清初的抗清斗争，开始是由李自成、张献忠领导的。在他们牺牲以后，大西军在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇统率下由四川经贵州撤退到云南，抗清斗争的重任主要由大顺军联合南明进行。当时，大顺军的处境相当艰难，由于领袖的牺牲，缺乏一个稳定的核心，部将中坚持抗清者固不乏人，但也出现了变节降清或者自行其是的情况。特别是在清军的猛烈攻击下，大顺军建立的中央和地方政权全部瓦解，丧失了赖以凭托的基地。在经历了几年无后方的流动作战和寄居于南明统治区备受倾轧之后，大顺军的一部分领导人终于醒悟过来，先后集中到夔东地区，着手建立自己的抗清基地。
选择四川和湖北接境的夔东建立基地有两个因素。一是这一带以长江三峡为中心，北至湖北房县、竹山、竹溪，四川大宁、大昌，南抵湖北建始、恩施，都是山高林深，水流湍急，形势十分险要的地方。从军事上来说，不仅易守难攻，而且切断了四川同湖北的通道，进可以出击两湖、豫西和陕南，退可以据险自守。何况在当时这里还是清朝统治尚未建立或者无力顾及的地方。二是有其历史原因。顺治二年春天，李过、高一功等人统率的镇守陕北等地的大顺军兵败南撤时，就是取道汉中进入四川，经三峡到达湖北荆州地区的。顺治三年二月，李过等九部大顺军在围攻荆州战役中失利，被迫撤到夔东地区，直到顺治五年接受南明制抚堵胤锡的调令进攻湖南以前，在鄂西、川东一带大约休整了两年，这段经历更加深了他们对夔东地区的了解。后来，忠贞营（即李过、高一功部）在湖南、广西处处遭到永历朝廷和地方军阀的歧视，顺治六年冬天李过在广西南宁赍志以殁，高一功和李来亨终于决定率部离开南明军阀割据的广西，于顺治七年冬天从南宁出发，取道贵州、湘西北上夔东。次年，高一功在湖南保靖地区被永顺土司兵射死。忠贞营仍然在李来亨等人的领导下冲破了重重险阻，到达湖北建始县，不久渡过长江，在兴山县一带建立了自己的基地。
在李来亨等率部返回夔东以前，原大顺军右营的刘体纯、袁宗第等部经过长期转战，在顺治七年初进入夔东地区。袁宗第部以大昌县为基地，刘体纯、塔天保以巴东县为基地。
顺治七年，原大顺军将领郝摇旗也辗转由广西来到夔东，同刘体纯等部会合。后来领兵北至湖北房县，建立基地，经常出兵袭击郧阳、襄阳两府所属州县，对清政府造成重大威胁。
除了大顺军余部以外，在夔东坚持抗清的还有王光兴部和贺珍部。
王光兴和他的哥哥王光恩、弟弟王光泰，并称三王，早年都参加过明末农民大起义。王光恩在崇祯十一年投降了明政府，次年张献忠、罗汝才再度起义时，他却拒绝响应，甘心与明政府同流合污。崇祯十六年到十七年李自成起义军几度进攻郧阳都未能得手，王光恩部就是负隅顽抗的官军主力之一。顺治元年，王光恩随明郧阳抚治徐起元投降清朝，被委任为郧襄总兵官。四年六月，王光恩因为同地方文官不和遭到清廷逮捕，王光兴和王光泰当即率领部下兵马叛清复明，改用永历年号。他们不仅处死了一大批清朝地方文官，还在郧阳安阳口一举击毙前来镇压的清朝湖广提督孙定辽。清廷闻讯，命侍郎喀喀木统兵往剿。四年九月，喀喀木在房县击败王光兴兄弟，王部退入四川。[1]后来，王光兴又率部转至湖北施州卫，同长江北岸的大顺军余部互相呼应。
