民国告成，南北统一，看似裂缝弥合，政治走上正轨，实则暗潮涌动，紧张依旧。以袁世凯为代表的北洋系军阀企图独占政治权力，实行专制统治，对革命党拉拢、排挤、打击，无所不用；以孙中山为代表的革命党人虽然交出了中央权力，但仍通过参政方式，保持着在中央的影响力，并在南方数省实际掌握着权力，他们对袁世凯仍存有戒心，亟思防制。双方明来暗往，纵横捭阖，矛盾重重，冲突不断，成为民初政坛的主要对立面。
还在南京临时政府结束前，为了限制袁世凯的个人权力，防止北洋派独占政权，革命派即采取了一些举措，其至要者首为变动政体，将总统制改为责任内阁制，虚化总统权力，并以《中华民国临时约法》赋予此变动以至高无上的法律地位；次为坚持国务总理由同盟会员担任，虽然袁世凯属意之唐绍仪非同盟会员，但他对革命派的态度较为友善，同意以加入同盟会为条件出任总理，后又提名同盟会员蔡元培任教育总长，王宠惠任司法总长，宋教仁任农林总长，陈其美任工商总长（后由王正廷署理），与革命派有良好的合作关系，并在革命派与北洋派的斗争中，逐渐疏远了袁世凯。正因为如此，袁世凯因对内阁不能运用自如，对唐绍仪组阁不能十分放心，故一方面将总统府视为内廷，径行处理某些重要军机，不使内阁与闻；另一方面指使其部下在内阁中不断发难，与唐绍仪和同盟会阁员为难，以达成逼退同盟会阁员、最终由北洋派独占中央政权之企图。如此一来，自1912年4月21日唐内阁成立后，内阁内部和内阁与总统府间即龃龉不断，矛盾日起。
首先是内阁内部的矛盾。北京临时政府关键性的两个岗位——陆军总长和内务总长为袁世凯之心腹干将段祺瑞和赵秉钧所占。为了控制军权，袁世凯甚至不惜以南北破裂相威胁，逼迫革命党人放弃了由黄兴出任陆军总长之要求。另外两个重要岗位——外交总长陆徵祥为前清官僚，财政总长熊希龄则为立宪派，与革命派亦非一心。他们在阁议中每与革命派对立，革命派主地方分权，他们必主中央集权；革命派主加强内阁责任，他们必主加强总统权力；革命派主慎重对外，他们必主不必多虑，如此等等，不一而足。夹在两派之间的唐绍仪，本主张调和南北，缓和两派矛盾，结果不仅不为北洋派所喜，反被疑为另有所图；加以唐办事尊重《中华民国临时约法》，也尊重革命党阁员的意见，更使北洋派不满。发展到在阁议时，袁党每与唐绍仪为难，办事自行其是；而在阁议外，则奉袁世凯为唯一上司，事事请示汇报，直视唐绍仪为无物，使唐做事甚难为力。
其次是内阁与总统的矛盾。按照《中华民国临时约法》的规定，虽然临时大总统握有广泛的权力，但国务总理及各部总长“于临时大总统提出法律案，公布法律，及发布命令时，须副署之”。此规定犹如给临时大总统的权力上了紧箍咒，只要没有内阁成员的副署，临时大总统即无法公布任何法律和命令。对于亟图实行个人专制统治的袁世凯而言，对这样的规定当然很不满意，但是限于内外形势，一时又无法废弃，故袁世凯所能做的，就是找一个听命于他的人当总理，使他不必担心副署的问题。唐绍仪本为袁世凯的老部下，早在袁任职朝鲜时，即因赏识唐的办事能力而予拔擢，此后又与袁保持着长期的关系，此时适逢其选，成为袁属意的总理人选。唐绍仪当政后，与革命派关系渐近，“事事咸恪遵约法。袁世凯以每有设施，辄为国务总理依据约法拒绝副署，致不能为所欲为，深滋不悦。”实际上，内阁内部矛盾之根源也在袁、唐的矛盾，因为袁世凯对唐绍仪不满，而指使其属下在内阁不断给唐找麻烦。随着时间的积累，上述矛盾也在不断激化，使袁世凯有了去唐之意。他首先以唐绍仪对外借款谈判失败、政府财政危机无以缓解为由（因唐拒绝外国银行团提出的监督中国财政等苛刻条件，双方关于借款的谈判于5月3日破裂），鼓动拥袁派议员在临时参议院向唐发难，制造去唐舆论。接着在直督王芝祥任命一事上直接向内阁成员的副署权挑战，以蔑视内阁权威的态度逼唐去职。
