1922年第一次直奉战争的结果，直系战胜奉系，并将北京中央政府控制在手，形成“直系即中央”的政治格局。曹锟、吴佩孚也成了“直系中央”的“太上皇”。以前中央政府虚悬于各派系之上，不全为某一派势力所独掌，故尚能相对独立，而“直系中央”的建立，意味着中央政府已公开被掌控在一派之手。在直系控制中央政权的两年半时间里（1922年6月至1924年11月），先后换了三位总统：先是以“恢复法统”为名，将皖系所扶植的安福国会及其所选举的大总统徐世昌驱除，恢复民国6年被解散的旧国会，迎接旧总统黎元洪复职，继而又通过“闹饷”、“逼宫”、“夺印”等手段，驱黎下台，最后利用国会贿选曹锟为新总统。
曹锟作为直系首脑，其势力建立在吴佩孚身上。第一次直奉战争后，吴佩孚手握精兵数十万，虎踞中州，威镇长江，呼风唤雨，气焰如日中天。“此时许多人的心理，都深恶奉系，左袒直系”，“觉得吴秀才总比张胡子好”。国内舆论界甚至把统一中国的希望寄托于吴佩孚。苏俄和共产国际方面也一度认为吴佩孚是中国“最好的军阀”。中共在吴佩孚镇压“二七”大罢工以前对吴佩孚也有过部分正面性的评价。相对而言，吴佩孚在当时军阀中的确要算是文韬武略兼具的人物。1923年4月，吴佩孚五十寿辰，各方前往洛阳祝寿者有六七百人之多。康有为亲撰一副寿联赠吴：“牧野鹰扬，百岁勋名才一半；洛阳虎视，八方风雨会中州。”是时的吴佩孚，大有天下莫敌之慨。
但好景不长。直系的强横，很快遭到直系之外各军事实力派的联合抵制。吴佩孚的跋扈又招致直系内部的分化和分裂。曹锟的“贿选总统”更激起全国民众的一致反对和声讨，从而引发一场席卷全国的反直运动。
直奉战争后，吴佩孚公开提出“武力统一”中国的主张。对吴佩孚而言，其武力统一的障碍有三：一是退守关外的奉系张作霖；二是在广东“革命”的孙中山；三是盘踞浙江的皖系残余势力卢永祥。
张作霖自被直系打败后，退回东北，宣布独立，在关外卧薪尝胆，“日夜筹划，练兵筹饷，预备复仇”。他设立“东三省陆军整理处”，作为其整军经武的最高执行机构，其具体措施包括扩建陆军东北讲武堂，大量培训中下级军官；从国外大量购进武器弹药，创办和扩充兵工厂；设立航空学校，培养空军人才；购买国外新型飞机，成立空军司令部等。奉系经过两年多的整备，军事实力大增。张作霖势在待机而发，直奉两系再决雌雄已不可避免。
针对直系的武力统一政策，孙中山继续加强与奉皖两系在第一次直奉战争时所建立的“反直三角联盟”。此时孙中山虽已着手联俄容共，却未放弃以往“联军阀以倒军阀”的政治策略。在孙中山看来，直系是各军阀中最强横的一个，擒贼先擒王，要打倒军阀，便应该先从打倒直系下手。此时处于弱势的奉、皖两系为了共同反直，亦主动加强与孙中山的联络。奉张、粤孙、皖段三方信使、函电往还频仍，如汪精卫在此期间先后6次赴奉天，代表孙中山与张作霖联络洽谈。张作霖在经济上和军事上亦曾予孙中山以援助。与此同时，西南各省军阀为了保住各自的地盘，纷纷打起“省自治”和“联省自治”的旗帜，借以对付直系的武力吞并。
