第一次直奉战后，直系以“恢复法统”为旗号，请出黎元洪复职，暂时解决了政治善后问题。但直系无意拥黎元洪在总统位上长期待下去，他们的最终目的还是推出曹锟当总统，使直系成为北京政坛的完全主人。在这个问题上，直系内部并无分歧，只是在曹锟出任总统的时机方面，直系内部保洛两派有不同看法，保派主张曹锟上任越早越好，以得到更多的实际利益；而洛派“固推尊曹，但其始意并未积极拥曹为总统，颇欲利用黎名义，拖延选举时日，以完成其武力统一”，建立直系的长久功业。两派围绕这个问题发生激烈矛盾，并在对罗文干案的处理过程中集中爆发。保派为了实现拥曹的企图，不断向曹锟进言称：“子玉不让老帅做总统，有总统自为之意。老帅不信，人人只知有子玉而不知有老帅了。”结果导致曹锟就罗文干案向吴佩孚发出公开警告，迫吴为了直系团体的利益而不能不后缩，何况吴佩孚也知道，“统一”还是遥遥无期的事，如果等“统一”以后再让曹锟当总统，恐怕他一辈子也干不成了，所以吴佩孚也不再反对“最高问题”的进行，只是保派与洛派又在“制宪”与“选举”孰为先后方面又有争执。保派主张“先选举”，将曹锟推上总统宝座后再制定宪法，实际也反映了曹锟的意思，并得到国会两院议长吴景濂、王家襄的支持；洛派则主张“先制宪”，俟宪法制定后再选总统，洛派的主张更多考虑到社会舆论对制宪的呼声以及选举总统的合法性问题，担心在现有法制框架及国会残缺的情形下选总统又将为反对派落下“非法”之把柄。吴佩孚认为，“制宪大权，本属国会，一俟法典告成，自应共同遵守。至一切政局纠纷，则当推诚协议，力图改进”，如此则曹锟当选为水到渠成。但吴佩孚和洛派的意见既不为曹锟所喜，更不为急于拥曹上台的保派所体认，事实上也无法阻止保派拥曹上台的种种运动和策划。
为了拥曹锟上台，首先必须赶黎元洪下台，办法无非是文与武两途。由于黎元洪是被直系刚刚请出来复职的，骤然采用武力直接驱逐的方法即便是拥曹的保派也觉太过突兀，因此“文”的方法成为保派逐黎的首选，其切入途径就是黎元洪的任期问题。
根据1913年10月公布的《大总统选举法》，大总统任期为5年。自1913年10月到1916年6月，由袁世凯担任大总统，其后至1917年7月由黎元洪继任，再其后至1918年8月由冯国璋代理，三人任职时间共计4年又10个月。自1918年10月到1922年6月，徐世昌担任大总统，惟因其由安福国会选出，故在第一次直奉战后被直系认为不合法统，因此请出黎元洪复职。但黎元洪复职后，其任期究竟如何计算则成为众说纷纭的问题，一直悬而未决。为了给黎之复职寻求法理依据，曾任北京政府司法总长的张耀曾撰文认为：黎元洪的任期尚有1年3月有余，理由是：根据约法及总统选举法，大总统在任期中的离职原因只有死亡、弹劾、因故不能执行职务，“故从法律上立论，民国六年七月黎大总统之离职，推之法定三种原因，无一而当。是其离职，乃事实上之离职，非法律上之离职也。非法律上之离职，故不生法律上之效力。惟其离职无效，故冯副总统之代理，乃事实上之代理，非法律上之代理也。非法律上之代理，故亦无法律之效力。”因为当时国会已被解散，因此无论是离职还是代理，都未经过国会通过的合法手续，因此都不为有效，现在“障碍既去，当然继续任职”。而反对者则认为，冯国璋的代理是合法有效的，黎元洪复职后的任期仅能补足袁世凯称帝至死以及张勋复辟的两段时间，故其任期只有6个月。黎元洪本人及其亲信左右当然希望黎在总统位上多留时日，他们对上述两种说法都不满意，几经琢磨后提出：自袁世凯颁布《中华民国约法》就背叛了民国，从而在事实上已不能视为民国总统，因此，自“新约法”颁布之1914年5月1日至袁死之日均应为黎之任期，这样算来，黎元洪的任期还有2年又2个月，应任职到1925年8月期满。此等主张实在有些离谱，也使拥曹派下决心从法理上剥夺黎继续任职的借口。
