武汉二届三中全会的结果，基本上恢复到了“三二〇”事件和二中全会以前左派掌权的局面。全会大大削弱了蒋介石的权力，但亦因此成为蒋介石大踏步走向清党反共的转折点。在三中全会以前，一直跟着蒋介石工作的郭沫若虽然对蒋在个别地方工人运动问题上的处置手法心存疑问，却并未发现蒋有明显异常的表现。但在三中全会以后，郭沫若感到蒋介石开始大踏步地走向极端。很明显，蒋因三中全会所导致的权力失落感和政治恐惧感，实在是太大了。会议前后蒋介石所记日记，其愤恨之情溢于言表：
3月8日：“处境困难已极，似有非辞去不可之势。革命至此，痛心何如！”
3月9日：“此次逆潮，甚激且久，共产党合国际全力以倒余，帝国主义亦合国际全力以谋余，余个人成败，实不足计，惟以党国之命运为念，自当特加审慎。”
3月10日：“共产党自以为阴谋之毒，不知其狡计皆为人利用。鲍氏之肉，尚足食乎。”
3月17日：“近日武汉徐谦等捣乱甚烈，闻秘书长李仲公被捕，中央会议各种方案及选举等，全为C.P.所操纵。（中央陆军军官学校）武汉分校学生被校中禁闭者数十人。妨碍军事，削夺兵权，排斥有历史之党员，无所不至……武汉败类亡国亡党，在所不恤，且必倒我个人以为快，其用心之险如此，然亦见其不自量也。”
鲍罗廷等人确实低估了蒋介石的能量及其反应。他们天真地以为可以借助中央全会之类的党权力量来削弱乃至剥夺蒋介石日趋膨胀的军权，以为通过动员群众大张旗鼓地开展恢复党权运动，高呼几句“打倒独裁”、“打倒蒋介石”之类的口号，就真能透过革命舆论压力而达到“迎汪倒蒋”的目的，不知权力的取得和维系最终离不开枪杆子。党权与军权的较量，说白了，即是以文人对付武人，以笔杆对付枪杆，其胜负不卜可知。这正是蒋介石暗自嘲笑他们“不自量”的根由所在。就在三中全会闭幕当日，蒋介石在九江巡阅一艘名为“楚有”的军舰。闻礼炮声，蒋顿感“气为之一壮”，窃叹不论武汉方面施用何等伎俩，而陆海军之归附我者，则日有加矣。这正是蒋介石另立中央的资本。
蒋介石虽然拥有自信的资本，但在拿下上海、南京以前，尚不敢公开对抗武汉。故他虽对武汉中央深怀愤懑，但没有公开指责和否认二届三中全会的决议案。3月18日，蒋在日记中写道：“阅汉口中央执行委员会议决案，甚觉难堪”，“压迫侮辱至矣，然为党国计，惟有勉从耳”。为表明态度，他致电苏俄顾问加伦：“关于武汉方面军政党务之意见，请随时见告，中正只求于革命有利而已。”又致电谭延,声明“以后对于党政诸事概不发言”，请加伦在汉代为解决一切。
另一方面，何应钦、蒋伯诚、顾祝同、潘宜之、杨虎、邵元冲等一批人商议，南京收复后请蒋介石来南京主持大计。他们认为，“以半年来之努力奋斗，其结果不过为造成共产党扰乱地方之基础”，谈起来“多激昂唏嘘”，认为“此问题不解决，恐军心解体”。他们觉得要解决此问题，必须蒋介石拿出主张，一切始有办法。但鉴于蒋介石态度尚游移，他们还不敢明确表达自己的主张。3月21日，张静江告诉邵元冲等人：“介石对于与共产党分离事，已具决心，南京定后，即当来宁共商应付。”
因财政部长宋子文将蒋介石的军饷暂扣不发，蒋介石于百般无奈中竟然想出一招：邀请“宋太夫人”和“孔宋夫人”来游庐山，乘机向她们诉说宋子文扣饷之事，并说动宋氏婆媳前往汉口，最终诱使宋子文暗地发给200万元，秘密运往九江，从而使蒋军饷无虑。蒋拿到这笔钱后，即乘舰东下亲自督战京沪。3月21日，克复上海，23日克复南京。蒋介石事后承认：“京沪如期克复，厥功为不鲜焉。”“厥功”者，即指宋氏婆媳之功也。
