袁世凯称帝的图谋进入实施阶段后，中华革命党与进步党不仅在言论上表示坚决反对，而且开始以不同的方式，通过不同的途径发动武装反袁。与中华革命党的暗杀活动和独立起义相比较，进步党运动西南地方实力派起事的活动更为成功也更为有效。
在进步党运动西南地方实力派发动武装反袁的过程中，蔡锷扮演了关键的角色。蔡锷是辛亥革命时期云南反清起义的领导者，自袁世凯当政后，他一直对袁表示支持，在二次革命爆发后，他通电责难革命党“是不啻以国家为孤注，以人民为牺牲，谓为叛罪，其又奚辞！”要求对“为首发难之人，不能不按法惩治，以为破坏大局者戒”。蔡有雄才大略之志，为人正派清廉，袁世凯有意利用其能力，但对出身非北洋正统的蔡锷又不能完全信任。1913年10月，袁世凯调蔡锷进京，貌似重用，但就袁委蔡担任的政治会议议员、参政院参政、统率办事处成员、全国经界局督办等职而言，多为闲曹，并不能充分发挥蔡的才干。蔡锷似乎对此也没有什么异议，而是兢兢业业，恪尽职守，对袁“竭忠尽智”。及至袁世凯称帝议起，进步党人方才认识到以往拥袁之非是，梁启超公开发表反对称帝的言论，而蔡锷13岁即在长沙时务学堂从梁就学，有师生之谊，到北京后，与梁“日夕过从”，对梁的意见极为尊重。梁启超回忆：“当筹安会发生次日，蔡君即访余于天津，共商大计。余曰：余之责任在言论，故余必须立刻作文，堂堂正正以反对之。君则军界有大力之人也，宜深自韬晦，勿为所忌，乃可以密图匡复。”据蔡锷所称，他与梁启超“反复讨论国家前途及吾侪所以报国之道”，认为当年“徒以顾全大局，投鼠忌器之故，甘牺牲一切，与之（袁世凯）戮力。一年以来，假面既揭，丑形暴露。”“今当举国鬼气沉沉之时，非有圣贤之心，豪杰之行，孰敢赴此大义？吾侪所欲为之事，虽为举天下人人所欢舞以迎，而亦为举天下人人所莫敢倡导，故必须自动以待景从。”他们“讨论既熟，询谋佥同”，决定“分途趋功。而植基之谋，首在南服”；达成了一旦袁决意称帝即准备发动西南进行武力声讨之共识。
蔡锷反袁之意已决，但为了不引起袁世凯的注意，他刻意保持低调，1915年8月25日率先手书签名“主张中国国体宜用君主制”。其后，蔡锷频频邀约军界同人发起拥袁称帝的倡议，并照常入值，办理公务，似与当时反对帝制或对帝制表示消极的军政界人士不沾边；然而正如其过后所言：“国体问题，在京能否拒绝署名，不言而喻。若问良心，则誓死不承。”为此，他在给滇、黔当局的电文中已经有所暗示，请他们“务望稳静，以靖地方”；“事机迫速，尚望加意镇慑防范，俾免意外”；“言出其位，明哲所戒。一切希慎重。至公事，容徐图之。”“凡各军队官长，尤应时刻留心”。这些都表明蔡锷已经意识到与袁之决裂恐不可免，已着手在西南地方预为布置。虽然蔡锷对帝制阳示积极，但袁世凯仍不放心，10月中旬，袁得报云南有人反对帝制并与蔡有涉，即令军警借口至蔡宅搜寻证据。蔡锷知袁世凯称帝之意已决，北京不可久留，即与梁启超等密谋，决定潜回云南发动讨袁。为了在袁世凯的监视下脱身而去，蔡锷颇费了一番脑筋。10月28日，他以喉病为由，向袁请病假获批。期满后又以病势加剧为由，请求续假赴天津就医。素称老谋深算的袁世凯“派人察视，见渠时赴病院，时或不往”，不疑有他，而蔡“旋移德义楼，由该楼茶役夜间送其登火车站”，在袁的眼皮底下堂而皇之地出京到津，脱离了袁的直接监视。11月中旬，蔡锷乘隙由天津登轮赴日，并于22日上呈袁世凯称：“现在假期已满，病仍未愈，惟有仰恳俯赐矜全，准予续假三月，俾得迁地疗养，并请派员代理，免旷职务。”此呈摆明将一去不返，不过此时蔡锷已脱离袁世凯之管辖范围，袁对蔡已是鞭长莫及，只能送个顺水人情，给假两月，令其“一俟调治就愈，仍望早日回国，销假任事，用副倚任”。
