云南首举讨袁义旗，对正沉浸在皇帝梦中的袁世凯是一大打击，但因云南地处偏远，实力有限，贵州、广西等西南各省又未在同一时间响应，云南举义起初显得有些势单力薄，故袁世凯对云南起事尚不以为然，以为用政治压力和军事镇压双管齐下的方法，不难在短期内平定云南事变。
1915年12月25日，在云南对袁世凯发出的最后通牒到期日，袁世凯没有直接回复，却由政事堂回电唐继尧与任可澄，以云南以前“两次来电，均吁请早定大位”；唐继尧又致两电，言“宗旨夙定，布置周密，但得生命不受危险，绝不至有变故发生”为由，回复唐、任称：“今据来电，语多离奇，事隔三日，背驰千里，本政事堂实不信贵处有此极端反复之电，想系他人捏造，未便转呈，请另具印文，亲笔签名，迅速寄京，以便核转。”次日又致电唐、任，逐条反驳云南通电各点，并称：“凡我爱国君子，当摒除私见，消灭意气，同心协力，共谋强固，纵有政见不同，尽可从容讨论，倘专逞私意，轻举妄动，是本无干涉而自招之，本无外侮而自启之，本无奇辱而自求之，倾覆国家，为虎作伥，天下后世，将谓之何？尤可异者，立限答复，率部待命，慢上藐法，服从全无，倘滇之军民相率效尤，官将何以驭下，变恐生于肘腋，明哲当不出此，请唐、任两公转示发电之人。”此两电对唐继尧领衔云南起事故作不知，却煞有介事地发电请唐转示通电之人，不过显示其掩耳盗铃之可笑而已。果然，当云南讨袁已广为天下周知，事无可瞒之时，袁世凯亦只能图穷而匕首见，祭出镇压之招术。12月29日，政事堂奉申令，以参政院奏称唐继尧等犯有“构中外之恶感”、“违背国民公意”、“诬蔑元首”罪，各省先后来电，咸称唐继尧等“通电煽乱，请加惩办”，对唐继尧、任可澄“均著即行褫职，并夺去本官及爵位、勋章，听候查办”；“蔡锷行踪诡秘，不知远嫌，应著褫职多官，并夺去勋位勋章，由该省地方官勒令来京，一并听候查办”。同日，任命滇军第1师师长张子贞暂代督理云南军务，第2师师长刘祖武代理云南巡按使。但张子贞与刘祖武未受官禄**，1916年元旦列名于云南军政界之讨袁檄文，袁世凯分化利诱云南地方官员的图谋未能实现。随后，袁世凯下令派曹锟为总司令，马继增为第一路司令，张敬尧为第二路司令，“督率各师，扼要进扎，听候调用”，其他“近滇各省将军、巡按使，一体严筹防剿，毋稍疏忽”。北洋军第6、7、8师等部先后南下，主力入川，与护国军交战，一部经湘西黔边对云南形成包围之势。袁世凯认为，以此则护国军“当不难指日**平”。
随着黔、桂两省先后加入讨袁阵营，袁世凯的称帝之举亦由虚假的“万民欢呼”而成真实的众矢之的，北洋军的军事讨伐行动又不能在短期内从根本上击败护国军，袁世凯显然面对着非同一般的军事、政治压力，其称帝步伐也开始明显放缓。1916年1月1日，民国国号由袁世凯下令更为“洪宪元年”，但登极大典却迟迟未能举行。虽然仍有一些邀功取宠之辈，如李纯、陆建章、龙济光、汤芗铭、张怀芝等出于个人名禄的考虑，请袁不顾反对，早登帝位。但在讨袁阵营的公开反对及镇压行动迟迟未竟全功的情况下，即便是早就想过皇帝瘾的袁世凯本人，似乎也不再有勇气遽登大位。1916年2月23日，袁世凯以政事堂奉申令的名义下令称：“现值滇、黔倡乱，惊扰闾阎，湘西、川南一带因寇至而**析离居者，耳不忍闻，痛念吾民，难安寝馈。加以奸人造言，无奇不有，以予救民救国之初心，转资争利争权之借口，遽正大位，何以自安，予意已决，必须从缓办理。凡我爱国之官吏士庶，当能相谅。此后凡有吁请早正大位各文电，均不许呈递。”袁世凯之所以如此，表面上是为“救国救民”，但实则出于心虚，表现出在各方反对下，他本人对帝制前途也没有多少把握。但他如此做法，并不能缓和社会各界对其称帝的反感与厌恶，更关键的是，袁世凯本来以为已经摆平的北洋派内部关系和对外关系均开始出现对其不利的重要变化。
对于袁世凯的称帝之举，虽然其周围有不少人贪图建立新朝之功以为己谋利而大力劝进，但在北洋派内部实际上是有不同意见的，尤其是袁手下的两员领兵大将段祺瑞和冯国璋出于种种考虑，对袁称帝态度消极，只是在对袁称帝的一派劝进气氛中，他们没有公开表示自己的意见，而袁世凯出于对自己一手创立的北洋派系领袖地位的自信，没有对段、冯刻意表示安抚，相反却将段弃置闲散，对冯也不说真话，更增加了段、冯两人的离心力。当云南发动讨袁、战场形势一时又处于胶着之际，北洋派的内部关系开始发生微妙的变化，袁世凯的声威在下降，段、冯等人的说话分量在增加，北洋派的内部裂痕与矛盾在扩大，而这对于亟图集中北洋军力镇压讨袁阵营的袁世凯是非常不利的。
段祺瑞离开陆军总长之任后，暂时韬光养晦，对于政治态度消极，以避袁世凯之猜忌，似乎在袭用当年袁为清廷开革后之故技。云南发动讨袁之后，袁世凯曾有意请段祺瑞出任援军总司令，领兵出征，但为其婉拒，实际表示了他的态度。段如此不给袁面子，袁也无可奈何。但段祺瑞身处京师，没有实权，在袁世凯的眼皮底下，尚不敢表示太过，只能等待时机；而身处江南、大权在握的冯国璋，则表示出较段远为积极的态度，与讨袁阵营各方自始即建立起某种关系，对袁表现出明显的异心。讨袁阵营方面体察到冯国璋态度的变化，也将其列为策反的重要对象。蔡锷在发动起义前，已将冯列为对讨袁“早已决心，业作准备”之列。袁世凯此时也对冯国璋不太放心，1915年12月18日任其为参谋总长，以明升暗降之举图削其兵权，这又进一步刺激了冯国璋的异心。