朱棣即位后，马上颁布了一个奸臣榜，建文朝廷的六部九卿大臣全部榜上有名。而“首恶”之人，当然就是削藩的始作俑者黄子澄和齐泰。
二人名义上被建文帝逐出朝廷，实际上是奉密诏出外募兵。黄子澄在太仓被擒，被押回京师后，由朱棣亲自审问。黄子澄口口声声称“殿下”而非“陛下”，然后高声说：“臣知殿下以兵力取富贵，不知殿下即此位！……况富贵瞬息，何足轻重！殿下向来悖谬，不可为训，恐子孙有效尤而起，无足怪者！”
朱棣暴怒之下，把黄子澄的一家老小六十五人、宗族姻亲三百八十人，全部押到他了的面前。一时间，朝堂上哀号震天。黄子澄面对家人，泪如雨下，心如刀绞。朱棣命他写下自己的罪状，黄子澄写道：“本为先帝文臣，不职谏削藩权不早，以成此凶残！后嗣慎不足法！”
朱棣忍无可忍，命人当场砍断他的双手，然后又砍断双脚。四肢全无的黄子澄仍不屈服。朱棣就命人一刀一刀地将其磔杀。
黄子澄就这么在四百多个亲人的面前被砍成了一堆肉泥。随后，黄子澄的六十五个家人全部被斩首，三百八十个亲戚全部流放边疆。
第二个被捕的是齐泰。他同样宁死不屈，被族诛。
曾经在济南成功阻击朱棣的铁铉，被押到朝堂上后，反身背对朱棣，还不停地破口大骂。朱棣命他转身，铁铉坚决不从。朱棣命人割下他的耳朵和鼻子，铁铉依旧谩骂不止。朱棣下令“碎分其体”，磔杀于市。随后，铁铉年逾八旬的父母被流放海南；十二岁的长子发配河池（今属广西）戍边；七岁的次子被发配匠铺，后被杀；妻女均被发往教坊司，实际上就是充作官妓。
建文朝的礼部尚书陈迪被朱棣责问，便当面与他抗辩，骂不绝口。朱棣便将他和几个儿子同日处决。临刑前，朱棣命人割下他儿子的耳鼻，煮熟了让他吃，并问他味道如何。陈迪说：“忠臣孝子的肉，鲜美无比！”接着继续痛骂，和儿子们一起被凌迟处死。
在这场血腥镇压和大屠杀中，死得最惨烈的当属方孝孺。为了捍卫他的价值观与道德理想，方孝孺付出了“十族”的代价。这是“靖难之变”中最惨绝人寰的一幕。
早在燕王离开北平、挥师南下的那一天，道衍和尚就曾跪地向燕王请求：“方孝孺学问精深、品行高洁，南京城破之日，他必定不会投降，请殿下不要杀他。杀了他，天下的读书种子就断绝了！”朱棣答应了道衍的请求。
南京陷落时，方孝孺闭门不出，身着丧服，日夜号哭。朱棣召他进宫，他坚决不从。朱棣将他逮捕下狱，轮番派人劝说，其中包括他的学生，可都被方孝孺大骂而回。朱棣即位时要草拟诏书，群臣纷纷推荐方孝孺。朱棣召他上殿，披麻带孝的方孝孺在殿上嚎啕大哭。朱棣有些动容，离座劝慰他说：“先生勿忧，我只是效法周公辅成王而已！”
方孝孺说：“成王安在？”
朱棣说：“他自焚而死。”
方孝孺说：“何不立成王之子？”
朱棣说：“国赖长君。”
方孝孺说：“何不立成王之弟？”
朱棣语塞，脸色一沉：“此乃朕之家事，先生不必操心！”然后命左右递上纸笔，说：“诏天下，非先生草不可！”
如果说朱棣此前让方孝孺草诏是钦慕于他的文名，那么此刻就是要逼迫他臣服了。
方孝孺愤而掷笔于地，且哭且骂说：“死即死尔，诏不可草！”
朱棣勃然大怒：“哪那么容易死！你就不怕灭九族？”
方孝孺厉声喊道：“便十族奈我何！”
就是这一声喊，喊出了中国历史上绝无仅有的“十族”之诛，也喊落了方孝孺的家人、宗亲、连同门生故旧共计八百七十三颗人头。
十族？！
蓦然听到这一声喊，连身经百战、杀人无数的朱棣也禁不住心头一颤。历朝历代，最严酷的刑罚莫过于诛九族，如今，这一介书生竟敢公然在朝堂上对着自己咆哮，说灭他“十族”又怎么样！
朱棣笑了。
那我就成全你！用你十族的鲜血，来成全你的赤胆忠心和高尚情操！用你十族的头颅，来成全你的君臣大义与千古名节！
朱棣命人割开了方孝孺的嘴，一直割到双耳。他不想再听到从这张嘴里吐出的任何一个字。紧接着开始大肆搜捕他的九族、外加“门生故旧”这一旷古未闻的第十族。
朱棣把这十族的八百七十三人挨个推到方孝孺的面前。
自始至终，方孝孺连看都不看一眼。
