张献忠牺牲后，领导大西军的重任很自然地落到了孙可望的肩上。他立即改变张献忠的过火行动，自四川綦江南下时下令：“自今非接斗，不得杀人。”[18]1647年初（旧历正月），孙可望等领军进入遵义，“秋毫无犯”[19]。进军贵州，“所过民皆安堵”[20]，顺利地占领了省会贵阳。明贵州按察使张耀、布政司参议曾益等逃到定番州（今贵州省惠水县），拼凑了一批反动武装负隅顽抗。孙可望派定北将军艾能奇领兵进攻，于二月十二日攻克定番，张耀等被处死，曾益自杀。[21]大西军在贵州的胜利，摆脱了清军的追击，为尔后的休整与发展奠定了基础。
大西军南下后出现的气象一新，同孙可望等人整肃内部有密切关系。张献忠牺牲以后，他的妻子和亲信宰相汪兆龄仍然高踞诸将之上，主张照旧行事。“时可望等奉伪皇后为主，驻遵义桃源涧。诸贼每早必先往朝，凡事奉请而行。伪宰相汪某辅之……每公会议事，犹傲据诸贼上。”[22]孙可望等人认识到政策上的改弦易辙已经成为大西军生死存亡的关键，不消除改变过激政策的障碍，前途就不堪设想。因此，孙可望和李定国、刘文秀、艾能奇断然决定把“皇后”和汪兆龄处死[23]，四人各自恢复本姓，建立了四将军的领导体制。四人当中，孙可望原来的地位和威信就比较高，加上年纪稍大、读书识字，自然成了主要的领导人。
这时，在云南正经历了一场统治集团内部的变乱。1645年十二月蒙自土司沙定洲在云南省城昆明发动政变，世镇云南的黔国公沐天波逃至楚雄，与明金沧道杨畏知合力拒守。云南统治阶级的内部纷争，给人民带来了灾难，也为大西军入滇提供了机会。孙可望等人当机立断，决定取云南为基地。为了减少进军中的阻力，孙可望充分利用了汉族官绅对沙定洲叛乱的不满情绪，派出间谍先入云南，散布消息说大西军是沐天波妻子焦氏家族的武装，行将入滇平叛，为沐氏复仇。这一策略果然收到巨大效果，“云贵人民深信，一路俱如此传播，故贼兵所至，悉开门降。长驱而来，全无梗阻”[24]。1647年三月二十八日，大西军攻克交水，接着移兵曲靖，歼灭沙定洲所设守军五百名，俘获明云南巡按御史罗国献。[25]又在蛇花口击破沙定洲派来的援兵一千名。沙定洲见兵力不敌，乃主动放弃昆明，逃回蒙自故里。留在昆明城内的明朝巡抚吴兆元等人这时已经弄明白入滇的是大西农民军，他们手头无兵，只有听任绅民迎降。四月初旬，大西军未遭抵抗，安然进入昆明。
经营云南是大西军后期赖以开展抗清斗争的重要步骤。从1647年起，在云南建立了以孙可望为首的“四将军政权”。史称，孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四人共议，“立孙可望为盟主，一切诸务，皆听命焉”[26]。这个政权在性质上是张献忠为首的大西政权的继续，只是在政策上总结了大西政权在四川失败的教训，做了一系列调整。大致而言，孙可望等人在云南的施政可以归纳为以下几个方面：
（一）削平叛顽，收取全滇。大西军占领昆明地区之后，首先打出了“共襄勤王，恢复明朝天下”的旗号，搜求“现任文武官员并乡绅举贡，分别授职”[27]。这一举动是非常明智的，因为对于云南来说大西军完全是一支外来的力量，只有提出恰当的口号，并且最大限度地联络当地人士，才比较容易站住脚。当时，云南互相对峙的两股封建势力仍然割据着大片土地，土司沙定洲盘踞着自临安至蒙自一带地方，兵力比较强，由于掠得了沐氏累世所积，拥有雄厚的财力；沐天波和杨畏知则负隅于楚雄以西，仍以明朝正统相标榜。