从兴中会、同盟会一直到1924年改组前，国民党的活动基地和党员基础主要建立在海外。1923年，国民党号称有党员20余万，其中国内党员不到5万；组织机构共计400余处，亦绝大多数设于海外。国内除广州、湖南设有分支部外，其他省区既无正式的组织机构，亦无显著的活动成绩可言。国民党改组前在国内的组织基础非常脆弱，与国内普通民众几乎不发生关系。
1924年改组后，国民党逐渐建立了从中央党部、省党部、县党部至区党部、区分部的各级组织。1926年10月的统计资料显示，国民党在全国约90%的省区和25%的县份建立了省级和县级党组织；国民党党员人数增至54.4万余人，其中国内党员约占82%,海外党员约占18%。显然，在改组之后两年多的时间里，国民党由一个偏隅海外的狭隘组织，发展成为一个具有相当规模的以国内民众为基础的动员型政党。
北伐开始后，随着国民党武力的迅猛推进和民众运动气势如虹的发展，国民党的势力范围由珠江流域扩展到长江流域。国民党党务组织的发展亦如风起云从，一日千里。到1927年初，国民党党员人数号称100万以上。这是当时概略的估计。据广东、江苏、上海、长沙等省市党员人数的增长率推测，在1926年10月至1927年4月的半年间，国民党党势确实得到了惊人的扩张（见附表）。到1927年4月，仅广东、江苏、上海、长沙4省市的党员人数总计已达47万余人。以此推测，全国国民党党员100万之数当非虚夸。这一数字是1924年改组前国民党党员人数的5倍，大约相当于19世纪中国乡绅的总数。
北伐期间部分省市国民党党员人数
资料来源：上海市通志馆编印《上海市年鉴》（上），第E30-31页，1936；赵如珩编《江苏省鉴》（上），55页，南京，1934;《长沙市之党员统计》，载1929年1月4日《广州民国日报》;李云汉主编《中国国民党党务发展史料——组织工作》（上），101页，台北，中国国民党中央党史委员会，1993；陈季博：《一年来广东之党务》，载1929年1月1日《广州民国日报》。
党员人数的多寡，是衡量一个政党组织实力的重要指标之一，但政党组织实力的充分发挥，还有赖于其内部组织结构的严密性、协调性及其实际运作的良好与否。否则如民初之际的国民党，人数虽多达300万，实际则如同一盘散沙，毫无“党力”可言。袁世凯下令解散，国民党顷刻化为乌有。孙中山重组中华革命党后，以宣誓押手印等办法约束党员，其结果也仅仅塑造了孙中山个人的强权党魁形象，党的组织结构依然散漫如故。1924年国民党改组，引进苏俄列宁主义政党的组党方法，期望一改过去松弛散漫的组织习性。然而考察这个时期国民党组织的实际运作情形，发现只是袭用了列宁主义政党的组织形式，并未能很好地吸收其组织内蕴，衍为新瓶装旧酒的格局。国共两党几乎同时“以俄为师”，而共产党组织之严密性和国民党组织之松懈态，很快形成鲜明的反差。“四一二”政变后不久，蒋介石对国民党组织的“涣散松懈之弊”曾作过如下一番痛切的检讨：
共产党徒寄生本党，以数量言，当不逮本党同志二十分之一，然彼常能以少胜多，操纵如意者，其组织之严密胜于我，其党员之尊重纪律亦过于我也。共产党之阴谋固可诛，共产党之组织则有可采者。本党在民国13年改组之时，本已采用苏俄共产党之组织，第一次全国代表大会通过之总章，自区分部而上，系统井然，其于党员义务，亦有明白之规定，无如本党同志多不耐严格之训练，往往视党章为具文，甚或不知党章之所制定者究为何事，而各级党部乃徒为跨党分子垄断党务之工具，此最可痛心者也。
在蒋介石反思检讨的同时，胡汉民也发表文章指出：
我常常想，中国共产党不过是五六岁的乳臭小儿，中国国民党却正当壮年，经验丰富有作为之年；论份子，中国国民党多他百倍；论势力，中国国民党也大他百倍。为什么倒被这个小鬼捣乱得乱纷纷呢？虽说是人家挑拨离间的手段非常毒辣，然而上当不上当到底也全在乎自己；虽说很多都是敌不过人家的威胁利诱而上当，然而归根结底还是因为对于主义没有彻底的了解，故没有坚决的信仰，所以也生不出一种力量来抵抗引诱和威迫……这样的党如何能不坍台？
