也就在潞王因轻信陈洪范的许诺，坚决不肯监国的时候，黄道周却在富春江上巧遇被弘光赦罪出狱的唐王朱聿键，于是又有了一番君臣的遇合。恰逢此刻，从镇江撤兵回闽的福建军阀郑鸿逵，也有拥戴唐王朱聿键成为南明新君主的意思。
于是一个新的小朝廷粉墨登场。南明隆武朝的横空出世，对逐渐南下福建的清军开始进了一场力量悬殊的拼搏，也开始了一场小朝廷内部刀光剑影的权斗。
这场拼斗名义上的主帅是朱聿键，而主导这场内部权斗的是地方实力派军阀郑芝龙和儒学大师隆武帝的首席大学士黄道周。唐王的政治素质显然要优于福王朱由崧和潞王朱常淓许多，由于其特殊经历，阅世之深，在明宗室中无人可比。
唐王深爱读书，颇善文字，胸怀壮志，志在恢复山河故土，而且身边不乏如同黄道周这类具有儒家情怀的明代文官精英。然而，这场拼斗是在统治集团激烈的内斗中展开的，文官集团首领黄道周的政治对手是海盗出身地方军阀势力郑芝龙。
郑芝龙是福建当地武装商业集团的头子，原本就是海盗出身的地方枭雄，后来被朝廷招安，成了镇守海防的地方将领，其基本政治军事经济利益没有受到任何损害，只是多了朝廷授予的一张虎皮，势力反而在招安后不断有所扩张，坐大做强，已成尾大不掉之势。
因为唐王崛起的统治基础就是由帝国遗留的儒臣和地方军阀悍将所组成。军阀们意在拉大旗为虎皮在清朝和南明势力的夹缝中继续保持势力的扩张。当时郑氏家族的势力已经完全扩张到了台湾，他们最早鼓动移民台湾，对于开发台湾做出过卓越的贡献。但是坐困福建一隅的隆武王朝显然在财政税收方面是不能和坐拥江南膏腴之地的南明弘光朝相比，只能在经济上依赖郑芝龙集团输血，在军事上依托郑氏武装集团立足。因此，在政治上受制于这这股势力，更准确地说被持枪的武装集团所绑架也就在所难免。
因此，唐王朱聿键的一切雄心壮志和黄道周们的周密绸缪都只能是心中愿望纸上兵，没有郑芝龙的支持根本无法实施。在黄道周被郑芝龙逼走，郑芝龙又不告而别遁入海上后，朱聿键只能孤家寡人地带着他心爱的图书和刚刚降生的儿子走向末路。
郑芝龙最终投降了清廷，而郑氏集团也在天崩地坼中分崩离析，父子兄弟反目。儿子郑成功和四弟郑鸿逵坚持抗清拒不屈服，直至大明最后一个桂王小朝廷走向末路，郑成功依然和他的儿子郑经在台湾打着残明旗号割据多年。
据黄道周在《逃雨道人舟中记》中记载[1]：1645年（顺治二年）六月十一日，唐王朱聿键见潞王朱常淓已经决定投降，不胜愤慨，在一批文官武将的支持下，离开杭州前往福州筹办监国。首先拥戴朱聿键的是靖虏伯郑鸿逵。
郑鸿逵是福建第一大权势家族郑式家族郑芝龙的四弟（原名郑芝豹）。郑家出身海盗，曾经横行东南沿海，周旋于日本和西洋海商之间，势力逐渐膨胀，称霸一方，击败日本和荷兰海盗，拥有私人船队和武装集团，朝廷官军奈何其不得。郑后来为福建巡抚熊文灿诏安官至都督同知。
郑鸿逵于崇祯十三年（1640年）考取武进士，担任锦衣卫都指挥使。崇祯十七年（1644年）弘光帝派他前往镇江防范清军，担任镇江总兵、镇海将军。郑氏兄弟海匪出身，常年活跃于海上，擅长水战，驻守长江天堑担任江防司令也是理所当然的事情。据《明史南略》记载：
弘光元年乙酉五月，清兵渡江，南都失守。镇江总兵郑鸿逵、郑采，知事不可为，因撤师回闽。会唐王从河南来。王讳聿键，太祖后也。性率直，喜诗书，善文翰，洒洒千言。初封南阳，以父夭失爱于祖端王，两叔谋夺嫡，未得请名。及祖端王薨，守道陈奇瑜、知府王之柱为请嗣。后复以统兵勤王，锢高墙。会赦出，避乱适浙，鸿逵因奉之俱南至福州。
严格地说朱聿键并非从封地河南南阳来杭州，而是从凤阳的皇家监狱被释放，因为家乡南阳已经被李自成贼军占领，其弟唐王朱聿镆被杀。他于十二月刚刚恢复唐王称号，被指令到广西广元县居住，却一直因为缺乏路费，在镇江、苏州、嘉兴等地迁延。弘光元年（1645年）五月，清兵破南京，唐王在湖州避难，恰好路过杭州。