在上海、南京相继克复后，武汉方面担心蒋介石有可能另立中央。3月21日，武汉国民党中央政治委员会召开会议，讨论应付方案。会议决定派外交、财政、交通三部部长赴沪，并指定孙科、顾孟余、陈友仁、宋子文、徐谦为外交委员会委员，以陈友仁为主席，研究上海方面的外交策略；派郭沫若为上海军队中的政治工作指导员。3月23日，北伐军攻克南京，武汉方面立即任命程潜等11人组成江苏省政务委员会，以程潜为主席，委员中共产党人和左派占绝对优势。27日，武汉政府电令上海各机关，所有江浙财政均须经宋子文办理，否则概不承认。4月1日，武汉中央政治委员会第8次会议根据鲍罗廷和孙科的提议，将三中全会通过的统一外交、财政各决议案，通知蒋介石以及各军，饬令遵照，并警告蒋介石不得任意委任官吏及各军军长，否则免职除名。4月2日，武汉中央常会第5次扩大会议根据孙科的提议，议决训令蒋介石离沪赴宁，专负军事方面责任；鉴于蒋介石自从到上海后，即被反动势力包围与利用，在上海形成一个反动中心，训令他对于外交未得政府明令以前，不得在沪发表任何主张，不得接受任何帝国主义口头或文字的通牒。上海所有外交、财政、交通等，都由武汉中央负完全责任。这一切，均是为了限制蒋介石的权力，加强武汉中央对沪宁地区的控制。
对蒋介石而言，要与武汉分庭抗礼，除军事上克复南京作为新都外，还有一个至关重要的因素，即必须取得党统上的“合法性”；而要取得党统上的“合法性”，惟有得到国民党中央执行委员会的承认。在南昌时，他中途截留部分中央委员，使中常会和中政会照常在南昌开会，可以“挟天子以令诸侯”。如今在南京却没有了这一优势，因为国民党中央委员大部分在武汉。在这种情况下，他必须另想办法。
国民党第二届中央监察委员中，右派及国民党元老占多数。陈果夫向蒋介石建议，不妨借助中监委中的国民党老同志，取得他们对清党反共的支持。3月19日，蒋介石接到李石曾从上海寄来的一封信。信的具体内容不详，但据蒋之日记，蒋接信后，感到“党中领袖或有团结之望，颇引以为慰。”所谓“党中领袖”，即指李石曾这样一批党内“老同志”。这些人自孙中山改组国民党以后，一直受到冷落。孙中山在国民党一大上曾公开批评党内“老同志”太过稳健。在国共合作初期，像廖仲恺、汪精卫、胡汉民、蒋介石这批国民党少壮派和中共新青年相处尚属融洽，多被中共视为左派或中派；而被中共视为右派的，多是国民党内的“老同志”。中共最初在国民党内的斗争矛头亦主要指向“老国民党员”，认为只有将那些“国民党老朽”清除出去，才能组织一个新国民党。国民党内最早反对国共合作的，也主要是一批“老同志”。当蒋介石在党内孤立无助的时候，他想到了党内“老同志”。除李石曾外，他还与蔡元培、吴稚晖等元老取得了联系。据邵元冲日记，3月24日，张静江、邵元冲、蔡元培、蒋梦麟、马叙伦等同车由杭州出发，25日抵沪后，即赴龙华前敌总指挥部，与白崇禧、潘宜之、黄郛、吴稚晖、李石曾等见面，“共商应付党务事宜”。吴稚晖、李石曾情绪激昂，声称屡为共产党所欺哄，非分裂不可。26日，蒋介石抵达上海，当晚即邀吴稚晖、李石曾、蔡元培、黄郛、张静江、邵元冲等人晤谈，“计议党务”。27日，蒋再邀吴稚晖、李石曾、蔡元培、张静江、蒋梦麟、马叙伦、邵元冲等人至总部行营，“开会讨论与共产党分裂之办法”。吴稚晖主张由中央监察委员会提出弹劾共产党案，然后再由监察委员会召集武汉之外的中央执行委员开会商量办法。吴氏还举出两个弹劾共产党的证据：一是数周前陈独秀对吴稚晖的谈话，谓共产党于20年内必可实行共产；二是去年双十节共产党在湖北秘密散发的传单。
