元璋回到应天，刘基见主公没有把队伍带回来，忙惊问道：“主公莫不是把徐、常主力滞留在江北了？”
元璋若无其事地答道：“是的，那庐州老左也敢摸咱的屁股，咱正好顺手先收拾了他！”
“没想到那吕珍如此不抗打，元军也都不来助他，此行真可谓万幸了！可是如今主公又调兵去打庐州，陈友谅断然不会放过这个机会的，望主公三思！”刘基着急道。
“先生过虑了，陈友谅那边咱有情报，目下这厮还在练兵、储粮，他倒有励精图治之意，不过索求百姓太急，还是弄得有些怨声载道！就是他敢来，我看他后院起火，到时进退失据，我等正可将其一举成擒！”
近年来处处出乎意料地顺利，确实令元璋有些翘尾巴了，刘基只得争辩道：“陈友谅那里巨舰甚多，若他倾巢而出，不出一月尽可阻断长江南北，我江北大军馈粮有虞，必定军心不稳，一旦左君弼与之极力纠缠，大势可就难说了。陈友谅精兵虽少，然其土地广大，兵众动辄数十万，观其近来行止，又颇有卧薪尝胆之意，主公怎能大意？”
“先生所虑甚是，咱也不是没有想到这一层，只是那陈友谅两遭惨败，怕他是没这个胆量深入了。至于说他那几十万众，倒的确可虑，除非他敢空国而来，不然，我等何惧？”
刘基还想继续争辩，元璋一摆手道：“好了，就让咱们静观其变吧，先生也养足精神，好用心筹划下半年的西征之事！”
几天后，西线就传来了消息：“陈友谅大军直逼洪都，已将整座城池团团围住！”
元璋为之一动，忙问来人道：“有多少兵力？”
“战舰源源不断，恐怕在两千艘以上。至于兵员，连同百官、家属，都把船上挤满了。”
元璋不禁暗忖道：“连家属都带来了，看来陈友谅这次真的是空国而来了。”元璋当即被惊出了一身冷汗，他连忙找到刘基通报了情况，并补充道：“真是老天有眼，没有让陈友谅这厮直接东进，不然我部真的有大麻烦了！先生，你看下一步，我等该何去何从？”
刘基思忖了一番，道：“看来这次陈友谅走的是稳妥路线，如此就给了我们应对的时间，若是洪都能够长期坚守还好，若是不能坚守，主公当速命徐、常回防，以便我等伺机出击。”
“文正这小子虽不太稳重，但不服输的劲头还是有的。邓愈年纪虽轻，却也是一员老将了，咱对他最放心。另赵德胜、薛显皆是全军闻名的猛将，咱看洪都坚守两个月以上当无问题。”元璋深入分析道，“就是陈友谅侥幸打下了洪都，他也会疲惫不堪，数月间他一面休整一面攻略江西，不会轻易以主力东进的。因此庐州之围先不能撤，若是能抢在陈友谅前面攻破庐州就好了！”
“好吧！主公可命廖永忠部水师巡弋江上，以备不测！”刘基最后建言道。
三年前的龙湾惨败，虽有些偶然，自己的水军并不弱，但应天方面水军火器之强大也给陈友谅留下了惨痛的印记。
为了彻底扭转战局，更为了在水军方面尽占优势，蓄谋已久的陈友谅才倾尽民力、不惜血本，用两年多的时间打造了一支空前强大的“无敌舰队”——这支舰队中的数百艘主力舰只比从前的那些什么“混江龙”“塞断江”等体形还要巨大得多。船高数丈，表面饰以丹漆，分为上、中、下三个层级，每层都设置有走马棚，下层以板房为掩蔽，安置了几十支长橹；每层之间高约丈余，以至于每层上的人说话其他层级竟听不到，船体和橹桨都用铁皮包裹，防护力非同一般。除了原来的西域炮，汉军也装备了一些火炮，虽然数量和性能远不如朱家军，但杀伤力也不可小觑。
陈友谅对此非常得意，这两三年来，他郁积在心头的愤怒和仇恨终于有了发泄之日。汉军大举出动时还是闰三月间，到包围洪都时已经是四月了，洪都不仅是江西重镇，而且毗邻鄱阳湖，紧靠赣江水道，正好发挥汉军的水师威力。
陈友谅对部下说道：“攻打洪都，正可施展我水师之长，若是能够速胜，不仅可扬我水师之威，也可大大提振士气！诸位务必尽心竭力！”
当朱文正与邓愈等人看到江上密密麻麻的汉军水师时，其超豪华的阵容和铺天盖地的气势，让任何久经沙场的老将见了都不免有些胆寒。朱文正也不禁先惧了三分，他对众人说道：“幸好四叔有先见之明，靠江的一面城墙向里缩了三十步，不然我等就得做花云第二了。此番力战拒敌是首要，不过也要保存一定实力确保可以在危难之际突围，我看这架势，四叔的援军不一定敢来。咱们城中有兵两万，如果能坚守一个月，算是对四叔有个交代了。”
邓愈见自己的主帅如此缺乏信心，便使用激将法道：“都督此言有些长陈氏威风啊！我洪都城内虽只有两万兵力，但还有十数万民力可用，更有令敌众胆寒的一应大小火器，不要说一个月了，守两个月也不在话下！若是都督没有信心，此战可交由邓某全权指挥！”