此时，镇江总兵郑鸿逵等得知清军渡过长江，弘光朝难以自保，退往福建，在杭州遇见唐王朱聿键，便鼓动朱聿键一起回到福建。郑鸿逵打算以朱聿键继任南明皇帝，许多大臣认为应该先击败清军，再考虑即位之事；郑鸿逵表示不快点即位，会有其他人先行称帝。朱聿键因此被拥立为皇帝（隆武帝），郑鸿逵也因这项功劳，受封定虏侯，后来晋升定国公。根据佚名的《思文大纪》记载：
五月十五日，福藩即位金陵，诏改来年为弘光元年；随允广昌伯刘良佐奏，赦原爵唐王奉降庶人（御讳聿键）于凤阳高墙。
十二月，赐复亲王冠带，送东粤闲住。贫无路费，自凤阳至南都，迁延时日，又回镇江，由丹阳至苏州。风闻清兵陷南京，天子蒙尘，乃避难至湖州，又至嘉兴。大总兵陈洪范、陈梧、汪硕德、吏部尚书徐石麒、淮抚钱继登、太监高起潜等面请唐藩监国，坚辞谦让。乃睿撰揭帖，倡奉潞藩。……初十日，唐藩至杭请朝，具本劝进，面陈方略，不允。靖虏伯郑鸿逵面请回闽取兵，亦不允。是晚，清牌至杭州，潞王從阉弁之议，甘心降清。唐藩闻而愤泣不胜。适遇靖虏伯会同礼部尚书黄道周等奏启恳请监国。十五日，清骑至杭，浙东人心震动，唐藩不得已，始勉從之。六月二十三日进关，抵浦城县。
黄道周和幕僚从绍兴移舟而下富春江，还不知道杭州城里发生的变化。只听到岸上鼓乐喧天，原来是前凤阳总督、兵部右侍郎朱大典和前兵部尚书阮大铖乘坐的一叶轻舟，顺流翩翩而来，仿佛翱翔的白鹭准备去鹜州。黄道周他们在去桐庐的途中，遇到了靖虏伯郑鸿逵的船只，小心翼翼观察很久，原来以为是郑鸿逵扶驾潞王的船，直到登船觐见，见到其人，才弄明白原来他所护的圣驾是唐王。
这时兵部右侍郎、凤阳总督朱大典也同时登船到访。朱大典见到唐王后还对道周先生说：“唐藩还未封，安得至此！”于是大家都在说，鞑虏气焰正嚣张，杭州城已经感受到大军压境的紧张气氛，潞王正在闭门谢客，修斋礼佛，他是不可能效仿南宋康王赵构，图谋东山再起的。也就是说，潞王以保护阖城百姓生命财产安全的名义，按照和陈洪范的约定准备献城投降了。
六月十三日晚，黄道周又去了唐王舟中“与唐王殿下会晤，慷慨以恢复自任，遂同诸臣交拜，约成大业。明日乃具小启，共请监国，虽靖虏意，亦以板**之会，非太祖亲藩不足复襄大业也。”[2]
唐藩是朱元璋第二十二子朱桱的八代孙，在谱系上离崇祯皇帝很远，按照常规是轮不到他承继大统的。黄道周等大臣参与郑鸿逵的推举有以下原因：
由于朱由检的叔父、兄弟只剩下广西的桂王，而当时南明的政治中心却在东南，朱常淓、朱常润降清以后东南士绅急于解决继统问题，不得不就近从疏藩中推选。
唐藩封地为河南南阳，这里正是东汉开国皇帝刘秀的故乡，在黄道周等人看来真可谓“起南阳者即为恢复汉家之业”“以今揆古，易世同符”。
这位朱聿键在明朝藩王中确实是位鹤立鸡群的人物。他虽然出生于王府之中，但是从小饱经磨难，历经艰辛，是经受过生活磨难的一代藩王。原因是他的祖父唐端王不喜欢他的父亲，父亲被长期囚禁在唐藩王府的私人监狱中，显然唐端王更加宠爱朱聿键的叔叔，他是在唐王府内部的“夺嫡”之争夹缝中成长的王爷。
作为父亲长子的朱聿键出生于万历三十年（1602年），从小甚得曾祖母魏妃宠爱，八岁开始延师受教育，十二岁曾祖母薨，就与父亲一起囚禁。在囚禁中的朱聿键发愤苦读，度过了十六年，直到二十八岁王府尚未向朝廷报备他的出生，未被册立为王世子。崇祯二年（1629年），父亲被叔叔毒死，他发誓要报杀父之仇。本年十二月十二日祖父唐端王薨，他父亲才在河南巡抚和南阳知府的力争下恢复被不正当剥夺的王位，追封为唐裕王，名字被批准列入太庙。这样作为长子的朱聿键理所当然受封世子。