当直系外部形成“反直三角联盟”的同时，直系内部的“反吴联盟”亦在酝酿之中。在直系集团中，曹锟位居帅位，其下则数吴佩孚势力最大。在第一次直奉战争前，直系内部就已经分裂为“津保”、“洛吴”两派。“津保派”以驻天津的直系省长王承斌为代表；“洛吴派”以驻洛阳的吴佩孚为首领。第一次直奉战争后，吴佩孚依仗自己对直系的贡献和所掌控的兵力，在直系内部专横跋扈。吴的“兵强气骄”引起津保派的不安和忌恨。津保派人物曹锐、王承斌、高凌霨、吴毓麟、熊炳琦、王毓芝等人起而联合制吴，挑拨离间吴与曹锟的关系，致使曹吴两人一度失欢。而吴佩孚为了树立自己在直系中的绝对权威，慑服直系大小将领，在对外推行“武力统一”的同时，对内力图推行“削藩”政策。
第11师师长冯玉祥是吴佩孚“削藩”的首选目标。在直系将领中，冯玉祥本来超然于派别之外，既不属于洛吴派，也不属于津保派，与吴佩孚既无密切关系，亦无明显利害冲突。在直系军队中，冯、吴同以“模范军人”自命。冯玉祥的兵力和实际战斗力仅次于吴佩孚。第一次直奉战争中，冯玉祥军因有稳定直系后方之功，论功行赏时，冯玉祥得到了河南督军的位置。吴佩孚在直系以“老大哥”自居，视冯氏为部属，无奈冯氏个性倔强，对吴不肯俯首，吴对冯乃寻机刁难、限制，并千方百计逼冯离开河南。最后吴佩孚以中央倡导废督裁兵为借口，裁撤河南督军缺，调冯玉祥为陆军检阅使，令他率领所部移驻北京南苑。陆军检阅使本是个没有地盘，徒有其名的虚职。吴为了削弱冯的实力，只允许冯带一个师到北京上任，其余部队交由新任河南督理改编。但冯设法将其部队全部运到北京。吴未能在编制上削弱冯部，又在军饷上抑制冯。冯玉祥北调时，吴佩孚应允每月由河南协助冯军军饷20万元，但冯部到京后，吴拒不践约。北京政府也不按时拨给冯军军费，积欠冯军军饷达11月之久。坐困北京的冯玉祥遂倒向保派一边。曹锟篡位时，冯玉祥扮演了逼宫驱黎的角色，但论功行赏时，吴佩孚升任直鲁豫巡阅使，而冯为吴所扼，一无所获，徒得逼宫的恶名，至此冯玉祥对曹、吴已成势不两立之势。
为了加强对各省军队的控制权，吴佩孚于1924年初提出一个统一军权于中央的建议，即规定各省巡阅使、督理一律不再兼任师长。这个计划对各省武人无疑是一个沉重的打击。因为有兵才有发言权，剥夺各省军政大员的兵权，不亚于剥夺其饭碗。他们表示情愿不做督理而要求保留师长的职位，但吴佩孚志在必行，先后下令解除了萧耀南、王承斌、陆锦、张福来、马联甲、郑士琦等一批巡阅使、督理所兼的师长职务。
吴佩孚的做法激起直系内部诸将的公愤和内讧。1924年5月，王承斌、冯玉祥、齐燮元先后提出辞职，想用“同盟罢工”的方式来倒吴。就在4月30日，上海《新闻报》曾发表时评分析说：“直系诸将同盟示威，迫曹氏制裁洛吴耳！为曹氏计，安能允其所请？假如曹听诸将辞职，彼等必将假部下拥戴之名，起而反抗，则直系之分裂立见；或曹迎合诸将之意，告诫洛吴，洛吴不甘受，分裂亦见；即使曹模棱两可，敷衍其间，彼等知曹无能主持，必自起而与洛吴争，则分裂仍不免。”也就是说，直系内讧分裂已成不可避免之势。
1923年10月，直系通过贿选手段，将曹锟推上总统宝座。这一行径激起一场席卷全国的反曹吴、反直系运动。在此以前，吴佩孚还取得一部分舆论的同情和支持，贿选以后，舆论完全倒向了他的对立面。但吴佩孚不自知，以为既把曹锟扶上总统作他的傀儡，可以“挟天子以令诸侯”，还有谁能打倒他呢！他此时所处心积虑的就只是乘机收服南方的孙中山、卢永祥和东北的张作霖。他对南方的计划，是用孙传芳图闽以制粤，而以陈炯明为内应，又用苏、皖、赣、闽以图浙；对东北则准备自己亲自出马，大规模秣马厉兵，打到关外去。