蒋介石、胡汉民于“清党”之际，不约而同地分析共产党“以少胜多”的原因，反省国民党组织的缺陷和共产党组织的长处，显示国共两党在组织形态上的殊异性，以及国民党内潜伏着的问题之严重性，足以使蒋、胡等人“痛定思痛”。
这个时期国民党组织的缺失，最主要表现在重上层，轻下层，基层组织大多有名无实。列宁主义政党组织严密的诀窍之一，在于它有着笼罩每一党员的基层组织。国民党改组后，仿照俄共的基层“支部”设立区分部。区分部之上为区党部，区党部之上为县党部或市党部。到1926年10月，全国各地共建立有区党部4000余处，区分部近8000处。1927年初区分部更增至1万余处。如此庞大的基层组织，若按法理形态良好运作，将100万党员如同军队一样严密组织起来，分布于中国社会的各个阶层、各个领域，如身使臂，如臂使指，步调一致，国民党的组织实力自不可估量。
但大量资料显示，国民党基层组织的功能并未得到很好的发挥。当时有位国民党青年这样陈述：“提起本党的区分部的现状，真是禁不住要痛哭流涕！环顾党内同志，试问对于整顿区分部这件工作能够加以相当的注意和努力的，能有几人！大好的区分部，同志们不去打理，变成了有头无足的畸形儿，完全失却分给同志工作的能力……”国民党“二大”也检讨说，国民党区分部很不坚固，党员多忽略区分部的工作。即使在有“党市”之称的广州，党的基层组织亦呈散漫状况。广州中山大学为孙中山所手创，被誉为国民党的“党化大学”，标榜以“革命科学化，科学革命化”为办学方针，但该校的国民党基层组织也不健全。当时有人指出：“兹姑照中大的区分部来看，能认真办理者固多，而敷搪塞责者，亦仍不乏其人。在党化最高学府的中山大学党的区分部，都尚有整理未得臻于完善之处，何况在于乡村偏僻的地方。”
本来依照列宁主义政党的组织原理，每一名党员都应该归属于一个基层组织。1927年初，国民党中央号召党员“到区分部去！”这个口号的提出，本身即意味着当时还有不少党员游离于基层组织之外。国民党人承认：“本党党员自由脱党而逍遥法外的确是不少。”基层组织不健全，表现在区分部、区党部有名无实，没有实际活动。在广东的一些县，区分部党员会议很少举行，或举行而党员不愿到会。甚至连国民党中央党部机关工作人员所属的区分部也“毫无成绩，即例会亦不举行”。
在国民党党务已公开的一些地区，党员之间争权夺利，明争暗斗；党组织对党员不具约束力。如湖北“各县市党员自公开后，有离开党去自由活动的；委员取得政权，即忘了党；各县市多有藉党为升官发财阶梯；执行党律不严，使土豪劣绅混入其间”。湖北阳新县党部自公开后，“各区党员因多不明党义之故，挟意见，分畛域，争权利，前途堪虞。”
区分部、区党部之上的县市党部也多不健全。在江西，各县党部“只知征求党员，不注意于训练，甚至空悬县党部或区党部招牌，而放弃区分部之组织与党员之分配”。在湖北，各县党部对于全县党务没有整个计划，“除了纠纷和要钱以外，很少给省党部以党务的报告”，既不能切实执行上级党部的指示，又疏忽对下级党部的指导，各县市党部对于党员的训练异常缺乏，对于民众的政治指导更为放弃，公开以后，各县市党部同志积极图个人的活动和私人地位的提高，渐渐离开民众，趋于腐化。1927年1月13日，蒋介石在湖北省第4次代表大会上发表演说，对县以下国民党组织的弊端痛加指责：
现在各地党部，都有很多缺点，最重要的是没有基本的训练和严肃的纪律。各级党部虽然规模粗具，事实上仍是一个空架子，平时不能训练党员，使党员服从党纪，徒然有一党部，有什么用处呢？老实说，没有受过严格训练的党员，就是有了几千百万，也是没有用处的。关于组织方面，党员大多数还不明白党的基本组织是什么，不注意下层的基本工作，弄得党在民众中间不能引起什么影响。
改组以前，国民党只见上层，不见下层；改组以后，孙中山强调要将国民党组织的重心由上层移至下层。这种下移，需要向基层投入相当的“组织成本”。这种“组织成本”主要有二：一是党务经费，二是党务人才。这个时期，国民党基层组织建设所遭遇的最大难题，正是经费困难和人才缺乏。由于国民党仿照苏俄体制在原有行政系统之外，再建立一套相应的党务组织系统。这是中国有史以来政治控制体制由单轨制向双轨制的重大转变。它意味着要将原有的政权“组织成本”增加1倍。
