迎汪复职方兴未艾，迁都之争又起波澜。
迁都之议，始于蒋介石。1926年9月6日至7日，国民革命军相继克复汉阳、汉口，武昌也指日可下。革命势力正向长江流域进展，武汉因其地理位置重要，有望继广州之后成为新的革命中心，但这一中心即将落入唐生智之手。蒋介石深怀忧绪。9月8日，蒋在日记中写道：“接孟潇（引者注：即唐生智）总指挥函，其意不愿余在武昌，甚明矣。"9月9日，蒋介石致电国民党中常会代理主席张静江与国民政府代理主席谭延,请政府常务委员来湖北主持党政大计。电称：“汉阳汉口既克，而武昌城敌因无退路，故尚负隅，现在正在设法劝降中，城虽未下，而军事实无问题。武昌克后，中（引者注：蒋自称）即须入赣督战，武汉为政治中心，务请政府常务委员先来主持一切，应付大局，否则迁延日久，政治恐受影响，请勿失机。”蒋所担心的“政治恐受影响”，实即恐受唐生智影响。9月14日，蒋介石在日记中称：“余决离鄂向赣，不再为冯妇矣，否则人格扫地殆尽。”次日他又记：“革命环境，乃至于此乎！压迫牵制监视之难堪，回肠**气，其能忍受以终耶？“18日，蒋介石再次致电张、谭：“中离鄂以后，武汉政治，恐不易办，非由政府委员及中央委员先来数人，其权恐不能操之于中央。”与此同时，蒋介石还电请鲍罗廷、维经斯基等人赴汉。鲍罗廷明白，蒋介石之所以这么做，是担心武汉会出现政治上的麻烦，蒋在为自己寻求政治增援。“蒋请我们到汉口去，为的是以国民政府和中央在当地的声望帮助他保持住政权”；其次，广州方面正在开展迎汪运动，鲍罗廷等人如果离开广州前往武汉，既可削弱广州的左派势力，又可帮助蒋介石抑制唐生智在武汉的势力膨胀，达到一箭双雕的目的。但鲍罗廷担心，如果不应邀赴汉，势必会引起蒋介石的怀疑。
9月18日，国民党中央政治会议第22次会议讨论蒋介石的提议，决定在武汉组织政治会议分会，由蒋介石、徐谦、顾孟余、王法勤、李大钊、柏文蔚、邓演达、陈公博负责组织工作，并电请李大钊、柏文蔚、王法勤三人赴汉。在此前后，蒋介石、张静江等提议召开国民党中央与各省区代表联席会议，以决定国民政府北迁等问题。中共有意将广东建设成为一个左派革命中心，乘蒋介石不在广州而对国民党的最高权力中心施加一些影响，如政府北迁，则有可能失去这一基地。而且所有左派领袖离粤后，广东的民众组织将直接与李济深的军事力量发生冲突而无转圜余地。与广东相比，湖北左派群众的基础还非常薄弱，不能影响政府，如国民政府移鄂，必较在粤更右。中共中央担心，国民政府北迁的结果，可能得不到湖北，反而失去广东。再说，中共中央并不赞成蒋介石抑制唐生智的做法，认为：“唐生智过去虽无革命历史，现在的表现的确很左倾。蒋及国民政府应该承认唐的势力，不应再用抑制而事实上又无力抑制他，徒然逼起他的反感。国民政府的组织现在还说不到如何绝对的统一与集中，国民革命中也决不是只能有一个革命独裁者，若果勉强的做去，不是逼起唐与右派接近，便是逼起唐由左反蒋。”故当10月16日广州联席会议讨论国民政府北迁案时，中共联合国民党左派代表一致表示反对。结果会议决议：“国民政府仍暂设于广州。”蒋介石获悉这一消息后，于10月22日致电张静江与谭延,又提出两个变通方案供选择：一是中央党部与国民政府机关留在广州，而将中央执行委员会移至武昌；二是国民政府留粤，而中央党部移鄂，声称“广东偏于一隅，且地方界限甚深，如党部移鄂，其进行必较粤有利，如欲发展，非速移不可。”
