在人们心目中，王世贞首先是以文学家见称的，但这并不是说他在史学方面的才能和造诣就不为世人所知。相反，在他生前和身后，除了个别人持反对态度以外，差不多一致肯定他是少有的史才，认为他对“国史”（即明史）下的功夫是很深的。据沈德符说，有人问大学士徐阶，当严嵩打算陷害王世贞的时候，他为什么那样竭力营救？徐阶回答道：“此君他日必操史权，能以毛锥杀人。一曳裾不足锢才士，我是以收之。”在王世贞去世以后，享有盛名的文人陈继儒还说“予尝谓吾朝有两大恨”，其一为“王弇州负两司马之才，若置之天禄、石渠，而以（汪）伯玉诸子为副，其史必可观，而老为文人以殁。皆本朝大恨事也”。万历年间大学士陈于陛奏准开史局纂修国史，也有与王世贞“生不同时之恨”。为《弇山堂别集》作序的陈文烛（玉叔）甚至奉之为“千秋轶才”，以其“不得一登史馆”引为憾事。这些都说明王世贞在史学上的才能和对明史的研究是一贯为人所称道的。
从少年时代起，王世贞就对本朝掌故旧闻怀有浓厚的兴趣，立志要写一部当代史。他自己曾经多次谈到这一点：
老人（王氏自称）束发入朝行而尝窃有志矣，故上自列朝之汇言、累朝之副草，旁及六曹九镇畿省之便利要害，大家委巷之旧闻，文学掌故之私记，皆网搜札录。有志而未成，而惜乎予老矣！[259]
予自舞象之岁，慨然有意用世家故列戟齿荐绅，然僻伏海滨，艺文凋谢，见乡里父老便揖拜询故事，多朴农，茫无所答，愧之。稍长取荐，往来南北都会将五六，渐以益习，时时从广座聆客议，或收拾断烂邸报、家乘编之。[260]
王子弱冠登朝，即好访问朝家故典与阀阅琬琰之详，盖三十年一日矣。晚而从故相徐公（徐阶）所得尽窥金匮石室之藏，窃亦欲藉薜萝之日一从事于龙门兰合遗响，庶几昭代之盛不至忞忞尔。[261]
王世贞为什么要立志写一部当代史呢？原因主要有两个：一是同明代史学状况有关；二是他本人的重今思想。
同历代相比，明代的史学是略逊一筹的。朝廷除实录外别无国史，历朝实录不仅在编纂上有很多掩回的地方，而且由于它是金匮石室之藏，外人难以看到。而私家命笔又往往道听途说，蓄意猎奇，以致谬误百出。《四库全书总目提要》说“明人学无根柢，而最好著书，尤好作私史”，就是指的这种情况。王世贞对此深有感触，不满于史事的缺略和失实。在《国史对策》一文中，他写道：
夫明兴其治统政化人才卓然越百世，而于史抑何湮略弗振也？夫金匮石室之，度非草茅所与闻，然往往传之荐绅云。革除靖难之际，其笔不能无曲与讳也，输款而美其知义，抗节而诬其乞哀。乃至英宪孝之际，秉如椽者陈庐陵（陈文）、刘博野（刘健）、焦泌阳（焦芳）之辈，往往鸱张其臆，一人而代各贤否，一事而人各是非，甚或责阙供于仁孝之里，诋掠金于戡定之臣，将何所取衷哉？野史亡虑数十百家，其在朝者修隙而灭其公是，逞己而欺其独非；在野者剽一时之耳而遂为目，信它人之舌而用为笔，则又不可信也。家乘稍具生平世系、迁转履历而已，要之罔非谀墓者，改事之非而称是，略人之美而归己，则又不可信也。[262]
在《弇山堂识小录》序言里，他又一次指责了实录、野史、家乘的不足信，表达了自己有意于创作一部当代信史的愿望：
故事山陵毕，下翰林臣修实录。已上，取稿焚之，其稿固称焚，往往流传人间，然不过举诸曹之故牍，而翰林先生以意纡是非者踵相接也。诸琬琰所载谀墓之辞亡非贤者，大要以位或子孙差高下耳。而稗官小乘类出迁人畸畯手，修怨之音与耳传之半之，舜纂尹诛何以异于齐东之野、汲之冢也。然则天下遂无史哉！余谬不自量，冀欲有所论著成一家言，卒卒未果。
