“中山舰事件”无论对于国民党左派、中共还是对于苏俄驻华代表来说，都是完全出乎预料的。就事件成因而言，主要是极端多疑的蒋介石基于其个人猜忌，误断为有一个汪精卫、季山嘉与中共联手的倒蒋阴谋，而临时采取的一次紧急军事应变行动，很难说是一次有计划、有预谋的反共政变。事变前夕，蒋在日记中尽管对季山嘉的专横擅权深为怀恨，但亦认为季的行为“决非其当局者之意”，与苏俄和共产国际无关。事变之后蒋对苏俄使馆参赞解释其行为系“对人问题”而非“对俄问题”。蒋之拘禁第2师中的共产党人，乃因卫戍广州的第2师原为王懋功所部，蒋怀疑该师与汪、季阴谋有关，蒋并未拘禁第2师以外的共产党人。至于对省港罢工委员会的行动，除了对其工人纠察队武装有所防备外，还因为对中山舰的占领，需要在罢工委员会门前一带实行戒严。
对于蒋介石诉诸武力的过激举动，汪精卫愤激无比，直指蒋的行为是“造反”，是“反革命”，一度有调动军队予以反击的念头。当时在广州的国民党党政军头面人物也几乎一致对蒋介石的举动表示不满。当时国民革命军的6个军中，客籍的第2军（军长谭延闿）、第3军（军长朱培德）和第6军（军长程潜）本来就对不能获得与蒋介石第1军平等的待遇而有些忿忿。实力较雄厚的第4军（军长李济深）原系粤军系统一脉相传下来的，对第1军早就怀有“浙江人、外江佬排挤广东人”的反感情绪。中共广东区委负责人陈延年以及毛泽东、恽代英、周恩来等人均建议苏俄顾问对蒋采取强硬态度，削夺其兵权，开除其党籍。但他们觉得国民党中没有足以担当反蒋重任的实力人物，中共自身又没有军事武力可以与蒋抗衡，只能徒叹奈何。
当蒋介石意识到“倒蒋阴谋”其实是自己多疑、多虑，而自己的反应又过当、过激之后，转而产生了另一重心理负担和精神包袱，深恐自己的行动会造成不可预知的结果，以至于当何香凝事后去见他，并质问他时，蒋“竟像小孩子般伏在写字台上哭了”。邓演达见蒋“神色沮丧”，甚至担心他会自杀。
蒋介石最担心的是苏俄方面的反应。除季山嘉外，以联共中央委员、红军总政治部主任布勃诺夫为团长的苏俄考察团此时也正在广州。事变当日，季山嘉派助手、军事顾问团副团长鄂利金去见蒋，对蒋“稍加责言”，蒋则“百方道歉”。但蒋介石随即发现，苏俄顾问团不仅没有对他兴师问罪，反而撤去了军事顾问团团长季山嘉、副团长鄂利金及顾问罗加乔夫的职务。蒋深感意外之余，亦如释重负。
因苏俄顾问团妥协、退让局面已成，汪精卫也无可奈何。怀着对蒋介石的愤慨，对苏俄代表的失望，汪精卫先是隐匿，继而出走。原本对蒋介石发动事变表示不满的谭延闿、李济深等人，又转而附和蒋介石。蒋见局势转变得如此之快，内心不禁生发出几分傲慢和轻蔑。他在日记中写道：“事前反对此举者，事后奉余言为金科玉律，人心之变化，奈如此其速耶！”通过王懋功和中山舰两次事件，蒋深感以铁腕对付政敌，和凭实力实现政治目的之便捷和有效。
