清朝建政后，开始录用前朝耆老，老钱也去应召，以礼部侍郎兼管秘书院事，管理《明史》馆，顺治三年（1646年）称病回家。不久因为江阴黄毓祺谋反案受到牵连，被逮捕入南京监狱，柳如是拖着怀孕的身子前去南北两京四处奔走，将他救出。老钱从此隐居常熟绛云楼读书写作。因此更加属意于与柳夫人涵咏吟唱诗词，检校图书著疏历史。柳夫人随侍左右，好读书乃至放言高论。夹着自己的著述前来登门求教的人纷至沓来，几乎没有一天间断过。老钱有时倦于见客，即派小柳出面应酬。但见得英姿勃发的河东君：时而穿上貂冠锦靴像是一名女将，或者穿着羽衣霞披如同贵妇，清晰流畅的言说像是泉水流淌，雄辩锐利的谈锋如同高岭崛起，在座的客人为她的绝色聪慧所倾倒。有客人需要回访答拜的，河东君就乘着小轿，带着婢女，代老钱访问旅行而来的客人，与客人随意酬唱，有时竟然盘桓一整天，老钱也并不吃醋，他常常对人说：“她即是我高贵的弟弟，又是我的好秘书。”常常戏称她是“柳儒士”。
庚寅年（1650年）绛云楼失火，烧毁了他们夫妇的大部分藏书。老钱和小柳移居红豆山庄。山庄种有红豆树一株，因此而得名。中秋佳节到来，伴着良辰美景，老钱携小柳划着一艘小船，**桨在湖山风景绝佳之处。老钱有《中秋日携内出游》诗中记载了他们夫妇出游的浪漫景况：
绿浪红阑不带愁，参差高柳蔽城楼。
莺花无恙三春侣，虾菜居然万里舟。
照水蜻蜓依鬓影，窥帘蛱蝶上钗头。
相看可似嫦娥好，白月分明浸碧流。
小柳按照老钱原韵唱和道：
秋水春山澹慕愁，船窗笑语近红楼。
多情落日依兰棹，无籍浮云傍彩舟。
月幌歌兰寻塵尾，风床书乱觅搔头。
五湖烟水常如此，愿逐鸱夷泛激流。
他们夫妻唱和的诗作，大多附录于老钱的《有学集》，这些诗作只是一部分，有的还没有尽行收进集子。
在长江以南，藏书之丰富没有超过钱谦益的。自绛云楼遭受火灾以来，老钱所收藏的宋元精刻原版图书皆化为灰烬。当今之世所相传的《绛云楼书目》是老钱在闲暇之时，通过回想记录的书目，尚遗漏的那部分图书占全部藏书的十分之二三，因为存放在常熟城东的老宅内，这些书籍都没有损失。北宋版图书及《后汉书》得以幸存。当初老钱购得此书，出价三百多两黄金，因为《后汉书》缺失两本，持有者降价销售给了他。老钱如获至宝，一直珍藏在老宅中。为了寻觅缺失的图书，他遍托书商，急欲补齐这两本书。有一书商的书船停泊在乌镇，到小铺子中买面条当晚餐，发现小老板在破旧的簏篮中取出旧书一页准备做包装纸，仔细一看竟然是宋版《后汉书》。书商大惊，暗暗高兴，立即以几两金子将这本破旧的图书买下。但是首页已经缺失。书商希望主人能够补齐，店老板说：“让邻居包面条了，需要的话可以立即索取回来，补齐全书。”书商等待将《后汉书》补全后，星夜从乌镇出发赶回常熟。老钱见到这两册宋版书，喜极欲狂，摆盛宴款待书商，以二十两金子的价格买下这两册图书，以至这套图书竟为完璧。这套图书纸质油黑，炯然夺目，真正的藏书家不世之宝贝。到了清代，这套宋版《后汉书》为身居要职的大员收取。
一日，老钱赴完亲朋家的宴席，乘轿子回家，在过迎恩桥时，轿夫跌倒，老钱受到倒在地上的仆人惊吓，回到家中突然得一种奇怪的病：站在那儿眼睛就会向上看，头欲翻拄于地下，躺下来就好了。老钱多次找医生看，均不见效果。这时有良医俞嘉言恰好路过常熟往其他地方为人看病，老钱立即派遣仆人前去邀请他到府上为自己诊视。过了数天俞大夫才姗姗来迟，问他导致怪病的缘由，听完老钱讲述，老俞宽慰道：“你这病好治，不要害怕。”老俞问官家：“府上轿夫有强悍善于走路的，喊上数人来。”于是数名身体强悍轿夫被召来，老俞命令赐给酒饭。几名轿夫酒足饭饱后，俞大夫对这几位说：“你们这些人尽量要吃饱些，且可以当游戏玩。”命他们分列于庭院于四角，先由两人将老钱夹持，用力强迫他快快行走，由东向西，至南到北，相互更换着快步行走，不给老钱留下任何喘息的机会。老钱苦不堪言，老俞全然不顾，越是喘息急促，越是加快脚步。过了一会老钱终于可以休息了，而此时病已经痊愈了。其他的医生在旁边观看，不解其意，老俞缓缓道来：“这种病乃是下桥跌倒所致，左边的那叶肝脏抽搐折损使然，如今扶掖着他快步疾走，抖擞经络，则肝叶得以舒展。得以复原位置，则气息舒畅，而头目安康舒适，这种病不是药石可以医治。”老钱越发佩服他的神奇医术，称赞他为圣医。
