一 苏南和苏浙皖边境的退却作战
（一）撤离淞沪
从11月8日起，淞沪战场中国部队分向平（湖）嘉（兴）线、吴（吴县，即苏州）福（福山）线撤退。9日晨1时，上海守军开始向青浦、白鹤港之线转移阵地。淞沪战线左翼作战军各部先固守原阵地，以掩护右翼作战军撤退，至11日，左翼作战军方开始后撤。
淞沪战场各部队撤退时因下达命令较迟，联络困难，各部队准备未周，撤退秩序较为混乱，竟有未接退却命令而随友邻部队撤退而撤退者。从上海向苏州、无锡西撤的公路干线只有一条，各部拥塞于公路，加以日机轰炸，部队混乱更甚。各部队在日机低空轰炸扫射下向西移动，沿途村落、桥梁多被炸毁，官兵伤亡不断。预定之青浦、白鹤港防线于11日不能防守。
从上海撤退的各军开始时大都拥向安亭，堵塞于沪锡公路。12日，战区前敌总指挥陈诚令一部分部队改经太仓向常熟方向转进。左右两翼军队大致分从太湖南北两岸西撤。
（二）向吴福线撤退
11月13日，日军在长江白茆口西登陆，攻击常熟东之支塘，14日夺占浏河镇。同日太仓失守。16日，日军攻占昆山。是日，日军又在常熟县东北长江岸边登陆，以一部进攻福山。江防部队与登陆日军激战，伤亡奇重。廖磊令所部第21集团军击败在徐家市（白茆口西南，支塘北）之日军，抵抗从侧背来攻之敌，牺牲颇大，后向常熟转移。17日，罗卓英集团军黄维师在安亭，廖磊集团军在福山镇，与日军激战，伤亡均极重。18日，常熟县虞山被日军占领。罗卓英下令于19日拂晓反攻虞山，但因日军据高地顽抗，未能得手。
当淞沪前线部队撤退至吴福线时，吴福线之既设国防工事却“无图可按，无钥开门”，加之各部队脱离掌握，士气沮丧，该线工事未能发挥防御作用。19日，日军向吴福线阵地炮击，并以一部横渡昆城湖袭击苏州。是日，苏州、常熟及其南之莫城镇均失陷。廖磊、罗卓英二集团军主力向锡（无锡）澄（江阴）线转移。日军突破吴福线后，在太湖南北两侧向西进攻。
（三）向锡澄线撤退
罗卓英集团军于22日晚向宜兴转移；廖磊集团军自19日由常熟至福山线转移，到无锡至江阴线后由无锡、武进经宜兴向长兴转移。24日，日军追至无锡附近。25日，无锡被日军占领。同日，湖州失守。罗、廖两集团军向太湖西南之安吉、孝丰、宁国、宣城等地转移。
26日，罗卓英集团军一部退向常州，主力撤向浙皖边。29日，常州失守。
（四）江阴抗战
锡澄线放弃后，江阴要塞已陷于孤立。江阴守军何知重师、霍守义师及要塞守备队在江阴与日军展开激烈战斗。27日，日军进入锡澄公路，28日占领无锡与江阴间之青阳镇，并向北进攻南闸镇、花山。霍守义师两营坚强抵抗，激战两日，伤亡较大。30日，南闸、花山被日军占领。当夜，霍守义师一部袭南闸，冲入日军司令部，刺杀其中将一员。12月1日，日军一度冲破守军阵地。守军逆袭，旋又恢复。
此时日舰封锁江阴长江江面，江阴要塞守军击沉日舰1艘，击伤其2艘，击落日机1架。日军炸毁要塞火炮，守军步兵阵地被日军突破，被迫后撤。日军于12月1日傍晚突入江阴城中。霍守义师长负伤。是日夜，何知重师、霍守义师奉令放弃要塞，但突围部队遭日军阻击。由夏港镇突围的何知重师受到日军突袭，团长罗熠斌阵亡。12月2日，江阴要塞沦于日军之手。另部日军进占丹阳、金坛。
（五）太湖南浙苏皖边境撤退
自杭州湾登陆之日军11月8日占领松江、10日占领枫泾后，其主力即沿沪杭铁路进犯嘉善。刘建绪集团军于11月9日占领乍（浦）平（湖）嘉（兴）线国防阵地，阻击日军进攻，战至14日，嘉善被陷。而经湖沼地带西进之日军于13日占领平望镇，尔后与由嘉兴前进之日军会合，沿太湖南侧**。19日，日军攻占嘉兴，20日攻占南浔镇。
日军主力自占领南浔镇后继续西进，24日突破升山市，又攻吴兴（今湖州）城。徐启明师第1053团死守，团长韦健森阵亡，守兵伤亡殆尽，吴兴失守。第174师副师长夏国璋率部与敌奋战，不幸阵亡。此后日军以一部向泗安、广德、宣城、芜湖西犯，主力由郎溪会攻南京。