12月初，蔡锷到达日本东京。他以“周历南北，痛心召侮，无地不然”，而有电致袁反对帝制，但仍“切词披布腹心”，不过“未蒙采纳”。眼见袁之称帝再无挽回余地，蔡锷亦按前计而行，乘轮离开日本，经越南海防登陆，由滇越铁路前往云南。袁世凯得报后，即电滇督唐继尧，“准以全权便宜处理。无论何人，但有谋乱行为，立置于法，事后报明，毋庸先行请示。”对于蔡锷等入滇，“应严密查防”。但此时唐继尧已决定投身反袁，他派人沿途保护蔡之安全，护送蔡锷一行于19日安抵昆明，讨袁起义的大幕由此而徐徐拉开。
讨袁起义首发于云南并非偶然。云南地处西南边陲，为袁世凯当政后北洋势力所不及之少数省份之一，且地理环境偏僻，袁世凯一时鞭长莫及；云南军队实力尚可，且从编制、武器、教育等方面均自成体系，又受过辛亥革命的熏陶，各级军官或为革命党人，或与革命党人有较多关系；云南将军唐继尧参加过同盟会，又是蔡锷一手提拔的下属，比较可能接受反袁鼓动；因此，进步党人在准备发动武装讨袁时，首先将工作重点放在云南，而欧事研究会也对发动云南讨袁出力甚多。
当袁世凯称帝的图谋公开之后，以昆明《觉报》为代表的云南舆论界首先发出反袁之声。除了批驳筹安会的帝制言论外，《觉报》甚而几近于公开批驳袁世凯，责“信誓旦旦不许帝制复活之×××,对此紊乱国宪之妖人，不惟不予以刑法制裁，甚至闻以大宗款项补助筹安会经费，司马昭之心，路人皆见之”。其后，滇中军界亦因袁图谋称帝而“愤慨异常”，开始涌动反袁浪潮，起初自为组织，经过热心者的居间联络，“军界全体已隐有共同一致之轨道矣”。
云南起义的关键在唐继尧。唐继尧参加过辛亥革命，蔡锷离滇北上后继任滇督，他虽曾拥袁并在云南镇压革命党，但他毕竟非北洋正统出身，与袁世凯也没有太深的关系，因此自进步党人策划武力讨袁之始，即将唐继尧列为大力争取之重要对象，滇中军界亦不断向唐说项，促其领衔讨袁。唐“言决不愿向袁氏称臣；惟虑云南一省，势力单薄。羽毛不丰满者，不可以高飞，若能为联络数省，则愿牺牲一人，以从国人之后。"9月11日，唐“召集军界中坚诸人密议”，决定积极提倡部下爱国精神，准备武装，预备作战，严守秘密。10月7日，唐“复召集军界诸人议定起义时机”，决定在中部或西南有一省可望响应并得海外接济饷糈时即可发动，但如上述时机未出现，“本省为民国存亡，争持人格计，亦须起而反抗”。随后根据形势的发展，11月3日唐与“军界中坚诸人，议定外须虚与委蛇，内须严防奸细煽惑军心等件。然深虑滇省以一隅而反抗全局，其兵力器械，皆应早为筹画。借增防为名，扩充军队。其扩张之策：（一）召集退伍士兵，（二）召集赋闲军官，（三）编练警卫二团，（四）招添讲武学员，（五）添练新兵，（六）征补各团营缺额，（七）筹备军需军械。