一 中共领导的敌后战场
（一）八路军扩大华北敌后根据地
进入战略相持阶段，日军占领中国中东部许多重要城市和交通线，八路军在华北敌后广大地域继续大力发展武装力量，扩大根据地，开展游击战。
1.冀中根据地
1938年11月至1939年1月，日军对冀中抗日根据地发起围攻，多数县城被日军占领。1939年1月下旬，贺龙、关向应奉令率八路军第120师主力从晋西北到达河北省高阳县惠伯口地区。贺师与冀中部队共同击退日军围攻。2月中旬，成立冀中区军政委员会，贺龙任书记，贺龙、吕正操分别任军区正、副总指挥，关向应任政治委员。原冀中部队编入第120师。4月下旬，贺师击退日军对齐会（任丘东南）之进攻，歼日军700余人。
2.晋冀豫根据地
1938年12月，刘伯承、邓小平率第129师陈赓旅主力越过平汉线到达冀南。宋任穷、王宏坤分别任冀南军区正、副司令员，陈再道任东进纵队司令员。1939年1月，日军进犯冀南，占领冀南中心区各县城。第129师阻击、伏击日军。陈赓旅在威县南之香城固设伏歼敌，取得胜利。
3.冀热察根据地
1939年2月7日，晋察冀军区在北平西成立冀热察挺进军，萧克任司令员，兼任冀热察军政委员书记，指挥平西、冀东、平北地区的游击战争。平西根据地拥有宛平、房山、涞水县的大部和涿县、良乡、宣化、涿鹿、怀来、昌平各一部。平北区逐步开辟，至1940年6月，建立了4个县政权，年底成立平北军分区。1939年，原冀东部队改为挺进军第13支队。1940年7月，成立冀东军分区（司令员李运昌）和行政专员公署。
4.山东根据地
1938年，第115师组编晋西独立支队，陈士榘为支队长，林枫兼政治委员，留在晋西地区坚持斗争。第115师师部、教导大队和第343旅（旅长陈光）两个团于1938年冬至1939年春，由陈光代师长和政治委员罗荣桓率领，先后进入山东。第115师先遣部队第343旅杨得志团于1938年12月底进抵湖（微山湖）西地区。1939年初，该团与山东纵队挺进支队合编为苏鲁豫支队，创建以丰县、沛县为中心的湖西根据地。1939年3月2日，第115师师部等到达鲁西，4月东进泰（山）西地区，与张经武、黎玉领导的山东纵队第6支队会合。5月在肥城南之陆房遭日军围攻，突围转入东平以东地区。8月，经历梁山战斗，于9-10月间进入鲁南，开辟临（沂）费（县）峄（县）边区，继又开拓郯（城）码（头）平原，创建了以抱犊崮为中心的鲁南抗日根据地。
1939年8月，为统一山东境内及苏北、皖北八路军各正规部队和游击队的领导，成立八路军第一纵队，徐向前为司令员，朱瑞任政治委员，并任军政委员会书记。1939-1940年，第115师和山东纵队开辟、扩大了冀鲁边、清河、胶东、鲁中、鲁西、鲁南、湖西、滨海等区。1941年8月，山东纵队归第115师指挥，山东军政委员会由罗荣桓任书记。1940年5月，第115师原留于晋西的独立支队于10月转移到鲁南抗日根据地。
5.冀鲁豫根据地
1939年2月，第115师第344旅代旅长杨得志率一部由晋东南进至直（直隶）南（包括冀南和现豫北一部分县），3月初与当地抗日武装合编为冀鲁豫支队。冀鲁豫支队于1940年春建立濮阳、长垣等7县的抗日政权，成立直南专员公署。4月，八路军第2纵队（2月在太行山南部地区组建，黄克诚任司令员）奉八路军总部令，到达直南，冀鲁豫支队编入第2纵队。至此，初步建成包括直南、鲁西南、豫北地区的冀鲁豫根据地。1941年7月，冀鲁豫军区与鲁西军区合并，统称“冀鲁豫军区”。
从1938年10月至1940年底，八路军发展到16.6万人，建成晋察冀、晋绥、晋冀豫、冀鲁豫、山东5大块根据地。
（二）八路军华北各根据地反“扫**”作战
1.晋冀豫根据地
晋冀豫根据地的太行区位于平汉、正太、白（圭）晋（城）、道清四路之间，为八路军总部和第129师师部所在地。1939年7-8月间，日军对太行区进行“扫**”。陈锡联旅在辽县（今左权）之石匣村，陈赓旅和八路军总部特务团在榆社云簇镇分别伏击日军。沿白晋路南犯的日军于7月中旬占领长治、襄垣等城，8月7日又占黎城，至下旬，打通了白晋路北段和邯（郸）长（治）大道。第129师主力和第115师第344旅及晋豫边支队、决死第1、第3纵队等部，在反“扫**”中收复榆社等7座县城。
2.晋察冀根据地
1939年5月上旬，日军5000余人分3路合击晋察冀军区领导机关。第120师之王震旅予以阻击。晋察冀军区第一军分区（司令员杨成武）于5月20-21日收复被日军夺占的大龙华（易县西）。9月25日，日伪军从灵寿出动，奔袭晋察冀军区后方机关所在地，27日占领陈庄。28日、29日，刚由冀中转至北岳区的第120师于陈庄东南磁河两岸伏击由陈庄撤出之日军，予以歼击。晋察冀军区一部给予从灵寿出援之日军以重大杀伤。10月中旬，日军对北岳区进行更大规模的“扫**”。杨成武指挥围歼在雁宿崖地区进攻之日军。11月4日，日军“蒙疆驻屯军”司令官、独立混成第2旅团旅团长阿部规秀率日军1500余人沿进攻之老路进行报复，6日晚被诱进涞源、易县交界处的黄土岭一带。7日，伏击部队突向日军攻击，日军十余次企图冲出包围圈未成。在杨成武部第1团的炮击下，日军“山地战专家”阿部规秀中将中弹毙命。日本华北方面军司令官多田骏哀叹：“名将之花，凋谢在太行山上。”此战毙伤日伪军3600余人，而八路军和民众牺牲2000余人。11月25日，日军6000余人向阜平合击，晋察冀军区机关和部队及时撤出包围圈，各部队转至敌后袭击，深入阜平之日军主力被迫撤退。
