长孙无忌这匹烈马被武则天三下五除二搞定后，她开始驯马——驾驭百官。
武则天把朝中的关陇集团扫地已尽，又在观念上突破门阀的桎梏。此后便开始破格用人，采取科举、选举、荐举等各种形式网罗可用之才。像许敬宗、李义府、辛茂将、任雅相、卢承庆等，都是出身中小地主阶级，被武则天任为朝中要职。她让高宗亲见参加面试举子，从民间选拔人才。郭待封等人便是由高宗当面策试选出的知识分子，以后都成为朝廷中的重要官员。
武则天以皇后身份辅政、主政乃至最后大权独揽，这些行为触犯了正统的儒家礼法，必然会遭到士大夫阶层的“制度性抵制”。以致她手中无将无兵，势单力薄，“正人君子”不会主动依附她、支持她。因此任用了一批被关陇集团排挤的庶族官员，为她开路。由于“饥不择食”，未免鱼龙混杂，一些像李义府那样的贪侵、奸诈小人，也被她用作冲锋陷阵的干将。小人们的角色，不过是揣摩她的政治意图，充当一个工具而已。
以她的聪明睿智，对朝中官员她了如指掌，谁有什么特点、有什么弱点、用在何处、如何使用，她都驾轻就熟。
对她来说，“小人如衣服，利益如手足”。当政权稳操在武则天手中以后，这些小人、酷吏便失去了作用，她就会顺应人心将他们毫不留情地抛弃。这样的例子不止一个。当后来她登上权力顶峰并巩固了体制之后，所用之人就基本都是“正人”了。武则天有一个使用“小人——酷吏——良臣”的曲线变化，但这并不意味着她先糊涂、后清醒，而完全是由政治情势所决定的。
武则天很有纳谏的政治风度和胸襟，她和大臣们的关系比一般皇帝要宽松多了，有时简直很随便、很随和。但是她更有一种整肃百官、威慑君臣的本领和意图。她的这种政治手腕源自童年生活环境的熏陶，也源自她多年做唐太宗秘书的经历。李治曾说过她很像太宗，李治从心底崇拜她、信服她，其原因之一也在此处。
武则天驭下，注重的是量才录用。但对于所器重的大臣，也绝不是无原则地袒护纵容。干得好的，她就赏；犯了法，她也不会轻饶。认为国家大事“唯在赏罚分明”。
宰相卢承庆是显庆四年（659年）由武则天提拔上来的，是个博学多才的干员，原是度支部尚书。卢承庆是个经济学奇才，在贞观年间做户部侍郎时，太宗向他询问历代户口的数目，他竟一口气从夏、商一直讲到隋朝，滚瓜烂熟，有凭有据，太宗顿时目瞪口呆，叹为奇人。后为褚遂良排挤，郁郁不得志。武则天听说他有才干，把他先用为度支尚书，再提为宰相。
不久，显庆五年七月，他竟在度支问题上出了问题，御史台官员弹劾他“科调失所”。因未能征足赋税受到御史台官员弹劾。看到劾表后，高宗很为难，因为这个人是武则天提拔的，而且提升很快，出任宰相还不到一年。
武则天闻知，请高宗按章办事，对大臣要功过两清，不要看她的面子。于是，下诏将卢承庆免职以示惩罚，后又考虑其才干起用为润州（今江苏镇江）刺史。
当时的左相许圉（yǔ）师，位高权重，才干卓越。其父许绍是高祖李渊的儿时伙伴，在高祖、太宗朝都是重臣。武后对许圉师相当尊重，曾屡次登门求教。
然而，龙朔二年（662年）十月，他的儿子出了问题。
其子许自然，是一个七品奉辇直长的殿内司事官。一次出外游猎践踏了别人的庄稼，愤怒的田主要同他理论。许自然是个仰仗父亲是宰相的纨袴子弟，他不向人家赔礼道歉，还放响箭威胁（一说射死了人）。许圉师知道后很生气，但又不想丢丑，只想打儿子一顿给田主泄气，遮掩了事。
岂知田主也不是省油之灯，竟直达司宪台告状（中央监察机关）。官官相护，司宪大夫杨德裔也想为他遮掩。
谁料西台舍人袁公瑜却派人用假名字写了一封信，直接向皇帝告状。
武则天权衡此事后，建议高宗下旨治他的罪。高宗本来想训斥一顿从轻处罚，便召见许圉师，责他身为宰相，欺凌百姓，不是作威作福吗？许圉师竟然死不认账，说：“臣身为宰相，以忠直事陛下，不能讨得众人的欢心，所以有人背后攻击我。至于作威作福者，是那些手握兵权，或身居重镇的人。臣本是一个文吏，奉事皇上皇后，只知闭门自守，哪敢作威作福啊！”
高宗和武后听他还抵赖，更生气了。高宗说：“你还恨无兵权吗！”不过还是考虑到他是位新用的官员，又罪不至诛，就下令免了他的宰相之职，贬为虔州（今江西赣州）刺史，他的两个儿子都被免官。司宪杨德裔因徇私枉法被流放庭州。
这里顺便提一句，大唐“诗仙”李白的妻子许氏，就是许圉师的孙女。
武则天有着高超的想象力和创造力，操纵心又很强，看到那些官名都是固定的，她又开始觉得不过瘾，她要重命名。
武则天建议高宗改革官名，只改其名而不变职责并非大的政治改革。但是，这反映了武则天的创造意识，她本质就是一个讨厌固步自封，喜爱创造、变化的女性。她一生曾多次把官职改名。
唐朝的中央政权机构是因袭隋朝的，总称为三省六部制。三省即中书省、门下省、尚书省。中书省是决策机构，职掌军国政令、拟定诏书等；门下省是审议、监察机构，职掌政令的审查、议论、驳辨和纠正朝政偏失；尚书省掌管行政，即把中书、门下两省制定好的政令具体执行、落实。
武则天将三省的名称全部改称：尚书省改为中台、中书省改为西台、门下省改为东台。主要是因三省府衙地点而定的，唐代的尚书省府衙设在皇城的正中，所以才改称中台。中书、门下两省在皇城的偏西和偏东部，自然就有了西台和东台的称谓。
为了配套，武则天还把三省的长官也改了名字。如门下侍中改为左相，中书令改为右相，这两个官职是宰相，就直接叫左右相，不比“侍中”“中书令”清楚明白多了吗？尚书省长官“仆射”的名字最麻烦，武则天就把它改为“匡政”，就是帮助政府中枢部门做事之意。
史官们见武则天把那么严肃的官名改来改去很不高兴。他们不知道，以后，武则天戏法还多着呢。