中共对国民党一届二中全会耿耿于怀。相隔一个多月以后，中共中央还专门召开会议，就鲍罗廷和瞿秋白在国民党二中全会上所犯的“错误”做出决议。决议认为，由于鲍罗廷中了孙中山的圈套而导致中共“遭到两大失败”：一是“我们落到被告席上而未占有反右斗士的地位”，结果，“中派得以不声不响地回避对右派镇压措施的问题，很顺利地对我们发起攻势”；二是会议通过成立国际联络委员会，等于共产国际和中共承认国民党有权调查共产党的活动。中共对此深感屈辱。
中共中央对孙中山的派系属性又重新作了认定，不仅认为国民党中除了中共党员之外无左派，而且断言孙中山等中派“也未必能认为是中派”，因为他们的主要观点和行动，如试图利用反动军阀来进行战争，回避捍卫工农利益等，与右派的活动完全一致；“他们始终同右派实行妥协来镇压左派（共产党人）”。中共中央认为，不仅国民党中的许多右派分子是反动的，而且不少中派分子也很难走上革命道路，而鲍罗廷过高地估计了国民党中派的作用并同它达成了妥协，并错误地支持国民党的军事行动。
在方针政策上，中共中央对孙中山和国民党的一些做法仍时有批评和不同意见，认为孙中山的主要精力仍放在军事行动上，一切还是以武力推翻北京政府为目标，而在中共看来，革命应以宣传和组织群众为重心，反对孙中山进行北伐去援助张作霖和卢永祥。
中共中央对黄埔军校也甚表不满，认为“这个军校与其他任何一个军阀的军校没有什么区别”，声称右派军官千方百计阻挠政治工作，政委廖仲恺没有把工作开展起来，无政府主义者在学校甚为活跃。
当中共在报刊上公开批评国民党时，国民党人十分反感。《广州民国日报》指责《向导》周报率意批评国民党。国民党中央亦为此公开警告过《向导》。
孙中山在二中全会闭幕式上公开斥责了反对“容共”政策的国民党员，但他在私下场合的言谈中，对中共党员亦颇表不满。据谭平山报告：“孙博士同我们的韩麟符同志谈话时公开讲，中国共产党人在共产国际面前破坏国民党的威信，说什么国民党是一个不好的党。博士说，列宁本来是想要他当共产党的创始人的，因为陈独秀在民众中没有多大的影响，而他过去和现在都有很大影响。可是，中国共产党人破坏了国民党的威信，结果陈独秀成了共产党的创始人……博士曾对国民党人说，中国的共产党完全不值一提，都是些在政治上没有修养的年轻人，不值得重视，让他们去闯，不要管他们。国民党人，包括博士本人，都看不起共产党，根本不想同共产党一道工作。”
一届二中全会后，国民党内怀疑和反对“容共”政策的势力并未收敛。上海既是中共中央所在地和共产党人的活动中心，也是国民党内反对“容共”的势力比较集中的地方。两党党员在上海的冲突亦较其他地区激烈。国民党上海执行部原本掌控在拥护改组、赞同“容共”的胡汉民、汪精卫等人之手，后因胡、汪相继赴粤，乃由另一位国民党中委、上海《民国日报》总编辑叶楚伧出掌全责。1924年8月1日，上海部分反共党员周颂西、喻育之、曾贯五等集会讨论处置共产分子问题，引发两党党员之间一场恶性斗殴。越日，喻育之等又赴上海执行部，痛殴跨党党员邵力子，双方激成剑拔弩张之势。上海执行部组织秘书毛泽东、宣传秘书恽代英等共产党人联名上书孙中山，要求严惩打人凶手，并指控叶楚伧“主持不力，迹近纵容”。
两个多月后，上海反对“容共”的国民党人与跨党的共产党人之间因对当时正在进行的江浙战争态度不合，再度发生激烈冲突。冲突中，上海大学社会系学生、社会主义青年团团员黄仁被推下讲台摔伤致死。此事引发中共方面的激烈反应，除了通电和报刊言论痛加谴责外，国民党上海执行部在瞿秋白、毛泽东等委员的坚持下，通过了惩凶、抚恤等决议，宣布开除打人者童理璋、喻育之两人的党籍，并发表宣言，宣布参与和指使凶殴的国民党员为“国民之公敌”，指称其行为“为帝国主义及军阀奸细卖国卖民之反革命行动”。上海执行部宣言发表的次日，叶楚伧遭到张继等人的激烈指责。面对来自两方面的压力，叶楚伧递交辞呈，请求辞去上海《民国日报》总编辑职务，拒绝继续负责上海执行部的工作。叶楚伧辞职后，中共中央想趁机将上海执行部和上海《民国日报》更大程度地掌握在手。