据苏俄顾问团团长布勃诺夫的报告，他对蒋介石妥协、退让，是有自己的权衡和考量的。在他看来，中山舰事件的发生，是苏俄顾问在军事和政治领导方面的严重错误引起的。错误主要表现在苏俄顾问的过度越权和对中国将领们的过分监督。他说：“中国将军们脖子上戴着五个套，这就是参谋部、军需部、政治部、党代表和顾问。”鉴于当时国民党左派、中共与蒋介石的力量对比，布勃诺夫使团决定，对蒋介石作出让步以赢得时间。在布勃诺夫等人看来，共产党人还没有能力承担直接领导国民革命的任务。中山舰事件之后第4天，布勃诺夫使团离开广州，季山嘉亦随同回国。接替季山嘉职务的是斯切潘诺夫，蒋介石称之为“史顾问”。史顾问对蒋介石的思想和性格进行了分析，认为“蒋氏具有革命思想，远在其他军阀之上”，同时又认为蒋氏“喜尊荣，好权力，幻想为中国英雄”。鉴此，他决定“利用蒋介石”，具体策略是，迎合和满足蒋介石的权力欲望，协助其取得更大的权力和实力，同时使蒋摆脱右派的影响，成为左派。4月16日，在国民党中央党部与国民政府联席会议上，蒋介石被选为军事委员会主席。
上海的中共中央最初对中山舰事件不知所措，希望得到莫斯科方面的指示。3月底，布勃诺夫使团归国途中经过上海。中共中央才从布勃诺夫处得知事件的详情，自然也接受了后者对事件的处理方针。陈独秀于是公开发表文章，实际上是代表中共中央表态：“蒋介石是中国民族运动中的一块柱石”，共产党人决不**谋去推翻他。中共中央还决定，维持汪蒋合作的局面，继续对蒋采取友好的态度，并派张国焘赴广州传达和执行这一政策，纠正广东区委的一些拖延未决的左倾错误。张国焘离开上海之后不久，中共中央于4月中旬收到陈延年的报告，又决定改变妥协退让政策，采取团结国民党左派，孤立、对抗和打击蒋介石的新方针，为此，决定在广州成立特别委员会，由彭述之、张国焘、谭平山、陈延年、周恩来、张太雷组成，以彭述之为书记。4月末，彭述之受命前往广州，传达中共中央的新政策。未料，中共中央的这一新政策，遭到刚刚回到广州的鲍罗廷的强烈反对。鲍罗廷于1926年2月“奉召回国述职”，中途获悉中山舰事件的消息后，取消返国计划，经库伦转道海参崴，在那里与从莫斯科回来的胡汉民会合，于4月29日一起回到广州。
蒋介石最初对汪精卫的隐匿不出，颇为不悦，认定那正是汪心虚的表现。为了不给人留下自己有意排汪的印象，蒋宣称自己也要“休养”，以示与汪同进退。但当苏俄顾问和中共方面提出希望汪、蒋合作时，蒋又怀疑汪别有用心，是想以退为进，甚至断定汪“有急急出来之意”。于是，蒋毫不客气地致信汪，劝汪在3个月之内不必想出来，并有意直陈平日对汪怀疑各点，指责汪助纣为虐，使汪难堪，达到阻汪复出的目的。
当中共感到中山舰事件所造成的紧张局势渐渐缓和下来的时候，蒋介石对中共的新策略实际上正在酝酿之中。事变之初，蒋还一再解释：虽然李之龙自称是共产党员，但即使他真正有罪，也只是他一个人的问题，不能牵涉到团体的身上。但当季山嘉被撤职回国，汪精卫负气不出之后，开始独揽大权的蒋介石将目标迅速转移到如何彻底解决国共两党的纠纷问题上。4月3日，蒋提出一个长达3000余字的建议书，要求国民党中央迅即“整军、肃党，准期北伐”。建议书中，蒋用了近一半的篇幅论述要如何处理与共产党的关系。蒋表示：“二年以来，本党联合苏俄，容纳共产党，对于革命势力之增厚，革命方法之进步，唤起民众及对抗帝国主义之影响，实非浅鲜。由此观之，应认共产党为革命势力之一种。苏俄有补助中国国民革命之进行。以本党立于中国国民革命之领导地位，对于此二种势力，实有联合团结之必要。”但鉴于两党党员之间裂痕日深，蒋建议迅即召开中央全会，对共产党员在国民党内的活动加以如下限制：
其一，加入本党的共产党员，必须遵守本党纪律，实行三民主义的工作，不许诬蔑总理人格，有意抹煞总理之历史；对于三民主义，尤不准有批评与怀疑之态度及行动。
