一 列强对中国海关主权的进一步侵夺
自1842年《南京条约》规定外国领事可以介入中国海关事务，中国的海关主权便开始受到侵害。自1853年列强乘小刀会起义之机夺取上海海关管理权，至1858年由外籍税务司制度的建立，中国的海关管理权开始落入外国侵略者之手；到1863年总理各国事务衙门正式任命英国人赫德为海关总税务司，列强完全实现了对中国海关主权的侵夺。1864年，赫德即制定了《海关募用外人帮办税务章程》27条，对海关内部用人、行政、税务司与监督的关系等作了详细的规定。1869年，又公布了《中国海关管理章程》80条，详细规定了海关征税管理细则等，于1870年1月1日开始实行，从而基本完成了中国半殖民地海关制度的建立。
赫德接任总税务司之后，即设立总税务司署，建立庞大而完整的海关管理机构。署内设总务、汉文、统计、审计、伦敦五局，后又增设人事局，其中的伦敦局掌管海关用品的采购、洋员的招考，以及休假期间关员薪俸和归任旅费的支出等事务。各局长从税务司中遴选干员充任，其对海关所发布的命令，与总税务司的直接命令有同等效力。同时，又设立征税部、海事部两个职能部门，后又增设工务部，其中以征税部最为重要，也最为庞大，其成员由各地海关税务司组成。
在机构膨胀的同时，海关的管理权限也在不断扩展。海关的人事大权也完全掌控在总税务司之手。《海关募用外人帮办税务章程》规定：“各关所有外国人帮办税务事宜，均由总税务司募请调派，其薪水如何增减，其调往各口，以及应行撤退，均由总税务司作主。若某关税务司及各项帮办人内，如有办理不妥之人，即应由该关监督一面详报通商大臣及总理衙门，一面行文总税务司查办。”不仅外籍关员如此，即使是华籍关员，“亦因系外人补助员之故，其任免权亦委诸总税务司”。赫德亦自称：“总税务司是惟一有权对各类海关人员进行录用或辞退、升级或降职以及从一个口岸调往另一个口岸的人。”
海关的业务管理权不断扩大。按原先的规定，海关的管辖范围只限于四项：“帮办税务”，即征收关税；“严查漏税”，即缉私；港务行政，即设置浮标等设施；支用吨税。赫德接管海关后，设法扩张其管辖范围，根据章程规定，赫德的职权包括三个方面：一是统辖关务，“办理税务一切事宜”；二是督察、培养关员；三是海关行政以外的其他一切事务，如调处中外交涉等。此外，赫德还利用一切机会扩张章程规定之外的权限，如行使准领事职权，系指无约国或无领事国商人船舶出入海关时，由海关代行领事关于商业贸易和公证人方面的职权，包括船舶出入手续的办理、船员的登记等。又如参与关税纠纷处理，也就是“会讯制度”，即由中国方面与领事对税务纠纷进行会审。这一制度起始于1865年，以赫德起草的《上海海关扣留案件条款》为蓝本，在上海对英国人施行。1868年，赫德又在前一条款的基础上扩充制订《会讯船货入官章程》，增加了一些新的内容，规定：凡船货扣留案件，由监督、税务司和领事一起当堂会审；罚款案件则由税务司与领事一道会审。再如关于港澳与沿海各地间民船贸易的征收税厘之事，原本由中国政府于1868年在港澳外围设立关卡，专门征收鸦片厘金。1876年《烟台条约》签订以后，赫德利用该条约及其续增专条中所达成的鸦片“税厘并征”的协议，于1887年“将通商口岸往来香港和澳门的民船贸易，从粤海关监督的掌握中抢了过来，置于税务司的管辖之下”。
总之，在赫德接任总税务司之后，中国海关的管理权，从人事到关务都落入赫德及其下属的各海关外籍税务司之手，华人官员成为外籍税务司的下层雇员，就连由中国政府委派的作为海关最高负责人的海关监督，也成了有名无实的摆设，中国海关已经变成外国人控制下为列强利益服务的机构。
二 列强对中国沿海和内河航行权的全面侵夺
列强对中国航行权的侵占开始于第一次鸦片战争之后，但是其全面的侵占则是在第二次鸦片战争之后，甲午战争之后又有所扩展。在第二次鸦片战争之前，列强只是侵占了中国的部分沿海航行权，即只能在五个通商口岸之间转运洋货。第二次鸦片战争后，列强不仅全面侵夺了中国的沿海航行权，而且开始侵占中国的内河航行权。