3月28日，上述诸人继续相聚讨论清党反共事宜。29日，程潜、古应芬、何应钦等参与共商。程潜主张慎重从事，认为唐生智不参与，将为大患。程表示愿亲赴武汉劝说唐生智倒向南京。是日，程潜被蒋介石任命为南京卫戍司令，但他担心被蒋介石软禁，于30日离沪返宁。返宁当晚，林伯渠受武汉政府之命，找到程潜，交给他一道密令，请他相机逮捕蒋介石。但程潜不愿意执行。
30日，蒋介石日记载：“连日会谈党务、军事、外交，至废寝忘食。”并对宋子文诉苦说：“军事难，财政亦难，政治难，党务更难。以一身兼备数难，如何其不疲耶！”蒋将“党务”列为数难中之最难，亦可见清党反共是他此时思虑的重心和焦点。
4月1日，武汉政府下令废除国民革命军总司令，改为集团军，任命蒋介石为第1集团军总司令，冯玉祥为第2集团军总司令，朱培德为总预备队总指挥，杨树庄为海军总司令。这是武汉政府削弱蒋介石军权的重大举措。蒋介石获悉这一消息后，更坚定了他清党反共的决心。是日，他邀白崇禧、李宗仁、李济深、黄绍前来共商。众皆建议蒋对党事“彻底改革”。但同时得朱培德来函，劝蒋慎重，以退为进。蒋又踌躇起来。邵元冲等埋怨说：“当局者总迟疑无所表示，疑事无成，难矣。”
正当蒋介石积极准备清党反共之际，汪精卫自德国经苏俄回国，于4月1日抵达上海。4月2日，邵元冲闻汪精卫到上海，慨言曰：“此间日内正拟以断然手段处置者，乃不得不暂行延搁。精卫以为武汉诸人，非不可以理喻，故仍拟约彼等来宁，以会议方式解决之。”
4月3日，蒋介石向军队各将领公开发表通电，声称：“中正深信汪主席既出，必能贯彻其意旨，巩固党基，集中党权……此后党务政治，既已负责有人，后顾无忧，中正唯专心军旅，戮力北伐……自汪主席归来以后，所有军政、民政、财政、外交诸端，皆须在汪主席指挥之下，完全统一于中央。中正唯有统率各军，一致服从。”同日，蒋介石、吴稚晖、李石曾、蔡元培、宋子文、白崇禧、李济深、李宗仁、黄绍、古应芬、邵元冲等齐集上海莫利哀路孙中山故居，与汪精卫会谈。吴稚晖告诉汪精卫：此次监察委员会提出对共产党的弹劾案，必将采取断然处置，故只系通知而非商榷。汪精卫闻之忿然。黄绍、李宗仁等急忙从中转圜，声称如汪另有良策，不妨共商。汪精卫乃提出三项应急之法：（1）若此时大家认为共产党破坏国民党之情形急迫，则他可负责转告陈独秀，请其制止；（2）武汉此时如有摇动军政之命令，可以不受；（3）各地共产党及工人纠察队如有反动情形，可以随时以非常手段处置之。汪精卫还建议于4月15日在南京召开二届四中全会。与会诸人只好同意暂照此条件进行。
4月3日前后，汪、蒋之间单独作了一次长谈。据蒋介石事后转述，汪精卫当时对他说：“介石，这一回东南同武汉开战时，如果你失败了，我们国民党就要从此消灭，共产党必就从此起来；如果你得胜了，国民党就要恢复民国十三年以前状况，要是恢复这种状况的时候，无论左派的军队，左派的党员，一定不会同你蒋介石合作，你蒋介石在党里的生命，怕就从此消灭。”这段话反映出此时汪精卫的心态：既怕共产党的急进，也不满蒋介石的保守，企图在两者之间谋求出路。
