东、西两大红巾军崛起以后，元廷为了保住江南财赋重地，防范红巾军染指，开始大肆募集舟师，严加整训，以阻止红巾军主力渡过长江。
擒获孛罗帖木儿之后，朝廷又来招安方氏兄弟，方国珍就坡下驴，便接受了招安。可是，当方国珍看到元军水师日益强大，突然就有些坐不住了。他很是忧虑地对兄弟们说道：“官府这水师，说起来是对付红巾军的，可是咱们兄弟打了朝廷两回脸，他们对咱们必欲除之而后快，说不定哪天就把咱们先给围了。大哥、三弟、四弟，你们怎么看？”
“想当初咱们被逼作乱的时候，朝廷拿着一堆官衣官帽来募集兵丁对付我们，沿海一带的壮士多有应募，并因此在同‘蔡乱头’、倭寇及咱们兄弟的对阵中立功的。这些流血流汗的壮士，本指望着博个封妻荫子，不承想这朝廷却传下了话，说什么‘先交钱，再给官帽’！”老三国瑛气愤道，越说越激动，“那有的人家甚至战死了好几个，也没见官府给半点抚恤，这老百姓的心可是真的伤透了。这等黑白颠倒、逼良为盗的世道，看以后谁还抢着为官府卖命！”
“老三说的在理啊，如今民心可用，咱们正可再大干它一场，也算给老百姓出出这口恶气！何况如今朝廷顾此失彼，也不像往日眼睛只盯着咱们了！”方国珍大声道。
方氏兄弟、子侄都同意再次举事，方明善揎拳捋袖道：“二叔，咱们就干吧！反正那朝廷的水师不能下海，咱们就来个先发制人！”
“嗯，元廷派来的大司农达识帖睦迩这个狗官，一年来吃了咱们多少贿赂，老子非叫他乖乖吐出来不可！”方国珍愤愤道。
说干就干，方国珍兄弟在至正十二年三月（闰三月是朱元璋加入郭子兴部的时间）再次举起叛旗，一时间响应无数，没几天就聚集起了上万人马，开始不断对台州沿海地区进行袭扰。
台州路达鲁花赤泰不华是元廷的大忠臣，一直力主剿方，此前他曾任浙东道宣慰使都元帅，驻兵于温州，与新到任的江浙行省左丞孛罗帖木儿（驻庆元）对方氏兄弟进行左右夹攻。当孛罗帖木儿被擒的消息传来时，泰不华闻之痛愤不已，乃至数日没有进食。
朝廷不知其间曲折，所以赶紧又派遣大司农达识帖睦迩等前往黄岩去招抚方国珍。至正十一年（1351）八月，方氏兄弟接受了朝廷招安，在登岸罗拜时，泰不华曾想见机命壮士袭杀方国珍，可是却被达识帖睦迩坚决制止。达识帖睦迩檄令泰不华亲至海滨，遣散方氏徒众，收缴其海舟、兵器，又为方氏兄弟分别安排了官职。
等到方氏兄弟再叛的消息传来后，泰不华立即发兵去扼守黄岩地区的澄江，在与兵力占据优势的方家军的激战中，泰不华眼见形势危急，不惜亲自上阵，终在手刃四人后被杀死，享年四十九岁。
方氏兄弟对台州地区大肆劫掠一番后，立即流亡入海，行动之神速，让无法出远海、只适宜在内河与近海作战的元朝水军鞭长莫及。
在方国珍的队伍中，许下的高官厚禄总是不打折扣地兑现，只要是有功之人立赏，这与朝廷的表现形成了鲜明对比。浙东沿海一带加入方国珍队伍的人员日益增多，最终浙东沿海的百姓竟然纷纷崇拜起方国珍来，都尊称他为“方大帅”。
一段日子以后，方国珍觉得又该到陆地上转转了，于是派人潜至元大都，贿赂了一干权贵，表达了想要再次被招安的意思。
方国珍的说客向朝廷解释说：“我们大帅之所以再次举事，纯粹是因为浙东大小官吏太过贪心，他们勒索无度，弄得我们方大帅无计可施，才出此下策！”
那些拿了贿赂的权贵都出来帮着方国珍说话，皇帝迷惑于左右近臣的进言，只得同意了招安的请求，并授予方国珍徽州路治中之职。治中这一官职，负责文书档案的管理，朝廷以此安置白丁方国珍，无非是给他一个不任实事的虚衔而已。
朝廷再次同意招安方国珍的消息传到江浙行省后，站出来极力反对此事的官员之一，便是时任行省都事的刘基。至正八年（1348）时，刘基出任了江浙行省儒学副提举、行省考试官，得以在杭州任职。可是不久后他就发现行省监察御史渎职，刘基愤而举报，不想这官场沆瀣一气，执司监察的中书省宪臣非但不予追究，反而对刘基大加斥责，刘基因此再次愤然辞职。
这次辞职后，刘基没有跟上次一样回乡和出游，反而在杭州闲居了四年，直到西系红巾军杀到了杭州。在回乡避乱期间，刘基越发感到自己有平治天下、救济苍生的职责，于是在至正十二年（1352）接受了浙东元帅府都事的任命，次年又改任江浙行省都事。这是一个管收发文书、稽查缺失及监印等事的官职，秩正七品或从七品。