以广东为例，国民党中央规定，广东各县党部的经费，每月由县公署拨270元。当时广东各县县长每月的薪金有四五百元。也就是说，一个县党部整个机关的经费，仅及县长薪金的一半略多。县党部因经费有限，除书记、干事每人每月发给30元生活费外，县党部委员和各部部长都不支薪。每月仅余下十几元党务活动费，据称尚不够印一二次传单。由于县党部委员和各部部长均为义务职，势必另谋生计，也就不能全心全意为党服务。县党部的工作只好交给几个书记干事去应付。县党部委员大多散居四乡，按当时广东省党部的规定，县党部委员每周必须开会一次，一些委员每周要从几十里甚至一两百里外赶赴县党部一次，在当时的交通条件下，自然不是一件轻松的事。在这种情形下，一些热心革命的边缘知青“终于心有余而力不足，只好让那些自己有钱的大地主，和占着特殊阶级的土豪劣绅去包办。广东各县的党务，不能尽量发达，大多数是因为这个问题。"1927年1月国民党广东省第2次代表大会的决议案指出：“各地党部之组织殊为松懈，各地党部之执行委员多不健全，且尚多为不明了党义的反动派所盘踞，而一般土豪劣绅、地痞讼棍，尚多混入党籍，曲解党义，以图私利。”共产国际代表的报告也提到：“农村的剥削者阶层为了应付国民党当局，都相应地进行了伪装，他们中的许多人加入了国民党，常常在县和县以下的国民党机构中占据着领导职位。”这表明国民党在向基层地域社会渗透的过程中，非但未能动摇旧有地方封建势力的基础，反而为他们所僭夺，成为土豪劣绅维持其原有权势结构的工具。
国民党组织的松懈，土豪劣绅、地痞讼棍和不良分子之混入党籍，亦与这个时期国民党吸收党员的机制不无关系。本来，俄共组织对吸收党员有严格规定：凡志愿入党者，都须经过预备期，预备期长短不一：工人和农民至少2个月，其他人至少6个月。预备党员制的作用，主要在于考察要求入党者的个人品质及其对党的信仰是否坚定，借以防止思想不纯和投机分子混入党内，确保党员队伍的质量和组织纯洁性。值得注意的是，孙中山在改组国民党时几乎照抄俄共党章，但独未采纳这一制度。
国民党既未采行预备党员制，又号称是一个代表全民利益的政党，不偏于某一特定阶级。在这种情况下，国民党吸收党员几乎来者不拒。据《广州民国日报》1924年3月27日报道：“国民党自改组后，新加入党者已有数万人，现警局教练所员生亦全体加入。”同年4月8日该报又报道：“广州市公安局长吴铁城热心党务，该局人员加入国民党者，闻已达四千余人。”从这两则报道中可知，国民党自改组之初起即滥行集体入党。集体入党的弊端，在于不加甄选，不论优劣，不计信仰，将某一群体的所有成员网罗无遗，其结果，党员数量迅速膨胀而质量日滥。
除集体入党外，还强迫入党。如1924年8月，国民党中央根据广州市党部的要求，限令广州市教育局全体职员必须在1月之内加入国民党，不加入者要提出正当理由，否则撤职或停职。另据《广州民国日报》1927年1月10日报道：“凡（广州）市政府所属机关各职工，如有未入党者，限期本月内，一律使之入党，否则将其姓名列册函送区党部办理。”
广州市教育局为了推行党化教育，将全市私塾进行整顿，并解散了一批私塾。不少塾师为保住饭碗而设法加入国民党。更有的借党招摇，利用党籍壮大宗族势力，如在广东增城县，本地人黎氏与客家人吴氏两大族姓之间矛盾甚深，“为捞取选票壮大自己势力，在县党部建立初期，便各自拉人入党，因此，党组织迅速扩大。”
北伐开始后，国民党吸收党员更趋滥化。起初，“凡同情于本党的即可加入；再过一时期，即对本党不表同情，对于主义未曾了解，为暂时的利用，也就勉强拉入。”在马日事变前，长沙市号称有国民党员19万，而当时长沙全市人口不过30万人，近占全市人口的三分之二。这一数字显然夸大，但当时国民党吸收党员之滥，确已到了无以复加的地步。北伐结束后，国民党人自我反省说：“党员的本身如此，即使无共产党、国家主义、无政府党等煽动宣传的侵入，已不难自坠入腐化。”
很显然，改组后的国民党除了党员人数急剧扩充外，其组织内聚功能并未增强，其组织形态依然散漫如故。就孙中山改组国民党的初衷而言，党务组织是其改组的重心所在，然而正是在这一方面，国民党的改组是不成功的。