直隶为拱卫京畿之重地，当唐绍仪组阁时，革命派提出以王芝祥出任直隶都督，作为黄兴放弃出任陆军总长之交换条件，并得到了袁世凯的首肯。但袁之首肯不过是为唐阁能够顺利成立、以实现南北统一之表象而虚晃一枪，他深知直隶地位之重要，绝不甘心让革命派在此打入一个楔子。俟唐内阁成立，其布置停当，而王芝祥已于1912年5月26日到京准备接任直督（时由北洋派张锡銮署理直督）之际，北洋系将领联名上书，以王声望不够、“难资镇慑”为由，强硬表示对王督直“绝不承认”。袁世凯随后改任王芝祥为南方军队宣慰使，并不等唐绍仪副署，径行发布委任令。袁世凯此举之含义甚为明显，唐绍仪也知无法再干，6月15日，他自北京出走去天津，内阁一时无人负责，酿成一场政治危机。
王芝祥督直改任事，虽表现为内阁副署权之争及袁世凯和唐绍仪之矛盾，但其实质是袁世凯及北洋派与革命派的矛盾，因为王芝祥督直曾为革命派所坚持，而由副署权所体现之责任内阁制更是革命派约束袁世凯个人专权最重要的防线之一。故对唐绍仪之出走，革命派舆论均表不满，褒唐抑袁，认为唐此举为“保持民国”、“保持约法”，并责问“逼之者何心？继之者何人？”但对袁世凯如此公然违背《中华民国临时约法》的举动，革命派由于对形势认识不一而并无实际之反制举措，反归因于唐绍仪“混合内阁”“党派混杂，意见不一”，认为“此后欲图政治之进行，非采完全政党内阁不可”。7月1日，同盟会向外正式宣布，其属下阁员“悉行引退”，今后“绝对主张政党内阁”，企图以“纯粹”政党内阁推进其政策，牵制、约束袁世凯的权力。姑不论革命派此举即便实现亦不可能从根本上约束袁世凯，因为袁违反《中华民国临时约法》副署规定的举动已经表明他不会将自己的行动限制在法律框架内。在袁世凯当政的情况下，他也不会给革命派组织“纯粹”政党内阁的机会，如其所言，只有等到他“退老山林，听诸君组织政党内阁可也。”
唐绍仪出走之后，袁世凯提名唐阁外交总长陆徵祥为总理，1912年6月29日得到临时参议院的同意。为了对外作出超然之表象，袁世凯还准备拉同盟会员孙毓筠、胡瑛、沈秉堃入阁，但遭到同盟会的强烈反对。7月18日，陆徵祥出席临时参议院会，提出阁员名单，但其发言言辞粗鄙，全无政见表述，引起议员反感，结果在次日投票中他提出的增补六阁员名单全数被否决。袁世凯又以此发动手下运用恐吓信、匿名传单、公开警示等手段，对临时参议院和同盟会以“挟持党见”、“破坏大局”、“只知有党，不知有国”等“罪名”群起而攻之，胁迫议员以“国家”为重，通过内阁名单。23日，陆徵祥再度向临时参议院提出经过调整的阁员名单，并换掉了同盟会阁员。在袁世凯的软硬兼施下，同盟会不能坚守立场，共和党则更不愿与袁世凯对抗，26日他们在临时参议院投票通过了内阁名单，陆徵祥组阁告成。但随后同盟会部分议员又以“失职”为由，在参议院提出对陆徵祥之不信任案，陆饱受各种困扰，不旋踵而于8月20日称病告假，阁务由内务总长赵秉钧代理。