中共内部不少人感到很难同国民党继续合作下去。谭平山声称，只要共产党员仍然和国民党捆在一起，共产党就一事无成。他举例说：国民党的工人部长参与镇压工人罢工，农民部长在工作时大抽其鸦片，令在工人部和农民部的中共党员无法开展工作；在黄埔军校，虽然有不少共产党人在里面担任职务，但都没有巩固的阵地，领导权完全掌握在国民党人手中；为了反抗商团叛乱，工人纠察队和农民自卫军希望能够领到武器，但孙中山就是不愿给。谭平山认为：“在不久的将来，我们很难同国民党再继续合作下去。我要说，我们最终只有两条路：要么消灭反革命的右派，根据国民党的纪律把他们开除出去，要么建立一个新的国民革命党。”
中共中央在给谭平山等人的指示信中，态度十分明朗地说：共产党员无论如何不得同国民党中派一道去镇压罢工和压迫工人；当国民党中派领导人执意反对工农的时候，共产党员可以退出工人部和农民部，同工人农民一道进行反对中派的斗争。但鲍罗廷对此表示反对。鲍罗廷认为：只要退出一个部，那就意味着退出国民党，而退出国民党，意味着共产党已经取得的大量阵地都会白白丧失掉。中共中央十分不满鲍罗廷对孙中山的妥协让步。中共中央要求莫斯科停止在军事方面为国民党提供任何形式的援助，从而迫使孙中山和国民党真正左转，改变其只注重军事和与军阀结盟的错误方针。
为了抵制鲍罗廷的“错误路线”，中共中央于1924年9月下旬专门派高尚德前往广州坐镇，以便贯彻中共中央的有关决定。但因广州商团与国民党政府的冲突加剧，后者甚至面临被商团武装推翻的严重局面。在这种情况下，共产党人不得不站在国民党一边，同仇敌忾，要不要退出国民党的问题，自然退居其次了。10月初，首批苏俄武器运抵黄埔。孙中山任命蒋介石为总司令，并发放武器武装工人和农民。在国民党领导的正规军和共产党领导的工人纠察队的配合下，商团事件一举平定。商团事件大概是孙中山逝世前国共两党最值得提及的一次合作了。孙中山对此相当满意。
冯玉祥在北京发动兵变，推翻直系曹锟政权后，电邀孙中山北上主持国家大计。中共中央反对孙中山北上，认为北京政变不过是美国把吴佩孚撤掉，代之以冯玉祥，实质上没有发生什么变化，人民不会因此受益，国家的解放事业也不会有丝毫进步。加拉罕和鲍罗廷则持不同意见，认为北京政变给国民党提供了一个登上国民革命大舞台并成为具有全国性影响的大政党的极好机会。孙中山接受了鲍罗廷等人的意见。当孙中山启程北上后，中共中央觉得再坚持自己的看法已毫无意义，只好转而配合孙中山北上，进行国民会议的宣传鼓动工作。
此时，国共党员之间的纠纷仍在潜滋暗长。中共内部，出现一股要同国民党决裂的潮流。1925年1月中共四大通过的决议，更加充满革命性和战斗性，如进一步强调无产阶级的地位和作用，强调中国革命与世界革命的密切联系，强调无产阶级政党参加民族运动时保持独立地位与阶级斗争目标的极端必要性，甚至提出了要争取无产阶级在国民革命中的领导地位的主张。中共中央在检讨一年来党所犯的各种“错误”之后，决定采取新的方针：（1）反对国民党内部的阶级调和倾向，努力保存阶级斗争的成分；（2）承认国民党是中国民族运动中的一个重要工具，然亦仅仅是一个重要工具；（3）扩大国民党左派的力量，推动中派左倾；（4）凡是国民党政权所及之地，中共应即公开活动；对于国民党政治上的妥协政策，尤其是不利于工人、农民的行动，中共必须号召工人、农民起来反抗；今后中共的党员以及在中共指导之下的产业工人，必须有工作上的需要才加入国民党。
国民党内冯自由等一批反对“容共”的老党员仍在积极活动。孙中山虽然宣布将冯自由开除出党，但国民党中央执行委员会实际并未执行。冯自由离开广东转赴上海，与田桐、章太炎等一批老同盟会员联络，很快聚集一批同情者。1924年12月，冯自由、田桐、章太炎、居正、马君武、茅祖权、刘成禺、焦子静等在上海以“护党救国”为名，决定“重行集合”。在天津的江伟藩等人起而响应，公开声称要驱逐国民党内的共产分子。北京亦有部分国民党员组成“各省区国民党护党同志驻京办事处”，号称有成员400余人。
