武汉临时联席会议成立后，鲍罗廷实际成为武汉政权的领军人物。鲍、蒋之间势如水火，也意味着武汉与南昌之间的对峙升级，俨然形成两个中央，一方坚持以临时联席会议代行最高职权，一方坚持以中央政治会议行使最高权力；一方试图打倒对方，一方试图驱逐对方。国民党中央党部机关也一分为二：武汉方面掌握宣传部、农民部、工人部、妇女部和海外部，南昌方面则掌握组织部、青年部和秘书处，双方形成分庭抗礼之势。1月21日，返回南昌的蒋介石与张静江、谭延联名致电武汉，要求遵照中央决议成立武汉政治分会，结束临时联席会议。武汉方面则认为，政治分会为一省政治指导机关，而武汉为革命中心地，应有代表中央的机关，方能处理政治外交，故联席会议有继续存在的必要，对南昌的决议不予接受。联席会议的存废，成为赣汉之争的焦点。
从赣汉两方形势分析，汉方具有一定的优势：一是孙科、徐谦、顾孟余、邓演达、宋子文、陈公博等一批中央委员多站在武汉一边，而留在南昌的中央委员，如谭延、何香凝等亦不愿随蒋与武汉破裂；二是唐生智等一批北伐将领表示支持武汉政权；三是财政部长宋子文在武汉掌握着蒋所需要的军费。
财政是蒋介石的军事命脉。当时每月军费预算为1600万元。宋子文表示：“如果国民政府不搬汉口，我不再给钱。”蒋介石派军需处长徐桴赴武汉催领，宋子文称：“湖北财富之区，筹款本易，现政府在南昌，一人办事不动。”徐桴只有电劝蒋介石：“我军命脉，操在宋手，请总座迅电慰勉之，先救目前之急，再图良法，万不可操之过急，致生重大影响。”武汉方面试图控扼财政向蒋介石施压，迫使蒋在迁都问题上让步。
揆诸各方情势，蒋介石不得不重新考虑政府迁鄂问题。2月1日，蒋介石与张静江、戴季陶、顾孟余商议党务及赣汉之争。蒋表示：“吾不愿为帝国主义者所诽笑，宁屈己卑志，以求革命发展，故放弃主张。"2月8日，蒋介石在南昌召开第58次政治会议，会议议决，中央党部与国民政府迁至武汉。但又借口在南昌的党部和政府委员要参加2月20日江西省政府成立典礼，有意推迟迁移时间。武汉方面则已不耐，于2月21日召开扩大联席会议，决定即日结束临时联席会议，宣布中央党部与国民政府正式开始办公。22日，武汉方面召开国民党中央常务委员会议。23日，增选唐生智、蒋作宾、宋庆龄、彭泽民、吴玉章等五人为政治委员，在武汉组织中央政治委员会。同日，南昌召开临时政治会议，议决声明国民政府仍在南昌照常办公，以纠正汉口方面宣布在武昌办公之通电。
南昌、武汉僵持不下。武汉方面想通过召开中央全会来限制蒋介石的权力，乃决定于3月1日前在武汉召开二届三中全会。南昌方面洞悉武汉的用心，有意推迟全会的召开时间，议决中央全会俟东南战事告一段落后，另择日期召集。
1月19日，共产国际指示中共，应设法保证左派在国民党内拥有较大的影响，但反对任何分裂国民党的图谋，反对把右派过早地排挤出国民党的仓促步骤。2月17日，莫斯科方面又指示鲍罗廷：支持左派将武汉作为国民党新首都的要求，但不要把事态发展到与蒋介石决裂的地步，也不要突出鲍罗廷，以免人们认为这场冲突是鲍罗廷和蒋介石之间为争夺影响而进行的斗争。鲍罗廷可能感到有必要缓和一下与蒋介石之间的对立情绪，托宋子文与谭延向蒋介石致意，并表示愿赴南昌随蒋，而不过问国民党中央的事。但蒋不允，坚决表示要鲍罗廷回俄。
