军事领域中的强兵改革是清政府的既定政策，在改革进程中遇到的反对阻力最小。只是由于时间的原因，在这一百天中并没有取得多少实际效果。而与军事领域的改革相关联的是教育体制的改革，军事改革曾经触及武科的存废与改良，而武科考试实际上也是清朝运行甚久的一项既成教育制度，它的存废不仅与军事改革密切相关，其实更是教育改革、科举制度存废的根本之所在。
一 新旧党争拉开序幕
光绪皇帝宣布明定国是诏时，一是宣布创立京师大学堂，作为新知识教育的基地以及将来青年知识分子获取功名的培养基地，期待以新学堂的创办去取代旧的教育体制；二是将以八股为主要内容的科举考试制度的弊端大体指出，但对是否废除科举考试、怎样改革科举考试，光绪皇帝并没有提出明确的看法，依然期待能够寻求一个最佳的妥善方案。
6月16日，康有为利用面见光绪皇帝的机会，直接向光绪皇帝面陈八股科举考试制度的危害，以为中国近年来一连串的外交失败，说到底都是八股惹的祸。
光绪皇帝也认为中国与西方国家目前最大的不同在于各自的教育制度，西方人所学为有用的实学，而中国人所学则基本上是没有用的东西。这些没有用的东西当然是指科举考试制度中的八股文。
第二天，康有为呈递一份奏折，以自己追求科举功名的痛苦经历痛斥八股科举考试制度的荒谬，强调中国在甲午战争中之所以失败，被割去大片土地，承担大量的战争赔款，并不是朝廷无能，而根本原因在于八股科举考试窒息了士人的性灵。他强烈要求清政府立下明诏，废除八股科举考试制度，从此中国知识分子内讲中国文学，以研经义、国闻、掌故、名物，则为有用之才；外求各国科学，以研工艺、物理、政教、法律，则为通方之学。他建议政府第一步废除八股考试内容，同时加快新教育建设的步伐，宏开学校，教以科学，等到学校尽开，第三步就是逐步废除科举考试制度。
6月18日，康有为上请停止弓刀石武科考试制度改设兵校折，就军事人才的培养提出建议，实际上也是对旧的教育制度进行批评，建议政府配合新教育体制的建立改用新式军事学堂训练将校。
与此同时，梁启超也联络各省举人联署上书，请求清政府特下明诏，停止八股取士，推行经济六科，以育人才而御外侮，抨击沿袭数百年的八股取士制度“非徒无用而已，又更愚之……非徒愚士大夫无用已也，又并其农、工、商、兵、妇女而皆愚而弃之”，请求政府宣布天下，停废八股取士，改用经制六科，培养新式人才。
各方面的呼吁引起了清廷的高度重视。6月17日，光绪皇帝命枢臣就停废八股问题拟旨。这一消息传出后，“京师哗然，传废八股，喜色动人”。
6月20日，康有为代山东道监察御史宋伯鲁、山东道检察史杨深秀草拟一封弹劾“守旧礼臣”的告状信，上书清廷点名指责礼部尚书、总理各国事务大臣许应骙守旧迂谬，阻挠新政，建议清廷应该将阻挠新政的许应骙解除职务，既为守旧误国者诫，庶几内可以去新政之壅蔽，外可以免邻封之笑柄。光绪皇帝在这份弹劾奏折上批道：“御史宋伯鲁、杨深秀奏礼臣守旧迂谬、阻挠新政一折，着许应骙按照所参各节明白回奏。”即要求许应骙对弹劾奏折所涉及的问题说说清楚。
许应骙希望刚毅在皇上面前美言几句以保护自己过关，至少希望刚毅能够给他出出主意，渡过这一难关。刚毅对废八股确实也有自己的看法，他确曾当面建议光绪皇帝慎重考虑，所以他对许应骙的请求并不感到意外，曾向光绪皇帝为许应骙“乞恩”。他得知弹劾许应骙的奏折出自康有为之手，曾劝许应骙反攻为守，不要只急于辩白自己，更要敢于攻击康有为。这便在事实上证明了清廷内部存在一个守旧的派别，他们专以新政为敌。戊戌年间的新旧党争于此终于拉开序幕。
新旧党争的态势当然不是光绪皇帝所期待的，作为清廷最高领导人，他背后有慈禧太后支持，当然期望他的所有臣僚都能够同舟共济，推动新政的顺利进行。因此当他收到弹劾许应骙的奏折后，心中自然很反感。他一方面要求许应骙明白回奏，另一方面也充分考虑了刚毅的建议，在当天就废八股的问题专程赴颐和园向慈禧太后征求意见。
6月22日，康有为又代翰林院侍读学士徐致靖草拟一折，请求清政府立下明诏废八股，称时事艰难，国势危机，人才乏绝，廷臣条陈纷纷，多有请变科举、废八股者，而礼臣守旧拘牵驳议，致使皇上和政府依违不决。这份奏折矛头直指那些“守旧礼官”，以为正是他们的阻挠，致使许多制度当变而不能变，这些守旧礼官“言科举不可变、八股不可废者，与为敌国作反间者无以异”。奏折建议皇上不要再听信这些守旧礼官的驳议而贻误天下大计，特旨明谕天下，罢废八股，各级各类考试一律改用策论，庶几天下之青年一代皆改而致力于先圣之义理，以考究古今中外之故，务为有用之学，风气大开，真才自奋，皇上亦何惮而不为哉？奏折反复强调，废除八股取士制度是正在开展的新政之最要而成效最速的一件大事。