1923年5月，拥曹议员向国会提出解释大总统任期案，提出黎元洪复职任期为补足自袁世凯改元洪宪至其死亡日的任期，总共是160天，而黎自1922年6月11日复职，到此时已有335天，超出其任期175天，应该立即退位，依法由国务院摄行总统职务，同时从速组织大总统选举。此后，又有20余起提案附和此议。黎元洪知道这些提案背后的拥曹背景，遂咨国会两院表示：“元洪复职之初，曾宣言法律问题听候国会解决。嗣两度咨请辞职，未承开议，补任期间，亦未解释。……现在尸素已久，岁序将周，虽议案尚无遵循，而法理究有限制。博考众论，固非一辞。假定长期，亦仅数月。念末日之大难，冀及时之有托。深望转告同人，查照总统选举法，注意准备。”但黎元洪虽有这样的表示，却并无实际离位的举动，使得保派还需要对其施加更大的压力，逼其离位。
保派逼黎元洪退位的第一步是制造阁潮，赶走总理张绍曾。因为张绍曾上台后在统一问题上与曹锟和吴佩孚的步调不一，颇令曹、吴不悦，张主张先制宪后选举，更是得罪了保派，所以他们首先将攻击矛头对准张绍曾，企图驱张之后由保派组阁，再逼黎退位，准备大选，所谓“拥曹必先驱黎，驱黎必先驱张”。
1923年3月，张绍曾内阁复职，国会拥曹议员随即提出不信任案，集中攻击张阁处理统一问题与外交问题（如金佛郎案）的不是，责其“内政、外交着着失败”，要求“尽早解职”。4月11日，参议院以94票对21票的压倒多数通过对张阁的不信任案。但在该案循程序移送众议院审议时，张绍曾声称此案违法，并威胁将以解散国会作为报复，同时向议员大肆封官许愿，收买议员不支持此案。故众议院未与参议院同步行动，25日将不信任案退回，保派通过国会倒阁的计谋未能成功。
一计不成，又生一计。北京政府的财政一直比较困难，张绍曾内阁同样为解决经费问题终日煞费苦心，难成正果，不仅许多机关、学校欠薪，即使表面威风凛凛的军警也时常不能按时领饷，保派随即以此唆使北京军警向内阁索饷，给张绍曾施加压力。3月间，京畿卫戍总司令王怀庆发表通电，先称张绍曾对军警“置之不顾”，威胁“倘军警以无饷之故，不能维持其现状，而影响及于秩序之安宁”；继责张之施政“恋栈尤殷，忽东忽西”，“播弄手段，引诱政朝”，甚而指张“以揆席之尊严，而冶游于八胡同大森里之间，挟妓饮博”；表示“不避怨嫌，口笔诛伐”。其后，王怀庆又于4月24日上呈黎元洪，请其“即日将怀庆本兼各职一律开去，另简贤能”，以甩手不干而胁迫黎免张职。4月26日，张绍曾召开国务会议，王怀庆与陆军检阅使冯玉祥、京师警察总监薛之珩、京师步军统领聂宪藩、京师宪兵司令车庆云等率领团长以上军官85人到场，以军警经济窘迫为由，要求张绍曾立即筹拨一个月饷银以安军心，逼得财政总长刘恩源当场签发支票以解燃眉之急。当日，王、冯等发出通电，直指“北京政府为万恶之渊薮”，表示“不避出位之小嫌，借谋救亡之大计”。第二天，参谋部部员数十人到刘恩源家中索取两年之欠薪；第三天，参谋部次长蒋雁行等到国务院，居然当面责问张绍曾长期欠薪该当何罪。保派步步紧逼的索饷举动，使张绍曾一时不堪其苦。