唐绍仪内阁垮台及随后的陆徵祥组阁风波，在形式和内容上都表现出北京政府时期中国政治的若干重要特征。就形式而言，陆徵祥组阁得到国会多数票，具有法理依据。此后历北京政府时期，在多数情况下，西方民主形式——主要是国会制度得以保留，内阁必经国会通过方可成立尤为其主要表征。已经形成为实力集团的北洋系军人中的多数人比较多地受到传统文化影响，希望以名正言顺之身份获得社会认同与统治之法理依据，而在民国成立后，国会等等西方民主形式便成为他们可以利用为自己正名的工具。所谓“奉天承运”之中国统治旧传统，便通过国会这样的西方民主新形式得以扭曲表现。这也是北洋系军人在中央往往并不直接以枪杆子出面，而是不择手段争取国会同意多数票之缘由所在。但就内容而言，国会等西方民主形式并无多少实际意义，因为无论是组阁还是立法，国会最终无不屈服于北洋军人之压力，唐阁垮台及陆阁组建即其表征，武装实力在民国政治中的至高地位及西方民主制度在中国特定环境下之脆弱，自民国成立之日起即已表露无疑。因此，北洋派的意图在国会受阻——其后军警闹事向国会施压——最后胁迫国会通过于己有利之决议——从而在实际上操控北京政治，这样的政治路线图自唐阁垮台、陆阁告成后便成了北京政治之常态，而以军人闹事压迫文官退却，也是袁世凯及其继任者遇有政争时屡试不爽的手段。陆徵祥组阁标志着革命派已经基本失去在北京政府中的权力，是北洋派完全控制中央政权的重要步骤，同时也意味着传统文官体制在军人武力压迫下的退缩，北洋系军人及其领军人物——袁世凯已成为北京政治的主宰。此后，“事实上国务院已成了总统府的秘书厅，所有的国务员，都唯总统之命是从，国务总理的有无，本已无关紧要，不过形式上还是非有这么一个装饰品不可”。革命党激进派戴季陶激愤而言：唐阁之倒“既为袁世凯逼之使倒”，陆阁之成“又为袁世凯逼之使成”，则“国务员也，参议员也，皆袁世凯之掌上物也。全国国民皆袁氏室中之陈设，园中之花草也。”
在民初革命派与北洋派的矛盾斗争中，虽然不少革命党人富于革命理想，却缺乏实际的政治历练，对政治斗争的长期性和复杂性缺乏应有的认识，尤其是对北洋派和袁世凯独揽国家权力的图谋缺乏应有的警觉。他们中的不少人沉浸在革命成功的喜悦之中，主张以统一、和平、建设为本，对于如何保有革命成果、不使其落入袁世凯及北洋派手中并无认识；其中还有不少人见利忘义，从其个人利益出发，有意无意之间迎合袁世凯的主张，成为袁可以运用的工具，尤其表现在党派关系和国会运作方面。革命派的主要领导人，在民国成立后，多数表现为谦谦君子之风，或远离政治，主张实业建设，或投身议会，从事宪政活动，虽人格无亏，却于实际政治无补，远不能与袁世凯这样老谋深算的军事强人较量，也使革命派在与北洋派的矛盾斗争中缺少坚强有力、深谋远虑的领导核心。
革命派众望所归的主要领导人——孙中山，对民国成立后的形势是这样表述的：“今日满清退位，中华民国成立，民族、民权两主义俱达到。唯有民生主义尚未着手，今后吾人所当致力的即在此事。”因此，他自临时大总统任上解职后，即开始游历国内各省，并在所到之处发表演说谈话，表达其政治见解，尤以“提倡实业，实行民生主义，而以社会主义为归宿，俾全国之人，无一贫者，同享安乐之幸福”作为自己的“宗旨”与“素志”。对于如何实行民生主义，他认为应自“平均地权”入手，实行土地国有，照价收税，涨价归公；同时注重发展实业，尤应注重发展铁路事业，因为“交通为实业之母，铁路又为交通之母”，“振兴实业，当先以交通为重要。计划交通，当先以铁道为重要。建筑铁道，应先以干路为重要。”因此提出10年修筑10万公里铁路及南、中、北三大铁路干线的宏大计划。为此，孙中山身体力行，于1912年10月在上海创设中国铁路总公司，满怀信心实现其修路理想。革命派另一主要领导人黄兴虽然在临时政府北迁后出任南京留守，掌握着数十万武装，保持着此后与袁世凯较量之一定实力，但他却认为：“将来政治竞争，但能以政见相折冲，不愿以武力相角逐”；“统一政府既经成立，断不可于南京一隅，长留此特立之机关，以破国家统一之制，致令南北人士互相猜疑，外患内忧因以乘隙而起”。因此在不到3个月的时间里，匆匆裁撤了南方数十万军队，然后坚决要求辞职。1912年5月31日，袁世凯乘势下令裁撤南京留守府，革命派由此失去了可与袁抗争的一个重要基地。
