孙可望在经营云、贵，组织抗清斗争中是做出了杰出贡献的。可是，随着他的“功德日盛”，颂声日起，个人野心也逐渐膨胀起来。追逐个人权势和地位的欲望被置于民族利益之上，从而引起抗清阵营内部矛盾的激化。这种矛盾的激化主要表现为大西军领导人之间隔阂逐渐加深，以及同永历朝廷的关系不断恶化。
在大西军当中，孙可望和李定国、刘文秀、艾能奇本是兄弟相称，是平起平坐的关系。他被推为盟主，既是形势的需要，也反映了李、刘、艾对他的尊重。要使大西军成为一支坚强的队伍，关键在于领导集团内部保持良好的关系。入滇以后，孙可望为了树立个人权威，借教场竖旗事件把李定国责打一顿。[104]艾能奇死后，部众并入孙部，孙可望又凭借较强的实力压制李、刘。顺治九年刘文秀在保宁大败之后，孙可望乘机解除其兵权，罚往云南闲住。后来虽曾再次起用，但两人的关系却一直不和。李定国在取得桂林和衡州两大战役胜利之后，威望大为增长。孙可望却唯恐李定国势大难制，连发三次令箭将他调回，密令冯双礼往统其军，又遣都督关有才领兵相机擒杀定国。李定国得到密报，加强了戒备，孙可望的阴谋才未能得逞。这样，就在原来情同手足的大西军领导人物之间造成了严重的隔阂，种下了后来公开决裂的种子。
在同永历朝廷的关系上，我们已经指出在封秦等问题上永历君臣出于阶级偏见处置不当。可是，在后期孙可望的骄横跋扈却直接危及联明抗清的大局。1650年，正当大西军开赴川、贵前线抗清时，清军向永历朝廷管辖的两广地区开始了大规模的军事行动。十一月初四日，清平南王尚可喜等部攻占广州，次日清定南王孔有德部占领桂林，明大学士瞿式耜、总督张同敞被俘杀。南明小朝廷如鸟兽散，永历帝在一小撮随从拥簇下窜往南宁。十二月初三日，朱由榔见形势紧急，才派编修刘封孙可望为冀王。孙可望置之不理。次年二月，清军攻陷梧州、柳州，南宁岌岌可危，永历朝廷覆亡在即。孙可望闻讯急遣贺九仪、张胜领劲兵五千直趋南宁，除了护卫永历皇帝之外，还把曾经阻挠封秦王的首席大学士严起恒、兵部尚书杨鼎和等处死。三月，永历帝正式承认了陈邦傅、胡执恭矫封孙可望为秦王的敕书和金印。孙可望也上疏谢恩，曰：
秦王臣朝宗望阙奏谢。臣自入滇以来，纪年而不纪号，称帅而不称王，正欲留此大宝以待陛下之中兴。此耿耿孤忠，矢之天日者也。[105]
谢恩疏的措辞是颇为谦恭的，但双方的矛盾并没有因此缓和。就孙可望来说，他所需要的只是朱明皇帝这面旗帜，把永历帝掌握在自己手中可以挟天子以令诸侯，名正言顺。而永历帝及其为数不多的廷臣仍想威福自操，对于孙可望的目无朝廷，任意格杀大学士，难免心怀疑惧。这年十一月，清军向南宁进军。朱由榔召集廷臣商议何去何从，有的建议逃往海滨依靠李元胤的败兵败卒，有的主张迁入越南避难，也有的献策航海往福建投奔郑成功，只有马吉翔和太监庞天寿力主入滇，依赖大西军。首辅吴贞毓因反对过封秦王，这时顾虑重重，不敢决策。特别是永历帝自己就“不欲就可望”[106]。孙可望所派护卫将领贺九仪见朝廷议论纷纷，多不愿依靠近在咫尺的大西军。他愤愤不平地“入朝谓廷臣曰：昔秦王为请移跸滇黔，特命我扈驾。今诸臣既各疑贰，我岂能担此重任乎？”说完拔营而去。[107]十二月初十日，清军占领南宁。永历君臣落荒而逃，经濑湍窜入土司，幸遇大西军狄三品部才转危为安。次年正月孙可望派副总兵王爱秀领兵将永历帝及其随从迎往贵州安隆，上言道：