邓愈此言一出，弄得文正当即有些脸红，他暗忖道：“自来四叔都是要我向邓愈看齐，没想到这厮也如此轻看我。此次保卫洪都，我确实要争气了，可不能叫人家看扁了。”
这时，一旁的赵德胜突然笑道：“守一个月也好，守两个月也好，想要拿下咱们洪都，他陈友谅不拿出十万条人命来，我老赵绝不会答应。我就看他有没有这个气魄。”
薛显也在一旁应和道：“想当年，我们八个人在徐州大闹了一场，那是何等快意。后来元军大举围城，我们一群乌合之众，还硬顶了一年呢。此番敌强，我们也不弱，怕他个什么？”
朱文正心知自己的劣迹众人必都有所耳闻，自己又一向功勋不著，恐怕大家心里都认定自己是一个只会胡来的纨绔子弟，所以他越发有点受辱的感觉，于是亢声道：“我朱某人不是怕死，是怕在这洪都城无谓牺牲，我等突围出去，一样还是汉军的侧背威胁。既然尔等皆有死守的决心，我朱某人也不是孬种，那咱们就放手一搏，除非全体同意，否则到时绝不突围。如何？”
众人一致表态道：“好，就这么办。”
朱文正立即召集诸将开了一个临战会议，会上的主要议题是防守任务的分配，大致如下：
参政邓愈率军五千防守正面的抚州门；
元帅赵德胜等人率军六千防守宫步、士步、桥步三门；
指挥薛显等人率军四千防守章江、新城二门；
元帅牛海龙等人率军四千防守琉璃、澹台二门；
主帅朱文正除了居中节制诸军，另率最精锐的二千人马担任机动力量，以随时到各处救急。
大家都知道，接下来要在这“物华天宝、人杰地灵”之地进行的，必是一场空前惨烈、九死一生的大血战，所以几乎人人都留下了遗书，交给专门负责的人保存，希望能够在方便的时候带出城去交给家人。
经过两三天的侦察和准备，汉军首先借重战船优势向面向赣江的抚州门发起了第一轮攻势，他们各自携带着如簸箕状的竹盾，如洪流般滚滚而来……
在撞墙机、部分火炮及各类西域炮的猛击下，洪都正面的城墙很快就被撕开了一道三十余丈的裂口。在远处观战的陈友谅不禁惊喜道：“这等坚固的城墙，第一天就被打坏成这个样子，看来破城就在旬日之间！”
眼看敌人就要从破墙之处涌入，邓愈急令将士以火铳进行齐射，居然稳稳地压制住了汉军。随即，守军就在被打坏的城墙上竖起了木栅栏，汉军又立刻冲上来争夺木栅，于是双方隔着木栅栏展开了一场血腥的争夺战。由于汉军人多势众，一时间形势异常危急。
到了申时，朱文正、牛海龙等相继率领援军赶到，朱文正一面督率将士继续同敌人展开激烈搏斗，一面派人加紧挖土搬石修补城墙。激战持续竟日，到次日天明时分，裂口处的尸体撂了好几层，好在破损的城墙修补完成了。
经过一昼夜的血战，朱文正的眼睛里布满了血丝，他对邓愈感叹道：“想必是陈友谅发了狠，他手下的将士也今非昔比，好生能打啊！再这么拼十天的命，我看咱们不是战死，也要累死了！”
想当初在龙湾大战的时候，朱文正指挥的只是预备部队，所以他跟邓愈其实都没有同陈友谅的主力军正经交过手，这次甫一过招，便留下了深刻印象！而陈友谅也不甘心失败，又另调部队进行强攻，结果又连攻了两天才罢手。
经过这场异常惨烈的攻防战，朱家军的总管李继先，元帅牛海龙、赵国旺、许珪，万户程国胜等先后战死，汉军方面的伤亡自然也不小，真是一场少有的血战！
为了取得战略上的有利地位，陈友谅一面命坐镇赣州的熊天瑞向北攻取吉安；一面又命陈友仁率一部人马绕过安庆，攻陷长江北岸的无为州，摆出了支援左君弼的架势。在张定边的建议下，汉军又转攻薛显负责的洪都新城门，经过一连几天的猛烈攻击，结果同样被挫败。
薛显的守城经验远比其他诸将丰富，不说徐州之役，就是他在防守泗州的七八年间，也曾多次遭到各种敌人的围攻，但最终都能够化险为夷。薛显故意对外示以松懈和薄弱，以致张定边都着了他的道儿，误以为新城门应该是最好攻的。
在汉军的消歇期，薛显却没有松懈下来，他立即组织起一支千余人的精锐之师，趁敌人不备杀出城，一举重创敌人，斩杀了陈友谅的平章刘进昭，又生擒了副枢密赵祥，真可谓战绩辉煌。张定边见状大惊失色道：“此门的守将必是一极为善守的名将，看来攻势要缓一缓，让将士们先喘口气再说。”
就这样，两轮疯狂的猛攻之后，汉军的进攻势头才稍稍和缓了一些，两军进入短暂的相持阶段。
薛显麾下有一个名叫徐明的百户，为人油嘴滑舌，军中给他起了一个“胎里谎”的绰号。此人异常机智且胆子极大，于是薛显便命他率领一支几十人的敢死队乘夜去袭扰汉军营寨，徐明几次得手，甚至还缴获了一些良马，但终于引起陈友仁等人的注意。在陈友仁的亲自设伏下，徐明等人钻进了陈家军的包围圈，力战后被擒杀。