朝廷命江浙行省左丞帖里帖木耳招抚方国珍，刘基对方国珍这个老乡的品性甚为了解，他在向行省官员们陈词时指出：“那方氏贼性难改，反复无常，他有一、有二必有三！如今浙东沿海一带民风大坏，人皆不以寇盗为耻，若朝廷还不予以严惩，浙东之局必至不可收拾！”
帖里帖木耳被刘基说动了，当即拍案道：“刘都事，本官也力主剿捕，不然朝廷威严何在！”
帖里帖木耳当即命文章几近冠绝天下的刘基起草了议剿奏书，并命自己的哥哥径直呈送给朝廷。可是在那些受贿的朝中权贵的百般维护下，皇帝反而以“擅作威褔，伤朝廷好生之仁”的罪名罢了帖里帖木耳的官，并将主谋此事的刘基羁管（软禁）于绍兴。
圣旨下到杭州以后，刘基如遭五雷轰顶，如受针锥刺心，他连连仰天长叹道：“大势去矣，大势去矣！天下生灵涂炭矣！”刘基恸哭不已，乃至于呕血数口，整个人立即消瘦了十多斤……
自从至正八年再次复出及辞官以来，刘基在杭州官场和士林中结识了一批志同道合之士，这些人有一个共同的取向，那就是要誓死效忠元廷！享食元禄的刘基受此影响，便开始将做贰臣视为宁死不为之事——尤其是此时他并未发现什么“明主”！
如今，病**的刘基对朝政已经近乎绝望，又不忍见生灵涂炭，以至于起了轻生的念头。
这天傍晚，家仆叶性去给老爷送药，却怎么也推不开刘老爷的房门。叶性感觉情势不妙，赶紧叫来了其他家仆，众人在门外一起大呼，而里面始终无人回应，众人只好破门而入，发现刘老爷正被一块白布吊在房梁上。众人惊吓得手足无措，将刘老爷迅速救下后，赶紧请来了大夫和老爷的门人密里沙。密里沙是色目人，此人颇有见识，跟刘基很谈得来。
好在发现及时，刘基并无性命之忧，待他苏醒后，密里沙含泪进言道：“先生怎么这般糊涂，如今世道是非混淆，岂是您这等良知、忧国之士轻生之时？若都寻了短见，这天下之病还要靠何人救治？”
刘基憔悴、疲惫的眼睛里也含着热泪，他嗫嚅道：“忠臣见弃，只有以死明志！”
“如今太夫人尚在堂上，先生将置她老人家于何地？”
闻听此言，刘基的眼睛里当即涌出了泪流，他沉默了半晌，方道：“自古忠孝不能两全，为国事而死，正是老母的教导！”
“先生啊，您这般为国事而死，可谓重于泰山，还是轻于鸿毛？”密里沙直视着刘基，两手还紧紧地握着他的臂膀，“您平生学究天人、满腹经纶，抱负尚且未伸，宏图尚且未展，若是就这般死了，岂不可惜？百代之下，谁又会记得您的大名？恕小生冒犯，不过是多一个愚忠之徒罢了！”
刘基平生最忧虑的不是别人在文章、才学和见识上盖过自己，却正是不得垂大名于宇宙，不得书不朽于世间，不得与诸葛孔明之辈并肩傲立于青史——经密里沙一点破，刘基对于这样去死确乎有些心有不甘！他顿时沉默了。慢慢地，他似乎想通了，可是却因这场苦剧而落下了中风（痰气疾）的病征。
天有不测风云，人有旦夕祸福。老天爷居然又一次戏耍了刘基一番——原来此次方国珍向朝廷要求招安，不过是一种“障眼法”：他低三下四地派人到大都请求招安，正是意在让朝廷和江浙行省放松警惕，暗地里则准备着干一票更大的！正当江浙行省对方氏兄弟疏于防备之时，方国珍一伙上万之众便乘机登岸攻陷了台州，并将当地储备朝廷贡赋的太仓付之一炬。消息传来后，元廷上下为之震动不已！
受此影响，刘基也得以暂时官复原职，可是腐败无能的朝廷此时已经奈何不了方氏兄弟，而大都上下又急切地需要粮食，因此元廷只好又以“海道漕运万户”的官衔为诱饵招安方国珍。方氏觉得朝廷这回甚有诚意，于是便答应下来，但是深惧刘基威名的方国珍有个条件，便是要朝廷继续执行羁管刘基于绍兴的决定。
窝囊的元廷只得照办，至正十四年（1354），刘基携家人由台州迁至绍兴，居于城南宝林寺附近的当地士绅王原实的南园，正式开始了长达两年的羁管生涯。
好在刘基的行动并未受到太大限制，在埋头读书、结交知友与游赏风景名胜之际，刘基内心的伤痛也得到了些许抚慰，只是他依然看不清自己的前路。不过他的虬髯长须已然长成，他的生命中又多了一分难得的坦**和从容。