对沿海航行权方面的侵占，首先是将洋货转运权从五口扩大到所有的新开口岸。如1858年签订的中英《天津条约》规定：“广州、福州、厦门、宁波、上海五处，已有江宁条约旧准通商外，即在牛庄、登州、台湾、潮州、琼州等府城口，嗣后皆准英商亦可任意与无论何人买卖，船货随时往来。”接着，清政府又被迫承认了已经非法存在的外国商船在中国沿海贩运土货的权利，总理衙门经过与英法两国协商，于1861年10月颁布《通商各口通共章程》，对外商船只在中国沿海贩运土货征收复进口半税。1863年，中、丹所订《天津条约》对此做了明确规定：“丹国商民沿海议定通商各口载运土货，约准出口先纳正税，复进他口纳半税”。随后，又有西班牙、比利时、意大利、奥地利等国与清廷所签订的条约，均作了相同的规定，从而使外国船只在中国沿海贩运土货合法化和普遍化。
对内河航行权方面的侵占，则是从第二次鸦片战争后开始的。先是侵占长江沿线汉口以下三个通商口岸城市的航行权，中英《天津条约》中提出：“长江一带各口，英商船只俱可通商。”并规定具体的通航时间，因太平天国起义的影响，除镇江拟在一年后通商外，其余待地方秩序有所安定后再议，总体目标是选择汉口以下三个城市，“准为英船出进货物通商之区”。据此，中英于1861年3月签订《长江各口通商暂订章程》，规定了镇江、九江、汉口三地的开放通航办法。
长江三口被迫开放之后，列强又进一步扩展对中国内河航行权的侵占。1876年的中英《烟台条约》，使长江航线又增开芜湖、宜昌二口，并超越汉口达到宜昌；还增开了沿海航线的温州和北海两个口岸。1890年的中英《新订烟台条约续增专条》，又增开重庆为通商口岸，规定“英商自宜昌至重庆往来运货，或雇用华船，或自备华式之船，均听其便”。至此，长江的通航航线已全线向列强开放。1895年中日《马关条约》签订，其他内河航行权也受到了列强的侵占该条约规定：日本轮船可以从上海驶进吴淞江及运河以至苏州府、杭州府，江浙两省的内河航行权开始丧失，原先关于外国轮船不得驶入长江主线以外内河的限制由此打破。同时，列强对中国内河航行权的侵占还向非通商口岸的内港、内地延伸。如《烟台条约》中规定：安徽之大通、安庆，江西之湖口，湖广之武穴、陆溪口、沙市等非通商口岸，“今议通融办法，轮船暂准停泊，上下客商货物”，虽强调“皆用民船起卸，仍照内地章程办理”，但实质上已允许外国轮船通航。至此，列强侵占中国沿海和内河航行权的基本格局趋于形成，此后，则在这一基础上进一步扩展它的侵占范围。
三 列强对中国司法主权的侵犯
列强对中国司法主权的侵犯，主要是通过获取领事裁判权（亦称“治外法权”）而实施的。所谓领事裁判权，就是列强各国在华的领事有按照其本国法律对其本国在华侨民行使司法管辖的权力，也就是说，当列强各国的在华侨民发生案件时，由其本国在华领事按照其本国的法律处置，而不能由中国的司法部门按照中国法律处置。具体地说，发生案件时，被告是外国人的，由其国驻华领事审判；被告是中国人的，由中国官员审判，即所谓的“被告主义”原则，这样就完全否定了中国对在华外国人的司法管辖权。
列强获取这种领事裁判权起始于第一次鸦片战争之后，到第二次鸦片战争之后，又有进一步的扩大。在第二次鸦片战争之前，领事裁判权的被告主义原则主要实施于刑事案件之中，在民事案件中尚未明确，而是采用外国领事官与中国地方官会同审判的办法。到1876年中英《烟台条约》签订之后，这种被告主义原则也被实施于民事案件之中，而且还同时规定了新的“观审”制度。该条约规定：“至中国各口审断交涉案件，两国法律既有不同，只能视被告者为何国之人，即赴何国官员处控告；原告为何国之人，其本国官员只可赴承审官员处观审。倘观审之员以为办理未妥，可以逐细辩论，庶保各无向隅，各按本国法律审断。”并把这一特权推向内地，规定：“凡遇内地各省地方或通商口岸有关系英人命盗案件，议由英国大臣派员前往该处观审。"1880年中美《续约条款》中又作规定：“倘遇有中国人与美国人因事相争，两国官员应行审定，中国与美国允，此等案件被告系何国之人，即归其本国官员审定。原告之官员于审定时可以前往观审，……如欲添传证见，或查讯、驳讯案中作证之人，可以再行传讯。”此后，巴西、葡萄牙、日本、墨西哥等国与中国签订的条约也都作了同样的规定；其他有约各国，除了俄国外，即使在条约中没有明文规定，实际上也都采用了这一被告主义原则。