3.冀中根据地
1939年12月15日，日军对冀中根据地发起“扫**”。冀中军区主力兜圈突出包围合击圈，其他部队在外线袭击日军据点、封锁线。1940年初，日军进占深县以南地区，马本斋率领的回民支队开赴深（县）南，连续取得康庄伏击战和奇袭榆科等战斗的胜利。2-3月，日军6000余人在冀中分区进行“扫**”。4月10日至5月底，日伪军进行“扫**”。晋察冀军区派两团支援反“扫**”。冀中军区毙伤日军3000余人、伪军400余人。6月下旬，冀中部队发起青纱帐战役，打击日军，收复多个据点。
4.冀热察根据地
1939年2月至1940年夏，日军向冀热察区“扫**”十余次。冀热察挺进军与民众结合，灵活抗击，歼日伪军甚多。仅6月上中旬，冀热察边蓟县、密云地区八路军就毙敌300余人，生俘日伪军40余人。
5.山东根据地
1939年6月初至7月中旬，日军向鲁中“扫**”，先后占莒县、沂水、蒙阴等县城及东里店、鲁村等重要村镇。山东纵队在莱芜东北苗山、蒙阴以西旋风峪击敌。是年10月25日，山东根据地进行五井歼敌战；11月，泰山地区进行冬季反“扫**”作战。1940年2月，该纵队攻克费县西重要据点白彦镇。4月14日，日军从邹县、滕县、枣庄、峄县、临沂、费县分10路向鲁南抱犊崮山区“扫**”，第115师主力奔袭日军据点，伏击日军，在滕县南沙河等处予日军以重大杀伤。
6.晋西北根据地
1940年1月底，第120师（贺龙）主力从晋察冀边区回到晋西北。是年6月，日军调集2.5万兵力对根据地连续进行大规模“扫**”。6月上旬，日军千余由忻县出动，占领岚县县城，向根据地推进。第120师主力分散游击袭敌。20日开始，日伪军向方山、临县、岢岚、河曲、保德等地进攻，28日起向根据地中心合围，寻歼第120师主力和指挥机关。第120师集中6个团的兵力于7月4日在兴县东二十里铺伏击由兴县撤退之日伪军。该师在山西新军决死第2纵队、第4纵队的配合下击退日军进攻。
（三）1940年的百团大战
1940年8月20日起，八路军在华北发动了一场大规模的交通破袭战役。
7月22日，八路军总部决定：“趁目前青纱帐与雨季时节，敌对晋察冀、晋西北及晋东南‘扫**’较为缓和、正太路沿线较为空虚的有利时机，大举击破正太路。”作战计划规定，破击的重点为正太铁路井陉、寿阳等地，平汉、同蒲等路也“同时组织有计划之总破坏和袭击”。这次交通破袭战参战兵力增加至105个团，故此役称“百团大战”。
战役第一阶段（8月20日至9月10日），主要作战是破坏交通，重点是破击正（定）太（原）铁路。8月20日晚，参战部队同时在正太、同蒲、平汉路和一些公路开始破坏和袭击。晋察冀军区10个团又5个支队向正太路平定至石家庄段进攻，攻克娘子关和井陉矿区。第129师10个团和八路军总部炮兵团向正太路平定至榆次段进袭。同时，第120师破袭同蒲路北段和汾（阳）离（石）、太（原）汾（阳）等公路，攻克阳方口、康家会等车站、据点。第129师和晋豫冀军区还向平汉、同蒲（南段）、平绥、津浦、北宁、德石、白晋等铁路和一些主要公路及日军据点进行破袭。日军受到出乎意料之奇袭，决定进行反击作战。
8月25日，日军从冀南、冀中和同蒲路南段、白晋路调集兵力向正太路反击。晋察冀军区部队撤离娘子关、井陉矿区，向正太路北侧盂县地区出击。第129师在正太路南抗击日军进攻。第120师加紧破击同蒲路忻县至太原段，迫使正太路南侧的日军北援。9月5-9日，晋察冀部队将从上社、下社逃向盂县之日军大部歼灭。至9月15日，第129师击退正太路南日军反击，参战官兵均英勇作战。在袭击潞城作战中，决死第3纵队政委董天知所率一部被日军包围，突围中全部牺牲。
战役第二阶段（9月22日至10月上旬），第129师进行了辽（县）榆（社）战役，晋察冀军区进行了涞（源）灵（丘）战役，第120师进行了同蒲路宁武南北段破击战役，冀中进行河（间）任（丘）战役，冀南区进行破击德（州）石（家庄）路、邯（郸）济（源）路战役。
9月25日，第129师曾攻占榆社城，正准备进攻辽县，因日军由和顺、武乡出援，乃停攻，与武乡出援日军激战。10月1日，榆辽战役结束，参战部队均撤出战斗，榆社城及其他几个据点复被日军所占。
9月26日，晋察冀军区攻占涞源外围十余据点，因张家口日军3000人于28日进抵涞源城，乃放弃攻城计划，移兵力攻占灵丘、浑源方向之日军据点，而由大同来援之日军进至浑源，并向灵丘急进。晋察冀军区部队10月10日结束涞灵作战。
自9月20日起，第120师连续6天破击同蒲路北段，切断了该线交通。10月1-20日，冀中军区对任丘、河间、大城、肃宁日军进攻，攻占据点20余个，破坏公路150公里。冀南、太行、太岳军区部队对平汉路元氏至安阳段、德石路、白晋路和同蒲路南段和一些公路进行了破坏。
