吴昌时和周延儒先后被处死，而祁彪佳回到老家后，已经对朝政的振兴失去了信心。他一回到绍兴老家，就试图辞官。十月份打了退休报告上去，因为路途遥远，公文运行缓慢，一直到甲申年二月吏部公文到达“不蒙圣允”。延至三月二十六日，他只好再次放弃家中造园之事，赴南京履任。这时距离开北京已经半年之久了，在这半年之中，北京发生的变化他甚至还不是很清楚，也就是三月十九日崇祯王朝已经宣告覆灭，北京陷落于李自成之手，崇祯帝已经自尽煤山。
事后他追记这一天，越中天气清和，春风四敷，一点也没有大难降临的征兆。这一天他会晤了绍兴知府于颖，和一些客户核算造园的石工账目，还有几档应酬，回复了几封信。这种时空阻隔造成的信息隔膜，只到四月二十七日行至江苏句容才感受到隐隐约约的风声，次日行至淳化，王朝覆灭的消息才被坐实。他感觉到了形势的紧迫，再提所谓“退休致仕”请求，于君臣大义，似乎不相符合，此时称病，身虽安而心不安，于是决计去南京赴任。祁彪佳为弘光朝效力约不到半年。
他就任的是苏、松两府巡抚。这实在是一个苦差事。是为朝廷在苏、松地区的最高行政长官，末世巡抚无非催粮征税，解决军需为小朝廷的运转提供经费。他致力解决因战乱引起的米价哄涨，囤积居奇，通货膨胀等一系列社会问题，并着力整顿松懈的地方防务。这一段时间，他负责安定地方治安，为朝廷筹粮筹款，收拾散乱的人心，调解驻军和地方之间的纠纷，可以说四处奔波日夜操劳，常常忙到住宿在夜行的船中，在船上还要挑灯草疏，每晚都要熬到三更后才睡觉。
军阀高杰的兵马骚扰扬州，百姓奔避江南，祁彪佳奉命巡抚江南，斩倡乱者数人，一方遂定。高杰，外号翻山鹞，原来就是一草寇，曾为李自成部将，因为骁勇善战，深得李氏信任，李外出征战期间，委托高杰驻守老营，保护家属。高杰竟然和李自成小妾邢氏勾搭成奸，背叛李自成投降明总兵贺人龙，后因围剿农民军有功，成为朝廷的总兵官。但是作为叛徒，一直遭到李自成部的追杀。高杰只好一路率败兵烧杀抢掠逃到徐州，被凤阳总督马士英所接纳，自此成为淮北四镇总兵之一，驻节扬州郊外瓜洲渡一带。因为拥戴弘光帝有功被封为兴平伯。他曾经纵兵包围扬州企图入城肆虐，遭到全体扬州民众的坚决抵制，双方相持不下，后由史可法出面从中斡旋，扬州之乱得以平复。
此公虽为土匪出身，但是也仰慕道德人品高尚的士大夫，因而在史可法督师扬州期间，他的部队相对安定。但是大量逃难躲避兵乱的民众向苏南涌入，给苏、松地区治安带来极大影响。只好由苏、松巡抚祁彪佳出面和他约定会晤，解决难民问题。到了约定时间，京口至瓜州的江面风声大作，浪潮汹涌，高杰以为这位白面书生必然不敢冒险前来。而祁彪佳却仅携数名兵卒，乘着一叶小舟，乘风踏浪不避生死冒雨亲临瓜州渡口。两人在渡口相见，风度翩翩相貌堂堂的祁彪佳，使得一向嚣张跋扈的高杰既感到惊异又深感敬佩。高杰尽撤兵卫，和祁彪佳相会于大观楼。祁彪佳披肝沥胆，坦诚相见，勉以忠义，希望两人携手共同扶掖王室，复兴帝国。
高杰感叹说：“杰阅人多矣，如遇像祁公这样的人，高杰甘愿为之一死！祁公一日在吴，我高杰一日遵守和公约定的事项，共同守好长江防线，以报君恩。”两人饭后，稽手相别。由此可见祁彪佳的人格魅力确有过人之处，连一向并不把朝廷放在眼中的一代枭雄也深感叹服。
后来，高杰为叛将河南总兵许定国设计谋杀于睢州袁尚书府后院的藏书楼，许定国叛逃投奔黄河以北清军。《明季南略》载有高杰致后金肃亲王招降书，面对威逼利诱倒也写得深明大义，不卑不亢，虽非粗人高杰所撰写，也必传达了本人忠君报国的意志。兹全文照录如下：
