清政府尤其是山东地方官员对民间结社的纵容、默许和支持，有利于巩固清廷的政治统治，在一定意义上带有抵制列强干涉的意图，有利于平衡中国与外国的政治、经济冲突，但不利于外国教会在中国的发展，在某种程度上影响了列强在中国的利益。因此列强对于各地不断发生的焚毁教堂、打击传教士的事件极为关注。在华北，特别是山东等地有较大利益的英、美、法、德四国公使不断地向清政府提出抗议，进行交涉，要求严惩义和团和撤换那些镇压、惩处义和团不力的地方官吏。列强此时并不太主张出兵直接干预义和团事件，他们认为那样做可能会得不偿失，此时基本上倾向于依靠清廷自身的力量控制义和团的发展，以保障他们的在华利益。正是在这种政治背景和外交压力下，清廷不得已在那么短的时间里接连撤换了三任山东巡抚。

清廷连续撤换山东巡抚是向列强作出的有限让步和友好姿态，但这三任巡抚却因个人的政治信仰或某种特殊的政治背景，并没有如列强所愿，有力地镇压不断发展的民间拳会，比较有效地保障列强的在华利益。各国公使和清政府内部的许多人都已经清楚地看到，义和团的活动在这三任巡抚的统治下不是减少了，而是增多了；不是消失了，而是扩大了。到1899年的下半年，整个华北地区特别是山东的事态越来越严重，于是列强向清廷建议撤换山东巡抚毓贤，并提议由颇具实力和政治手腕的袁世凯接替，以便尽早平息义和团事件。

1899年12月6日，清廷将山东巡抚毓贤调离，任命袁世凯代替毓贤署理山东巡抚。12月26日，袁世凯率领他的数千名新建陆军来到济南上任。第二天，袁世凯颁布了措词强硬的《禁止义和拳匪告示》，对义和拳民大肆恐吓，扬言各地义和团众如不听从他解散、自新的命令，他必将派军队严厉镇压，不分首从，格杀勿论，决不姑息。另一方面，袁世凯也听从重要谋士徐世昌的建议，对义和团众采取安抚政策，以奖励“献首”、自新为诱饵，对义和团众进行分化、瓦解，以为“先以解散晓谕为主，次则缉其匪首，以清祸根；如再抗拒不散，再派兵弹压；倘来格斗，再相继击歼”。如此办法，“以可谓格外慎重”。

在袁世凯剿抚兼施政策的影响下，山东的义和团运动确曾受到了重大挫折，大批义和团首领被杀害，许多义和团队伍被迫解散。为数不多的几支坚持斗争的义和团队伍处境艰难，山东的义和团运动由此进入了低潮。

不过，袁世凯没想到的是，上任不几天，由于他的强硬政策导致了一名英国传教士被杀害，并由此深刻影响了后来的政治走势。

1899年12月30日，英国传教士卜克斯不听从当地官员的劝告，执意“在骚乱的情况下到乡间去旅行”，“看来卜克斯一定是蓄意进入了一个（他已经受到警告不得进入的）村子，而且拒绝派警卫和他一起进村”。显然，卜克斯是一个典型的宗教狂热分子，他在心理上早已做好了为传教事业而献身的准备。所以当他执意进入那个村子之后，他毫无恐惧，竟然不顾这个村子里反基督教的狂热气氛，异想天开地到那些小酒馆试图劝说这些狂热的反基督教村民皈依基督教。于是最后的结果可想而知，他被村民抓起来。卜克斯不是采取宗教劝说的方式，劝告对方放下武器，反而有意动武，结果被轻易制服。鉴于袁世凯刚刚颁布的严厉镇压措施，村民在第二天索性将卜克斯斩首，将他的尸体扔入沟中，以便销毁罪证，免遭惩罚。

卜克斯不是在中国被杀害的第一个传教士，但这一事件的特殊性和全部意义只在于卜克斯是英国人。英国公使窦纳乐1月2日收到鲁北平阴教会通过此地英国国教会史嘉乐主教的报告，获知卜克斯在山东肥城附近被义和团袭击、伤害和逮捕的消息后，当然感到非常震惊。他立即委派助理中文秘书柯韪良将这一情况向总理衙门作了通报，并要求清政府向山东巡抚袁世凯发出紧急电令，指示袁世凯务必采取一切措施迅速处理这一事件，特别是使卜克斯尽快获释。