战役第三阶段（10月16日至12月5日）为反“扫**”作战阶段。日军从10月6日起先后对晋东南、晋察冀、太岳和晋西北等抗日根据地进行报复性“扫**”，首先发起向八路军总部所在地太行根据地“扫**”。第129师于15日在和（顺）辽（县）公路之张家岭伏击日军，30日在武乡关家垴包围进攻之日军。11月初，第386旅坚守大陌村阵地一昼夜，保卫八路军总部安全转移。日军于10月13日对平西“扫**”，冀热察挺进军与日军苦战。11月9日，日军进攻北岳区，21日攻占阜平。晋察冀军区部队内外线结合，予日军以打击，日军退出北岳区。10月下旬至11月上旬，晋西北军民击退日军4000人的“扫**”。11月17日，日军7000余人“扫**”太岳区，大肆烧杀抢掠，沁源县被杀害群众达5000余人，占全县人口的1/10.太岳区部队予日军打击后，日军于12月上旬分途撤出。12月14日，日军开始对晋西北全区进行大“扫**”。至12月23日，日军侵占了除保德、河曲外全部县城，杀害民众5000余人。第120师于10月13日组建晋西北军区。军区组织反“扫**”游击战，主力转入外线，继则组织军民击破日军修路筑点计划。至1941年1月24日，日军退出根据地。
百团大战是抗日战争时期中国共产党的军队对日作战中规模最大的战役，它提高了八路军的声威。百团大战历时3个多月，大小战斗1824次。当年八路军总部公布的《百团大战总结战绩》称：毙伤日军20654人（内有大队长以上军官18人），毙伤伪军5155人，俘虏日军281人、伪军18407人，俘日军武装移民56人，消灭日伪据点2993个，缴获大批武器器材，破坏铁路948里、公路3004里，破坏煤矿5所，伪军反正1845人。此役八路军指战员伤亡达1.7万余人。
（四）百团大战后抗击日军大规模“扫**”
百团大战后，日军加紧对八路军根据地的“扫**”。据载，1940年7月至1942年7月，千人以上的“扫**”达174次，万人以上大“扫**”达15次，较前两年增多2/3，使用兵力较前增加1倍。日军采用“铁壁合围”“纵横扫**”“辗转抉剔”战术，实行烧光、杀光、抢光的“三光政策”，进行灭绝人性的大屠杀，制造“无人区”。1941年1月，日军1500余人突然包围冀东丰润县潘家峪，将全村老幼男女驱赶到一处，用机枪扫射，杀害群众1300余人，是为“潘家峪惨案”。日军在冀中定县北疃村将毒气通入地道，将躲藏在地道内的老幼妇孺800多人全部毒死。日军在井陉南制造无人区，将8个村庄放火连烧7天7夜，杀死村民350余人，抓走4000余人。日军利用铁路、公路作封锁线，密设岗楼据点，修筑封锁沟墙，对根据地施行“囚笼政策”。
八路军发动群众坚壁清野，并发动群众武装自卫，广泛开展游击战，抗击日军“扫**”。1941年8月中旬至10月中旬，日本华北方面军总司令冈村宁次率大批日伪军对晋察冀边抗日根据地北岳区、平西区进行大规模“扫**”，采取“铁壁合围”“梳篾清剿”“分区扫**”。9月1日，晋察冀边区党政领导机关被日军突袭包围，被围困于阜平雷堡地区。2日，军区机关巧妙地跳出包围圈。八路军总部调贺龙师、刘伯承师和吕正操部共20余团兵力配合，从东、西、南3面向进攻晋察冀边区的日军后方进击。9月26日，聂荣臻部攻克阜平城，28日克复陈南庄。据载，至10月16日，晋察冀军民作战800多次，部队伤亡2000余人，歼日伪军5500余人。
1941年5月，日军调集大批兵力围攻冀东根据地，冀东军分区部队在玉田县南部损失很大。至9月中旬，冀东部队大部分越过长城挺进热河省南部，坚持冀热辽边游击战。
1941年初，日军先后对山东各根据地进行“扫**”，均被根据地军民积极抵抗，予以击退。11月2日，日伪军由蒙阴、费县、临沂、莒县、沂水等据点出动，对鲁中沂蒙山区进行“铁壁合围”大“扫**”。4日，日军偷袭沂南西部八路军山东军区第115师师部。5日夜，第115师师部穿出日军包围圈。
11月9日，日军5000余人向黎城、辽县一线进攻，占领并摧毁八路军设在水窑山黄崖洞的兵工厂。自10日至18日，八路军总部特务团激战8昼夜，打退日军数次冲击，掩护兵工厂人员、机器转移。18日，在第129师部队配合下，收复了黄崖洞。
为了抗击日军对根据地的“蚕食”和“治安强化运动”，各根据地陆续派出小部队进入根据地边沿乃至敌占区，进行游击，开展各种斗争。1940年4月，第129师师长刘伯承提出“敌进我进”战术，以摆脱“敌进我退”的被动局面。1941年春夏间，该师首先组成10个武装宣传队，进入敌占区展开抗战宣传，揭露日军侵略罪行，瓦解日伪军。6月18日，八路军野战政治部指示：组织武装宣传队深入敌占区，进行抗日宣传，组织对敌斗争突击队。1941年下半年，第129师、晋西北部队与晋察冀部队均派出武装宣传队潜入敌占区，开展宣传活动，镇压汉奸特务，抗击“治安强化运动”。这是敌后武工队之雏形。
（五）新四军在华中建立、扩大根据地
1938年11月9日，中共中央设立了由刘少奇任书记的中原局，着意在长江以北、陇海路以南的豫、鄂、皖、苏敌后地区发展武装，扩大建立根据地。
1939年4月，中共中央指示：华中是发展武装力量的主要地域，准备从华北八路军抽调一部去华中，从陕北和八路军总部调营级干部去华中，新四军则从江南抽调大员及大批干部去江北。1940年1月28日，中共中央指示：在山东全境和华中，把发展武装作为一切工作的中心。
关于新四军的发展方向，1939年2月23日至3月14日，周恩来曾到皖南泾县新四军军部与项英研商了若干原则和方针。1940年2月19日，中共中央书记处指示新四军的发展方向为：“向南巩固，向东作战，向北发展”。