其二，共产党在国民党内一切秘密团体及一切秘密行动，完全取消；共产党对其党员一切之训令及其策略，应通知国民党最高干部；在国民党之共产党员，其名册应通知国民党最高干部；本党之内不许组织其他小团体，须事事公开，不得有秘密行动，如有运动本党党员加入共产党者，一经检举，则处以严律。
其三，国民党与共产党应设联席会议，处置两党之间的一切困难问题与重要问题；共产党之应秘密之件，可提出于联席会议，本党有代守秘密之义务。
其四，凡跨党党员，不宜任党代表之职，且须限入党在若干年月以上者，方有任党代表之资格；我军既以三民主义为主义，惟有以信仰三民主义者为干部，而共产主义及无政府主义分子，应暂时退出，以求各军精神之团结，而谋革命之成功。
其五，共产党员在中央执行委员会内之人数，不得超过三分之一，除指明委员为共产党员外，如有跨党不报之委员，应另定条例，处以严刑；中央党部组织、宣传两部部长，其入党年限，须在5年以上。
未等国民党二届二中全会召开，蒋介石已先令其第1军中的共产党员退出。4月10日蒋介石在日记中写道：自共产党员退出军队后，心甚痛苦，“团体分裂，操戈同室，损失莫大，两年来心血，尽于此矣！以后政治究应取何方针，方能使革命成功也。”这应该说是蒋介石此时矛盾心态的真实表达。他非常清楚两年来共产党人对其军校、“党军”的建立和发展所作出的重大贡献，但他又深感共产党人在国民党内快到了喧宾夺主的程度，如不加以限制，局面将无法收拾。4月21日蒋在“宴退第一军党代表及CP官长”时坦言：“共产分子在第一军内虽然是不多，但是这些分子，一个可以当十个用的，并且是有团结的，可以随时制服其他一切的。”这既是赞赏，更是担心。蒋十分清楚，虽然汪精卫与季山嘉等人的“阴谋”威胁其个人权位，但若从党的立场而言，共产党的潜在威胁更大。广州二大之后，共产党人几乎操纵了国民党中央党部的运作，若不对共产党人在国民党内的活动加以约束，国民党的权力有可能被颠覆。
另一方面，国共两党党员之间日趋激化的冲突和纷争，也到了不能不加以抑制的地步。他说：“近日第一军因本党党员与共产党员之裂痕，日深一日，几如水火之不能相容，如不从速解决，则北伐必无胜算之理。”为了平息纷争，蒋介石下令将青年军人联合会与孙文主义学会同时解散，但解散之后，两派之间的争斗并未止歇。5月1日蒋介石日记云：为纪念劳动节，广州共产派与右派工人互相仇视，其势汹汹，蒋向双方发出警告，并派军队戒备，方得无事。5月7日，广州各界举行国耻纪念大会，蒋介石亲临大会发表演讲之际，青年军人联合会与孙文主义学会会员在会场外发生斗殴，孙文主义学会的潘佑强、杨引之等人被打成重伤。鉴此，蒋介石感到国共关系的调整已刻不容缓。他对前来商谈两党关系的周恩来和苏俄顾问坦言：“今日之处境，极感左右为难。”