中共加入国民党时，仅是一个人数不过400余人的小党，但它利用国民党改组后急谋发展的机会，很快在国民党地方组织中取得支配地位。尽管中共在国共合作初期深恐引起国民党人的妒嫉而有所自我约束，但在1924年5月中共中央执行委员会扩大会议后即渐取积极发展路线，并迅速崭示出中共在组织建设方面的优势。
就吸收党员而论，中共明确规定：“凡非对于本党主义、策略及党之纪律充分明了且恳切的愿意服务本党者，不必轻率加入。"1923年中共开始仿行苏俄的预备党员制，规定凡入党者须经过候补期：劳动者3个月，非劳动者6个月。1925年10月，中共将候补期缩短为工人农民1个月，知识分子3个月。对于知识分子入党，中共早期的看法是：“知识阶级因受帝国主义之经济侵略，家庭已渐次贫困；一方面读书时固常觉得经济的压迫，又一方面毕业后，亦感到社会地位的恐慌，于是也趋向于革命了。并且因其有知识之故，又往往为各阶级革命势力间之连锁，褒然为革命之中心人物。”中共将“知识阶级”褒之为“革命之中心人物”和“各阶级革命势力间之连锁”，可见早期中共对“知识阶级”十分重视。同时，中共也看到知识青年“富有浪漫、自由主义、无政府主义种种思想”，故对知识青年的入党严求慎选，务必信仰坚定者才准加入，并以铁的纪律加以约束。知识青年加入中共后，很快被塑造成为坚定的革命者。
国共两党同以中小知识青年为骨干力量，但国民党既无严密的吸纳机制，亦无健全的基层组织。知识青年大批涌入后，很快呈现出两个明显的弊端：一是形成新的政治参与压力，即当众多知识青年以入党为谋职甚至入仕之阶，而国民党一时又无法解决他们中多数人的“饭碗”时，出现前面所谈到的群相“埋怨国民党无能”的局面；二是导致国民党与下层民众相脱离。中小知识青年本来置身于上层精英与下层大众之间，而其社会价值却希望认同于上层精英而不愿与下层大众为伍。加之孙中山所倡导的“扶助农工”，是以“先知先觉”、“后知后觉”去“扶助”“不知不觉”，这与直接以工农利益代表自任的中共党人相比，虽有相近之处，毕竟又有很大不同。国共合作的形态，逐渐呈现出国民党主要做上层工作，共产党主要做下层工作的分工格局。
国共两党的“显然有别”，在当时即已引起一些国民党人的关注和忧虑。如1925年12月23日邵元冲在日记中写道：“晚阅C.Y.之决议案及组织等，具见其工作之已切近实际，吾党中散漫无绪，各逞私图，尚何言耶？”邵在日记中流露出对国民党组织的沮丧和失望。
苏俄方面，当其“逼迫”中共加入国民党之后，在相当一段时间里，一直担心中共会被国民党溶化而丧失其独立自主性。苏俄的这种担心不是没有理由的。一个四五百人的小组织被分散容纳到一个有20万党员的大党中，犹如河川汇入大海，很可能被淹没得无影无踪。直到1925年4月，斯大林还担忧中共寄人篱下的处境及可能受到国民党的“虐待”。当他得知中共不仅保持了自己独立自主的组织，而且比国民党组织更严密，甚至还在很大程度上承担了国民党的党务工作时，他甚感惊讶。
到国民党二大召开前后，国共两党的组织力量对比已呈逆转之势。1926年2月10日维经斯基在给共产国际执委会的报告中谈到：“共产党实际上领导着国民党。小小的共产党处于国民党的机构之中，在组织和发展国民党。”“共产党的影响太大了，很难划清两党之间的界限，几乎所有领导权都掌握在共产党人手里。我们在那里的同志问，是否应该使国民党摆脱共产党的影响享有更多一些自由呢？”维经斯基的说法可能有浮夸的成分，但共产党在国民党内的影响增大则是事实。据谭平山称，在1926年1月国民党二大召开前后，已有大约90%的国民党地方组织处于共产党员和国民党左派的领导之下。
一般认为，“中山舰事件”后，特别是蒋介石《整理党务案》提出后，中共在国民党内的影响力显著下降。这其实只是一种表象。《整理党务案》虽使中共党人退出了国民党中央几个部长级的职位，但并未影响中共对国民党地方组织的控制。中共广东区委书记陈延年在给共产国际的报告中说：经过“三二〇”事件和“五一五”之后，中共在组织上和政治上取得了更多的独立性，也更加深入到群众中去，在群众中加强了自己的影响。1926年8月，国民党左派顾孟余在与维经斯基的一次谈话中提到，在省一级的地方党部，以及大量基层组织中，共产党人均占多数，而在另外一些地方，共产党人即使处于少数，也能通过其党团来领导国民党。