汪、蒋会谈后，汪精卫又约见陈独秀，质问共产党是否准备“打倒国民党”取而代之？陈独秀极力否认。为了澄清事实，力辟谣言，陈独秀当即起草了一份宣言。汪精卫阅后同意与陈独秀联名发表。宣言写道：“中国共产党坚决的承认中国国民党及国民党的三民主义在中国革命中毫无疑义的需要”，“中国所需要的是建立一个被压迫阶级的民主独裁来对付反革命，不是什么无产阶级独裁”；又称：“中国国民党及多数同志凡是了解中国共产党的革命理论及其对于中国国民党真实态度的人，都不会怀疑孙总理的联共政策。”宣言表示，所谓共产党将组织工人政府，将入租界，贻害北伐军，将打倒国民党，以及国民党领袖将驱逐共产党，将压迫工会与纠察队等说法，均系谣言。国共两党将仍本孙总理的联共政策，亲密合作。
4月5日，宣言以《国共两党领袖联合宣言》的名义公开发表。当日，汪精卫往见蒋介石。吴稚晖、李石曾、蔡元培、宋子文、李济深、李宗仁等亦在座。蒋介石对汪、陈联合发表宣言颇为惊异。因为宣言不仅以两党领袖的名义发表，而且汪居然代表国民党保证没有制裁共产党的任何意图。这无疑与4月3日商定的应急办法不相一致。吴稚晖当面讥讽汪氏以国民党党魁自居，并质问汪：“中国从此即由两党共同统治了吗？”据蒋介石《事略稿本》记：吴“径面斥汪为附逆分子，不少宽假。”气氛甚为不洽。汪精卫此次回国，本是武汉中央请他回国复职。他在上海毫无凭借，自然不敢和蒋氏盘桓。加之宋子文向他透露，李宗仁主张将他软禁起来。汪见形势不妙，走为上策，当晚即秘密登轮，次日启程赴汉。
汪精卫归国和汪陈联合宣言的发表，使国民党左派和中共以为宁汉之间的紧张气氛有缓和的可能。罗亦农在中共上海区委会上说：汪精卫“政治观念很稳定，与C.P.可以合作下去，甚至于到建设社会主义制度。”并说蒋介石本已下动员令，因汪回而收回。
武汉政府虽然下了逮捕蒋介石的命令，但并未觉察到蒋介石的政变迫在眉睫，还在准备继续北伐，并定于4月5日誓师。4月4日，程潜到武汉，报告了上海方面准备清党的情况，李富春也致电武汉，通告蒋介石、何应钦即将来宁另立中央的消息。武汉政府方才警觉和紧张起来，将原定的北伐誓师典礼延期。4月7日，武汉中央政治委员会召开紧急会议，决定将中央党部和国民政府迁往南京，迁移日期另行决定。会议指派顾孟余、邓演达和谭平山三人负责迁都的宣传工作，下令军事委员会制订以南京为中心的作战计划。武汉政府决定迁都的理由大致基于这样几方面的考虑：一是外交方面的考虑，认为英、美、日有可能联合武力干涉中国革命，封锁京、津、沪等口岸，武汉政府必须先发制人，以为迁都南京，坐镇京沪，帝国主义就不敢明白进攻，也便于应付长江下游的外交；二是财政方面的考虑，因长江下游是中国富庶之区，迁都有助于控制下游数省财源；三是政治方面的考虑，团结下游革命力量，就近控制蒋介石；四是军事方面的考虑，以为京汉路北伐不成问题，下期北伐的重点将转移至津浦线，迁都南京后，便于沿津浦线北伐。4月7日，武汉政府当即举行了东下誓师典礼，决定派张发奎率第4军和第11军赴南京加强防御。4月9日，第4军登轮，准备出发东征。但是此时却有人提出，不应该把铁军调到南京去，理由是长江下游离帝国主义太近，会引起冲突和干涉；其次，汪精卫已经从国外回来，将要来武汉，担心和蒋介石矛盾激化后，汪有可能被蒋扣留（不知汪已于6日启程来汉）。结果，第4军和第11军东征计划搁浅，迁都南京的决议也成了一纸空文。事后分析，即使东征计划不搁浅，也为时已晚。因为蒋介石在京沪两地早已布置就绪，只因汪精卫回国才有所延迟。