对袁的任命，冯称病不接，同时与讨袁阵营加紧联系，准备在时机成熟时加入。随着讨袁阵营的扩大，袁世凯称帝则难以为继，冯国璋的态度更趋向于讨袁一方。1916年3月，他对唐继尧派出的联络人李宗黄明确表示赞同恢复共和，同时将联络长江各督联合表示态度，并实行军事中立。果然，3月21日，冯国璋即联合江西将军李纯、山东将军靳云鹏、浙江将军朱瑞、长江巡阅使张勋联名密电袁世凯（即“五将军密电”），要求取消帝制，以平滇、黔之气，给了袁重重一击。至于其他北洋派掌握省份的官员，态度亦多如此，在袁世凯得势时表示拥戴，当袁世凯显露败相时首鼠两端，及至袁世凯败局已定时则义无反顾，所谓“墙倒众人推”是也。总之，原本状似稳固的北洋派，在袁世凯称帝触动各方利益格局、引发众多反对的情况下，内部关系发生明显变化，不少部将对袁世凯离心离德，袁渐渐失去了掌控团体与局势的能力。
袁世凯称帝面对的外部关系也发生了不利于袁的重要变化。以当时中国所处的弱势地位，如果没有列强的支持，袁世凯称帝即无底气，而由于欧美列强正陷身于世界大战，故中国的近邻日本对袁世凯称帝的态度最为关键。在“二十一条”谈判期间，为诱使袁世凯同意日本的条件，日本曾经有意无意作出不反对袁称帝的暗示，其实这不过是日本的外交谈判策略，不能当真。可叹的是袁世凯的帝制梦使其利令智昏，误以为能得到日本的支持，可是正当其加紧操办恢复帝制时，自诩“与中国利害关系重大”的日本，担心袁称帝将使中国政局不稳，而“不能不深虑之”。为了在中国攫取更大的利益，日本遂明确表态不支持帝制。1915年10月28日，以日本为主，联合英国与俄国（10月30日法国参加，11月12日意大利参加），向袁世凯提出劝告称：“中国组织帝制，虽外观似全国无大反对……而详察中国之实状，觉此种外观仅属皮毛而非实际，此乃无可讳饰者也。反对暗潮之烈，远出人意料之外，不靖之情，刻方蔓延全国。……若总统骤立帝制，则国人反对之气志将立即促起变乱，而中国将复陷于重大危险之境，此固意中事也。……若中国发生乱事，不仅为中国之大不幸，且在中国有重大关系之各国，亦将受直接间接不可计量之危害……甚望中华民国大总统听此忠告，顾念大局而行此展缓改变国体之良计，以防不幸乱祸之发作。”日本的举动完全出乎袁世凯的意料，使其措手不及，但因其称帝正在势头上，故帝制运动并未因日本等国的表态而停止，只是在11月1日答复称：“中国帝制之主张，历时已久……如专力压制，不独违拂民意，诚恐于治安大有妨碍，政府不敢负此重责，惟有尊重民意……倘因国是迁延不决酿成事端，本国人固不免受害，即各友邦侨民亦难免恐慌。……现在各省均加意防范，凡中国法权不到之处，尚望各友邦始终协力取缔，即该乱人等亦必无发生乱事之余地矣。”但日本并未就此罢手，其后连连对袁世凯发出进一步的警告，袁此时虽已感到列强的压力，但遽然停止实不甘心，因此又告各国使节，其实行帝制为“民意”，“必须筹办”，但将择合宜时间举行大典，以此平息各国之担心与反对。
1915年12月12日，袁世凯接受帝位，而列强则并未接受此事实。15日，日、英、俄、法、意五国公使向袁世凯再次提出联合劝告，声明“对于将来形势如何转移，仍旧持其静观厥后之态度”。10天之后，云南发动讨袁举义，印证了日本对袁世凯称帝将造成政局不稳的担忧，日本当局对袁称帝的反对态度从此更为明朗，日本民间舆论的反袁态度更为积极，甚至有论谓：“中国此次动乱之责任，全在袁政府之秕政。吾人认为各省为了诛除袁世凯之僭窃帝位而举兵，乃中国国民之正当行动，务期尽速迫袁引咎而退。“1916年1月，袁世凯派财政总长周自齐赴日，明为庆贺日本大正天皇加冕，暗则有意寻求日本对其称帝的支持。日本政府“初甚欢迎，声明待以国宾之礼”，但等行期将近，15日“忽声称该国皇室有不便，请缓行期”。19日，日本政府内阁会议通过声明，警告袁政府不得忽视南方的动乱而实现帝制。21日，日本外相石井会见中国驻日公使陆宗舆，“严词警告中国政府，延缓帝制。如不听，则出自由行动，派驻中国要地。一面认云南为交战团体，一面宣告中国现政府妨害东亚和平。”随后，日本根据中国国内形势的发展，又在3月7日由内阁通过决议，决定等待一最适当时机，承认“南军”为“交战团体”；日本民间帮助反袁活动者，日政府虽不公开奖励，但予以默认。日本此举对袁世凯可谓釜底抽薪，而且充分暴露出其唯恐中国不乱，同时利用中国内部政局变化图谋扩大日本在华利益之用心。与此同时，日本各派政治势力纷纷插手中国政治，对反袁各派或提供款项，或派出顾问，或予以其他支持，直接、间接均不利于袁世凯继续维持其统治。
帝制运动进行至此，袁世凯面对各方的强烈反对，颇有骑虎难下、难以为继之感。除了西南已经举起反袁义旗、列强对袁世凯称帝不予支持外，其称帝在国内所遇之阻力，如论者所谓主要有三点：（1）财政困难。袁世凯政府耗于筹措帝制之费，保守估计约为6000万元，其来源则在借款、中交两行本金、救国储金及各项税款。云、贵义起后，军需浩繁，而向美、日筹借款项均未成功，财政面临枯竭。（2）部属疏离。帝制议起后，夙为世凯亲信者如段祺瑞不表附和，冯国璋等则持违拗态度，滇黔桂三省既已先后独立，诉诸武力，而陈宧、汤芗铭等亦揭反袁旗帜；其他部属或以言谏，或以身退，袁氏渐有“独夫”之感。3月21日，五将军复以密电要求撤销帝制，情势所迫，别无选择。（3）舆论抨击。帝制之议初起时，劝进文电屡见，持异见者亦不乏其人。云、贵起义后，反帝制之言论及劝其退位之文来势汹汹，如《中华新报》《民国日报》《益世报》等持论迫使其不得不急流勇退。