张绍曾以筹款发饷而暂时躲过了保派的倒阁运动，但保派不会善罢甘休，随后又发动阁员拆台。5月3日内阁例会，保派阁员以一些具体问题为借口，内务总长高凌、交通总长吴毓麟、司法总长程克扬长而去，表示不再出席内阁会议，使内阁无法正常工作。在此情形下，张绍曾不得不向保派求情，并以任命保派人物张英华为财政总长而向保派示好。但随后保派又就制宪经费问题向张绍曾发难。为了从速完成制宪工作，当时国会部分议员提议，对出席制宪会议的人员每次发给出席费20元，以解决议员经常无故缺席的问题。提案通过后，如何筹款成了国会的难题，经国会向黎元洪求援，黎元洪召集张绍曾等商定，从海关建筑费项目下每月拨17万元制宪经费。保派得知后“以黎元洪此举为见好国会，欲运动蝉联总统”为由，由吴毓麟在5月26日的内阁会议上发难，提出制宪经费不经国务会议议决，违背责任内阁精神，不能发放。财政总长张英华还以此为由阻止总税务司拨款。
经过上述几次倒阁风波，张绍曾内阁已是风雨飘摇，难以维持，但如果张绍曾坚不辞职，而黎元洪也不免张职，保派暂时也没有更好的办法。为了达成搞垮内阁的目的，保派又利用张绍曾贪权的欲望向他表示，只要他同意辞职，则在逐走黎元洪后，立即迎他回京，循例摄行大总统职权。此时的张绍曾因不堪保派的逼迫，又心存辞职后曹锟或许念其功而仍重用他的幻想，居然钻进了保派设好的由其自行辞职的圈套，“堕其术中而不能自拔”。6月6日，张绍曾召开特别国务会议，高凌首先声称：总统近来对于政务或不经国务会议直接处理，或以命令方式交院照办，违背责任内阁制精神；总统既不信任我们阁员，我们只有告退。吴毓麟、程克、张英华等立即附和高的意见，提出内阁总辞职。事已至此，张绍曾表示，内阁阁员同进退，要辞大家一起辞。高凌立即不失时机地拿出早已准备好的辞职呈文和通电稿本，让与会者依次签名，随后发出。通电称：“责任内阁载在约法，今既责任不明，以后危险情形岂可言喻？绍曾等备员阁席，既不欲使一己蒙失职之咎，复不欲陷元首于侵权之嫌，惟有声请罢斥，解除责任。”高凌还怕张绍曾辞职后留在北京不走，对他们此后的活动不利，又进逼说：我们既然决心辞职，应该离开北京退避贤路。而当张绍曾晚间上车离京时，国务院中只有秘书长张廷谔一人随从，名曰护送，实为押解。张绍曾也无可如何，只得灰溜溜地往天津去了，从此被弃置闲散，谋复职而不得。
对张绍曾的辞职，黎元洪当然知道其意味何在，他即派其亲信、陆军次长金永炎等持其亲笔信“赴津谢过，分劝就职”。张答以：“此次政潮，酝酿极久，原因复杂，个人力难消弭，只得远避。”金见张“辞意坚决，无法挽回”，遂返京复命。黎元洪为了巩固自己的总统地位，急于组织新内阁，他本有意请顾维钧组阁，但顾维钧知此次保派非逼黎下台不可，“卒以形格势禁，合作难期，谢不肯任”。何况张绍曾曾令张廷谔回京后将继任之空白命令办好送总统府，谁知张廷谔听从保派指示，将空白命令藏匿起来，黎元洪拿不到有张绍曾署名的空白命令，顾维钧的任命令也无法发表。其后，黎元洪又约颜惠庆面商，颜“初似肯相助”，但因“逼宫”潮起，于是亦“不敢担承”。组阁事终告搁浅。
张绍曾内阁既倒，中枢政事无人过问，北京形成无政府状态，保派即组织军警索饷和“公民团请愿”，掀起了大规模驱黎风潮，逼迫黎元洪下台。6月8日，“有军警、官佐数百人佩刀入新华门，围居仁堂，借口索饷。经当面再三开导，始各散去。”保派为了增加对黎元洪的压力，又以“索饷不得，不能枵腹从公”为借口，策动北京警察“形式罢岗”。9日，“城郊警士一律罢岗，领袖公使来宅询问，天安门前复有数十人召开国民大会，散放传单，虚构罪状。新华门外及东厂（黎元洪）住宅守卫尽撤，比午住宅数处电话不通，查系军队派人监视，不许接传。”至当晚7时，保派方令警察复岗。10日上午，军警索饷队伍围困黎之官邸，表示非领得欠饷决不退出。下午，近千人的“市民请愿团”又前来“声援”，这些所谓“市民”实际是穿便衣的军警，他们手持“改造政局”、“总统退位”等纸旗，“呼喝之声响震屋瓦，百般劝喻，均不见听”。黎急召北京步军统领聂宪藩、警察总监薛之珩前来弹压，但不得要领。此后直到黎元洪出走，对黎宅的滋扰始终没有中断。