朱聿键在崇祯五年六月初二被授予金册金宝，算是继承了王位。崇祯九年（1636年）七月初一日朱聿键杀其叔父报仇雪恨。此时，河南受到李自成起义军的骚扰，北京受到满洲人的威胁，京城戒严。朱聿键为了应对危机，表达对帝国的无比忠诚，出资加固南阳城防，要求扩大王府护卫3000人，组建王府军队，不被允许。
这位不安分的王爷七月二十日请求率兵进京勤王，八月初一未经批准即挥师出发，八月十一日，兵部文件到，责令他退回封地。他鲁莽举动虽说用心良苦，却是完全有违祖制的悖逆行为，实在有举兵谋反的嫌疑。想当初燕王朱棣的靖难之役和宁王朱宸濠谋反，均为藩王做大，打着“清君侧”的旗号，举兵与朝廷对抗而谋取王位。
唐王此举确属轻率而冒险。崇祯十年三月二十二日（1637年），朱聿键为他的冒险付出代价，王位被褫夺，废为庶人，并被圈禁在凤阳皇城监狱，弟弟朱聿镆继位。在这期间先有凤阳总督朱大典上书朝廷请求宽恕，后有南京守备大太监韩赞周请求宽恕，崇祯十六年漕运总督兼淮安巡抚路振飞再次请求宽恕，崇祯帝在生前批示“该部即与议复”。因为在崇祯十四年（1641年）李自成攻克南阳朱聿镆被害，唐王之位空缺。而在崇祯十七年三月十九日崇祯自尽煤山，此事未及办理。
唐王在后来的回忆录中记载到“不及受先帝之恩矣，痛哉！”当年五月，福王朱由崧在南京继统，大赦天下，朱聿键被赦出。顺治二年五月，南都降，朱聿键在途径杭州时遇见撤回福建的镇江总兵官郑鸿逵和苏观生、黄道周等人。[3]
六月十五日，黄道周第三次请监国疏中说：
近闻清逼武林，人无固志。贼臣有屈膝之意，举国同蒙面之羞，思高皇创业之艰，退一尺即失一尺；为中兴恢复之计，早一时即易一时。幸切宗社之图，勿顾士大夫之节。神器不可久旷，令旨不可以时稽。亟总瑶枢，以临魁柄。
经过这种徒具形式的三推三让，朱聿键表示：“万不得已，将所上监国之宝，权置行舟，俟至闽省，面与藩镇文武诸贤共行遵守。”[4]
十七日，朱聿键行至衢州，在检阅军队时发布誓词，表示将亲提六师，“恭行天讨，以光复帝室；驱逐清兵，以缵我太祖之业”。闰六月初六日，由南安伯郑芝龙迎入福州。次日，正式就任监国。闰六月二十七日，即皇帝位，从本年七月初一日改元隆武元年，以福州为临时首都，政府名为天兴府，以原福建布政司衙门为行宫。这是南明历史上的第二个政权，称为“隆武政权”。
与刚刚覆灭的南明弘光朝皇帝朱由崧以及几乎同时建立的绍兴政权鲁王朱以海相比，朱聿键确有过人之处。
朱聿键生活刻苦，不尚奢华，体魄强健，精力旺盛，果决有为，受过治国之道的良好教育，关心公共事务。这些特点使他在明朝宗藩中是个惹是生非的角色，在圈禁皇陵高墙时几乎九死一生。崇祯十年五月，朱聿键大病一场，幸好有随行的曾王妃割下大腿的肉，救了他一命，他侥幸活了下来，因此也养成对于这位同甘苦共患难的王妃即后来的曾皇后言听计从，导致登基后的后宫干政。据《明季南略·曾后入闽》记载这位曾后：
性儆敏，颇知书，有贤能声。隆武每召对奏事，后辄于屏后听之，共决进止，隆武颇严惮之。[5]
也就是说，这位曾皇后知书达理，有贤惠的声望，朝廷奏对，她常常躲在屏风后面偷听，隆武帝对她既尊敬又害怕，每遇大事两人共同商量后才做出决定。
和一切继统的帝王一样，他初登宝座就封了一大批文武百官，对于拥戴和劝进有功的人员，一一加官进爵。封郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯、郑芝豹为澄济伯、郑采为水胜伯。为了招揽人心任命黄道周、蒋德璟、苏观生、何吾驺、黄鸣俊等三十余人为大学士，入阁人数之多在明代历史从未有过。