新四军在华中猛烈开辟扩大根据地。
1.苏南根据地
1939年4月，陈毅派叶飞率第6团向苏南东部发展。第6团于5月5日到达武进，与江南抗日义勇军（简称“江抗”）梅光迪、何克希部会合，成立江抗总指挥部，梅光迪任总指挥。5月中旬，江抗东进抵达阳澄湖地区。6月24日，新四军夜袭苏州西北浒墅关车站。7月23日，一部进至上海近郊，袭击虹桥机场，烧毁4架日机。“江抗”阳澄湖游击根据地与该地区的忠义救国军间发生摩擦，10月，陈毅令“江抗”从锡澄（无锡、江阴）地区西移。
1939年，新四军第1、第2支队建立的以茅山为中心的根据地，击退了日军数次进攻。8月，第1、第2支队由陈毅统一指挥，11月在溧阳水西村成立新四军江南指挥部，陈毅、粟裕分别任正、副指挥。1940年7月，粟裕渡江北上，江南指挥部由罗忠毅、廖海涛分别任正、副总指挥。
10月，“江抗”主力西撤至扬中，编为江抗挺进纵队，管文蔚任司令员，叶飞副之。12月江抗挺进纵队进至扬州、泰州地区。同年11月，第4团渡江向扬州、仪征、天长地区发展，称“苏皖支队”。1940年2月，江抗挺进纵队梅嘉生部编入该支队，陶勇为司令员。
2.皖南抗日作战
新四军第3支队（张云逸）在皖南与国民政府军协同抗击日军，1939年1-2月间与日军争夺繁昌城，两失两克。5月，第3支队再次击退日军对繁昌的进攻。9月，日军再攻繁昌。11月8日至12月21日，日军5次进犯繁昌，又被击退。1940年4月、9月，新四军军部和第3支队又在繁昌、南陵、泾县一带配合国民政府军与进犯的日军作战，击退日军进攻。1940年10月7日，日军攻陷泾县县城，后叶挺指挥击退日军，收复县城。
3.皖东根据地
1939年起，新四军第4、第5支队在皖北、皖东猛烈发展。1938年11月，新四军参谋长张云逸渡江抵无为地区，与第五战区豫鄂皖边游击总司令、安徽省政府主席廖磊协商，确定：第4支队向淮南路东及津浦路南段活动，庐江、无为地区由中共领导的游击武装和人民抗日武装统编为江北游击纵队。1939年2月，张云逸率新四军军部特务团、江北游击纵队进抵皖东。4月下旬，叶挺渡江北上，5月在庐江县东汤池组建新四军江北指挥部，张云逸任指挥。6月，徐海东任副指挥。第4支队经整编后，由徐海东担任支队司令员。7-8月间，第4、第5支队进入津浦路东西侧建立根据地，开辟以定远南藕塘为中心的津浦路西根据地。新成立的第5支队由罗炳辉任司令员，开辟以来安东北半塔集为中心的津浦路东根据地。是年秋，第5支队伏击日军，收复来安。
1939年12月，刘少奇率中共中央中原局机关抵达皖东定远县新四军江北指挥部。刘多次召集会议，研究扩展华中根据地、发展武装以及国共摩擦问题。
1940年，新四军皖东各部在津浦路两侧地区建立政权（路东盱眙、嘉山、天长、来安、六合、仪征、高邮、宝应，路西定远、滁县、全椒、凤阳、和县），击退日军进攻。至年底，皖东根据地发展至运河以西、长江以北、淮南路以东、淮河以南大片地区。
4.豫皖苏边根据地
1938年9月30日，由彭雪枫率领八路军游击支队从河南确山县向豫东敌后挺进。1939年初，该支队继续东进皖北，开辟豫皖苏边区，在东进过程中陆续收编豫皖地方武装，逐步壮大，11月改称新四军第6支队，彭任司令员兼政治委员。至1939年底，以永城、涡阳间新兴集为中心的豫皖苏根据地，有萧（县）、亳（县）、永（城）、夏（邑）、杞（县）5个县政权和萧（县）西、宿（县）西2个办事处。
5.淮海根据地
1940年6月，八路军第2纵队黄克诚奉令率部南下华中，进入皖北涡阳新兴集，7月下旬进入皖东北。8月中旬，黄克诚部编为八路军第5纵队，由黄任司令员兼政治委员，执行“向东发展”任务。黄克诚率第5纵队在沭阳、泗阳、宿迁、淮阴、涟水、东海等8个县建立政权，开辟了淮海区根据地。9月，第5纵队配合新四军第5支队开辟苏北淮（安）宝（应）地区。
10月4日、5日，苏鲁战区副总司令韩德勤部与新四军苏北指挥部陈毅部队之间在黄桥发生严重摩擦战役，第89军被歼，军长李守维亡。新四军第5支队东进至运河边。八路军第5纵队黄克诚部南下，进占阜宁、益林、建阳等镇，直下盐城，击溃韩德勤部。10月10日，新四军第2纵队一部与八路军第5纵队第1支队在东台北之白驹会合。1940年11月17日，华中“新四军八路军总指挥部”在海安成立（同月23日迁盐城），叶挺任总指挥（叶抵苏北前陈毅代），刘少奇任政治委员，统一指挥华中的新四军、八路军。
11月29日，由山东南下的第112师霍守义部（原东北军）以“武装调停摩擦”名义增援韩德勤，在曹甸与新四军八路军华中指挥部部队之间发生摩擦战役，历时18天。
6.鄂豫边根据地
1939年1月，中共中央中原局书记刘少奇到达河南确山县竹沟镇，决定派李先念至武汉外围敌后扩建一支新四军部队，创建抗日根据地。17日，李先念率新四军独立游击支队经四望山、信（阳）罗（山）边、大悟山向鄂中应山、安陆等地挺进。4月，该支队发展为鄂中游击支队，李先念任司令员。6月中旬，中共领导的鄂中、豫南武装编为“新四军豫鄂独立游击支队”，1940年1月在京山改称“新四军豫鄂挺进纵队”，李先念任司令员，朱理治任政治委员。纵队历经百来次战斗，毙伤日伪军甚多，在天门、汉川以北，信阳以南，京山、随县以东，平汉路以西大片地区开辟游击区和根据地。
