1926年11月26日，国民党中央政治会议正式作出中央党部与国民政府北迁武汉的决议。12月2日，中央党部停止办公。12月5日，国民政府停止办公。7日，国民党中央发表北迁通电，宣称半月内可到武昌办事。12月10日国民政府四部部长及鲍罗廷等一行抵达武汉。13日，在武汉宣布成立“中国国民党中央执行委员暨国民政府委员临时联席会议”，暂时代替中央政治会议执行最高职权。1927年1月1日，临时联席会议宣布，国民政府财政、外交、交通、司法四部开始在武汉行使职权。2月21日武汉临时联席会议宣布即日结束，中央党部与国民政府正式开始在武汉办公。
从1926年12月13日临时联席会议成立，到1927年9月20日宁、汉、沪三方合流，武汉国民政府存在的时间只有9个多月。这9个多月大致可以划分为三个阶段：
从1926年12月13日联席会议成立至1927年3月10日国民党二届三中全会召开，为武汉国民政府的初期。这一阶段，因迁都之争，蒋介石以南昌为中心，与武汉形成对峙。武汉方面以临时联席会议代行最高职权，南昌方面以中央政治会议行使最高权力，双方形成分庭抗礼之势，但国民政府在名义上是统一的。
从1927年3月10日二届三中全会召开至1927年4月18日蒋介石在南京建立国民政府，是武汉国民政府的全盛时期。这一阶段，南昌的分庭抗礼局面已经结束，而南京的分裂局面尚未形成，国民政府的辖区名义上发展到15个省市。
从1927年4月18日南京国民政府成立至同年9月20日宁、汉、沪合流，是武汉国民政府的衰落期。这一阶段，国民政府一分为二，上海、江苏、浙江、福建、安徽、广东、广西、贵州、四川相继脱离武汉国民政府。7月15日汪精卫分共以后，武汉国民政府名存实亡。9月20日宁、汉、沪合流，武汉国民政府终结。
武汉临时联席会议执掌最高权力期间，在外交、经济、交通等方面均有建树。蒋介石亦承认：“在中央迁鄂停止办公期间，武汉为全国中枢，外交内政急待应付……联席会议成立后，在外交上，如汉口、九江英租界之收回，如财政统一之实施，湖南金融之整理，如交通行政之改善，落落大端，均能在革命之基础上展开建设之卷头，增进党国之地位。”
迁都武汉后，国民政府的外交目标是更正不平等条约，争取国际承认，进行方针大体是：以民众运动为后盾，尽量用外交手段达到目的，以避免列强借口发动武装干涉。其主要策略是分化列强，各个击破。具体而言，是拉拢日本，中立美国，集中力量对付英国。当时武汉市民中流传着这样一句口头禅：“外国人有好有坏，苏俄最好，德国次之，英国最可恶。”在“集中目标反英”的口号下，反日情绪大为低落。武汉时期几乎没有发生过抵制日货的运动。
这个时期列强的对华政策，亦随着中国南北局势的变化而调整。南方革命力量的发展壮大，使列强意识到新的国民政府有可能统一全国，而北洋军阀的分裂和混战，使北京中央政府早已名存实亡，在这种情况下，死守支持北京、敌视南方的旧政策显然是不明智的。同时，列强各国为了维护自己在国民政府辖区内的既得利益，也需要同南方国民政府直接接触和交涉，于是摆出中立、观望的姿态，开始逐步调整同中国南北政权的关系。对1926年4月段祺瑞执政府垮台后频繁更替的北京内阁，列强一直未发正式承认照会，只作为“事实政权”与之交涉；对于南方国民政府，列强虽不承认，但亦不拒绝与之建立实际交涉关系。北伐以前，广州国民政府鉴于本身尚局促一隅，暂时没有要求各国给予正式承认，只要求各国仿照民国初年的先例，实行就地交涉。
在列强各国中，美国对国民政府的政策较为积极和灵活。北伐开始后，美国通知意大利等国，表示美国虽然尚未考虑承认广州政府，但如果那个政权控制了中国大部分地区，美国无疑要考虑承认。相比之下，英国对华外交的步调在北伐之初显得有些紊乱。英国驻华公使认为，广州政府控制在极端派之手，应采取不承认、不谈判、不借款的方针。但英国政府外交部倾向于承认广州国民政府为独立于北京政府控制区域之外的地方行政机构。
北伐军进入长江流域后，列强对华政策又作了新的调整。1926年9月下旬，美国公使马慕瑞对广州进行“非正式访问”，成为国民政府成立后第一位到访的外国公使。马慕瑞发现，广州政府把宣传反帝作为鼓动民众政治热情和取得民众支持的有效手段，但政府要员在同他私下谈话时却很“通情达理”。于是美国政府对国民革命阵营采取逐步考察、接近、软硬兼施和伺机分化的政策，一方面频频与国民政府交涉联系，要求它保护所辖地区的美国利益，同时又密切注视着蒋介石的动向，与权势日益增长的蒋介石直接办外交。
日本方面，币原外相派其心腹佐分利贞男同国民党各派要人接触。佐分利于1926年12月中旬赶到武汉与陈友仁会谈后发现，国民党人的公开讲话，同他们的真实意图并不一致。他们实际上希望以“充分合理的方式”修订不平等条约，而不是全面废约。经过一番紧张的奔波和活动，佐分利与国民政府方面达成了若干秘密谅解：日本在华严守绝对中立；国民政府支配大部分地区或在北京设立政府时，日本予以承认；只要不危害日本在满洲和远东的地位，日本就不干涉俄国对国民政府的援助；国民政府不危害长江流域日本工商业，承认日本在东三省的既得利益。
英国方面亦不甘落于美、日之后。由于驻华公使麻克类倾向于支援军阀抵抗北伐军，抵制和违抗伦敦方面企图软化南方的政策，英国外交部下令更换了驻华公使。1926年11月19日，张伯伦授权驻汉口总领事，在国民政府提出承认要求时可表示：一旦国民党建立了充分名实相副的政府，并对前政府的一切条约和义务负全责时，英国政府准备承认国民党新政府。张伯伦还训令英国驻国民政府辖区的官员，尽量以同情友好的精神同各地国民党事实政权打交道。英国驻华新公使蓝普森到中国后，鉴于中国迅速变动的南北局势，决定在去北京赴任前，先往汉口与国民政府领导人晤谈，试探有无可能达成友好谅解。12月中旬，蓝普森与刚刚由广州抵达武汉的国民政府代理外交部长陈友仁就外交承认和条约问题举行了七次非正式会谈。陈友仁表示，国民政府为目前代表中国之唯一政府，现时管辖区域虽未及全国，但英国在华之主要利益，实集中于国民政府统治的南方及长江流域，希望英政府以远大眼光度量英国在远东的地位。蓝普森则表示，目前尚不能承认国民政府是区域性的或全国统一的政府。蓝普森认为，前一种承认，将要承担分裂中国的责任，并将得罪中国的其他政权；后一种承认，则与实际情况不符，因为国民党政权尚未在全国或中国大部分地区建立持久而有效的统治。另外，英国担心国民政府会拒绝继承旧政府的条约义务。关于条约问题，蓝普森只同意修订旧条约的某些条款。英国政府则考虑作较大让步。张伯伦在12月15日电告蓝普森说，英国政府原则上对陈友仁所提出的取消旧条约，谈判一个全新条约的方案没有异议，只要将旧条约的效力保持到新条约谈成为止。可惜陈友仁未坚持原案，而蓝普森仍未让步。
在蓝陈会谈的同时，英国首席参赞欧马利于12月18日在北京外交团会议上宣读了《英国对华政策声明》，呼吁各国对强有力的国民运动予以同情和谅解，表示一俟中国人自行组成有权之政府时，即与之谈判修订条约及其他悬案，一俟中国自行制订并颁布新的国家税则时，即承认中国关税自主。声明还提出，立即无条件允准中国各地征收华盛顿会议许诺的附加税，税款由各地中国当局自行支配。英国此时抢先发表这样的声明，意在造成英国是列强对华“宽大”政策的带头人的形象，借以摆脱在中国革命洪流中首当其冲的困境。