复以滇省发难之后，如无声援，恐势孤力弱，议定对外之策有四：（一）密与贵州军界约，（二）招纳海内外同志，（三）派员赴各省联络，（四）派员侦察各省军情。“11月23日，唐发布饬令，以“整饬武备”为由，令“历年以来，凡曾在各军队充任中下级官长，或因过撤销差使，或因故自请长假”者，“限十日内详保来署听候定期查验。如果才质可取，过差可原，即应分别酌予任用，俾得及时自效；其有赋闲日久，学术荒疏者，应令补习学术，亦著听候传取入校，授之相当教育，以备异时补充之选。”其后，当袁世凯动员各地军政长官操纵国民投票之电下，唐继尧“以彼制造假民意之伪电，足为盗国之铁证，将执此以告国人，彼虽狡诈，殆百喙莫辩矣。于是积极进行准备，然外仍表示镇静，与袁氏为表面上之敷衍。”应该说，唐继尧对讨袁虽非始作俑者，但他对此自始即未表反对，其有某种担心顾虑亦可理解，当袁称帝图谋公开后，唐继尧尽力准备讨袁，在武力讨袁的发动过程中，唐的作用自应予充分肯定。
1915年12月中旬，各方讨袁志士云集昆明，云南政局显现出一派山雨欲来风满楼之势。14日，云南巡按使任可澄致电袁世凯，请其“立下取消帝制之命”，或“申明延期，俟数年后斟酌国势，再议实行”，俾使“乱党无可借口，外人无从置词”。但正在称帝兴头上的袁世凯未予置理，至此，讨袁起义的爆发已不可避免。
蔡锷到达昆明后，会同唐继尧等对讨袁起事进行了周密的布置。首先，他着手集结兵力，并部署其向川边秘密运动，准备起事后即对川边北军主动发起攻击，以收出其不意之效；随后，他又与黔、川故旧及有意参加讨袁者广为联系，促他们参加讨袁，以便在云南起事后不至陷于孤军境地；同时，他还与已经在12月18日抵沪的梁启超保持密切的联系，希望通过梁的运作，在起事后与各方结成广泛的反袁联合阵线，以使讨袁得以成功。蔡锷与唐继尧等本拟在出师川、黔后“始行宣布举义”，然“以外交及各种之关系迫不可缓，促唐公速举。而袁政府亦严电唐公查缉蔡君，风声大起，迟恐生变”；梁启超亦因得报袁将再向日本让步以使日本承认帝制及冯国璋有意加入反袁阵营而于此时来电“促其早发”。故21日蔡锷与唐继尧等云南省内外军政界领袖共同议定起事之举，决定实行先礼后兵，先由唐继尧和任可澄联名电请袁世凯取消帝制，如其不予满意回复，即发动武力讨袁。对于讨袁军事名义，决定以“护国军”名之，以示护卫民国之意；对于讨袁领导机关，决定：“恢复都督府，召集省议会，组织略如元、二年旧制。出征部只设总司令部。原议设元帅府暂从缓，盖欲力事谦抑，以待来者。”对于由谁出任都督，蔡锷本为众望所归，但唐继尧虽表面谦让，而实际上并不愿蔡重担此职，以影响自己的地位，蔡亦知唐之心思，为了讨袁大局，坚决推辞滇督之任，而任护国军主力第1军司令，领兵北征四川；唐亦顺水推舟，接受滇督之任，并兼护国军第3军司令，留守昆明，担当后勤；李烈均任护国军第2军司令，领兵东出广西，以为侧翼策应。
