太平天国占领南京，并将其确定为自己的首都——天京之后，一个与清王朝相对峙的新政权崛起了。尽管它暂时只是占领了南京、镇江、扬州等三个城市，但与以前对城市旋占旋弃、以流动作战为主的态势已截然不同。清王朝对太平军围追堵截，企图将其扼杀于未央的政策至此已告失败。面对一个日益强大、几乎可以置自己于死地的敌人，清王朝陷入了空前危急的局面。咸丰帝试图变革，走出困境，首先是调整统治枢机，开始重用汉族大臣，甚至起用曾是自己争夺帝位的劲敌——恭亲王奕，并着手整顿吏治。前线的军政大员在屡遭败绩和不断撤换调整之后，也不再墨守成规，开始自行筹备战守。其中最典型、最成功的便是曾国藩组建湘军出征。一个似乎已经毫无希望的政权，终于在生死存亡的紧急关头激发出自己的活力。
为了攻取北京，推翻清王朝的统治，太平天国派出精锐主力进行“扫北”之役；同时，为夺取长江中游地区以作天京屏障和供给基地，又发动了西征之战。扫北的太平军因不适应北方的严寒而失去机动作战的能力，终因后援不继以及优势清军的围困而告失败。西征军因遇到强劲的敌手——曾国藩的湘军也屡遭挫折。鹿死谁手，一时还难见分晓。