（六）皖南事变及其后新四军的进一步发展
1941年1月6日，抗日战争时期国共之间最严重的军事摩擦事件皖南事变发生。
中共武装在敌后的猛烈发展，使国民政府极为担忧，特别是苏皖一带为国民政府原先统治的中心地区，更不容中共武装大力发展。1940年7月16日，国民政府军事委员会提出《中央提示案》:关于第18集团军（即八路军）及新四军的作战地境，取消冀察战区，将冀察战区及鲁省黄河以北并入第二战区，阎锡山仍任战区司令长官，卫立煌、朱德副之。晋东南由卫立煌负责，晋西南由战区司令长官直接负责。冀、察两省，鲁北及晋北之一部由朱德副司令长官负责指挥，八路军和新四军全部调赴该区域内，新四军加入第18集团军序列。9月初，周恩来将中共中央的复案交国民党中央，提出调整游击区域及游击部队办法三种：一、扩大第二战区至山东全省及绥远一部；二、按照第18集团军、新四军及各地游击队全数发饷；三、各游击部队留在各战区，划定作战界线，分头击敌。
10月19日，何应钦、白崇禧致电（皓电）朱德、彭德怀、叶挺，提出：第18集团军及新四军各部队，限于电到1个月内全部开到《中央提示案》所规定之作战地境内。周恩来提出的办法三种，第一、三两种决难照办，第二种待开到规定地境后，再行酌办。
11月9日，朱德、彭德怀、叶挺、项英复电（佳电）何应钦、白崇禧：要求允许大江南北地方部队仍守原地抗战；对江南正规部队劝其遵令移动，恳中央宽其期限；江北部队，暂时拟请免调。
12月8日，何、白复朱、彭、叶、项电（齐电），要求迅即将黄河以南之部队悉数调赴河北。9日，蒋介石发布展缓日期命令：凡在长江以南之新四军全部，限本年12月31日开到长江以北地区；明年1月30日以前，开到黄河以北地区作战。现在黄河以南之第18集团军所有部队，限本年12月31日止，开到黄河以北地区。
中共方面表示在皖南方面让步，但拟拖一两个月。至12月下旬，乃下令皖南新四军部队转移。
关于新四军军部的北移路线，第三战区司令长官顾祝同曾经同意皖南新四军部队从泾县往东北方向经由苏南渡江。但11月29日至12月16日发生了苏北新四军和八路军联合与鲁苏战区副司令长官、江苏省政府主席韩德勤所部在省政府所在地兴化不远的宝应县曹甸的摩擦战事。国民政府担心江南新四军从苏南北渡将会参加对韩德勤部之攻击，乃禁止皖南新四军部队从镇江北渡，令由铜陵、繁昌间渡江。蒋介石早就下令，如发现江北中共部队进攻兴化，或新四军至限期（本年12月31日）仍不遵命北渡，应立即将其解决。
12月29日，毛泽东、朱德、王稼祥致电叶挺、项英：同意直接（指由铜陵、繁昌）移皖东，分批渡江，一部分资材经苏南。12月间，皖南新四军非战斗人员2000人和物资器材已经由苏南北移。但30日，毛泽东、朱德又下令，仍以分批走江南为好。1941年1月3日，毛、朱令新四军：全部坚决开苏南，并立即开动。
1月4日夜，新四军军部及所属皖南部队9000余人由安徽泾县分3路向南进发，由云岭驻地先向东南行进，绕道茂林，拟经三溪、旌德、宁国、郎溪，沿天目山麓，进至溧阳苏南根据地。6日，新四军行至泾县境内之丕岭一带后，遭到驻在该地的第三战区第32集团军上官云相部第40师（方日昌）的拦阻，发生战斗，其后更遭到该地区第三战区7个师8万余人拦截包围，激烈作战。至14日，新四军除2000余人突围外，其余或牺牲，或被俘。这就是震惊中外的皖南事变。
1月17日，国民政府军事委员会下令：撤销新四军番号，该军军长叶挺革职，交军法审判，通缉副军长项英。时叶挺被扣；项英秘密藏匿，后被手下叛徒暗害。
中共中央则针锋相对，于1月20日发布重建新四军军部的命令，任陈毅为新四军代军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长。25日，新军部在盐城成立。新军部将新四军和陇海路以南八路军部队编为7个师，师长分别为粟裕、张云逸（兼，副师长为罗炳辉）、黄克诚、彭雪枫、李先念、谭震林和张鼎承（未到职）。
2月，因察觉鲁苏皖边区游击军副总指挥李长江准备投伪，新四军第1师攻占姜堰、苏陈庄等处和李长江部的驻地泰州。日军为救援李部，进逼泰州。新四军第1师于21日撤出泰州。4月，第1师攻克泰州、如皋间的古溪、蒋垛等据点。
2月18日，新四军第3师第9旅攻克青阳镇（今泗洪县县城），经40余天作战，恢复了皖东北根据地中心区。7月20日，日军围攻盐城新四军军部。新四军主动撤出盐城。28日，日军占阜宁。其间，23日，新四军第1师围攻姜堰和泰州，日伪军回援泰州时新四军第3师乘机于29日收复阜宁。8月9日，第1师、第3师分5路反攻盐城地区，收复建阳（今建湖县）的湖垛（今建湖镇）、上岗和盐城东南的裕华等镇，9月上旬击退日军“扫**”。
从1940年11月开始，日军对苏南新四军进行“扫**”，日伪军在华中进行“清乡”。1941年7月、9月，日军对茅山根据地地区进行“扫**”，苏南行政区专员巫恒通重伤被俘，汉奸周佛海劝降遭斥责，巫拒医绝食，壮烈殉国。11月28日，伪军合击溧阳塘马地区新四军第16旅旅部，该旅经10余次冲杀，大部突围，但旅长罗忠毅、旅政委廖海涛等牺牲。