同一天，礼部尚书、总理衙门大臣许应骙遵照光绪皇帝的指示“明白回奏”，对康有为代拟的弹劾奏折所提出的问题一一驳斥，并接受刚毅的建议反攻为守地攻击康有为。他解释道：康和他是同乡，稔知其少年时代即无行乡里，名声极坏。迨康有为通籍旋里，屡次与乡人发生冲突，为众论所不容。“始行晋京，意图倖达，终日联络台谏，夤缘要津，托词西学，以耸听观，即臣寓所已干谒再三，臣鄙其为人，概予谢绝。”此后，康在广东会馆私自立会，聚众至200余人，“臣恐其滋事，复为禁止，此臣修怨于康有为之所由来也。”他指责康有为是政治小人，狂妄至极。“比者饬令入对，即以大用自负，向乡人扬言，即奉旨充总理衙门章京，不无觖望。”康有为果真如此，这可是中国官场最忌讳的。许应骙还借前协办大学士李鸿藻的话说：“今之以西学自炫者，绝无心得，不过借端牟利，借径弋名。”许应骙指出：现在康有为逞其横议，广通声气，袭西报之陈说，轻中朝之典章，其建言既不可行，其居心尤不可测。若不将康有为罢黜回籍，任其久居总署，必刺探机密，漏言生事；常住京邸，必勾结朋党，快意排挤，搖惑人心，混淆国事，关系非浅。
原本只是程序性的争议引起了党争，党争的直接后果是将废八股的决策尽可能地作了调和，以便各方都能接受。6月23日，光绪皇帝宣布废除八股取士制度，要求乡会试及生童岁科各试向用四书文者一律改试策论；同时又宣布改革在三年之后正式施行，至于如何分场、命题、考试等一切详细章程，仍将由相关部门尽快制定予以公布。上谕顾及了存废两方的面子。
康、梁等人感到光绪皇帝“不彻底”的上谕实际上受制于守旧势力的包围，为了打破这些包围，觉得有必要立即开展一次“立废八股”运动，以期由此突破守旧势力对光绪皇帝的影响。6月30日，康有为、康广仁、梁启超等人将讨论的结果起草成一折一片，以御史宋伯鲁的名义呈递。当天，清廷发布谕旨，修正6月23日发布的三年后废八股改策论的谕旨，规定“岁举归并正科，生童岁科试一律改为策论”，要求各省学政收到此谕旨后，即行一律改为策论，全面采纳了康有为等人建议。
废八股改策论的决策应该说有利于时务人才的培养，是戊戌年间最值得称道的一件大事，不过八股制艺毕竟流行了数百年，毕竟已经成为许多人的饭碗，骤然将这一维系着无数人生计的制度一旦废除，自然激起一部分人的反对。事实上，当废八股改策论的消息传开之后，已有发生社会动**的征兆。因废八股而可能导致失业的大批士人对倡议废八股的康有为等人恨之入骨，据说直隶的一些士人甚至考虑采用极端的手段对康有为行刺。康身边的一些人也劝康有为请几个保镖，注意保重，深居简出，以免意外。由此可见废八股在当时确实不是一件小事。
7月4日，以稳健著称的清廷重臣张之洞与湖南巡抚陈宝箴联名呈递《妥议科举新章折》，就废八股之后如何改进科举制度、如何保障青年知识分子的权益提供了全面的方案，比较务实地解决了废八股、改科举过程中所出现的那些矛盾。
在张之洞、陈宝箴的方案中，他们依然坚持儒家伦理中的道德精义不可废除的原则，所谓中学为体就是要坚守住儒家伦理，坚守住历代帝王经天纬地之大政。至于八股的弊病，已为天下所共知，自当改革。但由于科举体制为天下学术之所系，为国家治本之所关，所以任何改革都当慎之又慎，妥议方案。
张之洞、陈宝箴“妥议”的改革方案实际上主要体现在内容上，至于形式，这个方案尽量不作大的调整，以免引起激烈的反弹，造成无谓的争论。所以这个方案既迎合了新的潮流，又充分照顾了数百年来所形成的习惯，是一个新旧两宜的折中选择，因此甚得清廷的重视。经过礼部、总理衙门等相关部门的讨论与认定，7月19日，清政府发布上谕，以为张之洞、陈宝箴的方案“剀切周详，颇中肯綮”，决定以张、陈的设计为蓝本，颁布废八股之后的新科举方案。至此，关于废八股、改科举的争论终于告一段落。
二 大学堂与官报局
光绪皇帝在明定国是诏中关于创设京师大学堂的决定，似乎并没有引起军机大臣和总理衙门大臣的真正重视。6月26日，光绪皇帝再下谕旨，对军机大臣、总理衙门大臣因循、延迟提出批评，命他们就创设京师大学堂的事情“督饬司员，克期议复。倘再仍前玩愒，并不依限复奏，定即从严惩处不贷。”这才真正引起那些官僚们的重视。
6月30日，江南道监察御史李盛铎参照日、英等国大学体制拟定了五条办学大纲，就京师大学堂及其与中国整个教育体制的关系、选址原则、功课设定、款项的筹措以及委派大臣出洋考察等提出了不少建议，对后来新教育的发展起到了相当重要的启迪作用。
有了李盛铎的规划，军机大臣和总理衙门的大臣们根据这些建议，并参照先前中外各家提出的各种方案进行研究，就京师大学堂的体制、规模以及所需的人才、物质支持等方面于7月3日提出了一套比较完整的方案和详尽章程，京师大学堂的筹备工作方才真正启动。