由于英国在华利益集中于中国南方及长江流域，故其争取国民政府之友好与谅解亦较积极。12月下旬，蓝普森建议英国政府与国民政府继续谈判，因为这至少可以促使国民政府抑制民众的反英行动。他担心国民政府有可能全面废约，并注意到国民政府内部“温和派”与“极端派”之间的分化与分歧：“温和派”希望与英国和解，而“极端派”则倾向于采取排货、罢工等无情的政策。英国方面如果希望“温和派”得势，就必须迅速与其谈判，如能达成某种协议，则将会增强“温和派”反对“极端派”的力量。
对于英国方面发表的对华政策声明，武汉政府认为，英国提议准征二五附加税，将有利于控制包括上海在内的多数口岸的张作霖和孙传芳等军阀，是英帝国主义的恶毒阴谋。鉴此，鲍罗廷在武汉临时联席会议上提议，应向全国民众揭穿英国假仁慈的面目，加强对民众和军队的反英宣传，在避免武装冲突的前提下，加紧促进民众的对英斗争。在此前后，恰逢天津、上海两地的英租界发生压迫国民党的事件。鉴此，汉口、武昌各界民众于12月26日分别举行了有20万人和10万人参加的群众反英大会，一致决议实行对英经济绝交，要求政府立即收回妨害革命的租界，还组织成立了“武昌市民反英运动委员会”，在武汉掀起了一场声势浩大的反英运动。
正是在这样一种背景下，发生了汉口“一三事件”与收回汉口、九江英租界事件。
1927年1月1日至3日，武汉各界民众连续欢庆北伐胜利和国民政府迁汉，举行大规模的集会游行。3日中午，在汉口临近英租界的江汉关前，参加集会的中国民众与试图驱逐他们的英国水兵和巡捕发生冲突，被刺伤数人，其中2人重伤。事件发生后，武汉政府一面派人劝民众离开租界，并派大队军警试图维持秩序，一面由外交部向英租界当局严重交涉，要求英方撤退武装水兵，否则政府不负保障英人安全的责任。4日上午，中英双方达成协议，英方将水兵尽数撤退，中方负责维持租界地区秩序。下午，英兵撤退后，大批民众自发拥入租界。租界巡捕自动放弃职守。中方加派军警开入租界维持秩序。5日，武汉约30万市民举行对英示威大会，李立三任指挥。大会一致议决，自即日起严厉禁止买卖英国货。会后游行群众再次冲入租界。英租界巡捕及公务人员等逃避一空。武汉政府乃决定成立“英租界临时管理委员会”，接管租界内一切公安市政事宜。
几乎与汉口同时，九江也发生了收回英租界事件。1月3日下午，英人控制的九江海关扣押中国小船，引起民众愤慨。民众冲开与海关相连的英租界铁丝网，虽因英国水兵和闻讯赶来的中国军警阻止而散，但汉口英租界事件的消息传来后，九江租界英人十分恐慌，5日，将租界妇孺撤上英轮。6日，英海关人员与民众再度发生冲突，民众群起涌入租界。驻守九江的贺耀组部派兵入租界平息**。英领事和水兵撤上军舰，请贺耀组负责看管租界财产。国民政府随后派人组成九江英租界临时管理委员会，予以接管。
英国当局未放一枪就撤离了汉、浔两地租界，原因甚多。英国政府训令驻华文武官员尽量避免同南方革命军发生大的武装冲突。英国驻华文武官员亦感到在华英军兵力单薄，如果开枪，势必激化与中国军民之间的矛盾，英人生命财产将受到可怕的损害。其时正值长江枯水季节，英军无法调集重型军舰和足够的兵力到汉口作战。况且，即使能够守住租界，英国对华经济贸易也会因中国民众的过激排货而造成瘫痪。鉴此，英国外交部于1月6日训令蓝普森，不妨同陈友仁讨论包括租界地位在内的调整条约关系问题。1月8日，张伯伦进一步训令欧马利同国民政府谈判放弃汉口、九江英租界事宜。英国外交部专家还拟定了方案，认为租界已成过时之物，由中国人接管其行政和治安责任，对所有人都好。但上海公共租界例外。
武汉国民政府在收回汉口九江租界问题上的方针是，一方面要引导民众情绪，维护胜利成果，同时又要保持和发展必要的对外关系，特别是经济贸易关系。为此，陈友仁向英国总领事声明，民众运动是反对英国水兵的暴行，对一般英国侨民绝无仇视之意，不必自相惊忧。国民政府于1月7日命令工人纠察队完全撤出英租界，另组警务处维持秩序，不准群众在英界停留，并将英界内的各种反英标语洗除。国民政府还致电所辖各省，要求保护英人生命财产。外交部又于1月10日发表通告，暂停一切反英、反教运动。国民政府试图限制民众运动，希望通过谈判使英方接受既成事实，并进一步改善相互关系。
经过反复交涉和谈判，2月19、20日，武汉政府与英方代表就收回汉、浔租界问题签订协定。3月15日，汉口、九江英租界的行政管理权正式收归武汉国民政府之手。这是武汉国民政府外交上取得的一大成果。这次外交的胜利，提高了武汉联席会议的声望。此后，随着革命阵营内部的分化和政治形势的急剧变化，国民政府在外交方面未能取得更大胜利。
1927年3月10日至17日，国民党二届三中全会在武汉召开。全会出席代表中，国民党左派占压倒优势。会议为了防止党内个人独裁，恢复和提高党权，对国民党的高层人事及制度进行了重大改革。首先，废除了二届二中全会设置的中央常务委员会主席职，实行常务委员集体领导制度，并提高常务委员会的职权，规定在中央执行委员会全体会议闭会期间，由常务委员会对党务、政治、军事行使最终议决权，其中党务由常务委员会直接处理，政治、军事则为议决后交国民政府执行。其次，废除了中央政治委员会主席职，设置由7人组成的主席团，并对中政会的职权作出限制，将政治委员会与军事委员会置于中央执行委员会之下，明确规定“政治委员会为中央执行委员会下之最高政治指导机关”，而且政治委员会对于政治问题议决后，不能直接交付国民政府执行，而必须交由中央执行委员会指导国民政府执行。
二届三中全会还对1925年7月1日公布的《中华民国国民政府组织法》进行了修改。新的国民政府组织法与1925年的组织法相比，主要的不同点是：第一，不再设政府主席，实行由5人组成的常务委员会集体领导制。第二，在原有外交、财政、军事（军事部实际一直没有成立）、交通、司法等部之外，增设劳工、农政、实业、教育、卫生等部。其中教育、卫生两部实际没有成立，实业部只公布了组织法。武汉国民政府时期实际运作的，主要是外交、财政、交通、司法、劳工、农政等部。第三，将原规定国民政府委员会必须全体委员过半数才能召开，改为国民政府所在地委员过半数即可召开。这是考虑到被选为国民政府委员的蒋介石、何应钦、李宗仁、李济深等人或因军务不能来汉，或因政治原因拒绝来汉时，国民政府委员会能正常行使其职能。除此之外，组织法进一步强调国民政府“受中国国民党中央执行委员会之指导及监督”。国民政府的重大措施，必须经国民党中央讨论议决后，再交国民政府执行，“未经中央执行委员会议决之重要政务，国民政府无权执行”。国民政府委员与常务委员由中央执行委员会选举和指定。