在帝制运动面临进退两难的困局之际，1916年3月15日广西宣布独立，讨袁阵营声势日壮，“袁世凯因内外交迫，即与部属研讨应付之方，朱启钤、梁士诒表示反对取消帝制，认为一旦撤销，威信俱失，且地位亦难望保留”。17日，袁世凯召梁士诒见面，以“形势日蹙，顿萌悔意”，商讨撤销帝制事，梁虽不以为然，但袁告：“事已至此，吾意决矣！”决定分步骤撤销帝制，由徐世昌与段祺瑞分掌中央政治与军事，冯国璋负责中原军事，陈宧与护国军谈判言和，梁士诒以私人情谊请梁启超疏通西南，再请康有为劝梁启超罢手。袁还故作清白地表示：“倘有法能令国家安定，吾无论牺牲之何地步，均无不可者。"21日，袁世凯召集国务卿及各部总长开会，赋闲在家的徐世昌与段祺瑞亦到会，正式决定取消帝制，并任徐世昌为国务卿。22日，政事堂发出袁世凯之申令，百般为自己辩解称：民国肇建，“忧国之士，怵于祸至之无日，多主恢复帝制，以绝争端而策久安。癸丑以来，言不绝耳，予屡加呵斥，至为严峻。自上年时异势殊，几不可遏……予更无讨论之余地。……当随民意为从违，责备弥严，已至无可诿避，始以筹备为词，藉塞众望，并未实行。及滇、黔变故，明令决计从缓，凡劝进之文，均不许呈递。……乃国民代表既不谅其辞让之诚，而一部分之人心，又疑为权利思想……予实不德之人，何尤苦我生灵，劳我将士，以致群情惶惑，商业凋零。”申令明文称：“著将上年十二月十二日承认帝位之案，即行撤销，由政事堂将各省、区推戴书一律发还参政院代行立法院，转发销毁，所有筹备事宜，立即停止。”次日废止洪宪年号，仍以中华民国五年行之，并任段祺瑞为参谋总长。至此，一心想当皇帝的袁世凯在兴高采烈地接受帝位之后，又于形格势禁之中万般无奈地撤销帝制，从1916年1月1日改元洪宪到3月23日废止，袁世凯的皇帝梦总共做了83天，皇帝的威仪做派，对袁而言真正是春梦一场。
袁世凯被迫取消帝制，是护国战争和讨袁阵营的重大胜利，但袁世凯的皇帝梦破灭了，权力欲却依旧，他在下令撤销帝制的申令中，除反复辩白，将实行帝制归因于“民意”外，还恬言称：“今承认之案，业已撤销，如有扰乱地方，自贻口实，则祸福皆由自召，本大总统本有统治全国之责，亦不能坐视沦胥而不顾。”于此一笔点出自己大总统的身份，企图仍旧把持大位。故袁取消帝制后的国内政治形势并未立见缓和，袁世凯的地位问题成为南北双方矛盾的焦点。
3月30日，北京政事堂和统率办事处致电护国军将领蔡锷、唐继尧、陆荣廷、刘显世，先是大言不惭地声称：“帝制发生，实非元首本意，当日群言蜂起，元首尚认为不合时宜，乃中外有力之人，群相推戴，诸公亦同在赞成之列，勉强承认并未正位。滇省发难，致动干戈，元首既有罪己之文，吾辈亦负罔上之责，即诸君以为共和不宜改变，初亦可直言无隐，弭祸无形。迨事发而舒之以兵，已伤国家元气。”继又悲天悯人地表示：“大总统不忍生民之祸，且深体诸君维护共和之忱，下令撤销，痛自引咎。在诸君目的已达，帝制永无复活之期。而外顾民生，渔利纷乘，哀鸿遍野，阋墙御侮，正在此时。若以爱国始，而以祸国终，诸君明达，当不其然。务望诸君罢兵息民，恢复元气。”袁企图继续赖在大总统之位的用意自为讨袁阵营方面所知。梁启超认为：“袁氏图帝不成，乃欲更保总统，反复无耻，至于此极。威信坠地，中外共弃，岂复能有统治国家之力。”如不于此时逼其退位，则“必将衔恨报复，权既复归于彼，势且听其鱼肉”，因此坚持其必须下台。梁的看法成为讨袁阵营方面的共识。3月31日，蔡锷在致梁电中认为：“袁逆以兵事失败，外交逼紧，财政困穷，人心鼎沸，不得已而取消帝制，以为目前缓和人心，将来复可卷土重来之计。吾侪亟宜趁此时联络各省，迫袁退位，照约法以副总统摄职，仍召集国会行正式选举。”唐继尧、刘显世、陆荣廷等亦表赞成。此时南方已不再承认袁大总统地位的合法性，不再与袁直接打交道。4月2日，蔡锷径电黎元洪、徐世昌和段祺瑞：“祸源不清，乱终靡已。默察全国形势，人民心理尚未能为项城曲谅。凛已往之玄黄乍变，虑日后之覆雨翻云。已失之人心难复，既堕之威信难挽。”明言要袁“洁身引退”。18日，由唐继尧领衔，护国军领袖以军政府名义发表一、二号宣言，认“袁世凯谋叛罪之成立既已昭然，即将帝制撤销，已成之罪固在”；宣言袁世凯“自民国四年十二月十三日下令称帝以后，所有民国大总统之资格，当然消灭”；“所遗未满之任期当然由副总统继任”，“恭承现任副总统黎公元洪为中华民国大总统”。中华革命党和欧事研究会方面也强烈反对袁世凯保留总统地位。4月15日，黄兴发表通电，宣示其“不去袁逆，国难无已，望力阻调停，免贻后累”的主张；5月9日，孙中山发表《讨袁宣言》，责“袁氏今日，势已穷蹙，而犹徘徊观望，不肯自归于司败，此固由其素性贪利怙权，至死不悟”；提出“今日为众谋救国之日，决非群雄逐鹿之时，故除以武力取彼凶残外，凡百可本之约法以为解决”。但由于护国战争主要是由进步党人推动西南地方而发动，因此已经起事的滇、黔、桂三省仍然为讨袁阵营的主力，他们一方面继续推动其他各省加入讨袁阵营，壮大讨袁力量；另一方面也在筹备成立某种形式的联合政务机构，以使讨袁阵营形成统一领导，用一个声音对外发言；总的目标是逼袁世凯退位下台，另组中央政府。