按照康有为的说法，他参与了京师大学堂章程的制定，后来由梁启超代为执笔起草。梁启超参酌英、美、日等国已有的制度，制定了这份详细的章程，其中最重要的一条是将大学堂的权力归于总教习，而管学大臣则形同虚设。
管学大臣孙家鼐看到梁启超拟定的大学堂章程后勃然大怒，他以为梁启超在章程中将大学堂的日常事务的权力归诸总教习是别有用心，于是与康有为反目成仇。
7月17日，孙家鼐向清廷呈递了一份举报康有为的奏折，称康有为的《春秋界说》《孟子界说》及《孔子改制考》等，昌言《公羊》之学，杂引谶纬之书，牵强附会，必证实孔子改制称王而后已，称《春秋》既作，周统遂亡，此时王者即是孔子。“康有为必欲以衰周之事行之今时，窃恐以此为教，人人存改制之心，人人谓素王可作，是学堂之设本以教育人才，而转以蛊惑民志，是导天下于乱也。”孙家鼐建议清政府明降谕旨，将康有为书中凡有关孔子改制的内容一律删除。
光绪皇帝在得到孙家鼐的奏折后，只是着军机大臣传旨孙家鼐，再令孙传旨康有为而已，似乎有意调解孙家鼐与康有为之间的矛盾或误会。
同一天，康有为通过御史宋伯鲁向清廷呈递一份要求改《时务报》为官报的奏折，而正是这份奏折引发孙家鼐与康有为之间更加剧烈的冲突。
这份奏折中首先罗列了报馆的四大好处：一是首列论说，指陈时事，常足以匡政府所不逮，备朝廷之采择；二是胪陈各省利弊，民隐得以上达；三是翻译万国近事，借鉴敌情；四是或每日一出，或间日一出，或旬日一出，所载皆新政之事，有利于新政的宣传与推行。奏折建议应该出资主持一份属于政府的官报，并建议将梁启超、汪康年等人先前在上海创办的《时务报》改为官报，并将改版后的《时务官报》移至京师，并入译书局，委派梁启超前去主持。如译书局之例，在上海设立《时务官报》分局，梁启超可往来京沪，总持其事。奏折还建议政府将民间的其他报纸收归国有，由政府主办，统一舆论。
光绪皇帝收到这份奏折后并没有表示意见，而是按照程序批转给管学大臣孙家鼐斟酌处理。7月26日，孙家鼐向光绪皇帝提交了处理意见：
1.不同意调梁启超主办《时务官报》，理由是梁启超已奉旨办理译书局事务，现在学堂既开，亟待译书，以供士子讲习，若调梁兼办官报，恐其分散精力，不利于译书局的工作。
2.建议调康有为督办官报，并提出比较严格的管理建议：一是《时务报》虽有可取，而庞杂猥琐之谈、夸诞虚诬之语，实所不免。今既改为官报，宜令主笔者慎加选择，如有颠倒是非、混淆黑白、挟嫌妄议、渎乱宸听者，一经查出，主笔者不得辞其咎；二是《时务官报》既为政府主办的报纸，就不能如民间报纸那些自由议论，应该规定该报不得议论时政，不准臧否人物，其主要功能是翻译外国报章杂志上有用文章，俾阅者略知各国情形；三是《时务官报》的经费主要应该由该报自筹及其发行所得，政府不必强行要求各省督抚用公费订阅和摊派，至于开办之初的部分经费，可以考虑由上海道代为设法，但应由康有为自往筹商。
3.对于康有为原奏中提出的将各地民间报纸一律送官报局审查的建议，孙家鼐提出反驳，以为“人君兼听则明，偏听则暗，近代西方报馆林立，人人阅报，其报能上达于君主，亦不问可知。今时务报改为官报，仅一处官报得以进呈，尚恐见闻不广。现天津、上海、湖北、广东等地皆有报馆，建议政府谕令各省督抚饬各处报馆凡有出版，均应呈送督察院一份、大学堂一份，然后由督察院、大学堂择其有关时事，无甚悖谬者，一律录呈御览，庶几收兼听则明，无偏听之弊。”
孙家鼐的建议虽然不合乎康有为的需要，但毕竟合情合理，于是当天就获得光绪皇帝的批准。
康有为的想法无法获得实现，与其在中央政府层面政治处境的日趋恶化有关，就连先前比较积极支持康有为的军机大臣廖寿恒，也在同僚及舆论的压力下发生转变。据康有为后来回忆：“时吾递书递折及有所传旨，皆军机大臣廖仲山为之。京师谣言皆谓廖为吾笔帖式，甚至有谓为康狗者。”这势必对廖寿恒产生极大的精神压力，为了官场上的自我保护，廖寿恒只能选择与康有为等人逐步疏远的策略。他建议光绪皇帝关于《时务报》改官报的事情，应该由康有为找孙家鼐协商，似乎有意于将康归之为孙家鼐的部属。并且他建议今后凡有关报馆的事务均由管学大臣孙家鼐递折，先由军机大臣传旨与康有为，令康告知于孙。这种种推托的唯一目的不外乎是为了与康有为等人拉开距离，实际上只是政治场上的一种自我保护而已。
廖寿恒的建议代表了相当一部分同僚的共同看法，也正是这样一种政治背景，促使孙家鼐敢于提出反建议将康有为以调虎离山的办法驱逐出京城。孙家鼐调康有为督办官报局的反建议确实促成了康有为陷入“陷人自陷”的困境，但孙的建议根本不提官报局的经费问题，为康有为的反击留有足够的余地。7月31日，康有为呈递《谢天恩条陈办报事宜折》，表示接受督办官报的委任，但同时提出比较苛刻的经济资助条件，建议清政府慎重考虑经费方面的问题，并提出依旧例用类似于公款订阅的方式加以通融，将皮球又踢到了孙家鼐的一边。