蒋介石之“左右为难”，也包括对国民党右派而言。中山舰事件发生后，“西山会议派”在上海召开“第二次全国代表大会”。与会代表针对如何因应广州政局的变化，进行了热烈的讨论。他们对汪精卫的被逐和共产党之受抑制狂喜不已，认为蒋介石已与他们志同道合。谢持提议致电蒋介石予以训勉，沈定一提议将全会移往广州续开，邹鲁更建议在致蒋介石电文中，要求蒋氏及国民政府一律听从上海“中央”的命令。经过数日的讨论，大会最后决定：（1）以大会及个人名义分别致电蒋介石予以训勉；（2）将全会移往广州继续举行；（3）推派代表赴粤商洽。蒋介石闻悉后，于4月3日发表通电，声明中山舰事件，全系个人局部问题，指责“西山会议派”煽惑挑拨，陷害党国，摧残革命，是帝国主义的工具。4月5日，蒋介石接到谢持等人来电，获知他们欲来广州开会，“恨其思利用机会以捣乱”，置之不理。同日，宋子文前来告密：右派拟开广州市党部大会，并举行示威运动。蒋急函吴铁城制止之。4月8日，蒋对中央军校官生发表演说，再次申言上海“二大”是一种非法行动，西山派是本党的罪人和仇敌，号召群起而攻之。4月10日，又以国民政府的名义发出通缉令：“遇有伪代表大会派人来粤煽乱，即予拿解法庭，照叛逆治罪，以肃法纪。”不仅如此，蒋还于4月2日拘押舰队司令欧阳格，23日又免除广州市公安局长吴铁城的职务，其理由是这两人“联合右派”、“袒护右派”。
中山舰事件之后，右派本以为蒋介石已经右转，于是试图拉近与蒋的距离，并希望得到蒋的支持。但经过一个多月的观察，特别是当蒋解除吴铁城的职务后，右派感到失望了，于是他们转而寻找新的支持者。恰在这时，胡汉民从莫斯科回国，右派便将希望寄托在胡汉民身上。他们想将胡汉民扶上国民政府主席的宝座。胡汉民亦与伍朝枢、孙科、吴铁城、古应芬等人秘密晤商，并怂恿蒋介石逮捕鲍罗廷，使鲍、蒋分化对立。蒋介石显然不希望胡汉民回来搅局。在胡汉民回国之次日，蒋与之谈话，感到“其言似多挑拨，心疑不确”。5月8日，胡汉民约蒋谈话，遭蒋拒绝。胡汉民显然感觉到蒋对他的“不欢迎”态度，乃于次日离开广州，转赴香港。据闻胡汉民在赴港途中，恰好与离粤赴法的汪精卫在船上相遇。蒋闻悉后，在日记中叹曰：“异哉，冤家逢对头也。”
鲍罗廷于4月29日回到广州。蒋介石获悉鲍罗廷回广州的消息后，惴惴不安，担心支持汪精卫的鲍罗廷要和他算账。但鲍罗廷回粤之后，首要的考虑是如何消释苏俄与蒋介石之间的嫌隙，至于国共关系和汪蒋关系的调处尚在其次。鲍罗廷认为，中山舰事件表明“蒋介石显得比党强大，或更确切地说，党显然比蒋介石软弱”。鲍还发现蒋介石周围净是疑惧共产党的人，如张静江、邵元冲、叶楚伧等几乎天天在与蒋谈论党务问题。鲍担心右派与胡汉民相勾结发动政变，右派当时在广州四处散布共产党即将“共产”的谣言，并且正在煽动银行家和商人罢市，很多人到银行提款、挤兑，威胁到政府财政。在这种情况下，鲍罗廷决定以向蒋介石让步为代价，换取他对右派的镇压。鲍认为，蒋介石虽有很严重的缺点，但在现时的国民党人中，没有人能像他那样有力量、有决心，足以打击右派的反革命阴谋。鲍指示中共广东区委负责人陈延年召开干部特别会议。会上，鲍一再强调维持国共合作的必要，为了合作，必须向蒋介石妥协。会议接受了鲍罗廷的主张，否决了上海中共中央关于对抗和反击蒋介石的新政策。实际上，鲍罗廷的主张也是莫斯科的主张。4月29日，联共中央拒绝了维经斯基、托洛斯基和季诺维也夫提出的共产党人退出国民党的建议，认为国共关系破裂是“绝对不能允许的”，“必须实行把共产党保留在国民党内的方针”。
如前所述，蒋介石早在4月3日即已拟就了一套“整军、肃党”方案。4月底鲍罗廷回来后，蒋与鲍多次长谈。当蒋逐渐明了鲍的真实态度后，即大胆地向鲍“摊牌”，提出他那套整理党务方案。鲍最初对蒋的方案多持异议。蒋坦言：“对共条件虽苛，然大党允小党在党内活动，无异自取灭亡，能不伤心？惟因总理策略，既在联合各阶级共同奋斗，故余犹不愿违教分裂，忍痛至今也。”鲍始默然。