广东和浙江的独立是袁世凯取消帝制后讨袁阵营方面所获之重要成果。陆荣廷宣布广西独立后，为了保证广西的安全，并向广东扩张自己的势力，一直在考虑如何将广东将军龙济光拉入讨袁阵营。他一方面利用在自己手中的龙觐光劝说其兄龙济光，一方面摆出如果广东不从则难免一战的态势。已经宣布独立的滇、黔两省主事者唐继尧和刘显世，讨袁阵营的“军师”梁启超，以及龙济光任前清广西提督时的上司、前清两广总督岑春煊等，也在努力说动龙济光加入讨袁。龙济光本非北洋出身，因效忠袁世凯而受重用，但这种效忠并非一成不变，随着袁绝对威权地位的下降，龙济光对袁的效忠也在变化，何况中华革命党在广东发动的讨袁起义也在威胁着龙济光的地位，3月底潮汕驻军已宣布独立。龙济光于内外交困中，被迫于4月6日宣布广东独立，并自任都督。
继广东之后，浙江亦实行独立。革命党人在浙江军队中颇有势力，袁世凯称帝之后，革命党人在浙江军队中积极活动反袁，浙军中的理想正义之士亦起而呼应，形成了浙军中的反袁潮流。1916年4月12日，王文庆等运动浙军起义，浙江将军朱瑞望风而逃，巡按使屈映光在军、绅、商各界的推举下，以兼浙军总司令名义下令维持秩序，但并未正式宣布独立。袁世凯因于14日加屈映光将军衔兼署督理浙江军务。浙军中的革命党人对此种维持秩序的“独立”颇为不满，5月6日推出嘉湖镇守使吕公望为浙江都督，浙江正式宣布独立。粤、浙先后宣布独立，讨袁阵营的势力范围自西南一隅向华南、东南重地扩展，袁世凯的日子更难过了。
与讨袁阵营扩大的同时，如何组建统一的领导机构与袁世凯政府相抗衡，也在讨袁阵营一方紧锣密鼓地酝酿之中。
云南发动讨袁战争之初，目标主要在反对袁世凯称帝的“护国”，并没有特别明确的政治计划。1915年12月31日，唐继尧、蔡锷等在讨袁通电中提出戮力拥护共和、划定中央地方权限、建设名实相符之立宪政府、以诚意巩固邦交等四项主张，至于具体如何进行则未见规划。随着加入讨袁省份的增多，讨袁阵营一方组建统一领导机构、规划统一政治方略的迫切性因此而凸显，而且由于袁世凯取消帝制后，仍不愿退位下台，也使讨袁阵营需要以统一的声音对外发言，显示自己的力量，表明自己的主张。加以讨袁阵营的主要军师梁启超对规划政治有强烈的愿望，眼见这是实现自己理想的好机会，自然不愿轻易放弃。讨袁战事发生后，梁启超在上海不断与西南及反袁各方联络，1916年3月，他在赴桂途中又与各方商讨，决定首先拥黎元洪为袁世凯退位后的国家元首，同时“速谋发展实力，至少须以先达扬子江流域为第一步，俾南方位置日益巩固，然后居间转移之，段（祺瑞）、冯（国璋）始有所恃，以与袁氏周旋”。随后，梁启超又起草了拟成立的军政府宣言、布告、条例和致黎元洪电、致公使团电等文件，并派人征求唐继尧和陆荣廷的意见。唐继尧复函表示：“组织军务院条例诚为过渡时代不二办法，均可照行；所尚待研究者，地与人之问题耳。现在成、渝未下，我之范围只滇黔桂三省，究以何者为合宜？抚军长一职，究推何人为适当？同人几经研究，均尚未得正确之解决。仍恳先生与干公（陆荣廷）切商提出，再征求各方面意见，方能确定。”
梁启超的政治规划为讨袁阵营所接受，而出于政治影响与交通联络等方面的因素考虑，未来的政治机构以设在广东最为理想，但此时在广东内部，因为龙济光与民军的冲突，形势不稳，龙济光亦不愿因此政治机构的设立而影响自己对广东的统治。梁启超只好退而求其次，提议先设立两广护国军都司令部，以岑春煊为司令，先将粤、桂两省的军政事务统辖于司令部之下。因岑春煊的资历及其在前清年间与龙济光的上下级关系，龙不方便表示异议，但仍未同意将司令部设在省城广州。1916年5月1日，两广护国军都司令部在广东肇庆成立，梁启超出任参谋，章士钊为秘书长。护国军方面的跨省级政治机构由此产生，其职权进一步扩大至西南独立各省亦顺理成章。5月7日，在梁启超的筹划之下，已经独立的滇、黔、桂、粤四省都督以护国军军政府的名义宣布：“暂设一军务院，直隶大总统，指挥全国军事，筹办善后庶政。院置抚军若干人，用合议制裁决庶政。其对外交涉，对内命令，皆以本院名义行之。俟国务院成立时，本院即当裁撤。”《军务院组织条例》规定，抚军以各省都督或护理都督，两省以上联合军都司令，都参谋，及各独立省确已成军有两师以上之军总司令任之；凡新取得前项资格者，同时取得抚军资格；军务院由抚军互选抚军长、副长各一人，置政务委员会，分掌各项政务，置各省代表会，由各省都督派两员出席，以备咨询。至于军务院抚军长人选，因唐继尧有意于此，而“以滇省首义之勋劳，自非蓂公（唐继尧）莫属，黔、桂、粤当无异辞。惟为交通计，其地点似不能不在粤。蓂公既不能来粤，拟增设副长摄职，推西林（岑春煊）任之。"8日，军务院在肇庆成立，唐继尧任抚军长，岑春煊任副长代摄抚军长，刘显世、陆荣廷、龙济光、梁启超、蔡锷、李烈钧、陈炳焜、吕公望任委员（后又增补罗佩金与戴戡），梁启超任政务委员会委员长。从军务院的人员组成看，可知其基本是在进步党人影响下、由西南地方军人控制的权力机构。军务院最主要之诉求，除要求袁世凯下台外，即为恢复国会和约法，宣布“此次举义之真精神，一言蔽之曰：拥护国法而已。国会既为约法上最主要之机关，且为一分法律所从出，若不速事规复，则庶政安所推行。为此，通告各省国会议长诸君，迅速筹其开会秩序及地点，俾一切问题得以解决，各种法定机关得以成立。”“护法”由此而成为护国军的政治纲领。