全会还修正了军事委员会组织法，将军事委员会重新置于中央执行委员会之下，体现“以党治军”原则。军事委员会的隶属关系有一变化过程。最初军事委员会置于国民党中央执行委员会之下。广州国民政府成立时，将军事委员会改隶于国民政府。二届三中全会为了抑制蒋介石的军事独裁，又将军事委员会恢复为中央执行委员会直属下的一个特别委员会，规定军事委员会委员由中央执行委员会选举产生，人选由两部分人组成，一是从高级军官中选出委员9至13人，二是从非军职的中央委员中选出委员6人；军事委员会设主席团，人数规定为7人，由中央执行委员会全体会议指定之；军事委员会及其主席团所议决的重要议案，必须经中央执行委员会通过才能生效；军事委员会提出总司令、前敌总指挥、军长等人选，必须经中央执行委员会通过并任命；军事委员会及其主席团只能直接任命师长及其以下各军官；军事委员会主席团之决议及命令，必须有主席团委员4人签名才能生效。全会还对国民革命军总司令的权力加以限制，规定国民革命军总司令仅为军事委员会委员之一，并对中央执行委员会负责；出征动员令，必须经军事委员会议决，并经中央执行委员会通过后，交总司令执行之；原隶属于总司令部的总政治部，改为直隶于军事委员会，并规定总政治部主任由中央执行委员会全体会议任免。
全会还通过了《统一外交决议案》，规定党员不得擅自发表变更党的外交政策的主张，或直接间接与列强接洽任何条件；所有外交人员，均由外交部直接任免。军事长官与地方政府均不得再有任免交涉员之事。此外，会议还决定将军事政治学校及各分校之校长制改为委员制。诸如此类，均是为了限制和削弱蒋介石的权力，恢复和提高党权。
二届三中全会改选了国民党中央常务委员会委员、中央政治委员会委员、中央军事委员会委员、中央各部部长和国民政府委员。名单如下：
中央常务委员会：汪精卫、谭延闿、蒋中正、孙科、顾孟余、谭平山、陈公博、徐谦、吴玉章；
中央政治委员会：除常务委员9人兼任政治委员外，另有宋子文、宋庆龄、陈友仁、邓演达、王法勤、林祖涵；
中央政治委员会主席团：汪精卫、谭延闿、孙科、顾孟余、徐谦、谭平山、宋子文；
中央军事委员会：谭延闿、朱培德、唐生智、李宗仁、程潜、蒋中正、李济深、汪精卫、冯玉祥、张发奎、何应钦、孙科、邓演达、宋子文、徐谦、顾孟余；
中央军事委员会主席团：汪精卫、唐生智、程潜、谭延闿、邓演达、蒋中正、徐谦；
国民政府委员：汪精卫、孙科、宋子文、于右任、徐谦、冯玉祥、程潜、谭延闿、陈友仁、李宗仁、谭平山、钮永建、朱培德、唐生智、李济深、宋庆龄、顾孟余、蒋中正、柏文蔚、王法勤、吴玉章、何应钦、孙庚、彭泽民、经亨颐、黄绍竑、杨树庄、陈调元；
国民政府常务委员：孙科、徐谦、汪精卫、谭延闿、宋子文；
中央各部部长：组织部长汪精卫，宣传部长顾孟余，农民部长邓演达，工人部长陈公博，商民部长陈其瑗（后改为王法勤），妇女部长何香凝，青年部长孙科，海外部长彭泽民；
国民政府各部部长：外交部长陈友仁（代理）、财政部长宋子文、交通部长孙科、司法部长徐谦、教育部长顾孟余、实业部长孔祥熙、农政部长谭平山、劳工部长苏兆征、卫生部长刘瑞恒。
1927年3月14日至4月29日期间，国民党二届中央执行委员会共举行过9次常委扩大会议和16次政治委员会会议。参加常委扩大会议的人员主要有：谭延闿、徐谦、孙科、顾孟余、陈公博、吴玉章、宋庆龄、林祖涵、于树德、王法勤、陈其瑗、詹大悲、谢晋、恽代英、经亨颐、邓懋修、邓演达、毛泽东等人。参加政治会议的人员主要有：孙科、谭延闿、徐谦、顾孟余、宋庆龄、吴玉章、王法勤、陈友仁、陈公博、林祖涵、邓演达。这些人基本上是这个时期武汉国民政府与国民党中央的决策人物，内中除中共党员外，基本上是清一色的国民党左派。在汪精卫回国以前，邓演达、孙科、徐谦是武汉政府的台柱人物；汪精卫回国以后，武汉政府中的国民党左派自然以汪为核心。
二届三中全会的另一主题，是重新调整国共关系。1926年5月，国民党二届二中全会曾决定组织国共两党联席会议，审查两党党员之间的冲突与纠纷，但此会实际上一直没有召开。二届三中全会通过《统一革命势力决议案》，决定立即召开两党联席会议。两党联席会议的职能与以前所定不同，主要讨论两党间的合作办法，特别是以下问题：一、共同指导和统一民众运动，尤其是农工运动；二、共同指导和解决国内少数民族问题；三、共同担负政治责任，由第三国际派共产党负责同志加入国民政府及省政府；四、设法使两党机关报之互相批评与记载，不违背合作精神。但在汪精卫回国以前，两党联席会议并未立即召开。汪精卫抵达武汉后，在4月13日第12次政治委员会议上提出：“鉴于近来形势，有解决两党根本问题之必要，一是国民党与共产党的问题，一是国民党员与共产党员如何合作的问题。"4月16日，中共代表陈独秀、张国焘、瞿秋白，共产国际代表罗易、鲍罗廷与以汪精卫为首的国民党中央各部部长，首次举行了“国共两党联席谈话会”。会议商讨的内容十分广泛，外交、商务、交通、劳工等问题均有讨论，“都是关于应付现在时局的方法”，显然越出了协调两党关系的既定范围。在武汉政府后期，两党联席会议召开十分频繁，“或每日一次，或间日一次，开会时间往往延至四五小时，对于国内外一切问题，皆提出讨论，共同解决。”
除两党联席会议外，中共党员还参加了国民党中央、国民政府各部和各省政府的工作。谭平山当选为国民党中央常务委员会委员、中央政治委员会委员、中央政治委员会主席团委员、国民政府委员和国民政府农政部部长；吴玉章当选为中央常务委员会委员、中央政治委员会委员和国民政府委员；林祖涵当选为中央政治委员会委员；苏兆征当选为国民政府劳工部部长。按照张国焘的说法，二届三中全会后，国共关系由国民党党内的合作，进展到了在国民政府中的合作。这是国共关系的一个重要演变。而导演这一幕的人是鲍罗廷。鲍罗廷的目的是要将国民党左派、各军首领以及中共领导下的工农势力，组合成一个反蒋战线。在当时局外人的观察中，由于鲍罗廷与中共党人在武汉政府中发挥了举足轻重的作用，武汉政府被视为国共联合政府。
不过，在武汉政府的最高决策机构中，对中共所发挥的实际影响也不能作过高的估计。如共产国际代表罗易在1927年4月18日致共产国际执委会的报告中即认为：在目前形势下，“涉及革命未来的决定是由国民党作出的，共产党不可能成为反对党，特别是当共产党参政的时候。因此，共产党必须接受国民党的一切决定。这就使共产党成了国民党的附庸，有碍于它的发展”。罗易甚至认为共产党已经丧失了政治独立性。在他看来，国共两党联席委员会没有给中共带来有益的作用，相反给国民党提供了一个使共产党人服从国民党政策的机会，共产党人常常在毫无准备、没有党的指示的情况下出席这样或那样的联席会议，导致联席会议将一些关系到革命前途的重大政治问题的决定强加给了共产党。罗易的说法虽有夸大其词的成分，但也具有相当的事实基础。据张国焘回忆，国共两党联席会议到后期逐渐流于谈话会的性质，往往是汪精卫在那里叙述一些工农运动过火的事实，再由健谈的陈独秀起而唱和一番，加以若干轻描淡写的答辩而已。应该说，中共在武汉时期的影响，主要表现在湘、鄂、赣三省的地方组织和工农运动之中。
国民党二届三中全会是武汉反蒋运动最精彩的一幕。表面观之，胜利无疑属于武汉，然而这一局面未能维持多久。三中全会之后，蒋介石不再掩饰他的反共决心，并加快了他的反共步伐。三中全会闭幕后不到一个月，蒋介石即发动了“四一二”清党运动，紧接着在南京另立国民政府，与武汉分庭抗礼。