共产国际远东局也不赞成革命阵营分化太快，认为鲍罗廷的“倒蒋”做法，会激化国民党内部的冲突。为此，远东局负责人维经斯基专程从上海前往武汉与鲍罗廷商谈对蒋政策，并于2月22、23日赴九江与蒋介石面谈，试图寻求蒋介石的谅解，化解武汉与南昌之间的对立情绪。蒋介石向维经斯基表示，南昌和武汉的冲突，大部分责任要由鲍罗廷来负，因为鲍执行了分裂国民革命运动的政策。蒋质问维经斯基：共产国际是否主张国民革命运动分裂？如果不是，那么作为共产国际代表的鲍罗廷为什么要实行这样的政策？鲍的做法会破坏共产国际在中国人民和一切东方弱小民族心目中的威信。蒋提出，政府任何时候都可以迁往武汉，但条件之一是鲍必须离开。蒋还表示，他很久没有和中共领导人谈话了，由于很少见面，出现了与共产党的某种决裂局面。他向维经斯基提出想见见陈独秀，以便同中共领导人建立经常的联系。维经斯基虽然不同意鲍罗廷的做法，但无法说服鲍罗廷接受自己的主张。两人为此展开了一场激烈争论。鲍罗廷指责维经斯基的南昌之行，既未达到预期目的，反而动摇了反蒋战线，助长了蒋介石的气焰。维经斯基则反唇相讥说：“蒋介石究竟不是陈炯明，鲍罗廷更不是孙中山”，指责鲍罗廷的做法并不是什么布尔什维克的路线，而是玩弄手腕的政客行为，其结果将不利于中国革命和动摇苏俄在中国的地位。
武汉方面，中共和国民党左派大造声势，呼吁提高党权。2月9日，部分在武汉的国民党高级干部集会，决定由徐谦、吴玉章、邓演达、孙科、顾孟余五人组成一个行动委员会，研究和从事党权集中的工作。2月15日，中央宣传委员会开会，通过《党务宣传要点》，内容有：巩固党的权威，一切权力属于党；统一党的指挥机关，拥护中央执行委员会；军队在党的指挥之下统一起来等等。随后，湖北省、武汉市两党部召开会议，通过《恢复党权，统一党的领导机关》等决议。《汉口民国日报》亦为提高党权运动大造舆论。孙科、邓演达等人亲自为该报撰稿。孙科在文章中公开指责国民党二届二中全会变更党章规定，设立中常会主席，中常会主席差不多成了一国的大总统和一党的总理。2月24日，武汉三镇举行万人大集会，拥护恢复党权运动。集会由董必武主持，徐谦发表讲话，提出“一切军事、财政、外交，均须绝对受党的指挥。”台下群情激昂，高呼“打倒张静江”等口号。
获悉武汉方面激昂的党权运动，蒋介石异常恼怒。2月19日，他在南昌的民众集会上发表演讲，声称：“我只知道我是革命的，倘使有人要妨碍我的革命，反对我的革命，那我就革他的命。我只知道革命的意义就是这样，谁要反对我革命的，谁就是反革命！”两天后，蒋再次在南昌发表演讲，声称武汉联席会议是没有根据的，如要提高党权，首先应取消武汉的联席会议。2月24日，蒋介石派陈公博赴武汉探询各方意见。陈公博在武汉见了宋子文、孙科和顾孟余等人，打听武汉的局面到底是不是共产党在操纵。未料孙科回答说：“哪里干到共产党的事，这是国民党本身的问题。蒋介石这样把持着党，终有一天要做皇帝了。”孙、顾等人均力主政府迁汉并召开三中全会，认为中央必须迁汉，才能表示蒋介石服从中央，才能免去党的分裂。陈公博将这一情况电告蒋介石。蒋认为：“此全由鲍罗廷一人所驱使”，“合中外共党之力以攻我，使我内部纠纷，不能统一，鲍之罪不容于天地之间。”后又闻汉口总政治部主任邓演达等人日趋左倾，蒋复叹：“鲍罗廷固为小人，而一般趋炎附势，不知党国为何事者，更可杀也！”
