至正十六年初时，由于方国珍部一直未真正降附元朝，因此在这年的二月，危机四伏的江浙行省便起用了刘基为行省都事，到次年又改任枢密院经历，与行省院判石抹宜孙同守处州。
石抹宜孙是契丹人，此人嗜学问，好赋诗，为政颇有政绩，赢得了治下百姓的一致爱戴。石抹宜孙不伐不矜，与刘基彼此性情、抱负相契，又都雅好诗赋，因此相互间十分推重。刘基曾在诗中赞叹石抹宜孙道：
绿 骅骝不服骖，王良造父亦难堪。
羡君名重中台上，勋业终光北斗南。
露井凄风残绿少，霜林落日乱红酣。
侯封职在同藩屏，班爵无劳阿化男。
在当时的处州，日渐汇聚起一大批有识之士，除了刘基，还有胡深、章溢、叶琛等人，他们成为对手眼里一股不可小觑的势力，是浙东文士集团的典型代表，更成为元璋日后急欲瓦解、拉拢的对象。
刘基这次被起用，被赋予的权力甚大，可以自行募集义兵，捕杀那些拒招不从的民军，因此刘基建立起了一支由自己控制的数千人的武装。当时处州一带的青田、丽水、松阳、遂昌、缙云等县都爆发了民众起事，刘基赴任后便作下《谕瓯括a父老文》，以此劝说那些起事的民众停止对官府的反抗和对地方的骚乱破坏。与此同时，刘基为石抹宜孙筹谋赞画，协助官军镇压和招抚处州一带的民军，没多久这些民军就被扫**殆尽。
当时方国珍部经常在处州一带出没，四乡八邻的受害者不少。为了减少方国珍部的危害和遏制其扩张，刘基便向石抹宜孙建议道：“方国珍来往于海陆之间，出没无常，我等应当在各要害之地多多修筑城池，步步为营，以堡垒之策对方部贼寇形成压迫之势，逐渐缩小其生存圈子，乃至最终灭之。”
a 瓯括，指处州和温州。
石抹宜孙采纳了这一建议，不久方国珍部就开始吃苦头了。为了对付南下的张士诚与朱元璋部，元廷加大了招降方国珍的力度，他就顺坡下驴接受了。但刘基依然坚持认为这帮人“贼性难改”，所以建议除掉方氏兄弟，不然“无以惩后”，可昏悖在上，终究还是无济于事。
因为镇压有功，行省经略使李国凤便上奏朝廷，请求封赏刘基。此时元廷还须倚重方国珍，所以只授予了刘基处州路总管府判一职，又因担心他擅自行动，还特意剥夺了他的兵权。仕途的坎坷多舛，屡屡忠而见弃，朝廷的反复无常，让一向不愿低头的刘基彻底寒了心。于是他毅然弃官归里，隐居于青田。
刘基老家的人被方氏兄弟侵袭怕了，听说刘老爷回来，都争相赶来投奔。刘基只是略施部署，就把家乡布置得如铜墙铁壁，令方氏兄弟奈何不得。
刘基、宋濂、叶琛和章溢被时人称誉为“浙东四先生”，除了叶琛继续追随石抹宜孙，章溢也出于对时局的绝望而隐居于匡山，作为文坛领袖的宋濂则隐居于龙门山。他们与刘基一样，对天下形势隐居默察，思谋有为，希望能出现一位救世明主，然后出山辅佐于他，以成就一代王业。
婺州自古人文荟萃，在此时有“小邹鲁”b与“东南文献之邦”之称，自南宋以来先后出现了吕祖谦、唐仲友、陈亮三大婺学巨头。风气所化，影响到附近好几个州县甚至整个江浙行省。
很多深受儒家文化濡染的“忠臣义士”，对于各类反元武装还有着本能的抗拒。已经成为行省参知政事，奉命防守处州的石抹宜孙也与婺州遥相呼应，而石抹宜孙的弟弟石抹厚孙正是婺州的守备负责人。
b 婺州是今浙江金华。孟子在邹，孔子在鲁，春秋战国时期，邹鲁一带可谓是天下的文化学术中心。
至正十八年十月，胡大海在拿下兰溪县后，又将进攻的矛头指向了婺州。
婺州这块骨头显然不太好啃，部队打了快两个月，却没有任何进展。消息传到应天后，元璋非常着急，他已经有意亲征，于是召集来李善长、冯国用、陶安等一干心腹僚佐，向大家征询道：“胡大海在婺州碰了钉子，这也算是意料之中的事情，为求速战速决，咱当再派十万大军前往增援才是，诸位有何意见？”