1924年9月至10月，江苏督军齐燮元与浙江督军卢永祥在中国东南地区进行了一场激战，时称“齐卢之战”，亦称“江浙战争”。这场战争表面上是苏督齐燮元与浙督卢永祥之间的战争，实际上是直派与反直派总体战中的一环。
直皖战争后，皖系的卢永祥仍占据浙江和上海。在卢永祥地盘之外，苏、皖、赣、闽四省均为直系势力所控制。江苏督军齐燮元垂涎于上海的税收和鸦片烟土收入，视卢永祥为眼中钉。直系的孙传芳也觊觎浙江地盘。1923年下半年，齐燮元曾几次将军队开到上海附近，欲以武力夺取上海，战争大有一触即发之势。但吴佩孚鉴于直系在南方的势力尚未完全稳定，为了集中精力对付奉系，不赞成齐燮元对卢永祥过早动武。加之卢永祥握有强大的军事力量，并同孙中山、张作霖订有“攻守同盟”，齐燮元也不敢轻举妄动。
时局延宕到1924年夏秋，江浙战争终于因福建问题而引发。1924年4-5月，北洋政府任命周荫人为福建军务督理，任命孙传芳为闽粤边防督办。但所谓闽粤边防督办，实际督不到粤省去，而福建一省又难容孙、周两大势力并存，在这种情况下，孙传芳力图向浙江扩展，因而与齐燮元合谋图浙。浙江方面，卢永祥知道自己陷入了孙、齐夹攻的不利局面，因而极力与广东、奉系联络，同时为了壮大自己的实力，将被孙传芳从福建驱出的臧致平、杨化昭两部收编为浙江边防军。
卢永祥的收编举动，正好为齐燮元和孙传芳攻浙提供了借口。齐燮元指责卢永祥收容叛军，强烈要求卢永祥解散臧、杨的部队，否则以武力相向，但卢不为所屈。9月3日，江浙战争正式打响。卢永祥处于苏、皖、赣、闽三面包围之中，实力远逊于齐燮元与孙传芳。但卢永祥之所以敢于应战，乃寄希望于粤、奉两方的援助和牵制。
江、浙战端一开，粤、奉两方果然同时发动。孙中山于9月5日发表宣言，讨伐曹吴，宣称“援浙即以存粤”，决定派湘、赣、豫军参加北伐，以谭延闿为北伐军总司令，克日移师北指，13日亲往韶关准备攻赣。与此同时，张作霖也通电全国，对卢永祥反对直系予以支持，表示将率领大军，扫除民贼。但奉系内部新旧两派意见不一，旧派张作相等主张静观，俟江浙战事解决，再定行止；新派张学良、杨宇霆辈则谓直系兵力倾注东南，无暇兼顾，急宜乘虚直入，响应浙卢以为声援，乃千载一时之机，万不可失。张作霖听从了新派的主张，决计兴兵入关。
江浙战争初期，卢永祥的浙军占据主动，但因直系方面后援部队甚多，尤其是孙传芳的军队由闽入浙，形成对浙军的包围态势，浙军难于招架。卢永祥又怀疑内部有人与孙传芳相勾结，乃决定放弃浙江，率部离开杭州，集中兵力于淞沪。孙传芳部队遂**。到10月初旬，浙军败局已定。卢永祥于10月12日通电下野，出走日本。历时40天的江浙战争以卢败齐胜而告结束。由于这场战争发生在中国最富庶的江浙地区，主战场靠近上海，战争给这些地区的社会经济破坏十分剧烈。战争中大量强迫征夫、征车、征畜，使长江下游城镇昔日的繁华景象**然无存，并在上海数度引发金融风潮；战争所造成的大量败兵、残兵、散兵在城市和乡村大肆抢掠、强奸，为所欲为，致使自太平天国以后基本未受战争破坏的江浙地区的社会秩序遭受重创，社会元气因之大伤。
