南渡之初，人心尚未稳定，前骑都尉桓彝，亦投奔建业，见司马睿孱弱，退语周道：“我因中州多故，来此求全，乃单弱至此，怎能济事？”周听了，也未免唏嘘。等到桓彝去拜见丞相王导，与王谈论时事，王导口讲指画，议论风生，顿时令桓彝心悦诚服，于是他对周说：“江左有管夷吾，我不必再担忧了。”管夷吾即管仲，春秋时贤臣，富于谋略，辅佐齐桓公成就霸业。的确，由于司马睿一向缺少才能和声望，从移镇建业到建立东晋，都依靠王导的支持。借用一副旧日戏台对联：一部西游全凭大圣翻跟斗，半场三国多赖孔明用计谋。王导是东晋王朝的首任宰相，司马睿病死后，又经历明帝、成帝两朝，皆为佐命辅政之重臣，是东晋政权的实际创造者和管理者。从一定角度说，谣谚“王与马，共天下”正是当时东晋政治格局的真实反映。
东晋王朝内外交困，北方面临异族入侵，南方隐伏士族争权，主政的难度是很大的，而丞相王导“阿衡三世，务在清静，使朝野倾心”。人谓其为“愦愦之政”，愦，糊涂也。应该说，王导的施政方略直接汲取了江南名士顾和的经验。
《晋书·顾和传》说，东晋建国之初，各地豪强猖獗。有一次，石头城官仓一万斛稻米被盗，窃贼都是豪强出身的将领。当局不敢查问，却把看守仓库的仓吏活活打死交差了事。不久，王导派八部从事巡视各郡县，从事们回京后纷纷向王导汇报郡县长官的得失，唯独顾和一言不发。王导问：“你听到了什么？”顾和对曰：“明公作辅，宁使网漏吞舟，何缘采听风闻，以察察为政？”王导闻之大加赞赏，诸从事面面相觑，莫名其妙。察察，意为明察秋毫，其对立面当然是愦愦。当时确实有不少人怀疑乃至反对王导的“愦愦之政”，如庾亮以风格峻整出名，一年夏天，王导至石头城看望他，见他正在处理政务，王导说天气太热，办事可稍微简要些，庾亮却反唇相讥道：“公之遗落世事，天下未必以为允当。”责难之意，溢于言表。按之史实，其实王导并非识见糊涂，而是善于为政，善于在特殊的时势下争取达到最好的结果。《世说新语·政事》记载，王导在晚年自叹曰：“人言我愦愦，后人当思此愦愦。”可见他对自己的主政能力与效果是十分自信的。
首先，王导在处世上，随势沉浮，不计名位。司马睿建朝之前，王导就与他“雅相器重，契同友执”（《晋书·王导传》）。元帝还是琅琊王时，曾对王导说：“卿是我的萧何。”王导却答道：“大王要建立不世的功勋，一统天下，需要管仲、乐毅那样的大才，臣下怎能比拟前人。”王导从兄王敦因军功被封为镇东大将军，都督江、扬、荆、湘、交、广六州诸军事，领江州刺史，封汉安侯。当时，江东一带，内依王导，外恃王敦，王氏势力达到极盛。以至元帝登基之日，百官依次俯伏，三呼万岁之后，元帝毕恭毕敬地对王导说：“仲父，我一个人坐那个位子，心中忐忑，请跟我一道上去好不好？”他命王导同升御床，以酬谢开国之功勋。然而王导辞谢说：“如果太阳与天下万物等同，怎么能俯照苍生呢？”当时朝野都称之为“仲父”，对他十分尊重。
建朝后，元帝为了削弱王氏的势力，任用善于逢迎的刘隗和酗酒放肆的刁协作为心腹。同时，暗中作军事布置，名为讨胡，实则防备王敦。另外，对王导也有些疏远。对于晋元帝这种变化，王导尚能保持常态，士族一般都同情他，刘隗、刁协反而陷于孤立。在上游手握重兵的王敦则愤愤不平，酒后常吟魏武帝《短歌行》：“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已。”边唱边用铁如意击打茶壶为节拍，茶壶边都被打成缺口了。永昌元年，王敦以讨伐刘、刁奸佞为名，在武昌举兵二十万，阴谋篡夺。事前，他请郭璞卜卦，郭璞告以“无成”。王敦大怒，斩杀郭璞而大举起兵。元帝闻王敦兵将至，命戴渊、刘隗领兵保卫都城建康。