陶安拱手道：“婺州不同于别处，此地人文昌盛，胡院判虽颇知爱民，然他毕竟是一介武夫，恐怕不易得士林推戴。不如主公亲往婺州一行，中途也可往石门拜谒一下枫林先生，请他出山固然好，便是先生不愿出山，主公也可听听他的高见！”
“好，近日邓愈也上表特意推荐朱先生，可见这邓愈还算用心。”其实元璋一向叮嘱将帅们在外要注意访查贤德之士，以充为己用。
李善长慨言道：“主公亲率大军出征婺州，可彰显我部对浙东志在必得，倒是也可以向方国珍示威，让他放规矩点。”
冯国用笑道：“亲军将士已经在摩拳擦掌，主公就叫他们随征吧！”
“好！那就叫杨璟率部从征吧，国胜还是与文正一起留守在应天为要！西边也很紧急，就让徐天德主持西线事宜吧！”元璋拍板道。
朱文正自常州之战后回应天主持枢密院，便与元璋稳稳地掌握住军权。临行前，元璋特意叮嘱文正道：“老叔这回去浙东，恐怕少则两三个月，多则半年，外事一时无忧，唯有内事须多加留心。如今邵荣跟天德一起拿下了宜兴，功劳簿上又添一笔，他总对老叔不服气，所以你在应天要时刻对他多加防范。遇事多找善长、陶安他们商量，国胜掌握着亲军，你也要多跟他走动，拿不准的事再写信请示咱。”
杨璟本是庐州的一户儒家子弟，元璋在历阳时，他率麾下来投奔，受封为管军万户；拿下应天后晋封总管，后率部参与了常州之役，因他忠谨可靠，战后升为亲军副都指挥使，成为冯国用的副手。在决定亲征之前，元璋已经开始从各地调集人马，最后共计动员了包括杨璟等部在内的十万大军。
十二月，元璋亲率一部援军取道宣州到达徽州。在这里他稍作停留，并把一干地方上的故老耆儒召集来，向他们了解民情，事实上也是出于抚慰之意。
有儒士唐仲实、姚琏等来见，一向洞悉世情的元璋便和他们聊了起来，顺便向他们兜售了一番朱家军的政略：“本军一向秋毫无犯，志在安定天下，解民于倒悬，若是有扰民、害民之处，还请众乡贤监督、指出才是。”
唐仲实随口恭维道：“贵军确实与众不同，军纪严明，抢掠之事甚为鲜见。”
这几句话不咸不淡的，对方似乎有心里话没说，元璋会意，便接着问道：“邓愈所部在当地修筑城防，不知百姓有何看法？”
唐仲实看元璋说到了实在处，也就没有隐瞒，答道：“颇怨！”
元璋听后不免吃了一惊，道：“修筑城防本是为了保护百姓，百姓何故不悦呢？”
姚琏看了看元璋的神情，惴惴不安地回答道：“明公有所不知，徽州一带久历战乱，百姓困苦不已，正待休养生息，此番修筑城防，实在劳民过甚。”
听罢，元璋思忖了半晌，方道：“好吧，那修筑城防之事就暂缓办理吧，也体现咱的与民休息之意。而今我大军四出，料想徽州一带暂时不会有战事之忧。”接着，元璋便正式向邓愈下达了命令。
接下来，他们又谈论了一番古今贤王仁君的事，彼此都颇多感慨。在谈话的过程中，唐仲实还希望元璋效法汉光武的宽博容纳、恢廓大度，尤其是他的博览经学、崇尚儒术，元璋觉得很有道理，不断点头称是。
但他心里也有不服的地方，比如刘秀手下的大将吴汉多有纵兵烧杀掳掠的劣迹，虽然刘秀事后予以严厉谴责，但元璋自负所部乃其一手带出，以其权威之不二、军纪之严明，断然不会出现吴汉这等莽撞之徒，若然真有，也定斩不饶。上回毅然下令处死汤和的姑父，就是最好的例证。元璋心知自己不及古代贤王之处多矣，但也自信过于古代贤王之处亦多矣。
末了，唐仲实等人才拜谢而去。临走时，元璋还特意赏赐了他们一些布帛，以示慰勉。