朱聿键的个人品德在南明诸王中是无人可与匹敌的，黄道周在信中描述隆武帝的为人：“今上不饮酒，精吏事，洞达古今，想亦高、光而下之未所见也。”[6]（黄道周《与杨伯祥书》）不少史籍中记载他喜欢读书，无声色犬马之好，他衣着朴素，饮食简单，拒绝建造宫殿，不准为他准备豪华的别院，宫内执役人数也很少。他只有一位仍然没有子嗣的曾后，却拒绝纳取任何嫔妃，郑鸿逵一次掠取十二名美女进献，被他严词拒绝。如果是进献有价值的图书，他就非常乐意接受，视若珍宝，尤其是历史上的治道之书，甚至在亲征时，都要载运几千卷图书，以备阅览。朱聿键时时喜欢展露才华，亲自撰写几乎所有诏书和晓谕，往往洋洋洒洒，不假思索，立草而就。常常搞得身边那些以备顾问或者替代草拟文书的才智杰出之士们无所事事。
美籍学者司徒琳在她所著的《南明史·一六四四——一六六二》指出：
他基本是一个热情洋溢的人，他的思想往往忽而如此，又忽而如彼，因各种可能的情况而已。因此他的许多上谕和诏书，常常彼此抵牾，自相矛盾。不消说，那个时代本身的特征就是动**不安，即使是最稳健、头脑最清晰的人来担当隆武帝的角色，也不可能不感到困惑。在弘光朝，谋求权势的大学士使“体制上”所不允许的全权，在鲁与隆武朝则是不做决策的人物来到君主身旁。不论哪一种情况，由于明朝体制中缺少宰相职务，本来就极困难的局势更加恶化了。[7]
无疑在隆武小朝廷儒学宗师黄道周是朱聿键最信任的大学士，因此被授予“首席大学士”的头衔，相当于内阁的首辅，因为他的严正方刚和深孚众望，无形中成了文官集团的领袖人物，客观上成了与海匪出身却掌握着朝廷兵权和财政经济大权的郑氏集团的对立面。
这种对立在小朝廷刚刚建立起就形成尖锐冲突。一般人来看，朝廷议事文武大臣的站班无关宏旨，只是一种形式，但是理学重臣和武装集团头目都很看重。理学重臣们将站班次序看成是对于朝纲礼仪的坚守，是守护君臣等级制度的关键；武装集团头目却认为是在朝廷中的高低位置摆放，是权重比例的标志，他们注重的是实际，想表现出权臣凌驾君王之上的欲望，时常表现出得意扬扬的有恃无恐。对于文官集团而言当然是可忍而孰不可忍的大逆不道之事。因而开始就争得面红耳赤，各不相让。文武党争由此拉开序幕，以后越演越烈，最后导致黄道周的负气出走。
郑芝龙自以为皇帝由己立，立足在自己地盘，吃着福建的粮，享受着自己赞助的俸禄，朝见时自然应当排在文武诸臣前面。首席大学士黄道周却以祖制勋臣从来没有位居班首的先例，坚持不让。在隆武帝的干预下，黄道周取得了表面的胜利。
在接着的一次朝见群臣时，郑芝龙、郑鸿逵当着皇帝的面挥扇去暑，户部尚书何楷上疏劾奏他俩“无人臣礼”。隆武帝嘉奖何楷敢于直言，立即给他加了左都御史的头衔。然而，这位朝廷的总监察官并不好当，郑氏集团处处予以刁难，何楷只能辞职返乡。最后在回乡途中遭到一伙假冒强盗的打劫袭杀，何楷看到伏兵持刀突然出现，心中已经明白这是郑氏集团所为。他镇静如常地说道：“知道你们想得到的是我脑袋，不要祸及其他无辜的人”于是伸出脑袋让他们来砍。何楷这一举动，使得贼们顿时愣在那儿了，停顿了几分钟，贼首赞叹道：“好一个部院，且取你的耳朵就可以了。”于是割下何楷的耳朵扬长而去。回去向郑芝龙兄弟报告，何楷已经被袭杀。隆武皇帝听说何楷被杀，悲伤地哭了好几天。当时有人作一对联说：
都院无耳方得活，皇帝有口只是啼。
由此可见，小朝廷建立初期，明末党争的阴影就开始笼罩在朝野上下。这个时候，郑芝龙将自己的儿子郑森安排到了朱聿键身边充当耳目。这个郑森就是后来坚持复明抗清的郑成功，即使自己的父亲郑芝龙投降了清廷，他也绝不屈服，宁愿割舍父子关系也要坚持反清复明斗争，最终导致早已成为清廷手中人质的郑芝龙全家被宰杀在北京灯市口。老海贼当了叛徒之后，落得身首异处的下场。
据计六奇在《明季南略》中记载：