军务院的成立，在讨袁阵营方面而言，有了统一的领导机构，希望以此“内部自能统一巩固，迅图发展”，“四省以实力盾其后，外交从旁赞助，可集大勋”。军务院的实际权力基本掌握在进步党人和西南地方军人手中，其中以唐继尧、陆荣廷为其实力中心，梁启超为其政治谋划，岑春煊为其对外代表，坚决反袁的中华革命党人则因种种原因而被排除在军务院组织之外。因此，军务院在讨袁阵营的代表性方面有所欠缺，但其成立表明讨袁阵营“非去袁不可”的决心，使袁世凯失去了政治上的回旋余地。正因为如此，孙中山并不因中华革命党人在军务院中无人代表为忤，而是表示“约法者，民国开创时国民真意之所发表，而实赖前此优秀之士，出无量代价以购得之者也。文与袁氏，无私人之怨，违反约法，是愿与国民共弃之。与独立诸省及反袁诸君子，无私人之惠，尊重约法，则愿与国民共助之。”孙中山与军务院都强调了约法的重要性，在他们看来，所谓“约法”当然是民国元年南京临时政府颁布的《中华民国临时约法》（又称“民元约法”），但因他们在各种声明中并未明言及此，而袁世凯统治时期还颁有袁记“约法”，从而为推倒袁世凯后的南北“约法”之争埋下了伏笔。
护国军军务院的成立，对企图继续赖在大总统之位的袁世凯而言，实在不是个好消息，而对袁世凯来说更糟的是，他即便企图继续与护国军对抗，但随着形势的变化，他也渐渐失去了这样做的本钱，因为北洋派内部的裂痕和矛盾正随着外部形势的变化而继续扩大与发展，忽喇喇如大厦倾，袁世凯不得不面对早先他根本没有想到的众叛亲离的局面。
袁世凯手下的两员实力派领兵大将——段祺瑞和冯国璋自始即对袁称帝态度消极。俟袁宣布取消帝制后，两人听任袁下台以为己谋利的态度更趋公开，令袁大为恼怒，然时移势易，袁此时不仅不能惩处段、冯，相反还得尽力羁縻，求他们继续为其卖命，以保住其大总统之位。
因为讨袁阵营拒绝与袁世凯打交道，而段祺瑞因其对袁称帝的消极态度而为讨袁阵营所看重，袁世凯想搬出段祺瑞担任国务卿，取代无能为力的徐世昌，与护国军谈和。但段祺瑞却效袁辛亥年之故技，提出须将政事堂改为责任内阁制，他方可接任，以此攫权之心一目了然。袁于无可奈何中只能于1916年4月21日下令“委任国务卿总理国务，组织政府，各部总长皆为国务员，同负责任，树责任内阁之先声，为改良政治之初步”。22日任段祺瑞为国务卿，组成责任内阁（5月8日，复改政事堂为国务院，国务卿复称“国务总理”）。段祺瑞上台后，“即电致南方，谓责任内阁已成，名为总统，实则虚位，请派代表来京，与祺瑞等直接媾商，俾得早日解决，存亡关头，在此一举。又以南方疑于内阁组织，更电晰五事：（一）确系过渡性质，非军枢性质；（二）对各方面均负责，非专对总统负责；（三）既负完全责任，即有特别政权，并不受总统及他方面牵掣；（四）并非抛弃国会，为国会未能仓促成立；（五）南方要人不肯来京，因暂由在京人员遴选。”段祺瑞的打算是通过与南方谈判，既逼退袁世凯，又使自己接掌北京政府。他与讨袁阵营在逼退袁世凯方面目标一致，但对袁退后的建政目标并非一致，只是当时因为逼退袁世凯的共同目标尚未达成，双方的分歧亦未显露。不过，久经宦海的袁世凯对段祺瑞当然不会完全放手，即便在实行了责任内阁制后，袁世凯始终把持军权，“无意于退，初以为借段之力，可以媾和，继见南军坚持退位，不为段转移，而段又颇赞成之，对于军权转移，多方搪塞，所请三机关（总统府机要局、统率办事处、军政执法处）之裁撤，终未实行，且暗嘱梁士诒以掣其肘”。同时“密令前敌各路备战，仍继续募兵”。在袁世凯的钳制下，段祺瑞一时不能大展身手。
身处江南重地的冯国璋一直与讨袁阵营有联系，与袁世凯已是貌合神离。1916年4月12日，进步党人孙洪伊在致冯国璋函中为其分析形势为：“南方全局大形活跃，即北方亦渐呈摇动之象。袁氏计穷力竭，决不能收拾已去之人心，退位之说只有时日问题，万无挽回之望，稍明大势者，皆能了然。”因此孙洪伊向冯国璋建议：“目前事机已熟，公必有正当之表示，而后足以慰一般之舆情。且民国再造，万机待理，必有适当之地方而后足以处置全国之事，以公所负责任与南京所处地位，皆今日举国之人所属望所殷者，公有一举动，则长江流域皆将闻风响应，而国家大事举付托于麾下，以决从违。”此函对形势的分析和对冯地位之恭维，颇能打动冯心。16日，冯国璋在致袁世凯电中，即请其“推让治权，开诚布公，昭告中外。对于未变各省者，不必抽派军队，致启嫌疑。前敌战事已停，亦宜规划收缩，毋庸加增兵备。”冯致袁电尚有所隐晦，但他在同日致段祺瑞、徐世昌电中则直言不讳地说：“帝制发生，未及数月，以致舆论大变。从前原案，虽亦撤销，初无裨于毫末，岂群情趋向，转移无常，实缘威信既堕，人心已涣，纵挟万钧之力，难为驷马之追。”他抱怨袁世凯对其“因间生疏，因疑生忌。倚若心腹，而密勿不尽与闻，责以事功，而举动复多掣肘……亦恐应者无人，则大总统孤立寡援，来日殊不堪设想。"25日，冯又在致各省将军电中明白表示，“首在与各省联络，结成团体”；“总期扩充实力，责任同肩，对于四省（滇、黔、桂、粤）与中央，可以左右为轻重”。“我辈操纵有资，谈判或易就绪。若四省仍显违众论，自当视同公敌，经营力征；政府如有异同，亦当一致争持，不少改易，似此按层进步，现状或可望转机。”