11月7日，北伐军攻克南昌。9日，蒋介石将国民革命军总司令部移设南昌。在这种情况下，鲍罗廷和中共广东区委率先改变了对国民政府北迁的看法，同意蒋介石先前的主张。理由是：江西战事结束，孙传芳已失败，国民政府将向全国发展，要以武汉为中心进行第二期北伐，巩固广东省的基础已不是当前主要的工作；其次，张作霖和日本关系紧张，不再存有对迁都武汉会和张作霖冲突的顾虑。加之鲍罗廷和粤区的同志对唐生智不信任，迁都武汉可树立党的权威，以便控制唐生智。但中共中央仍然表示反对，认为国民政府与国民党中央党部若迁武昌，不但汪精卫不能回，并且国民党左派分子势必相随赴鄂，这样一来，建立左派政权和广东模范省的计划，都将成为泡影。鲍罗廷不以为然，认为广东民众已经起来，可以独立，国民政府毋庸在此干涉一省之事，而要到武汉的适中地点去指导全国。除鲍罗廷外，俄顾问加伦亦赞同迁鄂，认为政府迁鄂后，北方问题将更容易解决，也不会与唐生智发生冲突。
11月16日，国民政府派代理外交部长陈友仁、司法部长徐谦、交通部长孙科、财政部长宋子文为调查委员，借整顿各省党政名义，离粤经赣北上，前赴武汉作政府迁移准备。同行的有顾问鲍罗廷、中央党部秘书长叶楚伧、国民政府委员蒋作宾、中央委员宋庆龄等。11月19日，蒋介石再电张静江、谭延。电曰：“闻徐、宋、孙、鲍诸同志来赣，甚喜。务请（顾）孟余先生速来。中（引者注：蒋自称）意中央如不速迁武昌，非惟政治、党务不能发展，即新得革命根据地亦必难巩固。此非中有所私。且中以后必不能驻武昌也。如中央与政府未迁武昌以前，中亦不到武汉。以此时除提高党权与政府威信外，革命无从着手，如个人赴武昌，必有认人不认党之弊，且自知才短，实不敢负此重任也。”
11月26日，国民党中央政治会议正式作出中央党部与国民政府北迁武汉的决议。30日，政治会议议决设立政治会议广州分会。12月2日，国民党中央党部停止办公。12月5日，国民政府停止办公，发表北迁通电。7日，国民党中央发表北迁通电，宣称半月内可到武昌办事。是日，第一批中央党部和国民政府人员起程北上。
国民政府四部部长及鲍罗廷等一行于12月2日到达南昌，12月10日抵达武汉。13日，在鲍罗廷的提议下，在武汉宣布成立“中国国民党中央执行委员暨国民政府委员临时联席会议”，并正式对外宣告：“中央执行委员会政治会议未在鄂开会以前，执行最高职权。”参加成员有孙科、徐谦、蒋作宾、柏文蔚、吴玉章、宋庆龄、陈友仁、王法勤、唐生智、邓演达、詹大悲、宋子文、董必武、于树德等，以徐谦为主席，叶楚伧为秘书长，鲍罗廷为总顾问。12月19日、20日，蒋介石两电湖北政务委员会主席、国民革命军总政治部主任邓演达，对武汉临时联席会议的议决案表示同意。1927年1月1日，临时联席会议宣布，国民政府在武汉办公，财政、外交、交通、司法四部开始行使职权。
蒋介石对武汉临时联席会议的设置可能带来怎样严重的权力变局，最初并未十分警觉，故虽有所不满，却未公开表示反对。经过几天短暂的思虑后，他越来越觉得由以左派为中心的武汉临时联席会议代行最高职权之危险性，有可能在鲍罗廷操纵下架空自己的权力，回复到“三二〇”以前的局面，加之在武汉的实力派军人唐生智、张发奎等人都表示服膺临时联席会议，恐将来难以掌控。蒋在12月15日日记中写道：“思量处境之苦，遭忌之深，痛与泪并。革命事业艰难至于斯，感喟不已。"12月29日又记：“党务政治不能自由设施，则虽胜无异于败也。”鉴此，蒋于1927年1月3日乘张静江、谭延等中央执行委员路过南昌之机，召集中央政治会议第6次临时会议，劝说与会者同意将中央党部及国民政府暂驻于他所直接掌控下的南昌，迁都问题以后再议。
蒋介石的这一改变，出乎多数人的意料。当时普遍的宣传，认为中国可以建都的城市只有四个：北京、南京、武汉、广州。北京和南京尚未克复，而广州偏处南方，难以号召天下。国民政府既由广州北迁，武汉自然成了最适中的地点了。据陈公博回忆，当日这种宣传已融成了普遍的心理，而这种心理不止一般人所同具，就是国府的主要人物也以为理有必至，事有固然。
