顺治丁亥年（1647年）岁末，江阴黄毓祺谋反案发，老钱也受到牵连，被抓到南京狱中关押审查。《明史》有黄毓祺传，记载比较简单：
贡生黄毓祺者，好学，有盛名，精释氏学。与门人徐趋举兵行塘，以应城内兵。及城陷，两人逸去。明年冬，趋侦江阴无备，率壮士十四人袭之。不克，皆死。毓祺既逸去，避江北。其子大湛、大洪被收，兄弟方争死。而毓祺以敕印事发，逮系江宁狱，将行，其门人告知期，命取袭衣自敛，趺坐而逝。[1]
黄毓祺是江阴的贡生，好读书学习，精通复学，在当地很有名气。清军南下时，曾经参与了江阴主簿陈明遇、典吏阎应元的抗清斗争。当年这场动天地泣鬼神的斗争，陈主簿、阎典吏率义民六万拒二十四万清军于城下，孤城碧血八十一天，使清军铁骑连折三王十八将，死75000余人。城破之日，义民无一降者，陈明遇、阎应元不屈被杀，清军在江阴进行了三日报复性大屠杀，城中一片断壁残垣，几成废墟，民众死伤枕藉，血流漂橹。史载，短短三日之内，十七万江阴民众惨遭屠戮，仅老幼53人得以幸免。史称江阴三日。这就是清军入关后用江南士民鲜血铸成有名的江南三屠“嘉定三屠、扬州十日、江阴三日”的历史。黄毓祺是屠杀的幸存者，也是坚持抗清绝不屈服的江南士子代表。清顺治二年，江阴城破黄毓祺突围而出，暗中潜藏在乡间村落之中。等待清兵退去，并于清顺治三年丙戍（1646年）冬十一月召集兵马，期待以一举突袭攻克江阴、武进、无锡三城。据计六奇在《明季南略卷四·黄毓祺续记》[2]记载（笔者译成白话）：
黄毓祺，字介子，居住在常熟月成桥。其文章素来受到赞誉，他与常熟的武举人许彦远友善。彦远与南通州监生薛继周第四子是莫逆之交，薛子也是一位秀才，居住在乡下的湖**桥，有家财三万。清初，黄毓祺逃过了江阴三日大屠杀后，又和远在福建的隆武帝挂上了钩，朱聿键任命他为浙江省提督，可以私自任命属下官员。黄伪装成算命的人，在南通等地游走，他和许彦远均住在薛家，称薛公子为周相公。这时，江阴有一名字叫徐摩的人，也寄食在薛家。黄毓祺在薛家居住的时间久了，那些福建隆武朝从海上来的游击、参将等官员，前来参见他，外面虽然穿着满族的服装，待到入内相见时皆换上青衣垂手而拜，外面的人皆不知情。黄毓祺曾经修书一封，说自己将要起义，派徐摩去常熟钱谦益处提取银子五千两，用的是浙江巡抚的印鉴。徐摩又和徽州的江某要好，而江某人贪图钱财，常常与清军有往来，窥知黄毓祺准备起事的事情，心想这徐摩如果返回南通必然要带上许多银子，告发之后一定能够获取丰厚的奖赏。等到徐摩到达常熟，见到钱谦益，老钱心知此事难以保密，必然失败，婉言推却不愿捐款，徐摩持空函返回通州。江某到清兵营地告发黄毓祺谋反，毓祺及薛生一家被抓，押解到南京监狱关押，尽被害。钱谦益受牵连也被抓到南京，虽然自辩清白，得以免罪，就是这样也花去贿赂上下的银子三十万两。
陈寅恪在《柳如是别传》中记载的黄毓祺谋反牵涉到钱谦益的案子要复杂详细得多。据陈寅恪综合各方面史料研究，黄毓祺谋反案，应该在清顺治四年（1647年）丁亥年，黄毓祺去了福建见到了隆武帝，得到任命后从海上返回江浙，欲起兵谋复常州。
他是在正月间纠合师徒从舟山进发。常熟钱谦益命其妻艳妓柳如是至海上犒师。适遇到飓风大作，海船多被吹翻，飘没。毓祺也被吹入海中差点淹死，幸赖勇士石政背负着他，始得登岸。约好常州府五县同日起兵抗清，事情没有成功。而他意志并没有消退，继续改名换姓潜逃到了淮安，居住在寺庙僧舍中。一天庙中的和尚应约到通州薛家做佛事，周相公是知道黄毓祺的，于是将黄请到家中担任家庭教师。黄毓祺有部下张纯一、张士儁，向来为黄毓祺倚重为亲信。这两人与清军有往来，以为自首举报黄毓祺和名儒钱谦益，可以得到奖励，于是谋害黄毓祺和钱谦益，老钱这样就和黄毓祺扯上了关系。三月，黄毓祺被移送到南京，在被害之前，狱卒告诉他死的日期，黄神态自若，披上僧服衲衣，扶墙坐起，含笑绝食而亡。死前留有绝命诗一首：