此电将冯国璋企图以其特殊地位而在南北之间拥兵自重、左右逢源、图谋其利的心态表露无遗。果不其然，28日冯致电唐继尧等，表示已请黎元洪、徐世昌、段祺瑞、王士珍代陈袁世凯：“请敝屣尊荣，早作退计。一面电致未独立之各省将军，预备联名入告，共任调停。”适应了讨袁阵营的要求。随后他又在5月1日提出八项主张，其中关于南北相争焦点之袁世凯地位问题，提出：“大总统固已失其地位，副总统名义，亦当同归消灭”；“今舍去大总统而以副总统行使职权，牵入约法条文，殊于事实不合。不如根据清室交付原案，承认袁大总统对于民国应暂负维持责任……一面迅筹国会锐进办法，提前召集……未来之大总统可以依法产出，而实行内阁制，组织新政府，皆得次第建设。”冯国璋以此敷衍了袁世凯的要求。可这还不足以彰显冯国璋之重要地位并实现其谋权心思。5月6日，冯国璋到徐州，与“辫帅”张勋及长江巡阅副使倪嗣冲相商，决定请未独立之15省派代表到南京集议，“共图进止”，明白摆出其盟主姿态。
5月18日，由冯国璋主持的未独立各省代表会议在南京开场。由于冯国璋主张“准袁满任”，故袁“喜冯氏之助己也”，为了保住自己的大总统权位，会前特许冯特权三端：（1）和局之解决，准其有自由断决之权；（2）政府关于和局提出之议案，准其有酌核之权；（3）和局不成，倘出以决裂，准其有参与重要军政之权。但会议的结果却不完全似袁世凯之预期。在第一天的会议上，首先发言的山东、湖南、山西代表均主袁退位，“各代表相继和之，主退位者占多数”。冯国璋以“此条关系重大，未可冒昧表决，宣告散会”。当晚，保袁派倪嗣冲亲率卫队三营至宁，并在第二天的会议上发言，反对操之过急，主张徐图补救，依法律手续和平嬗递。直隶与张勋的代表随后发言附和倪之意见。而山东代表仍然反对，其他代表则有“变作模棱两可之语”者，“甚有昨日主张退位者，今日忽主张不退位”。第三天的会议，湖北、湖南、山东代表仍“主张袁速退位，以保治安，其他代表无言”。冯国璋最后“谓总统本应退位，惟宜向国会辞职，本会碍难建议”，算是结束了在这个问题上的争执。22日，会议在冯国璋主导下通过致独立各省电，以“总统问题，关系国家存亡，既非五省片面所能主张，亦未便以十五省之心理为依据，亟宜研究妥善办法，以救危亡”；提出以南京为集议地点，双方各派代表，“公同研究，议决实行。”但独立各省对冯的主张不“领情”，张勋则电责会议“受人摆弄，暗中串合，故与南方诸省同其声调”。冯国璋本企图在两方面得利，但实际却是两面不讨好，只能在30日宣布结束会议，同时继续与护国军方面保持联络，寻觅迫袁退位之方。
袁世凯本对冯国璋召集的会议抱有期望，结果却使其非常不满。他在私下里对与段祺瑞、冯国璋并列为“北洋三杰”的王士珍说了心里话：“今日大事破坏，皆我自己失计。……滇、黔反侧，远在边地，尚非紧要，浙、粤之变，余亦另有把握，冯乃我手下最有力量之人，彼竟公然宣布叛言，遂是各省皆为摇动，大事益为棘手，令予进退维谷。”但此时的袁世凯自认为还不到濒于绝境之时，他手中仍有武装本钱，对段祺瑞、冯国璋的“背主”之举亦筹有对付之计，故他亦告王士珍：“至退位之法，予筹之已熟，即求优待条件，亦甚易易，但由冯、段等挟持而退，或挟持而留，人必以魏晋故事相讥笑，予岂肯为之？此次南京会议，明为北方势力，实不啻由予手中攘夺大柄，其结果予早洞悉，曾筹有对付彼二人之计。最可笑者，冯国璋以南京为负固之地，添兵于前，调兵于后，纵令南京成为金城汤池，总不能以南京为都城，余终不令冯坐享成功，届时离去南京，猛虎失势，为力无几，即令不然，段、冯二人亦必堕其信用，无发言价值，况财政一端，亦足制彼等死命乎！”
然而，就在袁世凯仍以为自己有本钱与独立各省周旋之际，陕西、四川、湖南等他自认为对其绝对效忠省份的独立举动给了他一次又一次的打击，整个政治局势实有急转直下之势。
陕西将军陆建章对袁世凯一向“忠心耿耿”，南方讨袁起义发动后，陕西在革命党人运动下，民军蜂起，陆建章的镇压举动未收效果。5月9日，陕南镇守使陈树藩宣布独立，自任护国军总司令，联合民军准备进攻西安。在各方强大压力下，陆建章无力抵抗，只能与陈树藩言和，交出陕西权柄。16日，陈树藩进入西安，出任陕西都督，陆建章被礼送出境。
如果说陕西独立是陆建章迫于无奈而交权，那么其后四川、湖南的主动独立更使袁世凯气恼不已。四川将军陈宧本任参谋次长兼袁世凯的军事核心机构——统率办事处办事员。1915年3月，陈奉命带兵入川，以加强北洋军对西南的控制，表明袁世凯对其信任有加。护国战争爆发后，护国军入川作战，陈宧独当其冲，虽然在北洋援军的支持下，交战双方的战线得以稳定，但陈宧仍然感到护国军的强大压力。随着全国讨袁阵营的扩大和政治形势的变化，陈宧对袁世凯的忠诚度显然在动摇。1916年3月袁世凯被迫取消帝制后，陈宧随即在3月30日向护国军方面提出停战议和建议，并称其“意在倒袁行联邦制，而举冯（国璋）、段（祺瑞）、徐（世昌）为总统，并谓已派人联络湘、鄂、赣三省，已得赞同”。31日蔡锷复电陈宧，同意停战一星期，因为北洋军对护国军仍有优势，护国军“非得新援及将器械、人员弹药补充完满，决难移转攻势”。此次停战期满后经两次延长各一月并扩大范围至湖南，实际上护国军与北洋军自此以后便基本未发生战事。