王文韶取代翁同龢出任军机大臣和户部尚书，使政府改组基本告一段落，剩下的事情就是怎样具体推动改革。政府要想真正推动维新变法向纵深发展，就必须尽快理清思路，确定改革的重点与难点，以及应该守住怎样的政策底线，哪些方面是根本不可触动的。
一 召见政治新锐
6月16日，光绪皇帝按照原先的日程安排，召见康有为。这既是康有为毕生第一次见到光绪皇帝，也是其一生中唯一的一次。可是这次会见给康有为留下了很深的印象，他在后来的岁月里不断加以炫耀，反复强调这次召见的重大意义。
是日清晨，康有为在东宫门内朝房等候光绪皇帝的召见时，遇见已获任命的直隶总督荣禄也在等候面见皇上，要表示谢恩。荣禄问康有为：“以子槃槃大才，亦将有补救时局之术否？”康有为答道：“非变法不可。”荣禄接着问道：“固知法当变也，但一二百年之成法，一旦能遽变乎？”康有为直截了当地告诉荣禄：“杀二品以上阻挠新法大臣，则新法行矣。”
康有为在朝房内的短暂谈话给荣禄留下非常不好的印象，由此不仅注定了康有为无法获得光绪皇帝重用的机会，也为后来的一系列变故留下了重要的伏笔。荣禄与康有为对话结束后迅即入见光绪皇帝，他在与光绪皇帝谈完自己的事情之后，有意无意地试探光绪皇帝觉得康有为这个人怎么样？光绪皇帝尚未见到康有为本人，他只能从已经看过的康有为文章、著作，以及翁同龢的谈话、汇报及最近期的徐致靖的推荐书中判断康有为“以为能也”。荣禄明显感到皇上似乎有重用康有为的意思。
荣禄随后即到慈禧太后处谢恩。时李鸿章“放居”贤良寺，为谢慈禧太后赏食物，也正在皇太后处。荣禄将刚刚在光绪皇帝那里所说的话告诉了慈禧太后，表示康有为的激进办法并不可取，皇上如果过于听信康有为的主张，必将危害大清王朝的根本利益。他甚至恭维在场的李鸿章“多历事故，宜为皇太后言之”。老资格的政治家李鸿章既看不惯接替自己多年前曾经担任过的直隶总督职务的“新科”官僚飞扬跋扈、不可一世的姿态，再加上他正在韬光养晦，也不愿在自己尚未弄清真相的时候陷入被动。于是当他听到荣禄让他向太后详谈的建议后，吓得“面色大变”，赶紧叩头，称“皇太后圣明”，一切由皇太后做主。荣禄的本意是“暗请太后留神”，在适当的时候能够阻止光绪皇帝一意孤行，过于听信和过于重用康有为。而慈禧太后则叹息道：“儿子大了，哪里认得娘？其实我不管倒好，汝作总督，凭晓得的做罢。”显然，慈禧太后并不愿意在荣禄、李鸿章等人面前表现出自己有意干预正在积极推动变法新政的光绪皇帝。
根据康有为后来的回忆，这次会面从光绪皇帝询问康的年岁及出身开始，康有为在作了回答之后进入正题。康谈到，如今西方列强环伺中国，步步紧逼，试图分割中国，中国的危亡就在眼前。对此，光绪皇帝接着说：“皆守旧者致之耳。”光绪皇帝昨日刚刚免去翁同龢的职务，而翁同龢也确实是自胶州湾危机以来最主要的责任担当者，由此似乎也可以体会到在光绪皇帝的心目中，翁同龢并不是一个维新变法运动的推动者，翁同龢的真实面目可能正是光绪皇帝试图增加民众参与政治的主要反对者。
听了光绪皇帝的叹息，康有为对道：皇上圣明，洞悉病源；既知病源，则药即在此。既知守旧之致祸败，则非变法与之维新不能自强。对于康有为的这种说法，光绪皇帝表示赞同，他明确表示：今日诚非变法不可。康有为说：现在的问题似乎已经不是变法还是不变法，而是小变还是大变，是枝节的改良，还是根本的、彻底的变革。康的意思很明显，他不赞成枝节的改良，他期待彻底的变革。康有为还就开制度局以统揽全局，先改定制度法律而不仅仅是对枝节的改良阐述了自己的看法。他说：自从鸦片战争以来的数十年中，朝廷诸臣始终都在言变法，但是几十年过去了，现在反观这些所谓的变法，实质上都是“变事”而非变法，都是枝节的改良而不是根本的改造。鉴于先前的这些经验教训，现在请皇上在变法之先，先统筹全局而全变之，请先开制度局，修订、制定相关的法律，这样才能收到事半功倍的效果。对此，光绪皇帝也表示赞同。