刁协惊恐万状，上奏元帝，请“尽诛王氏”，先诛杀王导等族众，杜绝内应，然后再以兵迎击王敦。王导为了求得皇帝的宽容，率领从弟中领军王遂、左卫将军王廙、侍中王侃及诸宗族二十余人，每天凌晨待罪于宫门外。这当然是一场迫不得已的作秀，但旧日之情，诚炽之心，加上周等人的说情，终于感动司马睿，不忍心“尽诛王氏”，才使这个著名的江南文化士族免于一场大难，得以瓜瓞绵延。（当然，如果当时“尽诛王氏”，恐怕东晋王朝的末日也就不远了。司马睿的“仁慈”实在是聪明之举。）不仅如此，元帝还放心地还给王导朝服，走下御座亲执王导之手说：“朕方欲寄卿重命，何烦多言。”于是下诏书任命王导为前锋大都督，征讨王敦乱军。
后来朝廷兵败，王敦把持朝政，诛杀大臣，益发作威作福。元帝积郁成疾，卧床不起，弥留之际，又嘱授遗诏，令王导辅佐太子即位。
明帝即位之后，依然重用王导。一个偶然的机会，王导得悉王敦即将再次作乱之阴谋，权衡利害，分析形势以后，他毫不迟疑，立即禀告明帝，加以戒备。《六朝事迹编类》卷一说，王敦举兵内向后，明帝乘巴滇骏马，趁夜秘密观察王敦的营垒。王敦梦见在自己的营垒上有太阳照耀，醒而大惊，说：“此必鲜卑奴来！”因为明帝的母亲是鲜卑人，明帝须发金黄，故王敦称他“鲜卑奴”。这也说明王敦起兵，心理压力极大，以致身心交瘁。未几，王敦病倒在乱军之中。王导提议“不如诈称敦死，嫁罪其军师钱凤，振作士气，免生畏心”。于是，率子弟为王敦举哀丧，并命令尚书省颁诏讨伐乱军。这样，诏书传到乱军，王敦非常懊恼，怒侵病体，不能支持，仆倒在地，越宿即死。乱军不久即败，叛乱平息。晋明帝司马绍在如何处置王彬等人的诏书中，褒扬王导说：“司徒导大义灭亲，应宥及百世……”既而再叙前勋，升王导为太保，兼领司徒。
应该说，王导在这一非常事件中使出了极其高明的手段。第一，首先将叛乱的消息禀告了明帝，从而巩固了自己的地位，避免了政敌的借机攻击。第二，王敦当然是怀有不臣之心的。据《魏书·司马睿传》载，王敦此次起兵时，“清君侧”的口实已不存在，部下钱凤请示王敦：“事克之日，天子云何？”王敦答复：“尚未南郊，何为天子？”古时天子登基，都必须南郊祭祖，晋明帝还没有来得及举行南郊祭祀，也就是说，他根本不承认晋明帝，起兵的目的就是废帝。这一点王导当然心知肚明，但他料知王敦的力量还不足以代晋自立，于是机智地抓住王敦重病于军中这一偶发事件，诈称敦死，嫁罪钱凤，巧妙地将叛乱罪从王敦身上解除，保护了王氏家族。第三，从某种角度而言，实际上是运用了心理战，沉重地打击了王敦，从而使叛军军心涣散。牺牲王敦，以换得王氏家族的平安。我以为，这些分析都可以说是王导“愦愦之政”的“偶尔露峥嵘”。
其次，王导在处事上，策略灵活，政令宽和。诚如《晋书·庾亮传》所说：“时王导辅政，主幼时艰，务存大纲，不拘细目。”换句话说，即是求得大的原则上的一致，在小的枝节方面，只要不妨碍大局，则睁一只眼闭一只眼。东晋初年，江东豪族多为私家佃客藏匿户口，不向国家纳税服役。王导一般不加追究，从而赢得了世家大族的普遍好感。他甚至还常常不打开文书就签字画押。《世说新语·政事》注引徐广《历纪》云：“导阿衡三世，经纶夷险，政务宽恕，事从简易，故垂遗爱之誉也。”当时东晋外有强敌压境，内有南北士族之间、士族与士族之间、庶族与士族之间种种微妙复杂有时甚至是激烈的矛盾，当务之急是社会局势的稳定。后来的事实证明，他的为政方针是正确的，相反，观之东晋一朝，凡是为政苛刻、躁动之时，都出了乱子。
326年，明帝暴病身亡，年仅二十七岁。王导、庾亮等七大臣并受遗诏辅佐太子。太子司马衍继位，是为成帝，年仅五岁，不能亲政，于是尊母后庾氏为皇太后，垂帘听政。庾亮是太后亲兄，太后十分倚重，王导又素尚宽和，遇事退让，所以军国重事，全归庾亮一人裁决。