高杰移清肃亲王书
逆闯犯阙，危及君父，痛愤予心。大仇未复，山川具蒙羞色。岂独臣子义不共天！关东大兵能复我神州葬我先帝，雪我深怨，救我黎民，前有朝使，谨奉金币，稍抒微忱。独念区区一介，未足达高厚万一。兹逆闯跳梁西晋，未及授首，凡系臣子及一时豪杰忠义之士，无不西望泣血，欲食其肉而寝其皮。昼夜卧薪尝胆。唯以杀闯逆报国仇以为汲汲。贵国原有莫大之恩，铭佩不暇，岂敢苟萌异念，自干负义之愆。杰萎以菲劣，奉旨堵河，不揣绵力，急欲汇合劲旅，分道入秦，歼闯贼之首，哭祭先帝，则杰之血忠已尽，能事已毕，便当披发入山，不与世间事，一意额祝福我大仇者。兹咫尺光耀，可胜忻仰，一腔积怀，无由面质。若杰本念，千言万语，总欲会师剿闯，始终成贵国恤邻之名。且逆闯凶悖，贵国所甚恶也。本朝抵死欲报大仇，亦贵国念其忠义所必许也。本朝列圣相承，原无失德，正朔承统，天意有在。三百年豢养士民，沦肌浃髓，忠君报国，未尽泯灭，也祈贵国之垂鉴也。[1]
本书信主旨非常清楚，对于南明朝廷包括史可法在内的君臣所制定的方略，也即是“联虏抗贼”，对建州贵族的入侵缺乏警惕，依然寄幻想借清军之手而企图报君父罹难之恨，联手击溃李自成义军以图帝国中兴。南明君臣的昏聩，对形势的误判，又岂能希望一介武夫之清明，只是高杰拒绝了清军的利诱，这却是事实。
祁彪佳不久升任大理寺丞，擢任右佥都御史，仍然兼任江南巡抚。祁彪佳在江南募技勇，设标营，沿江增设屯堡加强长江防务。督辅部将刘肇基、陈可立、张应梦、于永绶驻京口。浙江入卫都司黄之奎亦部署水陆兵三四千戍守该地。之奎治军御下甚严。四将率领的兵恣意蛮横，经常杀害民众，凶手被浙兵绑获后投入江中，双方产生矛盾。之后，守备李大开统浙兵杀伤镇江的兵马，镇江兵和浙江兵尚未迎战清军就开始了相互残杀。可见南明小朝廷兵制的混乱。而此刻的内阁大学士马士英和兵部尚书阮大铖却忙着帮助弘光帝选秀女充后宫，结党营私，思虑着如何打击报复东林党人，继续着自己醉生梦死的奢侈生活。乱兵大肆焚掠，死者四百多人。祁彪佳前来处理这次兵乱，于永绶等遁去。祁彪佳劾治四将罪，赒恤受难者家属，计户给钱补偿，平息事态，安定了民心。
在马阮的提议下，弘光帝命设东厂和锦衣，企图恢复诏狱制度，避开三法司，借助特务手段，巩固统治。祁彪佳力陈诏狱、缉事、廷杖之弊，事乃止。彪佳上言：
洪武初年，官民有犯罪的，或收监关押在锦衣卫，高皇帝见非法凌虐，焚毁其刑具，送这些罪犯去刑部关押。故而祖制原来是没有诏狱的。后来所谓诏狱专门以罗织罪名为能事，虽自称是朝廷的爪牙，实际为权奸的鹰狗。举朝上下尽知其人冤枉，而法司不敢诏雪。惨酷刑罚使用等同武则天朝的来俊臣、周兴等酷吏，平反却无唐徐有功和杜景佺这些治狱公正的大臣。此诏狱之弊端是也。洪武十五年改仪銮司为锦衣卫，专门掌握直皇帝的出行侍卫等事项，并未指令参与案件侦缉查处等事项。永乐年间设立东厂，始开告密之门。品行恶劣的人投靠为办案差役，空手靠制造冤案就可获取钜万高额报酬。经常诬陷及于善良之人，所谓招认的口供无非出于私刑拷打，民怨和愤怒布整个首都北京。欲根索贿公行，而行贿受贿更加盛行；欲清理贪官污吏，而贪官污吏反而更多。此就是厂卫参加案件查处的弊端。古者刑不上大夫。太监刘瑾用事，开始脱去儒臣的衣服接受廷杖。本来没有可杀的罪行，乃然要蒙受必死之刑罚。朝廷蒙受不听劝谏之恶名，那些受刑之大臣反而在民间获得了忠直刚正的清誉。此就是廷杖端弊端也。[2]