由刘湘统率的四川部队到达华东战场后，11月25日，军事委员会划设第七战区，以刘湘任战区司令长官，陈诚为副。刘湘所部第23集团军副总司令唐式遵自11月19日即奉令率部开赴广德、长兴，策应吴兴作战。24日，吴兴先已失守。26日，日机竟日轰炸长兴城，致成焦土。唐式遵集团军在长兴、泗安一线与日军战斗。日军冲破守军阵地。27日，第144师师长郭勋祺在指挥作战中负伤。
11月28日，长兴、泗安失守。唐式遵所部反攻泗安，饶国华师伤亡甚大，刘兆藜师一度突入泗安镇。唐式遵集团军与日军在广德激战，伤亡很重。30日，广德失守。唐式遵集团军撤回誓节渡（郎溪县南），与日军对峙。
12月3日，日军向誓节渡进攻，同日郎溪失陷。6日，日军向宣城进攻。王东原军、周喦军与日军一度激战，后向宣城西转移。12月10日，日军占领芜湖，阻断了南京中国军队的退路。
二 国民政府西迁
全国抗日战争爆发前，国民政府为准备持久抗战，即选定西南四川作为抗日战争的后方基地。1937年10月下旬，上海战局转危，政府西迁迫在眉睫。29日，军事委员会委员长蒋介石在国防最高会议说明：决定国民政府迁移到重庆。11月16日晚，国防最高会议在铁道部防空室举行，蒋介石宣布国民政府迁驻重庆。国民政府主席林森即席辞别，于次日乘“永绥”号军舰赴四川。
11月20日，国民政府正式发表移驻重庆宣言：“国民政府兹为适应战况，统筹全局，长期抗战起见，本日移驻重庆，此后将以更广大之规模，从事更持久之战斗。”同日，四川省政府主席刘湘电呈林森，表示“谨率七千万人，翘首欢迎”。21日，蒋介石通电全国各将领：国民政府迁渝以后，“我前方军事不但绝无牵动，必更坚决进行。首脑既臻安固，则手足百体，更能发挥充分之效用。……就整个抗战大计言，实为进一步展开战略之起点。”
11月26日16时，林森率政府机关人员抵达重庆。尽管林森担任的国民政府主席一职，是虚位国家元首，但他抵达重庆是国民政府西迁重庆的一个象征。
国民政府决定西迁重庆后，一部分中央机关和军政主要领导人暂时不能遽行迁渝，而先迁至武汉。各国驻南京的大使馆人员亦随国民政府迁往汉口。
国防最高会议主席、军事委员会委员长蒋介石离开南京较晚，至日军攻到南京城外围，他于12月7日离开南京，移驻庐山，14日移驻武汉。
三 南京保卫战
日本占领上海后，其侵华战争进一步升级。1937年11月17日，日本在天皇之下设立大本营，其对华战争正式化。24日，日本大本营召开第一次御前会议，制定在华北、华中、华南全面作战的计划，准备长期战争。27日，日本军部废止了原定限于占领苏州——嘉兴一线以东的规定，决定进攻南京。
淞沪战事紧急之时，11月中旬，蒋介石曾三次召集高级将领会议讨论守卫南京问题。许多将领认为：南京背水，无险可守，南京只可以少量部队象征性地守一下，即主动撤退。但蒋介石与军事委员会警卫执行部主任唐生智认为：南京是国家首都，国际观瞻所系，且又为国父（孙中山）陵寝所在，不能轻易让给敌人，南京非固守不可。最后蒋介石决定守卫南京。唐生智主动承担守卫南京的指挥任务。11月24日，国民政府特派唐生智为南京卫戍司令长官，负责守备南京的指挥责任。
南京原有首都警备军（谷正伦任司令）、桂永清指挥的教导总队和宪兵部队。从上海撤退的部分部队和从江阴撤退的部队被调参加守卫南京，但兵员疲惫，建制残破。12月6日，罗卓英、刘兴被任命为南京卫戍副司令长官。
日军于11月30日攻占宜兴，同日占领广德，12月2日占领丹阳、金坛、溧阳，3日进入溧水地区，逼近南京。
从12月3日起，沿京沪线西进之日军分沿句容——汤水镇（今汤山镇）——南京线、天王寺——淳化镇——南京道、常州——丹阳——镇江线三路向南京推进。太湖南岸日军为切断中国军队退路，向宁国——芜湖——太平（当涂）方向包抄。12月5日，句容被日军攻陷，中国守军后撤。6日，日军侵占宣城、何家铺、秣陵关和淳化镇、汤水以东之线。