1941年2月开始，日军重点“扫**”津浦路西，12日分4路“扫**”以定远为中心的津浦路西根据地。第2师积极抗击。3月上旬，日军侵占巢湖以南地区，皖中第7师奋战1个月，克复白湖（庐江东）以东至含山、和县间广大地区，于5月建立了巢（湖）无（为）根据地。
1941年1月下旬，日军发动豫南战役时，新四军第5师遵照军部指示，以主力一部进入鄂豫边应山、随县、桐柏、信阳等地。6-11月，第5师抗击日军对安陆、天门、潜山、京山地区的“扫**”，并以“敌进我进”方针直逼武汉市郊，开辟汉川、汉阳、孝感、黄陂地区。11月上旬至12月23日，第5师3次进攻侏儒山，进攻沔阳王家场、何家场，开辟了（汉）川汉（阳）沔（阳）地区。
（七）广东地区的中共敌后游击武装
日军攻占广州后，中国共产党在广东省建立了东江、珠江、琼崖3支游击队。
1.东江抗日游击队
东江地区东莞抗日模范壮丁队（队长王作尧）和惠（阳）宝（安）人民抗日游击总队（总队长曾生）于1939年1月1日成立东宝惠人民抗日游击大队，王作尧任大队长。4月，这两支武装分别改编为第四战区游击纵队指挥所所属游击大队，在惠宝地区开展游击战争，至1939年底，分别在坪山圩和乌石岩建立抗日根据地，发展到700余人。1940年3月，两部向海丰、陆丰转移。中共中央指示其仍回东（莞）宝（安）惠（阳）地区。8月上旬，该两部回到宝安上下坪村，部队仅剩下100余人。此后，曾生、王作尧两部于9月改称“广东人民抗日游击队”，林平任政委。10月初，该两部开创东莞大岭山区根据地和阳台山区根据地。1940年底，以大岭山、龙华为中心的广九路西抗日根据地形成。1941年6-8月，两部分别击退日伪军对大岭山和阳台山的进犯。10月，大岭山游击队一部转移至阳台山，一部由曾生带至惠宝边区，恢复坪山根据地。1941年4月，新成立一支广东人民抗日游击队增（城）从（化）番（禺）独立大队，开辟增城油麻山根据地。年底，广东人民抗日游击队发展至1500余人，武装民兵1000余人。
2.珠江抗日游击活动
广州沦陷后，南海县农民运动负责人吴勤组建南海县抗日义勇队，接受国民政府军游击部队番号，称“广州市郊游击第2支队”。1939年2月，中共南（海）顺（德）工委负责人林锵云组织了一支游击队。1939年，中山抗日游击队多次击退日军的进攻，保卫了大良（顺德县县城）。
1940年3月，日军占领大良。广州市郊游击队（简称“广游”）第2支队和林锵云游击队退出，往大良附近的西海村建立根据地。林锵云领导的游击队改编为广东抗日游击队的一部。是年冬，日伪军“扫**”，广游第2支队主力转向顺德，以西海为中心活动。1941年夏，日军以伪军对西海形成包围，广游第2支队一部向中山县五桂山转移。10月17日，广游第2支队击溃进犯伪军获捷。年底，日伪军报复，烧掉西海村70%以上房屋，广游第2支队转移。
3.琼崖游击队
1937年12月5日，琼崖中共红军游击队改编为广东省民众抗日自卫团第14区独立队，中共琼崖特委书记冯白驹任队长。1939年2月10日，日军在海南岛登陆。2-3月间，该独立队在海口地区抗击日军，9月27日化装进入琼山永兴市袭击日军据点。1939年5月，该独立队扩大到千余人，扩编为民众抗日自卫团独立总队，冯任总队长。此后总队即在琼山、文昌地区开展游击战争，开辟琼（山）文（昌）抗日根据地。1940年2月，总队挺进儋县、临高、澄迈边界美合山区，建立抗日根据地。同年秋，总队发展至3000余人。1940年12月，当地国共间发生军事摩擦，冯部退出美合根据地，总队返回琼（山）文（昌）根据地，另两支队伍分别到儋县、临高地区和万宁六连岭地区活动。
二 国民政府军的敌后游击战
中日战争进入战略相持阶段后，军事委员会更加重视敌后游击战的作用。在1938年11月南岳军事会议上蒋介石提出：抗战进入新的阶段，要“政治重于军事，游击战重于正规战，变敌后方为其前方，用三分之一的力量于敌后方。”
1939年1月7日，蒋介石令颁《国军第二期作战指导方案》，规定：“国军应以一部增强被敌占领地区内的力量，积极展开广大游击战，以牵制消耗敌人。”
军事委员会并新设立鲁苏、冀察两个敌后游击战区，令第51军（于学忠）挺进山东，令第69军（石友三）和第97军（朱怀冰）挺进河北，以加强游击战兵力。冀察战区、鲁苏战区均于1939年3月成立。
为加强对敌后地区的党、政统一领导，国民党中央和国民政府于1939年3月22日设立战地党政委员会，蒋介石亲自兼任主任，李济深任副主任，各战区设立分会。
为适应开展游击战的需要，军事委员会举办游击干部训练班，调集各战区指挥游击作战之军官培训。蒋介石兼训练班主任，白崇禧、陈诚为副主任，汤恩伯任教育长（后由李默庵接替），叶剑英任副教育长。游击干部训练班在南岳办一期后，又在西北办训练班。南岳训练班因此改称“西南班”。西南游击干部训练班共办7期，训练干部5659名。
按照军事委员会的部署，各战区均加强游击作战，袭扰、牵制日军，配合正面战场诸役。
（一）冀察战区
鹿钟麟于1938年6月8日接任河北省政府主席，兼任第一战区游击总司令，驻冀县。1939年1月，鹿钟麟任冀察战区总司令，石友三、庞炳勋为副，指挥第97军（朱怀冰）、第69军（石友三）、新编第5军（孙殿英）等以及张荫梧的河北民军和孙良诚部。冀察战区成立后，第97军于新乡、博爱间，负责对道清路、平汉路两线袭击；新编第5军位于沁阳、孟县间，负责豫晋边袭击；第69军主力位于河北省威县以北，其新编第6师高树勋部位于盐山、庆云、乐陵；张荫梧民军位于冀中束鹿、藁城、隆平一带，负责石家庄以南平汉路袭击。军事委员会第一游击总司令张砺生于1938年10月4日任察哈尔省政府代主席，其部驻察南、冀北一带。