贺珍原先是大顺军将领，属田见秀部下。崇祯十六年冬，田见秀领兵克取陕西汉中府后，即留下贺珍、韩文镇守该地。顺治二年正月，清豫亲王多铎、英亲王阿济格两路大军入陕，李自成放弃西安撤入豫楚之后，贺珍即向清军投降。当镇守陕北等地的李过、高一功等部大顺军取道汉中南撤时，贺珍还背信弃义地加以阻击，借以向清廷邀功。可是，他没有料到清陕西总督孟乔芳对他并不信任，委派尤可望为新任总兵，还准备把他的部下改编遣散。贺珍悔恨交加，于顺治二年底起兵反清。这以后他长期活动于陕川边境，在陕西清军不断增强的压力下，他被迫率部转移到四川大宁县境。
如上所述，以大顺军为主体的夔东抗清武装是从顺治七年起在川鄂接境地区逐步形成的一个拥有各自的基地、比较稳定的集团。在清初文献中，他们常被称为“夔东十三家”。“十三家”的名称由来已久，早在明末农民战争的前期就有“十三家七十二营”的说法，后来遇有多部农民军在一起活动时往往就冠以十三家的名称，如摇黄十三家之类，实际上并不一定是个确数。夔东基地建立以后，大顺军余部的抗清斗争出现了新的面貌。他们在这一地区以永历朝廷的名义建立了地方政权，如李来亨在兴山县就任命了知县管理当地事务[2]，军队也有了条件实行正规的训练和屯田[3]。上面谈到夔东地区在军事上是占了地利的，然而从经济等方面来看不利的因素也很突出。这里人烟稀少，生产很不发达。要维持一支比较强大的军队无论在人员补充上还是在物资供应上都存在很大的困难。为了尽量解决兵饷物资的不足，李来亨等人“屯耕山田，岁收麦粟草绵，供粮食衣履。亦私遣人市盐铁，荆西居民或与往来市贩。来亨等亦不夺掠，惟截长江邀抄□（虏）官吏归帑及远商”[4]。又如大顺军余部刘体纯初到巴东时，“民皆避匿砦（寨）峒，使人招致之，俾各就业，供租税”[5]。这些措施不仅为在夔东地区展开抗清斗争提供了后方支援，而且对这一偏僻山区的开发起了积极作用。
“夔东十三家”的形成，反映了大顺农民军同南明永历朝廷的矛盾。在联明抗清的过程中，大顺军将领逐渐认识到南明统治集团一方面用高官崇爵拉拢他们出力抗清；另一方面仍然视之为盗贼，处处加以猜疑和防范。南明有限的财源完全被割地自雄的军阀和官僚垄断，大顺军余部经常得不到粮饷。当他们被迫实行打粮时，又招来更加猛烈的诬蔑。在吃尽了苦头之后，他们终于意识到只有建立自己的基地才能改变寄人篱下的局面。大顺军余部长期聚集于夔东，同大西军后期首领孙可望的排斥异己也不无关系。我们知道，在明末农民战争的后期，李自成和张献忠的关系就已经逐步恶化，大有两雄不并立之势。李、张先后牺牲以后，大西军余部进入云南，由于地理位置偏僻，同包括大顺军在内的各派政治势力都来往不多。大西军出滇抗清之后，南明永历朝廷原先拥有的地盘和实力都已丧失殆尽，处于风雨飘摇之中。孙可望在掌握了永历朝廷的最高权力之后，骄横跋扈，对大顺军余部仍然采取歧视态度。就大顺军将领来说，农民阶级的狭隘性也时有表现，尽管当时在实力上远不如大西军，也不愿意屈居孙可望之下。顺治七年孙可望派使者来到梧州要求永历皇帝封他为秦王，当时正在梧州朝见永历皇帝的高一功和党守素就坚决反对，他们把孙可望的使者唤来面加训斥，“本朝无异姓王事例，若尔主要求王爵，我宁不足以王耶？……今爵列上公，当与我同心报国，洗去贼名，岂非大幸。勿欺朝廷孱弱，两家兵马，彼此所知，鞭弭橐鞬，足以相当也”[6]。从表面上看，高一功的这段话似乎是站在永历朝廷的立场上讲的，实际上却反映了大西和大顺两系农民军之间的长期隔阂。这种情况严重地影响了双方的密切配合，顺治八年以后在抗清斗争中双方有几次都相距不远，却未见到主动配合作战，错过了许多战机。