康有为说：他曾经研究过中西各国的变法经验，西方各国经历了差不多300年的时间才达到一个相对比较完整的政治、经济、文化体制；后来的日本由于有了西方各国的经验作为借鉴，大约花了30年的时间就达到目前的程度。中国人口众多、风俗各异，但如果从现在开始算起，认真、踏实地推行新政，举国同心，那么大约需要3年的时间就可以达到自立的程度。此后则蒸蒸日上，富强可驾万国，恢复大清王朝在世界格局中应有的地位。康有为鼓励光绪皇帝说：以皇上之圣明，只要下决心实行变法，那么图富强，在一反掌间耳。这就表现出后来人们所说的康有为的急躁情绪，或者说是他的激进主义倾向。
光绪皇帝夸奖康有为的这些见解甚有条理。康有为接着反问道：“皇上之圣，既见及此，何为久而不举，坐至割弱？”据康有为后来描述，光绪皇帝听到康有为的这一反问之后，“以目睨帘外，既而叹曰：奈掣肘何？”康有为称他当时就知道光绪皇帝有碍于慈禧太后，不能放手去做变法革新的事情，于是他建议光绪皇帝：“就皇上现在之权，行可变之事，虽不能尽变，而扼要以图，亦足以救中国矣。惟方今大臣皆老耆守旧，不通外国之故，皇上欲倚以变法，犹缘木以求魚也。”
康的这种说法似乎也正对光绪皇帝的心病，光绪皇帝称，这些老臣皆不留心办事。康接着说，这些老臣也不能说是不留心办事，无奈现在的升迁体制制约了人们的创造力，他们当年也都曾奋斗过，奋发过，无奈当他们奋斗了几十年成为当朝大臣的时候，已经精力不济，且兼差太多，每日忙忙碌碌，既无时间读书获知天下正在变化的趋势，又无心思考具有全局意义的大事。所以他们奉旨办学堂、办商务，而这些新东西都不是他们年轻时代学过的，所以也就难怪他们不知道怎样去办。康有为建议：皇上如欲变法，只有舍弃这些老臣，提拔那些年轻的小臣，广其登荐，予以召对，察其才否，由皇上亲自提拔，不吝爵赏，破格使用。方今军机、总署并已用差，但用京卿、御史两官分任内外诸差，则已无事不办。其旧人且姑听之，惟彼等事事守旧，请皇上多下诏书，示以意旨所在，凡变法之事皆特下诏书，使彼等守旧大臣无从议驳。康有为的这个“用新而不特别弃旧”的人事折中建议以及增加政治透明度、遇事即明下诏书以示公开的策略性考虑等，甚得光绪皇帝的赏识。
接着，康有为将话题转到开民智以及废八股等问题上。他说，今日中国之患，主要在于民智不开，所以尽管中国人口众多，但真正有效率、能够使用的各方面人才实在是太少了。造成这种局面的原因可能很多，但一个最直接、最根本的原因就是国家以八股、科举考试作为选拔人才的唯一途径，可能严重地妨碍了人才的成长。学八股者，不必读秦汉以后之书，更不必考察世界各国的实际情况，只要熟读那些八股经典以及做文章的方法，再凭借自己的运气就可以通籍累致大官。所以满朝文武人才济济，但这些人才无以应对外交难题，从而使中国的外交陷入日趋被动的境地。扪心自问，这都是八股考试的必然结果？在一定程度上也可以这样说，甲午战争的失败，尤其是台湾及辽东半岛的割让，不割于朝廷而割于八股；二万万战争赔款不赔于朝廷而赔于八股；胶州、旅大、威海、广州湾之割，不割于朝廷而割于八股。所有这些，都可以看做是八股的危害。