很好！朱棣的脸上掠过一抹冰凉的笑意。那就看看是你的忠臣之骨硬，还是朕的寸磔之刀硬！
随后，这八百七十三人便被磔杀于市，整个行刑过程持续了七天。同时株连的一千多人被发配充军。大搜捕之前，方孝孺的妻子郑氏和儿子们自缢身亡，两个未成年的女儿投水而死。十族全部清理完后，朱棣才对方孝孺本人下手。
六月二十五日，方孝孺被磔杀于聚宝门外（今南京雨花台东麓），时年四十六岁。
“十族之诛”在中国历史上已属空前绝后，却仍然不足以展现朱棣那支铁腕的力量。其后，由景清一案引发的“瓜蔓抄”，才真正把永乐初年的恐怖统治推向了登峰造极之境。
景清是建文朝的御史大夫，朱棣即位后未被清洗，仍任原职。有一天早朝时，朱棣忽然发现他穿上了重大庆典时专用的大红朝服。朱棣觉得那刺目的红色十分诡异，便命人搜身，果然从景清身上搜出一把匕首。朱棣诘问他为何行刺，景清大喊着为故主报仇，并且詈骂不休。朱棣大怒，命人将他牙齿全部打落。景清将一口血水喷上殿，溅满了朱棣的龙袍。朱棣盛怒之下命人剥了他的皮，并将他系于长安门上，一寸寸刮下他的肉，最后又敲碎他的骨头。
景清一案后，朱棣怀疑朝中仍然潜伏着许多心怀异图的建文旧臣，便发明出了中国历史上著名的“瓜蔓抄”，宁可错杀三千，也不放过一个！
“诛十族”尚有一个明确的打击范围，而“瓜蔓抄”则是撒开了一张无边无际的株连之网。不管什么人，随时随地都有可能被它罩入网中，而且死到临头都不知道自己犯了什么罪。一时间，无数人烟稠密的村落，一天之内就变成了人迹罕至的废墟；无数欢声笑语的深宅大院，仅隔一夜就变成了空**荒凉的鬼屋。正所谓“赤其族，籍其乡，转相攀染，村里为墟”。
吕毖所著的《明朝小史》，记载了大理寺少卿胡闰遭“瓜蔓抄”后的惨况——胡闰全族男女二百一十七人被诛，“所居之地，在府城西隅硕铺坊，一路无人烟。雨夜闻哀号声，时见光怪。尝有一猿，独哀鸣彻夜。东西皆污池，黄茅白苇。稍夜，人不敢行。”
“瓜蔓抄”发展到最后，除了流于滥杀无辜之外，还助长了政治迫害和告密求官之风。朝野上下，人人为了政绩，为了利益，为了公报私仇，为了种种不可告人的目的，无不争先恐后地进行诬告和陷害。
这场由朱棣亲手掀起的血雨腥风，在整个大明帝国整整席卷了十年之久。最终，朱棣本人也意识到了它的严重危害，遂频频下诏禁止。可尽管他三令五申，滥捕滥杀之风还是屡禁不止……
永乐五年（公元1407年）五月二十，又是一个阳光明媚的夏日，明成祖朱棣到南京灵谷寺进香。经过一株槐树时，一只虫子落到了朱棣的袖子上，朱棣轻轻将它抖落。左右抬脚要把它踩死，朱棣马上阻止，命他们把虫子放回树上，并且语重心长地说：“此虽微物，皆有生理，勿轻伤之！”身边的和尚连忙合什，赞叹一声：“阿弥陀佛！”
这个在政治上极端残忍、视人命如草芥的皇帝，在日常生活中竟然可以变得如此敬畏生命、护生惜生。这两个形象的差异实在太大，大得我们不禁困惑：到底哪一个才是真正的朱棣？
其实，两个都是，但也都不是。
在夺取权力的时候，朱棣必须无视生命，才能让臣民畏惧，从而牢笼天下；而当权力一旦巩固之后，朱棣则必须表现得仁民爱物，才能让臣民爱戴，从而坐稳天下。说白了，一切都要服从于他的政治需要。所以，不管朱棣表现得残忍还是仁慈，不管他做的事情看上去多么矛盾，其深层动机始终只有一个，那就是权力。
【知识点】在靖难之役中，李景隆堪称自摆乌龙的典型。他身为建文朝廷的重臣和军队统帅，却在稳操胜券的情况下屡屡遭遇惨败，莫名其妙地葬送了一百万军队，直至最终朱棣兵临城下，还率先开门迎降。朱棣上位后，李景隆又俨然成了第一功臣，受赏最重。所以有学者认为，李景隆表面上是建文帝的人，实际上却是朱棣安插的“超级卧底”。
【知识点】明朝官方说建文帝是自焚而死，但时人多不相信。关于他的下落，后世传说颇多，有说当了和尚，隐匿于云南；有说逃亡海外，不知所踪；甚至还有人认为，朱棣派遣郑和七下西洋，主要目的就是为了寻访建文帝。但建文帝的结局究竟如何，至今仍然是一个谜。