江浙战事虽终，但因它所引发的更大规模的一场战争正在激烈进行中。江、浙开战未久，奉系张作霖即于9月15日向直系宣战。曹锟急忙电召吴佩孚由洛阳进京，任吴为讨逆军总司令，王承斌为副司令，彭寿莘、王怀庆、冯玉祥分别为第一、二、三军总司令，分兵三路迎击奉军。第二次直奉战争正式打响。
在这次战争中，北京中央政府第一次在军阀战争中直接公开站在其中一方（直系）的立场。这在民国以来的政治史上尚属先例。当时吴佩孚的总司令部设在后海醇亲王府，正是国务院所在地。曹锟宣令：今后中央政府文武官员一律听命于吴大帅。吴佩孚要求内阁在其司令部召开办公会议，并在会上对政府总理和部长随意指示。曾亲身与会的部长顾维钧在晚年回忆他当时的感受时，声称得到“一番新的阅历”。直系以中央政府名义讨奉，企图以此增强自己一系在战争中的“正当性”，实际却使本应虚悬和超然于各派系之上的中央政府的象征性权威大量流失。
第二次直奉战争又称“甲子之役”。是役双方各出动兵力十余万人，而且都将陆、海、空军投入战斗，战争期间，北方铁路几乎全部被动用于双方军事运输，作战方式和技术据称已经达到甚或超过第一次世界大战的水平，堪称北洋战史上空前规模的“立体战”，远较此前历次军阀混战为激烈。此前的战争，通常是雷声大、雨点小，相互通电“声讨”多于实际交战，故有“宣言战”、“电报战”之称，几与演戏无异，而此次战争可以称得上是直奉两系军阀间一场真正的生死大决战，双方动员的兵力是以前战争的数倍，而伤亡则数十倍之。就实力而言，直奉两军难分高下，但奉系自第一次直奉大战失败后，在强烈的复仇意识驱使下，整军经武未尝稍懈；而直系取胜奉系后，其武力统一政策招致各方的联合抵制和反击，四面树敌，陷自己于孤立境地；贿选总统丑剧复使道义、人心丧失殆尽，直系内部又四分五裂，冯玉祥与吴佩孚之间交恶甚深，王承斌、胡景翼、孙岳等部将对吴佩孚亦深怀不满。战前，孙中山国民党人已与冯玉祥、胡景翼、孙岳等人密切联络，以冀实行推倒曹吴的“中央革命”计划。当吴佩孚布置对奉军事时，反直派联冯倒吴的计划也在暗中加紧进行。在孙中山争取冯玉祥的同时，段祺瑞、张作霖亦利用冯、吴矛盾拉拢冯。据称战争爆发前夕，张作霖曾支给冯玉祥军费300万元以收买冯。
江浙战事发动时，冯玉祥曾请命援江苏，意在向东南谋取地盘，但吴佩孚欲为孙传芳留地盘，未允其请。直奉大战开始后，吴佩孚没有把冯玉祥的军队放到山海关的正面战场，而放在热河，意在不让冯染指东北富庶之地。分配饷械时，吴对冯部又异常刻啬。诸如此类，更加激发冯对吴的愤恨，最终促成冯下定倒戈反叛曹吴的决心。
正当直奉激战难分胜负之际，冯玉祥于10月23日率部回京，发动政变，迫使总统曹锟下令停战、撤销讨逆军总司令等职、免去吴佩孚本兼各职。冯玉祥倒戈这一突发性事件，彻底打乱了吴佩孚的军事部署。吴佩孚只好一面分兵防御关外奉军，一面率部回救北京。冯玉祥则与胡景翼、孙岳等组织“国民军”，准备迎战。获悉冯玉祥倒戈的消息后，奉军乘势大举进攻。吴佩孚腹背受敌，兵败如山倒。11月3日，吴佩孚率领残部，由大沽浮海南下。历时50余日的第二次直奉战争以直军溃败而告终。曹锟、吴佩孚所控制的直系中央亦随之倾倒。
冯玉祥的倒戈，是第二次直奉战争的一个重要转折点。在冯倒戈之前，直奉两军难分胜负，基本上处于僵持局面。倘若没有冯玉祥的突然倒戈，吴佩孚未必没有获胜的可能。如此，直系或能统一中国，中国近代史的后半部则可能因此而要重写。