对八股科举考试制度的非议在清朝已有很久的历史，自清中后期以来，已有许多志士仁人看到了八股制度扼杀人才的危害，但国家选拔人才制度的稳定性，也使这一尽管有着无数弊端的制度长期有效地运转，因此无数的青年才俊正在八股科举的考试征途中跋涉，任何时间下令取消这一制度都会造成一批无辜的牺牲者，所以清政府的最高决策层对于是否继续沿用这一人才选拔制度一直犹豫不决。不过清政府自发现这一制度的缺陷后也采取了一些补充措施，诸如早些年就开始实行的幼童出洋留学、鼓励各方面的特异之士脱颖而出的特殊政策等等，也或多或少地弥补了这一制度缺陷。但是，八股科举不进行根本的改革，便无法在总体上提供一个人才成长的优良环境，所以康有为继续前人与时贤的讨论，在光绪皇帝召见时再次提及八股考试的弊端，直接刺激政府最高层的敏感神经，应该说还是有价值、有意义的。光绪皇帝赞成康有为的这些分析，他接过来说：“然。西人皆为有用之学，而吾中国皆为无用之学，故致此。”
康有为对曰：“皇上既知八股之害，废之可乎？”
光绪皇帝明确回答：“可。”
谈完了科举八股制度的废除之后，光绪皇帝又就经济政策方面的问题咨询康有为的意见。光绪皇帝问道：甲午战争之后大量战争赔款导致了中国严重的财政危机，请问有什么好的办法可以筹到大笔的款项吗？
在康有为看来，筹款、富民、发展经济，似乎都不是变法的必经阶段，他认为这些举措都是治标，而不是治本。中国资源丰富，矿物满地，为地球所无，若大举而筹款数万万，遍筑铁路，练民兵百万，购铁舰百艘，遍开郡县各种学堂、水师学堂、港口，则一举而大势立矣。只是这些措施并没有得到变法的根本。中国地大物博，藏富于地，贫非所患也，中国之所患患在民智之不开。所以康有为在怎样筹款、怎样开发富源、怎样增加政府的财政收入方面并不愿意多作思考，他只能向光绪皇帝谈谈翻译东西方书籍、派遣留学生出洋留学、派遣王公大臣出洋游历考察各国政治状况，以广见闻，以减少变法的阻力等等。光绪皇帝和清政府当时最为关心的是怎样进行实质性的改革，怎样解决实质性的问题，诸如怎样开发中国的经济与市场，怎样筹集开发经济与市场的经费，而这些康有为恰恰认为是“形而下”，认为不值得自己去关怀，去谈论。他的关注与光绪皇帝和清政府的关注发生了某些错位，所以即便没有荣禄的提醒，即便没有那么多人的反对，光绪皇帝和清政府都不可能授予他很重要的权力和地位。这一点是康有为和他的追随者们当年无论如何也没有想到的。
当天，光绪皇帝召集臣僚对康有为的安排与使用问题进行了专门讨论，参加讨论的有李鸿章、刚毅以及新进军机大臣廖寿恒等。光绪皇帝介绍了召见应对的大概情况，廖寿恒提出可以赏给康有为五品卿衔，而满洲贵族出身的协办大学士刚毅已得到荣禄的交代，强调不能重用康有为，“当予微差以折之”。光绪皇帝综合各方面的意见，并对先前的各种传闻进行了综合评估，决定任命康有为在总理衙门章京上行走，但特许他可以专折奏事。
康有为和他的弟子们当天就得知这一任命，他们对这一出乎意料的结果自然很不满意。梁启超在第二天写给夏曾佑的信中明白指出：“西王母主持于上，它事不能有望也。总署行走，可笑之至，决意即行矣。”一个星期之后，梁启超又致信夏曾佑，称康有为在做了许多弥补的活动之后，依然无效。康决定和他的弟子们一起离京南下。
经过短暂的失望之后，康有为和他的弟子们随着变法维新运动的不断推展与深入，便投身于火热的实际生活之中。
按照清廷给予康有为的委任，他的职务仅是总理衙门章京上行走，但同时具有专折奏事的特权。根据这些规定，康有为也就尽力发挥自己的长处，并不去总理衙门上班，而是潜心于撰写那些值得倡导和值得推动的专折及专著。根据一些并不完全的统计，康有为在百日维新期间以自己的名义上书13次，大量的由他撰写或主笔的奏折都以别人的名义呈递，还有一些奏折虽然不是康有为撰写，但大概意思是康有为的，或是由康有为直接授意而撰写的。所有这些奏折，都可以看做康有为在百日维新期间的思想贡献，这些奏折的总量达到36件，加上康有为以自己的名义呈递的13件，共计49件。