1926年5月15日，国民党二届二中全会开幕。这实际上是蒋介石执掌国民党最高权力后主持召开的第一次中央全会。当日，蒋介石向大会提出三个议案，分别是《国民党与共产党协定事项》《整理党事案》《选举常务委员会主席案》。第一案由蒋单独提出，后两案与人联名提出。第一案与第二案的内容基本上是蒋介石4月3日建议书中限制共产党活动的内容。据蒋介石日记，当他提出第一案时，“全场相顾惊愕”，他本人也自觉“言之太过，终日不安，精神恍惚异常”，并云“连日心神憧怔，痛苦备尝，至此犹未稍定”。为了使自己过于绷紧的神经有所放松，当天下午由陈其采陪同游白云山。也就是说，蒋介石是怀着极度忐忑不安的心情提出这几个议案的。之所以如此惴惴，即因为提案对两党关系的重大调整，有可能引发难以预料的党际关系的巨大“震**”。因为事前不知中共方面将作何种反应。在会议开幕之前日，蒋慨叹“余几因此而病神经，党国与本身存亡生死之际，其痛苦盖有如此者”。
出乎蒋介石意料的是，中共并没有爆发出激烈的反弹。相反，与会的共产党人如谭平山、毛泽东、林伯渠、恽代英等，对蒋的提案大都采取了相当合作的态度。关于成立两党联席会议的《整理党事案》和《选举常务委员会主席案》，林伯渠和谭平山还分别与伍朝枢、陈公博、甘乃光等人一起与蒋介石联署提出。对蒋介石单独提出的《国民党与共产党协定事项》，共产党人除了要求将个别条文的文字表达略加修饰，使之变得比较含蓄一点外，并没有提出任何颠覆性的修改意见。蒋介石也因此如释重负。大会召开的第二天，蒋介石与鲍罗廷交谈，“甚以本党党员消极抵制共产，而不能积极的奋发自强，又以两党党员混合革命，小党胜于大党为忧。并痛言革命非统制不能成功。”鲍闻之颇为感动。当晚，蒋介石至鲍公馆看影戏，其心怡然。
大会最后在蒋介石提案的基础上，通过了《联席会议组织大纲案》和《整理党务决议案》。《联席会议组织大纲案》规定：本会议审查两党党员妨碍两党合作之行动、言论及两党党员之纠纷问题，并协定两党有连带关系之各种重要事件；国民党党员对于共产党党员，或共产党党员对于国民党党员，有怀疑或不满之处，应呈诉或报告于各该党中央执行委员会，提交本会议审查后，交各该党中央执行委员会分别执行。联席会议由5名国民党代表，3名共产党代表组成，并聘共产国际代表为顾问。
《整理党务决议案》包括4个子决议案，内容主要有：凡他党党员之加入国民党者，对于总理及三民主义不得加以怀疑或批评；中共应将加入国民党的党员名册交由国民党中央执行委员会主席保存；加入国民党的中共党员在国民党高级党部任执行委员之人数，不得超过总数的三分之一；中共党员不得充任国民党中央机关之部长；加入国民党的共产党员，非得有国民党最高级党部之许可，不得别有政治关系之组织及行动；中共对加入国民党的共产党员所发之一切训令，应先交两党联席会议通过；国民党员未获准脱党以前，不得加入其他党籍，如既脱国民党而加入他党者，不得再入国民党；全体国民党员重新登记。