人闻忠孝本寻常，墙壁为心铁石肠。
拟向虚空擎日月，曾於梦幻历冰霜。
簷头百里轻音吼，狮子千寻百乳长。
示幻不妨成厉鬼，云期风马昼飞扬。
黄毓祺死了，亲朋好友没有一人前来为他收尸，看守临时筹集资金将他埋葬在监狱中。朝廷的圣旨下，黄毓祺尸体被挖出遭到屠戮。
根据钱谦益《有学集一·秋槐诗集》序云：丁亥三月晦日，晨兴礼佛，忽被急征。锒铛拖曳，命在漏刻。河东夫人沉疴卧蓐，蹶然而起，冒死从行，誓上书代死，否则从死。慷慨首涂，无剌剌可怜之语。余亦赖以自壮焉。狱急时，次东坡御史台寄妻诗，以当诀别。狱中遏纸笔，临风暗诵，饮泣而已。生还之后，寻绎遗忘，尚存六章。值君三十设帨之辰，长筵初启，引满放歌，以博如皋之一笑，并以传视同声求属和焉。
一
朔气阴森夏亦凄，穹苍四盖觉天低。
青春望断催归鸟，黑狱声沉报晓鸡。
恸哭临江无壮子，徒行赴难有贤妻。
重围不禁还乡梦，却过淮东又浙西。
二
阴宫窟室昼含凄，风色萧骚白日低。
天上底须论玉兔，人间何物是金鸡？
肝肠迸裂题襟友，血泪模糊织锦妻，
却指恒云望家室，滹沱河北太行西。
三
纣绝阴天鬼亦凄，波吒声沸柝铃低。
不闻西市曾牵犬，浪说东城再斗鸡。
并命何当同石友？呼囚谁与报章妻？
可怜长夜归俄顷，坐待悠悠白日西。
四
三人贯索语酸凄，主犯灾星仆运低。
溲溺关通真并命，影形绊絷似连鸡。
梦回虎穴频呼母，话到牛衣并念妻。
尚说故山花信好，红阑桥在画楼西。
五
六月霜凝倍清凄，骨消皮削首频低。
云林永绝离罗雉，砧几相邻待割鸡。
堕落劫尘悲宿业，归依深喜丑山妻。
西方西市原同观，县鼓分明落日西。
六
梏桎扶将狱气凄，神魂刺促语言低。
心长尚似拖肠鼠，发短浑如秃帻鸡。
后事从他携手客，残骸付与画眉妻。
可怜三十年来梦，长向山东辽水西。
钱谦益受到黄案牵连被逮到南京，事发突然，猝不及防。清顺治四年三月三十日晨，他正在礼佛，突然数十军汉气势汹汹将蜂拥而至，将他锁拿“锒铛拖拽，命在漏刻”，此时河东夫人身染重病卧床不起，强撑着起了床，冒死从行，发誓上书代替老钱去死，否则夫妇同死。“慷慨首涂，无刺刺可怜之语，余也赖于自壮焉。”王家桢《研堂见闻杂记》的记述亦可佐证：“柳夫人才极不羁，牧斋就逮时，能戎装变服，挟一骑护之。”可见柳夫人的慷慨鼓舞了老钱的勇气。
据陈寅恪在《柳如是别传》中考证，小柳当时并不是随行南京，而是直接带着银子按照老钱生前官场朋友的名单去北京疏通关系，因为这些人的身份虽然都是新朝高官，但是究其底细都是与老钱一样的“贰臣”，应当有同病相怜物伤其类的感觉。伸出援手的最重要两人是原明蓟辽总督降清后被任太子太保为内阁汉人大学士洪承畴和降清后以原官任用的前明兵部尚书梁维枢（字慎可）。梁维枢为河北正定人，柳如是去京营救老钱就住在正定梁维枢家中，深得老梁母亲吴太夫人喜欢。
陈寅恪感叹道：
谓河东君在周道登家为群妾所谮，几至杀身，赖周母之力得予免于死。观牧斋《梁母吴太夫人寿序》可证河东君与慎可母之关系。河东君善搏老夫人之欢心一至於此。噫！天下之“老祖宗”固不少，而“凤丫头”岂能多得者哉？牧斋之免祸，非偶然。
因此，陈先生认为，牧斋之脱祸，由于人情，而不由于非金钱。今所见之载记，如叶绍袁《启桢纪闻录七·附芸窗杂录》记丁亥事略云：
海虞钱牧斋名谦益，中万历庚戍探花，官至少宗伯，历泰昌天启崇祯弘光五朝矣。乙酉岁北兵入南都，率先归附，代为招抚江南，自谓清朝大功臣也。然臣节有亏，人自心鄙之。虽召至燕京，任为内院，未几即令驰驿归，盖外之也。四月朔忽缇骑至苏猝逮云。
钱牧斋有妾柳氏，宠嬖非常。人意其或以颜貌，或以技能擅长耳。乃丁亥牧老被逮，柳氏即束装携重贿北上，先入燕京，行贿于权要，曲为斡旋。然后钱老徐到，竟得释放，生还里门。始知此夫人有才智，故缓急有赖，庶几女流之侠，又不当以闺阃细谨律之也。[3]