同时期来自中共高层的报告进一步证实了顾孟余的这一说法。1926年11月陈独秀在关于国民党问题的报告中提到：广东、上海、北京、湖南等几个重要地区的国民党组织都处于共产党“包办”之下（“包办”一词系出自中共党人之口），以至于广东、上海的资产阶级亦情愿直接与中共合作，而觉得国民党没有什么用。在北京，“所有工作皆守常（李大钊）在那里提调，几乎K.M.T.就是李守常。”在湖南，“先有C.P.,后有国民党，国民党是由C.P.做起来的”。1923年冬至1926年3月，湖南国民党完全由C.P.包办，“C.P.不包办，便无人来办”。北伐军克复长沙后，共产党才“渐次退到在野党的地位，把国民党重要的工作交给左派。”在湖北，孙科承认，国民党在“湖北的党务基础，是建立于秘密时代，是共产党从中组织，是共产党湖北区执行委员会董用威等包办，所以多数党员不是C.P.,就是C.Y.。”在上海，据当时中共上海区委的报告，上海国民党党部处于中共的“包办”之下，以至于“一般民众的心目中，上海特别市党部等于C.P."。“还有许多负民校工作责任的同志，在民校的组织系统之下，不受民校指挥，不与民校上级党部发生关系，没有经过民校手续，而径自执行我们党的行动策略。”这类情形并非中共上海区委的独特现象。如1926年8月23日，中共中央发出第12号通告，训令“各地国民党省党部市党部尤其是上海党部，应速发表很严正的宣言，公开反对孙传芳书函。内容要点是……”中共中央居然能直接向国民党各省市党部下发训令，亦可见其“包办”之一斑。
对于共产党人的“包办”，国民党人在表示不满的同时，又深感沮丧。戴季陶、谭延闿、唐生智等人均感叹：“K.M.T.不行了，革命还是C.P."，"K.M.T.没有力量，还是C.P.力量大”。这种沮丧和忧虑甚至从国民党的大众传媒上流露出来。1926年12月31日广州《民国日报》副刊《现代青年》报道：“现在有许多国民党的党员，常常叹气说国民党的组织怎样不好，怎样散漫，怎样不严密。”翌年1月4日广州《民国日报》的社论更痛切地指出：“稍有感觉的本党同志，常常呼着‘本党没有严密的组织’……我们看看党的内容吧！看看我们工作所发生的困难，一方面又横看和我们同一战线的共产党，组织之严密，工作之顺利吧！我们实觉得相形见绌，实觉本党总章所规定的系统组织，不是一种事实上严密的组织，只是一种文字上严密的组织。”“共产党有铁的纪律，国民党除了几条具文的纪律而外，泥的纪律的也配不上。”
两党组织运作的巨大反差，在国民党内引发两种截然不同的反应。一种反应是为国民党自身组织的松懈而忧虑，更因共产党组织的严密而恐惧。这种忧虑和恐惧衍化为“分共”、“反共”的主张和行动。国民党内主张“分共”、“反共”者，其出发点和动机不尽一致。其中相当一部分人是出于对共产党严密组织的畏惧。国民党二大讨论国共纠纷情形时，有国民党代表谈到，两党的纠纷并非主义之争，亦非党员努力与不努力之争，实是“一部分人对共产党怕得了不得”。他们对共产党在国民党内作秘密党团活动尤生疑惧。共产党代表则声辩说，中国共产党员总数不过5000，而国民党员有50万，“这五十万国民党为何怕起五千个共产党来呢？”当时国民党内流传着“一个共产党员抵得上十个国民党员”、“一个民众运动者胜过一百个国民党挂名党员”等说法。“西山会议派”主张“分共”，亦部分是出于对共产党严密组织的恐惧心理。
两党组织的反差在国民党内引发的另一种反应是，部分富有革命热情的国民党青年，鉴于共产党组织严密，国民党组织疏散，转而加入共产党或青年团。他们认为：“共产党的组织严密，训练严格，国民党则反是，所以要革命，就要加入共产党。”有位青年谈及他从国民党转入共产党的原因：“我只看见人家的努力勇敢，不由得我不起了羡慕，由羡慕而生信仰，由信仰而做了一个实行家，回看国民党的青年，还像暮气沉沉的睡着……”另一位由国民党转入青年团的青年亦称："C.Y.的组织，我相信任何团体的好组织都比不上他的严密确真，他对于他的团员有整个的训练方法，其最注意的就是以铁的纪律规定团员勤阅书报，这是很好的方法，国民党就因为缺乏这样的工作，所以到了现在，许多同志都变成跨党跨团的假党员。”