武汉方面获悉蒋介石发动“四一二”政变的消息后，于15日召开国民党中央常务委员会扩大会议，会议决定开除蒋介石党籍，免去其本兼各职，按反革命罪条例惩治。会后，40位国民党中央委员、国民政府委员和军事委员会委员联名发表通电，谴责蒋介石自立中央的行为。但武汉政府在政治声讨之余，对是否向南京政府发动军事征讨，意见不一。一派主张东征讨蒋，一派主张北伐讨奉。东征则担心奉军南犯，北伐又顾虑蒋军来攻。两派不同的意见，不仅存在于武汉国民党领导人之间，也存在于苏俄顾问、共产国际代表和中国共产党人之间。如鲍罗廷与加伦以及刚来中国的共产国际执委罗易之间即存有分歧。经过反复论辩，最后北伐的主张占居上风，决定先肃清在河南的张作霖部队，把冯玉祥的西北军接出来，将对付张作霖于京汉线上的责任托付给冯玉祥，然后再专力东征讨蒋。当时，冯玉祥的西北军号称30万人，认为是一支可以和奉系匹敌的力量。此外，阎锡山的10余万军队也有可能争取过来。鉴此，武汉政府毅然决定北伐。
4月19日，武汉政府举行北伐誓师典礼。次日，各军开始由京汉路进入河南。5月13日，下令总攻击。武汉政府的计划是：以唐生智的第1集团军沿京汉路北上，以冯玉祥的第2集团军由陇海路东出。5月下旬，第1集团军攻占临颍，第2集团军进占洛阳，对奉军形成夹攻之势。奉军被迫放弃郑州、开封，退守河北。6月1日，北伐军与冯玉祥军会师郑州。形势对武汉政府的北伐军似乎有利。但此前相约从正太、京绥两线进攻奉军的阎锡山并没有践约出兵。汪精卫在总结武汉军队北伐状况时不无遗憾地说：“所不足的是第3集团军爽了约，如果当奉军由郑州后退的时候，第3集团军出兵断其后路，我们早已到北京城了。”实际上，此时阎锡山已决意倒向蒋介石一边。6月5日，山西召开“国民大会”，决议拥护南京国民政府和蒋介石，并推举阎锡山为国民革命军北方总司令。翌日，阎锡山举行就职典礼，并发表宣言，正式宣布易帜。阎锡山易帜后，即遵照南京方面的命令，改组国民党山西省党部，成立清党委员会，实行清党反共。阎锡山的公开拥蒋，对武汉国民政府是一个沉重的打击。
作为国民党左派政权，或国共联合政权，武汉政府给当时人留下的最深印象，无疑是其浓厚、激进的党治色彩。武汉时期的党治形态虽然与广州时期一脉相承，但党治特征更为突显和鲜明。张君劢于1926年10月底考察武汉时，即注意到国民党统治下的一切无不以“党化”为依归，不仅军队党化，政治党化，即报纸、教育和文官体制等均笼罩在“党化”之下。
在中央，武汉国民政府组织法第一条即明确规定“国民政府受中国国民党中央执行委员会之指导及监督掌理全国政务”。在地方，广州国民政府曾于1926年1月24日通告国民党所属各级党部不得干涉地方财政和一切行政。但这一规定不久即被修正。1926年10月，国民党中央与各省区代表联席会议通过《省党部与省政府之关系议决案》，规定省级党政关系视各省情形不同而分为三种办法：（1）省政府在省党部指导之下；（2）省政府在中央特派政治委员及省党部指导之下；（3）省政府与省党部合作。1个月后，国民政府又公布《修正省政府组织法》，内中第1条规定：“省政府于中国国民党中央执行委员会及省执行委员会指导监督之下，受国民政府之命令，管理全省政务。”这一规定意味着省政府被置于三重指导监督之下，其中省党部居其一。实际上，随着北伐的迅猛推进，在党军克服区域内，一般先设立省党部，然后才成立省政府。省政府多由省党部筹备组建，省政府委员亦多由省党部委员兼任。省党部大多能指导和监督省政府。如1927年4月10日湖北省政府成立时，省党部执行委员董必武、徐谦、孙科、李汉俊、张国恩、孔庚、邓初民和监察委员邓演达均当选为省政府委员。除财政厅长外，各厅厅长均由兼有省党部委员身份的政府委员担任。省党部与省政府基本上是一班人马。省政府成立前夕，省党部发布训令，训勉省政府澄清吏治，打倒土豪劣绅，实行农工政府。“训令”本身即说明该省党部对省政府的关系是前者指导监督后者的关系。再从该时期湖北省党部实际所行使的职能来看，上自组建政府，下至妇女放足，权力辐射到政治、经济、文化教育乃至社会生活的各领域，几乎无所不在。
政治录用机制和党员对政治资源的控制程度，是衡量一个执政党党治力度的重要指标。1926年9月，国民党广东省党部呈请中政会，要求“非本党党员不得在行政机关服务”，希图以法律形式确保国民党党员对政治资源的全面垄断。当时国民政府虽担心“恐开以入党为终南捷径之嫌”，但仍通令各机关，“文职委任以上，武职尉官以上，应以本党党员为准。”这一政令虽公布于广州国民政府时期，而实际推行则主要在武汉政府时期。委任和尉官分别为当时文武官员的最低层级，故这一规定实际上从制度上确立了党籍作为入仕从政的先决条件。它意味着凡想在国民政府统治区域从政做官者，必须先加入国民党。在中国历史上，这是继科举取士之后，首开入党做官的先河。
武汉政府时期尚有一引人注目之点，乃司法党化。司法党化的主要推动者徐谦曾随冯玉祥访问过苏俄，1926年8月归国后，出任广州国民政府司法行政委员会主席兼大理院院长，国民政府北迁武汉前后出任司法部长。徐谦试图按照苏俄模式进行司法改革，提倡建立党化、民众化与革命化的司法。他反对“司法独立”和“司法官不党”的观念，主张通过“司法革命”以建立“革命司法”，要求司法机关必须与政治方针相统一，司法人员应受政治党务训练。国民党中政会接受徐谦的建议，推行司法改革，废除一些旧的与国民党党纲相冲突的司法法规，如禁止集会、结社、罢工自由，否认卑幼对尊亲的正当防卫权，承认纳妾，普通人民可由军人审问处罚等旧条文均议决废止；制定新法律，如《反革命罪条例》、《处分逆产条例》以及湖南、湖北、江西等省所制订的惩治土豪劣绅条例和惩治贪官污吏条例等；废止法官不党的法令，规定非有社会名誉之党员兼有三年以上法律经验者，不得为法官；规定律师也必须是党员；修正法院名称，改四级三审制为二级二审制，中央设最高法院，省级设控诉法院，县市设县市法院，乡镇设人民法院；采用参审制及陪审制，县市法院及中央法院在庭长、审判官之外，并设陪审员参与审判；人民法院除设审判官外，另设参审员，如有关党员、农民、工人、商人或妇女诉讼时，分别由人民法院所在地之党部、农民协会、工会、商民协会和党部妇女部推选出参审员参审。除此之外，各省在审判土豪劣绅时，其审判委员会的组成，一般均由地方党部、工会、农协、妇协、商协、学联等各方面代表参加。这些规定充分体现了司法党化和人民化的原则，但司法党化和人民化的结果，也为党、政、军各界以及民众团体干涉乃至干扰司法开辟了极大的空间。司法党化实际成了党的决定优先于司法机关的裁决；“民意就是革命法律”，实际鼓舞民众团体超越“参审”的范围而走向直接进行法外处决，以至于发展到国民党各级地方党部和工会、农会等民众组织可以随意抓人、杀人。统计当时《湖南民报》和《汉口民国日报》报道的处决土豪劣绅案件，湖南、湖北分别处决了88名和78名土豪劣绅，其中由民众团体直接处决的最多（湖南44%,湖北39%），其次是由党政机关处决的（湖南34%,湖北28%），由特别法庭处决的最少（湖南22%,湖北33%）。实际上，当时对什么是“反革命”，什么是“土豪劣绅”，虽然定有相关条例，但缺乏具体严谨的定性准则。徐谦自己很快发现：“所谓土豪劣绅，毫无标准。现在所举发的土豪劣绅，多半是寻仇复恨。”王法勤在国民党中政会上也报告说：革命军事裁判所“押的人之中，有些人我们知道决不是反革命，只是因为说话不谨慎，就被捉进去了。”林祖涵亦报告说：“军事委员会常常接到各地区分部同农民协会的呈文，一时请捉这一个，一时又请通缉那一个，真成了他们的执行机关，而且有一些案件都是他们已经办了的。”武汉市公安局有次拘押的4个人中，一个是土豪，一个是劣绅，一个是人家的逃妾，一个是迷路的少女。在这种情况下，武汉政府不得不颁布《关于逮捕手续的命令》和《禁止民众团体及民众自由执行死刑条例》等法规加以约束，并训令县党部以下各级党部不得自由逮捕惩罚，不得直接干涉地方行政。徐谦本人也不得不对“人民审判”的意义重新加以阐释：“要晓得人民审判只是一种宣传，偶然有一两件重大的事，为使人民注意起见，组织人民审判委员会是可以的。若是永远成立，其结果必弄到什么人什么事都不过问，拍拍掌，举举手，就可以枪决。”