臣以行在孤处僻粤，再次迎请，未奉允行。今正月初三日接外后营总兵狄三品等塘报，云皇上驾抵皈朝，欲移幸广南。臣不胜欣喜，臣前预虑圣驾必有移幸之日，所以先遣各营兵马肃清夷氛，道路无碍。广南虽云内地，界邻交趾，尚恐敌情叵测。臣再思维，惟安隆所乃滇黔粤三省会区，城郭完坚，行宫修葺，巩固无虞。且以皇上屡历艰危，当思长策，岂可再触惊忧。今若竟抵安隆，暂劳永逸，一切御用粮储朝发夕至，较广南逼近交夷，安危又大不同矣。特遣副总臣王爱秀前来奉迎。若异日中原大拓，东南移都，亦无艰难纡折之苦。临奏不胜激切。[108]
朱由榔在走投无路的情况下，勉强随王爱秀迁到了安隆。史籍记载，“王自入黔，无尺土一民”[109]；其实，更正确的说法应当是：王无尺土一民，方始入黔。永历帝和他寥寥可数的廷臣迁入大西军控制区，标志着这位南明皇帝被迫把自己和小朝廷的命运完全托付给大西军。这种新情况的出现，如果能够有效地利用，是可以把全国的抗清斗争推上一个新阶段的。因为，自从清兵南下之后加紧推行民族征服和民族压迫政策，激起了汉族士民的激烈反抗，导致民族矛盾上升为全国的主要矛盾。然而，尽管各地的抗清斗争风起云涌，却差不多都以失败而告终。究其原因，不能不看到根本弱点在于各种抗清力量之间，以至于某一个抗清团体内部，总是矛盾重重，相当大一部分可以用于抗清的力量在内部冲突当中被抵消了。改变这种局面，需要有两个必备条件：一是利用汉族绅民长期形成的正统思想——以朱明皇帝作为号召远近的旗帜；二是要有一支拥有相当实力又忠于抗清事业的力量作为核心。具体说，永历皇帝就是当时唯一可用的旗帜，而以孙可望为首的大西军正是最有资格成为核心的力量。道理很明显，只有通过永历朝廷，以孙可望为首的西南抗清力量才可能同东南沿海的郑成功抗清义师团结起来；各地汉族官绅士民的反清派是以永历朝廷为归止的；甚至为了使大西军、大顺军这两支农民军在抗清斗争中实现有效的联盟，也必须借重永历朝廷。从另一方面来说，永历朝廷毕竟是明王朝的延续，对人民的敌视，内部的钩心斗角，已经成为深入骨髓的痼疾。当它还拥有直属自己的地盘和兵力的时候，无论是对大顺军还是对大西军都采取暗中防范，明加排斥的方针，双方的关系往往陷入僵局。在清军追击下，永历朝廷有限的实力和地盘丧失一空，被迫投奔大西军，这是大好事，推进抗清斗争所必需的两大要素有可能真正结合起来了。
那么，孙可望是怎样利用这种条件的呢？从他不失时机地派兵救出永历皇帝，安置于自己的管辖区来看，证明他对永历帝的号召作用是有所认识的。然而，在如何正确利用永历帝这面旗帜上，孙可望却犯了极大的错误。他光知道需要利用这面旗帜，却不注意维护这面旗帜的表面尊重。下面我们就来具体看一下孙可望是如何对待永历皇帝的。
当时，大西军管辖区内有两个政治中心：一是云南省会昆明；一是贵州省会贵阳。前者是四将军长期活动的中心[110]，后者是孙可望这位“国主”发号施令的场所，这里建立了从属于孙可望的六部等中央机构，相当于封建皇帝的行在。永历帝被迫迁入大西军管辖区后，本应安置于昆明或者贵阳，以大西军建立的政权为基础逐步改造残存的永历小朝廷。可是，孙可望却没有这样做。他完全从个人的利害出发，唯恐将永历帝迎至昆明后有可能受李定国和刘文秀的影响，自己不便于操纵；如果迎来贵阳，不仅自己得定期朝见称臣，而且重大国政总应在形式上取得永历皇帝的认可。这对于野心勃勃的孙可望都是难以容忍的。因此，他把永历帝及其为数不多的廷臣、随从迁往自己的嫡系军队直接控制下的安龙。