隆武帝没有子嗣，郑芝龙命令儿子郑森入侍，隆武帝赐国姓，改名成功。隆武每意有所向，成功辄先告芝龙。由是廷臣无敢异同者，宰相半出门下，何楷与芝龙争朝班不合，乞归，中途盗截其耳，诏追贼不得，兵科给事中也以忤芝龙去。有密告芝龙揽权者，隆武辄责芝龙。芝龙怒，佯欲谢去。隆武心知芝龙不可恃，无以制之，因复固留曰：“此非朕意，乃某人言也。”芝龙潜中伤之。于是左右无一同心，皆郑人也。[8]
隆武朝的建立看上去文武人才济济，其实军政大权皆在郑芝龙手中，郑鸿逵、郑芝豹都是他的弟弟。郑芝龙开府福州，坐见九卿大臣，商量战守大计，大臣入见不作揖，告别也不相送。
朱聿键并不是一个贪图安逸，坐困一隅，贪图享乐的君王，他希望积极有所作为，展示新朝有能力收复失地。恢复故土，因而在军事上一定要有所作为，就是打出福建。经廷臣商议，需要兵员二十万，自仙霞关以外需要据守的有一百七十余处，每处守兵多寡不等，在冬天精心操练，明年春季出关。两路出击：一路出浙东，一路出江西，联络旧臣，准备收复失地，首先是收复被攻占的南京。
在隆武帝和廷臣们的不断催促下，郑芝龙不得不作出表面出兵的姿态，因为他也知道不出关无以收服人心，于是分兵为二，声言有万人，其实不满千人。以郑鸿逵为大元帅出兵浙东，以郑采为副元帅出兵江西。隆武帝甚至效仿汉代刘邦对于韩信筑坛拜将的隆重仪式，在福州近郊筑坛送他们出关作战。但是两位将领出关后就以等待军饷的名义不再前行。
郑鸿逵在仙霞关，郑采在杉关前逗留一月有余，朱聿键心急如焚，在宫内不停地发出命令催促出征，两人无动于衷。乃至隆武帝下诏切责“尚畏缩不前，自有国法在”，二将才不得已挺进关外。但是出关后二人再次按兵不动。看来郑家军是并不准备真正为王朝卖命的，他们的出关也只是形式上做做样子，骨子里依然想着保存实力。永胜伯郑采队伍逗留杉关，无论监军给事中张家玉如何催促，他一概不理，不久听说清军将至，拉起队伍就跑，三日夜退到蒲城。张家玉极为愤慨，上疏劾奏。隆武帝下诏削去郑采伯爵头衔。1646年（隆武二年）正月又因为郑鸿逵部将黄克辉从浙江江山县撤退回闽，隆武帝大怒，指责郑鸿逵“始则境内坐靡，今复信讹撤转，不但天下何观，抑且万世遗耻，未有不能守于关外，而能守于关内者”，下诏将郑鸿逵由太师降为少师。应该说隆武帝对于郑氏兄弟拥兵自重，挟制朝廷，无意进取的用心已经看得很清楚了。他当然不是屈从权臣甘当傀儡的儿皇帝，还是很有主见的，但是主见遇到握有实权的军阀，也只是空谈而已，他的谋复江山社稷也只是一场梦。
在这之前，隆武元年（1645年）九月十九日，黄道周募众数千人，马仅十余匹，领有一月粮，出仙霞关，与清兵抗击。夫人蔡氏叹道：“道周死得其所了！”皇帝的股肱大臣首席大学士黄道周完全是因为和郑芝龙不可调和的矛盾，负气自请督兵走出福建，联络江西援救徽州、衢州一带的金声义军。
然而，黄老先生毕竟一介书生，手无兵源，军饷奇缺，凭借着一身忠肝义胆，带着临时拼凑的三千兵卒，企图借助自己的声望和故旧学生募兵筹饷。掌握兵马钱粮的郑芝龙对于黄道周的出走正中下怀，既不拨给精兵，而且仅给了一个月的粮饷。师出不久，兵饷接济不上，黄道周只好利用自己名望，亲自书写委任状，沿途招募了一些忠勇之士。黄道周虽自称知兵，曾经注断过《广百将传》，但是从来未指挥过军队。部下兵将都是临时招募而来，仅凭一腔热血奋勇向前。他的学生李世雄在《再上石斋黄老师书》中说：
先生之行也，招募市人才三千耳，饷不给于国帑，而资于门生故友之题助，此一时义激慷慨耳，朝廷才给空门扎百十道，以当行银，兵事数月未可解，义助能够岁月例输乎？空剳可当衣食易死命乎？就令士兵饱腾、人人致命，三千未教之卒可枝住诸道数十万之方张之寇乎？[9]