但中国共产党领导的八路军早已到达冀中、冀南大力开辟根据地，扩展抗日武装。国民政府军与八路军同在一个地区活动，冀南并存两个行政公署，河北地区国共军事摩擦不断发生。其间，鹿钟麟与刘伯承、彭德怀先后多次晤商解决办法，但或不得要领，或无法谈拢。1939年，张荫梧河北民军在冀中与八路军吕正操部之间，侯如墉部在获鹿与冀西游击队之间发生冲突。1940年1月，石友三、高树勋两部在南宫、清河、濮阳等地与八路军之间发生摩擦，石、高两部被八路军击破，退入鲁西。1940年3月，冀察战区总司令部和第97军朱怀冰部被击败，退出河北省境。鹿于3月中旬退至河南林县，仅剩数百人。
鹿钟麟旋被免职，军事委员会以第一战区司令长官卫立煌兼任冀察战区（实为冀、鲁、豫三省边区）总司令。庞炳勋接替河北省政府主席职。朱怀冰军、孙殿英军退至晋豫边区后与庞炳勋军会合，编为第24集团军，庞任总司令，驻陵川、林县一带，以太行山为根据地，对平汉铁路、道清铁路游击，于5月至11月间击退日军数次进攻。1940年12月4日，因石友三企图叛变，高树勋奉命将其逮捕处决。原石友三部孙良诚军与高树勋军合编为第39集团军，以卫立煌兼任总司令，孙良诚、高树勋为副。后孙良诚被俘，高树勋继任总司令，高部退至鲁西东明、濮县，以濮阳为根据地，继续游击。至此，冀察战区已名存实亡。
（二）鲁苏战区
1939年3月，鲁苏战区成立，以于学忠为总司令，韩德勤、沈鸿烈任副总司令。于学忠率牟中珩军进驻沂蒙山区，另调苏北缪澂流军进驻日照西北山区，归于直接指挥。军事委员会划定长江以北、津浦铁路以东、老黄河以南，为鲁苏游击战区。鲁苏战区兵力主要为鲁南缪澂流军、苏北李守维军（韩德勤部）、牟中珩军（于学忠部）、李仙洲军和新编第4师（吴化文）、新编第36师、暂编第12师、暂编第55师。战区副总司令、山东省政府主席沈鸿烈指挥新编第4师（亦称“保安师”）及山东保安团队，主要根据地为莒县、蒙阴地区，总部驻沂水西之高湖。战区副总司令兼第24集团军总司令、江苏省政府主席韩德勤指挥第89军及苏北保安团，以苏北淮阴、宝应、高邮、兴化为根据地，总部驻兴化。战区所辖正规军共约10余万人，游击队及保安团队共约15万余人。
1939年6月初，日军分由胶济路、陇海路、津浦路向鲁南根据地进攻，缪澂流军、牟中珩军于费县、蒙阴一带予由津浦路来攻之敌以打击后，向沂蒙山区转移。第114师师长方叔洪在激战中牺牲。蒙阴陷落。牟中珩军第113师和新编第4师对胶济路方面进攻之日军稍予迟滞，向临朐、沂水山地转移，莒县、沂水亦失陷。10月，华中、华北日军分由南北大举向高邮湖以东地区进攻，陷宝应、界首、高邮、盐城。李守维军和税警部队反击，除宝应、高邮两地外，其余各地均收复。自11月底至1940年2月，战区各部派出有力部队向津浦路沿线日军不断出击，并分别以鲁南泰安、沂水、泗水、滕县、邹县、莒县、安丘、潍县、高密、日照、蒙阴、费县及苏北宝应、铜山、六合、淮阴、滁县等处袭击日军据点，破坏铁路、公路交通和通信设施。鲁苏战区这次冬季攻势后，日军曾3次进攻鲁南，两次“扫**”苏北，但均被击退。1940年1月16日泰安战斗中，于学忠部、沈鸿烈部与日军激战，日军旅团长秋山静太郎被击伤，3日后毙命。
鲁苏战区自1939年至1941年对日军伪组织进行政治、经济破坏战。沂水北重镇东里店，1940年6月被日军攻陷。牟中珩军于是年12月和1941年7月两次攻袭，予日军以很大打击。该战区策反伪军反正工作亦有成效。
1940-1941年，鲁南、苏北地区国民政府军和八路军之间摩擦激烈。1940年8月，八路军在鲁南占有优势，国民政府军退出山东省政府所在地鲁村。第51军军长牟中珩为山东省政府主席。新四军罗炳辉、张爱萍和陈毅等部进入苏北后，黄桥（属泰兴县）之战、曲塘（属海安县）之战，第89军军长李守维战死，国民政府军大为削弱。
至1942年2-3月间，日军攻陷兴化县城。10月，日军围攻鲁南，沂蒙山区根据地失陷。牟中珩军及各游击部队仍在鲁南、胶东地区与日军周旋。
（三）第五战区
大别山区为第五战区重要游击根据地，由第21集团军总司令廖磊（兼任安徽省政府主席）负责守备。廖磊于1940年冬病卒，李品仙接任廖职。1939年5月4日，区寿年师主力与林士珍之游击支队奇袭日军，突入安庆城内，同时伪军郝文波部反正，夹攻日军，与敌巷战数小时，焚毁其营房、仓库及军用品甚多。1940年2月5日，廖部攻占信阳东日军据点五里店，歼日伪军5000余人，收复五里店。
1941年春，莫德宏师据合肥东的丘陵地带游击，迭向淮南与津浦铁路日军袭击破坏。2月11日攻克合肥，淮南伪军王古林部反正。3月2日起，日军以梁园镇（今肥东县北）为目标，由滁县、全椒、巢县、合肥、定远等地分6路围攻莫德宏师。莫德宏师协同地方团队分路阻击敌人。程树芬师进至草庙集策应作战，漆道征师进击路东，尾击西进之日军。莫德宏师协同地方团队痛击。3日，日军进至五河，5日进至柘集附近。6-7日，双方在梁园激战甚烈。至10日，日军向淮南路罗集退却，游击根据地收复。第二次长沙会战时，鄂豫皖边区游击部队向平汉路、津浦路和长江沿岸袭击，作策应配合。
