由于法国将成为盟军进攻并解放欧洲的桥头堡，戴高乐和他的部队可以轻视两个最强大的西方盟友且不为其所累。波兰驻英国大使爱德华·拉辛斯基（Edward Raczyński）在战后写道，法国将军“可以不怕惹恼英美的政治家们，并向他们直接表述令人不愉快的真相。他们可能不喜欢这样的做法，但他们不能抛弃这位将军或法国”。拉辛斯基指出，对于他自己的国家与东欧地区的其他国家而言，待遇是完全不一样的。罗斯福和丘吉尔是将他们“作为次要的，对自己的重要利益而言无关紧要”的国家来对待的。
德国入侵苏联之后没几天，英国政府开始施加压力迫使波兰流亡政府与苏联实现和平。对于波兰人来说，将苏联视为盟友的想法是一种怪诞的自相矛盾。大约两年之前，苏联在希特勒的秘密授意之下袭击并占领了波兰东部，在几乎与德国人相同的时间内吞并了大约一半的波兰领土，而德国人则同时吞并了另一半。苏联对他们控制下的波兰人的待遇几乎与德国人的一样。
在苏联统治波兰东部的21个月的时间里，据估计有150万波兰公民从家中被带走，并由货运列车送往西伯利亚和苏联其他地区。几千人在途中因严寒、饥饿或疾病死亡。那些幸存下来的人最终被送进了奴役劳改营或被送到了集体农场。大多数人都没能活下来。在苏联占领期间，挑出了军队领导人和其他受过教育的波兰精英加以“集中管制”。事实上，斯大林希望能完成他们的“前辈”在18、19世纪开始做的事情——彻底征服波兰。
在苏联抓捕行动中失踪的人里，有15000多名波兰军官，其中包括许多陆军的最高层指挥官，他们在1939年9月被红军抓获。当苏联加入盟军后，斯大林告诉波兰流亡政府他不知道那些失踪的军官在哪里。事实上，他们在被抓捕后不久就被枪杀了。在1940年春天，他们中的许多人被分成小队逐一带到了邻近苏联西南部斯摩棱斯克的卡廷森林中的一片空地。苏军强迫他们在那里的一个巨大的坑边跪下，然后在他们的脑袋后面开枪。他们的躯体被推入了那个巨大的墓坑，“就像生产线上的机器那样精确”。这个死亡队列持续了五个多星期。
在伦敦的波兰人要到1943年才会知道卡廷森林的“谋杀”，但当时他们已经知道被困在苏联的100多万波兰人的严酷处境。当丘吉尔和伊登迫使他们在1941年7月与斯大林签署条约以保证两国之间的军事合作并恢复外交关系时，波兰人最初对此是抵制的。
对于波兰人的抵制，丘吉尔不能接受。到那时为止，波兰比任何其他自称的盟友对英国的生存和整体战争作出了更多的贡献和努力。但是，尽管他重视波兰人的帮助，丘吉尔却无法通过波兰人的眼睛来看待苏波之间的冲突。苏联现在是英国的重要盟友，他决心要让波兰接受苏联成为盟友。伊登告诉波兰流亡政府总理西科尔斯基将军：“无论你是否愿意，必须在条约上签字！”将军最终退让了。
条约中的一条规定实际上对波兰人非常重要，并且将在以后几年里对盟军的战斗给予巨大的帮助。协定要求斯大林释放所有被送到苏联去的波兰人。虽然最终他只释放了其中的一小部分，但是足以组建一支新的波兰军队了。看上去更像是僵尸而不是士兵的，成千上万憔悴、没有牙齿、因为冻伤而失去了手指和脚趾的波兰人，从监狱、奴役劳改营和集体农场里放了出来，被送往在伏尔加河畔临时搭建起来的训练营地。他们的指挥官是波兰的瓦迪斯瓦夫·安德斯（W?adys?aw Anders）将军。他在1939年抗击苏联入侵时两次受伤，后来在莫斯科的卢比扬卡监狱中被关了一年多。1942年，安德斯的临时军队在数千名波兰妇女和儿童的陪伴下从苏联转移到了中东地区。在那里，稻草人一样的士兵得以恢复健康，并开始了真正的训练。作为波兰第二军团，他们最终有了十多万名战士。到1944年时，安德斯军团攻占了蒙特卡西诺，按照约翰·基根的说法，这支军队将被视为“战争中最杰出的战斗队伍之一”。