7日拂晓起，日军开始向南京城外围阵地板桥、淳化、汤水、龙潭一线阵地猛攻。守军各部虽奋勇抵抗，但火力不足，致外围主阵地板桥、牛首山、淳化镇、汤水、龙潭等地相继失陷，伤亡很重。7日、8日，俞济时军王耀武师守卫淳化镇的战斗异常激烈，伤亡1400余人。8日，冯圣法师守卫将军山，伤亡800余人。日军突破淳化阵地后跟踪北进，直逼南京城垣。9日，日军一小部从光华门突入城内，但被歼。后城门随破随堵，濒危数次。10日，唐生智令选敢死队于夜间将潜伏于光华门城门洞内的少数残余日军予以焚毙。
日军围攻南京时，日本“华中方面军”司令官松井石根用飞机向南京守军散发劝降的最后通牒。唐生智置之不理，于10日下令各部与阵地共存亡，尽力固守核心阵地；派第78军军长宋希濂负责指挥沿江警宪，严禁部队散兵私自乘船渡江。
11日，日军继续逼攻南京近城四周要地。南京城东北方面，徐继武师卫戍杨坊山的第288团第3营、守卫银孔山之第283团第1营在日军猛烈炮火射击下，均全营壮烈牺牲。该两要地被日军占领。
至12日，京（南京）芜（芜湖）铁路方向，守军与日军白刃血战，第302团程智团长殉国，营长以下伤亡1100余员。守卫雨花台要地的朱赤、高致嵩二旅长阵亡。中华门遭炮毁，少数日军冲入城内。王耀武师第306团力图驱逐冲入城内之日军，但未能奏效。该团伤亡1300余员。守城部队渐入混乱状态。下午，中山门城垣亦被轰塌3处。日军炮火猛烈轰击紫金山，守军教导团后撤，紫金山为日军所占。此时，南京城外交通线及要塞多被日军侵占或炸毁。日军纷纷从中华门、雨花台、通济门、光华门、中山门、太平门涌入城内。日军攻入下关，其海军封锁了长江。日军国崎支队占领浦口，南京守军的退路被切断。
南京守城战局危殆，蒋介石于12月11日向唐生智发出指示电：“如情况不能持久时，可相机撤退，以图整理，而期反攻。”唐生智于12日17时召集各军师长商决撤退计划，下令南京守城部队于当日晚“冲破当面之敌，向浙皖边区转移”。
12月12日，南京守军撤退时，事先缺乏周密部署，败退中仓促惊慌，一些部队联络中断，各部之间争路争船，堵塞拥挤，秩序混乱，加以日军炮弹轰击，军民死伤甚众，中山路、挹江门一带死亡约1000人。下关秩序很乱。江边渡船甚少，士兵争夺船只，有的船因载运过重沉没。许多部队未能过江。城中留下的部分部队勇敢地坚持与冲入城内的日军巷战，直至午夜，全部牺牲。中华门一带阵亡士兵逾千人。
因南京城已处于日军重重包围之中，守城各军历经多日战斗，已有重大伤亡，突围中均经过激战，方冲破日军阻截，故损失甚大。一部分部队渡过长江，进入安徽境内，一部分部队突围至汤山、句容，退向皖南。宋希濂军负责掩护南京卫戍司令长官部及直属部队由下关渡江。第159师代师长罗策群在突围中牺牲。南京宪兵副司令萧山令牺牲于撤退过江半渡中。13日，日军入城，南京沦陷。
南京沦陷当日，蒋介石发表通电：“国军退出南京，绝不致影响我政府始终一贯抵抗日本侵略原则之国策。"15日，他发表《告全国国民书》说：“此次抗战，开始迄今，我前线将士伤亡总数已达三十万以上，人民生命财产之损失，更不可以数计。牺牲之重，实为中国有史以来抗御外侮所罕觏。”“中国持久抗战，其最后决胜之中心，不但不在南京，亦且不在大都市，而实寄于全国之乡村与广大强固之民心。”“我全国同胞，不屈不挠，前仆后继，随时随地，皆能发动坚强之抵抗力。敌武力终有穷时，最后胜利，必属于我。”
四 侵华日军南京大屠杀