总理衙门的章京们接待了柯韪良，听取了他的通报，同时也通过柯氏转告窦纳乐，总理衙门已经通过自己的渠道得到关于这个事件的消息，并且已经向山东巡抚发出电报询问详细情况。他们答应将窦纳乐的通报尽快转给各位大臣，并发出另一份电报。章京们还告诉柯韪良，新任巡抚袁世凯已经抵达省城，并接印视事。

第二天，窦纳乐亲自前往总理衙门探寻消息，总理衙门的大臣们告诉窦氏，袁世凯已经按照总理衙门的指示迅速采取了行动，以便卜克斯神甫能够顺利获释。可是他们于当天早上刚刚收到袁世凯的电报，称奉派赶往肇事地点的候补知府到达肥城后，发现卜克斯神甫已于被捕的第二天即12月31日不幸惨遭杀害。总理衙门并向他表示清政府的深切惋惜。

鉴于卜克斯神甫不幸被杀害的事实，清政府于1月4日发布上谕，一方面向英国政府表示“殊深惋惜”，一面命令袁世凯速将那些疏于防范的地方各员先行参处，限期缉拿凶犯，务获惩办，以靖地方而敦邻好。在发布上谕的同一天，清政府还利用一年一度新年拜会的惯例，委派总理衙门大臣王文韶等高级官员专程前往英国公使馆，当面就卜克斯事件向窦纳乐表示歉意，寻求英国方面的谅解。

清政府的外交努力比较有效地化解了英国驻华公使窦纳乐因卜克斯事件而产生的愤怒，窦纳乐虽然在此事发生之初联合各国驻华公使向清政府提出过强烈抗议，但他在清廷外交努力之后的当天向本国政府汇报此事时多少已经显得比较平和了。显然，在窦纳乐的认识中，卜克斯的遇害只是一个偶然的事件，卜克斯本人对此也应该负有责任，他根本不应该在骚乱的情况下到乡间去旅行。窦纳乐相信在袁世凯的认真治理下，义和团事件极可能会因为这个偶然事件的发生而很快结束。

袁世凯对义和团的镇压只代表清廷内部一部分人的主张，并不能从根本上改变先前清廷对义和团以安抚为主、以剿灭为辅的既定政策。1月6日，窦纳乐前往天津，希望与直隶总督裕禄直接会晤，以促使地方官员认真履行光绪皇帝在上谕中的承诺。裕禄在8日与窦纳乐的会见中明白告诉窦氏，他完全了解局势的严重性，但是处理义和团的困难在于，这些所谓的义和团是由小股农民组成的，每股大约二三十人不等。当军队逼近他们的时候，各股便分散开来，农民们重操平时的职业。在过去的十天中，当场捕获了两股，并且已从严处理，杀死了一批人，其中包括两个首领。窦纳乐对直隶总督的努力表示赞赏，但他也向直隶总督指出，并非杀死少数受骗的农民就会制止这些“横暴的可耻的行动”，而是要严惩地方官，他们是真正应当承担罪责的人。

窦纳乐的提示其实也是清政府的既定政策，包括裕禄、袁世凯在内的一线官员并不以捕杀一般农民为满足，他们当然知道“惩办匪首，以清祸源，实为扼要办法”，期待将“匪首”缉拿归案，“以期早日安静”。无奈，直隶、山东的情形根本不容乐观，且有越来越糟之势。1月9日，窦纳乐收到英国国教会驻泰安主教伯夏里转来的电报，称“前景极为黯淡；每日发生抢劫；危险持续不断；查禁的谕旨已发布；军队已到，但无用处；泰安府地方官员毫无作为；朝廷密令予以鼓励”。这份电报引起了窦纳乐的高度关切，于是他在1月11日会见总理衙门大臣时，以最严重警告的词句告诉总理衙门大臣，虽然他不能相信关于朝廷确有密令的谣言是可能的，可是仅就这些谣言的流传这件事，便说明了地方政府的行为给予公众的印象。窦纳乐对山东地方官员的行为表示强烈的抗议，他认为目前所有的困难都能够追溯到前任巡抚毓贤的态度上，正是毓贤暗中鼓励了以“义和拳”著称的会匪。窦纳乐反复向总理衙门的大臣们指出，在清政府下决心处理此类案件中的高级官员之前，这些暴行是不会停止的。