与此同时，陈宧提出其议和条件，“最要之件为须仍一致承认今大总统”，而讨袁阵营方面对此绝难同意，如梁启超所言，“袁不退，对京无调停余地”，双方和议没有结果。尽管如此，护国军方面一直没有放弃劝说陈宧独立的计划，并通过陈属下的旅长冯玉祥、伍祥祯等“迫陈宣告独立”。此时，政治形势的变化已经明显不利于袁世凯，陈宧的心思始有变化，在内外压力之下，态度明显动摇。5月3日，陈宧致电袁世凯，告其在与护国军方面议和时“争执主要之点，欲得钧座退位。使此退位之说仅出于首事诸人一部分之口，则转圜犹易为力，乃首事诸人如是云云，主持清议诸人复如是云云，甚至举国人之心理亦如是云云，于此可察大势之已去，人心则已失，虽有大力者，亦不能逆天以挽之矣。”因此，陈宧向袁建议，“退而兵罢，兵罢而国安”，同时保证“应如何优待条件，宧与各省疆吏亦必力争以报”；否则，“若再迁延时日，则分崩离析之祸今已见端，后患之来，则宧之所不忍言者”。陈宧此电通报北京及各省后，袁虽表示“实获我心”，但迟迟不见付诸实施，而四川省内外“迫陈独立甚急”，陈“以各方面之种种胁迫，使之不得不发”。22日，陈宧被迫发布《独立文告》称：“本都督前曾一再电请袁大总统退位……乃迁延至今，迄未得明确之答复，是袁氏不念川民之疚苦，且先自绝于川。本都督因民之不忍，不能不代表川人与袁氏告绝，于二十二日通电京外，正式宣布与北京袁政府断绝关系，袁氏未退位以前，以政府名分处分川事者，川省皆视为无效。”
继四川独立给袁世凯重大打击后，湖南的独立又给了袁致命一击。与陈宧相似，湖南将军汤芗铭也曾是袁世凯的忠实拥护者。袁被迫取消帝制后，汤还在1916年4月4日发表通电称：“资格信望足以包举全国者，今大总统外更无第二人。尊重其固有地位，正所以维持国家。”声称如护国军方面“不顾国家之存亡，不顾人民之痛苦，固执己见，妄肆要求，则匹夫有兴亡之责，军人凛服从之义，誓当激励所部，以备前驱，决不任彼辈之毒也而祸国也”。但在迅速演进的讨袁政治形势中，湖南的形势亦在变化，各地纷纷声明独立，即便是湖南派往南京参加冯国璋主持的未独立15省会议的代表也在会上公开主张袁退位，汤芗铭实已难照原样统治湖南。他的态度随之有了明显变化，并通过其兄、进步党首领汤化龙，与讨袁阵营搭上了关系。29日，汤芗铭发布《独立布告》，声明“鉴于时势之必要，于本日脱离袁政府宣布独立”。同日发出致袁世凯电，声称：“芗铭虽有知遇私情，不能忘国家之大义。前经尽情忠告，电请退位息争，既充耳而不闻，弥拊心而滋痛。大局累卵，安能长此依违？将士同胞，实已义无反顾。但使有穷途之悔悟，正不为萁豆相煎。如必举全国而牺牲，惟有以干戈相见。”
如果说西南各省的独立起事或多或少还可为袁世凯所预计，那么一向对袁唯命是从的陈宧和汤芗铭的“背叛”，则给了袁非常大的打击。据称，袁世凯收到陈宧独立电后，“阅后半日，未出一言。由是则发显病情两次”。而当汤芗铭独立电到后，袁“大失常态，面带愁容”。故时人以“二陈汤”（陈树藩、陈宧、汤芗铭）形容陕西、四川、湖南独立对袁的打击或有可信之处。实际上，在湖南独立不到10天之后，袁世凯即因此气恼而致怒火攻心，忧惧而亡。
图谋称帝之际的袁世凯尚不到60岁，又有良好的生活、医疗条件，平时并未显露出体弱多病的征兆。但自宣布称帝后，西南起事，列强警告，所谓“内忧外患”纷至沓来，袁的心思沉重，且终日伏案处理各种要务，不堪辛苦而又高处不胜寒，无亲近可言之，内心郁闷无法排解，健康状况自然下滑。及至被迫取消帝制后，本以为尚可继续维持总统之尊，岂料讨袁阵营不依不饶，非使其退位不可，原本为其亲信的官员人等，见其大势已去，亦纷纷自寻出路，背其而去，使其切身感受到孤家寡人之世态炎凉，精神上更受打击。加之其家庭内部，因立谁为“太子”和给谁以“妃”、“嫔”名义而致兄弟反目、众妾争风，更加重了袁的精神负担。自其决定取消帝制后，袁世凯的体力与精力开始明显不济，“大约即受肝疾”。随着讨袁阵营的壮大，形势日渐对其继续维持总统地位不利，袁的病情亦迅速发展恶化。5月中旬以后，他的体力已经衰弱到无法外出，只能在住处办公、会客，强撑病体，维持着局面。其后冯国璋召集的南京会议“未即如愿，不无忧闷”。其后汤芗铭宣布独立，“词多不驯，愤急兼甚”；陈宧宣布独立后，“实则病重矣”。但即便如此，他仍然不愿放弃自己的权力。5月29日，袁世凯以大总统名义发布《帝制议案始末告令》，追索实行帝制之前后经过始末，声称其对于帝制“不肯轻听急迫之请求，而兢兢以正确民意为从违，尊重国民主权之心，固可大白于天下”；“不欲以帝位自居之心，昭然可见”，而且“借词筹备，不即正位者，盖始终于辞让初衷未尝稍变也”。他责难“今之反对帝制者，当日亦多在赞成之列，尤非本大总统之所能料及”，而且自诩：“万方有罪，在予一人，苦我生灵，劳我战士，群情惶惑，商业凋零，抚衷内省，良用矍然。是以毅然明令宣示，将承认帝制之案，即行取消，筹备事宜，立即停止。”然而袁世凯的身体已经不能支持他的权力欲望了。进入6月后，袁的身体一天不如一天，到5日其病已是名医束手，无力回天。在弥留之际，袁世凯召见段祺瑞、王士珍、徐世昌等入室，简单交待后事。1916年6月6日上午，59岁的袁世凯因病而逝。