1937年11月，日本侵略军在从上海向南京进攻的沿途即开始大肆屠杀中国人民。据载：日军在杭州湾登陆后即下达过“逢人便杀”的文件。日军在侵占河北、山西等地的过程中，已经肆意杀害中国民众，强奸，放火，在占领上海后亦是如此。11月，苏州失陷后，该地未能躲避的许多居民都被日军杀害了。日军在从上海至南京的攻击途中，屠杀中国兵民达到疯狂程度。日军第16师团的向井敏明及野田毅两名少尉，竟于无锡约定，进行谁先砍杀100名中国人的杀人比赛。至12月10日，两人在南京城外紫金山见面时，野田杀了105人，向井则杀了106人。由于不能确定谁先杀到100之数，因此两人不分胜负，于是再赌谁先杀满150名中国人。
（一）有组织的大屠杀
日军进攻南京城时，其“华中方面军”司令官松井石根下达训令：“发扬日本的武威，而使中国畏服。”攻占南京后，对城内外进行“扫**”、“肃正”，即搜捕败残兵，杀害俘虏。日军采取了“大体不保留俘虏之方针，故决定全部处理之”。日军在南京城无论对平民还是对解除了武装的军人，肆意进行大规模的屠杀焚掠，制造了骇人听闻的血腥恐怖。
日军不许接受中国兵投降，俘虏全部处死。大批中国士兵在交出武器投降后，于最初72小时内，在城外被机枪扫射处决，大多数在扬子江边。这一批被杀士兵即有3万人。日军所谓“全部处理”俘虏的方针，在实施中进一步发展为“青壮年都可以看作败残兵，或是便衣兵”，因此对于一般男子也进行有组织的大屠杀。
日军将南京普通民众和徒手士兵用绳索捆绑，每百人或数百人围成一团，用机枪扫射，或用汽油焚烧，或抛尸江河湖塘。日兵在大街小巷逢人便杀。南京城到处血流成河，到处是屠场。仅12月以内，日军在汉中门外，鱼雷营江边，中山码头，下关，煤炭港，草鞋峡，水西门外上新河一带，城南凤台乡、花神庙一带，燕子矶江边，宝塔桥一带，10起杀害千人以上的集体屠杀，被害者达19万人。日军分散屠杀被害者，仅3个较大的慈善团体掩埋的，计有10多万人。还有一些屠杀的被害人数不包括在此之内。战后对南京大屠杀主犯谷寿夫的判决书中认定：12月12-21日，计于中华门外花神庙、宝塔桥、石观音、下关草鞋峡等处，被俘军民遭日军用机关枪集体射杀并焚尸灭迹者，有单耀亭等19万余人；此外，零星屠杀，其尸体经慈善机关收埋者15万余具，被害总数在30万人以上。远东国际军事法庭认定，日军占领南京的最初6个星期内在南京及其附近屠杀俘虏和平民的总数达20万人以上，“这由掩埋队及其他团体所埋尸体达十五万五千人的事实就可以证明了。这个数字还没有将被日军所烧弃了的尸体、投入到长江，或以其他方法处分的人们计算在内。”这与南京大屠杀遇害同胞总数在30万以上是吻合的。
1938年1月17日日本外相广田弘毅自东京发给华盛顿电，转发上海的一则特别消息，也证实了日军屠杀30万人以上的事实：“据可靠的目击者直接计算及可信度极高的一些人的来函，提供充分的证明：……不少于30万的中国平民遭杀戮，很多是极其残暴血腥的屠杀。抢劫、强奸幼童及其他对平民的残酷的暴行，在战争早已于数星期前即已停止的区域继续发生。这里比较优良的日本平民感到深痛的耻辱……”
（二）肆意奸污妇女
日军占领南京后大肆强奸妇女。远东国际军事法庭判决中说：“全城中无论是幼年的少女或老年的女人，多数都被奸污了。并且在这类强奸中，还有许多变态的和**虐狂行为的事例。许多妇女在强奸后被杀，还将他们的躯体斩断。在占领后的一个月中，在南京市内发生了二万左右的强奸事件。”这个数字显然是非常保守的估计。日本兵到处强奸、**妇女。有一个中国妇女在公墓内被17个日兵强奸。有一日之内一个妇女被连续**37次者。因日军施暴而跳河自尽或自杀的中国妇女不计其数。
（三）大肆焚掠抢劫
日军对南京城大肆焚掠。日本兵向南京城中老百姓抢劫他们所想要的任何东西。无数的住宅和商店被抢劫的物资用卡车拉走，抢完商店、仓库后往往是放一把火烧掉。最重要的太平路商业区被焚毁，大批平民住宅被烧。焚掠持续了6星期之久。夫子庙建筑群（包括大成殿等古建筑）化为灰烬；南京博物院的3000箱文物、中央图书馆等公私藏书80万册图书文献以及小九华山三藏塔里的唐僧舍利，均被日军劫运到日本。