孙中山、黄兴等革命派领导人在民国初年的所作所为，首先出自他们对形势估计的失误，认为革命告成，南北统一，今后理当以建设为中心，“若只从政治方面下药，必至日弄日纷，每况愈下而已。必先从根本下手，发展物力，使民生充裕，国势不摇，而政治乃能活动。”其次在于他们对袁世凯政治立场判断的失误，认为袁将在种种约束之下，以民主共和为依归治理国家。再次是他们受到中国传统文化的影响，自觉功成身退为政治家之理想境界。故他们在民国初年风尘仆仆，奔走于各地，宣扬其建国理念，投身于实业建设，表面上倒也轰轰烈烈，实际上却于事无补，反被袁世凯利用以对外展示其和平、统一、建设之门面。自袁世凯接过临时大总统职务后，表面上对孙中山等革命领导人示以尊崇，并企图利用他们的影响，加速消解南方革命派的实力，巩固其统治地位。同盟会退出北京内阁后，南北关系一度紧张，袁世凯遂派专人南下，到上海邀请孙中山、黄兴北上“调停”。孙、黄出于和平建设的良好愿望，分别在1912年8月24日和9月5日到北京。在京期间，他们与袁多次晤见商谈。袁态度“谦恭”，将孙、黄捧为建立民国之“首功”，南北统一之“关键”，民国安危之“所系”，并表示俟大选告成、国会召开、正式总统选出后，他也将退为国民，与孙、黄共谋社会事业。袁世凯的殷勤表现与旦旦言辞，使孙中山、黄兴颇为所感，认为“袁之为人，很有肩膀，其头脑亦甚清楚，见天下事均能明澈，而思想亦很新”；表示他们此行“旨在赞助袁大总统谋国利民之政策，并疏通南北感情，融和党见”；“调和一切，使我同胞无稍隔阂，和衷共济，以巩固民国基础”。为此，他们在各种场合发表意见，要求革命党人“破除党界，勿争意见，勿较前功”；“提倡人人除权利心，以国家为前提”；“唯一宗旨，愿在扶助政府”。为了进一步将孙、黄纳入其彀中，9月9日袁世凯特授孙中山筹划全国铁路全权。25日又公布八项政纲：（1）立国取统一制度；（2）主持是非善恶之真公道，以正民俗；（3）暂时收束武备，先储备海陆军人才；（4）开放门户，输入外资，兴办铁路矿山，建置钢铁工厂，以厚民生；（5）提倡资助国民实业，先着手于农林工商；（6）军事、外交、财政、司法、交通，皆取中央集权主义，其余斟酌各省情形，兼采地方分权主义；（7）迅速整理财政；（8）竭力调和党见，维持秩序，为承认之根本。结果，孙中山和黄兴的北京之行，被袁世凯利用以表明其与孙、黄见解一致，营造了南北和谐统一之气氛，有利于袁巩固其当时还不十分稳固的统治。就在孙、黄在京期间，袁世凯还与他们相商，促成自己的心腹、内务总长赵秉钧于9月25日出任总理，完成了全面控制北京政府的图谋。革命派不仅同意赵的任职，使其顺利上任，而且拉赵及其阁员加入国民党，以此促成“政党内阁”，以化解双方的矛盾。殊不知赵秉钧从未认同“革命”，以其在内务部之经历，对镇压革命党人倒是心狠手辣，正是他在几个月后领袁命指使人刺杀了国民党领导人宋教仁。
