元璋部拿下集庆路几无悬念，这时，守备集庆路的元将们不能不为自己考虑后路了。作为水寨元帅的康茂才悄悄地找到了水军元帅叶撒，想跟他合计一番。
自从西系红巾军崛起，乱兵攻陷了蕲州，富于才干与声威的康茂才便开始招募民兵保卫乡里。为了有所依靠，他也像冯国用兄弟投奔元璋一样，投靠了当地势力最大的民团武装。只不过他眼见各路反元豪杰难成大器，便暂时选择了挺元的立场，后因镇压之功累迁淮西宣慰使、都元帅。当集庆路告急之际，康茂才受江浙行省调遣做了水寨元帅，麾下有上万之众。
叶撒与康茂才同为汉人，又是亲近的同僚，康茂才便对他坦言道：“如今那朱元璋的手段我等也晓得了，最难得的是此人不扰民、不掠民，很有成就大事的气象。叶兄，你意下如何？”
叶撒直言道：“听闻那陈友谅曾于你有恩，如今那天完朝廷可是有非凡之规模，我等何不去投奔他呢？”
康茂才一笑道：“如今江上已被朱氏水军封锁，想去湖广，只能从陆路绕远了，那也是远水解不了近渴，除非是我等分散突围出去！但这又要掂量掂量究竟是否值得……说到陈友谅，虽然我与他仅有数面之缘，但是深知其为人！还有一桩，我家的门房此前在他家里打过杂，所以对陈氏的情形也了解颇多。”
“哦？康兄快说来听听，陈友谅为人如何？”
康茂才便细细地对叶撒谈起了自己与陈友谅交往的旧事，最后他指出道：“那陈友谅待人甚是慷慨，也甚是亲热，小弟也受过他的恩惠……”
叶撒忍不住插言道：“那说明他为人不错啊，康兄更该报偿他才是！”
“叶兄听我把话说完！”康茂才做出一个要对方打住的手势，“仅仅看一面，那是容易被他迷惑的，好比那袁本初，其人虽然折节下士，但也不过是沽名钓誉而已……陈氏交友，不为意气相投，也不是真能急人之难，无非是承望着来日大家都能帮衬、回报于他，就像生意人一般势利！凡是这种人，你能真正信得过他吗？”
“那无妨啊，只要他能成就一番大业，我等跟着他列身富贵就好嘛！”叶撒摊手道。
“此事叶兄不妨好好想想！那陈友谅如此急功近利，必然心性浮躁，缺乏深谋远虑，你觉得这种人能够成就大业吗？”康茂才的目光一时变得锐利起来。
“那康兄怎么就相信朱氏不乏深谋远虑呢？”
康茂才诡秘一笑：“叶兄不必往远处想，就在这近处想，想想那陈野先！”
叶撒一时转不过弯来，想了很久才恍然大悟道：“哎呀，姓朱的这一手可真是天衣无缝，的确是让人折服！”
康茂才凑近了叶撒，压低了声音道：“他不动声色就剪除了掣肘，且大有安民之志。以此观之，小弟不敢说他能混一四海，至少割据东南半壁恐怕不是难事，何况他春秋方盛，比我等还年轻几岁呢！”
叶撒还是不无忧虑，道：“不过小弟还是要说，虽则陈友谅心性浮躁，可是人总归会长进的嘛，如今陈氏等人据有长江上游，若得贤良辅佐，可是对下游有莫大威胁呢！那时，你我兄弟又将何去何从？”
康茂才是一个比较儒气的人，他不太喜欢陈友谅锋芒毕露、急功近利的为人，因此继续劝道：“叶兄你再仔细想想那陈友谅的地位，如今他还没怎么成气候，来日若真是君不君、臣不臣的，以他那种狠毒、功利的个性，如何能不动声色地调和好内部呢？我看那时他不祸起萧墙才怪！便是他真的赢了，我等再行归顺也不迟，可这只是下策了……”
叶撒细想了一会儿，方笑着表态道：“好，康兄所言有理！归附朱氏看来果真是天意了！”
“嗯，当是天意使然吧！不过，为免以后惹麻烦，一旦投诚，小弟就要向朱公交交底，有朝一日他或许会派我出使陈氏那里，也未可知啊！”决定归附以后，康茂才对元璋的称呼马上就变了，因为他从心里已经彻底接受了元璋。
两人计议已定，只等着朱元璋的大军打上门来了。
三月中旬，元璋部到达集庆城附近的江宁镇后，首先猛攻驻守于此的陈兆先部。陈军本就是惊弓之鸟，结果被再次打得丢盔弃甲。就像上次擒住陈野先一样，这一回作为主帅的陈兆先也被生擒，其余众人再次投降元璋，降兵总计三万六千余人。