尽管如此，在大敌当前的形势下，大顺军和大西军毕竟都以永历朝廷做旗帜，客观上起了遥相呼应的作用。例如，顺治九年七月，李定国部攻克桂林，孙可望、白文选也由贵州攻入湖南，清户部尚书车克在题本中就忧心忡忡地说：“更可虑者，贼之声气相通，如荆州属界则有巨寇姚、黄，王二、王三，黄炳、刘二虎、塔天宝、党守素并一只虎养子，高一功下之王中军等贼，盘踞多年。郧襄属界则有逆寇张京、贺珍、袁宗第、杨启明等贼不时出没。傥彼知孙逆狂逞得利，群然哄起，臣恐按臣有限粮饷不继，南北跳梁者尾不能相顾（首），（且）更为附合溃卒，收为彼用。此时之大患大忧，更有不可言者。”[7]同年十一月，清朝经略洪承畴在一件题本中说：“人皆知逆贼孙可旺等抗拒于湖南，而不知郝摇旗、姚、黄、一只虎等众肆害于湖北。”他在题本中还具体描述了大顺军余部在夔东活动的情况：“郧阳之房县、保康、竹山、竹溪四县有郝摇旗、刘体纯、袁宗第等诸寇，窟穴于羊角等寨，每营万余，虎踞县界，杀掳肆行，郧县、郧西、上津三县前此尚恃一水可隔，今贼竟掳舟渡江，两岸**，逼郧阳仅数十里。近又自均州槐树关渡河者万计。襄阳之宜城、南漳、均州、谷城四州县有一只虎养子小李、马蹶子、党守素、李世威等诸贼，住于七连坪等处，将居民逼挟供粮。光化县倚山滨江，残废无人。荆州府属之归州及巴东、兴山、长阳三县，接连西蜀，虽升补官员，从来未入版图，无任可到，为姚、黄、王二、王三等诸逆老营。”[8]
大顺军余部来到夔东，固然是为了保持自己相对的独立性，但他们并没有放下联明抗清的旗帜。顺治七年（即永历四年）十二月，永历朝廷依据经略川秦楚豫督师大学士文安之的建议，授予李来亨临国公、刘体纯皖国公、袁宗第靖国公、郝摇旗益国公、王光兴荆国公、王友进宁国公、塔天保（宝）宜都侯、马翔（腾）云阳城侯、党守素兴平侯、郝（贺）珍岐侯等爵位。[9]后来的文献资料证明，李来亨等人都接受了封爵敕印。永历朝廷先后派出的节制大员如阁部文安之，部院洪育鳌、毛寿登，监军太监潘应龙等人到达川东后也受到李来亨等人的礼遇。虽然他们并未能行使朝廷赋予的决策和调遣权力，却在一定程度上起到了联络作用，成为夔东抗清力量拥戴永历朝廷的象征。这点在洪承畴顺治十二年的一件揭帖中也说得很清楚：“荆州丛山复莽，素称贼薮，其遗孽李来亨、马腾云、王二、王三及姚、黄等为害固已多年，然平日不过出没窃犯，今则联络孙逆，受伪职、资伪饷，串为一气，分犯肆逞矣。”[10]
顺治十五年，清廷乘大西军内讧、孙可望叛降之机，派出三路大军进攻云南，永历朝廷危在旦夕。在李定国、白文选建议下，永历帝派使者赶赴川东要求阁部文安之、太监潘应龙联络驻守梁山（今重庆梁平）、万县的谭文、谭诣、谭弘三部和夔东十三家火速出兵，配合在嘉定、叙府（今四川乐山、宜宾）一带的大西军旧部攻取重庆，借以牵制清军南下。“十三家”闻讯后，以大局为重，于十二月抽调兵员七千，战船一百五十八艘溯江而上，参加围攻重庆的战役。不料，战役刚刚开始，充当前锋的三谭发生事变，谭诣将谭文刺杀，与谭弘一道投降清朝，并且配合清军击退“十三家”水师。[11]这次为挽救永历朝廷的努力虽然半途而废，却表明大顺军余部同李定国拥戴的永历朝廷是休戚相关的。