对于窦纳乐对山东地方官员“不作为”的指控，总理衙门的大臣们作了相应的解释。他们的理由是，这些地方的官员困难很大，在山东许多地方引起骚乱的主要原因，是由于教徒与一般老百姓之间存在着恶感。这种恶感的发展导致暴徒成群结队，他们使基督教徒和其他老百姓都同样受到折磨。地方官员们至今没有足够的力量以应付如此普遍的一次起事，但是既然袁世凯和他的部队已被派往该省，相信在袁世凯的治理下，山东省的秩序应该很快能够获得恢复。

袁世凯一味迎合列强和传教士的需要所采取的强硬立场，曾在清政府内部引起强烈的反弹。一些御史指责袁世凯在山东的强硬镇压，加剧了山东的民教冲突和官民冲突；有的御史认为，袁世凯的强硬政策迫使那些村民畏惧官府的严惩，只好将卜克斯杀掉以毁灭证据，逃避惩罚。这些御史的说法多少有点道理，清廷对待日益猖獗的义和团活动特别是民教冲突，应该分清是非，不能一味地偏袒那些狂热的传教士，更不能一味地、不分青红皂白地屠杀中国民众。

御史们的建议引起了清廷的重视。清政府于1900年1月11日发布上谕，要求各地督抚在对义和团进行镇压的时候，不可将那些集众习武者盲目地视为会匪，不要扩大打击面，若安分良民，或习技艺以卫身家，或联村众以互保闾里，是本着守望相助之义。各级各地官员若遇有民教冲突，万不可良莠不分，而应持平办理。据外国人的理解，这是晓谕各省巡抚等地方官员对待民间秘密结社分子要采取温和的态度，“首要的是不要惩罚一个无辜的人，不论他干过什么”。各国驻华公使对清廷的这道上谕非常不满意。美国公使明确表示，对于这道上谕“奇怪的措词，我个人是有些担心的”；法国公使认为，这道上谕所使用的词语“含糊不清，模棱两可”，“语义双关”；英国公使担心这道上谕有可能被解释为对义和拳之类的结社予以宽恕，有鼓励义和团运动的倾向。

公使们的担心是有道理的。当清政府在御史们的压力下发布上谕，强调“化大为小，化有为无”，并指责袁世凯“意气用事，徒恃兵力”之后，也确实一度深深打击了袁世凯的锐气。袁世凯抱怨称，这些指责未免来得太早，“东省事如何办起，只好暂作停顿”。在他的示范效应下，地方官禀遵“京官之奏，均不敢派兵剿除，胥役又不能捕，未知闹到何时始能了事。前任（毓贤）一味纵容，并出讽煽。匪民自谓奉管所允，又为法所不禁。兵吏均不敢避前，安得不猖獗也。”于是，在袁世凯剿抚并用策略的打击和分化下，本已开始消散的义和团却又蠢蠢欲动，“初起时专掠教民，尚有良民附和之者。近则掠及良善，绑票勒赎，专以抢掠为生计。良民由集团协捕者。现平民已知其为匪，有业者各归农田，只剩数十悍匪，随处纠合无赖少年，或百余人，或数十人，任意抢掠，直掠至距省卅里。”显然，正如公使们判断的那样，不管清政府11日上谕的出发点是什么，其客观效果确实有碍于山东、直隶地区平息义和团引起的社会动**。

