“西山会议派”另立中央的活动，造成了国民党改组以来的第一次正式分裂。此前冯自由等人在北京成立的“中国国民党同志俱乐部”虽也宣布暂时“代行”国民党中央执行委员会的职权，但其影响毕竟有限。中共中央担心，“西山会议派”的活动，有可能导致广州政府垮台，鉴于事态的严重，必须急起商讨挽救方策。据中共中央分析，“西山会议派”成员并不全是“右派”，其中也有一些“中派”人物，应该采取措施，争取他们，以分化瓦解“西山会议派”。
“西山会议派”内部确实存有意见分歧。邹鲁、谢持、林森、石瑛、覃振等人与邵元冲、叶楚伧、戴季陶、孙科等人，在处理汪精卫与共产党的问题上存有不同看法。后者的态度较为温和，他们不希望与广州中央决裂。上海“中央”宣布成立之次日，戴季陶即欲在报上公开发表与“西山会议派”脱离政治、党务关系之宣言，被邵元冲制止。邵元冲、叶楚伧、孙科等人对西山派内“有力分子之各挟私意，无团结奋斗精神，为之慨然不已”，申言“若照此大家不肯负责，则此后国民党必失败”。
此时，加拉罕派维经斯基赴沪，与孙科、邵元冲、叶楚伧等接触，并安排孙、邵、叶三人与陈独秀、瞿秋白、张国焘会晤。孙、邵、叶表示仍承认孙中山的联俄容共政策，只要广东方面有所让步，他们愿去广东参加国民党二大。中共方面视孙、邵、叶为“西山会议派”内的“中派”代表，答应中共不包办国民党事务，不排斥国民党忠实党员，暂停对“西山会议派”的攻击，并允致电广州方面请求暂缓召开二大。广州中央于1926年1月4日举行了二大开幕典礼。会议开幕不久，孙科即离沪返粤，转投广州中央。孙科的离开，对“西山会议派”打击不小。
鲍罗廷在广州获悉中共中央在上海争取国民党“中派”及与孙科等人会谈的情况后，甚为反感。他质问刚由上海赴粤的张国焘：“为什么广东方面将那些阴谋破坏革命的国民党右派分子驱逐出去了，现在却又要将他们请回来？”鲍氏对广东的局面表示乐观，认为国民党“左派”与中共仍应向“右派”势力进攻，此时决不能退让。他指斥中共中央“团结左派，联络中派，打击右派”的政策是死板的公式，讥讽陈独秀等人与孙、邵、叶达成的协议是错误的安抚政策。鲍氏还号召中共广东区委反对中共中央的做法。
广州二大对“西山会议派”进行了惩戒。多数代表同意宽大处理，结果只对谢持、邹鲁予以永远开除党籍的严厉处分。其他人如居正、石青阳、石瑛、覃振、傅汝霖、沈定一、茅祖权、邵元冲、叶楚伧、林森、张继、张知本等12人仅书面警告。
值得注意是，大会对戴季陶仅予以“恳切之训令，促其反省，不可再误”之处分。他虽然没有出席西山会议，但自始参与了会议筹备，且此前所撰之《国民革命与中国国民党》一书受到中共的猛烈批判，被中共冠以“新右派”头衔。令人讶异的是，大会竟以196票选举戴季陶为新一届中委。在36位新当选的中央执行委员中，戴得票数居第20位。依其所获票数推测，戴氏很可能还获得了部分共产党代表的选票支持。此外，受中共策动，大会开幕后才由沪赴粤的孙科也以142票当选为中执委；参加过西山会议预备会议的吴稚晖当选为中监委，与“西山会议派”过从甚密的吴铁城也当选为候补中执委。这些人事安排是广州方面有意分化“西山会议派”的举措。据张国焘回忆：大会前夕，他将中共中央与孙、邵、叶的会谈经过及中共中央的意向，向汪精卫作了说明。但汪精卫在预拟二届中委名单时，没有尊重中共中央争取“中派”的意见，未将叶楚伧、邵元冲等“中派”列入；相反，增加了中共党员数人。张国焘向汪精卫表示，这不符合中共中央不愿多占国民党中委名额的原旨。
广州国民党二大选举产生新一届国民党中委80人，其中中央执行委员36名：汪精卫、谭延、胡汉民、蒋介石、谭平山、宋庆龄、陈公博、恩克巴图、于右任、程潜、朱培德、徐谦、顾孟余、经亨颐、宋子文、柏文蔚、何香凝、伍朝枢、丁惟汾、戴季陶、李济深、林祖涵、李大钊、于树德、甘乃光、吴玉章、陈友仁、李烈钧、王法勤、杨匏安、恽代英、彭泽民、朱季恂、刘守中、萧佛成、孙科。