光绪皇帝在召见了康有为之后，很快召见了张元济。根据张元济的回忆，这次召见进行了大约两刻钟的时间。光绪皇帝问道：目前外患频仍，宜筹保御。而满朝文武除了唯唯诺诺之外，实在拿不出什么好的主意，他们不通西学，不达时务。而那些存心守旧的官僚们更是乱上添乱，蓄意干扰，使许多本可进行的新政也无法顺利推行，比如修建铁路一事，就是如此。听说英国在印度修建的铁路已经修到了我国西藏边界，现在关于云南的交涉连续不断，而由北京到达云南，路程需要两三个月，相形之下，我国的外交交涉怎能不吃亏？所以新政必须从经济方面入手，大规模地修建铁路刻不容缓。光绪皇帝请张元济就怎样才能推动大规模地修建铁路谈谈自己的看法。
张元济回答：要推动大规模的修建铁路就必须尽快储备人才，西方的工程师尽管有知识、有技术，但从国家根本利益方面去考虑，这些洋工程师并不可靠。不但铁路，即是矿山、河渠、船厂、机器厂等莫不如此，在在需要中国自己培养懂得这些近代技术的大量人才。张元济建议光绪皇帝应该责成将要创办的大学堂认真造就各类人才，为国家将要开始的大规模的经济建设提供源源不断的智力支持。张元济还根据自己在总理衙门工作的经验，认为政府的外交人才更为缺乏，如果中国有大量合格的外交人才，驻外公使、领事都能达到相当的水准，相信中国的外交肯定会有大的起色，外交危机必将逐步克服。为此，张元济建议光绪皇帝除了继续办好同文馆及一些省份的广方言馆外，应该有新的外交人才培养机构，造就大量的外交人才。这些建议似乎都不难被光绪皇帝所接受。
广泛听取年轻一代新锐政治家的意见，是光绪皇帝和改组后的新政府的既定方针，随着新政的推展，这种召见也一直在进行着。7月3日，光绪皇帝并未顾及御史黄均隆对黄遵宪、谭嗣同以及梁启超等人的弹劾，依然如约召见仅仅是举人出身的梁启超，听取梁启超对新政的建议。根据梁启超的说法，按照清朝的成例，四品以上的官员才能获得皇上的召见，皇上召见官品低下的小臣自咸丰以后40余年间从未有过先例，至于梁启超仅以举人的身份获皇上的召见，梁启超也感到相当的自豪，称其“尤为本朝数百年所未见”，足见梁启超也未能免俗，他和乃师康有为一样，也将这次召见看得很重。
梁启超很看重这次召见，但是关于这次召见的谈话内容与谈话时的情形，梁启超并没有留下详细的记录。此次召见的结果是，光绪皇帝让梁启超退朝之后将所著《变法通义》一书呈递上来，并赏给梁启超六品官衔，责成他会同相关部门筹办并主持译书局的事务。
清政府对这些新锐政治家用其所长的做法，在黄遵宪、谭嗣同以及杨锐、刘光第等人身上都有很好的体现。按理说，不论是名声，还是所拥有的新思想，这几个人与康、梁都不可同日而语，但他们在清政府最高决策层的眼里，却是可以委以相当实际职务的官员。7月30日，清廷发布上谕，重申6月13日的上谕，要求两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、湖南巡抚陈宝箴即饬黄遵宪、谭嗣同迅速来京，毋稍迟延。8月11日，当黄遵宪尚未到京的时候，清廷又发布上谕，着黄遵宪以二品京堂候补的身份充任清政府驻日本公使。
获光绪皇帝召见且没有获得重用的还有严复。推荐严复的为顺天府尹胡燏棻、詹事府詹事王锡蕃。王锡蕃在8月29日所上的《保奏人才折》中对严复的才干竭尽渲染之能事，当然希望清廷能够重用严复。折中写道，严复于近代西方典章名理之学，俱能探本溯源，潜心研究；对于中国的学说，也能通贯群籍。严复著述甚富，水师的情形尤其所熟知专习。他久在北洋奉差，奉公之外，闭户寡合，其人品尤为高卓。但光绪皇帝于9月14日与严复进行一番谈话之后并没有提升严复的职位，严复依然回到他在北洋水师学堂的教学岗位上去了。