与革命派上层多对袁世凯抱有幻想、主张和平建设相对应，当时在革命派内部对袁世凯抱有一定警惕，主张以实力约束、抗衡袁世凯的主要是部分激进派和地方实力派，其中以戴季陶等在上海《民权报》发表的言论为反袁舆论的代表。他们强烈批评革命派领导人的和平幻想，认为革命已经失败，痛斥“袁氏病国病民之行，日以加甚，俨然帝制自为，且较亡清为尤甚。夫忠告不见信，骂詈不见畏，举国人民之痛苦，亦毫不加惜，是弃民也，是杀民也。弃民者民亦弃之，杀民者民亦杀之。则袁氏今日之地位，已由国民属望者变而为反对，更由反对者变而为公敌矣。”在以舆论反袁的同时，他们还在各地，主要是南方各省鼓动武力反袁，倡言“卵不能敌石，空言不足抗实力，以武力破坏法律者，仍以武力治之而已”。但他们的活动并不为革命派领导人所认同，甚至在一定程度上还受到来自革命派的压制，他们不能代表革命派在民初的主流意识与作为。
在唐绍仪内阁垮台后，因同盟会阁员退出内阁，兼以孙、黄北上调停，宋教仁随后转以主要精力筹谋组党与大选，革命派与北洋派在中央的矛盾一时有所缓解，但双方在地方层级的矛盾却在发展中。随着袁世凯个人专制统治趋向的发展，他在基本控制了北京政府后，急于收揽地方权力，尤其是为了防范革命派占据一定优势的南方各省，提出实行军民分治、省长简任，企图以中央集权削弱革命派的力量。革命派则以代表民意、实现民权为口号，以自己掌握的南方数省政权为依托，坚持省长民选，加强控制，扩充实力，以备在必要时与袁抗衡。
在革命派掌握的南方诸省中，以江西都督李烈钧的反袁立场最为鲜明，故袁时时必欲去李而后快。1912年12月，李烈钧主动打出“军民分治”旗号，以此缓和袁世凯之压力，不料他举荐的前清江西武备学堂总办、与其有师长之谊的汪瑞,私下里已输诚于袁世凯，李的提议正可使袁在革命派的中心根据地打入一个楔子，故迅为袁所接受。12月16日，袁世凯任命汪瑞为江西民政长。此举反使李烈钧处于被动地位，因为汪之任命出于李之提议，又经以总统令公布，具有法理效力，李不能出尔反尔，公开反对，但又绝不愿任汪上任，扰乱江西政局，他只能发动民间舆论，坚决反对对汪的任命。而在反对无效的情况下，李烈钧遂效仿袁世凯，以其人之道还治其人之身，发动军人武力拒汪。20日汪瑞到南昌后，江西军警官员即不断公开向汪叫板，并在29日召开大会，宣示“决死拒汪，甘以一身抵罪，必驱之而后已”，同时勒令其两日内离省，“否则人民激于义愤而有暴动，我两界难负保护秩序之责”。在此情形下，汪瑞自知无法再干，遂于30日离南昌并电袁世凯辞职。
李烈钧拒汪瑞上任成功，使袁世凯大失脸面，颇为恼怒。恰在此时，李烈钧在日本订购的一批军火于1913年1月中旬运到九江，袁世凯即以此事未经陆军部核准为由，下令九江镇守使戈克安扣留该批军火，并派海军舰艇前往九江，企图以此整治李烈钧。而李烈钧则强硬要求发还被扣军火，同时调兵布防，压迫戈部。江西形势因此极度紧张，袁、李双方颇有因此决裂开打之势。但实际上此时袁、李双方均尚无立即决裂交战的准备。面对李烈钧的强硬态度，黎元洪出而调解，提出以北方退兵、发还军火、江西迎汪复职、惩处负责者为条件消除战祸。从这样的条件看，袁、李似乎各退一步，但实际于袁有利，故为李所坚拒。3月初，王芝祥领袁世凯命南下调停，经其从中说项，袁世凯暂示妥协，同意发还被扣军火，并改任赵从蕃为江西民政长，王芝祥兼九江镇守使。江西民政长事件虽以革命派获胜而告终，但并未改变革命派与北洋派对峙中整体不利的格局。
革命派与北洋派在中央矛盾的缓和并未维持很长时间。1913年初，随着国会选举的结束、宋案的发生、关于善后大借款案的纷争，一系列重大或突发的政治事件，使革命派与北洋派的矛盾再度升级至中央层面并迅速激化。