“逼宫”事初起，黎元洪还强作镇静，不愿下野。10日他致电曹锟、吴佩孚，表示“依法而来，今日可依法即去”，询“两公畿辅长官，当难坐视，盼即函示”。但曹、吴对黎之电文装聋作哑，不予理睬。为了逼黎元洪从速下台，12日，京畿卫戍总司令王怀庆、陆军检阅使冯玉祥向黎递交辞呈，表示不负维持秩序的责任，并且进一步声言：“以后苟非饷项有着，不仅王冯辞职，全体军官亦当继其后也。”这无疑是对黎的最后警告。黎派参谋总长张怀芝退还辞呈并加慰留，但王、冯拒不接受。黎又不顾脸面致电曹、吴求情称：“两公畿辅长官，保定尤近在咫尺，坐视不语，恐百喙无以自解。应如何处置，仍盼即示。”但曹、吴仍不置理，至此，黎元洪知大势已去，不可再在北京呆下去了，下午3时与亲信会议，商请李根源担任阁揆，并拟就命令，裁撤全国巡阅使、巡阅副使、陆军检阅使、督军、督理，所属军队由陆军部直接管辖，以发泄对“请愿”风波背后操纵之曹锟、吴佩孚的不满与怨恨。13日上午，黎元洪分函国会及外交团并通电全国，声明总统移津办公，声言“曹巡阅使近在咫尺，迭电不应，人言籍籍，岂得无因？”；“去年复职，历经咨催国会，遴选替人。但得宪法早成，于愿已足。若谓延长任期，竞争选举，匪特毫无是迹，抑且毫无是心。何嫌何疑，而相胁迫？个人自由横被侵夺，更何能执行职务。万不获已，权移天津！”下午，黎元洪由几位亲信左右陪同，乘专车赴天津，行前将大总统印信交其妾危文绣携往东交民巷法国医院暂住。自上年6月11日入北京复职，至此时被迫离京出走，黎元洪在大总统任上又干了一年又两天。
得知黎元洪出走的消息，王怀庆、冯玉祥、聂宪藩、薛之珩等即在13日下午召开紧急会议，议决维持治安、约束部下、拥护国会、保护外侨等项办法。在保定的曹锟得知黎元洪离京后，也不再装聋作哑，于当天下午致电北京军警长官称：“连日以来，内阁总辞，今又值元首离京，首都人心，益因此惶恐。国会为国家根本法律所在，务望极力尊崇保护。以及人民治安，使馆侨民，一切交通秩序，均须极力维持，以重首都，而奠国本。”
黎元洪出走之初，保派分子发现大总统印信不知去向，以为黎随身带走，内务总长高凌即于13日下午致电在天津的直隶省长王承斌设法截留。曹锟亦电王怀庆，指示“所有总统印信及国玺，并希查询明确为祷”。王承斌即率同警务处长杨以德，随带军警乘车至杨村，当3时许黎之专车抵达后，王等登车并向黎索取印信，黎“语意含糊。继云：在北京法国医院，由其如夫人保管，乃屡次电京乞未允交”。车抵天津后，王“传令摘去车头，百般要挟，数千军警密布，坚不放行，始则要求交印”，“否则羁禁车内，永不放行”。黎元洪气愤已极，拔出左轮手枪自杀，为其美籍顾问福开森所救，英美两国驻津副领事闻讯赶到车站后也被禁止登车。至晚10时许，黎迫不得已派人打电话到北京，嘱将印信交给国会。危氏因总统印玺关系重大，未得总统口谕，不能交出。于是黎在军警重重监视下，到车站电话室与危氏通话，告其交印。因为一直没有接到北京的消息，王承斌仍不许黎回宅，直到14日清晨张廷谔、薛之珩从法国医院取到印信。王承斌得讯后，又以黎元洪名拟就的致国会、国务院和各省通电交黎，强令其签名，宣布“本大总统现在因故离京，已向国会辞职。所有大总统职务依法由国务院摄行。”黎被迫作出妥协签名后才被最终释放出车回家，演出了此次“逼宫”案中“古今中外，皆所罕闻”的一幕。一年前赶走大总统徐世昌、口口声声高喊“恢复法统”的直系军阀，又以这样的方式迫不及待、毫无顾忌地赶走了自己请出的黎元洪，北京政治的荒唐无序于此可见一斑。