二 建设新经济体制的努力
就本质而言，1898年的百日维新是从外交困境开始。而外交上的没办法，是因为中国的经济没办法；中国经济没办法，又是因为中国政治没办法。所以，这样一环扣一环地推进，终于酿成了一场轰轰烈烈的政治变动。但是要说百日维新的起点，就必须从改组后的新政府重建具有近代特征的经济体制说起。
6月12日，光绪皇帝发布了一道上谕，强调“商务为富强要图”，要求各省督抚结合各地的实际情况，妥速于各省会筹办商务局，公举殷实绅商，派充局董，详定章程，认真讲究，总期联络商情，上下一气，振兴商务。同时要求各地着力整顿商务、矿务，以开利源，推动中国经济的发展。
7月19日，康有为具折条陈，从理论上阐释发展商务的重要性，指出西方国家的洋货之所以能够越万里而畅销中国，主要是因为西方国家高度重视商务，其国中有商学以教之，有商报以通之，有商部以统之，有商律以齐之，有商会以结之，有比较厂以励之，有专利牌以诱之。这还仅仅是货物尚在西方国家内的情况，待到这些货物出国之后，西方国家更有许多措施进行保护，假之资本以助之，轻其出口税以便之，有保险以安其心，有兵船以卫其势，听其立商兵轮以护其业。又有遍布各通商口岸的领事对各地经济状况的详尽考察及相关建议，官商相通，上下一体，故西方国家的物品能够制造精、畅销易，视万里重洋若枕席，所以西方国家基于商业的繁荣，在军费开支上似乎从来就没有像中国这样困难过，民足而君足，国富而势强，都是重商主义的必然结果。
借鉴西方国家的经验，康有为建议清政府应该竭力张扬重商主义的精神，鼓励一切有利于中国进步与繁荣、有利于中国市场开发的举措。他指出：中国政府应该像西方近代国家的政府一样设专司专学以启发民众的商业意识，改变各级官吏对商人的歧视；鼓励开商学、译商书、出商报，立商律，为商务的繁荣提供外在的环境；政府还应该像西方国家那样，调整税率，鼓励出口，制定专利制度以保护专利产品等。康的建议最后归结为令各省商务局立商学、商报和商会，并仿日本立劝工场及农务学堂，讲究工艺农学。
康有为的这些建议受到清廷的重视。7月25日发布的上谕就明确要求刘坤一、张之洞选派通达商务明白公正之员绅试办商务局，并先就沿海沿江，如上海、汉口等地调查资源，提出方案，并就如何设立商学、商报、商会等制定切实可行的规划。
振兴商务，特别是要建立具有近代特征的商业流通体系，就必须有近代金融手段，必须设立相应的国家银行和各种商业银行。设立国家银行的准备工作早在1897年初就由盛宣怀负责进行，是年5月27日在上海设立总行，自夏徂冬，先后在天津、汉口、广州、汕头、烟台、镇江等地设立了分行，翌年初在北京设立了京城银行。至此，具有近代特征的金融体系初步形成，此后自京畿以迄各通商码头，都有中国自己的银行分号，或不致如先前仅为洋商所把持，中国自主的金融管理与经营系统大体确立。当清政府宣布变法维新前后，盛宣怀觉得有必要将已建立的金融系统提升为国家银行，于是他向清政府提出了设立“中国通商银行”这一具有国家银行性质的方案。7月8日，光绪皇帝原则批准了这个方案，交户部速议具奏。
按照光绪皇帝的要求，户部对盛宣怀的方案进行了讨论和研究。7月13日，清政府基本上同意了盛宣怀的建议，即着盛宣怀将银行收存官款，如何议生利息、汇兑官款，如何议减汇费，先与各省关商定明确，切实办理，并着户部咨行各省将军、督抚、各关监督，凡有通商银行之处，汇兑官款协饷，如查明汇费轻减，即酌交通商银行妥慎承办，以重商务。