革命派与北洋派矛盾激化之导火索源起于国会选举。1913年初，国会两院选举告成，国民党的席次虽均未过半数，但都远远超过其对手共和、统一、民主三党联盟，成为国会第一大党，国民党合法组阁、实现政党政治之前景似在眼前，国民党大选获胜之主要推手宋教仁亦为此兴奋不已。他在助选所到之处发表各种公开言论，主张实行议会政治，组织政党内阁，认为“为今之计，须亟组织完善政府；欲政府完善，须有政党内阁。今国民党即处此地位，选举事若得势力，自然成一国民党政府。”而且他一改往日“稳健”形象，责难政府“敷衍了事，以塞国民之责，不惜以万难收拾之局贻之后人，此则政府罪无可逭之处也”，自信“延聘医生之责任，则在吾国民党也”，大有实行民主政治舍我其谁之慨。而正因为如此，招致袁世凯和北洋派之嫉恨，因为一旦由宋教仁组阁，必实践其政治理念，于袁世凯个人专制图谋十分不利，宋也因此而为袁所不容。何况宋富于理想，人格高尚，对袁世凯50万元巨款的金钱拉拢毫不动容，自称“退居林下，耕读自娱，有钱亦无用处”。软的一手不见效，袁只能祭出硬的一手，宋既“非高官厚禄所能收买，乃暗萌杀意”，企图以令宋在这个世界上永远消失之极端方式而一劳永逸地消除其对己之威胁。
1913年3月20日晚，宋教仁在黄兴等陪同下前往上海火车站，准备乘车回京，但突遭枪手袭击，血洒站台，送医院后经多方抢救无效，于22日晨去世，年仅31岁。宋教仁笃信西式政党竞争理念，自信“一生光明磊落，平身无夙怨无私仇”，对袁世凯将不利于其之传言，认为“光天化日之政客竞争，岂容有此种卑劣残忍之手段”。临终前，由他口授，黄兴代笔，拟致袁世凯电谓：“今国基未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。”表现出其追求民主政治之崇高理想。袁世凯接电后，亦假惺惺地褒扬宋教仁“奔走国事，缔造共和，厥功甚伟。迨统一政府成立，赞襄国务，尤能通识大体，擘画勤劳。方期大展宏猷，何意遽闻惨变。凡我国民，同深怆恻。”要求苏督程德全等“迅缉真凶，穷追主名，务得确情，按法严办”。
宋教仁被刺，于国民党是重大打击，在国民党大选获胜和宋教仁大有可能出任阁揆的背景下，此案之政治指向亦甚为鲜明。国民党和社会舆论于此反应十分强烈，要求迅获真凶，告慰故人。对国民党有利的是，此件看似毫无头绪之突发案件，其破获之速却出乎各方意料。宋教仁逝世的次日，公共租界巡捕房即因古董商王阿法提供之线索，缉获凶犯应夔丞，随后又缉获杀手武士英，并起获两名凶犯与内务部秘书洪述祖、国务总理赵秉钧之往来密电，案情很快大白于天下。原来，国民党在大选中获胜后，赵秉钧即通过洪述祖收买上海流氓头目、时任国民共进会会长的应夔丞，准备对宋下手，因为“若不去宋，非特生出无穷是非，恐大局必为扰乱”。经过双方讨价还价，达成刺宋之举，由应夔丞手下之亡命徒武士英具体执行。3月13日，洪述祖致电应夔丞，告“毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理”。次日应回电告“已发紧急命令设防剿捕”。18日，洪再电应“事速行”。21日应电洪告“匪魁已灭，我军一无伤亡”。这些往来函电充分说明刺宋实为事先周密布置之政治谋杀案。不仅如此，这些函电还明确证实了袁世凯、赵秉钧与此案之关系。洪述祖多次向应夔丞明示：“来函已面呈总理、总统阅过”；“总统阅后，色颇喜悦”。可见刺宋完全是在袁世凯、赵秉钧授意下之所为。4月25日，江苏都督程德全和民政长应德闳对外公布了所有查获之函电证据，如时论所言：“宋先生游历多省，演说政见，间及政府之腐败，袁、赵仇视益甚，遂生残害之心……初尚以毁坏宋先生之名誉而已，卒以宋先生无过可寻，不能达其目的；且见海内钦服宋先生之忱，迫非寻常可及，群隐以正式内阁相属，袁、赵暗杀之举，乃于此决。”