孙家鼐的目的就是将康有为赶出京城，至于经济上的区区数千两银元，在他看来并不构成障碍，于是他同意向皇帝转报康有为的要求。光绪帝同意参照所请，“以为久远之计，著照官书局之例，由两江总督按月筹拨银一千两，并另拨开办经费六千两，以资布置。各省官民阅报仍照商报例价，著各督抚统核全省文武衙门差局书院学堂应阅报单数目，移送官报局，该局即按期照数分送。其报价著照湖北成案，筹款垫解。”
康有为不愿远离北京这个政治中心，又建议孙家鼐在京师另行重组官报局。但孙家鼐秉承相当一部分同僚的意思，一定要借此机会将康有为排挤出京师，坚拒康有为的建议，坚持要求康有为离开京师，前往上海。他甚至不惜调动其他一些手段再次施压，于是有9月17日明发御旨，要求康有为迅速离京，前往上海，毋得迁延观望。康有为接到这份谕旨之后，似乎确曾准备前往上海，可惜政变将发，康有为前往上海不再是接办官报局，而是流亡途中的一站而已。
三 礼部六堂官即行革职
康有为与孙家鼐的较量以失败而告终，而王照与旧势力的冲突却在光绪皇帝的支持下一度获得了成功，不过也由此潜藏着维新运动的深刻危机。
8月2日，光绪皇帝发布上谕，鼓励大小臣工就当前的改革与新政各抒谠论，以备采择，同时规定中央各部院司员有条陈事件者，著由各堂官代奏；一般百姓（士民）有上书言事者，著赴都察院呈递。上谕要求中央各部院堂官“毋得拘牵忌讳，稍有阻格，用副迩言必察之至意”，希望用开放言论的办法广泛征集各方面的意见。
开放言论的上谕赢得了下层官吏的欢迎，原本对现实政治高度关注的年轻一代官僚自然会充分利用这一条件上书言事，表达自己的看法。礼部主事王照在上谕发布之后写了一份极具内容的建议书，提出对一些重大问题的看法。
王照在奏稿中强调，自从皇上颁布《明定国是诏》以后，在国内外都获得了极好的反响，国内有识之士觉得天相中国，牏启圣聪，四万万臣民福命未绝；而国外的反应以在华外国人最为突出，他们普遍认为皇上宣布明定国是之后的一系列新政诏书如此英明，为目前各国元首所少有，惟俄国昔年之大彼得第一有点相似。所有这些都是可喜的现象。不过居安思危，两个月来也有一些令人忧虑的问题。基于这种忧虑，王照向光绪皇帝提出三点建议。第一条是请旨宣示削亡之祸已在目前，竭力挽回犹恐不及，勿空言万全以贻误。此条建议的主旨是请皇上和政府向国人宣布中国的危机并没有因甲午战争的结束而结束，更不能为眼前的暂时的和平所迷惑，甲午战争之后的国际形势已经发生很大的变化，西方诸列强对付中国已无需采用过去的手段进行战争，诸大臣没有必要因无战争的威胁而高兴，而谓改旧章为伤元气，谓倡新政为启乱萌，以空谈正学术为纯臣，以大言轻外夷为良将。事实上，现在的中国并不安静，国内乱民到处滋事，无不托言杀鬼子。对于这种盲目排外的不良心态，许多士大夫反而称许为“义民”，以此为中国之元气。王照指出：对于这种不良心态必须加以纠正，否则必将给中国带来极大的危害，对于此等所谓纯臣、良将、义民者，也必须设法遏制，否则任其坐大，在在掣皇上之肘，以致变法无效。
建议的第二点是请皇上奉皇太后圣驾巡幸中外以益光荣而定趋向。建议称：当此新政开启、困难重重之际，皇上应该充分利用慈禧太后的政治资源和政治智慧，“今者合万国之欢心以隆教养，正宜奉慈驾游历邻邦，借以考证得失，决定从违”。王照还建议，皇上奉太后游历邻邦可以从日本开始，因为中日两国的国情大致相同，礼教一致，政治架构以及权力组合都极为相似，具有很强的可比性。对于外交礼节上过于强调“先往为降尊”的看法，王照以为实为政治上的短视，按照近代以来所形成的外交惯例，并不以往来的先后判别尊卑，而是通过频繁的首脑外交沟通各国人民的感情，维护各自国家的根本利益。
王照的第三条建议是请专设教部。此条建议的关键是于学部之外专设教部，专门负责管理宗教，尤其是儒教方面的事务，“今请以西人敬教之法尊我孔子之教，以西人劝学之法兴我中国之学”，教学分离，相辅而行，不相牵制，庶几儒教可卫而学可兴。这条建议实际上是对康有为等人重建孔教论的回应，就当时的政治层面而言似乎并不具有迫切的意义。
王照三条建议的核心是第二条，也就是他不惜冒险劝说光绪皇帝不要与慈禧太后发生冲突，相反应该尊奉太后为最高的、最具权威的领导人，这样就可以有效地化解改革的阻力，有力地推动新政的展开。王照希望以礼部主事的身份通过正常的渠道将这份奏折呈递给光绪皇帝，不料礼部满汉两尚书怀塔布、许应骙拒绝接受和代呈。王照与怀塔布、许应骙等人据理力争，坚请由礼部代呈，表示自己在上书中的建议是否被皇上采纳应该由皇上决定，不应该由礼部主管官员代为拒绝，以遮蔽皇上的见闻。王照的态度相当坚决，言语也相当决绝，许应骙后来向光绪皇帝描述为“咆哮署堂，借端挟制”。