安龙（原名安隆所）地方僻小，原先不过是明代普安卫下的一个千户所，城不过四里，居民不过百家。[111]永历皇帝居住的千户所公署虽改称行宫，其简陋程度可想而知。而孙可望自己在昆明“营造王府，用黄瓦，拆呈贡县城砖石为墙，脚宽六尺。大门外设通政司，立下马牌，制天子仪仗，殿悬五龙，设螭陛，选有声音者为鸿胪寺赞礼。显然有僭称天子之形”[112]。在贵阳也“大兴土木，建立宫殿楼观甚美伟。又作行宫十余所于滇黔孔道，以备巡幸”[113]。两者相比，造成鲜明的对照。[114]
宸居既是如此简陋，供应也极为菲薄。孙可望将安隆所改为安龙府（一作安隆府），任命范应旭为知府，张应科为总理提督。每年给银八千两、米六百石供永历帝及其廷臣、随从支用。[115] “帝以不足用为言，不答”[116]。范应旭、张应科“造册开皇帝一员、皇后一口，月支银米若干”[117]。范应旭和张应科还奉命对永历朝廷的动静严密监视，随时飞报孙可望。永历皇帝实际上处于软禁之中。连原大西军领袖人物李定国、刘文秀未经孙可望许可都不得直接同永历帝往来。例如，朱由榔初迁安隆时，“李定国、刘文秀自称孙可望之弟，恭候万安，并进银币、食物值可万计。可望闻而益恶之”[118]。又如，李定国攻克桂林，“报捷于安龙行在。帝以玺书劳慰，极其称奖。孙可望知之，以为捷不报己而报帝，深恨之”[119]。
特别是孙可望并不满足于实权归己，竟想在名义上也取而代之。他身旁一批谄媚之徒迎合他的心理，乘机劝进。如兵部任僎借天命倡言“明运已终，事不可为矣”，主张让永历帝禅位给孙可望。[120]编修方于宣也为可望“定天子卤簿定朝仪。言帝星明于井度，上书劝进”[121]。朱由榔迎至安龙后，孙可望曾经一度准备去安龙陛见。任僎却说：“国主欲进安龙，二龙岂便相见？”[122]于是，孙可望连这个起码的礼节都不举行。事实上，朱由榔迁入安龙之后，所谓永历朝廷不过是个空架子，靠扈从文武诸臣五十余人勉强撑持门面。[123]整个南明管辖区实际上都在孙可望统治之下，如史籍所云：“时可望假天子名号令行中外，调兵催饷，皆不上闻，生杀与夺，任意恣肆。帝在安龙，一不与闻。”[124]除了奉行永历年号，文官武将心目中只有国主，皇帝被置之度外。例如永历八年（1654）固原侯王尚礼在云南鸡足山金顶寺铸造大铜香炉一座，炉上镌刻的铭文中说：“上祈国主圣寿无疆，皇图巩固。”[125]永历九年（1655），明恢讨左将军白某给孙可望的四件报告也都用了“启国主御前”“封进御览，以慰圣怀”之类的措辞。[126]连永历身旁的亲信马吉翔也为自身富贵着想暗中依附孙可望。他对太监庞天寿说：“今日大势，已归秦王，我辈须早与结纳，以为异日之地。”天寿颇以为然。两人同孙可望派驻安龙的提塘官结拜兄弟，推心置腹地说：“秦王功德隆盛，天下钦仰。今日天命在秦，天之所命，人不能违。我辈意欲劝粤主禅位秦王，烦两公为我先达此意。”[127]马吉翔还派人叫永历朝廷的郎中古其品绘尧舜禅受图，准备送给孙可望。古其品拒绝作画，马吉翔怀恨在心，私自报告孙可望。可望竟杖杀古其品，“以朝事尽诿吉翔及庞天寿”[128]。据一些史籍记载，永历八年孙可望返云南时曾打算正式登基称帝，只是由于遇到阻力才未能如愿。这年八月在昆明举行了乡试，“父老相传此《题名录》刻秦甲午科字样”[129]。连朱明朝廷的招牌也弃置不用了。