对于袁世凯退位后由黎元洪接任大总统，南北双方早有共识，并无异议，但是对于段祺瑞以袁记约法为黎元洪接任之依据，以袁世凯“遗命”之《大总统告令》为总统交接方式，护国军方面则坚决反对。6月8日，实际主持军务院事务的抚军副长岑春煊致电各独立省份都督及护国军长官，详加说明护国军方面的立场与态度：“袁世凯身死，由黎副总统继任，乃根据民国二年十月四日宪法会议所宣布之《大总统选举法》第五条，义军屡本此以宣言，实亦全国所共认。乃北京国务院鱼电称，依约法第二十九条，宣布以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权等语。查该电所指约法，乃民国三年五月一日所公布、约法会议所修改。夫袁世凯以非法解散国会，别以己意召集所谓约法会议，议改大法，机关既不正，所修法案应归无效。黎大总统出承大位，本国法程序之所当然，决非袁世凯一人之私法所得傅会。且继承与代行职权大有区别。……若依据后起不正之法改为摄权，不仅于义军信誓有关，而大局或因此别生纷扰。“13日，岑春煊、陆荣廷、汤芗铭、陈炳焜联名致电黎元洪，明确提出护国军方面的四项主张：（1）我大总统及时承位，乃继任，非代行职政；（2）南军政府迭宣言拥护约法，乃指民国元年之民定约法，非民国三年项城改定之约法；（3）国会为民国根本法所由产生，项城以非法解散，今应恢复国会；（4）民定约法既复，应请我大总统依据约法，指定总理，组织新内阁，交由国会同意。电称：“只须本此以行，万事俱迎刃而解。”护国军的意见得到孙中山领导的中华革命党的响应。6月9日，孙中山在《规复约法宣言》中表示：“今若举国人遵由神圣之约法，泯绝内讧，洵可为百世之模范。……今求治无他，一言蔽之曰，反其道而已。庶事改良，或难骤举，至于规复约法，尊重民意机关，则唯一无二之方”。更使段祺瑞感到压力的是，同为北洋系、又是北洋军大佬的冯国璋，也提出恢复旧约法的主张。他在15日给黎元洪和段祺瑞的电报中提出：“新约法为总统制，今日已不适用，当时制定又未按照定程修改，在民国法系为非正统。……现在舍临时约法外，则无根本之法，舍恢复临时约法外，即别无可以遵法之道，此节似已无待再计。”
南北约法之争，以南方护国军阵营的胜利而告终，南北统一问题亦因此而提上议事日程。此前，6月7日，陕西都督陈树藩率先宣布取消独立。接着，川督陈宧和粤督龙济光分别在8日和9日宣布取消独立。作为护国军方面主要的政治策划者，梁启超虽坚持恢复旧约法，但并不主张与北方在政治上长期对抗，就政治立场而言，他当时更愿意与段祺瑞打交道，而非与一直提倡革命的孙中山合作，而且他还抱有在段祺瑞主导下的北京政府中发挥政治作用的强烈期望，故其急于与段妥协，以开创政治新局。在袁世凯病逝的次日，梁启超即于6月7日电致独立各省提议：“收拾北方，惟段是赖，南省似宜力予援助，毋令势孤，更不可怀彼我成见，致生恶感。”而一俟段祺瑞同意恢复旧约法及国会，梁启超即表示护国军目的已成，军务院应尽早撤销。梁启超的意见得到多数护国军领袖的响应，但军务院正、副抚军长唐继尧和岑春煊出于个人利益的考量，却另有想法，他们主张应俟国会召开、正式内阁成立后再撤销军务院，以此与北京政府在政治上讨价还价。不过梁启超相当坚持自己的意见，认为段祺瑞“应付时局，虽多未协机宜，超亦尝屡电责备，然此公宅心公正，持躬清直，维持危局，非彼莫属，其举措不满人意之处，实缘眼光稍短，非怀恶意。现有数派人专以排彼为事，无非欲达个人权利目的。此公若被挤去，北军人人自危，大局将不可问。且彼赋性澹泊，岂虑把持？协力度此难关，俟国基定后，各政客岂患无机会以自表现？”在政治上追随梁启超的蔡锷，也对段祺瑞接任北京大政寄予希望，认为“继任之人，以段芝老（段祺瑞）之资望、勋业，道德、经验，人无间言”，并提议“暂以黄陂继任，随即召集民国二年参、众两院议员，选举正式总统，并一面设法务使芝老当选。……届时锷当与滇、黔、桂、粤诸当道力为斡旋，当无不谐。”在梁等坚持催促之下，唐继尧与岑春煊的意见孤掌难鸣，最后只能接受梁之提议。7月14日，由军务院抚军长唐继尧领衔，副抚军长岑春煊及委员和独立各省都督（据称“多有事前未及备知”者）联名发布布告称：“今约法、国会次第恢复，大总统依法继任，与独立各省最初之宣言，适相符合。虽国务员之任命尚未经国会同意，然当此闭会时，元首先任命，以俟追认，实为约法所不禁。本军务院为力求统一起见，谨于本日宣告撤废，其抚军及政务委员长、外交专使、军事代表均一并解除，国家一切政务，静听元首、政府、国会主持。”其后，西南独立各省亦表示取消独立，听命于中央政府。
不过，就护国战争胜利后的中国政治格局与形势而言，其基本政治面并无根本的变化，北洋系仍掌握着中央权力，民主仍为共和制下之虚饰，孙中山及革命党人仍不能不为理想而奔波。更糟的是，北洋系的分裂与地方军阀势力的抬头，非常不利于中国的统一与现代化，并将对中国政治产生深远的影响。诚如时论所言：“革命之目的，在巩固共和，刷新政治，使国家循文明进化之轨道，使人民有自由活泼之精神，非单纯讨袁，如古昔之清君侧，如个人之报私仇比也。……然全国之政象，倘仍旧观，共和之真际，犹未确立，则革命之目的，仍可谓无丝毫达到，前门拒虎，后门进狼，则不如不拒以待时机之为愈。……如此，讨袁之目的虽达，而革命之目的终不得达，是非更大扫除，再次革命，恐所谓国利民福，仍无着也。夫天下重器也，革命危事也，今乃因去恶不尽，为德不卒，至将天下重器，一摘再摘，岂吾人救国之志所忍言，亦岂国人厌乱之心所能任。”