然而，与释放囚犯同样重要的是在条约中被蓄意遗漏的波兰的另一项要求，这对波兰的长远未来更为重要。波兰人想在条约中增加一项条款——苏联要承诺将1939年夺取的所有波兰领土还给波兰。但是斯大林拒绝作出这一承诺。事实上，苏联领导人在与西方结盟的头几天里就暗示他不仅计划保留所占领的波兰领土，而且最终还会控制波兰的其余地区。拉辛斯基说过：“苏联既不追求也不在乎波兰的友谊。他们的目的就像过去一样，完全按照他们的意志控制整个波兰，将波兰完全吞并。”
当波兰人向丘吉尔表达了他们对这个问题的忧虑时，丘吉尔再次拒绝听取他们的意见。条约的最终文本在波兰的战后边界问题上是没有结论的。
第二次世界大战期间令人想入非非的众多“假设”之一，就是波兰和捷克斯洛伐克在战后组成某种形式的保护性联邦的可能。这两个边界接壤的脆弱的国家处于西方与东方之间重要的战略地理位置上。有一年多的时间里，两国官员在伦敦会晤，讨论如何做到这一点。具体地说，他们研究了两国各自保留主权，但在政治和军事上合作，制定共同的经济和外交政策的可能性。参加谈判的人都很清楚，这样的联盟将是人力、武器和工事的强大组合，所有这一切对确保战后国家安全和独立是至关重要的。
表面上，波兰和捷克斯洛伐克似乎有很多共同点。在外国的统治下度过了很多年，两国在第一次世界大战后重新获得了独立。尽管位于东欧，但两个国家都倾向西方。然而，当涉及他们的民族性格时，他们之间的差异是很明显的。人们认为——捷克人自己也这样看：捷克人是一个清醒而明智的中产阶级人士，他们专注于努力工作，避开了华而不实的英雄主义。《时代杂志》在1944年3月号中指出：“捷克人从来没有宏伟的理想，他们总是能调整自己以适应外在的环境而生存下去，这也是他们最杰出的才能。”
而波兰人正好与此相反。与在18至19世纪期间由相对温和的奥匈帝国占领了他们国家的捷克人不同，波兰的大部分地区被更为残酷的俄罗斯人和普鲁士人所占领，只有西北角的小部分为奥匈帝国所占领。即使波兰人想与他们的占领者和睦相处（而他们从未这样做过），结果也不会好到哪里去。热血激昂和叛逆的本性让波兰人不断地起义，尤其是举行反对俄罗斯人的起义，然而一次又一次地被镇压下去。《纽约时报》记者约翰·达顿（John Darnton）写道：“波兰人并不会像侵略者那样制造麻烦，但是作为受害者他们拒绝逆来顺受。”
浪漫且充满**的波兰人倾向于贬低捷克人，他们认为他们的邻居过于执着和勤奋。A. J. 利布林（A. J. Liebling）1942年在《纽约客》上写道：“在波兰人眼中，捷克人实心眼、愚笨，就像鹅肝饺子一样。”而捷克人认为波兰人傲慢、愚蠢和专制，并具有自杀般的鲁莽。
在20世纪初，这种传统的反感由于对两国共同边界上的位于泰申的一小片高度工业化的土地的强烈争议而加剧。在1918年获得独立后，两国都声称对泰申拥有主权。泰申的人口中超过一半是波兰人，而捷克人和德国人虽然是少数，但人口规模也不小。当捷克人强行占领了泰申的大部分地区后，参加巴黎和会的盟国领导人命令他们撤出，并与波兰人平等分配那个地区。然而，捷克斯洛伐克最终得到了更好的交易，获取了泰申的大部分土地和工业设施。
为捷克人的先声夺人所激怒，波兰人在1938年的慕尼黑会议上得到了报复的机会，希特勒允许他们从捷克人手中夺取泰申。对波兰人来说，无论他们对泰申的要求有多少正义的成分，他们企图利用捷克斯洛伐克的不幸是一种道德的沦丧，而且使波兰在世界其他地方的声誉大受损伤。
