刘基在家丁忧期间，居然接到了来自方国珍的吊唁信。方氏虽然一向对元璋首鼠两端，但他内心里却是非常敬畏刘基的，所以书信的措辞相当谦敬。
为了让方国珍彻底对元璋臣服，刘基便在回信中大大地夸赞了自己的主公。方国珍看过信后，便对众兄弟、子侄说道：“连刘伯温先生都对姓朱的如此佩服，甘愿供其驱驰，而今那小子又再破陈友谅，夺了江西大部，真是举世震惊！我看咱们赶快向应天正式进贡吧，也约定个投诚的确切时间，比如待其收服了张九四，我们兄弟也就顺从天意吧！”
方家兄弟、子侄对此多无异议，于是方国珍遣使正式向应天朝贡。经过一番讨价还价，最终约定：待朱家军打下杭州以后，方国珍便以庆元等三郡正式请降。
因为方国珍之事，元璋越发得意，接连几天纵酒高歌，玩得不亦乐乎！这天他特意对秀英说道：“自从咱们落脚应天，已经快六年了，到今年来讲，咱才总算可以松一口气了呵！”
秀英自然也非常高兴，应和道：“我们娘们儿虽然不贪图什么富贵，但总算不用受辱了！”近来她见过几次郭天爵，但她敏锐地发现郭老三的目光居然有些躲闪，于是提醒元璋道：“不过你也别高兴得太早，天爵好像一直有些不平之气，近来又故意绕着我走，在他身上，你总要加意才好！”
“不用担心，一切尽在咱的掌握之中！”元璋得意道，他倒是对于自己的细作系统非常自信。
二月眼看就要过去了，元璋在应天还没得意几日，突然从浙东传来一个惊天噩耗——驻扎于金华地区的苗军元帅蒋英、刘震、李福等突然发动叛乱，杀死了镇守在此的参政胡大海及郎中王恺、总管高子玉等人。
元璋初时完全不敢相信，待其恢复了神智以后，痛心、伤心之余，不免对众幕僚悔恨道：“伯温先生回乡之前，曾告诫咱注意浙东之事，居然被他不幸言中，真是咱的失计！可是真没想到，连大海本人也蒙了难！可怜大海如此将帅之才，没死在沙场上，却丧命于叛将之手，真是令人遗憾、痛心！”
经过一番了解，整个叛乱过程大致是这样的：
当初，胡大海拿下严州时，苗军元帅蒋英、刘震、李福等人来降，胡大海喜其骁勇，便将他们留置麾下，待之不疑。后来这帮人因在元璋麾下待遇不好，也颇受管束，故态复萌，于是渐渐起了反叛之心。
不过因胡大海一向对刘震甚好，等到这帮人谋反时，刘震有点良心上过不去，总不忍痛下杀手，但李福却怂恿大伙道：“胡参政待咱们是不错，可是大权在主将之手，如果不杀主将，那么事情就很难成功。如今我等既要举大事，就顾不得私恩了！”
大伙觉得他说得有道理，于是便下定了决心，又通知了衢州和处州的苗帅李佑之等人，约定二月七日这天一同举兵。
到了这天，蒋英等人先是假装请胡大海到金华城内的八咏楼下观看弓弩表演。待到观看完毕，胡大海将要上马之际，蒋英的部下钟矮子突然跪倒在胡氏马前，装出一副可怜相大喊道：“蒋英等人想要杀我，请大帅救命！”
胡大海是个厚道人，于是转身想要问问蒋英究竟是怎么回事。只见蒋英从袖中拿出一把铁锤，做出要砸钟矮子的假象，然后虚晃一招，趁胡大海不防，竟一锤猛砸到了他的头上。胡大海受伤倒地，蒋英立即上前割下了他的首级。
接着，蒋英提着胡大海的人头出示各处，试图胁迫其他文武官员就范。胡大海的死讯在金华地区传开后，当地人无不哀恸流涕，如丧考妣。
随后，叛军又袭杀了胡大海仅剩的亲生儿子胡关住，又擒住了郎中王恺。王恺誓死不从叛兵，他大义凛然道：“我王某职居郎署，与胡参政同守此土，其义当死！奈何从贼？”刘震赞佩王恺是个义士，再次心生恻隐，想要放了王恺，可是有人和王恺有些私仇，结果王恺父子等人皆一同被害。
苗军反叛的消息很快就传到了坐镇严州的文忠那里，他立即派出元帅何世明、掾史郭彦仁等率兵征讨。当征讨部队到达兰溪时，蒋英等未战先怯，在城中劫掠一空后，便投降了张士诚。
元璋在痛定之余，遂上表小明王，追赠胡大海为“开国辅运、推诚宣力武臣、光禄大夫、同知大都督府事”，谥“武庄”。随后他又命宋濂为胡大海的墓碑写下了一篇铭文，以旌表胡氏的功业a。