孙可望在稳定了对昆明地区的统治后，即着手调兵遣将，削平叛顽。他先派遣大将李定国和刘文秀领兵南上，攻克沙定洲兵占据的江川、临安（今云南建水县）。接着又在十月间亲自领兵西攻杨畏知等据守的禄丰、楚雄、大理。[28]明军一触即溃，沐天波、杨畏知往逃永昌（今云南保山市）。孙可望考虑到沐天波和杨畏知在云南官绅和土司中有较高威信，乃以“共扶明后，恢复江山”为条件同二人达成合作协议。于是，迤西一带大抵是不战而下，“去方三月，而迤西尽平”。返回昆明之后，又以沐天波的名义行文招抚各土司，“各土司次第来归”[29]。到1648年八月，云南全境只剩下沙定洲据守的阿迷州（今云南开远市）、蒙自一隅之地尚待平定。孙可望又派李定国、刘文秀领兵先后攻克阿迷、蒙自，直逼沙定洲老寨。当时师行既远，兵食难继，孙可望“乃起省城民夫，每户夫一名，每名领二斗，至临安交米一斗五升，其五升给夫作口粮。省城每夫一名脚价银二三两不等”。民“乐于輓（挽）运，不知其苦”[30]。沙定洲据守孤寨，见大西军兵盛粮足，被迫投降。李定国等平定了历时三年的沙定洲叛乱后，派人招抚附近地方，“凡附逆者悉不究，各安农事”，于是投诚者络绎不绝。又“出令不许掳掠，违者立斩。自是迤东半壁安堵矣”。在孙可望部署下，大西军平定云南叛顽势力，恢复全省的统一，使云南人民自明末屡经变乱以来，过上了安宁的生活。清初人士记载，“孙可望等倡义之名至今人犹道焉”[31]。
平定全滇之后，孙可望“发兵守四川之大渡河，贵州之镇远，中路之雪山关，凡可以入滇之路，悉扼守之”[32]。防止了清军和南明官军的入滇，使大西军在四川丧败后再次有了一块稳定的基地。
为了充分认识孙可望等人决策入滇的重大意义，不妨同大顺军做个比较。在李自成牺牲以后，政权瓦解，基地全无，大顺军余部长期寄人篱下，直到后期才在夔东人迹罕至的高山大川之处建立了自己的据点。尽管它的主要领导人李过、高一功、李来亨具有宁死不屈的坚贞品质，但人员、物资的严重不足却大大限制了大顺军积聚力量。没有一块比较稳定和比较富庶的后方基地，是大顺军余部在抗清斗争中未能取得较大战果的主要原因。大西军后期在抗清斗争中之所以能够北出贵州、四川，东进广西、广东、湖南，数度战胜不可一世的清军，长期充当全国抗清的主力，都是同它经营云南分不开的。而在开拓云南为基地的过程中，孙可望无论在名义上，还是在实际上，都是最高的决策人和组织者。从这个意义上说，大西军前期抗清斗争的胜利同孙可望的功绩是凝聚在一起的。
（二）经营云南，励精图治。大西军既然以云南为基地，自然需要建立政权。孙可望被推为国主。[33]当时大西国号已废止不用，同南明朝廷又无往来，因此未建国号，纪年用干支。史籍记载，孙可望“大书示命，号召全滇，云：孤率三兄弟，统百万貔貅，建国不建统，纪年不纪号”[34]。政权机构设立了六部和地方文职官员。为了防止地主豪绅的破坏，以孙可望为首的“四将军政权”实行了严格的保甲制度：“户设一牌，书大小男妇姓氏悬之门首，以备查核。严门禁，不许妇女出入；凡男人出入，各以腰牌为据，牌上写本身年貌住址。城外入城者将腰牌进挂于月城之右廊，事毕出仍取去，门上放出。城内出者持腰牌挂于月城之左廊，事毕入仍取去，有牌，守卒始放入。远来者面上打印为号，有印，门卒始放出。若是之严，总贼畏土司之众多，恐有不测，深防若此。”[35]在府、州要地，各设置兵马一营，以张声势。