大会根据蒋介石的提议，决定设立中央常务委员会主席，并推举蒋介石的密友张静江为首任中常会主席。张静江不过是一个名义，实权自然落入蒋介石的掌握中。会议并根据孙科的提议，规定以后国民党完全信任蒋介石为“革命重心”。至此，蒋介石正式登上了国民党的权力巅峰，军权高于党权的格局也由此开始。
整理党务案公布后，广州的中共党员无不万分愤激，有的要求改变国共合作形式，有的要求退出国民党。而鲍罗廷则认为，中共党员既然加入了国民党，现在决不能一无所得就撤退下来。他肯定地说：“国共是要分家的，不过分得愈迟愈好；北伐打到北京的时候，可能便要实行分家；现在应继续容忍合作。”由于鲍罗廷决定采取以妥协求团结的方针，中共方面也只好服从。5月23日，中共广东区委发表宣言，声称：“为巩固革命基础和为革命前途起见，需要一部分革命利益牺牲……如果国民党的领导机关认为此种办法能减去国民党内疑虑与纠纷，而又于国民革命有所裨益，国民党内的共产党员是不宜有所异议的。"6月4日，上海中共中央致函广州国民党中央，强调联合战线的重要，并表示整理党务案与中共的合作政策并无根本冲突。
鲍罗廷希望以让步换取蒋介石对右派的镇压，蒋介石在这方面也给了鲍罗廷以某种满足。5月27日，蒋介石与鲍罗廷商议“肃清反动派”事，30日，蒋下令拿办吴铁城，并劝告伍朝枢离粤。鲍罗廷觉得自己的策略成功了，兴致勃勃地致函加拉罕称：“中央全会关于共产党人的决议，使右派蒙受了比共产党人更大的损失，这些决议从右派手里夺走了他们用来反对我们的武器”，右派集团已受到打击，而且他们在党内连一个职位也没有捞到，几乎所有的部长都是左派，如宣传部长顾孟余、农民部长甘乃光、组织部长蒋介石，唯一的变化是对中派作出了让步，让邵元冲担任青年部长，叶楚伧担任秘书长，戴季陶担任广东大学校长。在此时鲍罗廷的眼中，蒋介石仍然是国民党左派。
作为回报，鲍罗廷又“力劝”蒋介石出任国民革命军总司令。当蒋“惶愧力辞”时，鲍居然以个人去就相压，声言“如公不就，即当归国”。6月4日，国民党中央执行委员会临时全会任命蒋介石为总司令，并通过迅速出师北伐案。
根据整理党务案，谭平山、林伯渠、毛泽东等分别辞去了国民党中央组织部部长、农民部部长和宣传部代理部长职务。鲍罗廷认为，除了中共党员不得担任国民党中央部长职务等规定必须遵守外，对整理党务案的其他规定不必重视，如交出中共党员名单和审查中共对党员的训令等，只是国民党的片面规定，中共中央可以在将来的联席会议中提出异议。鲍并建议中共中央用拖延的手段来对付国民党所要求的联席会议。中共中央接受了鲍罗廷的这一建议。
蒋介石在提出整理党务案前后，还发表了一系列讲话，解释他限制共产党的种种做法不是要反对共产党和共产主义，而是为国民党和国民革命的前途着想。他毫不隐讳地承认，现在最能革命、最能奋斗的，差不多都是共产青年，而国民党的老党员暮气沉沉，差不多已成为古董，只能陈列着，不能有什么实用。他担心”CP的发展太快”，痛恨“本党党员消极抵制共产，而不能积极的奋发自强”。他认为：“凡是一个团体里面，有两个主义，这个团体一定不会成功的，而且一定发生冲突的，这个冲突，无论大些小些，总是不能避免的，尤其是一个团体里，有二个中心，有两个领袖，这个团体不但不能坚固，而且一定要分裂的。”“革命是非专政不行的，一定要一个主义、一个党来专政的。”
