多尔衮等满洲贵族在占领西安和南京以后，立即踌躇满志，认为无论是农民军还是南方汉族地主政权都不堪一击，江南可以传檄而定了。顺治二年闰六月，清廷派出洪承畴、吴惟华、孙之獬、黄熙允、江禹绪、丁之龙分别招抚江南、广东、江西、福建、湖广、云贵，妄图不费一兵一卒实现统治全国的野心。然而，他们的如意算盘却被无情的事实打得粉碎。南方各地以农民军为主体，纷纷揭起了抗清的义旗，从此开始了农民军联合南明共同抗清的新时期。
抗清联合阵营的形成是国内民族矛盾上升，汉族地主阶级分化出抗清派的结果。在这之前以李自成为首的农民军独立地承担了抗击清兵的全部重任。1645年初，大顺农民军因陕西门户潼关失守，被迫放弃西安，退入河南、湖北，在连续几次抗击清军追击的战斗中都遭到挫折。这年的五月初大顺军领袖李自成在湖北通山县九宫山下受到地主武装的突然袭击，不幸壮烈牺牲。李自成的牺牲使大顺军一时处于群龙无首的境地，部将中出现了严重的思想混乱。有的将领如田见秀、吴汝义、郝摇旗等人甚至向清军具禀纳降。正是在这种失去了自己的领袖，又丧失了全部后方基地的情况下，大顺军的杰出将领李过（李锦）和高一功决定联合南明隆武政权共同抗清。
以明唐王朱聿键为首的隆武朝廷在建立的时间上距离弘光的覆灭不过一个月，但这两个政权在政策上却有明显的不同。这不仅是因为朱聿键是位具有民族气节、励精图治的政治家，更重要的是他出任监国的时候已经是“清逼武林，人无固志。贼臣有屈膝之议，举国同蒙而之羞”[63]，面临着严重的民族危机。隆武政权一建立就改弦易辙，以抵御满洲贵族的进犯、恢复汉族地主阶级政权作为政策的基石。这点在朱聿键所封勋臣名号上也有明显的反映，如郑芝龙晋封为平夷侯、郑鸿逵晋封为定清侯、方国安为靖夷伯、黄蜚为靖虏伯、黄斌卿为肃虏伯，等等。七月初六日，朱聿键下令诛杀清使马得厂。同日敕谕文武臣民曰：“朕今痛念祖陵，痛惜百姓。狂彝污我宗庙，害我子孙，**掠薙头，如在水火。朕今诛清使、旌忠臣外，誓择于八月十八日午时，朕亲统御营中军平彝侯郑芝龙、御营左先锋定清侯郑鸿逵统率六师，御驾亲征。”[64]同书还记隆武“敕下阁部大臣及府州县各官属：凡有清字，俱去其点，概用青字”。书的作者在这条下注曰：“以清国号大清，上不特恶其人，亦且不欲见其字。雪耻复仇之意，于兹可见。”
隆武皇帝竖起抗清大旗，固然是为了恢复以朱明王朝为代表的汉族地主阶级政权，但是他的誓死抗清客观上符合了当时广大汉族人民的愿望。尽管在他发布的诏谕里对农民军仍多有诬蔑，但形势已迫使他由弘光朝廷的奉行联合清兵镇压农民起义的政策改为争取农民军共同抗清的政策。当农民军同何腾蛟、堵胤锡达成合营抗清的协议时，朱聿键欣喜欲狂，一再加以奖谕，给大顺军将领李过、郝摇旗等封爵授官。李自成的妻子高氏由于支持李过联明抗清，隆武帝、后也大加赞赏。同时他还敕谕正在四川的阁部王应熊“善视摇黄诸寇”，“俾为我用”，力图把农民军纳入他重建汉族地主阶级统治的轨道。
史籍中关于联合抗清阵营形成的记载，大抵出自以南明为正统的封建文人之手，对历史的真相做了许多歪曲的描写。其中最引人注目的是把农民军方面以大局为重提出联合抗清说成“降”明。这就把此后20年抗清斗争的主力——农民军贬到了为朱家王朝效命的配角地位。诚然，在大顺军领袖李自成和大西军领袖张献忠牺牲以后，除大西军的孙可望曾经一度自称国主、立号兴朝以外，农民军在大敌当前的形势下考虑到明室在汉族人民中的影响而决定以拥明抗清作为号召手段，农民军的将领也接受了隆武、永历朝廷的封爵和官职。