除司法党化外，教育党化亦是武汉政府推行的一大要政。“党化教育”的口号，始于广州国民政府时期。1927年2月武汉国民政府公布的《教育方针草案》，将“党化教育”的内容进一步演绎为“革命化、民主化、科学化、社会化”，要求学校不仅要造就各项专门人才，而且要求学生“在校、出校均能做党的工作”。在教学内容上，对旧有教科书进行审查，删除了那些宣传封建思想和迷信观念的内容，增加了国民革命的相关常识；禁止教会学校讲授《圣经》及相关教义，不准在校内举行宗教仪式，规定教会学校校长必须由中国人担任。武汉政府十分重视工农教育，如开办各类工人补习班、工人子弟班、农民夜校、农民补习学校、妇女补习学校、妇女平民夜校、平民读书处等。由于革命事业急需大量人才，而旧式学校出身者往往不能适应革命的需要，于是培养人才成了当务之急。武汉政府时期开设了各类干部学校和干部训练班，如武汉中央军事政治学校、总政治部宣传员训练班、湖北文官临时养成所、司法部法官政治党务训练班、全国农协农政训练班、湖北省农村合作人才训练班、中央农民运动讲习所、中央妇女党务训练班、湖北省及汉口特别市党部工人运动讲习所、湖北省党部党务干部学校、湖北农民训练班、全国总工会高级劳动学校、湖北省总工会纠察训练班、汉口市妇协妇女运动讲习所等。
南京政府成立后，武汉政府的统治区域缩小为湘、鄂、赣三省。在政治、经济、军事、外交乃至民众心理等多种因素的综合作用下，南京政府逐渐占了上风，而武汉则相形见绌。
财政是一个政权赖以生存和发展的命脉。而一个战时政权的最大负担无疑是其庞大的军饷开支。北伐出师之际，国民革命军不过8个军，10万人左右，打到长江流域时，迅速发展到三四十个军，数十万人。军费开支亦随之猛增。1926年12月时，月需军饷564万余元，到1927年4月增至1189万余元。军费占武汉政府全部支出的百分之七八十。支出如此浩大，收入情况却不佳。1927年3月是武汉政府的全盛时期，号称领有十数省地盘，实际上真正对它有过贡献的只有粤、湘、鄂、赣四省。北伐初期，广东本是党军最主要的筹饷基地，该省每月供给北伐军的款项，多时达400万元。但自蒋介石在南昌另树一帜之后，李济深站在蒋介石一边，其款项便只解给蒋，而不缴至武汉政府。宁汉分裂后，武汉政府的地盘只剩下湘、鄂、赣三省。三省之中，湖南由唐生智主宰一切，财政为其截留，尚感入不敷出。林祖涵于1927年4月底5月初赴湖南调查后向国民党中央报告说：“湖南的财政，以前每月可收入三百六十万，现在因为天灾人祸，收入顿减，仅有七十余万，但支出仍需两百四五十万左右。而税源枯窘，杂捐如烟酒、印花、屠宰税等，差不多完全没有。于是，财政当局想课遗产、登记两种新税，然也无济于事。至于金融方面，不但现洋缺乏，就连纸币也不多见。因此他们请求中央予以充分的援助。”与湖南相比，江西的情形亦不相上下。据陈其瑗于1927年5月12日向国民党中央报告，江西“四月份仅收入九十万，被李烈钧押了五十万出去，实际收入只剩下四十万，而支出则要一百七十万左右，最少也要一百六十万，收支相抵还差七十万。所以江西的财政，在最近三个月内，每月要赔七十万，这是很坏的现象。”
1927年4月5日，财政部处长张肇元向国民党中央政治委员会报告说：“现在财政是困难已极，上海虽然克复了，但关税方面尚无具体办法。目前预算要一千二百万，湖北的收入还不到三百万。”
为了增加财政收入，维持庞大的军费和政府开支，4月15日，武汉国民党中常会根据鲍罗廷的提议，决定组织战时经济委员会，以汪精卫、谭延闿、孙科、宋子文、苏兆征等五人为委员，试图采取特殊办法渡过难关。
战时经济委员会采取的第一项措施，是实行现金集中，由武汉政府控制并掌握硬通货，作为准备金，以维持纸币信用。具体做法是，先将汉口各银行存款封存起来，各银行一律停止兑现，一切汇兑都由中央银行经理，非经财政部特许，绝对禁止现洋、现银出口。为了保证计划的执行，武汉政府派出军警对各银行进行监视。但由此一来，武汉立即成为纸币世界，导致物价飞涨。人们纷纷以高价购买铜元，甚至竞相购买邮票保值。不少商店关门歇业，转为黑市交易。由于在汉口的各外国银行并不听武汉政府的命令，一些商人乃绕过中央银行而走外国银行的偏门，这样一来，在汉口便出现两种不同的汇兑率。上海、北京、天津、南京、广东等地银行宣布停止与武汉金融往来，声称“一致对汉口经济绝交”。蒋介石发出布告，规定凡汉口的中国、交通两行钞票不得在他省兑现，并禁止长江下游各地的现金运往武汉，对武汉实行经济封锁。1920年代的武汉号称是“内地贸易之总汇”，在国内贸易网络中具有特别的地位，而对外贸易则须借径于上海，金融之缓急，亦主要视沪、津等埠为转移。因此，当沪、京、津等埠银钱界宣布与武汉断绝金融关系后，对武汉的商业与贸易造成了严重的影响。“凡平时恃汉埠以为集散之货物完全梗塞，所有汉埠经济上之价值，贸易上之地位，亦随以消灭无余。”故外埠舆论咸认武汉政府此举“其愚实甚”。如《国闻周报》著论批评说：“禁止现金出口，停止中央、中交等银行钞票兑现，封锁库存现金，虽意在救一时之急，然国内外汇兑，必因之停止；国内外货物，必因之停运。完全断绝国内外之经济关系，使全国大部分金融枢纽之汉口，立于孤立地位。自行封锁焉，人民生计影响之大，社会经济关系之巨，姑不必论，在此金融封锁下之武汉政府，诚不知其政治军事将何以支持也。饮鸩止渴，渴止而毒发矣。电传党政府封锁各银行现金，不过四百万元，车薪杯水，何足救党政府之急，而数千万之滥钞，从此流毒于湘鄂，为人民所负担矣。”
财政危机波及到社会生活各个方面。首先是工厂倒闭，工人失业。至4月下旬，武汉失业工人多达30万。其次是生活资源恐慌，与百姓日常生活息息相关的米、煤等出现紧缺。6月13日，张肇元向国民党中政会报告说：“武汉现在很是缺米，二十几家米店，只有七家有存货，仅能维持三天的民食，要赶快想一个办法。"6月15日，孙科在中政会的报告更为悲观：“如果不设法增加收入，革命是断断维持不下去！”
武汉政府财政枯竭，与两湖地区的工农运动也有很大关系。据宋子文报告，湖北财政收入锐减的原因有三：一是军队管理着一部分财政机关；二是工潮发生，资本外流；三是对外交通阻隔，商务冷淡。宋氏并透露由于工潮原因而导致资本家将现款运往上海者，数逾1500万，实为湖北财政之一大致命伤。另据湖南省财政局长张开琏报告，湖南财政收入减少，也与湖南农运有关。因农民协会打击土豪劣绅，富户纷纷逃走，田赋无人缴纳，钱粮亦受影响。