1925年1月7日，冯自由等发起成立“国民党海内外同志卫党同盟会”，宣称其行动目标是开除国民党内的共产党员，不信任汪精卫等包办国民党党务。次日，该会与“各省区国民党护党同志驻京办事处”共同集会，并议定联合行动方针，双方决定，暂不直接提出根本否定“容共”政策和驱逐共产派的要求，由两会各自依据“护党”目的，分别公开发表文电，争取全党同情，以确保党权不落入共产党人之手。
3月8日，冯自由等在北京大学集会，宣布成立“中国国民党同志俱乐部”。其章程规定，俱乐部以孙中山先生为总理，由全国代表大会选举60人为总理事，组织总部理事会，辅助总理执行总部一切事务，凡前同盟会会员、民国元年国民党党员、民国3年中华革命党党员以及民国9年中国国民党党员，均可加入。这意味着将1924年改组后新加入的党员排除在外。据该俱乐部1个月后公布的消息，其推举出理事59人。从其章程看，“中国国民党同志俱乐部”实际上是在国民党之外另立新党，至少是另立党中央。鲍罗廷当时就指出：俱乐部实际上是一个新党，其章程同党章没有什么不同，差别只在于其成员资格限定为四类党员。鲍罗廷将这四类党员称之为国民党的“老近卫军”。
冯自由等人的分裂行动，在国民党内引起强烈反响，既有公开声明表示同情和支持者，如章太炎、唐绍仪等在上海宣布组织“辛亥同志俱乐部”，“各省区国民党护党同志驻京办事处”宣布改组为“中国国民党各省驻京护党委员联合会”；也有一批被列名为“中国国民党同志俱乐部”理事的老党员登报声明与俱乐部无关，包括张继、田桐、柏文蔚、焦易堂、王用宾、孙科、熊克武、谭延、程潜、范石生、邓泽如、吴铁城、伍朝枢等。张继的表现尤为激烈。当俱乐部召开成立大会之日，他亲至会场，“拍案大骂，直斥冯等叛党无耻，丧失人格”。3月12日孙中山逝世后，他甚至对自己当初反对“容共”的做法有所反省。他说：“先生在世时，我虽曾主张与共产派分家，但是如今先生刚去世，我可不忍这样主张了。回想先生生前的主意有时与我们的主意不相同，固亦偶然有他错我们对了的时候，但大半是他对我们错。他主张新弟兄们来合伙，而我们不愿意，或许是他对我们错了，亦未可定，现在决定和新弟兄们分家，我可很是怀疑。”
作为国民党的创始人和党魁，孙中山自始至终强调党员对他的绝对服从。他告诫那些怀疑“容共”政策的国民党员说：“本总理受之在前，党人即不应议之于后。”对于共产党员跨党，尽管有很多国民党人提出质疑和控告，但孙中山一直坚持不动摇。在其领袖魅力和强势威权震慑下，国共两党之间的矛盾和冲突受到相当的抑制和约束。也因为此，孙中山一旦撒手人寰，高居两党之上的制约力量顿时不复存在，两党关系势将陷入日趋紧张的境地。
国共合作一年多来，中共党员数量虽没有显著增加，但中共的组织能量无疑大为膨胀。1925年4月，斯大林在和维经斯基的一次谈话中还对中国共产党人“寄人篱下”表示忧虑。他担心共产党人已溶化在国民党中，丧失自己独立的组织，受到国民党的“虐待”。当他从维经斯基那里获知共产党不仅有自己的组织，而且比国民党更团结，共产党人在国民党内享有批评权，国民党的工作在很大程度上是由共产党人做的等等情况时，甚感惊讶。亦因为此，在孙中山去世后，鲍罗廷对国民革命的形势作了一个充满乐观的估计。他说，国民党左、右派的分裂是不可避免的，早就应该将国民党右派开除出党，只因孙中山持有不同看法，孙在世时将右派开除出党是不合适的。孙去世后，国民党右派率先挑起分裂，成立了自己的俱乐部，这种分裂将对我们有利。鲍罗廷分析说，国民党在农民和工人中开展的全部工作都是在中共领导下进行的，学生的反帝运动和军队中的政治工作，也主要是在中共领导下进行的，“可以大胆地说，国民革命运动整个战线的实际工作，无论现在还是将来都会掌握在左派手中”。鲍罗廷提出，中共的首要任务是要“把国民党的一切地方组织都掌握在我们手中”。
维经斯基同意鲍罗廷对中共力量的乐观判断，但认为鲍罗廷对国民党右派的力量估计不足。在他看来，右派正在聚集自己的力量，同中共的斗争将更坚决。尽管两人对形势的判断有异，但做出的决策则基本相同。维经斯基主张“共产党人应该打着国民党左派的旗帜站在运动的最前列”。
中共中央在孙中山逝世后亦决定采取积极发展的路线，提出要大力征求党员，扩充左派，准备在国民党二大上和右派决一雌雄。这意味着，孙中山逝世后，国共两党间的矛盾和对立，势将进一步释放和激化。