顺治二年农历已酉年（1649年）豫亲王多铎率领清朝大军渡江南侵，南明诸大臣相继投降，有送礼送钱至万金的，独钱谦益送礼很特别，看上去很是微薄，以表示自己的清正廉洁。送礼的礼单上用工整的小楷恭敬细致地写道：
太子太保礼部尚书兼翰林院学士臣钱谦益百拜叩首，谨启上贡。计开鎏金银壶一具、珐琅银壶一具、蟠龙玉杯一进、宋制玉杯一进、天鹿犀杯一进、夔龙犀杯一进、葵花犀杯一进、芙蓉犀杯一进、珐琅鼎杯一进、文玉鼎杯一进、珐琅鹤杯一进、银镶鹤杯一对、宣德宫扇十柄、真金川扇十柄、弋阳金扇十柄、戈奇金扇十炳、百子宫扇十柄、曾鲸杭扇十柄、真金苏伞四十柄、银镶象著十双，右启上贡。
又署：
顺治二年五月二十六日、太子太保兼礼部尚书翰林院学士钱谦益。
看来钱谦益对于清朝占领军首脑豫亲王多铎的心思爱好经过仔细揣摩，礼品也是认真准备，很能投其所好。虽不是什么金银财宝却是价值无法计算的文玩艺术品，有些是具有文物价值的珍贵收藏品。苏州人张滉和豫亲王的记室诸暨人曾王佐关系很好，老钱送礼时曾记室正好在场，见到了老钱送礼的帖子，而且记了下来。回去后和张滉说：“那天老钱捧着帖子入得豫王府，跪在丹墀下一边叩头，一边向豫亲王爷致辞，豫王满面喜色，接到这些礼物非常高兴。”看来老钱的马屁是拍到点子上了。
顺治二年（1645年）五月，清兵攻破南京，南明弘光政权亡，史称乙酉五月之变。当时柳夫人劝牧翁说：“您老还是舍生取义以全大节而不负盛名。”而老钱面有难色，小柳准备自沉家中的水池以殉节，被老钱拉住强行阻止了。当时苏州的沈明伦正好在钱家教书，看到了这一幕。后来钱牧斋回到常熟和柳如是共同拂水山庄游玩，见到石涧流泉洁净清澈可爱，老钱欲在其中濯足嬉戏，站立未稳向前倾倒，被小柳拉住，并取笑道：“这些只是沟渠之水，岂是秦淮河水耶？”暗里讽刺老钱在乙酉之变中未能投水殉国的往事。老钱闻听此言，脸呈羞惭之色。
清兵在湖州抓住了偷偷潜逃出城的弘光帝，押往南京。豫亲王多铎将其关押在司礼太监韩赞周的府邸，命令南都的旧臣一一去谒见。大学士王铎独自站立在那儿历数弘光帝朱由崧的罪恶，并且说：“我不是你的臣子，怎么能够拜谒你！”于是挥舞着手臂，嘴里嚷嚷着离开了。当时豫亲王的记室曾王佐目睹了这件事。这一天只有钱谦益见到故主伏地恸哭，不能起来，曾王佐将他搀扶着离开。证明老钱良知未泯，对故国故主尚残留着感情，绝非见风使舵，忘恩负义之徒。
拂水山庄在常熟城西郭锦峰之麓，牧翁祖先坟茔在此地。依精致雅舍分别建有耦耕堂、秋水阁、小苏堤、梅圃溪堂、酒楼等景点。老钱时常携小柳在这里冶游休息，每每于早春季节梅花将要开放的季节里，两人乘坐画舫，轻飏着漂浮而来，令书童在船中击鼓，音节轻盈激越。老钱说是为了催促花信早点到来，小日子过得优越而舒适。
芙蓉庄也就是他们所住的红豆村，在常熟的小东门外，离城三十里，是白茆世家顾氏的别墅。老钱是顾氏的外甥，所以后来这栋别墅山庄归钱谦益所有。庄内有合抱红豆树一棵，数十年开一花，花为白色，结的果实如同皂荚，子粒红如樱桃。顺治十八年（1661年）老钱八十寿辰，这时红豆花刚刚开放，距上次开花时间已经有二十年时间。老钱夫妇与诸名士赋诗联吟共同以纪念这样的祥瑞出现。至康熙三十二年，癸酉，再结出果实数斗，村里人竞相来取，这时红豆山庄已经完全毁弃，唯有红豆树尚留存在野地里，如今树也已经半枯，每年发一枝，而枝也无定向。当地老百姓说：“树枝所指的方向，稻谷也每每歉收。”这实在是太奇怪了。
想当年南明弘光皇帝朱由崧上位的时候，老钱应召带着小柳去履任。经过丹阳，两人同车携手或者令柳夫人牵着毛驴而自己紧随其后，私下里老钱悄悄对小柳说：“好一幅《昭君出塞图》啊！”于是乡里传出老钱令小柳着昭君装一路招摇着前往南京。