武汉时期工农运动主要在两湖地区展开。运动由中共直接主导。中共在武汉政府中的影响，以及武汉政府被时人视为“赤化”政府，其实主要表现在工农运动上。工农运动中，又以农民运动最为猛烈。国共两党在武汉时期的分歧，也主要表现在农民问题上。中共一直以能组织轰轰烈烈的农民运动而自傲。而国民党左派领导人对中共独掌民众运动，亦难免心怀嫉意。如谭延闿和汪精卫向陈独秀抱怨说：“工农运动不属于国民党，而属于共产党和红色工会国际。只有加入了共产党或红色工会国际的人，才能控制运动。”
武汉时期的农民运动中，湖南发展得最快，也最为猛烈，其中又以打土豪劣绅最具声色，也最为当时保守势力所忌恨。1926年底，湖南农民运动“过激”之说，已开始在武汉流传。所谓“过激”，本是指农民运动发生了左倾蛮干行为。但亦有反对者故意夸大其词的成分。到1927年3月，武汉国民党上层人物虽侧重于谈论反蒋问题，而街谈巷议则多流传着农运“过火”的故事。一些国民党人物受到这种传说的影响，也开始对农运产生反感。尤其是一些湘籍军官们，因家庭多系地主，其家属难免受到农运的直接打击，对农运尤为反感。4月以后，农运“过火”的声浪逐渐高过反蒋的呼声。
共产国际很重视农民土地问题。1926年11月，共产国际执委会第7次扩大全会通过《关于中国形势问题的决议》中，提出“土地国有化”是无产阶级土地纲领的基本要求，为了实现这一要求，现在就应在国民政府统治区实行土地革命。会后，共产国际派罗易前来中国，具体指导中共中央贯彻实行这一决议。罗易于1927年4月2日到达武汉后，与维经斯基和多里奥组成共产国际执委会代表团，取代早已名存实亡的共产国际执委会远东局。罗易名义上是共产国际驻中国的最高代表，但与鲍罗廷并无统属关系。鲍罗廷久任国民党顾问，驾轻就熟地操纵着武汉国民政府的政治运作。新来乍到的罗易很快即发现鲍罗廷在武汉具有不可动摇的支配地位，不仅中共中央受其左右，国民党左派领导人亦受其影响。而且鲍罗廷不允许罗易“同国民党发生任何关系”。罗易感到自己实际上处于与总的政治形势相隔绝的孤立境地。鲍罗廷熟知中国革命情形，考虑问题多从实际政治形势出发，策划具体措施时，注重各方力量的对比，以争取胜利为目标；罗易不熟悉中国情形，考虑问题多从理论教条入手，往往着眼于政治原则。罗易对鲍罗廷的大权独揽深怀不满，在很多问题的看法上与鲍罗廷存有较大分歧。罗易认为，国民革命已经发展为土地革命。共产党人必须支持农民的斗争，不能为了换取同小资产阶级的联合而背叛农民，只有强有力地推行土地革命，并在斗争中显示出无产阶级的真正力量，才能真正吸引住小资产阶级。鲍罗廷不赞成在土地问题上采取激进政策。他认为，武汉军队的指挥人员多是土地所有者。这些指挥人员担心，“他们在前线同敌人作战，而后方却在抢占土地，甚至不会给他们留下一小块‘葬身’之地”。实行土地革命，必须考虑政治形势，避免指挥人员和军队发生分化。在鲍罗廷看来，最好的办法是将土地革命先搁置起来，等北伐军打到北京以后再说。
1927年4月20日，鲍罗廷在国民党中政会上提议，自从东南的反动气焰高涨，帝国主义者增加了进攻我们的力量，为了应付这种恶劣的环境，有必要暂时采取战略退却的办法。具体做法是：由政府与工会合组一个委员会，执行工人中的革命纪律，审判并处罚违犯革命纪律的工人；政府立即与主要外国商店和银行协商，使之能在各地公开贸易；规定外国商店和银行内的工人不得罢工。鲍罗廷解释这么做的目的，是为了使帝国主义者无所借口，因为他们传言在武汉政府之下，外国侨民不能继续经商。国民党中政会通过了鲍罗廷的提议，并进一步规定外国学校及教堂等房产均受国民政府法令保护，无论何人不得强行占据。会后，国民党中央特派林祖涵、陈其瑗分赴湖南、江西两省传达和贯彻国民党中央的“战略退却”方针。
对中共而言，农民土地革命的推行，其争论点并不在农民斗争应采取激进或缓进的方式问题，而是农民运动发动后如何维系国共合作的问题。如果坚持与国民党左派合作，就必须将农民斗争局限在国民党左派所能容许的范围以内。而中共在武汉政府中的微妙地位，常常陷于两难境地：一方面，中共觉得武汉政权毕竟是国民党执政，自己只是参政党，没有必要以在朝的身份来约束群众运动；但另一方面，中共又感到自己的命运与武汉政府休戚相关，如果因群众运动过火而使武汉政府蒙受不利的影响，也势必殃及自己。而来自共产国际方面的指示，更使这种两难处境趋于恶化。共产国际一方面始终坚持中共留在国民党内的政策不动摇，另一方面又要求中共加深和推进革命的左倾激进政策。中共内部对共产国际的政策，有表示拥护者，有表示怀疑者。拥护者的主张又不完全一致，有的主张既要维持国共合作的武汉局面，就不能谈加深革命，应即纠正工农运动的过火行为；有的则认为只有加深革命，进而解决土地问题，才能巩固国共合作。至于怀疑论者，有的主张不要幻想什么国共合作，中共应建立苏维埃政权；有的主张中共不必留在国民党内，但仍以贯彻国民革命和建立真正民主共和国为主旨，为将来建设苏维埃铺平道路。
武汉的左派政权本极脆弱，作为左派领袖的汪精卫更是一直动摇不定。他既反对蒋介石的军事独裁，也畏惧中共的革命锋芒。他后来声称自己在武汉时期一直陷于左右派的夹攻之中。其实他在左右夹攻中日趋右转。1927年5月上旬，汪精卫与陈独秀有过一次谈话。汪声称：“现在的问题是，谁领导群众？群众跟谁走？跟国民党走还是跟共产党走？国际关系和军队状况的恶化，无论过去还是现在都是共产党人的过错。”汪还提出，两个党并存是不合适的，如果领导权属于国民党左派，共产党跟随他们走，那就不需要共产党。很显然，汪精卫此时已经开始考虑与共产党分手了。
5月12日至13日，中共中央政治局与共产国际执委会代表举行联席会议，讨论如何处理与国民党左派的关系问题。陈独秀在会上通报了与汪精卫的谈话内容。鲍罗廷得知汪精卫的态度发生变化后，当即提出，必须改善同国民党左派的关系，目前唯一的出路就是向小资产阶级作出让步。会议最后通过了《国共两党在小资产阶级问题上的关系的决议》，具体贯彻鲍罗廷提出的“向小资产阶级作出让步”的意见，如建立仲裁法庭，解决小企业主和雇工之间的冲突；限制店员的过高要求，防止工人干涉企业行政；不限制同帝国主义进行商业贸易；商人享有一般的政治权利和公民权等。这是中共中央对工农运动进行急刹车的开始。
从5月份起，汪精卫、孙科、顾孟余、谭延闿等国民党领导人指责工农运动过火的言论经常在中政会上发泄。武汉国民党中央与国民政府也陆续颁布了一系列纠正民众团体过火行为的条例和训令。5月9日，公布《禁止民众团体及民众执行死刑条例》，规定判处死刑应报告政府核准；各地民众团体拿获反革命派或土豪劣绅，应交政府惩办，不得自由处决。5月14日，公布《取缔擅行逮捕令》和《禁止擅行没收人民财产令》。5月18日，国民党中政会第22次会议讨论通过陈公博起草的解决店员与店东间、工人与厂主间各种冲突的训令及办法，其中规定制止工人及店员之过度要求，并禁止其干涉厂店之管理；严禁工会与纠察队对店主或工厂主擅自逮捕或其他压迫。5月20日，武汉国民党中央训令各级党部，纠正农运过火行为和制裁越轨行动，规定必须剥削压迫农民行迹显著、证据确凿者，始得交由法定机关依法惩办，而“乡里公正及丰裕之户”不反对国民革命者，皆在国民政府保护之列。5月24日，武汉国民政府令各省政府分饬所属各机关，严禁侵犯军人的土地财产。5月30日，武汉国民党中央训令各县党部，不得干涉地方行政，如再有自由逮捕惩罚人民情事，定将该县党部解散。事实上，自5月中旬起，武汉国民党中央陆续惩处了汉阳县、黄冈县以及河南省的各级国民党党部和民众团体。曾以“左派”自居的武汉国民党领导人在内外交困的情况下，日趋右倾动摇，以民众运动失控为由，逐渐走上了限制、取缔乃至镇压民众运动的道路。在国民党中政会上，谴责工农运动的声音日趋高昂和愤激。