虽然在20世纪40年代初，泰申仍然是一个争论的焦点，但在伦敦的联邦谈判中，双方都认为可能达成一致。他们之所以能这样乐观，是因为西科尔斯基将军的战时波兰政府，与负责夺取泰申的战前政权之间存在着明显的差异。西科尔斯基是战前政府直言不讳的反对派，他周围的人比起他们的前辈来要更为自由和民主，并曾积极反对过专制政策。西科尔斯基在伦敦向他的同胞们许诺：战后，他的政府将在波兰进行自由选举和社会改革，类似于战前捷克斯洛伐克曾经进行过的那样。
然而最终所有这一切都不重要了。当1942年初有新闻报道说，西科尔斯基和捷克流亡政府总统爱德华·贝内什已经开始正式谈判以修补两个国家的关系并考虑可能组建一个联邦时，斯大林明确表示他对此很不满意。当斯大林不满意的时候，绝不想做任何事情招惹克里姆林宫的贝内什对此非常重视。
与波兰不同，捷克不是俄罗斯的直接邻国，也从未被俄罗斯征服过，并且一直生活在俄罗斯传统的利益领域之外。贝内什已经对西方失去了信心，因而选择相信斯大林将在战后维护捷克斯洛伐克的独立，尽管苏维埃在1938年和1939年没有做任何事情帮助捷克人反对德国的侵略。
在加入盟军之后，斯大林竭尽全力表现出他确实是捷克斯洛伐克最好的新朋友。例如，苏联是第一个承认贝内什和他的追随者为官方的捷克流亡政府的盟国，比英国政府早四小时签署了承认协议。斯大林还向捷克人作出了一个他拒绝向波兰人作出的承诺：苏联将在战后承认他们国家的独立，不干涉其内政。捷克情报部长弗朗齐谢克·莫拉维克、扬·马萨里克和政府中的其他人对此持怀疑态度，但贝内什坚信斯大林的承诺。莫拉维克后来写道，捷克总统“失去了对共产主义的所有切合实际的看法，使他面对东方的新危险却视而不见。在整个战争期间，尽管包括我在内的许多人提请他注意，但他一直坚持对苏联和捷克共产党人以谦让态度表达自己的善意。他拒绝承认丑陋的现实，直到真相大白时却为时已晚”。
然而即便贝内什看清了现实，他又能有什么别样的选择呢？他能肯定的是英国和美国决不会做任何事情来帮助他的国家或其他东欧国家。明智地或愚蠢地，他选择在斯大林身上赌一把，而斯大林在不久之后就提出了他的第一个回报要求：让捷克抵抗运动组织加强对德国人的破坏活动，就像法国共产党人正在干的那样。
像波兰人一样，伦敦的捷克人在20世纪30年代后期逃离家园时就在捷克留下了情报和抵抗组织。他们的情报运作比波兰的要强，主要是将从阿勃维尔官员保罗·图默尔那儿获得的材料，通过无线电传送给伦敦的英国情报部门。
让贝内什感到烦恼的是，捷克斯洛伐克抵抗运动的成就没有像他们的情报工作那样显著。一种解释是与波兰相比，他们的地下活动相对较弱。捷克斯洛伐克没有受到攻击并被征服。相反，它是被所谓的盟友交换给了敌人的。由于西方的背叛，许多捷克人和贝内什一样，在精神上受到了很大的打击。他们没有任何理由为了盟军的事业而将自己的生命置于危险之中。
此外，至少在初期，德国对捷克斯洛伐克比对波兰要宽松得多。捷克斯洛伐克拥有庞大的军事工业和出产丰富的农田。因为第三帝国极其需要捷克的合作来进一步扩大战争，所以没有对大部分捷克人采用对其他斯拉夫人那样的野蛮行径。马德琳·奥尔布赖特注意到，在占领早期，“那些闭嘴不说并低头听话的人可以继续照常活下去”。
然而，党卫军并没有对学生、知识分子和其他抗议德国占领的人表现出温和的态度。1939年9月在捷克的大学里举行了一系列和平示威活动之后，成千上万的学生被逮捕。有些人遭受酷刑并被枪决，而更多的人则被送往德国的集中营。从那时起，直到战争结束，捷克的所有高等院校都被关闭了。