候补中央执行委员24名：白云梯、毛泽东、许甦魂、周启刚、夏曦、邓演达、韩麟符、路友于、黄实、董用威、屈武、邓颖超、王乐平、陈嘉佑、陈其瑗、朱霁青、丁超五、何应钦、陈树人、褚民谊、缪斌、吴铁城、詹大悲、陈肇英。
中央监察委员12名：吴稚晖、张静江、蔡元培、古应芬、王宠惠、李石曾、柳亚子、邵力子、高语罕、陈果夫、陈璧君、邓泽如。
候补中央监察委员8名：黄绍竑、李宗仁、江浩、郭春涛、李福林、潘云超、邓懋修、谢晋。
上列名单中，共产党员有15人，分别是：中执委7人（谭平山、林祖涵、李大钊、于树德、吴玉章、杨匏安、恽代英），候补中执委6人（毛泽东、许甦魂、夏曦、韩麟符、董用威、邓颖超），中监委1人（高语罕），候补中监委1人（江浩）。
中共党人在这次会议上甚为活跃。包括与会代表选举与资格审查，各类决议的起草，大会报告的发表，以至新一届中委的选举等，中共党人均担当了重要角色。如在有关政治、军事、财政及北方政治情况的4项主要报告中，共产党员于树德担任了其中1项报告；在有关国民党中央组织工作的7项报告中，有4项的报告人为共产党员；在14个省市党部的党务报告中，有6项的报告人是共产党员；即使12个海外党务的报告中，共产党员也占了其中3个；在闭幕式上有9人演讲，其中5人是共产党员。吴玉章担任大会秘书长，更发挥了举足轻重的作用。228名与会代表中，中共党员约占1/3或1/4.他们通过“党团”统一行动，其能量超过其实际人数比例。
广州国民党二大闭幕后随即召开中央全会，选举中央常务委员及中央各部部长人选。常务委员9人：汪精卫、谭延闿、谭平山、蒋介石、林祖涵、胡汉民、陈公博、甘乃光、杨匏安。各部人选为：组织部长谭平山，秘书杨匏安；宣传部长汪精卫，秘书沈雁冰；工人部长胡汉民，秘书冯菊坡；农民部长林祖涵，秘书罗绮园；商民部长宋子文（秘书未定）；青年部长甘乃光，秘书黄日葵；妇女部长宋庆龄，秘书邓颖超；海外部长彭泽民，秘书许甦魂。就部长名单分析，除谭平山、林祖涵两人为共产党员外，汪精卫的宣传部长一职随后推荐毛泽东代理。其他各部，胡汉民游俄未归，宋庆龄不愿就职，宋子文亦不愿多负责任，甘乃光和彭泽民为“左派”，实际部务工作多由相当于副部长的秘书主持，而秘书为清一色的共产党员。中共在国民党中央的影响达到了鼎盛。
在国民党历史上，广州二大可能是历次全国代表大会中最为激进的一次。作为广州中央的领袖人物，此时汪精卫的左倾化程度也达到了顶峰。作为政治委员会顾问的鲍罗廷则是整个大会的幕后指挥。张国焘回忆说：汪精卫“一切事多与鲍罗廷商谈”。“大会举行前夕，莫斯科来了一个很长的电报，鲍罗廷将它翻译出来，乃是一篇反对帝国主义的大理论。正当我和鲍罗廷阅读这篇电文时，汪精卫来了。鲍罗廷不加解释，将电文交给他；他也没有等读完全文，就说内容很好，可作大会宣言的资料。后来，这篇文章果然成为这次大会宣言的第一段。汪精卫走后，鲍罗廷很得意的向我夸耀，说一切事情经他安排，都能不费唇舌的顺利解决”。鲍罗廷对自己的政治手腕颇为自赏，“他认为广州局势能由他调排，一切自有办法”。广州二大通过的宣言和决议案明显受到了苏俄和中共意识形态的影响，甚至从语言和修辞都可看出其影响的痕迹。
广州二大召开之后相隔两个多月，“西山会议派”也在上海召开了一次国民党“二大”（1926年3月29日至4月10日），另行产生出一个“中央执行委员会”。
上海“二届中委”总计76人，其中中执委25人：林森、邹鲁、覃振、张继、谢持、胡汉民、邵元冲、李烈钧、沈定一、居正、傅汝霖、许崇智、黄复生、石瑛、张知本、桂崇基、田桐、何世桢、张星舟（厉生）、刘积学、茅祖权、管鹏、黄季陆、焦易堂、孙镜亚。
