顺治十八年（1661年）七月，新缅王大杀永历帝随从官员。十月清兵入缅甸，缅王执永历帝及其眷属献给吴三桂。次年清康熙元年南明永历十六年（1662年）十二月郑成功收复台湾。这一年康熙帝杀郑芝龙全家于北京菜市口。四月吴三桂绞杀永历帝父子于昆明。五月郑成功因病与世长辞，年仅39岁。“出师未捷身先死，长使英雄泪满襟”，郑成功没有能够成为挽回王朝覆灭命运的中兴名臣。
郑成功以决绝的心态，以台湾为反清复明的基地，与福建厦门和澎湖列岛形成守望相助犄角互依的战略态势，誓与清朝当局周旋到底。当然这只是郑成功一厢情愿的美好愿景，因为明王朝的最后一盏油灯已经油尽灯灭，失去了最后一点复明的希望。此刻，清朝政府也对于招降这位南明永历帝敕封的延平王失去了信心，终于将豢养在北京的郑芝龙一家先是流放宁古塔后是满门抄斩。
郑成功过去所打的南明永历帝旗号已经黯淡失色，尽管这面大旗也只是郑成功坚守东南名义上的幌子。南明的几个短命王朝已经完全失去了行政和经济、军事的统治功能，只是作为某种以地方军事实力“挟天子以令诸侯”的手段。随着永历皇帝被杀，这种名义上号召力也已经完全丧失，南明政权在形式上已经不复存在了。
现在还在金门岛苟延残喘的只有靠着郑成功接济苟活的鲁监国朱以海。随着郑成功病逝，他的大儿子（世子）郑经抢夺来了延平王的封号，对于鲁监国等王族的接济也彻底停止，患有严重哮喘病的朱以海及其追随者奄奄待毙。十一月，原依附于郑成功父子的明鲁王朱以海病死于金门。这场曾经轰轰烈烈的“反清复明”运动，终于偃旗息鼓。唯有尚在台湾的郑经依然打着南明永历的旗号在经营着台湾。那也只是继续以死去的幽灵附体去装神弄鬼，点燃烟香缭绕中的鬼符，去欺世盗名，在台湾苦心经营着事实上的台湾独立罢了。
根据江日升《台湾外记》记载：“郑经承父例。总兵以下皆自委任，如公、侯、伯及提督，必修表请封然后出印谕。”也就是郑氏父子拉大旗作虎皮的目的也不过借助反清复明的旗号巩固和扩张自己家族在东南沿海的利益，因而中下级官员皆由自己任命，诸如提督一类高级官员和拜公封侯等等也只是走走形式，盖盖章而已。但是这种形式是必须的，至少永历皇帝这面旗帜的存在可以将清廷的注意力向广西方面吸引，使自己在军事上压力不至于太大。而永历帝的大旗一倒，清廷的军事压力就如同泰山压顶那般向郑家军头上碾压过来，这是郑成功所始料未及的。再加上郑成功治军极严，惩处不问亲疏往往过重，尤其是逼迫群僚及其家属大量迁往台湾，遭受到部下群起反对，不少人叛逃而去投降清廷，一时队伍离心离德。而此时发生在家族内部一件桃色丑闻，几乎成了击溃了郑成功坚强意志的最后一根稻草，使他遽然辞世。可以说郑成功是在内忧外患中抱着壮志未酬的遗憾，在台湾离开了这个风雨晦明的世界。
郑成功之死，究其外部原因在于，清政府对于在北京郑芝龙家族的屠杀，又遇永历帝朱由榔在缅甸被擒获，造成精神上的巨大刺激；内部原因在于，长子郑经的**丑闻和举旗反叛所造成的负面效应，引发家族内部的纷争分裂。这一连串事件使他内外交困，身心疲惫，急火攻心，遂于南明永历十八年（1662年）五月初八日悲愤病逝。
最早请求囚禁诛杀郑芝龙的是明代降臣所谓“江左四大家”的龚鼎孳，清顺治十二年（1655年）时任“左都御史的龚鼎孳请诛芝龙，国器也发芝龙与成功私书，乃夺芝龙爵，下狱”。[1]郑成功原部将黄梧降清后，又向清廷密陈“灭贼五策”，其中第三、四策直接针对郑芝龙和郑家祖坟：“三，其父郑芝龙羁縻在京，成功赂商贾，南北兴贩，时通消息。宜速究此辈，严加惩治，货物入官，则交通可绝矣。四，成功坟墓现在各处，叛臣贼子诛及九族，况其祖乎？悉一概迁毁，暴露殄灭，俾命其脉断，则种类不待诛而自灭也。”这是十分阴险毒辣的计谋。自郑成功海上起兵抗清以来，清廷就一再利用郑芝龙逼迫郑成功就抚，郑成功不为所动，拒不投降，清廷遂加紧迫害郑芝龙。1657年，郑芝龙被流放宁古塔。郑成功东征台湾后，清廷见招降郑成功的希望更加渺茫，遂采纳黄梧的所谓“灭贼五策”，将郑芝龙一家十一口杀害，并派清兵到南安挖掘郑成功的祖坟，以在心理和气势上打击郑成功。
