1650年（永历四年、顺治七年）十一月，清尚可喜、耿继茂部攻克广州，孔有德部占领桂林，驻于梧州的永历君臣在同一天里得到两省省会陷落的消息，立即乱成一团。朱由榔在十一月十一日仓促登舟，向南宁逃难。经过浔州时，庆国公陈邦傅已经决定投降清朝，准备邀劫永历帝献给清方。朱由榔得到报告，“冲雨而过”，脱离了危险。陈邦傅没有抓到永历帝，就把从平乐战败后撤到浔州地区的明宣国公焦琏刺杀，将其首级献给孔有德做进见礼[34]。
当时的情况表明永历朝廷已经接近于瓦解，从上到下是一片混乱。清军占领广州和桂林，形势固然危急，但在两广地区南明还有一些军队据守着残疆剩土。杜永和等在广州失陷后航海到琼州府；南阳伯李元胤还活动于广东钦州、廉州；清军在占领两省省会之后也需要一段时间休整。可是，朱由榔生性懦弱无能，一有风吹草动立即“起驾”逃难。他从梧州窜往南宁时，根本没有做留守地方的任何部署，像普通百姓一样只知逃命要紧。“移跸”后，梧州竟然“空城三月”[35]，次年正月孔有德遣左翼前锋马骥接管梧州，二月命总兵马蛟麟镇守该地[36]。跟随永历帝逃难的只是内阁大学士严起恒、锦衣卫马吉翔、太监庞天寿等少数官僚。由于撤退时的漫无组织，乱兵乘机劫掠，一些有心追随朝廷的官员也裹足不前。原先聚集于两广的朝廷和地方官员大有树倒猢孙散之势。除了镇西将军朱旻如在昭平县同清军格斗而死，被革职的朝臣汪皞投水自尽以外，其他未随驾的官员有的降清，有的窜入深山，有的剃发为僧。如大学士唐诚、户部侍郎张尚、大理寺丞吴德操、广西巡抚余心度、督粮参议魏元冀等均先后降清[37]；原戎政尚书刘远生及其弟刘湘客等避入深山，鲁可藻、钱秉镫、王夫之等人都是在这时脱离永历朝廷返回清政府统治下的故乡以明朝遗民自居。“山中宰相”方以智、原给事中金堡做了和尚。以风节自命的“五虎”首领袁彭年（左都御史）和丁时魁再次降清，都自称1648年在广州反正是被李成栋所逼迫。袁彭年在广东向尚可喜等人投降，献上赃银八百两，得保残生；丁时魁在广西降清，向孔有德摇尾乞怜，被任为清广西学道。
永历朝廷逃往南宁后，仍有一部分明朝将领在广东、广西沿海地区坚持抗清。原守广州的杜永和部乘船渡海撤往琼州；在钦州龙门岛一带有邓耀部，上下川岛有陈奇策部，文山村一带有王兴（绰号绣花针）部。明督师大学士郭之奇、两广总督连城璧于艰苦竭蹶中联络各部义军尽力同优势清军相抗衡。南阳伯李元胤不忍心看到其义父李成栋反正来归的广东全省重新沦陷，又不愿意撤入陈邦傅控制的广西，自告奋勇前往高州、雷州准备收合余烬，同清军再决雌雄。顺治八年（1651），他在钦州防城被土兵王胜堂擒获，押送到广州[38]。耿继茂劝他投降，他坚决拒绝；又劝他写信招降琼州的杜永和部明军，李元胤大义凛然地回答道：“事不成，已为辱国，乃欲败人事耶？”[39]几天后，他听说杜永和率部降清，痛哭流涕，日夜请死。耿继茂下令将他杀害，一同遇难的还有李成栋另一养子明安肃伯李建捷。
[1] 顺治六年二月三十日恭顺王孔有德“为恭谢天恩敬报起行日期”揭帖中说，他已定于三月二十七日率部就道进发。见《明清档案》第十册，A10—31号。这是指他带领部众由辽东开拔的时间。
[2] 《清世祖实录》卷四十四。
[3] 《平南王元功垂范》卷上。孔有德在顺治九年四月死到临头时还在疏中自我吹嘘道：“臣谬辱廷推，驻防闽海。同时有固辞粤西之役者（指尚可喜）。……臣自念受恩至渥……故毅然以粤西为请。”见《清史列传》卷七十八《孔有德传》。
[4] 为尚可喜歌功颂德的《平南王元功垂范》中说：“前此王未尝特将。自靖南薨，战守方略一出王指授。……王好让，尝曰：入关以来，有豫、英诸王；下湖南有恭、怀二王在，吾何力之有焉。”事实上，命将出自朝廷，尚可喜不过以谦逊自诩罢了。耿继茂袭封靖南王在顺治八年四月，见《清世祖实录》卷五十七。
[5] 顺治七年二月兵部尚书阿哈尼堪等“为塘报湖南逆贼情形仰乞圣鉴事”揭帖，见《明清档案》第十一册，A11—94号。
[6] 王夫之《永历实录》卷十《曹志建传》。
[7] 顺治七年十月偏沅巡抚金廷献“为飞报捷功事”揭帖，见《明清档案》第十二册，A12—51号。
[8] 瞿无锡《庚寅始安事略》。鲁可藻《岭表纪年》卷四记“于元煜为乱兵所杀”，煜字为避康熙讳改。
[9] 瞿式耜《临难遗表》，见《瞿式耜集》卷一，奏疏。
[10] 徐高出城后也被清军捕获，在桂林遇害，见瞿昌文《粤行纪事》卷三。