宋案真相大白，震动全国，也完全出乎袁世凯事先之意料，他因此而在政治上处于被动地位；赵秉钧也被迫于5月1日称病离职，由段祺瑞暂代总理。革命派及其领袖孙中山因此认识到，他们前所属意之袁世凯非民主守护神，而实为破坏民主之真凶，“政府长奸纵恶之罪，已有万不容恕者”，痛恨“于此纵容杀人之政府”。革命派强烈要求审判宋案真凶洪述祖、赵秉钧，矛头直指袁世凯，双方围绕宋案之司法解决而你来我往，针锋相对，“去袁”亦逐渐成为国民党内的共识，革命派与北洋派的矛盾因此而骤然激化。
就在革命派与北洋派围绕宋案而进行政治角力时，善后大借款问题又为双方之矛盾火上浇油。民国成立后，因为政府财政十分困难，自南京到北京政府，都在谋求得到外国银行团的借款支持。但银行团借款除了附有各种经济条件外，还代表各自国家利益，提出若干有关中国国家主权的政治条件，使得以“善后”为名的借款有了强烈的政治意义。由于袁世凯主政北京，银行团向其提供借款，自然有利于其稳固统治。如果说在国会选举和宋案前，革命派在一般意义上还不反对对外借款的话，那么在宋案之后，革命派与北洋派武力对决之势已成，任何于维持袁世凯统治有利的借款，都必然为革命派所坚决反对，更何况银行团为借款提出之种种苛刻条件，本身就为革命派的反对提供了最可利用的理由。
北京政府与银行团关于借款的谈判一波三折。银行团愿意提供借款的目的当然是为了利润，但其后台——各国政府对借款的支持则有更多的目的，他们更倾向于以借款支持他们心目中的强人袁世凯，稳定中国的形势，也为自己获取最大的政治和经济利益。为此，银行团在同意提供借款的同时，也提出了若干颇为苛刻的条件，其甚者为对事关中国国家主权的若干方面予以监督；尤有甚者，俄日两国还将借款与中国是否承认两国在东北和蒙古的特权相联系，银行团亦因此而成为列强实行对华支配政策的重要工具。由于银行团提出的条件过于苛刻，中外双方的谈判多次中断，舆论亦对银行团的要求表示强烈反对。后经中方的让步，“凡可迁就者无不迁就”，谈判在1912年11月再次恢复，当年底双方基本达成协议。只是由于银行团在一些问题上不断节外生枝，协议迟迟未能签署。直到1913年4月，袁世凯为准备对革命派的武力行动，急于拿到借款，基本答应了银行团的条件，善后大借款才最终告成。4月26日，北京政府与英、法、德、俄、日五国银行团（美国于此前因顾虑银行团借款有违其“门户开放”之利益而退出）正式签订《善后借款合同》。
善后大借款总额为2500万英镑，偿还期限为47年，年息5厘，利息高达4289万镑。扣除折扣（84折）后，中方实得2100万镑，再扣除偿还到期外债、赔偿外人在辛亥革命中的损失共1078万镑，中方实际可用款项不过1000万镑有余，其中指定为裁遣军队用款300万镑，整顿盐务用款200万镑，当年4-9月政府行政费用款550万镑。在政府行政费中，陆军部、海军部和参谋本部用款约为180万磅，也就是说，袁世凯通过善后大借款可以直接使用的军费开支还不到借款总数的1/10.即便裁遣军队及其他行政费用可以部分挪用于军费开支，但考虑到此项借款使用监管之严格，其总数估计不会超出太多。这样，善后大借款对于准备以武力镇压革命派、需款急迫的袁世凯而言，其实际的经济支持可能有限，不过使他在对南方用兵时更多了些底气。但中国方面却为此付出了有损于国家主权的沉重代价。根据借款协议，此项借款的用途将由列强监督，中国的财政自主权因此而受到重要影响；由于此项借款由盐税作担保，因此又规定成立盐务署，其下设盐务稽核总所及各地分所，由中国总办挂名，列强提名人选出任会办，掌握实权。这样，列强就在控制了中国的主要税种——关税之后，又控制了中国另一具有稳定来源的主要税种——盐税。北京政府的收入主要依赖于支付各项有担保外债之后的所谓“关余”和“盐余”，而动用关余和盐余均须通过列强控制的海关总税务司和盐务稽核所，从而使北京政府不得不仰列强之鼻息，看列强之眼色行事。