在经济政策上，颇有创新。刚刚进入昆明地区时，面临紧迫的兵食问题，在很短一个时期里实行过打粮的办法。这种措施必然造成农民生产积极性的下降，大西政权在四川的失败是有过沉痛的教训的。因此，孙可望等人很快就代之以切实可行的赋税政策。他们派出人员“踏看田地所出，与百姓平分，田主十与一焉。条编半征，人丁不论上中下全征”[36]。就田赋而言，十分之内，官四民六[37]，农民的负担是比较重的。但是，这一政策的革命性表现在它把原先的地主向农民征收的田租由一半以上减为十分之一，大大降低了剥削率；而地主仍能分取一部分，生活有着，减少了敌对情绪。由于税额稳定，严禁官吏贪污害民，地主不得任意盘剥，农民的生产积极性大为高涨。当年秋成就“倍于曩昔”；次年又“大熟，百姓丰足”；再下一年仍是“大有年，兵民安乐如初”。[38]
孙可望等还保护民间贸易，“铸兴朝通宝，每大者文抵一分，次者文抵五厘”[39]。这件事在云南历史上是值得记载一笔的。云南产铜，明代虽曾奉朝命铸造铜钱，但均输往内地充饷，当地居民并不使用；民间一直通用贝钱，称为。自孙可望铸兴朝通宝，“禁民用贝，违其令者刖劓之。辛未通行”[40]。云南在流通过程中才普遍用钱，和其他各省趋于一致，这对于活跃云南和内地经济上的交流具有深远的意义。
对井盐的管理也很得法。孙可望规定，“黑、琅两井之盐归官，令商人在省完工本，领票赴井支盐。由是凡系盐商悉大富，以白镪为瓦砾矣。命史文为盐税司，盐课、商税尽归史文收。每一下操，赏赉动以万计”[41]。这是活跃经济，充裕军饷的一个典型例子。
（三）整顿军政。在军制方面，孙可望采取的措施十分有力，主要包括严肃军纪、加强训练、改善军需供应。现分述如下：一、纪律严明：“凡发兵征剿，所过大路，鸡犬不惊，百姓卖酒肉者路旁不断。如兵余小子有擅夺百姓一物者，立刻取斩。如该主不首，连坐；该管官失察，责八十棍。立法若是之严，故民得安息反富庶焉。”[42]史籍中记载了一个典型的例子：“有抚右营兵马前往禄丰驼粮，回至草铺歇下，有一兵失手误伤百姓方二岁小儿一个。百姓喊叫，杨总兵得知，将兵拿去责四十棍，断烧埋银十两。不意草铺管庄报与刘文秀。及杨总兵押粮至省回话，刘文秀大骂，要责杨总兵一百棍，众官力保方恕。将打死小儿之兵拿去，立刻绑出小西门外枭首，将头传送草铺号令。”[43]兵丁误伤百姓致死竟被枭首示众，执法显然过严，但由此可见孙可望等人为纠正兵员损害百姓利益，不惜矫枉过正。他们得到云南百姓的衷心拥护绝不是偶然的。连封建文人也称道：“孙可望等立法甚严，兵民相安。”[44]二、大西军进入云南，由于地势僻远，同内地各方面力量都脱离了接触；然而，孙可望等人却始终密切注视着全国极其尖锐复杂的阶级斗争和民族斗争的进程，随时准备奔赴疆场，重显身手。因此，他们以云南为基地，厉兵秣马，军事训练抓得很紧。为了操练士马，在昆明征发数万名民工，扩建教场，“日夕操练士卒，三、六、九大操。”[45]从而为不久以后出滇抗清准备了一支训练有素的队伍。三、关于军队供应，孙可望等人决定“将各州县田地分与各营头，即令彼处坐就食。凡兵丁日支米一大升，家口月支米一大斗，生下儿女未及一岁者，月给半分，至三岁者如家口。给马分三等：头号者，日支料三升；二号者，日支料二升；三号者，日支料一升。不时查验，瘦者责治有差”[46]。军需物资的供应也做了妥善的安排：“安杂造局四所，不论各行匠役，尽拘入局中打造。凡兵之弓箭、盔甲、交枪之类有损坏者送至局内，挂下营头队伍名姓，三日即易以新什物。每贼兵有家口者，每各人给一袍子；无家口者，一袍之外人给鞋袜各一双、大帽各一顶。如是养兵，果士饱马腾。”[47]