就在金华噩耗传来后不久，还没容元璋做出应对，处州又相继传来同样令人震惊的噩耗：蒋英等人谋反成功的消息传到处州后，处州苗军元帅李佑之、贺仁德等也闻风而动，作乱杀害了院判耿再成、都事孙炎、知府王道同及元璋养子朱文刚等人，一举占据了处州城。
话说就在李佑之等人作乱时，耿再成正在陪一帮客人吃饭，闻讯后他立即上马，可还没来得及整顿兵马应敌，叛军就杀来了。耿再成迎着他们骂道：“你们这帮贼奴！主公怎么辜负你们了，你们居然造反？”叛军一拥而上，耿再成招架不及，被刺中了脖子，不久便殉难了。
孙炎被生擒后囚禁于一间空屋中，叛军对他百般胁迫，但他就是誓死不屈。叛将贺仁德请孙炎宴饮，试图软化他，但孙炎且饮且骂，贺仁德终于被激怒了，拔出刀来逼迫着孙炎脱下外衣。孙炎毫无惧色道：“此乃紫绮裘，系主公所赐，我定要穿着它死！”贺仁德就这样成全了他。
孙炎被害时不到四十岁，正是少壮有为的年纪，元璋惋惜道：“孙都事虽不良于行，其人却志虑宏远，且明敏干练，近如说动伯温先生来归一事，即可窥见一斑！若非遭遇此劫，他日定是朝廷的股肱重臣啊！”后来孙炎被追赠丹阳县男爵，建像于耿再成的祠庙，与之一同配享。
a 曾出入于李文忠幕府的刘辰所著的《国初事迹》中记载：“太祖尝使人察听将官家，有女僧诱引华高、胡大海妻敬奉西僧，行金天教法。太祖怒，将二家妇人及僧投于河。”可见在朱元璋做了皇帝以后，为了维系自己的统治，并未对胡大海家多存感念。“金天教”到底是一种什么教派，今人无确证，可能是元明之际南方人对伊斯兰教的称谓，也可能是祆教。
胡大海一死，大局无人主持，而浙东重地，非心腹重臣不能镇守。于是，元璋升同佥朱文忠为左丞，都事杨宪及胡深为左右司郎中，仍驻扎于金华，以统领浙东军马。
文忠毕竟还是一个年轻人，威德远不如胡大海，所以真正来填补这个空缺的人，元璋心里更为倚重的还是文武兼备的胡深。当初向幕僚们坦陈自己的意见时，元璋就曾感叹道：“浙东这一东南屏障，咱如今还是要多多仰赖胡深啊！”后来胡深在处州经营有方，军民都很感念他的嘉惠，可惜在至正二十五年，因朱亮祖的乱命，致使坐骑受惊的胡深竟不幸被陈友定方面俘杀，留下了这位文儒“出师未捷身先死”的千古遗恨！
文忠得知处州的噩耗后，又立即派出元帅王祐等率兵屯缙云，伺机收复处州。不过由于处州叛兵众多，且考虑到张士诚势必要来浑水摸鱼，为了稳住浮动的人心，元璋即刻命令平章邵荣率十万大军前往征讨。
果不其然，张士诚见浙东有利可图，便派出其弟，也是其丞相的张士信率兵围攻诸全。诸全守将谢再兴率军迎敌，两军鏖战近一个月都未分胜负，后来谢再兴设伏兵擒杀了张家军千余人。张士信大怒，增兵加紧攻城，谢再兴部力不能支，才赶紧向文忠告急。文忠派胡德济率军增援，但胡德济的援军兵力也很有限，谢再兴只得再请增援。
此时金华叛乱初定，而严州靠近敌境，处州又为叛苗所据，文忠一时甚是为难。正在犯愁之际，他手下的都事史炳进言道：“邵平章所统大军不日即到，敌众必定惊心，我等不如先声而后实，唱一出空城计出来。属下听说张士信本是纨绔子弟一个，女子、戏子、骰子是他的随军必备，手下诸将有样学样，是故该部一向就缺乏斗志……”
文忠觉得这一建议非常可取，于是派人到处扬言徐达、邵荣等率领大军已到严州，不日就将进击诸全。为了把戏演得更真，文忠还派人到各处张贴榜文。张士信的探子见到榜文后，多半信以为真，消息逐渐扩散开来，于是军心**，很多人竟商量着乘夜逃遁。胡德济侦知这一情况后，与谢再兴乘着夜半突袭了张家军的营地，张士信大败，诸全之围得以化解。
等到邵荣率大军赶到处州时，进展也变得更为顺利。他先是令院判张斌、王祐、胡深等分攻处州城四门，并焚烧了其东、北两门，将士们得以登城而入，最终李祐之在绝望中自杀。
处州复平后，元璋改任王祐守城，邵荣则即刻率大军返回应天。