但是，透过封建文人的歪曲描写，我们仍然可以清晰地看出农民军不仅是抗清斗争的主力，而且在联合明室中始终相对地保持着自己的独立性。特别是在后期由于南明所属的一些杂牌“官军”相继降清，抗清的重任基本上是由农民军独臂支持的，朱家皇帝徒具虚名，军政大权都掌握在农民军将领手中。至于农民军始终没有放下“扶明”的旗帜，只是因为自己的享有盛名、曾经称帝建号的领袖业已牺牲，而南明隆武以后的几个小朝廷在群众中既有一定影响又表示愿意共同抗清的缘故。
联合抗清首先是农民军方面提出来的。王夫之的《永历实录》中记载，大顺军在李自成牺牲后听说“南京立天子，欲归附不知所介绍。擒田野民问之，乃知何腾蛟为楚抚，遂欲因腾蛟降。顾因缘无由得达。方腾蛟之弃左军而逸也，从九江斜走瑞州，由万载入湖南，亦不知贼渡江事。猝闻平江、浏阳间有贼野掠，意为土寇，遣长沙知府周二南帅黄朝宣部兵二千人往击之。过、一功既欲降，无格斗志，按兵徐返。二南误以为怯，麾兵进薄其营，刃数贼。贼乃合战。俄顷披靡，二南坠马死之。贼追溃卒，呼欲与通语，皆益丧精魄，骛走归长沙。腾蛟知为大贼，惴惴唯婴城守。过等敛兵，不欲迫长沙，执土人，纵之诣腾蛟所道意，土人得释即走，亦不为通。久之，稍传闻至腾蛟所。腾蛟乃募人持白牌赍手书往。过等大喜，遂举军降”[65]。
明清之际的一个封建文人汪辉根据亲身见闻记载了大顺军同南明达成联合抗清协议的情况。他说：“闯贼后营一只虎并一十三家高必正、李赤心、田、刘、党、塔、郝、酆、李、白等自兴国、大冶焚杀至平江、浏阳大路，东西数十里。……何公遣人招安，皆被杀。后以郑公福、汪伯立前往，改招安二字为合营，乃允从而遵节制。”[66]这里所说李过、高一功等大顺军将领断然拒绝何腾蛟的招安，经过谈判，在合营的名义下共同抗清，是值得重视的。它有力地驳斥了许多封建史家关于农民军降明的谰言，保存了历史的真相。
大西军由于情况特殊，参加联明抗清比较晚。张献忠牺牲以后，大西军在孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇率领下，南下重庆，经贵州转入云南。在云南期间，大西军建立了比较稳固的农民政权（虽然开始了向封建政权的转化）。这个所谓的“四将军”政权由于僻处一隅，在相当长的一段时间里同清和南明这两个政权都没有什么来往。可是到了1650年，孙可望、李定国等人终于参加了抗清的行列，改奉永历年号了。这段过程由于史料芜杂，众说纷纭，很难对某些具体情节的真伪做出判断。但是，在应否实行联明抗清的策略这个关键问题上，仍然可以从当时的形势做出正确的答复。当时总的形势是，清廷已经控制了全国绝大部分地区，李成栋、金声桓、姜瓖虽反正但也很快兵败身亡，永历小朝廷除了在汉族人士当中还有一点号召力，并有一小块地盘以外，已经没有实力来同清廷相抗衡。而永历朝廷一旦覆亡，清王朝的下一步棋必然是倾注全力征伐大西军控制的云南和大顺军余部据守的川鄂交界地区。在这一点上，无论是孙可望、李定国等大西军将领还是永历朝廷中的有识之士都是看得很清楚的。正是由于在根本利害上有一致之处，继大顺军联明抗清之后，又出现了大西军的联明抗清。这次的联合行动依然是农民军方面首先提出来的。孙可望派杨畏知带给永历的奏疏中就说，“今之奏请为联合恢剿之意，原非有意以求封爵”[67]。这说明那种把大西军主动提出联明抗清说成是孙可望为了取得封号借以挟制其他将领，并不妥当。
