寅等，捆绑案犯赴市曹，依律将其一一凌迟处死，尸枭首示众，并将黄花绳黄绫抹布封收官库。然后继续捉拿各犯亲属，到时均依法处决。”圣旨中提到了曹氏、王氏，曹氏、王氏是谁呢？据人考证，她们是宁嫔王氏和端妃曹氏，因此，有人根据这道圣旨得出结论，是曹氏、王氏指使发动了这场宫廷政变。
司礼监题本中记录了杨金英的口供：“本月十九日的东梢间里有王、曹侍长（可能指宁嫔王氏、端妃曹氏），在点灯时分商说：‘咱们快下手吧，否则就死在手里了（手字前可能漏一个‘他’字，指朱厚熜，或有意避讳）。’”有些人便以这一记载作为主谋是曹氏、王氏的证据。
世宗虽然得救，仍然不省人事，不过还活着。周皇后召集御医会诊，御医们面面相觑，谁也不敢冒这个风险。周皇后心急如焚，要御医许绅务必设法救活皇帝。许绅无可推托，只好开了一付猛烈的药方，世宗服下后终于坐了起来，但仍然说不出话来。
许绅救活了世宗，但时隔不久他自己却得了病，临死之前对家人说：“我不行了。上次宫变，我自知若是救不活皇帝就会惹来杀身之祸，因此惊悸得病，所以这病是医不好的。”没几天就病死了。
当世宗苏醒后，周皇后便开始审讯杨金英等人。司礼监将审讯结果向世宗禀报，世宗此时仍然惊魂未定，用手示意周皇后处置。于是周皇后立即下令将所有的宫女都凌迟处死，包括前来告密的张金莲。端妃这时候才闻报赶来，但周皇后正好要借机除掉情敌，命人也将端妃牵出凌迟处死。
杨金英等十六名宫女在西安门外四牌坊的西市被处死，端妃和另一名王宁嫔因为是皇帝的妃子，不能当众凌迟，所以只在宫中一个秘密地点被处以极刑。
世宗病痊后，忆起端妃的情爱，对人说：“端妃，我所爱，应该没有害我之心。”从此迁怒记恨周皇后，开始跟周皇后不和。清人对此咏道：“无端事变起宫闱，全仗长秋息祸根。岂料顿忘宗社恨，翻然病已忆端妃。”嘉靖二十六年，周皇后寝宫失火，世宗故意命人不去救火，周皇后因此被烧成重伤，几天后死去。
在“壬寅宫变”后，三十多岁的世宗住进了皇城西苑的永寿宫，从此再也没有回到紫禁城内的寝宫里居住