候补中执委39人：陈箇民、张平江、孙镜、宋镇仑、李翊东、黄英、张近芬、李次宋、高岳生、李宗邺、李东园、蒋希曾、胡文灿、宋垣忠、袁世斌、沈肃文、张善与、刘恺钟、龚村榕、刘绛英、习文德、刘景新、毛仲衡、刘求南、翁吉云、纪人庆、陈兆彬、邓宝珊、萧异、王光辉、邓献征、陈敬修、朱霁青、梁楚三、王鸿一、姜次烈、马彬、李征植、黄振家。
中监委7人：李敬斋、石青阳、马叙伦、陈去病、于洪起、谢英伯、樊钟秀。
候补中监委5人：张秋白、郑毓秀、黄斗寅、沈素生、丁骞。
对比上海与广州“二届中委”名单，发现有两人被对立的双方同时推举，一是胡汉民被双方推选为中执委，一是朱霁青被双方推选为候补中执委。胡汉民因涉嫌廖仲恺案于4个月前被汪精卫“放逐”苏俄。据张国焘回忆，胡汉民在广州二大竟以最多票数当选为中执委，选票统计出来后，汪精卫让大会秘书长吴玉章将胡汉民的票数减少1张，使之与汪精卫、谭延闿、蒋介石相同，并将其列于当选名单的第3位。张国焘认为：“这事令人啼笑皆非：胡氏的当选固由于事先的安排，但他得到最多的票数，至少足以证明代表中并无坚决反胡的人。”胡氏全数当选，意味着中共代表也都投了他的票。不仅如此，胡氏还当选为中央常务委员会委员、政治委员会委员兼工人部长。两个多月后，上海“二大”也选举胡为中执委。大权旁落、远在苏俄的胡汉民反而成为“左右逢源”的人物。
与广州二大浓烈的左倾气氛相比，上海“二大”则是另一番景象。张继在大会开幕词中强调：“中国国民党的主张是全国人民起来救中华民国的。换言之，是国民革命，而非阶级战斗；中国革命是国民建国问题，并非与世界各国宣战，除得各弱小民族赞助外，亦须得非侵略主义的各民族的同情。换言之，是中华民国建国运动，并非世界革命，亦非国际革命。”
4月13日，上海“中央”举行第一次中央委员全体会议，推举谢持、邹鲁、沈定一三人为常务委员，并决定中央各部部长人选：组织部长居正，宣传部长桂崇基，工人部长黄季陆，青年部长张星舟（厉生），商人部长陈箇民，农民部长管鹏，妇女部长黄复生，海外部长林森。
“西山会议派”一开始即由于不足法定人数而深受党统合法性的困扰。上海“二大”又因比广州二大晚开而居于下风。既无军队，又无地盘，也无财源，由一群失意文人政客集结而成的上海“中央”显然无法与广州中央相抗衡，甚至连维持日常机构运转的党务经费都难以筹措。在“西山会议派”内部又缺少一位“登高一呼，应者云集”的领军人物，其组成分子又十分复杂，参加者猎取权位之心重于对主义的信仰，有些人只是以反共、分共作幌子，希望谋取相当职位。上海“中央”的候补中执委多达39人，明显带有笼络与分赃的意味。
除了机构齐全的“中央党部”外，“西山会议派”也建立了自己的地方党务组织系统，其基础主要是各地的国民党右翼团体孙文主义学会。孙文主义学会在广州、成都、重庆、厦门、南京、上海、西安、北京、武汉以及九江、芜湖、常德等地均有组织，另外在浙江、湖南、湖北设有省级组织。上海“中央”成立后，很多地区的孙文主义学会都与西山派各省市党部合并。西山派在河北、四川、湖北、湖南、江西、浙江、安徽、江苏、上海、北京等地建立了省市党部或临时省市党部，有的地方的组织力量甚至一度超过广州中央下属的系统。如在安徽，“西山会议派”于1926年2月22日成立临时省党部后，很快在20个县市成立地方党组织，拥有党员13300人，而同期广州中央所属的安徽省党部只有党员3223人。不过，多数西山派地方组织因经费困难和地方军阀的镇压，活动大受限制。上海“中央”党部自身经费维持尚成问题，自然无法接济地方党部。到1926年底，西山派的上海市党部已是人心涣散，党员甚少出席会议。上海“中央执行委员会”全体会议自1926年7月举行后未再开会。导致西山派地方组织没落的主要原因是广州政府的北伐。北伐的迅速推进，使广州国民党中央的法理地位更加稳固。西山派“中央”的号召力日趋低落，活动空间日趋狭隘，基层党组织亦随之溃散，部分党员转而投向广州国民党主流派。