商务为社会经济最重要的流通环节，而农业则是社会经济的基础，尤其是在以农业立国背景下的中国，农业的萧条不仅影响经济的发展，而且势必导致严重的经济问题，所以清政府在宣布振兴商务的同时，也格外注意农业的进步。6月20日，总署奉旨妥议提倡学艺农工矿业事宜。7月4日，发布上谕，着各省督抚督饬各该地劝谕绅民兼采中西各法，切实振兴农业。上谕强调，讲究农政在中国已有久远的传统，这本是中国古代“劳农相劝”的意思，所以各地官吏对此要随时维持保护，实力奉行。如果哪个地方办得确有成效，准该督抚奏请奖叙。该上谕还称：听说罗振玉等人在上海创办了农学会，对于转移风气，促进农业的进步起到了很好的示范作用，着两江总督刘坤一查明上海农学会的章程，咨送总理衙门查核颁布，供各地参考。同时也希望各地注意外国农学图书的翻译与介绍，总期为农业的复兴提供帮助。8月2日，光绪皇帝再发上谕，重申劝导绅民兼采中西各法，振兴农政，奖励工艺，强调以农为体、以工商为用，指示各省督抚一旦发现有能创制新法者必当立于优奖，期待各省督抚及各地官员皆当认真体察朝廷的深意，悉心讲求，次第兴办，毋得徒托空言，一奏塞责，而应切实负起劝导、推广的责任。
以农为体、以工商为用的方针符合近代中国的基本国情，而中国农业的根本改观有待于中国能否切实改变中国千百年来的农业生产习惯，能否引进和采纳西方国家已经采用的那些行之有效的技术和手段。8月18日，康有为向清政府呈递《请开农学堂地质局以兴农殖民而富国本折》，比较详细地介绍了东西方各国在农业生产方面的技术进步和技术手段，诸如农业的机械化、化肥、温室大棚等。他在奏折中提醒光绪皇帝和清廷其他决策者鉴观其精详，比较其得失，必将憬然动于心，而知东西方这些小国寡民之所以富强，而我中国土广民众之所以贫弱者，其关键只在于技术的发展与运用。康有为建议清政府下令各省府州县由政府提供必要的帮助，如酌拨官地，提供开办经费，设立农学堂，创办农报，翻译东西方农业书籍，鼓励民众创办农会，以广见闻，交流心得；创办地质局，测定各地的土壤条件，然后根据这些条件劝导民众种植适宜于本地环境及有一定市场价值的农作物。并建议政府在各通商口岸尤其是像上海、广东这样的大城市设立地质总局，将各地测绘所得的数据，各地根据这些数据重新制定的种植计划及相关产品等陈列于各地质总局，供外国商界人士参考，庶几商业盛而流通广，农业并兴，地利溢出，而国可富。康有为还建议，为了统筹全国的农业、商业，中央政府应该设立农商局，各省应该设立农商分局。
康有为的这一切实可行的建议立即获得了清政府的回应和批准。8月21日，上谕宣布设立农工商总局，委派端方、徐建寅、吴懋鼎三人负责，统筹全国的农工商业的政策制定与协调。要求各省府州县都应该设立农务学堂，开农会，刊农报，购农器，由绅富之有田业者进行技术性试验，考求新法，精益求精，待取得经验后逐步推广，庶几农业兴而生殖日蕃，商业盛而流通益广，为国家富强提供坚实的基础。
7月28日，清政府委任荣禄会同张之洞率盛宣怀等着手筹办卢汉铁路等处的铁路建设。8月2日，清政府决定在京师成立矿务铁路总局，特派总理各国事务大臣王文韶、张荫桓专理其事，所有各省开矿、筑路一切公司事宜均归矿务铁路总局统辖。上谕强调铁路、矿务为时政之最要关键，现在津榆、津卢铁路早已竣工，由山海关至大凌河一带正在筹款接办，其粵汉、卢汉两路均归总公司建造，至此，干路规模大体已具。矿务以开平、漠河两处办理的最为得法，成效已著，现在正在推广。惟铁路、矿务方面的事务格外繁重，各省的办法也不甚一致，或致章程歧出，动多窒碍，因此有必要成立一个全国性的机构进行协调。这实际上隐含有将全国的铁路、矿务等涉及国家战略的重大基础建设一律收归国家主办的意思，预示将会有以国家的力量控制那些事关国计民生的重大领域的举措出台。