中共方面又是如何应对的呢？
3月25日，陈独秀在中共党内会议上指出：“中国革命如不把代表资产阶级的武装打倒，中国就不想要革命……上海现在资产阶级与右派勾结，党军也很右倾。我们如果情愿抛弃上海，就很容易；如果争斗，就要马上动作。”陈独秀显然已认识到问题的严重性和紧迫性。他与彭述之、周恩来、罗亦农等研究后认为，除了坚决采取反蒋行动外，别无出路。“右派军队来缴械，我们就与之决斗，此决斗或许胜利，即失败则蒋介石的政治生命也完全断绝。”因为事关重大，陈独秀派彭述之赴武汉与共产国际代表及多数中共中央委员商讨。与此同时，陈独秀和中共上海区委积极准备对策。
陈独秀准备采取的第一项对策是扩大反帝运动，实行总同盟罢工，收回上海租界。他指示上海区委：“反英运动要扩大，可逼蒋对民众的进攻减少。”但当上海区委正式部署收回租界行动时，陈独秀又犹疑起来，最终使收回租界的计划胎死腹中。
陈独秀准备采取的第二项对策是保存工人武装。上海区委决定将工人纠察队的大部分兵力集中起来，严阵以待，以防御战对付右派军队的进攻。但这一计划被共产国际否决。3月31日，共产国际指示中共：鉴于力量对比处于非常不利的地位，不要仓促进行公开斗争，必要时将武器隐藏起来。
中共上海区委曾企图寻求联盟力量。军事方面曾联络过薛岳、刘峙等将领，但都未能成功。政治方面，试图“拿住”新成立的上海临时市政府，“造成工商政府，由C.P.操纵”，其后又有意“以市政府与蒋冲突”。但上海临时市政府名义上得到武汉国民党中央的支持，实际上只是一个空架子，显然不足以和蒋介石的军事力量相抗衡。
上海形势日益紧急，而中共中央和共产国际代表因远在武汉，消息不灵而不能及时采取有效对策。4月上旬，中共中央和共产国际代表连续召开三次会议，讨论江浙和上海局势。大约在4月10日的会议上，维经斯基和罗易均认为蒋介石“还有办法”，主张派人赴沪见蒋。会议决定派李立三、陈延年、聂荣臻和维经斯基去上海，与赵世炎、周恩来组成特务委员会，决定沪区工作计划，报告中央。但这一切，显然为时已晚。
蒋介石与共产党已势如水火，再难相容。蒋认为武汉中央的种种做法都是鲍罗廷和中共在幕后操纵，故而对鲍罗廷和中共深怀愤恨。蒋介石此时最担心的是共产党人随时可能在上海采取暴烈行动冲击租界，引发外国干涉。他到上海后，曾对各国记者说：“本人到沪时，由吴淞口经过黄浦江，到高昌庙登岸，目击各国军舰及兵士甚多，租界以内，有外国兵士及各种障碍物防守，一若有备战之形势。因此即一变本人未到以前对上海之感想。租界乃系我国之领土，故本人不禁发生种种之刺激。当直鲁军在上海时，租界方面并无外兵及障碍物，而国民革命军到上海以后，即有外兵及障碍物。观察租界当局之意，以为我国民革命军似无保护外侨生命财产之能力。本人对于此点，认为莫大之耻辱。”但他同时明确表示：“取消不平等条约及收回租界，决不用武力及暴动，当由中央政府采用外交正当手续办理。”蒋介石此时思虑的重心，是与武汉分庭抗礼和清除共产党人，为此，他必须极力避免外力干涉。尤其是预料即将与苏俄关系破裂后，新政权更有必要取得列强各国的同情与承认。因此他在对外关系上，不得不格外小心谨慎。尚在3月初，蒋介石即致电何应钦、白崇禧：“我军如攻上海，至龙华、南翔、吴淞之线，宜暂为停止；闻共党有组织上海革命政府之议，凡类此之机关，应即勒令取消也。”