疏奏上达，弘光帝乃命五城御史体访，而缉事官厂卫不设。也就是小朝廷接受了他的建议，不再设立由皇帝直接掌握，实际由太监和权臣操控的东厂和锦衣卫等特务组织和私设的所谓诏狱，非法缉捕和关押审讯处死大臣。
祁彪佳这段奏疏本质上在于维护王朝设立时期的法统，法统是道统的支撑，法统的破坏是权力肆意妄为的结果。他回顾历史直指皇帝私家诏狱由太监集团掌控对于官僚集团的迫害导致道统沦丧而致纲常紊乱的严重后果。皇权滥觞无非是制造新的冤案而堵塞言论，巩固专制而以乱政纲，放任苛政和恶政的盛行。奏疏引经据典有理有据，致使小朝廷在立国未稳就企图恢复罪恶滔天的厂卫诏狱制度以迫害不同政见大臣的阴谋流产。
甲申年初春，北京城的一声惊雷打破了祁彪佳意图退隐园林的黄粱美梦，他应召出任了南明弘光朝的苏、松巡抚。小朝廷的本意是利用他在苏、松地区威望为小朝廷苟延喘喘筹集钱粮安定民心，然而目睹南明小朝廷荒**无道，他失望了。不到半年时光，他的好朋友兵科给事中陈子龙上书痛贬朝政，指责君臣的失德。此时的朝政内部为马士英、阮大铖、韩赞周、卢九德等把持，外部由高杰、黄得功、刘泽清等骄兵悍将操控，朝政糜烂，败相凸显。陈子龙指出：
中兴之主，莫不身先士卒，故能光复旧物。陛下入国门再旬矣，人情泄沓，无异升平之时，清歌漏舟之中，痛饮焚屋之下，臣诚不知所终矣！其始皆起于姑息一二武臣，以至凡百政令皆因循遵养，臣甚为之寒心也。[3]
陈子龙此言，坦陈心迹，语气颇沉痛，此时离甲申之变崇祯殉国仅仅五个月，弘光登基也只有三个月，是为甲申年八月十八日。大清铁骑正虎视眈眈即将向南方席卷而来，而南都的君臣还不切实际地做着“联虏抗贼”的美梦，企图以金钱厚络满清贵族而重新回到山海关为界，恢复裂土而治的格局，然而这只是小朝廷的一厢情愿。满洲贵族吞进去的肥肉岂肯轻易吐出？他们等待是占领整个大明江山。小朝廷内外却枕于安乐，恍如升平之时，在漏船中轻歌曼舞，在焚毁的屋檐下饮酒作乐，偏安王朝的结果可想而知。陈子龙深深的忧虑均来自对于秉持朝政的那些奸佞的肆意妄为，对一二掌握军权武臣的姑息养奸而导致所谓王朝中兴伟业只能在文恬武嬉的荒唐现实中归于一枕黄粱。
八月十九日，浙江安抚使左光先报告，原来被他诱杀的秀才许都余党勾结游兵散勇在义乌、东阳、浦江发生叛乱，已经被平复。二十日弘光在浙江巡抚黄鸣俊奏报上批复：“左光先诱杀许都，不行善政，以至煽动，着鸣俊相机剿抚。”
东阳秀才许都原是东阳世家原监察院都御史许鸿纲的孙子，为人任侠仗义，在当地很有感召力。东阳知县姚孙榘贪虐残害民众，以防止战乱为名勒索民众钱财，此时许家已经捐款百金，姚知县勒索万金，许都气不过，聚众造反。巡按御史左光先奉命镇压，民众据守，一时僵持不下。绍兴推官陈子龙是许都的好朋友出面让许都投降，左光先却违背承诺杀害了已经投降的许都，结果激起许都部下重新聚众起兵反抗，是为许都事件。
其实透过弘光皇帝的这道圣旨批复，可以在字里行间窥见当年万历、天启朝党争的阴影仍然在小朝廷继续回**着。这位左光先是被阉党迫害致死的著名东林党人左光斗的弟弟，陈子龙是复社成员。此两人都是老阮的死对头。老阮此刻已经通过行贿马士英、韩赞周等人东山再起，担任小朝廷的兵部尚书，他在人生低谷中像是冬眠毒蛇又回过神来。俗话说，宁得罪君子，不得罪小人。老阮就是这种卑劣小人，他开始寻找一切机会，采用一切手段，对政敌进行打击报复，以报当年屡受东林党及其后人凌辱的一箭之仇。