利用中国国内局势混沌微妙之机进行权益勒索一向为列强所好，善后大借款并非其始，更非其终。对外借款本为经济议题，借款条件的谈判，如折扣率、利率、担保、偿还等等，亦有其经济的考量，但是，善后大借款的达成，除了经济方面的原因外，政治方面的原因亦不可忽视。毋庸讳言，列强与袁世凯经此而达成了某种形式的政治默契。在列强方面，“若欲中国不生内乱，复于外人之权利无损，惟有乘其危急，协力以制死命，俾其不能不听列强调度”；在袁世凯方面，“宋案之后，政界风潮甚烈，袁氏位置摇动，然则可以保护个人之势力者，以经济为第一要素，故此次借款之忽成，其用意在保护个人之势力”，以此得到列强的政治背书与经济支持。
正是因为善后大借款的政治意义引起了革命派的高度警惕与强烈反对。黄兴通电认其未经国会讨论，“人民得坐政府以破坏约法、**国会之罪”；并明确点出了善后大借款与当时政治形势的关系及南北决裂之必然：“今宋案证据已经发表，词连政府，人心骇皇，倘违法借款之事同时发生，则人心瓦解，大局动摇，乃意计中事。”孙中山亦通电各国，明确表示：“北京政府未得巨款，人民与政府尚有调和之望，一旦巨款到手，势必促成悲惨之战争”；“用敢奉恳各国政府、人民，设法禁阻银行团，俾不得以巨款供给北京政府”。湘、赣、皖、粤四都督亦联名发出反对大借款通电。因为袁世凯并未将此次借款协议提请国会讨论，有违临时约法之规定，故国民党主要是以法律为武器，在国会内进行抗争。参议院正、副议长——国民党人张继、王正廷通电全国，表示“政府如此专横，前之参议院既屡被摧残，今之国会又遭其**，不有国会，何言共和，继等唯有抵死力争，誓不承认”。面对革命派的强烈反对，袁世凯一面声称借款案上年已经临时参议院讨论通过，此次“系按照前参议员表决之案，始行定议”；一面又强硬表示：“借款一日不成，国本一日不定。此次合同签字，在势无可取消。”在国会内部，反袁之国民党与拥袁之进步党就借款案多次激烈争辩，相持不下。虽然革命派的态度其后明显软化，并不坚持反对借款，而只坚持按法律途径，由国会履行通过手续，但仍不被袁世凯理睬。不久之后，南北决裂，武力冲突继起，各方关注之焦点转移，善后大借款虽未经国会正式通过而终成事实。
孙中山下野、袁世凯当政后，南北实现统一，中国出现了短暂的西式民主政治实验期。此时革命派和北洋派之间虽然有诸多矛盾斗争，但基本上是发生在宪政体制的框架内，循法律的途径解决。在此过程中暴露出宪政体制解决实际问题的无能，袁世凯屡屡无视法律的举动，表明宪政体制的约束在军事强人实力前的弱势。至1912年底1913年初，一系列重大政治事件的发生，导致革命派与北洋派的矛盾骤然激化，进一步冲击了十分脆弱的宪政体制。由于国民党在国会选举中获胜，作为袁世凯对立面的单一政党内阁呼之欲出，使袁备感威胁，故布置刺杀宋教仁，以阻止国民党的政治崛起；袁之作为又直接威胁到国民党的生存空间，促使国民党改变其和平、统一、稳健、建设的主张，转而准备以武力对抗袁世凯；善后大借款之告成，使袁世凯自认有列强的支持，对国民党动武更有恃无恐；而国民党内部因袁而生之怨恨亦日渐增长，“武力讨袁”、实行二次革命之议风生水起。民国成立不过一年有余，中国政治的发展已逸出宪政轨道，向传统的武力争胜方向急速滑行。