在德国的镇压之后，有组织的捷克抵抗运动顾虑到任何一种激烈行动可能会引发进一步的报复，就转入了更深的地下活动。然而他们的稳健让贝内什非常尴尬，苏联人接连不断地向他提出紧急要求，让捷克的抵抗力量通过破坏德国战争物资的生产和切断德国军队的通信来援助红军。丘吉尔和英国的军事领导人因为无法向斯大林提供他所要求的第二条战线，也转而施压，让那位四面楚歌的捷克总统去帮助苏联。
对贝内什来说，非常不幸的是他的盟友提出的要求与党卫军臭名昭著的莱因哈德·海德里希的任命恰好同时发生。海德里希被任命为所谓的波希米亚和摩拉维亚保护国总督。海德里希在1941年9月上任伊始就指挥盖世太保血腥镇压已经被削弱的捷克抵抗运动。弗朗齐谢克·莫拉维克回忆说：“向国内发送消息要求增加抵抗活动是徒劳的。我们试了，但什么也没有发生。”
所以莫拉维克和贝内什就转向了他们唯一剩下的“资源”：正在英国接受特别行动处训练的约150名捷克士兵。1941年秋天，捷克流亡政府通知抵抗运动领导人，不久将在捷克斯洛伐克空投成队的作战人员，他们的任务是重建地下组织，并发起对敌人通信系统、铁路运输和战争工业的破坏活动。为了压制国内抵抗运动可能发出的反对意见，贝内什警告说：“如果我们没能至少跟其他被占领的国家保持一样的攻击势头的话，我们的整个情况肯定会更加糟糕。”
此外，还有另一个秘密任务在计划之中。那将成为整个战争中最勇敢的行动之一，那就是暗杀38岁的“布拉格屠夫”——莱因哈德·海德里希本人。
作为第三帝国最有权势的男人之一，头发锃亮、蓝眼睛的海德里希给所有见过他的人都留下了深刻的印象。党卫军的同僚们对他有不同的描述，“一个金发之神”或“掠食的野兽”。希特勒第一次见到海德里希之后就宣称：“这个人非常有天赋，但也非常危险！”海德里希的副手沃尔特·谢伦伯格说：“他有一种冰冷的智慧，不受良心谴责的痛苦……他的日常职业就是酷刑和杀戮。”
作为盖世太保和所有其他党卫军情报和安全组织的头目，海德里希早已对欧洲和苏联无数平民的死亡负有重大责任，其中包括对被称为别动队的党卫军特别执行小队杀害的受害者们。别动队跟随着德国军队进入波兰和苏联，用机关枪扫射犹太人、知识分子、神职人员、政治领袖以及其他在他们长长的杀戮名单上的人。海德里希在1941年初被任命去建立名为最终解决方案的组织，他还在计划系统并科学地屠杀所有的欧洲犹太人。
然而，作为一个杀人机器的他对此还嫌不够，他还想要让自己和党卫军在实现德国化欧洲目标的过程中发挥更重要的作用。为了实现他的野心，他与德国军队展开了无情的权力斗争，特别是与军事情报部门——阿勃维尔展开了无情的斗争。
贵族出身的阿勃维尔首脑 —— 海军上将威廉·卡纳里斯（Wilhelm Canaris）很鄙视海德里希和那些为他工作的进行谋杀的暴徒。1939年9月，卡纳里斯向德国武装力量总司令威廉·凯特尔（Wilhelm Keitel）元帅抗议了别动队在波兰的“屠杀狂欢”，但无济于事。阿勃维尔的高级官员赫曼·吉斯克斯指出，卡纳里斯反对“任何侵犯人性的行为”。
而海德里希也很看不起卡纳里斯。他向希特勒和海因里希·希姆莱抱怨说，阿勃维尔在处置被占领欧洲国家的公民时过于软弱宽松。为了强化他的观点，他指出：法国和德国军队控制的其他被占领国家的抵抗浪潮正在缓慢上升。而在那些地方，党卫军没有在苏联和波兰那种无拘无束杀人的自由。虽然抵抗浪潮还不是很普遍，但已引起了纳粹顶层的恐慌。约瑟夫·戈培尔（Joseph Goebbels）在1941年末的日记中写道：“在法国的城市中，暗杀的瘟疫正在以令人震惊的速度蔓延着。我们的军队指挥官没有花力气去让它们停止。”
