王守仁一生最大的军事功绩，是平定南昌的宁王朱宸濠之乱。王守仁将去福建剿匪时（无大量军队），所率部队行军刚到丰城，宁王朱宸濠突然举兵叛乱。因此王守仁积极备战，调配军粮，修治器械，
然后发出讨贼檄文，公布宁王的罪状，要求各地起兵勤王。
当时，王守仁最为担心者，就是宁王朱宸濠挥师东下，占领故都南京。如果南京失守，宁王就有了称帝的资本，同时也占了地利，那就不容易消灭了。王守仁虚张声势，利用假宣传假情报，城中扰乱宁王的视线，逼他做出错误的判断，以为各路大军已经组成合围态势。同时使用反间计，命人携蜡丸潜入南昌，
使宁王猜疑自己部下的进攻南京策略。宁王果然上当，有半个月时间犹豫观望、不知所措，没敢发兵攻打南京。王守仁利用这一时机，做好了防守南京的准备，使宁王欲攻南京，已无可能。
七月，宁王率六万人，攻下九江、南康，渡长江攻安庆。王守仁这时已经调集了八万大军（主要为各地民兵与农民），对外号称三十万。王守仁召集部下问应如何退敌。有人指出应该急救安庆，王守仁说：“现在九江、南康已经被敌军占领，如果我们越过南昌跨江救援安庆，就会腹背受敌。现在南昌空虚，我军锐气正盛，可以一举攻破。敌军听说南昌失守，定会回师来救，这时我们在鄱阳湖迎击他，肯定能取得胜利。”
由于先前进行大量宣传工作，谎称有大量军队攻城，南昌竟然不攻自破，停了两日，王守仁便派诸将分五路迎击回援南昌的宁王大军。四路分兵迎进，一路设伏。交战以后，宁王大军很快腹背受敌，被分割成几部分，后又中了埋伏，惨遭大败，溃逃退守八字脑地区。宁王眼观局势不妙，急忙调九江、南康的精锐部队出击，王守仁派几路大军迎战并取南康。
这一仗打得相当激烈，是关键的一战。官军一度退却，王守仁部将伍文定立即斩杀了后退之人，命令诸军一决死战。最后终于打败了敌人，敌军退保樵舍地区，将大船结成方阵，宁王拿出金银珠宝犒赏将士，冲锋赏百金，负伤千金，要求他们死力一搏。
但宁王军队的方阵被王守仁看出破绽，他决定仿效赤壁之战，放火烧船。第二天，宁王群臣聚集在一起，正在船上召开“早朝”会议，王守仁大军杀到，用小船装草，迎风纵火，烧毁了宁王的副船，王妃娄氏以下的宫人以及文武官员们纷纷跳水。宁王的旗舰搁浅，不能行动，仓促间换乘小船逃命，被王阳明的部下王冕部追上擒获，宁王的其它文武大臣也成了阶下囚。不久，南康、九江也被官军攻陷，宁王之乱全面平息，前后只有三十五天时间。王守仁因此而获“大明军神”之称。
后来，明武宗以“总督军务威武大将军总兵官朱寿”之化名出征，江彬意欲不轨，挑唆武宗与宁王打一仗并亲自俘获。王阳明对宦官张永动之以情、晓之以理，说明这样做会死更多人。最后协调结果是：让明武宗到了南京，再放出宁王让皇帝俘虏，高兴一下。
《明史》评价赞曰：王守仁始以直节著。比任疆事，提弱卒，从诸书生扫积年逋寇，平定孽藩。终明之世，文臣用兵制胜，未有如守仁者也。当危疑之际，神明愈定，智虑无遗，虽由天资高，其亦有得于中者欤。矜其创获，标异儒先，卒为学者讥。守仁尝谓胡世宁少讲学，世宁曰：“某恨公多讲学耳。”桂萼之议虽出于媢忌之私，抑流弊实然，固不能以功多为讳矣。】
王守仁（14721529），汉族，浙江余姚人。字伯安，号阳明子，世称阳明先生，故又称王阳明。中国明代最著名的思想家、哲学家、文学家和军事家。陆王心学之集大成者，非但精通儒家、佛家、道家，而且能够统军征战，是中国历史上罕见的全能大儒。封“先儒”，奉祀孔庙东庑第58位。