在当时情况下，孙可望大权在握，要玩弄一场“禅让”的把戏是再容易不过的了。问题是，永历帝的宝座可以取而代之，永历皇帝所能发挥的号召作用却是孙可望取代不了的。尽管孙可望仍有所顾忌始终没有演出黄袍加身的闹剧，永历帝却感到头顶上悬挂着一把锋利的宝剑，随时都有毙命的危险。为了求个安身立命的场所，朱由榔秘密遣使联络李定国，指望他来救驾，实在是被逼得无路可走了。有的史著把这件事说成朱由榔挑拨孙可望同李定国的关系，未免有为孙可望开脱之嫌。按常情而言，朱由榔是皇帝，他既然可以封孙可望为秦王，自然也可以封李定国为晋王。何况历史已经证明，孙李之间的矛盾是孙可望一手造成的。只是在朱由榔、李定国、刘文秀都遭到孙可望的压抑的情况下，才出现了摆脱孙可望个人专权跋扈的共同愿望。
永历帝的联络李定国诚然是秘密进行的，但出现这种不正常的现象责任显然在于孙可望。此事经马吉翔告密之后，孙可望不仅不自加检点，反而深恨朱由榔，派出兵员把参与密谋的大学士吴贞毓等逮捕处死，制造了“十八先生案”。他明知朱由榔已无尺寸之地，在奏疏中不留余地地说：“人或谓臣欲挟天子令诸侯，不知彼时天子尚有诸侯，诸侯亦尚知有天子，今天子已不能自令，臣更挟天子之令以令何地？以令何人？”[130]又说：“如皇上以安隆僻隅，钱粮不敷，欲移幸外地，唯所睿断。自当备办夫马钱粮，护送驾行，断不敢阻，以蒙要挟之名。”[131]这委实是欺人太甚了，难怪永历帝常说孙可望“无人臣礼”，为之凄然泪下。
孙可望的专横跋扈，不仅在忠于朱明王朝的汉族官绅中引起强烈反感，也加深了大西军内部的摩擦。李定国、刘文秀等大西军高级将领着眼于大局，坚持联明抗清的政策，他们不愿意把神圣的抗清事业变成为孙可望打天下。政策上和宗旨上的根本分歧，终于导致了大西军的分裂。1655年，李定国从广东败退途中，按照预先密约，向安龙急速行进。这时，孙可望唯恐永历帝脱出自己的掌握，派白文选等人去安龙迫使朱由榔迁往贵阳。可是，白文选并不赞成孙可望的所作所为，故意拖延搬迁事宜。1656年（顺治十三年），李定国率部到达安龙，立即同永历帝商定了入滇之计。这一方针在白文选和留守云南的刘文秀的支持下终于顺利地实现了，从而形成了孙可望据守贵州同李定国、刘文秀拥戴的永历朝廷相对峙的局面。
语云：鹬蚌相持，渔翁得利。大西军的分裂，只是给清廷带来了可乘之机，李定国为了慑服孙可望布置在云南的腹心将领，不得不把自己有限的主力带进云南，结果是他长期经营的广西转眼之间就被清军占领，他留下的部将阳春伯李先芳也因兵力不敌被清军俘杀。[132]从此大西军丧失了东进的一块重要基地，同东南沿海的抗清义师郑成功会合的可能性更加渺茫了。更重要的是，掌握着大西军主力的孙可望竟不顾清军的步步进逼，把注意力转向李定国等人所在的云南。这种兄弟阋墙的局面，使热火朝天的抗清斗争急转直下。清初冯甦说过：“予以辛丑（顺治十八年）至滇。滇中人言：‘可望善治国，定国能用兵。’使其同心协力，西南之功或未有艾，而乃彼此相攻，卒至摧败。”[133]黄宗羲更无限感慨地评论道：“逮夫李定国桂林、衡州之战，两蹶名王，天下震动，此万历戊午（四十六年）以来全盛之天下所不能有。功垂成而物败之，可望之肉其足食乎！屈原所以呵壁而问天也。”[134]永历帝到达昆明以后，曾经试图缓和同孙可望的矛盾，派白文选等为使者前往贵阳劝说孙可望，临行前面谕曰：“卿其善道朕意，俾两藩务敦旧好，事事为祖宗社稷起见。卿之功垂竹帛矣。”[135]后来，又派“学士杨在、侍郎邓士兼等宣论，俾同心释忿，以济国难”[136]。