正当康有为进京再次上书并倡设保国会，光绪皇帝接受变法主张，戊戌变法开始的时候，洋务派首领张之洞明确提出“中学为体，西学为用”的时候，1898年5月，鲁迅接过母亲筹办的八元路费，在慈母泪眼凝望中，默默离开绍兴。鲁迅先抵杭州看望了狱中的祖父及陪在祖父身边的二弟周作人，然后经上海去南京。
鲁迅投考的江南水师学堂于1890年由湘军名将两江总督曾国荃（曾国藩之弟）奏设于南京城北旧仪凤门内，是洋务运动中兴办最早的学堂之一。
1884年中法战争中，南洋水师覆没，1890年创办江南水师学堂，大概有振兴中国海军之意。但是，远水不解近渴，四年之后甲午海战中，北洋水师又覆没。中国海军连遭重创，肯定给水师学堂不小的刺激。可是，在这种情况下，传统守旧的大户人家仍觉得自家子弟考入这样的学校，等于“当兵”（鲁迅的小叔父1904年在该校毕业后，一直在兵船上服务，任至“联鲸兵轮轮机正海军上尉”），很丢面子，所以，叔祖周椒生接待鲁迅投考的同时，要求改名。于是，周樟寿改名为周树人。
新学堂新在课程设置以外语与自然科学为主，除每周一天读《左传》，一天做古文外，其余课程均用英语进行教学，教员大多为英国人。
1898年5月，鲁迅考入免费的南京江南水师学堂
在一片洋腔洋调洋面孔中，鲁迅用从绍兴带来的纤细柔软的“金不换”毛笔，流利工整地记录着英语、几何、代数、三角等从未接触过的语言及运算符号。中国大地上出现的这种最古老与最新式的奇异结合，演变着旧中有新、新中有旧的时代影像。
列强用洋枪洋炮打开中国闭锁的大门，当权的有识之士不得不思考如何从敌人那里获取自强自富的本领以维护自己的尊严。
毫无疑问，鲁迅是得风气之先中的一个。但是，插入层层淤积的陈旧板结土壤中的新苗是很脆弱的，游移摇晃在表层的，甚至是非常虚假的。
学海军自然不能不学游泳，这是最简单的常识，然而，因为泳池里淹死了两个年幼的学生，便填平了，不但填平，上面还造了一所小小的关帝庙。庙旁是一座焚化字纸的砖炉，炉口上方横写着四个大字：敬惜字纸。而且，每年农历七月十五，总要请一些和尚诵经念咒，以驱邪避秽。鲁迅只能找出四个字来形容：乌烟瘴气。
水师学堂由此略见一斑。这不是鲁迅要走的异路，要寻找的别样的人们。
他必须继续寻找。
约半年之后，鲁迅改考入江南陆师学堂附设的矿务铁路学堂。这学堂也是洋务派官僚创办的。陆师学堂为两江总督张之洞于1895年奏请创办，矿务铁路学堂为继任总督刘坤一创办。刘坤一听说南京郊外青龙山有煤可采，即呈奏申办矿务铁路学堂，戊戌政变后的慈禧太后很快就准奏了，当年即开办，招收学生二十四名。鲁迅年龄最小。这二十四名学生既是首批，也是末批，因为学堂只招了这一届便停办了。
鲁迅在南京读书时抄写的部分讲义——“开方”之一页
洋务教育很不景气，但对鲁迅来说，却是人生之路的一个新的里程碑。
水师学堂仿英国体制，英人教英语；矿务铁路学堂仿德国体制，德人教德语。在新的学堂里，鲁迅才知道这个世界上除了“粤自盘古，生于太荒”，还有A、B、C、D；除了《诗经》《史记》《论语》《孟子》，还有物理、化学、算学、地理、体操、矿学、地质学、熔炼学、绘图学等。所用课本，多为翻译的西方书籍。因书少，须抄。鲁迅少年时影写画谱的功夫有了用武之地，全班属他抄得最快最好，课余常帮助同学绘图。除《几何》《开方》《八线》等，鲁迅还工工整整地抄写了英国人赖耶耳的名著《地质学纲要》两大册。该书图解精密，抄录影写实属不易。还有六册美国人代那撰写的矿物学课本《金石识别》，鲁迅做了不少批注，如在许多矿物名称外文译音处，注明此种矿物的中国名称；又如书上只有焦炭的西洋炼法，鲁迅就在批注中介绍了中国炼法。鲁迅还细心地订正了书中的一些错误。除课堂学习，鲁迅还到郊外实地考察，采集矿石标本。
新鲜的科学知识，新鲜的学习方式，为鲁迅日后研究中国地质矿产打下了良好的基础，更重要的是受到了科学思维、科学方法的基本训练。