戊戌年间新政中最具有重建近代中国经济体制意味的举措是颁布了一系列奖励、鼓励发明与著作的政策，特别是具有保护专利色彩的相关法律的制定。康有为等主张革新的思想家和行动者，当时都注意到西方的富强虽然有着多种原因，但西方国家普遍重视发明与创造，普遍鼓励各行各业的能人智士勇于创新、勇于发明的办法还是给他们留下了极为深刻的印象。6月26日，康有为上书清廷，建议设立爵位奖励新艺、新法、新书、新器，设立特许专卖以激励人才开民智而济时艰，建议清政府借鉴西方国家的成功经验，特立新书、新器之赏，以高报酬、高待遇吸引海内人才。果如此，“以中国聪明灵敏之才，四万万人民之众，踊跃舞蹈，竭其耳目心思以赴，皇上之求何求不得哉？”
在康有为等人看来，中国尽管有着几千年的思想传统，在中国历史上从来不乏闭关锁国、孤芳自赏的先例，但是近代以来科学技术突飞猛进、日新月异的发展变化，西方工业化在一定程度上已经改造了传统农业社会。这一巨大进步实际上已将传统的国家主权理论、传统的国家边境、国家安全作了很大的调整，国与国之间的交往已经无法回避，与其继续闭关锁国、孤芳自赏，不如打开国门，大度地欢迎西方的先进文化、先进科学技术，并将这些文化、技术进行适当的改造，使之更合乎中国的国情，使之更有助于中国传统农业社会向近代工业社会的主动转变。这种转变是一种世界大势，是不以任何人的主观意志所左右的世界潮流，现在政府强调变法，强调维新，实际上也就是要改变中国的旧习惯，主动促使中国迎合世界潮流，迎合世界大势，移易民心，去愚尚智，弃守旧，尚日新，变传统的农业社会为工业化的近代国家。这应该是变法维新的根本目的。而为了实现这一目的，康有为建议清政府尽快调整政策，制定和颁布奖励工艺、奖励创新的新政策，由政府出面鼓励、奖励、激励民间及社会各界的知识分子、志士能人，著作新书，寻发新地，启发新俗。
康有为的建议确实抓住了世界潮流，有助于中国传统社会向近代社会的转变，很快获得了清政府的采纳。7月5日，光绪皇帝发布上谕，强调变法维新的目的之一就是要振兴庶务，发展经济。而发展经济、振兴庶务的关键，首先在于鼓励人才。因此政府决定，各省士民著有新书及创行新法，制成新器，果系堪资实用者，允宜悬赏以为之劝。或量其才能，试以实职；或赐以章服，表以殊荣。由其所制造的新器，由政府颁发执照，酌定年限，准其专利售卖。其有能力创建学堂，开辟地利，兴建枪炮等工厂者，有禆于经国远猷，殖民大计者，政府将参照军功之例，给予特赏，以昭激励。至于具体的奖励标准及实施办法，光绪皇帝着总理衙门认真研究，提出方案。
总理衙门根据光绪皇帝的指示，迅速拟定了专利和奖励章程十二条，对创造发明的范围、性质以及奖励的标准、提升职务的级别、专利的保护年限等，都作出了具体的规定。7月13日，光绪皇帝再发谕旨，公布总理衙门议定的专利奖励章程，并称朝廷鼓励人才，不靳破格之赏，但仍应严防假冒与泛滥，所有著书及创造发明，都应该由相关部门聘请相关专家认真考察、检验，严定罚惩，“以期无负振兴庶务、实事求是之至意”。
经济建设，以及为中国经济的长远发展营造一个良好的法律、体制环境，是戊戌维新时期的一个主要任务。但是，由于能够放手让光绪皇帝比较独立自主地主持政府事务的时间太短，在这仅仅一百天的时间里，除了留下这部专利奖励章程外，具体的经济建设都很难看出实际效果。同时，由于新政启动的时间过于短促，当新政诏书接二连三、联翩而至的时候，各级官吏实在是有点难以消化、承受。8月26日，光绪皇帝再下诏书，点名批评两江总督刘坤一和两广总督谭钟麟，指责他们“积习相沿，因循玩愒”，对新政诏书“置若罔闻”。可惜的是，百日维新很快就走上它的末路，这些封疆大臣们即便有意于加快进行，也赶不上急剧变化的历史车轮。