这种被告主义原则和观审制度从表面上来看似乎是中外对等的，但实质则是对中国司法主权的进一步侵犯。就被告主义原则而言，中国人因犯案而成为被告，由中国司法机构审判，这本来就是中国司法主权范围内的事情；而外国人在中国犯案而成为被告，由其本国驻华领事审判，而不交由中国司法机构审判，则是对中国司法主权的侵犯。就观审制度而言，往往是列强各国的领事利用这一制度并运用其强权干涉中国司法机构对外国被告的审判，而中国的地方官员则很少运用这一制度为受到外国领事审判的中国被告申辩，从而使这种观审制度成为一种片面的观审制度。因此，这种被告主义原则的扩展和观审制度的确定，不仅使中国在完全失去了对在华外国人所犯刑事案件的审判权之后，又完全失去了对民事案件的审判权，而且使列强各国扩大了对中方审判中外混合案件的干涉权。
上述外国人犯案由外国领事处置的领事裁判权，也叫做属人主义领事裁判权，即由人的国籍属性决定。此外，还有一种对中国司法主权侵犯更为严重的领事裁判权，即属地主义领事裁判权。所谓属地主义领事裁判权，也就是租界内的包括中国人在内的所有居民，如有案件发生，均由该租界所属国领事及其所设立的司法机构管辖和处置。这种做法最早由上海的英、美、法三国领事乘1853年小刀会起义之机，对逃入租界的华人实施司法管理和案件审判而发生。此后，逐渐广泛化和制度化。1863年，美国领事与上海道订立协定，规定：“中国官厅对于居住美租界内中国居民之管辖权，吾人当绝对承认。惟拘票非先经美国领事加签，不得拘捕租界内任何人等。”同年底，英、美租界合并，该两国领事又经上海道黄芳的允诺将管辖租界内“无约国”外人之权归于租界工部局。接着，又于1864年5月，经江苏巡抚李鸿章同意，在上海成立了第一个会审机关——洋泾浜北首理事衙门。该衙门“法庭每晨在英国领事署开庭。其管辖权，初仅限于违禁庭，审理租界内华人违禁案件，由工部局捕房拘解，理事单独审断。”后来又开辟刑事庭，审理洋人为原告、华人为被告及无约国洋人为被告的案件。在审理华人为被告案件时，由上海道委任的理事为主审，由外国陪审官一人陪审；在审理无约国洋人为被告案件时，由外国陪审官二人陪审。充当外国陪审官者“即英副领事及美总领事或其翻译”，“后于1866年起，多一德国陪审官”。“凡上诉案件均由上海道台审理。”其中与洋人利益有关者，由领事陪审；外国陪审官和中国审判官意见不同时，亦作为上诉案件看待。中国官吏虽力图加以限制外国陪审官的权限，“于法庭草案中提议，判决权限应完全操诸中国审判官，但在实际上，外国陪审官在与中国审判官审断案件时，颇占活跃地位”。
上述的洋泾浜北首理事衙门还不是正式的会审机关，从1867年起，上海道台应宝时与英国领事开始协商组织正式会审机关之事，即成立会审公廨。先由上海道台提出会审公廨章程十条，经英国领事略作修改同意，再由总理各国事务衙门和各国驻华公使核准，1868年底制定《上海洋泾浜设官会审章程》，1869年4月20日颁布生效，并正式设立会审公廨代替理事衙门。章程规定：“会审公廨由上海道选派同知司其事”；采用原有的领事观审会审制度；对涉案人员的提传，如涉及到为外人服役的华人，应通知其相关国领事令其到案，如系为领事服役的华人，则须经该领事允准方可拿捕；关于上诉程序，如有不服所判者，“得向上海道及领事官上诉”。其中的观审会审制度、提传办法和上诉程序中，都有严重侵犯中国司法主权之处。这一会审机关及其制度一直延续到1927年。
以上所述只是列强在这一时期所取得和扩展的侵华特权的最主要与最明显者。还有其他的一些特权，再加上前一时期已取得的特权，列强对中国主权的侵犯达到了相当广泛的程度。据现有研究，列强在近代中国共取得了30项特权，其中在第二次鸦片战争之前取得了10项特权，计有：条约口岸权、协定关税权、领事报关权、租赁土地房屋权、片面最惠国待遇权、在华驻军权、治外法权（领事裁判权）、免征税收权。在第二次鸦片战争结束的1858年至中日甲午战争结束的1895年间取得了15项特权，计有：办理邮政权、内地传教权、内地游历通商权、内河航行权、协定内地通过税权、贩卖鸦片权、管理海关行政权、掠卖华工权、占据租界地权、减征税收权、沿海转运贸易权、建立势力范围权、修筑铁路权、通商口岸设厂权、内地开矿权；1895年之后取得的特权只有5项。由此可见，到1895年中日甲午战争结束签订《马关条约》为止，列强在整个近代中国通过签订不平等条约而取得的特权项目，已实现了83%多，而在第二次鸦片战争结束到中日甲午战争结束期间则实现了50%,而且前一时期已攫取的特权也在这一时期有较多的扩大。因此，这一时期是列强侵华特权急剧扩张的时期，是近代中国半殖民地制度基本形成的时期。