在一些论著里谈到农民军联明抗清的时候，往往夸大了农民军受地主阶级影响这一消极方面。它们常常指责农民军由联明堕落为保明，因而阻碍了农民军独立自主地展开抗清斗争。对于这种提法，需要加以分析。我们既要看到联明抗清之后，一部分农民军将领确实滋长了忠君思想，甚至在某种程度上卷入南明统治集团内部的派系斗争。但是，我们也应当看到这种情况毕竟是有限的。就实质而言，农民军在抗清联合阵营中始终起着主导的作用，正是他们支撑并推动了南明朝廷的坚持抗清。
马克思说过：“在政治上为了一定的目的，甚至可以同魔鬼结成联盟，只是必须肯定，是你领着魔鬼走而不是魔鬼领着你走。”[68]在抗清联合阵营中，与其说是农民军秉承朝廷的旨意行动，不如说是南明朝廷看农民军的脸色行事。永历朝大学士瞿式耜在永历二年（1648）谈到大顺军余部时说：“以天子之尊而不敢一触其凶威，胁之东则东，胁之西则西。彼时时以甲申燕京之事横在胸中，目中且无共主，又何有于大僚？”[69]至于大西军在联明抗清期间同永历朝廷的关系是人们都非常熟悉的。孙可望掌权时不仅对包括大学士在内的朝廷官员“诛杀任意，一时廷臣皆收为腹心”[70]，连永历皇帝也实际上是被软禁于安龙，即史籍所说“王自入黔，无尺土一民”[71]。孙可望任命的安龙府知府范应旭在造册登记皇室开支时竟提笔直书曰：“皇帝一员、后妃几口，月支银米若干。”[72]这种近于笑谈的举动很能说明永历帝当时的处境。李定国柄政以后，对朝廷比较尊重，但也仅限于礼节上，实际是朝廷“事权专归定国”[73]。他在后期为挽救永历免于覆亡所做的种种努力，不能仅仅用“保明”“忠君”来解释，而应当考虑到当时的形势。在东南的郑成功部和夔东的十三家等抗清力量以及相当一部分汉族人士心目中，永历朝廷是同清廷相抗衡的一面旗帜，是复兴汉族政权的一个象征。它的存亡很自然地为各方面（包括清廷）所瞩目。应当承认，李定国在挽救永历朝廷所做的努力和在永历朝廷覆亡后表现的痛心，除了有忠君思想以外，更重要的是出于战略考虑。
在抗清联合阵营中，农民军保持了自己相对的独立性，是个不容抹杀的事实。史籍记载，在实现了联明抗清以后，直到永历年间大顺军仍然在“营中称高氏为太后，及具疏称自成为先帝”。明督师阁部堵胤锡“皆隐忍听之，不以上闻。且请封为兴国，高氏弟必正辈封伯者十余人”[74]。无独有偶，孙可望等大西军余部在联明以后仍然修撰了大西“国史”，“称张献忠为太祖高皇帝，作太祖本纪。比崇祯为桀纣”[75]。这些都说明农民军在联合明室的过程中并没有忘记自己的革命传统。特别是在后期，大顺军余部目睹永历朝廷的内部纷争、萎靡不振，更毅然率部北上，在湖北、四川交界地区独立地开辟了抗清斗争的基地，除了在战略上起着牵制清军、相互支援的作用以外，基本上摆脱了永历朝廷的消极影响。
正是由于满洲贵族推行民族征服和民族压迫政策使民族矛盾激化为主要矛盾，农民军联合愿意抗清的汉族地主阶级政权才显示出其正义性而无可非议。事实证明只是在联明抗清阵营形成以后，农民军才避免了两线作战，就大顺军来说总算有了一个可以依托的后方。这就为有效地打击满洲贵族不可一世的嚣张气焰创造了必要的条件。人们都知道，在1644年和1645年大顺军、大西军以及南明政权都曾经同清军正面作战，但从来没有取得重大战果。其所以会出现这种情况，重要原因之一是汉族内部的斗争分散了抗清的力量。在抗清联合阵营形成以后，不仅完全改变了弘光朝廷望风而溃的局面，大顺军和大西军都曾屡次告捷，显示出抗清以来前所未有的活力。