海德里希把捷克斯洛伐克看成他获取更大权力的第一块垫脚石。为了表现出他心中极大的忧虑，海德里希宣称“保护地出现的明显的大规模抵抗运动”不仅危及纳粹的统治，而且对与德国战争运作紧密相关的捷克军工生产构成了重大的威胁。尽管情况并不是如此，他的说辞还是说服了希特勒去解除第三帝国在波希米亚和摩拉维亚保护地现任长官的职务，并用海德里希取而代之。
新的统治者没有浪费任何时间。在抵达布拉格后的几天之内，他就下令逮捕了6000多名捷克人，其中许多是抵抗运动的成员。到1941年底，处死了几百名囚犯，其中包括前捷克总理、现任陆军参谋长和数十名其他高级军官。由于他的恐怖行动，海德里希不仅成功地削弱了抵抗运动，而且严重地阻断了抵抗运动与伦敦的无线电联系，从而让来自保罗·图默尔的情报无法流向英国。
在显示了参加叛乱将带来的可怕后果之后，海德里希向那些与德国合作的人们提供了奖励。例如，提升军备工业生产中的工人工资，并增加食物、香烟和衣服的额外配给。海德里希巧妙地利用了这种胡萝卜加大棒的手段，力图消除几乎每一处抵抗的迹象，提高捷克工业生产的效率。在1942年春天，希特勒高兴地表示：“眼下的捷克人——特别是那些在战争工厂中的捷克人，正在竭尽全力完成我们所需要的全部工作。”
所有这一切都只能让盟军对贝内什施加更大的压力，并导致他提出了杀死海德里希的建议。他告诉弗朗齐谢克·莫拉维克：“我们训练有素的伞兵突击队”将会刺杀海德里希，这将是国内抵抗运动向全世界展示的一项成就——“绝望中的国家的自发行动将去除附在我们身上的逆来顺受的耻辱，并将提高捷克斯洛伐克的国际地位。”
贝内什和莫拉维克两人都很清楚，夺走海德里希性命的代价将会非常之高。当时，在被占领的欧洲国家里哪怕只是打死了一名德国的低层工作人员，也总是会导致几十个平民被处决；如果杀死德国最著名的官员之一，会带来的平民死亡人数不禁令人不寒而栗。但是当莫拉维克提到这个问题时，贝内什回答说，不管后果如何可怕，“为了国家的利益必须”杀死海德里希。
只有少数几个人——贝内什、莫拉维克和其他几名捷克情报官员知道这个计划。他们没有向捷克流亡政府的其他官员和剩下的为数不多的地下抵抗运动领导人进行过咨询。贝内什下令不能留下任何书面记录，确保没有任何关于这个计划的事情将来会追究到他的身上。
当莫拉维克刚开始与被挑选执行杀死海德里希任务的两名正在接受特别行动处捷克分部训练的捷克特工接触时，他没有告诉他们暗杀的目标，只是说他们被指派进行一次“前所未有的暗杀”。两名特工杨·柯比斯（Jan Kubi?）和约瑟夫·加奇克（Jozef Gab?ík）原来是捷克陆军的年轻军士，他们曾在1940年春天参加了在法国的战斗，两人都是使用枪支和炸药的专家。他们自愿承担了暗杀海德里希的任务，尽管他们知道完成任务之后生存下来的机会几乎是零。
1941年末，特别行动处对他们两人进行了长达数周的严格训练，向他们提供了包括左轮手枪、机枪、手榴弹和自杀药片在内的装备。但英国人并不参与行动的情况介绍和命令下达，所有那些都是由莫拉维克和他的情报官员掌控的。