不过，英国公使窦纳乐并不准备立即就这份上谕向清政府发难，他计划如果清政府不能有效地兑现1月4日上谕中严厉镇压义和团的承诺，那么他就可以利用1月11日的这份上谕作为清政府方面缺乏诚意的证据。德国公使克林德获知这份上谕之后，立即对他最亲信的部下冯·葛尔士说：“你到总理衙门去见那些庸人，问他们慈禧太后的第二道谕旨究竟是什么意思。”葛尔士到总理衙门去了，回来对克林德说：“他们肯定，太后的第二道谕旨只意味着鼓舞各社会团体实行互助保护和作些体操锻炼，绝没有伤害和平的德国人的意图。”然而，英国公使窦纳乐和其他怀有同样心情的人互相议论，他们等着瞧义和团、大刀会是否还会再伤害外国人和中国教民。他们发誓：“如果再伤害，我们真要发狂了，让他们也知道我们的厉害。”而总理衙门的官员们仍和往常一样，掩着衣袖莞尔笑。

其实，从山东、直隶南部传来的消息和那些居住在受影响地区的外国传教士寄来的报告，都在证实着公使们起初存在的顾虑和判断。于是，1月11日的上谕带来了两个实际后果：一是此后义和团的活动有增无减，加入义和团的人数也在日益攀升；二是义和团对清政府逐步建立了同情与理解，以为政府只是受到了洋人的欺诈才不得不对义和团进行象征性的镇压，这为后来义和团与清政府的结合提供了契机。所以当时相当一部分人士都认为，清政府有意识要实行董福祥提出的要将所有洋人都驱逐到大海里的计划，而要实现这一目标，就不能不借助于义和团这个重要同盟。这一系列传言与分析不断加强了公使们的判断，这些公使为了避免最可怕的结果，遂不断加紧向清廷施加压力，不断警告清政府要尽快、彻底地镇压各地的义和团运动。

1月中旬，被撤职的山东巡抚毓贤回到北京，他对自己在山东巡抚任上镇压义和团运动不力不仅没有丝毫表示，反而不断地向端郡王载漪、刚毅等权贵宣扬义和团忠勇可信，从而赢得了载漪等人的信任，并被慈禧太后召见，恩宠有加，并赐以福字匾额。清政府高层的这些举动无疑激怒了各国公使，他们纷纷猜测清政府的真实用意，进一步怀疑清政府允诺镇压义和团的诚意。美国公使立即向清政府提出抗议，表示担心清廷表彰毓贤的举动并不明智，这势必为社会上久已流传的清政府将利用义和团驱逐洋人的流言“提供了理由”。

1月23日，在华传教势力最大且负责保护传教权力的法国公使毕盛提议召开法、美、德、英四国公使会议，讨论正在中国所发生的义和团事件及其对策。25日，四国公使又在英国公使馆继续进行会商。四国公使于27日向清政府提出联合照会，认为清政府1月11日的上谕的措辞不幸造成了一个普遍的印象，即清政府对义和拳和大刀会这样的结社抱有好感，同时这些结社的成员公开表示了他们的喜悦，并且从上谕中得到鼓励，继续对基督教徒施加强暴。照会强调在山东北部和直隶中南部所存在的悲惨局势对任何文明国家来说都是一个耻辱，它是由于某些“暴徒”的胡作非为所造成的，这些“暴徒”已经联合起来，加入了分别被称为“义和拳”和“大刀会”的两个结社之中；中国地方官员们对这些结社不闻不问，而且在某种情况下予以实际上的纵容和鼓励。照会格外提醒清政府特别注意，即这些人所打的旗帜上几乎都写着“灭洋”的字样。照会强烈要求清政府立即发布一道措辞严厉的上谕，下令指名对义和拳和大刀会进行全面镇压和取缔，要求清政府在上谕中清楚地说明，凡是加入这两个结社中任何一个或窝藏其任何成员者，均为触犯中国法律的刑事犯罪。

意大利公使也久已意识到问题的严重性，所以在四国公使联合照会清政府之前或同时，也向总理衙门递交了一份照会，提出与四国类似的要求。至此，由五国公使组成的公使联盟基本形成，是此后一段时间与清政府进行交涉的重要对手。