（四）在行政和吏治方面，开初因敌对势力尚多，监视和惩办很严。在都督王尚礼下设四城督捕，对居民实行严厉的军事管制。随着政权逐渐稳定，经济形势好转，政治生活也放宽了。撤销四城督捕后，“百姓皆归昆明县管理”[48]。到己丑（1649年）元宵节，在昆明“大放花灯，四门唱戏，大酺三日，金吾不禁，百姓男妇入城观玩者如赴市然”[49]。自明末以来多年不见的升平景象，竟然在大西军进滇不到两年的时间内就出现了，无怪乎封建文人也为之赞叹，称之为“有熙皞之风”[50]。
在孙可望领导下吏治之佳，大概是云南封建社会史上无与伦比的。史载四将军政权“重廉吏，除贪酷”，除了派遣工部尚书王应龙行巡按事“巡察两迤”外，还“不时差人易服色暗访察，有廉者立加奖擢，贪者立拿斩首，传示各府、州、县。立登闻鼓，凡政有不便于民者许地方头人赴诉，立即除之；有可以便于民者，立即行之。访姚安知府谢仪贪酷，孙可望差官持令箭去；拿于署前斩首传示。全滇之官，无一人敢要钱者”。“又令地方上不论绅士军民，有为地方起见，即一得之愚亦许进言，立引见，不许拦阻，即妄诞之言亦不深究。奖节孝、复乡饮、浚海口、省（？）耕省敛，凡有利于民者无不备举。外则土司敛迹，内则物阜民安”。[51]在全国一片扰攘之时，云南一隅能够成为这样的清平世界，确实是个奇迹。
为了稳定云南局势，争取地主士绅的支持，孙可望等义军领导人相当注意争取封建文人合作。入滇之初，孙可望就亲自去文庙祭祀孔子，做出尊重儒家的姿态。接着，命吏部尚书兼管翰林院事的严似祖主持考试生员，“取士三十三名，观政选官”[52]。对于生活困苦的士子还给予照顾，“开仓赈济寒生，每人谷一斗焉”[53]。这些措施使地主阶级出身的知识分子感到出头有日，消除了抵触情绪。到1650年大西军出兵“以复中原”的前夕，孙可望还选派马兆熙“考试滇南生童”，意在吸收知识分子出任收复地区的官职。当时，孙可望亲统大军出征，李定国留守云南，“马兆熙考试毕，率云、武二府生童赴李定国府谢。定国赏钱三百串，面云：诸生用心读书，不日开复地方，就有你们官了，等语。诸生谢出。由是文教渐复兴也”[54]。1651年（顺治八年）以后，刘文秀北出四川，李定国等东出两广、湖南，在所占地方多派设了官员，其中相当一部分就是从云贵人士中选拔的。[55]
对于云南的少数民族，孙可望等人在政策上也处置得宜。他们一方面注意笼络少数民族的统治者土司，只要不持敌对态度就承认其统治权，并责成土司提供部分兵员和粮饷。另一方面大西军注意吸收西南少数民族的军士，能够用其所长，如山区行军作战、象阵，等等，从而扩大了兵源，形成了西南各族人民共同抗清的局面。清朝廷臣在奏疏中说，“孙寇所借兵力，洞蛮为多”[56]，表明孙可望等在团结西南少数民族问题上收到了显著效果。
在宗教政策上，西南少数民族信奉佛教的人很多，大西军初入滇时对这点注意不够，如1647年李定国部攻克丽江，当地“俗多好佛，常以金银铸佛，大者丈余，次者八九尺，再次者二三尺不等，如是罗列供养”。大西军将士竟然“尽击碎驼出”，充作军饷。[57]为时不久，孙可望等义军领导人就改变了政策，明令保护宗教寺观，甚至带头刻经、铸造供佛的香炉等器物。[58]这里自然有受当地习俗熏染转而迷信佛教的一面，但客观上尊重了当地人士的信仰，有利于加强民族团结和地方局势的稳定。