应该说他的这位学生的一连串疑问的提出是十分有道理的。三千临时招募的新兵未经训练仓促成行，无疑乌合之众；国库没有充足兵饷给付，资金全部靠学生故旧赞助，朝廷给出的只是空头的委任状，以卖官鬻爵的钱来补充军事给养；支撑旷日持久的军事行动，义务捐助能够形成惯例维持长久吗？三千未经训练的兵卒能够阻挡数十万久经战阵的虎狼之师吗？但是面对质疑，黄道周已经完全没有选择的余地，他只能以卵击石，舍生取义，以死报效帝国。他是明知不可为而为之，一条路走到底了。
十月初黄道周抵达广信（今上饶），募得三个月兵粮，分兵三路，向清兵发起进攻，以堂·吉坷德的勇气和大明儒臣的凛然道义对虎狼之师展开战斗。一路向西攻抚州（今临川），另两路北上分攻婺源、休宁，不久三路皆败。十二月六日，黄道周率队向婺源出发，至童家坊，得知乐平已陷，二十四日，抵明堂里时遇伏兵，参将高万容逃队，于是全军崩溃。
黄道周被徽州守将张天禄俘获，送至南京狱中，狱中吟咏如故，有诗云：
六十年来事已非，翻翻复复少生机。
老臣挤尽一腔血，会看中原万里归。
清廷派使洪承畴劝降，黄道周写下这样一副对联：“史笔流芳，虽未成功终可法；洪恩浩**，不能报国反成仇。”将史可法与洪承畴对比。洪承畴又羞又愧，上疏请求免道周死刑，清廷不准。后绝食十二日，期间其妻蔡氏来信：“忠臣有国无家，勿内顾。”
隆武二年（1646年）三月五日就义，临刑前，盥洗更衣，取得纸墨，画一幅长松怪石赠人，并给家人留下了遗言：“蹈仁不死，履险若夷；有陨自天，舍命不渝。”就义之日，其老仆哭之甚哀，黄道周安慰他说：“吾为正义而死，是为考终，汝何哀？”乃从容就刑。
黄道周因抗清死节，大义凛然！至南京东华门刑场上，向南方再拜，黄道周撕裂衣服，咬破手指，留血书遗家人：“纲常万古，节义千秋；天地知我，家人无忧。”临刑前大呼：“天下岂有畏死黄道周哉？”最后头已断而身“兀立不仆”，死后，人们从他的衣服里发现“大明孤臣黄道周”七个大字。其门人蔡春落、赖继谨、赵士超和毛玉洁同日被杀，人称“黄门四君子”。
讣讯传至福建，隆武帝“震悼罢朝”，特赐谥“忠烈”，赠文明伯，并令在福州为黄道周立“闵忠”庙，树“中兴大功”坊；另在漳浦立“报忠”庙，树“中兴荩辅”坊，春秋奠祭。清乾隆帝为褒扬黄道周忠节，改谥“忠端”；道光四年（1824年），旨准黄道周从祀孔庙。
黄道周留有绝命诗四首：
陋巷惭颜闵，纡筹负管萧！风云生造次，毛羽合飘摇。火厝难栖燕，江横怯渡桥；可怜委佩者，晏晏坐花朝！
搏虎仍之野，投豺又出关。席心如可卷，鹤发久当删。怨子不知怨，闲人安得闲！国家犹半壁，不忍蹈文山！
诸子收吾骨，青天知吾心。为谁分板**，不忍共浮沈！鹤怨空山曲，鸡鸣终夜阴；南阳江路远，怅作卧龙吟。
火树难开眼，水城倦着身。支天千古事，失路一时人。碧血题香草，白头逐钓纶；更无遗恨处，燥发为君亲。[10]
隆武二年二月，朱聿键终于难以忍受郑芝龙的夹持，决意亲征。移师建宁府浦城县。与福建接壤的湖北巡抚和江西巡抚杨廷麟皆上疏欢迎他前去。隆武帝的意思还是希望去江西，一直犹豫未定。而郑芝龙以关门兵力单薄坚决请求返回，福建原籍的官兵数万人呼应芝龙的请求返回福州。
时间延迟到六月，皇子诞生，而此刻清军已经渡过了钱塘江，绍兴鲁王政权危在旦夕，已经流亡到了舟山群岛附近，派出使者都督陈谦到福建，犹豫着不敢去见朱聿键。陈谦是郑芝龙的老朋友，先派人去试探郑芝龙的态度，老郑表态“有我在但见无妨”。于是陈谦和随从林垐前去陛见隆武帝。朱聿键打开鲁监国朱以海的致函，见到这位小侄称呼他为“皇叔父”而不是“陛下”气不打一处来，立即命令廷尉将两名来使关押进大牢，等待处决。
郑芝龙前来求救，隆武帝竟然不予理睬。谁知这位来使和郑芝龙也算是知交，而且有恩于老郑。陈谦者，江苏武进人，曾经担任过金华和衢州总兵。乙酉年（1645年）春天奉弘光皇帝的诏令前往福建封郑芝龙为南安伯，当打开诏书宣读时却发现误写成“安南伯”。陈谦却对老郑说：“安南则兼两广，南安则仅仅一片地方。请留下这份文件，改动诏书，将‘晋伯’改成‘晋侯’”。郑芝龙大喜，厚赠陈谦而别。陈谦走到半路，南京已被清军攻破。郑芝龙素来敬重陈谦，听闻陈谦下狱，尽全力疏救。
