以孙可望为首的大西军撤入云南，是有长远的战略眼光的。经营云南，是为了有个稳定的后方进行休整，积聚力量，以便重整兵马，同清军再决雌雄。入滇两年，由于政策对头、措施得当，大西军的实力已经大为增强。而南明永历朝廷的腐败和内部倾轧又导致抗清阵营的分崩离析，疆土日缩。大顺军余部从1645年隆武朝廷掌政的时候就已经开始了联合抗清，以忠贞营的名义充当抗清主力。尽管南明统治集团明知“今日朝廷所恃者忠贞营耳”[59]，然而，从朝廷以至督、抚重臣何腾蛟、章旷等人却出于阶级仇恨处处排斥刁难这支忠心耿耿致力抗清的农民武装，干着为亲者痛、仇者快的勾当。而他们自己的嫡系部队却只知祸国殃民，一旦形势危急就叛投清方，甘心充当清廷实行民族征服政策的马前卒。在这种情况下，抗清形势的不断恶化就是不可避免的了。
孙可望正是从全国的形势出发，决定领兵出滇。出兵之前，他同杨畏知、沐天波商议说：“年来以云南一隅之地，兵精粮足，欲图大举，以复中原。”[60]他认识到在民族危机日益加深的情况下，以朱明王朝的旗帜为号召可以获得更多的同盟者，有利于抗清事业。因此，派杨畏知和龚彝去广东同永历朝廷联络。1649年（永历三年），使者到达肇庆，向永历朝廷递交了书信一封：
先秦王**平中土，扫除贪官污吏。十年以来，未尝忘忠君爱国之心。不谓李自成犯顺，玉步旋移。孤守滇南，恪遵先志。合移知照，王绳父爵，国继先秦。乞敕重臣会观诏书。谨封。己丑年正月十五日孙可望拜书。[61]
在当时参与抗清的各种力量之中，以孙可望为首的大西军是实力最强的队伍；他们管辖下的云南是抗清营垒内最稳定的地区。孙可望等人决策同永历朝廷携手抗清，本是这个小朝廷的最佳福音。可是，阶级的偏见和政治上的鼠目寸光，却在永历朝廷上引起了一场轩然大波。廷臣会议时，赞成封孙可望为王的固不乏人，当政的一批人物却出于种种考虑表示坚决反对。如依附李成栋之子李元胤的金堡、袁彭年之流唯恐拥有庞大实力的大西军参加永历朝廷将会削弱自己把持朝政的局面，力持异议。“金堡引祖制无异姓封王例，力争不可。”[62]镇守贵阳和遵义一带的军阀皮熊、王祥又担心大西军出滇抗清，自己的地盘难保，也疏言：“可望名虽向正，事非革心，朝廷毋为所愚。”[63]大学士严起恒也顽固地拒绝封秦王。经过一番争议，永历帝采纳廷臣建议，封孙可望为景国公，赐名朝宗。督师阁部堵胤锡是位比较有眼光的政治家，他曾经促成过大顺军余部与南明联合抗清，这次又想努力促成与大西军的联盟。他听说孙可望请封秦王，朝廷仅封景国公，知道事情必定决裂，就在七星岩盛情款待孙可望派来的使者潘世荣，订结盟好。一面连续上疏朝廷请封可望为二字王，一面利用手中的空白敕书填写封孙可望为平辽王。[64]这种“矫诏”的做法在封建朝廷看来自然是极不合法的，但就堵胤锡的本心而言，乃是不得已的调处办法。他深知永历朝廷不要说恢复中原，就是勉撑危局也只有依靠大顺军和大西军。不料，南明浔州守将陈邦傅因忠贞营驻于相邻的宾州、横州，担心自己的地盘难保。他的中军胡执恭建议结好于孙可望，倚仗大西军的声势同忠贞营相抗。他们私下铸造了“秦王之宝”金印，填写空白敕书，由胡执恭冒充朝使，径往云南封孙可望为秦王。[65]孙可望并不知道永历朝廷内部的腐败纷争已至于此，对胡执恭的来封以一片诚意隆重接待。他亲自郊迎使者，“肃然就臣礼，五拜三叩首，舞蹈称臣”[66]，并将敕书誊黄布告，接受部下文武庆贺三日。正在这时，杨畏知等带回的封平辽王敕印也到了。孙可望大为惊异，说：“我已封秦王矣。”杨畏知说那是假的；胡执恭毫不相让，说平辽王敕印也是假的，把朝廷所封景国公事和盘托出。孙可望简直无法想象心目中的正统朝廷竟是这样的乌烟瘴气，他大怒道：“为帝为王，吾所自致，何藉于彼，而屑屑更易，徒为人笑。”[67]下令把杨畏知、胡执恭关进监狱，给朝廷送去启本，说：“于某日接敕封臣秦王，于某日接敕封臣平辽王，莫如所从。”[68]除将先后所接“敕书”抄送外，并且表示接到秦王勋印后已郑重宣布，大小官员和军民都已祝贺，无法改变，请朝廷定夺。永历朝廷在既成事实面前竟毫无灵活性，一味顽固地拒封秦王。号称“虎牙”的金堡在疏中声称：“可望应否封王，臣为祖宗守法，即使白刃临臣，臣惟执不封之议。”[69]就连明末著名的忠臣瞿式耜也抓住孙可望来书“启而不奏，名而不臣，书甲子不书正朔”大做文章，说什么“识者为之寒心，举朝莫不色动”[70]。瞿式耜还针对胡执恭所传伪敕中载有“朕率天下臣民以父师事王”“崇之以监国”“许之以九锡”“推之以总理朝纲节制天下文武兵马”痛切陈词。其实，孙可望原书只要求封秦王，并没有要求这些特殊的礼遇。直到七月间，永历幸臣文安侯马吉翔建议封孙可望为澂江王，可望的使者不敢复命。朝廷又议于秦字上加一字，或兴秦，或定秦，纷争不已。这时，孙可望虽然对永历朝廷极不满意，仍然以大局为重，决定出滇抗清。他派中书杨惺先诣行在报出师，疏言：“国姓岂敢冒，王封何敢承。臣等惟一意办虏，功成之日，自听公议。”[71]在请封秦王的问题上，封建史籍对孙可望指斥甚多，加以“胁封”的罪名。就当时情况而言，无疑是永历朝廷处置不当。值得注意的是，在大西军提出联合抗清的建议以后，永历朝廷不仅在封爵上多方刁难，还不顾大敌当前，加强了对大西军的防范。“是冬（永历三年，1649年），封黔镇皮熊为匡国公，播镇王祥为忠国公，防滇寇也。”[72]这就充分说明，阻碍和破坏抗清联合阵线的罪魁祸首正是永历君臣。