到3月下旬，有关上海工人纠察队将要冲击租界的谣言四起。中共上海区委当时也确实显得相当兴奋和活跃，反复强调：我们党“已到夺取领导权的时期”，要求党员在群众中大力宣传C.P.,宣传这次革命是C.P.领导的，还要求在3个月内征收5万党员，准备“公开取政”，“包办革命”，弄得上海街头共产党呼声很高，市民到处打听C.P.,很想知道内幕。这一切，自然令蒋介石高度警觉。
当时上海总工会所属的工人纠察队其实只有两三千人，受其影响的工人约25万，在全沪工人中所占的比例并不大。中共因未能掌握正规武力，故相当重视这支工人武装。中共上海区委坦言：“上海工人有有力武装，上海工人的政治地位与一切行动都有保障，同时C P也跟随有力。如果工人武装被解除，则工人又将入于过去黑暗之域。因此，维持工人武装为目前最重要的问题。"3月26日，上海区委获悉江西赣州总工会委员长陈赞贤被杀，国民党左派所控制的南昌、九江市党部被捣毁和解散，情绪更加愤激。他们决定：随时随地准备与右派军队发生总决斗。他们确信：“如果上海工人把右派打倒，租界收回，在革命的前途非常伟大。”
正当中共上海区委群情激愤之际，莫斯科方面于3月27日来电指示：“长时间地举行总罢工要求归还租界，在现阶段是有害的，因为这可能使上海工人处于孤立状态并便于当局对工人采取新的暴力。最好是组织示威性的罢工，抗议在南京的暴行，而租界问题要同国民政府商量。”中共中央复电申诉，莫斯科方面于28日再度来电，不容分辩地训令：“请你们务必严格遵循我们关于不准在现在举行要求归还租界的总罢工或起义的指示。请你们务必千方百计避免与上海国民军及其长官发生冲突。”
这时武汉方面训令蒋介石克日离沪赴宁，并且决定迁都南京。蒋介石再也沉不住气了。蒋介石认识到，若武汉中央迅速迁都南京，无论政治上、军事上，蒋都将陷入被动挨打的困境，意味着他将失去与武汉抗衡的立足点甚至安身立命之处。4月9日，蒋介石下令查封了受武汉邓演达直接领导的上海总政治部机关。4月12日，蒋密令新成立的淞沪戒严司令部正副司令白崇禧、周凤歧，以制止械斗为名，利用青红帮做前锋，在一天之内迅速将上海工人纠察队的武装缴收。13日，蒋介石草拟一份《告国民党同志书》，历数共产党的种种“阴谋”，声称其12日行动为护党救国运动。16日，召开政治会议，议决在南京成立国民政府与中央党部。17日，通电发表4月9日中央监察委员会全体紧急会议议决案，议决举发共产党“谋叛”证据，并指名通缉共产党首要名单。清党反共运动迅速在蒋介石势力所及的江、浙、皖、闽、粤、桂等省区铺开（清党运动在各省的情形，留待第八章第三节叙述）。
4月18日，南京国民政府宣告成立。国民政府于是一分为二，形成宁汉对峙的局面。若将“西山会议派”先前在上海成立的中央党部算入，国民党实际上是一分为三，沪、宁、汉互为犄角，形成三足鼎立之势。