永历二年冬，李锦、高一功等率领忠贞营反攻湖南，连克常德、益阳、湘潭、湘乡、衡山等县，兵锋直抵长沙。瞿式耜飞报“恢复大捷”，何腾蛟认为此举“中兴大局，始有根脚”。永历帝也大为高兴，赞扬“李赤心、高必正等雄冠诸军”[76]。永历六年（1652）李定国挥戈东向，于七月初四日攻克清军重镇桂林，清定南王孔有德兵败自杀。李定国部乘胜挺进湖南，在衡州大败清定远大将军敬谨亲王尼堪所统满兵，尼堪也被击毙，取得了抗清斗争的辉煌胜利。时人黄宗羲高度评价了李定国部的战绩，他说：“逮夫李定国桂林、衡州之战，两蹶名王，天下震动，此万历戊午（指万历四十六年，公元1618年）以来全盛之天下所不能有。”[77]连顺治皇帝也不禁慨叹地说：“我朝用兵，从无此失。”[78]与此同时，刘文秀、王复臣率领的另一支大西军由黔入川也取得一系列重大胜利。“蜀人闻大军至，多响应。于是重庆、叙府诸府县次第皆复。吴三桂迎战辄败，敛军以奔，趋保保宁。”[79]清定西将军固山额真墨尔根侍卫李国翰吓得魂不附体，“决意去蜀”[80]。就在面临收复整个四川的大好形势下，刘文秀骄傲了起来，拒绝采纳王复臣的正确意见，被吴三桂抓到弱点反守为攻，保宁之战终告失败。吴三桂在侥幸取胜后仍然心有余悸，说“生平未尝见如此劲敌”[81]。事实告诉我们，农民军在抗清斗争中取得的几次重大胜利都是在联明以后。它雄辩地证明，当整个民族处于危难之时，贵在团结。农民军的英雄们用自己在抗清斗争中创建的丰功伟绩宣告了联明抗清策略是当时唯一正确的策略。那种借口南明政权腐朽，指责农民军联明抗清的说法，实际上是要求大顺军余部和大西军余部展开两线作战，八方出击，这在当时条件下只能导致农民军自身更加孤立，从而加速抗清斗争的失败。
以农民军为主力的南明抗清并不是孤立的地区性活动。清朝初年，抗清和反清活动几乎遍布全国。早在顺治二年八月，清廷上谕中就说：“近来土贼窃发，民不聊生，如直隶顺德府，山东济南府、德州、临清州，江北徐州，山西潞安府、平阳府、蒲州八处，着满洲统兵驻扎，务期剿抚得宜，以安百姓。”[82]至于郑成功等人在东南沿海一带的抗清义师更是名震一时，有力地配合了农民军的抗清斗争。在降清的汉族官员当中也不断发生叛清归明事件。如大同总兵姜瓖的叛清几乎席卷了整个山西；江西提督金声桓的叛清使江西全省为之改观；广东提督李成栋的叛清更使南方局势为之一变。连被解除了兵柄潦倒于北京的刘泽清等人也不甘寂寞，秘密策划反清活动。再考虑到各地心怀故主、对清王朝进行消极抵制的遗民数量之多，我们对于清初社会矛盾的总体不难形成一个明确的概念：民族矛盾是当时的主要矛盾。清兵进关以前汉族内部地主阶级同农民阶级之间的殊死搏斗，在清初特定的历史条件下业已下降为次要矛盾。正因为如此，才可能出现农民军同南明地主阶级的联合抗清。否认民族矛盾在清初曾经一度上升为主要矛盾，势必难以对农民军联明抗清的正义性和历史意义做出符合实际的肯定评价。按照这种观点，必然引申出农民军无非是支持一个地主阶级政权反对另一个地主阶级政权的结论，甚至在清王朝已占绝对优势时还有阻碍祖国统一之嫌。显然，这种观点是不符合当时的历史情况的，也是我们所难以同意的。本文在探讨清初社会主要矛盾是什么以及农民军采取联明抗清的策略究竟正确与否的时候，丝毫没有忽视南明政权内部的腐朽，也无意于掩盖农民军某些领袖人物有处置不当之处。仅仅由于题目的限制，才没有在这方面展开论述。20年刀光剑影的生死搏斗中积累起来的经验和教训是十分丰富的，直到现在仍然值得我们去总结和汲取。