一 海军建设新方针的确定和海军衙门的设立
清廷有关海防讨论的上谕发出后，各地方大员纷纷奏复，表示赞成，并各自提出了购置船舰建立海军的建议。其中主要者，“如左宗棠所称海军宜立十大军，穆图善所称海军宜区四部，杨昌浚所称水师宜设三大支”，李鸿章所称“宜设水师四支”。特别是李鸿章和左宗棠还指出了由朝廷设立专门机构，统一全国海军事权的重要性和紧迫性。李鸿章说：“西国设立水师，无不统以海部，即日本亦另设海军卿以总理之。”而中国“自开办水师以来，迄无一定准则”，各省自为，事权不一，因此虽“耗费不赀，终无实效，中外议者多以为訾”，今后“若专设有衙门，筹议有成规，应手有用款……一切详细纲目，须参考西国海部成例，变通酌定，南北一律，永远遵循。斯根柢固而事权一，然后水师可治。”左宗棠则说：“海防无他，得人而已。今欲免奉行不力之弊，莫外乎慎选贤能，总提大纲，名曰海防全政大臣，或名曰海部大臣。凡一切有关海防之政，悉由该大臣统筹全局，奏明办理。”
经过疆吏讨论、朝臣会议和朝廷批准，确定了海军建设的新方针：一是要在原有的基础上进一步加强海军建设；二是将原先的同建三洋海军，改为先重点建北洋海军，然后再陆续加强其他海域海军；三是将海军的建设和指挥权，由以前的各洋、各省各自为政，改为由朝廷统一掌管。这一调整，是清廷和有关官员借鉴世界各国海军建设经验，吸收中法海战中各洋海军调遣不灵的教训，依据自己的财政力量和海防地域的轻重布局，为提高海军建设的效果而作出的，应该说比较切合当时的实际状况，如果实施得好，应该能够克服前期之缺陷而增强海防力量。但是，在以后的海军建设和指挥中，这一方针并没有得到很好的实施，或被大打折扣，或被偷梁换柱、假公济私。
二 北洋海军的正式成立
北洋海军成军之时已拥有相当的实力。北洋海军的舰船，是以其中法战争之前已有的舰船为主，加上以前定购、1887年新到的4艘德国和英国造舰船而组成的，共计有舰船25艘，排水量36708吨。其中各种类型的舰船有：铁甲舰2艘，排水量各为7335吨；快船7艘，排水量为2900吨者2艘、2300吨者3艘、1350吨者2艘；炮船6艘，排水量均为440吨。以上15艘为主要战船，合计排水量32710吨。此外，还有鱼雷艇6艘，排水量均为108吨；练船3艘，排水量为1300吨者2艘、750吨者1艘；运船1艘，排水量为1080吨。与当时的日本海军相比，北洋海军的实力处于较强的地位。如2000吨级以上的主力舰，日本海军只有5艘，总吨位不足1.5万吨；而北洋海军有7艘，总吨位为2.7万吨，是日本的1.8倍。特别是“定远”、“镇远”两艘7000多吨级的铁甲舰，为日本所无。
但是，从成军之日起，北洋海军处于停滞的状态。就北洋海军的本身而言，1888-1894年可以说无一舰一炮之增添，只是通过继续从沿海各地海军调集福建船政局所新造的“平远”、“广乙”、“广丙”3艘巡洋舰和旧有的几艘炮艇，使它的阵容有所扩大。到1894年中日甲午战争爆发之前，北洋海军前后共集中了总排水量为46939吨的35艘舰艇。但是，其中排水量在2100吨以上的主要战舰只有8艘，排水量29470吨；排水量在1000-2100吨的辅助战舰亦只有8艘，排水量9896吨。两者合计为16艘，排水量39366吨。而此时的日本政府为了发动侵华战争，继续增大扩建海军力度，拨皇宫经费制造舰船，在1888-1894年的6年中新添军舰11艘，除1893年无新舰增添、1894年增添新舰1艘外，其余各年均有2艘新舰增添；还以打败北洋海军的“定远”、“镇远”2艘铁甲主力舰为目标，专门设计制造了“桥立”、“松岛”、“严岛”3艘4000吨级的战舰，号称“三景舰”。到1894年先后合计已拥有33艘舰船，少于北洋海军2艘，总排水量63738吨，超过北洋海军35.79%。其中排水量在2100吨以上的主要战舰有12艘，超过北洋海军4艘、50%;排水量41378吨，超过北洋海军11908吨、40.41%。排水量在1000-2100吨的辅助战舰有10艘，超过北洋海军2艘、25%;排水量15083吨，超过北洋海军5187吨、52.42%。两者合计为22艘，超过北洋海军6艘、37.5%;排水量56461吨，超过北洋海军17095吨、43.43%。而且，由于北洋海军的舰船大多造成于1887年之前，只有3艘分别造成于1889、1890、1891年，到1894年时，大多趋于老化，舰上的武器装备也没有任何更新。而日本海军的12艘主要战舰中有6艘造成于1888年之后，航速较快，舰装备较好。因此，北洋海军主辅战舰无论在数量上和装备质量上均被日本海军远远超过，成为甲午海战北洋海军失败的一个重要因素。
如此大量挪用海军经费，势必造成海军经费的短缺。为了挪用海军经费，慈禧太后在1887年5月下令各省裁减船只，并规定：“嗣后各省于海防应需购买器械、拨用经费等项，均著先期咨报海军衙门斟酌妥善，再行办理。”对海军衙门掌管支配的海军经费，清廷也不能如数拨给，名义上“部拨常年经费虽有四百万之数”，但实际上往往以各种借口少拨，各年“通盘牵算，岁入不过二百九十余万两左右。岁出之项，北洋用款一百二三十万，南洋用款七八十万。”到1888年，“撙节度支，北洋仅拨银九十余万两，南洋仅拨银五十余万两”。即便北洋和南洋海军节约经费，但加上其他养舰、练军费用，海军衙门亦“需款三百二十余万两”，“入不抵出”相当严重。为此，海军衙门奏请朝廷从1888年起，由鸦片厘金项下增拨海军经费100万两，但因户部用款紧张而被拒绝。到1891年6月，清廷又批准户部酌拟筹饷办法，命令“南北洋购买外洋枪炮、船只、机器暂停两年，即将所省价银解充饷”，并要各省为其立筹二三百万两，其中摊派南洋海军等120万两。