就思想倾向而言，王照虽然对康有为的某些政治主张和政治行为持批评态度，但他无疑与具有维新思想倾向的康、梁等人为同道。康有为等人也对他寄予相当大的期待，他的上书与康有为有关，而上书受挫的消息自然也为康有为等人所关注。王照本属于年轻气盛的少壮派，原本就对怀塔布、许应骙阻止他上书有很多不满，于是在康氏兄弟的鼓动下，上书弹劾礼部尚书怀塔布、许应骙阻挠新政。
王照的坚持终于惊动了光绪皇帝。9月1日，光绪皇帝就怀塔布、许应骙阻挠王照上书的事情作出批示，着将怀塔布、许应骙等交吏部议处，重申此后各衙门司员等条陈事件呈请堂官代递，即由各该堂官原封呈进，毋庸拆看。随后他又在上谕中宣布将怀塔布、许应骙等礼部六堂官即行革职，并对王照不畏强御的精神给予表彰，赏给三品顶戴，以四品京堂候补。
礼部六堂官一并即行革职的处分以及对王照的奖赏震动了朝野。此后各部院主管对于臣民的上书一般说来再也不敢无故拒绝，行政效率有所提高；青年知识分子和年轻官僚更加关心国政，勇于上书言事，就重大问题提出建设性的意见。在此后的半个多月中，各衙门所收到的建议书越来越多，政治的开放度也越来越大，光绪新政获得越来越多的认同。
四 超常升迁的军机四章京
因礼部六堂官的革职而引发的人事变动还在继续。9月5日，清廷委任裕禄、李端棻代理礼部尚书，任命王锡蕃、徐致靖等人代理礼部侍郎；任命内阁候补侍读杨锐、刑部候补主事刘光第、内阁候补中书林旭、江苏候补知府谭嗣同四人赏加四品卿衔，在军机章京上行走，参与新政事宜。
军机四章京的提拔是戊戌年间的一件大事。他们四人在政治倾向上都主张中国应该进行改革，都具有新思想和相当的行政能力，但他们在当时政治格局中所处阵营并不一致。杨锐为张之洞登堂入室的“第一亲厚之弟子”，为张在中央政府的一个重要耳目，多年来不间断地向张之洞提供京城中的重要消息。在政治倾向上，杨锐比较认同康有为的政治改革主张，但对康过于激进以及树敌太多也甚为不满。他并不以为康有为是主导改革的理想人物，所以他与康梁系的关系若即若离，他心目中最有能力主导中国全面改革的理想人物当然还是他的恩师张之洞。
与杨锐的情况相类似，刘光第也是张之洞的亲信与心腹，他对康梁系的学术思想与政治见解很不以为然，似乎也不愿与康有为有过多的接触。他之所以被任命为军机章京上行走，与杨锐一样，都是陈宝箴受张之洞的示意而保荐的。
林旭的情况与杨锐、刘光第稍有不同。杨、刘为四川人，与张之洞关系密切，而林旭为福建人，少负才名，为晚清重臣沈葆桢的孙女婿，与康有为关系比较密切，对康的学术思想与政治主张也比较佩服。他的升迁与康有为并没有多大的关系，相反，他在出任军机章京之前却是康有为的政治对手荣禄的幕府中人物。
至于谭嗣同，他的出身与经历与杨锐、刘光第、林旭都不同。他的父亲谭继洵官至湖北巡抚，因此他不仅拥有很好的行政资源，而且见多识广，博学多闻，遍识天下英才，与康、梁的关系相对说来比较密切。在政治倾向上，谭嗣同不仅高度认同康有为的变法维新主张，而且在很大程度上比康有为走得更远。他甚至认为一个新的中国不应该重建君主立宪的政治体制，而要废除君主专制体制，因为君主以天下为个人的私有财产，是一切罪恶的根源。他发誓要冲决网罗，**涤旧俗，重建一个新的理想社会形态。在陈宝箴主导的湖南维新实验中，谭嗣同应邀参加，是湖南新政中比较重要的人物之一。他在南学会的一系列演讲，慷慨激昂，声情并茂，对于唤醒湖南人的觉醒，对于湖南局部维新风气的形成，起到过重要的作用。光绪皇帝宣布明定国是第三天，翰林院侍读学士徐致靖出面保荐谭嗣同、张元济、黄遵宪以及康有为、梁启超等人。在后来的政治活动中，谭嗣同坚定地站在康有为的一边。
杨锐、刘光第、林旭及谭嗣同被保荐为军机处章京的时间不一，陈宝箴保荐杨锐、刘光第为8月5日，王锡蕃保荐林旭为8月29日，而徐致靖保荐谭嗣同则远在6月13日，而他们四人的合并任命则为9月5日。所以从很多迹象上看，军机四章京的任命应该与礼部六堂官的革职有着重要的因果关系。光绪皇帝感觉到原先的旧人已经很难适应新形势的需要，他们“狃于积习，不能实力奉行”，已严重影响了新政的进程，因此有必要用一批政治新锐去影响他们、替换他们，从而推动新政的健康发展。
军机四章京获得任命的第二天，光绪皇帝特别交代他们四人要尽心尽力协助朝廷推行新政，且要与军机大臣们搞好团结，并在程序上规定他们的所有建议都不存在着绕开原先的体制进行运转的可能，而是一如先前，由军机大臣们呈递。