当陈兆先被押到元璋面前时，元璋温和地说道：“咱知道，你跟你那叔父不同。他是何等人，已经尽人皆知。如果你想自新，咱可以给你一条生路！”
陈兆先伏地哭泣道：“朱公有所不知，当初叔父降而复叛，小人就劝他不要自作孽，因为小人知道朱公乃是天纵神明，统王者之师，何向不克？但叔父不听，小人又不能与他分道扬镳，后来叔父咎由自取，元廷的监军又到了，小人不敢轻举妄动。所以王师一到，小人没敢力抗，故而遭此大败，原想着收拢旧部再归附朱公，不承想王师竟把小人给活捉了！望朱公体恤小人一片归化之情……”
“哈哈，这才叫不打不相识，你放心，你的作为咱是清楚的，你先下去吧！好生安抚一下你的部众！”其实元璋安插在陈部的内线一直没有暴露，所以他对陈氏叔侄的内情一清二楚。
陈兆先感激而去，元璋对身边的冯国用叹息道：“如今虽然咱宽赦了陈兆先，恐怕他的部众还是会疑惧不安，先生看该如何是好？”
冯国用此时典掌着元璋的亲军，他思忖了一番，微笑道：“哈哈，这可是史有先例的，不知主公敢不敢学？”
“哦，是何先例？先说来听听。”元璋好奇地问道。
“就是汉光武降铜马的法子！”冯国用于是娓娓道来，“此事在光武称帝前一年秋，光武时为萧王。他在河北地区击破铜马军，铜马余众数十万投降，这些降众都担心光武会像楚霸王那般暗算他们，故而心下惴惴不安。光武察知其意，便敕令为首的将领都回到营地管束好部众，他自己则乘轻骑依次到各营地进行探视、慰问。降将们于是互相议论道：‘萧王待人推心置腹，难道我们不为他效死吗？’众人至此表示服从光武号令，一时间他被关西人美誉为‘铜马帝’……”
元璋觉得自己论出身、地位都难以同刘秀比肩，他思忖半晌，只得道：“光武诚然大智大勇，不过要咱学他这一招，倒有些为难，但精髓是可资借鉴的……这样吧，就麻烦先生从陈氏降众里挑选骁勇者五百人置于咱的帐中，令他们跟从在我等左右，我等推诚相待，他们必定会心有所感的！”
“好，既然主公如此不惮冒险一试，那国用也就舍命陪君子了，哈哈！”
五百人很快就被挑选了出来，他们也算是戴罪之身，今见元璋这般安排，心底里都更加发虚了，不知将要被如何发落。
到了这天夜晚，元璋便让那五百人皆入自己的亲军中任护卫，而先前的亲兵、随从则统统被打发走了，独留冯国用一人侍奉在卧榻之旁。
众人只见元璋坦然地解甲酣寝，与往日无异，不禁窃窃私语起来，一个指着就寝的元璋说道：“人家都说那一位诡计多端，他今天唱的又是哪一出？”
另一个道：“若是我等即刻下手，他必不能活命，你说他唱的是哪一出？”
第三个又道：“朱公这是把我等当成自己人了啊，大伙可不要以小人之心度君子之腹！”
这种争论一直不休，直等到次日黎明时分，那五百兄弟才算都明白了元璋赤诚相见的意思，心里被感动得厉害，于是疑惧顿消，纷纷来向元璋表忠心道：“朱公倾心以待我等，我等无以为报，只愿此次攻打集庆做先锋！”
元璋眼见成功收服了人心，不禁心下大喜，他强忍住兴奋，道：“好！那咱就成全尔等所请吧！”
等到攻打集庆城时，这五百兄弟无不奋勇争先，多有先登临陷阵者，为此也获得了不少的赏赐，上下人心一片欢悦。
江宁既已拿下，元璋于是挥师直指集庆城，当时水陆各军有近十万之众，可谓气势空前。
当距离城池还有四五里处时，士气高涨的朱家军便开始鼓噪而进，大造声势。而城中元军先前已经一败再败，今又见势单援绝，早已毫无斗志，等到大兵压城时，几乎都被吓得龟缩在城中不敢动弹了，更有像康茂才等人，也早就派人来向元璋暗中输诚了。
身为行台御史大夫的福寿却是个坚定的抵抗分子，他督师出战，元璋远远地看到这一幕，便招呼道：“谁愿前往打退此敌！”
“末将愿往！”一道声音从队伍里传出。
“好！”元璋当时丝毫不把这伙敌兵放在眼里，所以哪位将领出战他也就没有放在心上，等到那员将领打马跑到他前面去时，他才发现居然是文正这小子。