圣诞节后几天，柯比斯和加奇克被空投到了捷克斯洛伐克。在整个冬天和1942年初的春天，他们都在休息，等待合适的时机去执行任务。当他们在进行准备时，还有20多名在特别行动处训练的特工被派往捷克斯洛伐克，那是贝内什计划对捷克武器工业和铁路系统进行破坏的一部分。对于那些新来的人来说，德国警察无所不在的控制令人震惊，这比他们预想的要严酷得多。一名在特别行动处训练的特工说：“对每一个政治上活跃的人来说，永远有一个盖世太保的警察等在那里。”
也许并不奇怪，那些针对武器工业和铁路系统的破坏行动失败了。没能破坏或炸毁一处预定目标，许多特工被德国人捕获并遭枪决。德国人还找到了从英国运来的空投物资：武器、弹药、起燃装置、爆炸物和5台发报机。有一台发报机仍然留在抵抗成员手中，他们使用它来告诫伦敦不要再送更多的特别行动处特工过来了。贝内什完全罔顾这个请求。历史学家卡勒姆·麦克唐纳（Callum MacDonald）写道，捷克总统“无意削弱这一计划，不管那对特工的生存有多大威胁。空投的特工是可以拿去牺牲的”。
为了保护他们的安全，莫拉维克曾指令柯比斯和加奇克避免和地下抵抗运动有任何接触，必须单独开展工作。然而当他们到达布拉格时，他们发现自己不可能服从这一命令。如果他们想生存下去并实施他们的行动的话，他们需要抵抗运动和仍然散布在外的少数几个特别行动处特工的帮助，他们被转移隐蔽在布拉格的好几处安全房屋里。没过多久，他们的保护者就发现了他们来到捷克首都的原因。抵抗运动的领导人认为伦敦的决定非常鲁莽，他们恳求捷克流亡政府放弃这次暗杀行动。
前捷克外交官、抵抗运动成员阿尔诺谢特·海德里希（Arno?t Heidrich）打电报给莫拉维克说：“这样的暗杀行动对盟军来说没有多少价值，但对我们国家来说，将产生难以预计的后果。接踵而来的残酷镇压将会使以前的镇压看起来像孩子的游戏。它不仅会威胁到人质和政治犯的生命，而且还会对其他成千上万的人造成生命威胁，国家将受到闻所未闻的报复。同时，它会消除任何抵抗组织最后剩余的部分。抵抗运动再不可能对盟军有任何用处。”
当莫拉维克把海德里希饱含痛苦的吁请报告给贝内什时，贝内什下令不予答复。他依旧不与流亡政府中的其他高级官员进行磋商，行动仍按原来的命令继续进行。
1942年5月下旬的一个温暖的早晨，两名提着沉重的公文包的年轻男子平静地站在布拉格市中心一条汽车道的急转弯处的两侧。在等待了一个多小时之后，杨·柯比斯和约瑟夫·加奇克开始担心起来。他们知道莱因哈德·海德里希每天早上9点会从他的住处经这条路线前往他在赫拉德卡尼城堡的办公室。他们还知道，他几乎从不带一个保镖，坚信那些胆小的捷克人永远不敢尝试要他的命。当一位纳粹官员责备他的漫不经心时，海德里希傲然答道：“为什么我的捷克人会来向我开枪？”他的司机是一个身高6.5英尺的强壮的党卫军卫兵，那就是他唯一的警卫了。
现在差不多接近上午10点半了，还是没看见海德里希黑色奔驰敞篷车的影子。然而正当两名捷克人失去希望的时候，他们发现车子正向他们开来。正如预期的那样，在临近急转弯的路段时汽车放慢了速度。这时，加奇克走到了路中央，从大衣下面拿了一把冲锋枪，直指着坐在后排的海德里希扣动了扳机。但是什么也没有发生。冲锋枪卡壳了，而加奇克身上没有别的武器。
司机踩下了刹车，海德里希跳了起来，从口袋里掏出一把左轮手枪指向了加奇克。他没有看到站在奔驰敞篷车身后的柯比斯这时从他的公文包里掏出了一颗炸弹，向海德里希的方向扔了过去。炸弹在汽车后轮旁爆炸了，把汽车抛到了几英尺高的空中，爆炸的碎片撒向四周。海德里希被震出了汽车，但似乎没有受伤，他向正在逃跑的加奇克开了好几枪。追了几步之后，第三帝国的保护者海德里希背脊僵直，倒在了路上，弹片击中了他的脾脏。他被送到医院，八天后死于败血症。