1915年12月23日，唐继尧和任可澄如约发出致袁世凯电称：“自国体问题发生，群情惶骇，重以列强干涉，民气益复骚然。佥谓谁实召戎，致此奇辱，外侮之袭，责有所归。乃闻顷犹筹备大典，日不暇给，内拂舆情，外贻口实，祸机所蕴，良可寒心。窃维我大总统两次即位宣誓，皆言恪遵约法，拥护共和，皇天后土，实闻斯言，亿兆铭心，万邦倾耳。……食言背誓，何以御民？纲纪不张，本实先拨。以此图治，非所敢闻。……比者，吏民劝进，代表议决，拥戴之诚。虽若一致，然利诱威迫，非出本心，作伪心劳，昭然共见。”电文请袁将杨度等首祸之人“即日明正典刑，以谢天下，焕发明誓，拥护共和。则大总统爱国守法之诚，庶可为中外所信，而民怨可稍塞，国本可稍定。”并以“此间军民，痛愤久积，非得有中央永除帝制之实据，万难镇劝”，限令袁世凯于25日上午10时前答复。至限期届满，袁世凯未有回复，唐继尧、蔡锷、任可澄、刘显世、戴戡遂联名于25日发出对全国通电，责袁世凯“蔑弃约法，背食誓言。拂逆舆情，自为帝制。卒召外侮，警告迭来……狡拒忠告，益善逆谋……既为背叛民国之罪人，当然丧失元首之资格。”宣示：“今已严拒伪命，奠定滇、黔诸地，为国婴首，并檄四方，声罪致讨”；“所望凡食民国之禄，事民国之事者，咸激发天良，申兹大义”。云南由此宣布对袁世凯政府独立，正式打出了讨袁护国的旗帜。随后，唐继尧、蔡锷等又联名向各省当局发出数封讨袁通电及发布讨袁檄文，意图争取各省的响应。通电及檄文揭露袁之“丑行凉德”、“寡廉鲜耻”，宣誓“但有进死，更无退生，非达到还我共和民国之目的不止”，请各省当局“深谅热忱，共兴义举”，并以“义师之兴，誓以四事”：一曰与全国民戮力拥护共和，使帝制永不发生；二曰划定中央、地方权限，图各省民力之自由发展；三曰建设名实相符之立宪政府，以适应世界大势；四曰以诚意巩固邦交，增进国际团体上之资格。为了取得各国对讨袁之举的支持、理解，至少是中立，唐继尧与任可澄又于31日照会各国驻华使节，声明：（1）帝制问题发生以前，民国政府及前清政府以前与各国所订结之条约继续有效，赔款及借债，均仍旧担认；（2）本将军、巡按使势力范围内居留之各国人民，其生命财产，力任保护；（3）自帝制问题发生以后，袁世凯及其政府与各国所订结之条约、契约及借款等项，民国概不承认；（4）各国如有助袁政府以战时禁制品者，查出概行没收；（5）如各国官商人民有赞助袁政府为防害本将军、巡按使之行为时，即反对之。至此，云南完成了讨袁起义的动员、准备与公开宣布等步骤，在继续通过各种方式对袁世凯进行口诛笔伐的同时，将讨袁重点放在了武力方面，由蔡锷领兵北进四川，发动讨袁战争，企望以此动摇袁世凯统治的武力基础。
根据梁启超与蔡锷等早先多次讨论的结果，“决议云南于袁氏下令称帝后即独立，贵州则越一月后响应，广西则越二月后响应，然后以云、贵之力下四川，以广西之力下广东，约三四个月后可以会师湖北，底定中原。”实行此计划之关键为拿下四川，因为在西南诸省中，黔、桂两省已经与云南暗通款曲，响应不过迟早而已，唯有横亘于西南中心的四川由袁系军队把持，如果不能拿下四川，则滇省孤悬边陲，出路受阻，难成大举，而黔、桂之响应亦将受其影响；何况滇、黔均为弱省，产出有限，难以久持，而四川号称天府之国，地利物产均利于长期坚守，故对首先进攻四川的计划，护国军内部并无不同意见。担任进攻四川的是蔡锷统领的护国第1军，其中他亲率赵又新、顾品珍二三梯团为中路，主攻川南叙永、泸州，目标为重庆，以控制进出川的水路门户，得军事之利；刘云峰一梯团为左路，主攻川南重镇叙州（今宜宾），威胁省会成都，得政治之利；俟贵州刘显世加入后即以黔军为右路，经黔北攻綦江，与中路合攻重庆。12月底，各部陆续出发，但是因发动提前，准备不及，“军队分驻地相距辽远，交通复极不便，动员集中，极为濡滞”，部队行动未如预期迅捷。