有一个叫钱邦芑的人，自请召对天下事，很能迎合朱聿键的心思，话说到一半，立即被提拔为监察御史。这家伙出自郑芝龙门下，这时深得隆武帝信任。秘密启奏隆武帝：“陈谦为鲁藩心腹，且与郑芝龙是至交，如果不及时除掉他，恐怕会遗留祸患。”隆武听信了他的谗言，决定立即处决陈谦。
有人将此信息透露给了老郑，老郑认为受刑戮之人必然要经过自己家门口，到时相救反而更加方便。意想不到的是，时至半夜，大内传出纸条“陈谦已转移到其他地方处决”。老郑立即出面营救，但陈谦的脑袋已经被砍了下来，郑芝龙伏在陈谦的尸身上失声痛哭，极其悲哀，以千两黄金安葬陈谦，并为祭文有“我虽不杀伯仁，伯仁因我而死”的字句。
在陈谦这件事的处置上，隆武帝心胸器宇狭小了些，处置得稍嫌草率了。除去他本人和鲁藩朱以海的矛盾外，在此大兵压境之时，宗室王族内部为一名号之争，也应当隐忍为上，放弃前嫌，一致对敌，以免重蹈萁豆相煎，唇亡之寒之覆辙。而此事的草率处理也本使得他和郑芝龙的矛盾公开化，导致了他和地方握有实权军阀的分道扬镳，也是王朝内部崩解的前兆。
六月份，清兵渡钱塘江，郑芝龙听到消息，上疏隆武帝：“海上盗寇横行，如今三关的军饷皆由臣供给，臣取之于海上，无海即无家，非往亲征不可。”辞别的表章递上去，郑氏军队已经开拔。隆武帝手敕挽留，曰：“先生稍迟，朕与先生同行。”太监奉手敕到达河边，而郑芝龙的水军飞帆已经过了延平县。郑芝龙的突然离去，守关将领施福声称缺饷，也已经尽撤兵员返回安平县。此时福建三关守兵尽撤，门户洞开，无一兵一卒把守，清军入闽如入无人把守之境。
计六奇在《明季南略·清兵从容过岭》中描述：
是时，旧抚田兵及方兵、郑兵号“三家兵”，或离或合，逶迤而南。或手不持铁，所致劫掠，或挟妇女，坐山头呼盧浮白，漫衍岭界者四五日。后关门无一守兵，亦无一敌兵，寂如也。如是者三日，始有轻骑二三千从容过岭，分驰郡邑。然清兵入闽，或由建、或由汀、或由福宁，俱走山谷间，道出不意，不必定走仙霞岭也。
再加上郑芝龙早就与清军有默契，隆武王朝的覆灭指日可待。[11]也就在黄道周遇难不久，郑芝龙见隆武朝大势已去，投机的本色使他和清廷暗中有了勾结。清廷派出招抚福建的黄熙允安排使者苏忠贵秘密来到福建，“见到郑芝龙，见其有诚意归附”。
六月初清军渡过钱塘江，征南大将军博洛又派苏忠贵“持敕书赍送郑芝龙”。郑芝龙既已决定投降清朝，秘密下令仙霞关守将武义伯施福放弃天险，自动撤退。而隆武小朝廷中类似郑芝龙这样的投降派并不在少数，隆武帝心中也很有数。但是这次他却采取了宽大处理的办法，力图挽回人心，而人心在江河日下的形势面前似乎是很难挽回了。
当朝臣们纷纷在暗中向清军投送降表时，隆武帝效当年东汉光武帝刘秀当众销毁了这些降表，企图安定人心。据当年曾任隆武朝延平司理的钱秉镫在《所知录》卷一中记载：
七月二十五日，上御门。群臣朝罢，将退，上命内臣捧出一盘，复以黄帕，置御前。上御群臣曰：“朕本无利于天下之心，为勋辅诸臣拥戴在位。朕布袍素食，晓夜焦劳，有何人君之乐？只是上为祖宗下为百姓，汲汲皇皇，惟恐负众臣拥戴之初心。今观诸臣大非初意，昨关上主事，搜得关中出关迎降书二百余封，今俱在此。朕不预知其姓名，命锦衣卫检明封数，捧之午门前对众焚之。班中诸臣宜也有之，朕俱不问。有之者当从此心易虑；其本无者益宜矢志竭力，毋二初衷。特谕。”[12]