按照当时的行政体制，军机处是辅助皇帝处理日常事务的重要政务部门，当时的六名军机大臣每日都有机会面见光绪皇帝，就一些重大的国际国内问题提出对策，用“面奉谕旨”的名义向各部门、各地方的官员发布指示。军机大臣的属僚称“军机章京”，或称“小军机”，负责缮写谕旨、记载档案、查核奏议，以及接受皇帝或军机大臣的委托，就某些重大问题进行调研并提出方案。军机章京的正常出身，一般由中央各部院司员中选拔，经过专门的考试后依次递补。由于这些军机章京较一般大臣有更多的机会与皇帝和军机大臣们相处，他们的地位实际上相当的特殊，很受各部院主管及地方督抚们的重视。光绪皇帝突然直接任命的四位年轻的军机章京，具有明显的政治新锐特征，他们的到来不能不引起原有章京们的恐惧和不安。
按照光绪皇帝的设想，新任四章京与原来的章京们并不构成利益与工作方面的冲突，新任四章京的工作职责主要是参与新政，而原来的章京们还继续已有的文秘工作，他们的分工至少在光绪皇帝那里也是相当清楚的，而四章京也是这样做的。问题在于，四章京的这一特殊分工使他们介于军机大臣与章京之间，他们虽然没有军机大臣的名分和地位，但其功能却与军机大臣相仿佛；他们虽然也被称为“章京”，但实际政治地位却又比那些原先的章京高得多。所以，在实际的工作过程中，他们不仅与原先的章京们发生冲突，即便是与那些军机大臣们也很难真正和睦相处；再加上光绪皇帝确实对那些暮气沉沉的军机大臣们推行新政不力严重不满，许多事直接交代给四章京而有意或无意地忽略了军机大臣们的存在，军机大臣们对许多重大事务茫然无知，这自然恶化了四章京与军机大臣们之间的关系。而四章京年轻气盛，自恃有皇帝的特谕，对于皇帝交代的事务自然尽心尽力，却也很少或根本不与军机大臣们沟通。这样一来，四章京原本与军机大臣们并不构成矛盾，现在却也成为对立的态势，这都为后来的政治变动留下伏笔。
新进军机四章京的政治品格无可挑剔，就其政治倾向性而言，也基本上都认同于以光绪皇帝为主导的新政改革，他们受命于光绪皇帝，效忠于光绪皇帝，这是他们一致的地方。但是，由于年龄、性格、出身以及各自复杂的人际关系的影响，他们四人在行为方式等方面还是有着比较大的差异。相对说来，谭嗣同在政治上比较坚定与坚持，自然也就比较偏激与激进，受康有为的影响也比较大；受张之洞的影响，杨锐比较稳重与老成，在政治上比较倾向于稳健的改革，主张用新人而不弃旧人，举凡涉及人事的变动，强调以稳妥为主，不要人为地制造改革的对立面，不要将那些原本并不坚定反对改革的人推到了改革的对立面；刘光第属于另外一种类型，他本性淳朴，富有正义感和事业心，但由于久居京师，熟悉官场，所以他在政治上和杨锐一样，不主张采取激进的变革措施，更没有康有为式的凡事必须分出新旧的思维逻辑，而强调任何改革都应该尽量团结所有的人，所有的改革措施都应该循序渐进，以社会的承受力为衡量改革力度的尺度；军机四章京中年龄相对比较小，也比较盛气凌人、恃才自傲的可能是林旭。光绪皇帝的赏识、荣禄的提拔、康有为的看重，都使林旭觉得有一种“舍我其谁”的自负，这势必在有意无意中恶化军机四章京与各方面关系，乃至军机四章京内部的关系。据杨锐在家书中自述，根据分工，他与林旭同在一班轮值，谭嗣同与刘光第在另一班。他们每天的工作十分繁忙，对于所有发下来的条陈都必须仔细阅读，签署意见，分别是否可行，然后决定是否进呈御览。这些工作本相当繁重，他们四人与其他章京的关系也已相当紧张，四人之间也并不能很容易获得一致，每每发生不必要的分歧。据他的看法，谭嗣同与康有为的关系最好，处处按照康有为的意思去办；不过谭嗣同为人尚算正直，在轮值的时候“尚称安静”，按照规矩办事。而林旭“则随事都欲取巧”，对于所批阅的文件、条陈并不太上心，签署的意见“有甚不妥者”，对此，杨锐必须三番五次地“强令”林旭修改，有时甚至强令修改三四次方能通过，杨锐担心这样下去他与林旭的关系很难相处。
由于四章京上任不久就发生了政变，他们四人一起登上了断头台，所以他们之间的冲突并没有如杨锐所担心的那样发生。在他们共同协助光绪皇帝推行新政的那半个月里，他们之间的密切合作应该说还是主流，也有流传至今的佳话。比如9月8日，湖南举人曾廉上书弹劾康有为、梁启超创邪说舞文诬圣，聚众徒假权行教，“觊觎非常，大有教皇中国之意”，请求清廷斩康、梁以塞邪慝之门，以快人心，以申天讨。光绪皇帝得读此上书后深感事关重大，此书所反映的果真属实，康、梁必遭杀身之祸。为了保护康、梁，光绪皇帝将此书批转军机大臣裕禄，并示意裕禄转交与康、梁关系密切的新进军机章京谭嗣同逐条驳斥。谭嗣同见疏之后极为愤怒，在其所起草的谕旨中建议诛杀曾廉，以遏制反对势力对新政的攻击，对新人的陷害。光绪皇帝没有同意谭嗣同的建议，以为“甫诏求言，而遽杀人以逞，非所以服天下也”。第二天，谭嗣同再次请求光绪皇帝诛杀曾廉，光绪皇帝“卒格不下”，依然觉得诛杀的办法不合乎新政的精神，继续责成谭嗣同还是从道理上驳斥曾廉。谭嗣同在逐条驳斥曾廉的同时，并表明可以担保康、梁对大清王朝和光绪皇帝忠贞无二，公开表示“臣嗣同以百口保康、梁之忠。若曾廉之言属实，臣嗣同请先坐罪。”与谭嗣同同班轮值的新进军机章京刘光第也毅然在谭嗣同起草的文件上署名，称“臣光第亦请先坐罪。”谭嗣同、刘光第等新进军机章京勇于负责、勇于担当的正义之气深深地感动了光绪皇帝，光绪皇帝决定此事就此结束，并没有将曾廉的弹劾奏折呈送慈禧太后。