当然，国民党青年转入共产党，亦与共产党的有意吸纳有关。早在中共三大议决国共合作之初，中共中央即提出：“我们加入国民党，但仍旧保存我们的组织，并须努力从各工人团体中，从国民党左派中，吸收真有阶级觉悟的革命分子，渐渐扩大我们的组织，谨严我们的纪律，以立强大的群众共产党之基础。”不过在国共合作初期，中共对自身组织发展持比较谨慎态度，其精力主要放在发展和扩充国民党组织上。1924年5月中共中央执行委员会扩大会议后，才逐渐转变策略，开始注意在国民党内发展组织力量。中共的做法很快引起国民党人的警觉。1924年6-7月间，部分国民党员提出弹劾案，指责共产党破坏国民党，其中“罪名”之一即是共产党“在国民党原有的党员中，吸收所谓阶级觉悟的分子，成立一个国民党的左派”。8月中旬，国民党中央全会讨论弹劾案，又有国民党代表提出：“国民党员不得任意加入其他政党，凡共产党员加入本党者，应专从本党工作，不得援引本党党员重新加入共产党及为共产党征求党员。”对此，陈独秀回复说：“在国民党内成立一个左派，直算是进步，不是破坏……若指吸收有阶级觉悟的分子入共产党，这乃阶级分化、政党分化之必然的社会现象，非人力所能拦阻。而且浅薄些说，为什么只许共产党党员加入国民党，而不许国民党党员加入共产党呢？”
1925年7月，戴季陶在《国民革命与中国国民党》一书中也指责中共在国民党员中扩张C.Y.和C.P.的组织。对此，陈独秀并不否认，只是回复说，“在事实上，据我所知，年来由国民党员加入C.P.的很少很少，比较C.P.加入国民党的大约不及百分之二，比较由C.P.介绍加入国民党的大约不及千分之五。”如果陈独秀所言属实的话，则此时国民党员转入中共者尚少。不过，陈回避了国民党员转入C.Y.的人数。而当时国民党青年改宗转党者，一般是先入C.Y.。
1926年1月18日，国民党二大上有代表提出，国民党员加入共产党时，要得到该地党部的许可。此议一出，立即遭到与会中共代表的反对。张国焘声称，世界各国政党的党员，入党出党都有充分的自由。而且国民党员加入共产党的，实数不过共产党员人数的3%。张所说3%是否属实，尚待考证，但此问题提到国民党全国代表大会上讨论，说明已引起国民党人的高度重视。5月17日，国民党二届二中全会通过《整理党务案》，规定“本党党员未受准予脱党以前，不得加入其他党籍，如既脱本党党籍而加入他党者，不得再入本党。”以决议的形式来对国民党员改宗转党加以限制，反映出问题已有相当的严重性。《整理党务案》通过后，中共方面曾声明，今后将不从国民党员中吸收新党员，但实际并未执行。同年9月，共产国际执委会远东局使团在关于广州政治和党派关系的调查报告中谈到，在中山舰事件后的数月里，从国民党转到共产党里来的大学生多达300人。当时广州中共党员总数为2000人，其中学生知识分子党员约400人。也就是说，从国民党方面转过来的党员约占广州中共党员总数的1/7，占知识分子党员的3/4.这类情形自然会引起国民党高层的警觉。1926年9月国民党代表邵力子在给共产国际执行委员会的报告中，对共产党人提出两点批评：一是挑拨工农群众与国民党的关系，使国民党难以赢得工农的信任；二是“竭力要把国民党的年轻左派吸收到共产党组织中去，结果是国民党内几乎没有纯粹的国民党左派”。