黎元洪被逼离职出京，保派倒阁、逼宫的图谋先后实现，接下来就是组织“摄政内阁”。6月14日，北京内阁在保派阁员的操纵下，甩开总理张绍曾（张绍曾想回京重掌政府，但被保派所拒），召开特别国务会议，虽然只有内务、财政、司法、海军4位总长参加，但仍决定内阁复职，并通电声明由国务院依法代行大总统职权，暂由内务总长高凌主持院务。同日，国会召开两院议员谈话会，讨论黎元洪离职问题，拥曹议员提出由内阁摄政并选举继任大总统。而国民党所属议员认为：此次军警流氓以暴力逼走总统，国会为维护国家纪纲计，亦须有正当之表示。拥曹议员即“群阻其发言，哗噪叫嚣，秩序以乱”。会议未有结果。16日国会继续召开两院议员谈话会，拥曹议员提议“应用快刀斩乱麻方法”处理黎元洪离职问题，动议自黎元洪离职出京之日起，其“所发命令概不生效”，并“由国务院摄行大总统职务”。结果在拥曹议员的鼓噪之下，该项动议以超过到会者的半数通过，摄政内阁据此而成“合法”。但其合法性却遭到各方质疑，如论者谓：“公等作为，纯以私意为弃取，毫无法律之准绳，置人身于大海浮萍之上，虽无风波之起，亦难免于灭顶之祸矣。万一因此而引起天下之纷争，陷国家于万劫不复之境，至时之责任果将谁归乎？”
当摄政内阁在北京紧锣密鼓地重张之际，被逼走天津的黎元洪也不甘心就此退隐。6月13日，他在去天津前曾发布《大总统令》称：“此次京师乱起，显有发纵指使之人。本大总统委曲求全，胁迫愈急。毁法乱政，罪恶昭彰。举国官兵，当同义愤。扶危定乱，愿与天下图之。"14日，他到天津家中后，又发表通电称：“当此政象险恶时，一身去就，关系过巨，决不能率言辞职。”并声言：“现在印被劫夺，所有北京发出之非法命令，概行无效。”摄政内阁经国会“认可”之后，20日黎元洪发表通电，称其离京为“不能自由行使职权”，“并非离职，更不得妄为援引”，因此他“仍为在职之大总统”，所发命令“自应一概有效”；并称“自今以往，元洪职权，未得国会确当之解免，无论以何途径，选举继任，概为非法”。为了表示他仍在大总统任上，黎元洪不断发布各项命令，如任命唐绍仪为国务总理（未到任前由李根源署理），任命段祺瑞为“讨逆军”第一路总司令，张作霖为第二路总司令，但黎元洪毫无实力，各方对其命令反应冷淡。为了给曹锟“当选”总统制造麻烦，黎元洪又拉拢、利诱部分国会议员离开北京，以使国会不达法定人数，从而使选举自然流产。黎的做法与正在携手反直的孙（中山）、段（祺瑞）、张（作霖）三角同盟鼓动国会议员离京南下的主张有契合之处。其时三角同盟以发放旅费吸引议员离京，“连日各方来接谈者甚多”，“离京者不绝于途”，至6月底到津议员已近300人。但黎元洪希望议员在天津集会以为其壮声势的想法和三角同盟利用议员在上海召开国会以在政治上打击直系的主张不相吻合，后来多数在津议员决定去沪。7月14日，南下议员在上海开会，声明“留京议员，陷于强暴，即有议案，不生法律效力。北京武人，如有假借政府名义，与各国订何项条约，磋商何种借款，吾国会概不承认。”但直系自恃有雄厚的资金利诱议员回京，而南下议员出于派系纷争，对政治问题的态度也不一致，结果始终不足法定人数，“沪上国会，已成遗蜕，无可发展”。但无论此后的政局向何方发展，自武昌起义起始而意外跻身中央政治舞台的黎元洪都无能参与，而只能成为政治的看客，两度出任民国大总统的黎元洪就是以这样的方式结束了自己的政治生命。