1927年1月6日，徐谦、宋庆龄、孙科、蒋作宾、陈友仁等致电南昌，提议组织中央政治分会于武汉。徐谦、孙科还电询不迁汉的理由。7日，蒋介石主持召开中央政治会议第7次临时会议，讨论徐谦等6日来电，对于中央党部及国民政府地点问题，仍主暂设南昌；对于组织武汉政治分会问题，决议由宋庆龄、孙科、蒋作宾、陈友仁等13人组织之。武汉方面，1月7日也决定：对于政府地点问题，应俟中央执行委员会全体会议决定，在未决定以前，武汉联席会议有维持之必要。此决议由陈友仁等具衔致电南昌，认为“苟非有军事之急变，不宜变更决议。”南昌方面于8日复电谓：“组织分会一电，谅悉能从速成立，已足应付时局。”其含意是要武汉方面成立政治分会以取代临时联席会议。
蒋介石对武汉联席会议的抵制态度，使鲍罗廷进退维谷。中共中央本来反对迁都，指责国民政府北迁是鲍罗廷做的一件大错事。如果向蒋妥协，同意暂驻南昌，中共中央更会批评他错上加错。鲍罗廷本来设想等北伐军占领武汉后，利用蒋介石与唐生智的矛盾，削弱蒋的权力，将党权和政权转移到国民党左派之手。他乘中央党部和国民政府北迁之机迅速成立联席会议，接管“最高职权”，即含有此意。未料蒋介石将中央政治会议留驻南昌，挟天子以令诸侯，形成与武汉临时联席会议对峙抗衡的局面，鲍罗廷自难善罢甘休。他在致莫斯科的电报中，声称在迁都问题上不能对蒋妥协，否则不仅会大大加强蒋的独裁地位，而且难免会被北方军阀和帝国主义看成是广州软弱的表现，自己也将因此而不得不辞职。莫斯科方面建议鲍罗廷亲赴南昌说服蒋，争取妥协解决争端。作为妥协条件，可以同意国民革命军总司令部和总司令本人驻在南昌，但国民政府和中央党部则必须迁至武汉。
就在鲍罗廷打算前往南昌的时候，蒋介石于1月11日由南昌出发前来武汉，希望与武汉方面协商解决迁都地点的歧见。12日，蒋、鲍两人进行了数小时的私人谈话。鲍罗廷认为时局严重，为节省时间起见，提议中央政治会议在武汉开会。蒋坚持政治会议在南昌开会。当晚，武汉方面举行欢迎蒋介石宴会。宴会上，鲍罗廷直言不讳地批评有军人摧残党权、欺压C.P.和妨碍工农运动的发展，进而直接对蒋说：“蒋介石同志，我们三年以来共事在患难之中，所做事情，你应该晓得，如果有压迫农工，反对C.P.这种事情，我们无论如何要想法子来打倒他的。”还指责蒋袒护“党中老朽”张静江，丧失革命精神。鲍罗廷声色俱厉的神态，使蒋介石十分难堪。蒋在当日日记中写道：“席间受辱被讥，生平之耻，无逾于此！”翌日，蒋再叹曰：“为何革命而受辱至此？”事隔三个多月后，蒋介石还回忆当时的情景和感想说：“我校长教学生还没教得这样子严重，乃在宴会场中几百人的中间，把我一个国民革命军的领袖，又是中国国民党里面的一个领袖，来给他一个外国顾问苏俄代表当奴隶一样教训，这是怎么一回事？”
就在蒋介石滞留武汉期间，武汉街头已经出现“打倒独裁”、“打倒蒋介石”之类的标语。武汉之行，使蒋介石与鲍罗廷之间的矛盾迅速激化。蒋介石决意驱逐鲍罗廷。1月18日，蒋介石离开武汉。次日过九江时，第6军军长程潜谒谈。蒋愤愤然道：“余与鲍罗廷不能相容！既不能为国雪耻，何忍复为余辱国？革命至此，尚受帝国主义与外人压迫，何如及时解职，以谢国民与已死同志灵？“20日抵庐山，蒋仍不能释怀，叹曰：“夫苏俄解放被压迫民族之主义，余深信其必不误也，然而来华如鲍罗廷等最近之行动，则徒使我国人丧失人格，倍增压迫，此与其主义完全相反矣。国人有知，应驱而逐之。……余今精力已尽，策略已竭，惟有一死以谢同胞！中华民族独立自由万岁！”在此后的一段时间里，蒋在日记中仍念念不忘发泄对鲍罗廷的愤恨，一再表示“必欲去鲍”。但当他征求顾孟余、戴季陶、谭延、张静江等人意见时，这些人态度大多犹疑，担心去鲍将有碍联俄革命。蒋叹曰：“连日见诸同志，畏忌俄国，而不敢决然逐去鲍罗廷，余亦未免消极灰心。呜呼！此我民族衰弱异甚之征象也！余如再不奋发，以图自强独立，任令亡国灭种之惨祸，贻留于我全民之子孙，诚为万世之罪矣！至个人之成败何足介怀！”又曰：“夫横暴如鲍罗廷，如不速去，大有障碍于革命。众皆以为有碍俄交，余则以为惟顾联俄革命，所以必去鲍，以免两国邦交破裂，否则亦何必去鲍哉？众皆不知此理，一味退缩，可叹！”