八月二十一日上午，隆武帝从延平行在启程前往赣东。监军钱邦芑先期前去清路，颐指气使地指挥属县准备接驾。二十二日中午，移驾行宫，朱聿键身着戎冠铠甲而入。隆武帝喜欢书，虽然在崎岖山路上行军，依然带着十大车图书和一干宗室随行人员。队伍行进得很悠闲很缓慢，这一行人并不知道大祸已经临头。
二十四日抵达顺昌县，尚未出发，已有飞骑警报报来：“大清兵已及剑津，烧毁了关隘，顷刻就要到来。”隆武帝只得仓皇逃窜，不一会，行宫数骑突出，说是隆武帝在内，从行者惟有何吾驺、郭维经、朱继祚、黄鸣俊数人。何与郭等官员看到隆武大势已去，亦先后作鸟兽散。曾皇后的轿子逃到河边，对随从的太监曰：“刘宫人已经怀孕，好好护持她上路道。”皇帝“亲征”的队伍，尚未接触到清军已经乱作一团。此刻，妃媵狂奔，宫人们有的一条小船载着数人，有的一匹马上骑着三个人，争相逃命，哪里还顾得上护驾。[13]
二十七日朱聿键一行，过河跨溪，攀岩越岗，历经艰辛终于狼狈逃窜到达汀州（福建汀州）。按前明官员华廷献在《闽事记略》中记载：这一行人一路上不断遇见“关兵溃回，戈戟满路，夹道而驰，崇岗蹭蹬，再蹶再起。日夕路修，牵衣结队，极人生未有之苦”。然而，厄运马上降临。
清兵过延平县继续向东而去，独有被朱聿键宰杀的陈谦之子带领着数百骑兵带着杀父的仇恨，紧追隆武帝不放，一直跟踪到了汀州，准备为父亲复仇。这时的隆武帝准备进入江西，放松了警惕，暂停一日，稍事喘息。他和曾后，正在晾晒被打湿的龙衣凤衣。没想到冤家路窄，陈谦的儿子追赶到了汀州，猝不及防，夫妇双双被抓获。同时被俘的还有从驾官员朱继祚、黄鸣俊。将他们械至福州，隆武、曾后遂遇害。朱继祚被勒令致仕，旋为乱兵所杀；黄鸣俊许授五品官，以老疾辞免。
据顾诚《南明史》记载，隆武帝到达汀州随行的只有忠诚伯周之藩，给事中熊伟带领的五百多名士卒。长汀知县吴德操“吏才非其所长”，隆武帝及其随行人员奔逃至该县时“需要役数千名，民逃不应命”。次日（二十八日），清军追到长汀，隆武帝、曾皇后、沈嫔妃、陈嫔妃被俘于赵家沟，周之藩、陈伟被杀。帝、后大约在汀州即遇害。据《清实录》记载：征南大将军多罗贝勒博洛将军入闽，连下建宁、延平等府，闻“伪唐王朱聿钊（满文翻译有误，应为朱聿键）遁走汀州，前护军首领阿济格尼堪、杜尔德等率兵追击，直抵城下。我军奋击先登，擒宰朱聿钊及伪阳曲王朱盛渡、西河王朱盛全、松滋王朱演汉、西城王朱通简并伪官、伪伯等，抚定汀州。缴获伪玺九颗、马骡辎重无算。”江日升《台湾外记》云：“隆武帝后死于汀州府府堂，乃顺治三年八月二十八日。诸家记事，悉书隆武被执，送福州斩于市。时有锦衣卫陆昆亨从行，眼见隆武帝后戎装小帽，与姬嫔被难。昆亨脱出。百姓收群尸葬于罗汉岭，竖其碑云‘隆武并其母光华太妃讳英忠烈徐娘娘之墓’。”总之对于隆武帝的死也是众说纷纭，莫衷一是，留下诸多谜团未解。
[1] 见顾城著：《南明史》，中国青年出版社，1997年，第252、253页。
[2] 见《黄樟浦集·卷二十四》，本文引自顾诚《南明史》，第253页。
[3] 见《明史·卷一百十八·列传诸王》，线装书局，第712页。
[4] 见《思文大纪·卷一》，本文引自顾诚《南明史》，中国青年出版社，第255页。
[5] 计六奇著：《明季南略》，中华书局，第311、312页。
[6] 顾城著：《南明史》，第286页。
[7] 见【美】司徒琳著：《南明史》，上海古籍出版社，1992年，第67页。
[8] 见《明季南略·郑森入侍》，中华书局，第312页。
[9] 见顾诚著：《南明史》，中国青年出版社，第292页。
[10] 见计六奇著：《明季南略·卷八》，中华书局，第321页。
[11] 见计六奇著：《明季南略》，中华书局，1984年，第324—326页。
[12] 见顾诚著：《南明史》，中国青年出版社，第307页。
[13] 见计六奇著：《明季南略·卷八》，中华书局，第328页。