正如阿尔诺谢特·海德里希预期的那样，第三帝国的头目们发疯了。纳粹的核心人物第一次被杀，每一个人都在猜测谁将是下一个。戈培尔在他的日记中写道：“如果我们不采取强有力的无情措施，元首遭遇暗杀行动的可能性会增加。”
元首担心他自己可能是下一个目标，对任何提供有关刺客身份和信息的人给出了惊人的奖励——100万马克（价值超过1600万美元）。希特勒在听到海德里希死亡的消息时禁不住流出了眼泪，亲自飞到布拉格去指挥追捕。党卫军的总司令宣告：“为他报仇是我们的神圣责任！”
德军出动了大约21000名士兵，其中大部分是党卫军部队，在捷克首都的街上横冲直撞。他们从一座大楼冲到另一座大楼，搜查每一间公寓，向任何他们认为可疑或没有立即服从他们命令的人开枪。一名德国侦探是这样评论党卫军的——“他们完全发疯了。”一位皇家空军飞行员在飞机被击落后的那段时间里正躲在布拉格。他后来回忆说，那些搜查的人“简直就是疯子”。
在这场放纵的暴行中丧生的人里，一些掩护过柯比斯、加奇克和其他特别行动处特工的布拉格市民，他们的家庭成员也一起被枪杀。有一名十几岁的男孩，他的父母曾经让那两名暗杀者留宿了一段时间。党卫军在打死他之前，先让他看着他母亲被砍下的头颅在鱼缸里漂浮。
捷克的犹太人自然也是打击的目标。6月9日，在海德里希死后第三天，一列专用列车驶离了布拉格，载着1000名犹太人前往纳粹的死亡集中营。随后又运去了2000多人。然而，这些死亡人数根本无法使希特勒、希姆莱和党卫军感到满足。他们需要更令人震惊的场面来向欧洲被占领国家的人民显示，蔑视德国统治的后果将是一场多么大的灾难！他们选择了位于布拉格西北几英里的一个名叫利迪策的小村庄作为他们的打击目标。
在海德里希死前德国人曾捕获了一名特别行动处的特工，在他身上搜出了一封信，上面写有利迪策两个家庭的地址。盖世太保错误地推断，利迪策村民一直在掩护暗杀者。在1942年6月10日黎明之前的黑暗中，几百名党卫军士兵包围了利迪策。所有的居民都被从家中赶出来，所有的男子当场就被枪杀了，所有的妇女和儿童都被送往了集中营，其中大多数人后来也都死了。整个村庄被烧毁了，留下的废墟被推土机给推平了。然后他们在地上撒满了盐，没有任何有生命的东西能在利迪策再次扎根。
虽然到那时党卫军还没有找到柯比斯和加奇克，但他们在利迪策和其他地方极其野蛮的暴行加上巨大的赏金终于产生了他们想达到的效应。6月16日，少数几个没有被抓到的特别行动处的捷克特工之一卡雷尔·丘尔达（Karel ?urda）走进了布拉格的盖世太保总部。因被极端的报复行动所震撼，同时对在伦敦近似冷酷无情的捷克领导人所造成的抵抗运动的困境感到愤怒，并且被巨大的赏金所**，丘尔达把暗杀者的身份告诉了盖世太保。
利用丘尔达提供的信息，盖世太保追踪柯比斯和加奇克，最后在布拉格市中心的一座教堂里发现了他们和另外五名隐藏在那里的来自伦敦的空降特工。捷克的特工们与包围了教堂的700多人的党卫军部队进行了六个多小时的激烈枪战，没让追捕者攻进教堂，直到打完了他们所有的弹药。柯比斯、加奇克和另外两名还活着的特工用他们最后的子弹打死了自己，他们不愿活着落入敌人的手中。
因暗杀海德里希，前后总共有5000多名捷克公民被处死。两个星期的血腥事件激发了全球对捷克人的同情和钦佩以及对纳粹野蛮行径的憎恶。毫不奇怪，世界关注的焦点是发生在利迪策的大屠杀。美国海军部长弗兰克·诺克斯（Frank Knox）宣告说：“如果后代问我们在这场战争中为什么而战时，我们将告诉他们利迪策的故事。”美国和世界其他地方的一些城镇改名为利迪策，以纪念死在那里的无辜的人们。