新进军机四章京的任命就本意而言并没有主动挑起所谓新旧冲突，但在客观效果上确实加速了政治层面的人事分化，引起了许多无谓的纠纷，也为后来的政治变故留下了许多伏笔。后来他们四人被慈禧太后下令予以残酷地杀害，都和他们在那短短的十几天时间里的活动有关。
五 裁冗署
光绪皇帝任命军机四章京并没有结束政府改组后人事变动的后续动作，四章京上任之后的第二天，清廷任命裕禄在总理衙门行走并兼任礼部满尚书，任命李端棻为礼部汉尚书。至此，礼部的改组方告完成。而同一天，清廷还免去李鸿章、敬信在总理衙门行走。15日，光绪皇帝接受张英麟的保荐，着广东候补道林合峒等来京预备召见。至少到此时，表明政府改组的后续动作在继续进行，没有停止的迹象。
擢新人、黜旧人，进行一系列人事调整，是新政改革的需要。一大批被废黜的旧官员在内心深处当然对此不会满意，这不是一个简单的政治见解问题，而是关涉每一个官员的实际经济利益和政治地位。而那些新获提升的年轻官员虽然具有许多新思想、新见解，虽然发自内心真诚支持新政改革，但他们在官场上的经验毕竟不太丰富，政治上也不太成熟，对许多事务的处理过于简单。这样势必加速政治生态的恶化，许多具有旧思想、旧手段的官僚即便先前有着无数的矛盾与冲突，他们又在应对新政这一共同利益的基础上重新集结起来。
与擢新人、黜旧人相近且在某些程度上相重叠的是裁冗署、设新局。这一具有明显的行政体制改革特征的所谓政治体制改革，更加深了清廷内部相当一部分人甚至包括慈禧太后对新政的怀疑与忧虑。他们担心如果一味对新政的政治体制改革采取支持和迁就的态度，可能会损害大清王朝的根本利益，影响满洲贵族在中国政治生活中的地位。这是他们先前之所以支持、同意进行新政改革的前提与先决条件，所以一旦这些前提与条件受到影响，他们自然会收回对新政改革的支持，从而阻止改革的进行。这也是后来政治变动比较直接的原因之一。
按照康有为的判断，中国的一切问题在于政治上没有办法。中国只有在政治上有办法，其他的经济问题、教育问题、外交问题、军事改革问题等，都可迎刃而解。而中国政治上的有办法，在康有为看来，就是参照西方近代国家的政治模式，重建中国的政治体制和行政体制。这是康有为在戊戌年之前数年间的一贯看法。
康有为关于设制度局、新政局的建议实际上是西方近代国家三权分立立宪政体在中国的演变。按照康的设想，制度局主要的职能是议政和制定规则，具有西方近代国家的议会功能；新政局是行政权力中心，是办事机构，凡制度局已经议定的新政事务，皆交给新政局负责具体执行。根据康有为的说法，他之所以建议于内廷仿南书房和会典馆的旧例设置制度局，就是要废弃已有的军机处。他觉得军机处经过数十年的发展演变，已经失去先前应有的活力，对于无例可援、前无古人的新政事业，军机处无法发挥应有的功能。“军机出纳喉舌，亦非论道经邦，跪对顷刻，岂能讨论？”继续由军机处担当议政的功能，显然是不可能，也是不可靠的。至于在总理衙门和六部之外另组行政中心，在康有为看来也是不得已而为之。六部本为行政之官，掌守例而不任出议；而总理衙门困于外交，总理大臣也多为兼职，“簿书期会，刻无暇晷”，根本无法担当推动变法的责任。基于这样的判断，康有为认为不变法则已，要变法，要维新，就必须另组织制度局和新政局。前者担负议政功能，后者担负执行责任。
有了慈禧太后的态度，总理衙门的大臣们便于7月2日向光绪皇帝呈递了总理衙门的“妥议具奏”，对康有为等人的建议予以全面驳斥，认为如果按照康氏所请进行行政体制的改革，势必给国家的行政体制带来极大的危害，严重削弱政府的行政效率，不符合新政的精神和大清王朝的根本利益，劝告光绪皇帝不要听信那些政治小人的胡说八道，在政治体制改革方面固守住那些最基本的政策底线。
奕劻等人的这份驳议全面否定了康有为设立制度局、新政局以及对全国的行政体制进行改革的建议，但并没有真正说服光绪皇帝。而且另外一个值得注意的动态是，康有为等人坚守支持光绪皇帝一人的既定立场，他们不惜通过各种合法、非法的渠道向光绪皇帝施加压力，不断地鼓动光绪皇帝与慈禧太后及王公大臣、总理衙门为对立面，激起光绪皇帝对这些政治对立面的厌恶，进而同意他们另起炉灶的全面性改革。所以，光绪皇帝在收到奕劻等总理衙门大臣的驳议之后极为不满，他指示总理衙门“另行妥议具奏”，并特意召见具有改革倾向并与康有为关系较好的总理衙门大臣张荫桓，“且责之，谓汝等尽驳康某之奏，汝等欲一事不办乎？”他再次将球踢给了总理衙门的大臣们，并试图动用皇帝的行政资源迫使总理衙门的大臣们议准。
