鲁迅的一篇《藤野先生》，使得日本东北偏僻小城中的藤野严九郎，成为中日两国妇孺皆知的著名人物。
假如弘文学院毕业后，鲁迅不去仙台，我们也就读不到意味盎然的《藤野先生》了。按规定，弘文学院毕业后，鲁迅应该升入东京帝国大学工科所属的采矿冶金科学习，况且，他对中国矿产的研究已经相当深入，然而，他却不顾清政府的规定，毅然改学医学。继离开家乡，继水师学堂转矿务铁路学堂，继漂洋过海赴日，鲁迅再次显示出人生道路选择中强烈的自主意识。改学医学的自主之力，还是来自科学救国的思想。在鲁迅看来，虽然同是科学，比起采矿冶金来，“我确知道了新的医学对于日本的维新有很大的助力”，而且新医学不仅可以促进国人对于维新的信仰，还可以救治像他父亲一般被耽误的病人的疾苦，还可以解决自己牙齿不好用中医验方从未治愈的“切肤之痛”。
日本仙台医学专科学校大门
仙台医学专科学校对第一个愿意到校学习的中国留学生表现出极大热情，给予免试、免交学费、免交入学金的优惠。在仙台这样的小城中，鲁迅的到来要算是一件新闻了。鲁迅祖父病逝于绍兴的第三天，1904年7月15日，清国人周树人即将入医专的消息出现在仙台《河北新报》上。9月10日，该报报道鲁迅已经到达仙台，正在寻找住宿地，报道中说：“周树人操着流畅的日语，是一位愉快的人物。”
仙台医学专科学校的学制为四年，第一年和第二年学习基本医学，第三年和第四年学习应用医学。一年级主课是解剖学理论。外语是矿务铁路学堂学过的德语。没有教科书，专靠听讲记笔记。鲁迅在南京练就的记笔记的功夫又派上了用场。即便如此，负担还是很重的，他在致朋友的信中说：“校中功课大忙，日不得息”，“日必暗记，脑力顿疲”，“四年而后，恐如木偶人矣”。
在紧张枯燥的学习生活中，鲁迅有幸遇到了一位教学态度严肃认真、生活作风俭朴的自称“我就是叫作藤野严九郎的”老师。这老师坐在人骨和许多单独的头骨中间要去了鲁迅所记的笔记，待拿回来笔记看时，鲁迅写道：“很吃了一惊，同时也感到一种不安和感激。原来我的讲义已经从头到末，都用红笔添改过了，不但增加了许多脱漏的地方，连文法的错误，也都一一订正。这样一直继续到教完了他所担任的功课：骨学、血管学、神经学。”鲁迅说：“在我所认为我师的之中，他是最使我感激，给我鼓励的一个。”当鲁迅决定离开仙台时，向先生告别，对鲁迅满怀希望的先生有些伤感，在自己的照片后面题写“惜别”二字送给鲁迅。鲁迅把先生修正过的讲义装订成六册，收藏起来；后来又把写有“惜别”二字的照片挂在书桌上方的墙上；再后来写成《藤野先生》，终成永恒的纪念。
鲁迅在仙台医专学习时的课堂笔记。共六册，内有藤野先生修改的笔迹。21.2cm×16.3cm。鲁迅藏。现存北京鲁迅博物馆
鲁迅1906年离开仙台前，藤野以照片相赠，并在背面题写“惜别”。13.2cm×9.7cm。鲁迅藏。现存北京鲁迅博物馆
仙台医学专科学校教授藤野严九郎（1874—1945）
鲁迅在仙台时期居住的房子
有这样教学既严谨，又不歧视中国留学生的好老师，鲁迅学习倍加刻苦。班长铃木逸太郎回忆说：“鲁迅学习一贯严肃认真”，“平日功课很忙，在考试前更是不眠不休地复习功课，有时头上扎上布带子来提精神”。刻苦的学习，使他顺利地升入二年级（全班有三十人因不及格而不能升级）。二年级开始学习解剖学，在藤野先生指导下解剖了二十几具尸体，明白了“胎儿在母体中的如何巧妙，矿工的炭肺如何墨黑，两亲花柳病的贻害于小儿如何残酷”。细致入微的医学学习，培育了鲁迅科学的治学方法和严谨的治学态度，尤其是对人体剖析中对生存的理性思考，更直接、更真切地强化了鲁迅的生命意识，珍惜生命、尊重生命、热爱生命的意志从此蕴藏在了他心灵的深处。
1906年1月间，当六十年未遇的大雪覆盖了仙台的时候，鲁迅冷静地做出决定，决心告别这片白色的世界。
那时候，任课老师正在幻灯片的配合下讲授细菌学。日本政府正在宣传进行着的日俄战争。鲁迅回忆说：“细菌的形状是全用电影来显示的，一段落已完而还没有到下课的时候，便影几片时事的片子，自然都是日本战胜俄国的情形。但偏有中国人夹在里边：给俄国人做侦探，被日本军捕获，要枪毙了，围着看的也是一群中国人；在讲堂里的还有一个我。”“‘万岁！’他们都拍掌欢呼起来。”幻灯片画面上麻木的中国人被杀和看被杀。教室里被拍掌欢呼的日本人围着的一个清醒的中国人的心在流血。夹在麻木的中国人和狂热的日本人中间的鲁迅被挤压得喘不过气来。在弘文学院时和许寿裳经常讨论的三个问题一次又一次地浮现心头。孙中山在东京成立“中国同盟会”，在《民报》发刊词提出“三民主义”纲领的声音召唤着鲁迅。医治中国人的身体与医治中国人的精神孰轻孰重？通过医学促进国家和国人的维新何其遥远？
医学并非一件紧要事，凡是愚弱的国民，即使体格如何健全，如何茁壮，也只能做毫无意义的示众的材料和看客，病死多少是不必以为不幸的。所以我们的第一要著，是在改变他们的精神，而善于改变精神的是，我那时以为当然要推文艺。
《〈呐喊〉自序》
鲁迅决定弃医从文。
藤野先生，白雪松林，手术刀和显微镜——只好“惜别”了。也必须“惜别”了。
仙台医专同学送别鲁迅照。中排右三为鲁迅
“胡须照”。十年后，珍藏这张照片的房东宫川睹物思人，情不自禁，根据自己的想象，给鲁迅、大家武夫、三宅三人添画了胡须。并在照片背面写下了五名学生的情况：“明治三十八年月影，拾年后想像发，大正二年现在，大家君美国，周君不明，三宅君大学小儿科，矶部君米津县，吉田君朝鲜，施君不明。”
仙台医专同学山村宅郎、铃木逸太郎、青木今朝雄、山崎喜三为鲁迅举行话别会并合影留念。左起第一人为鲁迅，1906年3月摄于仙台