护国战争南北（此处北军指袁系北洋军）两军最早的接战发生在1916年1月中旬。护国军中动作最快的左路刘云峰部，在1月17日与北军川南镇守使伍祥祯部接战，连战皆捷，于21日进占叙州，完成了第一步作战计划。随后，中路前锋董鸿勋支队兼程北进，2月初与已加入讨袁阵营的川军刘存厚部接上关系，两军合力进至泸州城下，讨袁军声势颇盛。此时，袁世凯派出的北军增援部队吴佩孚部已经兼程到达川南，北军兵强械精，对护国军形成较大压力。2月9日，泸州守军出城反攻，得吴佩孚部在外接应，护国军遂自泸州城外后撤，与北军在纳溪形成对峙局面。由于北军在实力上占有优势，护国军转攻为守，态势渐趋不利。据蔡锷所言，护国军出滇时约9000人，历经战役后所存不足5000人，其中义勇队近千人，“战斗力尤弱”，刘存厚部“临战则莫名一兵，近因我军大捷，不免见猎心喜，然欲其协同作战，似所难能，只能陈兵以张虚势”；“所最苦者，弹药未能如时到手，每难收战胜之效。老兵伤亡，无已练之兵补充，致战斗力因而日弱”。如此，则两军“旷日相持，敌能更番休息，我则夜以继日；敌则源源增加，我则后顾难继。言念前途，盍胜焦灼。“28日，蔡锷亲临前线，督队“举全力猛攻”。据他所称，“逆军阵线，已成锐角形，其正面尚依然未动。良以地形艰险，守易攻难。现决必继续猛攻，如能击溃，可望转危为安。”但经连日苦战，护国军“子弹不给，士气不扬，疲劳太甚”，前线将领多主“非暂退不足以全师，议节节防守，俟子弹续到，元气稍固，再行进取”。蔡锷虽“期期以为不可。退却之命，缮定不发者屡日。”但他“默察将士情状，其精神似甚颓丧”，兼以“各方面煎迫多端”，“遂不得不以退为进”，3月6日决定自纳溪后撤。此前，右路军戴戡部于3月1日自重庆南岸门户綦江后撤，左路军刘云峰部于3月2日退出叙州，讨袁军事暂时受挫。经过一番休整，3月中旬蔡锷统率部队再对泸州发动进攻。
与四川战事同时，北军马继增部在湖南西进湘西，企图先入黔后图滇，与护国第1军右路军东路司令王文华部在湘黔边境一带接战。护国军颇有斩获，2月6日占洪江，14日占芷江，17日占麻阳，29日马继增因担心无法以此向袁世凯交差而自杀。此后，周文炳督率北军反攻，于3月6日重占麻阳，随后复占洪江与芷江，王文华部则以分散的游击战法与北军相持。
护国第2军由李烈钧率领，辖张开儒的第一梯团和方声涛的第二梯团，本计划东出广西，再进广东。但广东巡按使兼陆军第1师师长龙觐光先行一步，早已在袁世凯的命令下督率部队入桂，分路大举进攻云南，与第2军迎头相遇。3月初，两军在滇东接战，第2军屡获胜利，克服滇东失守各地，继在黔军、桂军的配合下，于3月中旬包围龙觐光在桂西北的司令部所在地——百色，迫使龙于17日通电宣布辞去袁世凯所委云南查办使职。