三 仿西制以强兵
维新变法运动的另一个主题是“强兵”，它与第一个主题“富国”密切相关。
6月17日，康有为呈递《停弓刀石武试改设兵校折》，建议清政府停止早已不合时宜的弓刀石武试，并广设武备学堂，先于京津，遍于各省，小学、大学次第备置，课程功课仿照德国、日本；并考虑将过去的武试举人一律送进这种具有近代特征的军事学校学习。同时，他还建议清政府派遣强健才武有志学生就学于德国、日本军校，以期能够直接从德、日教官那里学到一些真东西。
康有为的建议确实点到军队的弱项，军队教育体制、管理体制的改革已经到了刻不容缓的地步。5月25日，江南道监察御史曾宗彦奏请朝廷下令克期精练陆军，并下令军队一律改习洋操。曾宗彦、康有为的建议无疑都引起了清廷的重视，6月19日，光绪皇帝指示军机大臣会同户部、兵部就曾宗彦的建议提出具体方案。上谕指出：今日时事，练兵为第一大政，练洋操尤为练兵第一要着，惟需选教习以勤训练，核饷力以筹军实。现在天津新建陆军、江南自强军均系学习过洋操的新式军队，在军费没有大的增长的时候，可以考虑选派这两支新军中训练有素的军官分至各省协助训练军队。至于军械枪炮的购置或自造，也应制定出一个统一的规划和统一的技术标准，以便使用。
6月27日，光绪皇帝再发上谕，就军队的管理体制作出重大改革，撤销督办军务处，命令直隶按察使袁世凯指挥的新建陆军改归直隶总督节制，任命荣禄补授直隶总督兼北洋大臣，同意顺天府尹胡燏棻先前奏请精练陆军并神机营改用新法操练，以及出使大臣伍廷芳先前奏请京营绿营参用西法进行训练的建议，下发军机大臣会同督办军务大臣等研究具体实施办法。7月9日，军机大臣会同神机营王大臣、八旗都统等就胡燏棻、伍廷芳的建议提出具体实施办法，同意各省绿营练勇认真裁并，同意神机营挑选马步官兵万余人勤加训练，汰弱留强，实力讲求，务成劲旅；同意八旗、满洲、蒙古等旧有军队以不同方式改习洋枪，刷新精神，摒除积习，以切实增强战斗力，以免辜负朝廷整军经武、富国强兵之至意。此次兵制改革，明确包括八旗在内，这就是后来梁启超所说的“命一国皆改兵制”。显然，此次军事改革已不再是枝叶末节的小修小补，而是包括八旗在内的整体性的改革。
7月15日，光绪皇帝再下谕旨，严谕各省将军、督抚切实裁兵、练兵，务必将那些已不能适应新式战争的冗员彻底裁撤，务期以有限的军费练就一支强大的新式军队，指示各省“无论水陆各军，一律挑留精壮勤加训练，俾成劲旅”。
在人才的选拔方面，百日维新期间的军事改革也有相当大的举动，那就是废除先前的武场科举，采用新式学堂培养军官。7月23日，光绪皇帝谕各省将军、督抚和学政，参照黄槐森先前变通武场科举的建议，责成各省将军、督抚、学政提出完善的具体办法，以利于军事人才的选拔。
7月28日，光绪皇帝命令各省将军、督抚筹拨经费，以备添设海军、筹造军舰之用，将重建海军重新提上日程。
由于时间的急迫，百日维新期间发起的军事改革并没有取得实际效果，但是这一改革的方向、所触及的问题，实际上开启了后来几十年中国军事的发展方向，如废除绿营、八旗，重建新式军队建制；如创建新式军事学堂，聘请外国教习与顾问，创建军校教育的新体制；再如派遣军事将校出洋留学，虽然在百日维新期间没有成为现实，但它对后来若干年分赴东西洋留学军事热潮的兴起明显具有启迪作用；再如新式军事工业的兴建，百日维新期间也曾提出国内各军事工业基地应该由兵部制定相应的统一技术标准，只是由于时间的短暂而没有来得及成为事实。