中共中央在1926年9月的一份报告中谈到，在蒋介石视为其基本势力的黄埔军校学生中，左派分子占80%以上。这些左派国民党青年实际成了中共的后备力量。谭延闿曾向陈独秀抱怨说：一些国民党左派青年“比共产党更激进。这些人不会听国民党的。当我们同他们谈话时，他们回答说：‘你们太老了，我们只听共产党的。’”谭延闿要求共产党跟这些国民党左派青年谈一谈，如果共产党通过决议，这些左派青年就会服从。恽代英向国民党中央政治会议报告中央军事政治学校的情形时也提到，校中一些“纯粹的国民党左派”学生太过火了，全校贴的净是“共产党万岁”、“第三国际万岁”等标语，说话稍一不慎，就会被他们捉住关起来，他们还骂共产党有妥协性。当时共产党党员中普遍流传着这样一种说法：“国民党是C.Y.的预备学校，C.Y.是C.P.的预备学校。”“西山会议派”指责中共“认国民党为预备学校，以共产党为正式班，国民党是他们的过程”。国民党左派也慨叹：“国民党已经成了入共产党的桥梁！”
一种观念的普遍化，自是大量事实逐渐累积的结果。大量国民党青年转入共产党，实际上改变了国共合作的初始形式，亦即由中共党员加入国民党的单向流动，发展为国共党员之间的双向互动。国共合作之初，中共党员和青年团员人数甚少，几乎全部加入了国民党。但一年以后（1925年1月），中共四大决议：“今后我们的党员及在我们指导之下无党的产业工人，必须有工作上的需要才加入国民党。”同年10月，中共中央再次强调：“非必要时，我们的新同志不再加入国民党，不担任国民党的工作，尤其是高级党部（完全在我们势力支配之下的党部不在此限）。”
如果上述决议认真执行了的话，则意味着1924-1927年间中共党员加入国民党的只是少数，没有加入的反而是多数。因为中共党员人数主要是在四大以后迅速增长的。在四大以前，中共党员仅950人，而到1927年中共五大时增至57967人。特别是1926年4月以后的一年时间里，中共新增党员约4.5万人。新增的这部分党员可能大多没有加入国民党。
当中共决定新同志非必要时不再加入国民党后，中共党员可分为两部分：一部分是跨党党员，一部分是纯粹党员。国民党也同样由跨党党员和纯粹党员两部分组成。两党的跨党党员中又可分为两类：一类是先入中共，再加入国民党；另一类是先入国民党，再加入中共。前期跨党者主要是前一种情形，后期跨党者主要是后一种情形。
对中共而言，党内谁是跨党党员，谁是纯粹党员，自然心中有数；而对国民党而言，谁是跨党党员，谁是纯粹党员，并不清楚，因为中共党员的身份一直是秘密的。1926年5月蒋介石要求中共将党员名册提交一份给国民党中央，但中共没有提交。1927年2月，蒋介石在一次演讲中谈到：“究竟哪个是真正的党员，哪个是跨党的党员，究竟哪个是忠实的中央执行委员，哪个是跨党的中央执行委员，不说各位同志不明白，要怀疑，就是我做主席的，也弄不明白。”当时参加国民党中央执行委员会的中共党员的身份已是公开的秘密；至于普通党员的党籍分辨不清则属实情。
中共党员身份的秘密性，一直令国民党人深感不安，觉得自己在明处，对方在暗处；国民党的家底，中共一目了然；而中共对其党员发号施令，国民党却不知底细。“国民党党务，共产党员可以操纵，而共产党党务，国民党员绝对不能参加”。从国民党改组之日起，中共即在国民党内开展秘密党团活动。国民党人认为，中共党员既以个人身份加入国民党，则不应在国民党内进行秘密党团活动，否则就是“党内有党”。当国民党发现中共党员和青年团员在国民党内有党团活动时，明确表示不能容许，认为“既有党团作用，则已失其为本党党员之实质与精神，完全不忠实于本党，且其行为尤不光明”。而中共方面则认为，“既准跨党，便不能无党团之嫌疑。国民党外既然有一共产党存在，则国民党内便不能使共产派无一致之行动。况既谓之派，思想言论必有相类之处，既有党外之党，则其一致行动更无可疑。”
孙中山最初不愿与中共实行党外联合，只同意中共党员以个人身份加入国民党，意在不愿中共“独树一帜而与吾党争衡”。未料随着事态的发展，国民党人越来越感觉不安的，正是这种“党内有党”的合作方式。中共党团在国民党内的秘密运作，使国民党人深怀戒惧。本来国民党亦可采取党团的方式“回敬”中共。国民党一大所定总章中，专门列有“党团”一章，规定在秘密、公开或半公开的非党团体内组织党团，“在非党中扩大本党势力，并指挥其活动”。这与中共党团的有关规定并无二致。若此，国共双方均可能在对方党内开展秘密党团活动。邹鲁回忆，在他担任国民党中央青年部长期间，曾在广东各校员生中组织国民党党团对付共产党在青年学生中的活动；同时还派人加入共产党，去侦察对方的情形。