自护国战争爆发到1916年3月中旬，护国军的进军有得有失。战事之初，护国军全线进军，攻城占地，声势颇振。后因军力占优势的北军的增援，护国军遭遇强敌，转攻为守，但防线得以保持，基本上与北军处于相持状态，而在局部战场仍有攻势。不过，军事形势的发展变化只是讨袁护国运动的一方面；在另一方面，讨袁战事爆发后的全国政治形势正在发生变化，讨袁护国阵营在不断壮大，西南边陲的贵州与广西率先响应云南举义，中华革命党也在各地发动讨袁武装起义，对袁世凯政权的稳定形成了强大的冲击。
首先响应云南独立的是贵州。贵州护军使刘显世早与蔡锷密为联系，准备与云南同时举义，宣布独立，“继以该省准备一切颇需时日，各省意存观望，甚至倡言立异；加以袁政府之虚声恫喝，龙建章（贵州巡按使）之暗中把持，心志为之沮丧，未敢同时宣布。然一切部署，仍着着进行。”云南宣布独立后，贵州各界议决“为身家计，为地方计，为国家前途计，皆非先由本省亟谋自立不可。群情一致，洵谋佥同。公推我公（刘显世）为贵州军都督，与各省联合一致。”“各界即举代表，共数百人赴护军使署，恳求承认。刘公再四思维，始从各界之请。谓袁项城舍总统而为天子，是以天下自私，反对者首在云南，我黔欲求治安而不得，以迭电中央，欲幸免兵祸而不能，今日诸公又以极大且重之责任加诸我辈军人，愿与父老昆季共生死。虽成败利钝不可预卜，但有一弹一刀，决不使其存在。"1916年1月27日，刘显世宣布“俯顺舆情，宣布独立”，以此“保守疆土，整备兵戎，以待联合各省义师，共诛独夫，巩固民国”。贵州独立后，刘显世自任都督，并派王文华率部加入护国第1军右路军，自黔东进攻湘西。贵州率先响应云南讨袁起义，为讨袁护国阵营平添重要助力。
继贵州之后，广西亦加入讨袁阵营。桂督陆荣廷本非与革命党一路，二次革命前后曾在广西卖力镇压革命党，又与袁的忠实拥护者、粤督龙济光结下儿女姻亲，通过龙济光，自然与袁又搭上了进一步的关系。但袁世凯始终有强烈的北洋团体派系意识，对非北洋系的官员，尤其是在地方当家的官员，总是不太放心。袁在称帝前，1915年7月派王祖同为广西巡按使，另调陆荣廷之子陆裕勋为总统府待卫武官，既在广西安插了自己的人马，就近监督，又在北京留下了人质，遥控钳制，袁的如此做法摆明其对陆荣廷不放心，也使陆深怀不满，但因为实力所限，此时的陆荣廷还不敢有所动作。时人所论：“帝制议起，公独守缄默，告病假两月。当时议者，多疑公为反对帝制之一人，及销假后，公一变态度，迭电北京，颇多鞠躬尽瘁语。”及至“滇中豪杰谋发难，派人说公，公极表赞同，但以财赋无可恃，请迟以待之，允予中立”。故云南独立后，陆荣廷明面上非但未予响应，而且连续发出通电，声讨云南“祸国殃民，天下所弃”，并称“迭进忠告，俱不采纳，经已整饬戎行，请伸天讨”。1916年1月18日，又通电明确否认广西独立传言，自称“绝非乱党所能煽惑”，并“吁请今上早登大位，声罪致讨”，暗中则预为准备，“不允北兵入境”，筹划饷械，征召兵员。2月18日，梁启超致电陆荣廷，以“敌焰太张，大局久悬未定”，如“得将军一举手、一投足，则天下之势，将有所判”；唐继尧亦致电陆荣廷，询以“究竟尊处发表当在何时？将来进行方略何似？急愿得闻其略”；言语间对陆荣廷迟迟未能发动有所质疑。3月7日，袁世凯任陆荣廷为贵州宣抚使，令其对“剿抚事宜，悉心筹画”。为免滇、黔之疑问，9日，陆致电唐继尧，表示愿“从滇黔义师后，共讨国贼”。15日，陆荣廷发表通电，责袁世凯“玩五族于掌股，希万世之帝王，此而可忍，宁谓有人？及今不图，其何能国？”宣示“誓除专制之余羞，重整共和之约法。除联合滇、黔声罪致讨外，敬告各省文武忠勇志士，协心戮力，诛彼民贼。”广西宣布加入讨袁阵营，使西南滇、黔、桂三省联为一体，改善了护国军的战场态势，也稳固了讨袁阵营的军心士气，袁世凯政府因此而陷入更大的危机之中。