他申言，“我们要革命成功，最要注意的有三点：（一）要一个党来做个中心，统一革命的势力；（二）拿到了政权，极端的专政；（三）占领了京城，号令全国。”他说：“我本以为只要中国革命势力能够统一，随便哪一党去统一都可以的，并不拘定是要中国国民党的。如果有一个党能够统一中国革命的势力和指挥，中国国民党也是可以牺牲他的地位的。……但是现在除了中国国民党以外，能够革命的就要算中国共产党，试问中国共产党在这个时候，能不能统一中国革命势力呢？无论他在中国环境上，在革命势力上，在社会一般的心理上，我相信共产党固是能极端革命的，然而现在要统一中国国民革命的力量，在事实上还做不到的。而且中国国民党领导中国革命的地位，已是确定不能动摇的。”蒋又声称：“中国国民党若是没有共产党分子在内，一定会受很大损失的，或竟至于失败的。”“中国国民党同中国共产党，是两体一命，现在不能够分开的，一定要统一的。”为此，蒋介石直截了当地要求共产党“暂时牺牲”。“请中国国民党里的共产党同志，暂时的退出共产党，纯粹做一个中国国民党的党员。”
为了说服共产党，国民革命暂时不需要共产党，在蒋看来，一个重要的理由是，国共两党现阶段的革命目标是同一的，而且中国革命是世界革命的一部分，“世界革命须统一，中国革命也须统一。世界革命有第三国际统一指挥，中国的革命是要由国民党统一指挥的”。基于此，蒋介石还设想要使国民党取代共产党而成为共产国际的一部分，接受共产国际的直接指导。因为他非常清楚，只要共产国际仍然只承认中国共产党是其支部（用张继的话说，共产党是苏俄之子，国民党是苏俄之友），中国革命的两个中心、两个主义的问题就难以解决。相反，若共产国际接受了国民党加入，国民党对中国革命的领导地位也就会顺理成章地确立。为此，蒋介石于同年8月派邵力子代表国民党赴莫斯科参加共产国际执行委员会第7次全体会议，正式要求加入共产国际，同时还要邵力子转达：国民党承认共产国际是世界革命的领导，要求共产国际也承认国民党是中国革命的领导。
蒋介石公开号召跨党的共产党员退出共产党，势必激起共产党人的不满。中共广东区委领导人之一的张太雷当即发表了一篇《到底要不要国民党》的文章，针锋相对地表示，不要以为共产党对整理党务案的让步，是因为共产党要靠国民党来过寄生的生活，如果国民党要共产分子退出，共产分子决没有硬赖着不肯走的道理，倒是担心共产分子都退出国民党以后，国民党很可能又将重新恢复到民国13年改组以前的情形。若这样，那时的国民党已不是一个能领导国民革命的党了。
中共中央也注意到了蒋介石关于“一个主义”、“一个党”的言论。6月4日，陈独秀发表致蒋介石的公开信，说明国民党是各阶级合作的党，而不是单纯一阶级的党，所以“共信”之外，也应该有各阶级的“别信”。7月12日至18日，中共中央在上海召开扩大会议，提出要“与资产阶级争国民运动的指导”，“保证无产阶级政党争取国民革命的领导权”。但中共中央并未制订出如何争取领导权的具体方针。在此时陈独秀等中共领导人的认知中，蒋介石还是一个需要团结和扶助的“中派”。
而据鲍罗廷观察，蒋介石实际上处于两种势力的夹缝之中。中派和右派要求蒋介石继续镇压和限制共产党人和左派，而左派和共产党人则怀疑蒋介石日趋右倾，而与蒋形成对抗立场。蒋则一方面申明他始终是革命者，愿意为革命而献身，一方面又不得不向中派和右派作出让步。
南方革命阵营内部的分化与纷争将随着北伐战争的推进而进一步激化。