国民党很快发现，在组织竞争方面远非中共对手。改组后，除了党员数量急剧扩充外，其组织内聚功能并未得到增强，形式上仿效俄共组织体制，实际上仍是一盘散沙。相反，中共及其青年团在人数上虽远不及国民党，其组织内聚力却相当强，在国民党内很快形成一种“反客为主”的态势。国民党人渐渐感到，“所谓两党合作，事实上成为国民党的分子的个体与共产党整个的团体的联络，所谓国民党容纳共产党，事实上变为国民党分子不是为共产党所溶化，便是受共产党所包围。”被中共视为国民党左派的甘乃光谈到，由于中共在国民党内有党团组织的运用，国民党内的纯粹党员因松弛散漫而无法与之抗衡，其结果，“则我们常常说国民党容纳共产党分子，恐怕在事实上是共产党容纳国民党分子了”。
随着国民党左派青年大批被吸纳进共产党和社会主义青年团，国民党人感到国共合作的形式在发生变化：一方面，中共训令其新党员非必要时不再加入国民党；而另一方面，国民党青年却不断涌入共产党。“本党容纳共产党的政策，仿佛变为共产党容纳国民党的政策了！”到国共合作后期，这种慨叹在国民党内几乎成了一种共鸣。《现代青年》有文这样写道：
“容共”政策，年来所得的结果怎样呢？在外说得了不少的成绩，但在内来说，我敢老实不客气地说，已经不是国民党“容共”，实是共产党“容国”了，试看国民党青年，革命性丰富一点的，因为国民党组织散漫，纪律不严之故，无人指挥，欲工作而无从，最容易被人拉入共产党，那国民党已经成了入共产党的桥梁。这种事实，谁都不能否认的。
当中共将“容共”改称“联共”的时候，国民党人感到国共关系在发生主客易位，担心国民党的“容共”有演化为共产党“容国”的危险。后期国共之间的矛盾和冲突，除了意识形态之争、农工运动过火等因素外，国民党对中共在其党内的党团运作深怀疑惧，是一个至关重要的因素。当时一些国民党人公开说：“我们并不反对C.P.赤的政策，所反对的是C.P.处处把持国民党的工作。”就连鲍罗廷也感到“国民党人确实害怕国民党最终被共产党人吃掉”。在共产党的严密组织运作下，国民党人强烈感受到了其组织的生存危机。
孙中山一方面想借鉴俄共模式将国民党改造成为一个列宁主义式的严密政党，一方面又同意容纳共产党分子，这本身就存在着不可兼容与调和的矛盾。因为一个真正的列宁主义政党，是不可能容纳另一个列宁主义政党在其党内活动的。党内合作形式本身即意味着包容者不可能是一个十分严密的组织。孙中山当初要求中共党员以个人身份加入国民党，自然不希望中共在其党内进行有组织的党团活动。但这对具有坚定信仰和铁的纪律的中共而言，实际上是不可能的。在这种情况下，有可能出现两种结局：一种是国民党仍维持其旧有的涣散松懈的组织体制，容许中共在其党内作党团组织活动，从而逐渐丧失自己的领导权，最终可能为中共所兼并；另一种是中止两党党内合作，或共产党主动脱离国民党，或国民党强行“分共”、“反共”。孙中山在世时，国民党内虽不断有人反对“容共”，但孙中山自信有控驭中共的能力，故一直不曾改变其“容共”初衷。孙中山去世后，主张“分共”者不免有“违教”之嫌，非不得已不敢贸然行事。“西山会议派”“分共”的失败，在一定意义上即是违背“遗教”而导致丧失党统“合法性”所致。蒋介石1926年5月14日日记中记曰：“……大党允小党在党内活动，无异自取灭亡，能不伤心？惟因总理策略既在联合各阶级共同奋斗，故余犹不愿违教分裂，忍痛至今也。”可见蒋虽早有分共之心，此时亦尚不敢冒“违教”之险，以免丧失竞争党统的“合法性”王牌。直至“四一二”政变前夕，国共基本上维持着第一种局面。但这种局面难以长久维持，因为国民党是不可能放弃其领导权的。当蒋介石打下南京、上海后，个人声威倍增，反共时机趋于成熟。在这种情况下，蒋虽明知“违教”亦在所不顾了。
但中共在组织运作方面的成功，并未能保证它在此次革命中取得最终胜利。共产党的“文斗”毕竟敌不过国民党的“武斗”。合作破裂后，国共双方都总结各自的经验和教训。毛泽东从中得出了“枪杆子里面出政权”的著名论断。而蒋介石对中共最为羡慕和佩服的，即是中共的严密组织技巧和高超的民众动员能力。