当云南举义、护国军出动讨袁之际，一直坚持进行反袁武装斗争的中华革命党人也在各地积极发动讨袁武装起义。云南举义当日，1915年12月25日，孙中山得知消息后，即致电各地中华革命党支部及其领导人，急谋筹款发动，其后他又认为：“既有首难，则袁之信用已破。此后吾党当力图万全而后动，务期一动即握重要之势力。”关于中华革命党的起事方向，孙中山认为：“云、贵独立后，鄂、赣、苏、杭等处均准备发动，其中虽稍有拽破，然势力仍在，元气无伤。但长江一带，敌屯重兵，且有津浦、京汉两线运输之利，急与争衡，过费资力。刻下决注全力于粤省，旁及福建。闽、粤一下，与云贵打成一片，南方局势，已足自活，沿江各省，自然动摇。至于北方经营，现亦大有头绪，陕西革军，断难扑灭，而内蒙马贼，与乎宗社党徒，大足为吾党牵制，使北兵不能多数南下。南方军械补足，即图大举北发。”在孙中山的部署下，中华革命党在各地领导发动了一系列反袁武装起义。
1916年2月5日，朱执信率部分中华革命党人在广州近郊石湖发动起义，因遭龙济光派兵镇压而于9日后撤。3月7日，朱执信又率领部分中华革命党人占据“永固”号客轮，袭击北军“肇和”舰，并攻击黄埔岸边的陆上炮台，惜又因北军反击而未成功。2月18日，蔡济民发动驻守在湖北武昌南湖的马队和炮队起义，但未得他部响应，在王占元的镇压下失败。21日，杨王鹏等在湖南长沙发动起义，袭击湖南将军汤芗铭处所等处，因未得军队响应而失败。3月12日，湘西北永顺地方保安队和乡团武装在中华革命党人的运动下宣布起事，其后活跃于湘西北永顺、桑植、大庸等地。四川不少地区有中华革命党人发动的起义，1916年4月，散处四川各地的讨袁军合组中华革命军四川司令部，由石青阳出任司令。中华革命党还在山东组织了以吴大洲为司令的中华革命军山东司令部和以居正为总司令的中华革命军东北军司令部。两部开始军事行动的时间较晚，但取得的成果较大。1916年5月，吴大洲部占周村，居正部占潍县，这是中华革命党在护国战争期间取得的较为明显的军事胜利。但就护国战争的全过程而言，中华革命党在军事方面并不占据主要地位，他们所发动的基本上仍是规模不大的武装起义，且散发于各地，最后多被北洋军镇压，不能形成大规模发动的势头，也不能组成成建制的正规军队。这与中华革命党缺乏有国内根基的组成方式与活动方式有关，也与孙中山袭用辛亥革命前反清武装起义的经验有关。中华革命党发动武装起义的方式与结果，虽然牵制了袁世凯的兵力调动，支援与配合了护国军的军事行动，但无法在根本上威胁袁世凯的统治，反袁军事行动的主要承担者只能是参加讨袁的西南各省尤其是云南省的正规军队。因此，中华革命党虽然始终坚定不移地高举反袁旗帜，但在护国战争爆发后，却因种种原因游离于讨袁阵营的主流之外，基本上未能取得讨袁阵营的领导权。