王世贞的立志撰修当代史还同他的重今思想有密切关系。在古与今的关系上，他认为博古是为了通今，反对那种食古不化的腐儒。他说：“夫士能博古固善，其弗通于今也，古则何有？我以古而诮人，人亦以今而诮我，其失究同也。今夫夏敦商彝，牺尊兽壘，窾识奥奇，文画深巧，天下之瑰器也，以烹以盛则不若敝釜瓦缶之便。何者？适于用也。由古道无变今俗，然则通今之士可少哉！”正因为他对古与今的关系有比较正确的认识，才能够勇于以国史自任，通过当代史事的叙述表达自己的政治观点。生活在嘉靖、隆庆、万历年间的王世贞，亲眼看到整个封建统治的日趋腐败，明王朝统治力量的江河日下使他触目惊心。他汲取孔子“载之空言，不如见之行事之深切著明”的意思，想通过著作当代史对时事加以针砭。陈文烛为《弇山堂别集》写的序言中就曾经说，王世贞“目击朝家掌故犁然有慨于心，不容不置一喙。乃又以流祸隐忧，故自黼扆以至貂珰，美丑悉陈，无所衮钺，以俟夫后世君子，同心者易寻，吹毛者难见。顾其中藏三尺之严，毫不可夺，不亦隐而直乎”，点明了王世贞作史的用意。
为了著述当代国史，王世贞付出了大量的劳动。他不仅从历朝实录和档案文书里抄录了大量史料，对于有助于考核和补缺的野史、家乘等无不兼收并蓄，还非常注意通过访问和朋友言谈采集有用的材料。作为准备工作，他编出了几本资料书，主要有：《明野史汇》，一百卷；《皇明名臣琬琰录》，其中不仅搜罗了许多官僚的家乘，连“武弁、中珰之贵者与布衣之贤者”也包括在内，数量是“人以千计，卷亦过百”；《天言汇录》，是王世贞所抄明历朝皇帝的手诏和口谕。此外，笔记体的史著尚有《国朝丛记》、《札记》、《觚不觚录》、《阉寺小纪》、《戚武梼杌》、《丁戊小识》（增益后改名为《弇山堂识小录》）、《少阳丛谈》等。在收集、整理和考核材料的过程中，王世贞对史料进行了严格的审查，仔细地加以甄别，写成了《史乘考误》十一卷，前八卷是考二史（实录和野史）之失，后三卷考家乘之误。在这样严实的基础上，王世贞才着手撰写一部纪传体的当代史。到万历十六年（1588）左右，他已经年过六十，感到靠自己的力量来完成这个庞大的任务已经不可能了，只好把自己在史学方面的著作加以整理，编成《弇山堂别集》一百卷[263]，交给金陵一个书贾刊刻成书。但是，这部书并没有包括他的全部史学著作，甚至没有包括他最有价值的一些史学著作，如已经写成的世家、列传、志的稿件以及像《国朝丛记》这样重要的笔记体史著。原因是这些著作中对统治集团指斥的地方很多，公开刊行可能引起麻烦。在他去世以后，他的生前友好担心他的遗著散失，都主张汇集发刊问世。最后经董复表整理，于万历四十二年（1614）刻成《弇州史料》一百卷，前集三十卷，后集七十卷。[264]其中一部分如《皇明三述》《史乘考误》同《弇山堂别集》相重复，其余大多数是《别集》中没有刊行过的。
王世贞著述当代国史，成一家之言的抱负虽然没有实现，但他几十年辛勤劳动的成果仍然非常可观。他所搜集、整理、考核的材料给后人研究明史以很大的方便。他写成的一些世家列传的稿件也在不同程度上为后来纂修《明史》的人所继承。只要拿他的成品同清代明史馆所修《明史》对读，可以发现清修《明史》虽几经易手，仍然有不少地方采用了王世贞的遗稿。例如李善长等人的传记不仅在取材和编排上基本沿用了王世贞的文稿，许多地方连文字也一样，因袭的痕迹非常明显。他所编纂的志和专题考证也为《明史》的表和部分志的修撰奠定了基础。这说明王世贞实际上是纪传体明史的开创者。清修《明史》经过许多人长期劳动方才写成，而王世贞筚路蓝缕之功当然不能抹杀。如果拿清修《明史》来和王世贞的史稿做个比较，那么，在完整性、体例的严整以及用词的简练等方面，《明史》固然有它的长处；但就思想性而言，清修《明史》就比王世贞的遗稿倒退了一步，主要表现在王世贞对统治集团的揭露和指斥较多，而《明史》则掩饰多于揭露。