日军进行抢掠，对住在南京的外国人也未放过。路透社记者史密斯报告：日军挨家挨户地搜括抢劫，什么都要。他们把该城抢劫一空。中国人的房屋无一例外地都遭日本人的抢劫。连欧洲人的房子也大部分遭到了日本人的抢劫。屋顶上飘着的欧洲国家国旗被日本人降了下来。德国人报告也说：“来自任何国家的所有使馆都遭受抢劫。”德国人60幢房屋有40幢遭不同程度的抢劫，4幢房屋被烧毁。南京全市1/3都被日本人所毁。
日军在南京城内大肆放火焚毁。焚烧紧接在抢劫一系列商店以后。苏联大使馆1938年初被烧掉。两处主要的德国商业房产，上面还飘着纳粹旗，都在焚烧之列。日军的暴行一直延续到1938年2月6日或7日。此后直到夏季，仍有许多严重案件发生。
（四）安全区内同样杀戮**
当11月下旬日军向南京进攻期间，金陵大学校董事会董事长杭立武与在南京外籍人士，包括教会学校中的美国友人，和英、德两国的教师、商人，为了救护城内的大批平民，预筹组织了国际救济机构“南京安全区国际委员会”（International Committee for the Nanking Safety Zone）。由德国西门子公司驻南京代表约翰·D.拉贝任主席，金陵大学历史系美籍教授M.S.贝德士等人为委员，金陵大学社会学系教授S.C.史迈士为秘书。开始由杭立武任安全区主任，后由安全区副主任费吴生任代理主任。安全区国际委员会成立后，日本方面也曾保证：“难民区倘无中国军队或军事机关，则日军不致故意加以攻击。”南京城沦陷后，成千上万的当地居民和外地难民避入“安全区”。但是“安全区”并未能使难民逃脱日军肆意的杀戮和**。
日军到安全区抓捕身体健壮的男人，注意头上的帽痕、手上的老茧、肩上的压痕等。若有，即指为中国兵，抓走处死。日兵不分昼夜进安全区抓捕妇女。金陵大学校园内，在圣诞节前平均每天即发生10起强奸案件，那里总计发生过几百起强奸案件。其中有一个9岁的女童和一位76岁的老妪被奸污。日军士兵还到安全区难民营抢拉妇女强奸，甚至当着其他人的面，包括家属的面发泄兽欲。他们还冲进外国大使的住房，要求把躲藏在那里的妇女交给他们。德国人、美国人多次抓获这些强奸中国妇女的日本兵，挺身而出解救受害者。
安全区国际委员会人士为救助保护南京城内，特别是躲入安全区的平民和放弃武装的士兵，常常冒着危险与施暴的日兵进行抗争。据史迈士说：在最初的6个星期中，曾每天提出两次抗议。但是，他们的抗议并未能阻止日军的暴行。
（五）日军当局纵容暴行
日军在南京的暴行是在日军当局纵容下，甚至是有组织地发生的。12月17日，日本华中方面军司令官松井石根进入南京城，检阅部队，他明知日军在南京的暴行，但没有采取有效措施加以制止。为了应付舆论压力，日本政府召回了松井及其部下将校80人，但未给予任何处罚。松井石根回国后被任命为内阁参议，并因其在侵华战争中的功劳而叙勋。
日军在南京竭力封锁新闻，害怕其暴行被揭露。1938年2月5日，日军南京守备司令天谷竟对向各国报道日军南京暴行的外国人加以斥责。连日本大使馆官员对日军暴行也感到不满，甚至暗示在南京的外国传教士，希望他们设法将这些事实拿到日本去公诸于众，指望日本政府在公众舆论的压力下会制止军队的行为。
远东国际军事法庭认定：“日军大屠杀的暴行，决非少数士兵违犯军纪而产生的偶然事件。”驻留在南京的德国外交官向德国政府报告说：日军在南京的暴行，“这不是个人的，而是整个陆军，即日军本身的残暴和犯罪行为。”他们指斥日军简直是一群“兽类的集团”。驻南京的外国人对日军的暴行深感震惊和愤怒。他们申斥：“日军的野蛮残暴行为，竟超出现代人的想象之外”，“毫无疑问是现代文明史上最黑暗的一页”，日军在南京施行的大屠杀为“现代史上破天荒的残暴记录”。德国驻华大使馆留守南京办事处政务秘书罗森在向国内的报告中说：日军在南京的所作所为，“为自己竖立了耻辱的纪念碑”。