就在陈公博抵汉的当天，武汉中央召开会议，拟具三中全会重要议案大纲，并派第11军军长兼武汉卫戍司令陈铭枢随陈公博回赣疏通，征求蒋的同意。不料陈铭枢见蒋后，反被蒋介石说服支持其反共驱鲍。2月26日，蒋介石以国民党中央政治会议的名义致电共产国际，请共产国际自动撤回鲍罗廷。陈铭枢回汉之际，蒋交付他策动武汉要人驱逐鲍罗廷的任务。陈铭枢遵命先后约谈孙科、宋庆龄、宋子文、邓演达、李宗仁等人，众皆虚与委蛇。3月4日，陈铭枢奉蒋命直接与鲍罗廷约谈，表示只要鲍同意回国，蒋愿保证其安全。准备得鲍同意后，即由武汉方面发表蒋的驱鲍宣言。
然而，武汉方面徐谦、吴玉章、顾孟余、邓演达、陈友仁、孙科等人，多数反对撤换鲍罗廷，并纷纷发表不信任和攻击蒋介石的言论。蒋介石的驱鲍宣言未能发表。陈铭枢发现不仅自己失了调停的作用，连他本人亦陷入孤立围逼的境地。在鲍罗廷的安排下，唐生智派人逼陈铭枢表态支持武汉，否则去职。陈铭枢被迫辞去第11军军长兼武汉卫戍司令的职务，并离开武汉。
3月1日，武汉国民党中央常务委员会议决二届三中全会延期一周召开，并希望南昌各委员赴汉出席。3日，南昌中央政治会议举行第66次会议。会上，蒋介石发现谭延、何香凝、陈公博等人均已动摇，有意去武汉参加二届三中全会。蒋介石只好表示同意多数人的意见，将中央党部和国民政府迁往武汉，但其内心十分恼怒和恐惧。他暗自忿忿然道：“见人面目，受人气焰，羞辱情况，令人难堪！"4日，蒋仍慨叹“党员散漫，将为敌党各个击破，被人强迫，不能忍受，痛苦何堪言状，人心至此，革命云乎哉。"5日，复云：“汉方日逼日紧，倒行逆施，无所不至，余之穷境，或将陷于‘莫须有’三字之地！”一连数日间，蒋介石心境异常恶劣。据邵元冲日记，蒋接连多次致电前敌总指挥何应钦：“谓共产派在武汉破坏军事更烈，非克复南京自立基础，决难立足。”很显然，蒋介石已打算放弃两湖，极力经营长江下游军事，考虑另创新局，以与武汉分庭抗礼。
6日，谭延、何香凝、李烈钧、丁惟汾、陈果夫等人离赣赴鄂。这意味着持续两个多月的南昌中央寿终正寝。据统计，南昌中央政治会议自1月3日至3月4日，共开会17次，先后有17位委员与会；南昌中央常务委员会自1月8日至3月1日，共开会9次，先后有19位委员与会。两会均出席过的委员有下列14位：丁惟汾、朱培德、何香凝、李烈钧、林祖涵、柏文蔚、张静江、陈公博、陈果夫、程潜、蒋介石、邓演达、谭延、顾孟余。其中出席中常会次数在七成以上者有丁惟汾、陈果夫、张静江、谭延、蒋介石；出席中政会次数在八成以上者有丁惟汾、谭延、陈果夫、蒋介石、张静江、陈公博。
3月10日至17日，二届三中全会在武汉召开。蒋介石和张静江没有出席。会议由鲍罗廷和国民党左派势力掌控。会议决议：（一）中央常务委员会取消主席制，推选常务委员9人，汪精卫票数第一，谭延第二，蒋介石第三。（二）中央政治会议恢复为政治委员会，委员15人，主席团7人，汪、谭列第一、第二，没有蒋的位置。（三）军事委员会主席团7人，汪精卫位居第一，唐生智位居第二，蒋介石位居第六。（四）国民政府常务委员5人，孙科居首，没有蒋的位置。（五）中央组织部长由汪精卫兼（吴玉章代理）。蒋介石原来的职位如中常会主席、中央组织部部长、军人部部长，均被撤销或被替代，只保留国民革命军总司令一职，而总司令的权限，复由全会通过的条例加以限制，如规定总司令是军委会委员之一，其出伐动员令须由军委会议决，国民党中常会通过等。此外，为了改变蒋介石利用黄埔军校培植个人势力的状况，会议还决议军事政治学校及各分校，均改校长制为委员制。