1941年初冬，豫北、晋东南之日军在晋城、辉县、修武等地集结万余人，于12月9日起分路向太行南段围攻，由荫城镇（长治南）、高平、峰头村（晋城东北）向平居村、礼义镇、王泉村（陵川以西）进攻。守军范汉杰军抵抗。晋城方面日军同时向夺火镇一带迂回。辉县、修武日军窜扰范汉杰军侧背。该军向树掌、冶头转移。15日，日军窜陷陵川。守军以有力部队分别留置平西镇、夺火镇附近，主力向外转移。
12月中旬，武安、水冶（安阳西）及庙口日军西犯，均经庞炳勋军、朱怀冰军各一部击溃。进抵陵川以东地区的日军复遭守军猛烈截击。此时，范汉杰军主力已处日军外翼，于20日拂晓向日军总攻击，遂克复陵川。日军大部被歼，一部分向壶关、高平逃窜，一小部在陵川东南山地据险顽抗。是时预备第8师到达陵川，当即分向残敌扫**，将其全歼。21日恢复原来态势。
这样，庞炳勋集团军之范汉杰军、第40军（庞炳勋兼军长）及孙殿英军终于击退日军对太行山的进攻。
晋南中条山地区及吕梁山地区为国民政府军在山西抗战的战略基地。1939年日军多次进攻中条山根据地，1940年继续“扫**”，但战区部队1941年继续敌后游击。中条山会战后，一部分突围的部队退入太岳、吕梁山区开展游击作战。9月，日军围攻太岳山区，武士敏军与之激战，伤亡甚重，武士敏自戕殉国，官兵殉国1100余人，太岳山区根据地失陷。10月，日军西陷黄河东岸禹门口。
（五）第三战区
第三战区陶广军陶柳师在杭嘉湖地区抗日。1938年3-4月间渡钱塘江游击，在江北转战半载。1939年1月，该师回到杭嘉湖地区，活跃在桐乡、崇德一带，5月猛攻桐乡，6月奇袭乌镇。是年秋，3次攻打崇德城，10月猛袭杭州。1940年9月夜袭武康。
1940年4月7日，战区部队收复海盐、吴兴县城。
富阳县城东郊富春江上大沙岛东洲沙有国民抗敌自卫团第1支队驻防。该部常潜渡过江打击日军，破坏其交通和通信。1939年3月21日，正值南昌会战期间，日军炮击并攻占东洲沙，该支队积极抗击，终于在23日将日军逐出，收复了东洲沙。
第三战区游击队和中统组织在浙沪一带的别动队不断袭敌，并击杀日伪官员。1938年1月底，游击队战士以手榴弹炸袭日军宪兵队及司令柳村。1938年12月23日，军事委员会别动队总司令熊剑东率游击队袭击昆山、太仓、常熟、嘉定等县日军，毙其300人。中统浙江站徐淹虚布置陈夏牛、沈国英于1939年1月22日暗杀伪杭州市市长何瓒。7月10日，中统组织刺杀了嘉兴县知事沈翰卿。1941年8月，抗日武装人员又杀死了杭州市市长谭书奎。1943年11月，武康县县长徐鹏被抗日人员俘获，在昌化枪决。
1938年10月广州失陷后，未及撤退的散兵和掩护退却的队伍为当地游击队的基础，北江、西江的正规军也派出一些部队转入敌后参加游击战。游击队配合正规部队攻入从化、增城、花县多次。佛山一带除正规军转化的游击队外，还有县政府的保安团和民众武装，他们数度冲入佛山市区，摧毁伪组织，协同广（州）三（水）铁路和西江之流动部队袭击日军。
第四战区于东江设广东游击指挥所，香翰屏任主任。游击部队以罗浮山和增城一带作中心根据地。广九路和东江游击区，从广九路、大亚湾和惠阳北塘间地区开始，逐步扩大，先后克复过惠阳、博罗、淡水。游击部队主要为正规军、地方团队，后来编成由归国侨胞为主的民众游击大队（大队长曾生、叶铁良）。第4纵队翟荣基部、黄涛军之赵一肩部转战于此。1940年3月底，第3纵队骆凤翔部在罗浮山麓击溃日军“扫**”，在石龙及外围横沥方面击溃伪军郎擎天、邓文华、蔡绍裘等部，在深圳、南头方面击溃日伪军。但此处日军与游击队处于拉锯状态，深圳、南头数得数失。
珠江三角洲地区的游击队几乎全为地方团队，他们一面从事游击，一面警卫地方、恢复行政。中山地区由第一游击区司令吴飞和袁带统领。1940年4月，中山再度失陷，吴飞他调，袁带所部活动于中山和鹤山边境。鹤山方面团队由第一区保安司令李郁焜统领。
潮汕地区属粤赣闽边区绥靖公署，第9集团军总司令吴奇伟任主任。在其下辖的第五游击区内，刘志陆将地方团队改编为游击队，活动范围及于闽省边境的诏安。1939年底，诏安伪军“和平建国军”第1集团军（司令黄大伟）进犯饶平地区，游击队配合正规军给予沉重打击，俘获伪军总参议林知渊。
华南西侧粤桂边境包括粤南、桂南和桂西南。广西省曾动员邕江两岸邕宁、永淳、绥渌、上思、思乐等县民团万人以上，有枪者帮助正规军打游击，无枪者担任破路。其中以邕钦路破坏最为彻底。据载，日军由海道运来之粮弹，很难运至邕江北岸。桂南会战中，邕钦路两侧十万大山一带的游击运动战使日军补给感到困难。1940年3月，日军向灵山进攻，3月底至4月初向上思、思乐、左县（今左州）进犯。夏威、韦云淞军接应策动游击军，粤南方面由蔡廷锴指挥游击战。桂省十万大山之罗志强部亦归蔡氏指挥。
1939年1月，日军第21军攻占海南岛之海口、榆林等处。琼崖守备司令王毅率所部退守五指山，直至抗战胜利。海南岛的防守军与游击队熔为一炉，由王毅指挥，以五指山为中心根据地。
日军于1938年6月就开始占领南澳岛。潮汕未陷时，潮汕自卫团洪之政游击队已二度克复南澳岛。福建沿海的东山岛、南日岛、湄州岛和平潭岛上，游击队均与日军展开过争夺。