梁维枢通过洪承畴为钱谦益开脱理由，是钱谦益根本就不认识黄毓祺，黄毓祺已经坐化死亡，也就成了死无对证的事。所以钱谦益最终以事出有因，查无实据，无罪释放。
相比较柳如是的仗义和钱孙爱的愚弱，牧公无限感慨，故有了“恸哭临江无孝子，徒行赴难有贤妻”感叹，全部是当时的纪实。钱孙爱看到此诗，恐怕成为别人攻击自己的口实，千方百计托人游说老父亲将“无孝子”改成了“无壮子”。如今钱谦益文集中的所刻的诗句，是求改后的句子。在此次牧翁罹难时，柳如是竭尽全力，请托斡旋，奔走营救，终使钱谦益脱祸。钱谦益出狱后，仍不得解脱，暂时寓寄在苏州拙政园看管。有一天老钱游虎丘，穿着一件小领子大袖子的衣服。一书生向他作揖问道，这衣服是什么款式，老钱说：“小领子是遵循当前官方规定的流行款式。大袖子乃是表示不忘记前朝。”书生讥笑道：“牧公真可谓两朝领袖啊。”此时他和柳如是的老朋友陈子龙在虎丘寺的墙壁上题诗一首：
入洛纷纭意太浓，莼鲈此日又相逢。
黑头早已羞江总，青史何曾惜蔡邕。
昔去尚宽沈白马，今来因悔卖卢龙。
可怜北进章台柳，日暮东风怨阿侬。
至顺治六年（1649年）已丑春，钱谦益刚从黄毓祺案脱身，寓居拙政园时，柳如是生下了她和钱谦益的唯一的女儿钱孙蕊。回到常熟，钱谦益就过起了藏书、检校、著述的日子。钱柳二人，一如从前，临文探讨。也许是经历了黄毓祺案的打击，钱谦益早已将生死看得很淡然了，为了能用实际行动来洗刷自己乙酉年开门迎降的耻辱，他晚年开始投入江南士子反清复明的行动。
在这期间，他与矢志抗清的黄宗羲往来频繁。黄宗羲在崇祯朝魏忠贤伏诛后有很长时间住在钱谦益家读书、抄书、写作，在学问上受到老钱的提点，视钱谦益为恩师，钱谦益视黄为子侄。他住过钱家的拂水山庄、半野堂和绛云楼，钱邀请他晚年来此结伴读书。据黄宗羲回忆，一天晚上，“余将睡，公提灯至塌前，袖七金赠予余：此内人意也，盖恐余之不来也。”
钱谦益表面上开始息影居家，实际上，却心存波澜。这一时期编选的列朝诗集，始于“锒铛隙日”“采诗旧京”。胥端甫著《明清史事随笔》，其中有句谈到谦益“之所以著列朝诗集，杨家骆在其合刊列朝诗集启祯遗诗小传序言中写得比较详细，盖借诗以存其人，存其人者即所以饰其不死之由”。以钱柳一贯的政治表现，二人绝不可轻失时局筹幄，亦是可以推知的。陈寅恪先生为考柳如是此段人生经历，不惜气力，以《别传?复明运动》一章约二十余万文字，发了众多“待发之覆”，使得钱柳二人当日之情形浮出历史尘埃。为老钱晚年失节降敌，扫尽尘埃，续上了一个响亮的尾声。
顺治七年，绛云楼失火。凡宋元精本、图书玩好，及钱辑《明史稿百卷》，悉为灰烬。绛云楼火后，钱柳一家移居至红豆山庄。“闺阁心悬海宇棋，每于方罫系欢悲。”从移居红豆山庄起，至康熙元年（1662年），清朝水师封锁白茆港，红豆山庄俨然成了江南抗清复明的地下联络点，钱谦益则宛然军师兼联络参谋，几次义军起义，皆可窥其往还联络之痕迹。谦益晚年多次游历、访友，实为频繁联系抗清。更堪抵其降清之污的，是其置七十之身躯于度外，二次入浙，策反清廷金华总兵马进宝反清，接应郑成功海上之师进攻南京。不过马氏为人狡诈反复无常，钱氏游说失败。[4]
顺治十六年钱谦益在七十八高龄时，尤赴崇明岛，与郑成功晤会，议和抚局。至于与郑成功的联络方面。柳如是利用购买物品的名义到与郑氏设在苏州的行店往来，居中进行沟通联络工作。但是一切努力均付流水，“败局真成万古悲”“四海遏密，哀痛之余，食不下咽”。康熙元年（1662年），清朝水师封锁白茆港，钱谦益移回城内旧居，柳如是尤望海上，与女儿钱孙蕊、女婿赵管，仍留山庄。
[1] 见《明史·卷二百七十七·列传一百六十五·黄毓祺》，线装书局，第1498页。
[2] 见计六奇著：《明季南略·卷四·黄毓祺续记》，中华书局，第253页。
[3] 见陈寅恪著：《柳如是别传·下》，三联书店，第916、917页。
[4] 陈寅恪著：《柳如是别传·下》，三联书店，第1021页。