浙江的局面算是暂时稳定下来了，应天政权的一臂得以保全，元璋也稍稍安了几分心。可是不承想，江西的问题也不幸被刘基言中，虽竭力避免，却还是闹出了一场不小的风波。
当初洪都投降时，祝宗、康泰二人心里其实还是有些不情愿的，渐生悔意，后来经胡廷瑞百般安抚，才令二人暂时安生下来。等到胡廷瑞去往应天后，他想到祝、康二人的行止，唯恐他们再生变乱于己不利，便率先向元璋禀报道：“祝、康二人一直对献城之事有些不悦，属下若在洪都，还能约束他们些个。如今浙东闹了这么大动静，属下人又远在应天，祝、康二人恐生异动，还望主公早做打算！”
元璋于是下令：令祝、康二人带所部兵马前往湖广一带听从徐达调遣。
祝、康二人感到情况不妙，担心元璋会对他们不利，因此当他们率领所部抵达女儿港（今江西省德化县东南处）时，突然发动叛乱！当时港内正有运送布匹的商船，他们随即抢夺了船上的布匹做旗号，向洪都发动袭击。
黄昏时分，叛军突然杀至洪都城下，他们击鼓举火，一举攻破了新城门。时为行省参政的邓愈当时正住在原廉防司，他闻变之后感到仓促之间不易招架，担心遭遇胡大海、耿再成之祸，只得带着数十骑出逃。途中，邓愈与叛军几次遭遇，他一路且战且走，随从大都战死。
幸亏邓愈身经百战，再加上养子将马让与了他骑，邓愈才侥幸得以脱身。元璋自责己过，所以并没有追究邓愈失职，邓愈侥幸捡回了一条命，可惜万思诚、叶琛等皆死于这次叛乱。
洪都叛乱的消息传到应天后，元璋震怒之余，当即命徐达等人从湖广回军前往征讨。很快，徐达就攻破了洪都城，祝宗在逃亡中被邓志明所杀，康泰则被生擒，因他与胡廷瑞的特殊关系，最终被从轻发落。
重新稳定江西的大局很重要，元璋说道：“得了江西，如同斩下陈友谅之臂膀。此地是故楚中心，应天的西南屏障，而今的首重之地。加之本地人喜诉讼而难以管制，贼寇甚多，非心腹干练之人不可守！”
考虑到文忠已经主政浙东，一心渴望外出建功的朱文正此时便向元璋主动请缨道：“文忠老弟如今已俨然成为四叔在浙东的柱石，多年来他在那边独当一面，可是得了不少历练！侄儿虽然蒙受四叔恩宠，忝居左都督一职，可实在没做过几件响当当的事，不如您就把我安排到洪都去，让侄儿给您把守好西大门吧！”
由于要挟制邵荣等人，元璋一时犹豫不决，此是外事又是家事，于是他便找秀英商议。秀英思量半晌，觉得此事乃是义不容辞，最后方举重若轻地说道：“所谓‘当局者迷，旁观者清’，你这等聪明人，怎么反倒糊涂了？你可以使一招欲擒故纵嘛！”
元璋一下子就被秀英点醒了，当即赞叹道：“夫人如今虽不过问外事了，可是竟还那么有心，这回咱懂了！”
“应天的事想是无虑了，你好自为之便是了！但是放文正这小子一个人出去，他跟匹野马一样，恐怕不是长计！”秀英提醒道。
元璋只得点头答应着：“好，先放他出去一年再说吧。”
至正二十二年五月，元璋命大都督府左都督朱文正镇守江西，还特命儒士郭子章、刘仲服等为参谋，此外邓愈、赵德胜和薛显等猛将也一同协助镇守，元璋这回才踏实多了。
朱文正到达洪都以后，继续增浚城池，严为守备。他还招谕山寨贼寇来降，结果绝大多数头目都表示归顺。而对于当地那些纠缠诉讼、好打官司的人，出于社会安定的需要，文正更是使出了霹雳手段，竟下令将其一律处死。如此一来，号令严肃，远近震慑。
可是正像秀英所忧虑的，一旦脱离元璋及众亲属的视线，朱文正就如同脱了缰的野马，好色、残忍的本性立即暴露：他任用卫达可等人为心腹，帮着自己到处搜罗美女，宠幸几十天后，要么抛弃，要么干脆投到井里淹死以掩人耳目，弄得民怨甚重。而元璋每次派人到洪都巡视，朱文正都重加贿赂；对于那些敢去应天举报的人，他便派人到中途截杀。因他是元璋的亲侄子，又是养子身份，众人只得睁一只眼闭一只眼，由着他胡作非为。
实际上，元璋还是听到了一些风声，但出于安定江西计，一时之间他才没有发作。