1893年初，北洋海军本拟将25艘舰船进行大修，需银144万两，分10年筹办。但李鸿章考虑到恰逢慈禧太后60岁庆典，主动提出将大修推迟一年。同年3月，丁汝昌提出在“定远”、“镇远”、“济远”、“经远”、“来远”等战舰上配置克虏伯快炮18门及新式后膛炮3门，共需银61万余两。但李鸿章也以“目下海军衙门、户部同一支绌，若添此购炮巨款，诚恐筹拨为难”为由，奏请“先购镇定二船快炮十二尊，俟有赢余陆续购置”，但直至甲午战争爆发尚未得购置。
由于经费短缺，南洋等其他海军的建设也受到巨大的影响。在中法战争后的10年间，南洋海军虽也耗费了约650万两经费，但除了只在1894年初以40万两订造德国4艘鱼雷艇之外，只是维持了一支仅有6艘旧式巡洋舰和6艘落后炮舰，总排水量只有16173吨的弱小舰队。福建和广东的海军也由于缺乏经费而无力扩建。到1894年时，福建海军只有船舰7艘，总排水量仅为5236吨；广东海军虽经过张之洞的努力，也只是新置炮舰12艘，总排水量6380吨。
尽管有挪用海军经费为慈禧太后修建游乐工程之事，但是中法战争后10年中实际所用的海军经费，就其数量而言应该说还是不少的。就全国的海军经费来说，合北洋、南洋、福建、广东四地海军而计，在这10年中共花经费4158万两，年均415.8万两，比前期1860-1884年间25年所费海军经费3848.8万两、年均153.95万两，总数虽只多出309.2万两，增加8.03%,但年均经费则多出261.85万两，增加170.09%,应该说这是一个很大的数额。如果与日本的海军经费相比，中国的海军经费也是不少的。在1875-1894年的20年间，中国为10709万元（即6954万两），日本为9700万元，中国多于日本1009万元，合比例10.40%;其中1875-1884年的10年间，中国为4305.8万元，日本为3030万元，中国多于日本1275.8万元，比例为41.97%;1885-1894年的10年间，中国为6397.5万元，日本为6670万元，中国少于日本267万元，但日本经费中包含450万元用于制钢所的经费，如扣除之，则中国还多于日本183万元，比例为2.74%。
中国在海军建设经费投入略多于日本的条件下，海军装备与日本相比却从前期的略占优势而转变为后期的明显劣势，其原因显然是经费使用的问题。在1885-1894年的4158万两经费中，北洋海军所支用的经费为2321.5万两，占55.83%。北洋在使用这一大笔经费中，用于购置舰船的费用只有280.1万两，只占其经费12.07%;用于养船的费用多达1121.5万两，占其经费的比重高达48.31%。该两项费用合计占经费的比重为60.38%。而在此前的1875-1884年中，购置舰船的费用为444.4万两，占其经费1299.9万两的34.19%;用于养船的费用则只有258.1万两，占其经费的19.86%。该两项费用合计占经费的比重为54.05%。由此可见，在这一阶段中，北洋海军所以很少购置新舰船，主要是养船经费支出大量增加所致。这虽然是一个客观原因，因为北洋的舰船绝大多数是在其成军之前购置的，其养船费用必然是越来越多，但也与李鸿章的决策和思想观念有关，他没有对旧有舰船进行必要的更新。详见表6-1所示：
表6-1 1875-1894年北洋海军军费支出表（单位：千两）
说明：本表根据樊百川著《清季的洋务新政》第2卷第1227-1228页的有关数据计算。其中原资料1889年的合计数1814千两，1885-1894年的小计合计数23177千两，1875-1894年的总计合计数36314千两，均统计有误，应各为1854千两、23215千两、36214千两。上表已更正。
此外，也有李鸿章进取心不够强的原因。1891年，李鸿章在检阅北洋海军之后颇为自信地上奏说：“综核海军战备，尚能日异月新，目前限于饷力，未能扩充，但就渤海门户而论，已有深固不摇之势。”因此，当朝廷下旨停购舰船两年时，他虽有意见，但还是立即同意“所有应购大宗船械，自宜照议暂停”。
由上可见，对北洋海军在成军之后的每况愈下，李鸿章是有相当责任的。到1894年8月1日，日本发动朝鲜战争，甲午战争即将爆发，尽管李鸿章为修建三海和颐和园工程立下汗马功劳，但慈禧太后也不得不指责李鸿章说：“自光绪十年越南用兵之后，创办海军，已及十载。所有购船、置械、选将、练兵诸事，均李鸿章一手经理。乃日人自上次朝鲜变乱，经我军戡定，该军志挫而归，从此蓄谋报复，加意练兵，此次突犯朝鲜，一切兵备居然可恃。而我之海军，船械不足，训练无实。李鸿章未能远虑及此，预为防范，疏慢之咎，实所难辞。”与其在此时指责李鸿章的失职，不如在当初采纳黄体芳的谏言，不派李鸿章会办海军。