在这样的背景下，发生了苏峻之乱，在王导的灵活处置下，东晋这艘艟舰才不致颠覆。
历阳内史苏峻讨王敦之乱有功，威望素著，兼之甲仗精锐，招纳亡命之徒，渐渐轻视朝廷，肆意忿言。庾亮专擅国政，本来就褊狭，闻此当然忌惮，因此一面调前将军温峤为江州都督，据守武昌，又调王舒为会稽内史，以为后援。一面加固石头城，作为防备。这一系列的军事调动当然使苏峻警觉。此外，庾亮还准备修建江北涂溏，以防胡寇入侵。这样一来又使豫州刺史祖约产生疑心，遂与苏峻密谋抗命，互通消息。庾亮察知后，认为苏峻、祖约二人勾连，必为祸乱，拟下诏书征苏峻入朝，以便控制。当时有识之士如丹阳尹阮孚就私下对人说：“江东创业未久，主幼时艰，庾亮轻躁，德信未孚，恐祸乱又将发作了。”
司徒王导劝阻庾亮，说：“苏峻好猜疑，必不肯奉诏，不若姑示包容，待后再议。”另一佐命大臣卞壶亦支持王导意见，建议说：“（苏）峻外拥强兵，逼近京邑，一旦有变，朝发夕至，现在都下空虚，还请审慎为是。”庾亮根本不听，还召集群臣扬言：“苏峻狼子野心，终必作乱。今日颁诏征峻，即使彼不顺命，为祸尚浅；若再经岁月，势且益大，就难以控制了。这就像汉朝时的七国一样，削亦反，不削亦反。”
苏峻得到消息后，遣使入朝与庾亮婉商，又上表请求到青州界。表文有这样的话：“昔明皇帝亲执臣手，使臣北讨胡虏，今中原未靖，臣何敢自安？乞补青州界一荒郡，使臣得效鹰犬之劳，不胜万幸。”
应该说，事情发展至此，还是可以挽回的。但庾亮置之不理，反而急催苏峻入都，以致酿成叛乱。苏峻因求得到一荒郡，尚不见许，就对朝廷使者说，台下（庾亮）说我欲反，我怎得再活呢？“我宁山头望廷尉，不能廷尉望山头！”于是，苏峻联合祖约，起兵共讨庾亮。
庾亮本来就兵微将寡，当然不经一打。第二年春天，庾亮战败，逃到浔阳。苏峻攻破建康，朝廷百官四处逃散，王导却急驰入宫，抱着幼小的皇帝，出登太极前殿，与近侍大臣陆晔共登御床，将士站立两旁，簇拥护卫。因为苏峻素来敬服王导，不敢加害，才得避过乱兵之祸。
苏峻之乱平息以后，京师曾经战火，城垣残破，国库空虚，较之王敦乱时更为凄惨。于是许多人建议迁都，有的主张迁到豫章（今江西南昌），有的主张迁到会稽（今浙江绍兴）。对此，王导一方面大力提倡节俭。《晋书·王导传》说：“导简素寡欲，仓无储谷，衣不重帛。”《晋书·王导传》又云：
时帑藏空竭，库中唯有练数千端，鬻之不售，而国用不给。导患之，乃与朝贤俱制练布单衣。于是士人翕然竞服之，练遂踊贵。
练是粗葛布，开始士人耻于穿着，由于王导提倡并带头服用，于是练价升高，缓解了国家的财政困难。另一方面，王导认为建康龙盘虎踞，自古就是帝王之都，诸葛亮所谓“钟山龙盘，石头虎踞，确是帝王之宅”，不必为一时的残破而迁都，关键是要发展生产。而且，北方胡人虎视眈眈，迁都等于示弱。当年在匈奴的打击下，西晋局势一溃千里，而立都建康，表明了狼狈退到江南的司马氏政权的立国底线。首都绝对不可以一迁再迁，否则后果不堪设想。王导提出基本方针：“镇之以静，群情自安。”力排众议，一锤定音，坚持不迁都。此后，南朝宋、齐、梁、陈的首都都定在建康，才有六代繁华、秦淮之胜。应该说，王导还是有贡献的。
据陈寅恪《述东晋王导之功业》一文载，广州河南敦和乡客村曾发掘一晋墓，有砖铭云：
永嘉世，天下灾。但江南，皆康平。
永嘉世，九州空。余吴土，盛且丰。
永嘉世，九州荒。余广州，平且康。
这就说明了，东晋开南朝三百余年局面，民族得以独立，文化得以续延，长江流域得以开发，王导作为主政者厥功甚伟，这是不言而明的。