元璋也只好由他去了，只见朱家军一阵猛攻便将福寿所部给顶了回去，这伙敌兵只得改为闭城坚守。具体交战情形元璋尚没有看清楚，但待到文正返回时，元璋还是不由得夸赞道：“好小子！”
元璋当即命令将士们以云梯火速登城，城下又配合以大批弓箭、火器进行有力支援，城上的元军被打得晕头转向；同时，水路也加强了攻势，在两路大军的夹击下，元军顾此失彼，才半天工夫，偌大的集庆城就被攻破了。
当朱家军杀入集庆城时，福寿还在督兵巷战，负隅顽抗，他的部将都劝他赶快逃走，结果怒极的福寿一面斥骂着众人，一面竟拿箭射向那些劝阻他的人。只听福寿嘴里大声喊道：“谁敢再劝本大人临阵脱逃，就先把他射死！”众人不敢再上前劝阻，力战不退的福寿终为乱兵所杀。
此外，已成为平章的阿鲁厌、参政伯家奴及集庆路达鲁花赤达尼达思等人，皆为元廷尽忠战死。元璋将这些人的尸体收集起来，进行了集中埋葬，他指示道：“他们也都是元廷的死节忠臣，理当厚葬！”
朱家军共计俘获了御史王稷、元帅李宁等三百余名文武官员，唯独跑了蛮子海牙，走投无路的他不久后只得投靠了张士诚兄弟。苗军元帅寻朝佐、阿鲁厌部将完都等人，在水寨元帅康茂才及水军元帅叶撒的引领下，皆率部投降。此次归降的元朝军民共计五十余万。
人丁详表被呈递到元璋书案前，他细细地看过之后，不免感慨地对身边的冯国用说道：“从先生提出金陵规划到如今，已近三个年头。当初咱也只是想想，不承想今日果然美梦成真，真是上天厚待我等了！圣人言三十而立，咱今年虚岁不过二十九，适足以当之了，更当时时小心处置，锐意进取以应天命！”
冯国用拱了拱手，欣然道：“今日我等夺取金陵，虽是人力，终归也是天命使然，而天命即在乎顺应人心！只愿主公戒惧戒慎，再接再厉！”
元璋忍不住上前扶住冯国用，道：“咱何德何能，竟有今日！若非得到了先生之辅弼，咱恐怕仍是淮西一草寇，只愿今后先生知无不言，言无不尽，咱定当择善而从！请先生受咱一拜！”说着，他向冯国用拱手一拜。
为了迅速安定人心，入城后的元璋立即晓谕全城：
元失其政，所在纷扰，兵戈并起，生民涂炭。汝等处危城之中，朝夕惴惴不能自保。吾率众至此，为民除乱耳。汝宜各安职业，毋怀疑惧。贤人君子有能相从立功业者，吾礼用之。居官者慎毋暴横以殃吾民。旧政有不便者，吾为汝除之。
集庆的百姓们都奔走相告，消息迅速传遍了全城，他们又见市井肃然，心里才稍稍安定了些。
为了有别于胡元旧制，及赋予一种恢宏远大的意蕴，元璋又在陶安等人的建议下，下令将集庆路改为“应天府”，其意在“顺天应人”以就大业。后来，又设置了上元、江宁二县，作为应天府的属县。
另外，还设置了天兴、建康翼统军大元帅府，以廖永安为统军元帅；以新近归附的赵忠为兴国翼元帅，镇守太平。不久，元璋突然发觉太平的江防地位异常重要，可谓是应天府真正的西大门，必须加派一名亲信大将镇守此处，于是又在太平设置了行枢密院，以身为总管的花云为院判。从此花云就在太平一连坐镇了四年，直到城破而死。
就在花云临行前，元璋还特意叮嘱他道：“花云啊，你是咱的心腹爱将，又厥功至伟，论武艺、才干，自然是没说的，不然也不会派你去！但是你读书太少，有些事情必得多听听读书人的才好，俗话说‘听人劝，吃饱饭’嘛！那李习有些老了，咱用他在太平不过是为着过渡一下！你放心，来日太平城的知府咱一定遴选一位德才兼备的可靠之人，你务必与他协力同心，为咱当好上游屏障！”
“主公放心，该俺管的事俺绝不懈怠，一应民事则断然不会插手！”花云顿首道。
“好，咱信得过你！”元璋拍着他的肩膀说道，“遇上大事一定要来书告知咱，不过切记，不可轻易亲自跑到咱这里来。江上往来虽然便利，可你身为大将，职守重大，万万不可轻动！”
从此以后，花云只是在重大节庆里才到应天来一次，四年里总共才跑了四五次。