当武汉政府日趋右倾的时候，军队中一些对工农运动不满的军官率先揭举反共旗帜，发动了武装叛乱。
首先发难的是夏斗寅。夏斗寅原是李书城的旧部，1925年在军阀萧耀南手下当过旅长，北伐军攻占湖南时，被迫投诚，被任命为国民革命军鄂军第1师师长。1927年初，该师移防宜昌，改番号为独立第14师，下辖4团1营，共13000余人。独立14师本是武汉政府用以戒备四川军阀东侵的部队，其部军官多为鄂籍地主出身，仇视工农运动。夏斗寅本人一直觊觎军长职务，与唐生智有矛盾。旅居沪宁的鄂籍绅商几度派人，几番凑款，促夏举兵反共。蒋介石亦派人策动夏氏。5月13日，夏斗寅发表讨共通电，趁武汉政府的主力部队北上河南与奉军作战吃紧之际，率部向防务空虚的武汉进攻，企图一举推翻武汉政府。16日，夏部占据咸宁，进逼武昌。武汉政府急派第24师师长叶挺率所属部队迎击。武汉中央军事政治学校的学生也组成中央独立师参与作战，很快将夏军击溃。
与夏斗寅试图推翻武汉政府不同的是，许克祥的矛头直指中共及其领导下的农工运动。正因为此，武汉国民党人多采取隔岸观火甚至幸灾乐祸的态度，认为是中共闯出来的祸，埋怨中共没有及早纠正工农运动的过火行为，以致激成事变。24日夜，武汉国民政府电告长沙，一方面要求军队维持治安，同时要求农工纠察队严守秩序，不得报复。25日晨，中政会主席团决定派谭平山、陈公博、彭泽湘、周鳌山、邓绍汾五人组织特别委员会，代表中央驰往长沙查办。汪精卫要求特派员去的任务，“不止是要解决一时的纠纷，并要切实执行中央屡次的训令同决议案，谋一个根本的解决，对于民众既得的利益要加以保障，过度的行为须加以制裁。”特别委员于26日出发，鲍罗廷主动要求一同前往。27日，鲍罗廷等一行抵达岳州后被挡驾，只好中途折返。
中共中央对马日事变感到十分悲愤。以湖南数百万有组织的农民和工人，竟如此束手待毙、不堪一击，表示无比遗憾，并责备中共湖南区委过于麻痹大意。事变发生后，中共湖南区委曾决定组织工农义勇队进攻长沙，准备反击许克祥，因获悉武汉方面派人前往解决，遂停止进攻。
5月24日，中共中央政治局开会，罗易与鲍罗廷之间又发生了一场争论。鲍罗廷认为，现在的国民党左派还是好的，一切错误都是工农运动过火，现在必须向左派让步，继续与他们合作，而不是离开或者推翻国民党中央；必须抑制工农运动，工人纠察队必须解除武装，农民运动只要能做到减租减息、乡村自治等，便是胜利。罗易则认为，武汉国民党中央已是土劣、地主、军阀的代表，应该号召群众起来推翻他们，实行工农民主独裁。蔡和森对他们二人分歧的印象是：“老鲍是有办法而无原则，罗易是有原则而无办法。”在“原则”和“办法”的分歧面前，中共中央选择了鲍罗廷的“办法”。5月25日，中共中央政治局通过《工人政治行动决议案》和《对于湖南工农运动的态度》两个文件，前者规定政治停工须得总工会令，非十分重大政治示威，决不下停工令；非得政府令，商店不得停市；非得政府令，工会不得拘捕、审判非工人。后者提出，必须切实矫正湖南农运中的幼稚行为。26日，中共中央政治局继续开会，认为还不能立即和敌人发生武装冲突，必须同左派国民党领导人建立更密切的关系，以便联手反对国民党内的军阀反动势力。27日，中共中央政治局再次开会，决议实行策略性退却。6月1日，中共中央政治局通过《农民运动策略大纲》，一方面认为农民与地主之间的急剧冲突，是革命发展的必然现象，并非所谓“过火”，但同时又批评农民运动中的“无组织行动”，如自由逮捕、罚戴高帽子、游街示众、均分财物、罚款等，都带有中国原始的平民暴动的性质。
湖南农民协会派遣请愿代表团前往武汉向国民党中央请愿，要求明令讨伐许克祥。6月13日，军事委员会开会，程潜、唐生智、谭延闿、毛泽东等参加了会议。毛泽东在会上严正批驳了农民协会抢军队枪械的说法，但也承认农民协会确有扰害军人家属的举动。毛泽东解释农民协会扰害军人家属的原因，是“农民协会有哥老会在内把持，他们既不知道国民党是什么，也不知道共产党是什么，只晓得作杀人放火的勾当”。讨论的结果，会议决定对马日事变不用武力解决。唐生智表示愿意亲赴长沙，以和平的方法改组农民协会。同日，国民党中政会召开会议，决定责成唐生智全权办理此案。武汉国民党中央之所以如此仰赖唐生智，乃因为自宁汉分裂以后，唐生智实际上成为武汉政权下的第一号军事实权人物。当时武汉政府的武装部队总数约10万人，其中5万人集中在湖南和湖北两省，名义上隶属于国民政府，实际上是效忠于唐生智个人。换言之，唐生智实际上是两湖的军事主宰。
6月26日，唐生智抵达长沙，随即向武汉国民党中央报告处置湖南事件所拟办法：党部及民众团体着即停止活动；许克祥记过一次，留营效力。27日，国民党中政会开会讨论唐生智所拟办法。会上，只有于右任提出，对于许克祥，未免处置太轻了。而汪精卫则表示，只要唐生智能镇压下去，可以照准。会议乃决议电复唐生智，照所拟办法施行。在此之前，唐生智对中共在湖南的活动一直表示支持和容忍，即使在马日事变发生后，仍表示拥护孙中山的农工政策，决不压迫农工群众，甚至声称“反共产就是反革命”。但当唐生智抵达长沙后，态度为之一变，公然表示反共，声称“湖南以前种种惨劫，完全是湖南的共产党所造成”。6月29日，国民党中政会批准唐生智提出的改组湖南省政府、省党部的人选名单。一场军队镇压农工运动的叛乱，就这样宣告结束。张国焘认为，马日事变是军队镇压农工运动获得成功的一次行动，是汪精卫明显向右转的一个标志，也是武汉整个局势转变的标志。
两湖、江西事件接连发生之后，善于见风使舵的冯玉祥也趁机倒向蒋介石一边，使武汉政府的地位更形不利。宁汉对峙以来，冯玉祥成为举足轻重的力量，自然也成为宁汉双方竞相拉拢的对象。北伐前期，冯玉祥的政治态度趋向积极，1926年9月就任国民军联军总司令后，借助苏俄的军事援助和共产党人、国民党左派的帮助，接纳共产党人在其军队中开展政治工作，对其辖区内的工农运动和共产党人的活动也表现出相当的宽容态度。宁汉分裂后，冯玉祥仍与武汉方面相配合，率国民军联军参加了第二次北伐。当武汉军队与冯玉祥的军队合力攻下河南后，面临着是否继续北伐的问题。如果要继续北伐，必须从徐州和郑州两面同时进兵，如果南京方面不向北攻，武汉方面孤军北上，万一山东方面有一支敌军侧击，非大败不可。况且后方防务空虚后，南京方面也难免不袭其后方。既然进不可攻，武汉方面乃决定后撤退守，将河南让给冯玉祥。6月5日，武汉国民党中央决定派汪精卫、徐谦、谭延闿、顾孟余、孙科等政治委员会主席团到郑州与冯玉祥会商。6月10日，双方在郑州举行会议。会议决定：豫、陕、甘三省均为冯玉祥防地，唐生智等部回师武汉；冯玉祥的第2集团军改编为7个方面军；成立三省政府委员会，分别以冯玉祥、于右任、刘郁芬为主席；撤销原来的北京、西安政治分会，另成立开封政治分会，以冯玉祥为分会主席。至此，冯玉祥不仅掌握了豫、陕、甘三省的党政大权，而且部队扩充至四五十万人，成为一支最具实力的军事力量。