当郑成功听到父亲被杀，“顿足擗踊，望北而哭曰：‘若听儿言，何至杀身’。”郑芝龙当初的投降战略，不仅招致自己的杀身之祸，而且祸延子孙，成为重创郑成功脆弱心理的重磅炸弹。当郑成功听闻祖坟被毁的消息时，更是痛哭流涕，“向西切齿而骂曰：‘生者有怨，死者何仇！敢如此结不共戴，倘一日治兵而西，吾不寸磔汝尸，枉作人间大丈夫’！”可见，这些惨无人道的卑劣手段对郑成功伤害之大、刺激之深！而此刻，他的大儿子延平王储郑经又从背后狠狠捅上了一刀，此刀是致命的一刀。
据《清史稿·郑成功传》记载：
成功既得台湾，其将陈豹驻南澳，而令子驻思明。康熙元年成功听周全斌谗，遣击豹，豹举军入广州降。恶锦与乳媪通，生子，遣泰杀子及其母董。会有讹言成功将杀诸将留厦门者，值全斌至南澳还，执而囚之，拥锦，用芝龙初封平国公，举兵拒命。成功方病，闻之，狂怒啮指，五月朔，尚居胡床受诸将谒，数日遽卒。[2]
郑成功一共有十个儿子，郑经（锦）是他的大儿子，生于明崇祯十六年（1643年），从小深受成功喜爱，立为世子，即是延平郡王的王储。郑经也算是文武全才的人物，从小就跟着父亲南征北战积累了丰富的军事经验和安邦理政才能。他小小年纪即继承家风舞刀弄枪，也喜欢舞文弄墨，经常创作一些反清复明的诗歌，以示对于明帝国怀念，抒发自己恢复故土，统一天下的雄心壮志，颇有乃父雄风。下面引用两首，以证其才：
悲中原未复
胡虏腥尘遍九州，忠臣义士怀悲愁。
既无博浪子房击，须效中流祖狄舟。
故国山河尽变色，旧京宫阙化成丘。
复仇雪耻知何日，不斩楼兰誓不休！
闻西方反正喜咏得诚字
群胡乱宇宙，百折守丹诚。海岛无鸾信，乡关断鸡声。
义师兴棘岫，壮气撼长鲸。旗旆荆襄出，刀兵日月明。
一闻因色动.满喜又心惊。原扫腥膻幕，悉恢燕镐京。
更开朝贡路，再筑受降城。
由此可见，这位王储并非自小长于王府中的花花公子纨绔子弟，而是一心想着效仿秦末刺杀暴君秦始皇的张良和东晋时期讨平八王之乱投鞭断流的奋威大将军祖狄。而他在后一首五言长歌中所指的“西方反正”指的正是投降了清朝又重新反清的盘踞云南、广西、广东的吴三桂、耿精忠、尚可喜的“三藩”。他认为是联合三藩“反清复明”一举收复燕京恢复万邦来朝，受降胡虏于北京城下的时机已到，因此志得意满蠢蠢欲动。他纵横卑阖利用权谋周旋于三藩之间，趁机攻击靖南王耿精忠后方，收复福建失地，小有斩获。当然这样的雄心壮志也只是昙花一现，诗里意气、梦中关山，并非现实中的世界。“三藩”很快被清廷剿灭，他只能龟缩台岛苟延喘喘，企图借助台湾天然地理优势进行分裂主义活动。
清顺治十八年（1661年），郑成功率师攻取台湾，命郑经镇守思明（厦门），调度沿海各岛。当时郑经19岁，娶隆武时期兵部尚书唐显悦的孙女唐氏为妻。唐氏端庄贤淑，但与郑经感情不睦。留守延平王老营的王储郑经在与唐氏的婚姻发生危机时，寻求婚外恋情，竟然与四弟的乳母陈氏私通，降生了一个男孩。聪明过头的王储将丑闻当成喜事向郑成功报告，说是侍妾为王爷降生了一位王孙。郑成功因为喜添孙儿十分高兴，还进行了一番赏赐。不料唐显悦为自己的孙女打抱不平，写信给郑成功大加责难，信中有“三父八母，乳母亦居其一。令郎狎而生子，不闻饬责，反加赏赉，此治家不正，安能治国？”[3]