孙可望却认为是李定国等人打破了自己的皇帝梦，恨之入骨；又自以为掌握的实力远胜于李定国、刘文秀，一意用武力解决。谄附于孙可望的文臣方于宣又为他出谋划策，说：“今皇上在滇，定国辅之，人心渐属于彼。臣意请国主早正大号，封拜文武世爵，则人心自定矣。”[137]孙可望果然在1657年（永历十一年）二月“封马进忠嘉定王、冯双鲤兴安王、张虎东昌侯，余大封有差”[138]。这说明，孙可望实际上已经帝制自为，只等打下云南正式登基了。随同白文选来贵阳的张虎是孙可望的嫡系将领，又向他透露李定国、刘文秀兵马不多，一鼓可擒，更加强了孙可望以武力进攻云南推翻永历朝廷的决心。开初，孙可望因妻子留在昆明，还有所顾忌。后来，永历帝为了表示诚意，把他的家属送往贵阳。孙可望却以怨报德，悍然发动叛乱。从表面上看，他掌握的兵力远胜于拥护永历的军队，以十几万国主“驾前军”对李定国等人的三万兵卒占了压倒性优势。何况在昆明还有他的亲信王尚礼，在云南楚雄又有王自奇，都掌握着一部分军队。在孙可望看来，只要里应外合，一举**平简直易如反掌。他甚至踌躇满志地吩咐：“预制扭镣三百副，曰：破滇之日，用以囚永历并定国、文秀诸文武解黔耳。”[139]
1657年八月，孙可望命冯双礼留守贵阳，自己亲统十四万大军杀向云南[140]，委任白文选为征逆招讨大将军负责前线指挥。可是，他没有料到部下将士绝大多数不赞成大西军内部火并，主将白文选和马进忠、马惟兴、马宝等人早已私下约定抛弃孙可望，同李定国、刘文秀等共拥永历帝。云南方面获悉孙可望内犯的消息后，决定由沐天波、王尚礼、靳统武留守，实际上是命沐、靳二人监视王尚礼，以防止内变；由李定国、刘文秀亲统主力迎敌。九月中旬，双方相遇于曲靖地区的交水。战斗还没开始，前线总指挥白文选就轻骑奔入李、刘军营，告诉他们不要为孙军的气势汹汹所吓倒，只要抓紧时机奋勇向前，事先约好的马惟兴等人必将临阵起义。李、刘大喜，依计而行。十九日两军交锋，马惟兴不战而走，将士大呼：“迎晋王，迎晋王！”十万大军顿时瓦解，纷纷投入李定国军营。孙可望见形势骤变，策马奔逃。二十一日奔回贵阳，留守大将冯双礼不仅不支持他稳住贵州地盘，反而危言耸听地告以追兵已至，吓得孙可望连忙带着妻子和一小撮随从逃离贵阳。一路上“所至城门昼闭，呼之再三，仅垂大筥盛壶飡饷可望；且有不应者”[141]。曾经不可一世的孙可望成了丧家之犬。在众叛亲离之时，他竟然不顾民族大义，不惜背叛大西农民军坚持的抗清事业，投入了清王朝的怀抱。他对寥寥可数的随从说：“今为李定国辱孤至此，孤不惜此数茎头毛，行当投清师以报不世之仇耳。”[142]九月三十日，孙可望派人火急送往湖南清政府当局一封信，信中颠倒黑白地说：“李定国、刘文秀等大逆不道，荼毒生灵。可望兴师问罪，反为诱归。乞代奏大清皇帝陛下发铁骑一万，愿献滇黔蜀以归一统，更报不世之仇。”[143]清湖广巡抚张长庚接信后向朝廷报告：“大逆孙可旺虎踞滇黔，鸱张区宇，年来费饷勤师，用张征讨。今天殄穷凶，自戕溃败，俯乞皈化，是不劳挞伐而南疆边土共戴皇上如天之福矣。”[144]当时，孙可望仍然受到大西军的追击，几乎脱不了身。清政府为了捞到这张王牌，出动军队阻击追兵，孙可望才得以携妻挈子于十一月十五日到达湖南宝庆，投降了清方。据清偏沅巡抚袁廓宇报告，随同孙可望降清的不过将校一百二十余名，兵丁家口五百余名。[145]