此刻的南朝兵部尚书新仇旧恨涌上心头，启奏弘光帝弹劾左光先、陈子龙说，许都余党作乱均是因为左光先听了时任绍兴推官陈子龙的诱降诡计杀了许都，所激起的民变，应当追究这两人罪责。马、阮本身就是穿一条裤子的同党，马士英也主张必须严惩这两人，皇帝的御旨不是出自韩赞周的司礼监就是以马士英为首的内阁，这时的大学士东林党人左光斗的学生史可法已经被打发到扬州去督师了。
朝中大臣无人敢于反驳，唯有苏、松巡抚祁彪佳独自挺身而出为左、陈两人辩护：“许都之变突发东阳，义乌、浦江皆无坚城，左光先诱杀许都立即离开了，听到事变立即返回，调兵筹饷，不到一个月即平复叛乱，元凶授首，两浙恢复平安。许都此贼弄兵叛乱，以至破城据邑，其罪难道不应该致死吗？光先奉旨讨贼，当日兵威逼迫，贼已经陷入穷蹙之境地，而后乞求保全性命，与阵前擒获无异，并非诱降。假设诛杀不力，无非养虎遗患于后来，国难方张，又不知作何举动了。岂可反而以激变之罪加之！”祁彪佳这篇奏疏马、阮二人怀疑是刘宗周在幕后指使。[4]
祁彪佳在东林党人和阉党恶斗时，并未选择站在哪一边，他也非复社成员，只是从儒家道义的角度秉公而议。这一义正辞严的反驳，将马、阮之流诬陷陈子龙、左光先、刘宗周罪名全部推翻，两人诛杀许都不仅无罪反而有功。马、阮等人将祁彪佳和刘宗周等人恨得咬牙切齿，唆使御史张孙振弹劾彪佳贪奸。原来在迎立新皇登基时，因倾向于立潞王而并非现在的福王朱由崧，于是祁彪佳、陈子龙、刘宗周等大臣具被罢免。
群小疾彪佳，竞诋諆，以沮登极、立潞王为言，彪佳竟移疾去。
祁彪佳在仕途上是生性豁达的，对于为官的信条是谨遵儒家教诲，该坚持的一定坚持，并不以君王的喜怒而放弃直谏的文官职责，也不以忤逆朝中权贵而放弃抨击朝野丑陋行为而放弃自己的立场。在担当地方巡按监察官员时坚持原则关心民生疾苦，打击豪强，不吝查处高官家属的不法行为。在朝中他忠实于帝国绝不结党营私保持特立独行，注重品行操守，因而多次罢官，多次复出，起落沉浮完全淡然处之，可谓达则兼济天下，穷则独善其身。在朝兢兢业业履行职责时肃惕报君，忠于朝廷；在野读书、学习、写作、绘画、收藏和刊刻图书。还时常和家乡大贤从事慈善公益事业，比如崇祯十三年越中大水，彪佳与刘宗周分区赈米，设粥厂施粥，病者药之，死者埋之，深山穷谷，无不亲历，充分展示了一个饱学之士所具备的家国情怀和高贵气节。
而此时阮大铖正在秘密酝酿一份准备抓捕东林党和复社人士的黑名单，再次延续当年阉党搜捕东林党人以《水浒点将录》的类似罗织手法，拟定了一份“十八罗汉”和“五十三参宿”的党人名单准备抓捕。其中就包括了祁彪佳、刘宗周、黄道周、陈子龙、冒辟疆、侯朝宗、黄宗羲等人，但被马士英否决。要不是因为清军南下，大狱恐怕早晚形成。这就是风雨飘摇的南明小朝廷内战内行，外战外行的德行，也是早年万历朝到崇祯朝内部斗争的延续。就是在这些永无止境你死我活的争斗中最终帝国归零，江山整体覆灭。
在祁彪佳、刘宗周、陈子龙等人先后尽节的同时，阮大铖却在绍兴城破后，剃发易服率众投降清军，并主动到清军大营慰问演出。还在演唱昆曲时，生怕来自北方的建州兵将听不懂南戏，改唱北方流行的弋阳腔。清李天根《爝火录》中对这个政治小人的嘴脸记载很形象：“即起执板，顿足而唱，以侑诸公酒。诸公北人，不省吴音，乃改唱弋阳腔，始点头称善。皆叹曰，‘阮公真才子也！’”
[1] 计六奇著：《明季南略·卷二·高杰移清肃王书》，中华书局，第145页。
[2] 计六奇著：《明季南略·卷二·祁彪佳请革三弊政》，中华书局，1984年，第78页。
[3] 计六奇著：《明季南略》，中华书局，1984年，第93页。
[4] 见计六奇著：《明季南略》，中华书局，1984年，第94页。