郑成功接信大怒，命兄郑泰到思明斩其妻董氏并子郑经及孙。郑泰与洪旭等人议曰：主母、小主其可杀乎？仅斩陈氏及其子复命。郑成功不允，对自己的正妻董氏和亲儿子郑经绝不宽恕。而此时郑经已经羽翼丰满，形成了自己的势力。郑成功已经失去了制约他的能力，于是发生诸将联合抗命的严重事件。郑成功正因为复国无望而积郁于心，唐显悦危言耸听不顾大局以言辞激怒，郑成功气塞心头，一意孤行必杀董夫人和郑经。此刻，郑成功手下将领蔡鸣雷从台湾来厦门搬取家属，郑经向他探问消息。蔡鸣雷因为在台湾犯过错，怕受责罚，故意夸大其词，说藩主执意要杀董夫人和郑经，如果金、厦诸官执意抗命就全部处斩，郑成功已有密谕给往南澳征叛将陈豹的周全斌部，命令他相机行事。听到蔡鸣雷的谗言，金、厦文官武将面面相觑，不知如何是好。洪旭说：“世子，子也，不可以拒父；诸将，臣也，不可以拒君。惟泰是兄，兄可以拒弟。凡取粮饷诸物，自当应付，偌以加兵，势必御之。”
经郑成功的哥哥郑泰同意后，诸将给郑成功送去公启，启本中有“报恩有日，侯阙无期”的话。明确表达了金、厦诸将联合抗命的意思。郑成功阅信后，心中愤懑已极。五月初一日，身感不适，仍每天登将台，手持望远镜眺望澎湖方向有没有船来。因而患上风寒，到了第八天，突然发狂地喊叫道：“吾有何面目见先帝于地下也？”既而用两手抓面而逝。所以，《台湾通志》上说郑成功是死于感冒风寒。[4]
郑成功逝世后，在台诸将举郑经弟郑袭护理国事，而黄昭、萧拱宸等人又以郑经“**”“不堪为人上”，拥郑袭为东都主，并分兵准备抗拒郑经。消息传来，郑经即在思明继位发丧，以陈永华为谘议参军、周全斌为五军都督、冯锡范为侍卫，整师准备渡台。
这时清靖南王耿继茂、总督李率泰遣人前来议抚，郑经执“按朝鲜事例，不削发，称臣纳贡”，议未成。同年十月，郑经率师东渡，迅速平定黄昭、萧拱宸之叛。翌年正月，返回思明。六月，以其伯父郑泰支持黄昭拥郑袭拒己，假意置酒邀郑泰议事，伏甲兵而杀之。郑泰死后，其弟郑鸣骏、子郑缵绪即率所部入泉州降清。十月，清廷调集大军，会合投诚诸军及荷兰舰队进攻金、厦，郑经不敌，退守铜山（今东山县）。这时，耿继茂、李率泰又遣人议抚，郑经仍执前议，声言：“若欲削发、登岸，虽死不允。”
康熙三年（1664年）三月，在许多将领叛去的情况下，郑经与洪旭等率师东渡，于初十日抵达台湾。
到达台湾后，郑经继承郑成功的政策，当时从闽广等地移居的汉民已达20余万。汉族与高山族人民和睦相处。共同开发宝岛台湾。汉族人民供应高山族布匹、食盐、铁器、瓷器；高山族人民也将自己的黄蜡、硫磺、皮革等卖给汉族同胞。在他们的共同努力下，原来的荒地尽为“膏腴之地”。为了使军队长久地驻防台湾，抵御清政府进攻，郑经还在军队各镇间分配土地进行垦荒自救，寓兵于农。台湾盛产蔗糖，年产量高达5000多万斤，除供应本地和大陆以外还远销到日本、菲律宾等国，此外渔业、冶金、伐木等行业发展起来，在经济呈现欣欣向荣的景象。与此同时，台湾的行政管理体制逐步建立，设立六部管理政务，厚待明朝到达台湾的诸宗室，拥立宁靖王朱术桂为“监国”。安插诸宗室及乡绅定居台湾。督诸镇垦田，栽种五谷，插蔗煮糖，修埕晒盐，广事兴贩，国用日足。又采纳陈永华“建圣庙，立学校”的建议，设立学院，“自此台人始知学”。接纳洪旭“文事、武备，两者不可缺一”的建议，令各镇于农隙时教习武艺，“春、秋操练阵法”。并檄各镇，入深山采办桅舵，修葺、兴造船舰，平时装载货物，兴贩各国。从此，“台湾日盛，田畴市肆，不让内地”。当时，英国和西班牙先后遣人来访，郑经许其通商，但拒绝西班牙在台设教的要求，并面告西班牙使者：华人到吕宋（菲律宾）经商，“不许生端勒掯”“苟背约，立遣师问罪”。郑经在他执政的十八年里，农商并重，台湾经济繁荣，政治稳定，文化提高，跟上了清代整个中国社会发展的步伐。郑经在台湾开发治理方面取得巨大成就。
[1] 见《清史稿·卷二百二十四·列传十一·郑成功传》，线装书局，第1330页。
[2] 见《清史稿·卷二百二十四·列传十一·郑成功传》，线装书局，第1330页。
[3] 江日升著：《台湾外记》，第172页。
[4] 主要依据《台湾外记》，郑成功病逝日期在该书和《海上见闻录》（定本）、《清圣祖实录》中均作五月初八日。