[11] 瞿元锡《庚寅始安事略》。按，徐高为瞿式耜中军，陈希贤为旗鼓，均挂总兵衔。信中说徐陈二人有重兵在城，言过其实，意在鼓舞焦琏率兵突袭桂林。
[12] 见《瞿式耜集》、瞿昌文《粤行纪事》卷三。按，闰十一月为明大统历，清时宪历次年置闰于二月，故按清历应为十一月十七日。瞿、张被害地点诸书记载不一，当以瞿昌文所记桂林城北仙鹤岩为实。
[13] 钱秉镫《所知录》卷四。
[14] 南赣巡抚刘武元“为飞报官兵奋勇夺关，大败广贼，三路进剿，擒渠扫穴，异常奇捷事”揭帖残件，见《明清档案》第十册，A10—177号；同件又见《明清史料》甲编，第三本，第二五三页。
[15] 鲁可藻《岭表纪年》卷三记：六月“武陟伯阎可义卒于南雄”。据上引清方档案可知系时有误。
[16] 鲁可藻《岭表纪年》卷三、卷四。钱秉镫《藏山阁诗存》卷十二《行朝集·梧州杂诗》注云：“初，罗承耀不肯出镇，当事重贿之，乃行。本与永和同出惠国部下，故不受节制。”
[17] 顺治七年正月清南赣等处巡抚刘武元“为恭报大兵抵赣进广日期并恢复南雄大捷仰慰圣怀事”揭帖，见《明清档案》第十一册，A11—82号。
[18] 乾隆十八年《南雄府志》卷十六《杂志》。按，府志记清军破南雄为十二月三十日夜间；《平南王元功垂范》卷上亦作“冬十二月晦攻南雄，克之”。上引南赣巡抚刘武元奏疏内云二十九日攻克南雄旧城，次日攻克新城。但府志记清军入城后大肆屠戮，除上引卷十六所记外，卷十七《编年》也说：“大清平、靖二藩克雄城，民尽屠戮，十存二三。”《元功垂范》却胡说什么“民间妇子查发其家，安堵无犯”，真是恬不知耻！
[19] 《明清档案》第十二册，A12—59号。
[20] 以上参见王夫之《永历实录》卷十七《刘远生传》。
[21] 《瞿式耜集》卷一，奏议《再救五臣疏》。
[22] 钱秉镫《所知录》卷四、何是非《风倒梧桐记》卷二记：正月初九日永历登舟，十三日解维西行，二月初一日至梧州。
[23] 鲁可藻《岭表纪年》卷四。曹煜即曹烨，此书在清代抄传时避康熙帝讳改。
[24] 见《平南王元功垂范》卷上。鲁可藻《岭表纪年》卷四记：三月“肇庆水师梁标相、刘龙胜叛入海，投□（虏）营。原注：撑去李元胤座船，杀其守船旗鼓汪捷。船内所载甚伙，有空敕三百道、钦部札千道。标相等原系红旗海贼，元胤招为水师，因更汪捷管理，凌虐之，忽叛去。”
[25] 《平南王元功垂范》卷上。
[26] 顺治七年十一月十九日福建巡抚张学圣“为进剿潮州各官伪敕印札事”揭帖，见《明清档案》第十二册，A12—60号。
[27] 《平南王元功垂范》卷上作“每炮一位备火药炮子五百出”。
[28] 《平南王元功垂范》卷上。
[29] 《平南王元功垂范》卷上。
[30] 顺治七年十一月十六日平南王尚可喜、靖南王子阿思哈哈番耿继茂“为恭报恢复广东事”题本，见《明清档案》第十二册，A12—59号。
[31] 卫匡国《鞑靼战纪》，引自《清代西人见闻录》，中国人民大学出版社1985年版，第五十三页。按：日期为阳历。
[32] 九龙真逸《胜朝粤东遗民录》卷一《王鸣雷传》。《平南王元功垂范》卷上记：“初三日，王与靖南王子入城，止屠戮，封府库，收版籍。”前引《明清档案》A12—59号云初二日占领广州，初三日尚、耿入城，未明言何日“止屠戮”，但屠戮出自尚可喜口述，可见难于掩盖。
[33] 《邝海雪集笺》卷十二，附录。
[34] 瞿昌文《粤行纪事》卷三记：“陈邦傅阴使人刺杀宣国公焦琏于武靖州（原注：土州，属浔州府），函首以献。”钱秉镫《藏山阁诗存》卷十三《失路吟》之《浔州帅》诗序云：“陈邦傅无功冒封，跋扈特甚，素忌焦琏。平乐破，琏奔浔，邦傅伪与和解，斩以降。”同治《苍梧县志》卷十八记：“八月，明庆国公陈邦传（当作傅）与其子文水伯曾禹遣将至梧州降于我师。并诱杀协守总兵焦琏。琏与邦傅有儿女戚，说降不屈，遂为所害。”
[35] 钱秉镫《藏山阁诗存》卷十三《失路吟》之《徙蒙村见梅寄曾孝廉》诗云“空城敌未来”，原注：“梧城空城三月。”
[36] 同治十一年《苍梧县志》卷十八《外传纪事》引旧志。
[37] 鲁可藻著有《历头随笔》记载梧州失守前后永历朝臣的动向，原书未见。张怡《闻续笔》卷二摘引其叙事诗并注，可资参考。鲁可藻曾任永历朝廷广西巡按、巡抚、“南京兵部尚书”，他也是在这时脱离永历朝廷的。
[38] 道光十三年《廉州府志》卷二十一《事纪·国朝》。
[39] 《南疆逸史》卷五十《李元胤传》。