或许是因为1月24日宣布立大阿哥引起了国内的混乱，清政府并没有及时回答五国公使的照会。至2月21日，五国公使再次要求总理衙门予以答复，并且要求与总理衙门紧急会晤，指定庆亲王奕劻必须亲自参加。

3月2日，英国公使窦纳乐、美国公使康格、德国公使克林德、意大利公使萨尔瓦葛和法国代办唐端依然如约联合“访问”了总理衙门，清政府参加此次会见的包括了庆亲王在内的所有总理衙门大臣。英国公使窦纳乐代表五国公使向庆亲王表达了他们关于镇压义和团、大刀会的意见，重申清政府再次发布严厉镇压义和团和大刀会的上谕，并要求谕旨全文必须在公开出版的官方公报上发表。德国公使克林德强调，清政府3月1日送来的上谕虽然提到要取缔义和团，但是没有提及取缔大刀会，而这两个秘密结社必须取缔是各国的一致要求。

对于各国公使的问题及要求，庆亲王作了解释。他认为，清政府对于制止这些民间秘密结社所犯暴行的决定是严肃认真的；把上谕送交有关巡抚，将它包含在一个告示中并照此办理，比在其他官方公报上发表要更迅速和更有效得多；至于已有的上谕中之所以没有提及大刀会的名称，是因为从清政府所掌握的情况看，大刀会与义和团实际上是一个组织。

经过中国方面的解释，各国公使承认该上谕以及通过告示传播该上谕所表现出来的诚意，但是仍对总理衙门所使用的论据表示难以相信。所以，各国公使在会谈结束时仍旧将3月1日晚拟就的新照会递交给了总理衙门，以便对清政府进一步施加压力。3月7日，总理衙门以在《京报》上发表取缔结社的上谕与先例不合为由，对五国公使3月1日的照会要求予以拒绝。

3月10日，五国公使举行会议，他们一致倾向于使用更坚决的口吻重申他们已经提出的要求，表示如果清政府一旦不同意他们的要求，且形势没有得到根本改善，那么他们将建议各自的政府，为了他们的侨民、传教士在中国的生命财产而采取其他必要的措施，包括在中国北部水域举行联合海军示威的形式。五国公使将这一意见分别电告各自的政府。

五　国政府没有立即同意公使们的建议，政府担心联合海军的示威有可能会进一步激化事态，不利于问题的解决，反而会影响他们的在华势力和地位。尤其是在华经济利益最大的英国格外强调这一点。英国外交大臣索尔兹伯理认为，英国在这件事情上一定要格外谨慎地处理，更不要妄想居于处理此事的为首地位。他还指责英国驻华公使窦纳乐，认为窦未经请示就带头发起武力威胁的提议是愚蠢之举，并要求窦暂时平静下来，拖宕此事，以免导致任何海军行动。

与英国政府的态度稍有不同，法国政府在接到驻华公使的报告后，似乎倾向于由列强联合起来采取军事行动。法国外交部部长戴尔卡赛3月12日对英国驻法大使爱德华·芒逊说，五国驻华公使要求海军示威的建议不可避免。因此，五国应该对此做好充分的准备。然而两天之后，法国驻英国大使向他报告，英国外交部长索尔兹伯理告知他海军示威是一危险的步骤，并告知他英国宁愿让时局进一步发展，而不愿立即采取什么行动。与此同时，法国驻华代办唐端在致函戴尔卡赛时解释道，他之所以附和其他公使的军事威胁，主要是为了不使自己与其他公使的行动相脱离。他本人的意见是，筹划一次海军行动的条件并没有成熟。根据上述报告，法国外交部长戴尔卡赛很快修正了自己的态度，他表示，法国人现在宣称示威是极严重的步骤，并电告法国驻华代表提供更多的情报。法国政府对华态度的转变还有一个重要的原因是，法国不愿得罪它的重要盟友俄国。而俄国此时的对华态度明显呈现出“温和”、“友善”的姿态。而法国如果附和美国、意大利等国对中国立即采取海军示威的行动，势必引起俄国人的不满。

英法两国政府的态度影响了美、德、意三国政府。由此，五国公使联盟所提出来的进行海军示威的建议便被他们的政府暂时搁置起来了。