正如贝内什所希望的那样，对海德里希的暗杀和德国人的疯狂报复使捷克抵抗事业获得了一次重大的宣传性的胜利。扬·马萨里克致信一位英国朋友说：“利迪策大屠杀发生时，我正在美国。虽然尝试了所有改善现状的可能，但我们在宣传工作方面没有任何进展。然后利迪策大屠杀发生了，我的生命有了一个新开始。捷克斯洛伐克再次被放在地图上了。”正如喜气洋洋的莫拉维克所说的那样，“如果仔细考量我们对战争的贡献的话，我们从最后一位一下跃到了第一位”。
在世界各地报纸的头版上，对海德里希的攻击被誉为捷克抵抗运动的杰作——是在摆脱德国统治，争取国家独立的殊死斗争中最为大胆的一次行动。按照英国广播公司的说法，“捷克人和所有其他被奴役的人民应该自豪地看到他们已经抛弃了恐惧，而让纳粹胆战心惊”。捷克抵抗运动的成员曾经尽一切可能阻止暗杀活动这一事实成了一个严加保守的秘密。
海德里希的死亡也为盟军的整体事业提供了一个难得的好消息。在1942年的春天和夏天，盟军几乎在各条战线都遭受了重大的失败。英国人通过正式废除慕尼黑协议表达了他们的谢意，并且终于对贝内什及其政府给予了贝内什认为他应该得到的尊重。英国外交部在一份内部备忘录中宣布：“鉴于捷克人民在海德里希死后所经受的苦难，我们认为从心理方面的原因考虑，让贝内什尽可能多地满意是完全适宜的。”
然而尽管捷克总统重新恢复了自己的声望，他的破碎的国家却因此陷入了绝望和哀伤。原本希望通过努力破坏德国的战争，减少党卫军对捷克斯洛伐克和其他被占领国家的控制，但暗杀海德里希却带来了完全相反的后果。一位布拉格居民说：“另一个像他一样可怕的人会顶替他的位置。除非你能消灭整个盖世太保，否则的话这并没有什么两样。”
令人咂舌的是，贝内什认为暗杀海德里希将使捷克人民团结起来，并激励更多的人站起来反对德国占领者。但事实上，德国人的报复摧毁了残存的抵抗运动。特别行动处在1942年末的一份报告中指出，捷克斯洛伐克已经没有任何“公开抵抗”的迹象了。捷克历史学家沃伊捷赫·马斯特尼（Vojtech Mastny）指出：“由于他的死，海德里希实现了他的主要野心——使保护国安稳下来。”
也许更糟糕的是，德国人的血腥搜捕最终消灭了莫拉维克掌控的几乎全部的情报网络。保罗·图默尔被抓获并最终遭处决，结束了他长达四年向伦敦提供重要军事情报的秘密活动。
当暗杀海德里希的灾难性后果造成的影响变得更加清晰时，英国人和贝内什都不想再承担责任了。丘吉尔在谈到第二次世界大战历史时从来不提起它，而他的政府坚持声称这完全是捷克政府的行动。直到1994年，当部分特别行动处的档案被公开以后，才从中透露出好几位特别行动处的高层官员早就知道暗杀的目标是谁。
贝内什在他还活着的时候一直否认他在暗杀行动中发挥了任何作用，把那个说法称作是“纯属捏造”。他声称：“从未从伦敦下达过任何暗杀海德里希的命令。事实上，纳粹关于为自由而战是由伦敦下令并指挥的整个言论都是虚假的。捷克所有的抵抗行动都是由国内的总部指挥并决定的。”战争结束30年后，莫拉维克在他的回忆录中终于承认贝内什和他自己都参与了那次行动。
随着战争的继续，贝内什宣传的胜利的光芒开始变得暗淡起来，他意识到暗杀及其产生的长期影响实际上已经成为一个重大的政治问题。由于无法满足斯大林持续不断地破坏捷克的军工生产和铁路系统的要求，贝内什决定通过其他方式来安抚苏联领导人。他发誓，决不让他所认为的战后波兰的可怕命运降落到捷克斯洛伐克头上。