郑芝龙降清后，郑成龙自称“招讨大将军”与清朝分庭抗礼。顺治五年，曾经率军攻陷同安、进犯泉州；顺治六年又派遣手下将领施琅攻陷漳浦，下云霄镇，进入诏安。这时明桂王朱由榔称帝，改年号肇庆已经三年，郑成功开始使用永历年号。桂王封成功为延平公。顺治七年永历四年（1650年）成功攻潮州，被清总兵王邦俊击败，在攻碣石寨不克后，施琅投降了清军。在这期间郑芝龙被清廷封为同安侯，多次尝试招抚郑成功，均被拒绝。并改中左所（厦门）为思明州，设置六部管理政务，分所部为七十二镇，依然遥尊永历为皇帝，接受朱由榔的封拜，并且每月为漂泊在金门岛的鲁王朱以海提供猪肉、粮米等物质支持，月给厚廪于明朝的沪、溪、宁、靖等诸王族。[1]
顺治十五年南明永历十二年（1658年）桂王封郑成功为延平郡王，曾经率水师十万浩浩****会同鲁王张煌言部一路出浙江至崇明，攻陷镇江，在攻打南京时功亏一篑，败退南归。如果郑成功部攻陷南京，中国的历史又将改写。为防止郑成功的水师与闽浙粤沿海诸省内陆军民的沟通，清政府实行了十二年的禁海政策，这就是明末所导致的大量“通海案”以捕杀明末遗民力量与郑成功水师相沟连，联手抗清的缘由。
据清史稿《郑成功传》记载：
成功自江南败还，知进取不易；桂王入缅，声援绝，势日蹙，乃规取台湾。台湾，福建海中岛，荷兰红毛人居之。芝龙与颜思齐为盗时，尝屯于此。荷兰筑城二：曰赤嵌、曰王城，其海口曰鹿耳门。荷兰人持鹿耳门水浅不可渡，不为备。成功师至，水骤长长余，舟大小衔尾径进，红毛人弃赤嵌走保王城。成功使谓之曰：“土地我故有，当还我；珍宝恣尔载归。”围七阅月，红毛存者仅百数十，城下，皆遣归国。成功乃号台湾为东都，示将迎桂王狩焉。以陈永华为谋主，制法律，定职官，兴学校。台湾周千里，土地饶沃，招漳、泉、惠、潮四府民，辟草莱，兴屯居，令诸将移家实之，水土恶，皆惮行，又以令严不敢请，铜山守将郭义、蔡禄入漳州降。斯岁圣主即位，戮芝龙及诸子世恩、世荫、世默。[2]
也就是说郑成功在一路经浙江至上海、占镇江、攻打南京北征复兴明朝的大业失败后，南明王朝最后一个小朝廷永历皇帝被清廷扑杀，选择台湾作为复兴明朝的基地已是一种不得已的战略选择。由是攻占台湾提到郑家军的军事日程上来。在战略进行实施前，郑成功做了大量的准备工作。他的规复台湾之举是在闽、台两地人民的大力支持下进行的。北征失败，退入金、厦时，在台任荷兰通事（翻译官）的何斌（福建南安人）秘密探测鹿耳门水道，收集台湾各地资料，绘制台湾地图，携往厦门献予郑成功。顺治十八年南明永历十五年（1661年）三月二十三日，郑成功率领两万五千名甲士，分乘二百五十艘战船，白帆高悬，铠甲鲜明，军威豪壮，一路浩浩****向台湾海峡乘风破浪而去，三月二十四日先占澎湖。三十日趁海上大雾弥天，阴霾笼罩，船队冒险出征，于四月一日凌晨黎明时分逼近台江（今台南）。荷兰殖民者早有防备，但是郑成功却得到台湾人民的支持，在何斌的导引下，自鹿耳门内禾寮港登陆，对殖民者进行陆地和海上的两面夹击。郑成功用木船包围荷兰战舰，击沉荷兰主力舰海德格尔号，迫使荷兰殖民军狼狈而逃。在陆地，荷军从城中出击，被郑军水陆夹击，侵略军头子汤玛斯·贝德尔和上百名士兵被击毙。郑军首战告捷，大获全胜，普罗文遮城（赤嵌楼）迅疾被占领。消息传开全台沸腾，“汉民”与“番人”齐心协力，合力捣毁荷人行政机构，诛杀平日跋扈横行的荷兰人。荷军残兵退守热兰遮城（今安平古堡，即赤嵌城）。
荷兰殖民军头目揆一龟缩到赤嵌城和台湾城，企图依靠工事进行顽抗。郑成功率军包围赤嵌楼城。郑成功致荷兰东印度公司驻台湾第十二任总督揆一招降书全文如下：
执事率数百之众，困守城中，何足以抗我军？而余尤怪执事之不智也。夫天下之人固不乐死于非命，余之数告执事者，盖为贵国人民之性命，不忍陷之疮痍尔。今再命使者前往致意，愿执事熟思之。执事若知不敌，献城降，则余当以诚意相待。否则我军攻城，而执事始揭白旗，则余亦止战，以待后命。我军入城之时，余严饬将士，秋毫无犯，一听贵国人民之去。若有愿留者，余亦保卫之，与华人同。夫战败而和，古有明训；临事不断，智者所讥。贵国人民远渡重洋，经营台岛，至势不得已而谋自卫之道，固余之所壮也。然台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞。今余既来索，则地当归我，珍瑶不急之物悉听而归。若执事不听，可揭红旗请战，余亦立马以观，毋游移而不决也。生死之权，在余掌中，见机而作，不俟终日。唯执事图之。
揆一不从，企图作困兽之斗，树旗请战，郑军得到民众的帮助，筑栅栏封堡垒，断绝荷兵接济，截击爪哇援兵，经九个月的艰苦战斗，郑军以猛烈的炮火摧毁了台湾城附近的防御工事，城内荷兵饿死战死一千六百多人，余下六百多人弹尽粮绝，不得不投降。殖民军头目末代总督揆一终于在南明永历十六年清康熙元年（1662年）十二月十三日出城在投降书上签字。郑成功对于缴械投降者，一律宽大，允许携带个人财产归国。荷兰殖民者对台湾的38年统治宣告结束。
而台湾的末代总督揆一先生在携带着从台湾掠夺的大量财富返回荷兰巴达维亚后，立刻因为投降而受到审判，之后，被软禁于班达群岛。1674年在威廉亲王特赦下回到荷兰，以后住在阿姆斯特丹。1675年出版《被贻误的台湾》一书为自己辩护，谴责东印度公司高层玩忽职守，贻误时机，才使他失去台湾。
而他的政治对手收复台湾的民族英雄郑成功，却因为军务倥偬无暇管束留在思明州（厦门）王府的延平王世子郑经的**行为，造成家族丑闻。最终郑氏家族内部因惩处郑经意见不一，而严重分裂，导致郑成功在收复台湾后被逆子活活气死。
[1] 见《清史稿·卷二百二十四·列传十一·郑成功传》，线装书局，第1330页。
[2] 见《清史稿·卷二百二十三·列传十一》，线装书局，第1322页。