徐州会议彻底改变了宁汉两方的均衡局面。冯玉祥倒向南京，对武汉国民政府几乎是致命的一击。徐州会议后，蒋介石一面经由冯玉祥向武汉施加压力，一面从南京调集部队溯江而上，摆出武力解决武汉的姿态。在内外交困的情况下，武汉国民党人感到，为了维护自身在国民党内的法统地位，除了东征讨蒋，实在无自存之法。而东征若无政治主张，军事未必能操胜券，而政治主张“倘使不能高调过于南京，也不能低调过于南京。武汉是共产政府，这是南京所宣传的。如果要南京不战解体，那么莫过于分共。于是分共遂成为东征的先决条件。”正在这个时候，共产国际代表罗易一个出乎意外的鲁莽举动，为汪精卫的分共提供了一个很好的借口。
作为共产国际的驻华代表，罗易在中国革命的危急时刻，一直力图挽救行将倒悬的局势。马日事变前后，罗易就认为武汉国民党中央已经右倾，并代表资产阶级和封建地主的利益。武汉和南京之间已经没有多大差别。但罗易仍然对汪精卫个人怀有好感，认为汪精卫是武汉国民党中央委员会内唯一的左派。他寄希望于汪精卫来挽救日益迫近的危机。
（一）不进行土地革命，就不可能取得胜利；不进行土地革命，国民党中央就会变成不可靠将领手中的可怜玩物。必须反对过火行为，但不能用军队，而要通过农会。
（二）对手工业者、商人和小地主作出让步是必要的，同这些阶层联合是必要的，只应没收大、中地主的土地，不要触及军官和士兵的土地。
（三）国民党中央的一些老领导人会动摇和妥协，应从下面多吸收一些新的工农领导人加入国民党中央，更新国民党上层人士。
（四）动员2万共产党员和两湖5万革命工农，组建几个新军，组建自己可靠的军队。
（五）要成立以著名国民党人和非共产党人为首的革命军事法庭，惩办那些迫害工农的军官。
莫斯科的这一电报似乎没有明了马日事变已使中共处于四面受敌的地位，以为鲍罗廷等人还能左右武汉政局，所以电令鲍罗廷和罗易指导中共奋起进攻和反击，以夺取国民革命的领导权。6月1日鲍罗廷接到莫斯科的电报后，认为“荒唐可笑”，唯一的办法是“暂缓执行”。他既没有让罗易看电报的内容，也未同中共中央政治局商量，就指示陈独秀向莫斯科回电说：“命令收到，一旦可行，立即照办。”
鲍罗廷和中共中央对莫斯科指示的态度，令罗易十分不满。来华以后，罗易的主张在中共中央政治局一直无法得到贯彻，心中不免郁闷。他指责鲍罗廷独断专行，俨然是中国共产党的太上皇，也抱怨中共中央为鲍罗廷所左右，听信鲍罗廷个人而无视共产国际的指示。他不再指望陈独秀领导下的中共中央能够挽救危机，转而寄希望于他所信任的“国民党唯一左派”汪精卫。6月4日，罗易与汪精卫进行了一次谈话。汪向罗易抱怨，没有人把莫斯科的意见通报他们。汪问罗易：在武汉，究竟是谁代表莫斯科，是鲍罗廷还是罗易？为了取得汪精卫的信任和看重，罗易决定进行最后一次努力。他希望在汪的身上创造出一些奇迹来，以证明他的主张正确和鲍罗廷等人的看法错误。6月5日，罗易将莫斯科的电报拿给了汪看。
但罗易此举不仅没有拉住汪精卫，反而为汪精卫分共提供了一个很好的借口。就在汪精卫看到“五月紧急指示”的同一天，武汉国民党中政会决定解除鲍罗廷的顾问合同。鲍罗廷获知后，对罗易大加斥责，并报告莫斯科，要求撤回罗易。
6月7日，中共中央政治局开会讨论“五月指示”。张国焘回忆说，当莫斯科电报在会议上宣读时，所有与会者都有啼笑皆非之感，一致觉得这是无法执行的。陈独秀发言说：莫斯科不了解中国的实际情况。多数国民党领导人不想听有关土地革命的任何意见，而且国民党的领导是由国民党的代表大会选举产生的，中共怎么能改变它，以加入新的工农领导人呢？至于组建新的军队和革命法庭，固然很好，但未必能够贯彻执行。谭平山也说：“我们不应过高估计莫斯科的电报，它们是想让我们振作精神……解决土地问题，这是一项重大任务，完成这一任务需要做充分准备，仅有响亮的口号是不行的。”
6月下旬，汪精卫与谭平山谈话，要他与苏兆征立即辞去国民政府部长职务。30日，谭平山公开发表启事，声称由于未能“纳农运于正轨”，引咎辞职。7月8日，共产国际致电中共中央，批评谭平山的离职是错误的，怯懦的，指示共产党人必须示威地退出国民政府，但必须留在国民党内。在国共关系濒于破裂的关头，共产国际仍要求中共不计成败地留在国民党内，其用意是欲使汪精卫等不便立即分共。为此，莫斯科还专门致电汪精卫和国民党中央政治委员会主席团，希望国民党立即进行土地革命，从工人、农民中吸收新的领袖，并允诺再给武汉政府汇款200万卢布，以组建若干由工农组成的忠于革命的可能部队。7月10日，布哈林公开发表文章，严厉批评陈独秀和中共中央政治局犯了机会主义错误。7月12日，中共中央根据共产国际指示进行改组，陈独秀停职，成立由张国焘、周恩来、李维汉、张太雷、李立三组成的中央常务委员会。新的中央决定，在张发奎的军队中发动军事暴动，在工农运动较好的湘、鄂、赣、粤四省举行秋收暴动。7月13日，中共中央发表对政局宣言，指责武汉政府公开的准备政变，宣布撤出参加国民政府的共产党员，但不退出国民党，不抛弃与国民党的合作政策。同日，谭平山、苏兆征联名发表态度强硬的辞职书，宣布辞去农政和劳工两部部长。
7月15日，汪精卫主持召开国民党中常会第20次扩大会议。会上，汪报告了从罗易处读到共产国际电报的经过，认为这个电报有五层意思，都是很厉害的，随便实行哪一条，国民党就完了。他说：“现在不是容共的问题，乃是将国民党变成共产党的问题，国民党的同志想起来，能不痛心！”孙科、顾孟余积极支持汪精卫对共产党加以相当的制裁，于右任、彭泽民婉转表示了不同意见，其他人则沉默不语。会议决定在1个月内召集二届四中全会，讨论分共，同时决定制裁中共党员违反国民党主义政策的言论和行动。7月16日，《汉口民国日报》公布《保护共产党员个人身体自由之训令》及《保护农工之训令》，以贯彻汪精卫所标榜的“和平分共”政策。7月19日，武汉国民党中央发表《容共政策之最近经过》，指责中共撤回参加国民政府的党员，是破坏容共政策的最大表示，声称既然退出国民政府，则在国民革命军中及各级政府机关中亦无须存在。7月23日，武汉国民党中央发出通告，定于8月15日召开二届四中全会，讨论政治委员会主席团提出的统一本党决议案。该决议案提出：凡列名本党之共产党员，在本党各级党部、各级政府及国民革命军有职务者，应自即日起，声明脱离共产党，否则一律停止职务；在国民革命时期以内，共产党员不得有妨碍国民革命之行动，并不得以本党名义作共产党之工作；本党党员未经本党中央许可，不得加入他党，违者以叛党论处。7月25日，武汉国民党中央发表《告中国共产党书》，要求共产党“自憬”，放弃对国民党的敌视态度，否则将执行相当的纪律。同日，通令各省党部、政府与军部，严防共产党活动。