与总理衙门那些老资格的政治家相比，康有为乃至光绪皇帝无疑都过于幼稚。康有为等人在通过各种手段不断向光绪皇帝施加影响的同时，也不断地散布这一关涉大清王朝根本制度改革的相关情况，这些传言在不断地复制过程中已经严重变形。根据康有为的原折，只是建议清政府另行组建专司议政的制度局，另行组建独立于总理衙门和六部的新政局及其十二分局，专司推行新政的责任，并没有提及裁冗员、撤衙门的事情。传言不断流布，“物议沸腾，且因新党中少年高兴到处议论某官可以裁，某人宜去，现已如何奏请皇上饬办，而皇上发下何旨。肆意矜张，为守旧中有心相仇者听去遍传也。”传言的后果是，“京中已有裁撤六部九卿，而设立鬼子衙门，用鬼子办事之谣；竟有老迈昏庸之堂官，懵懂无知之司官，焦急欲死者，惟有诅谤皇上，痛骂康有为而已”。这无形中增加了改革的阻力，将那些原本并不一定反对改革的人统统推到了保守的阵营。即便当事人康有为后来在回顾这一事件时也不能不承认，“我请于京师开十二局，外省开民政局。于是流言纷纭，咸谓我尽废内阁六部及督抚、藩臬司道矣。故张元济请废翰林院、都察院，岑春煊请废卿寺、裁局员，皆归之于我。于是京朝震动，外省怵惊，谣谤不可听闻矣。”
变更国家固有的行政体制确实不是总理衙门的权力和责任，按照清朝已有的权力架构，事涉重大的体制变更，必须通过具有议政功能的军机处进行讨论。所以光绪皇帝对于总理衙门大臣们的“软抵抗”毫无办法，只好采纳总理衙门的建议，指示由军机大臣会同总理衙门王大臣们“切实筹议具奏，毋得空言搪塞”。
军机大臣们太清楚康有为设立制度局、新政局及改革省以下行政机构的必然后果了，那就是：制度局立，军机处废。所以军机大臣们出于维护自己利益的本能反应，只能是坚决反对设立什么制度局。有的军机大臣甚至粗鲁地公开宣称：“开制度局，是废我军机也，我宁忤旨而已，必不可开。”新任汉军机大臣王文韶认为，皇上的倾向性已经很明显，他受康有为的蛊惑，已下定决心设立制度局、新政局及对整个帝国的行政体制进行全面改革。皇上既然让我们“切实筹议具奏”，那是给我们一次发言的机会，如果我们不利用这次机会充分表达我们的不同意见，尽量说服皇上回心转意，而是像总理衙门先前所做的那样对康有为的改革方案全面否定和驳斥，那么结果可能是皇上“明发上谕”，宣布成立制度局、新政局，并对帝国的整个体制进行全面改革。王文韶建议，为了帝国的整体利益，也为了各位军机大臣、总理衙门大臣的利益，与其对康有为的方案全面对抗导致我们丧失权力，不如设法敷衍皇上，用软抵抗的策略达到硬抵抗的目的。
军机处于8月2日向光绪皇帝呈递了并没有“空言搪塞”的奏议，这份奏议虽然在目的上与总理衙门的两次驳议一样，是要彻底否定康有为的行政改革方案，但道理要比总理衙门的驳议说得清楚，论证也比较周密，至少他们没有再一味否定康有为的价值，而是在高度抽象的意义上充分肯定了康有为的建议有应行变通者，有已举办者，有尚须推广者，有应请缓办者，有不便施行者。这种评价有肯定，有否定，但从接受学的角度去观察，军机大臣们的这种做法与评判，在光绪皇帝那里当然比较容易获得理解。因为他们并没有完全否定康有为建议的价值与意义，而是作了相应的分类处理。
康有为也似乎早就预感到他的方案将被军机大臣们予以否决，所以早在7月24日就指使其弟子梁启超以李端棻的名义上了一份奏折，提出循大清王朝先前已有的例子，在内廷开设懋勤殿，以期通过这种特殊的机构设置，用最便捷的办法进入光绪皇帝的身边，参与议政。光绪皇帝收到这份奏折后，循例批转庆亲王奕劻及孙家鼐处理。
7月28日，奕劻与孙家鼐分别向光绪皇帝呈递了各自的处理意见。奕劻虽然没有明确反对设置懋勤殿，但他建议光绪皇帝一定要慎重对待，可以选择一些具有真才实学且人品高尚的人以备顾问，无疑其并不太同意设置什么懋勤殿。孙家鼐的处理意见与奕劻的看法具有很大的相似性，他也原则上同意皇上仿康熙年间的旧例选拔一些人才在身边以备顾问，同时也告诫皇上此类顾问既不能以才华作为选取的唯一标准，更要注意其人品、其心术，并建议采用公举的办法，尤其要注意公众舆论的认知度。对于那些心术不正、人品低劣的人，不论其才华如何出众，都必须坚决剔除。
设制度局、新政局以及懋勤殿的主张均在总理衙门大臣和军机大臣们软硬兼施的反对下不了了之，康有为先立而后破的行政改革思路明显受挫。但是不论那些老资格的政治家怎样为大清王朝旧有的行政体制进行辩护，一个不容怀疑的事实是清朝的行政体制也确实存在一些问题，行政效率的低下也是当时有识之士比较一致的看法。按照康有为原来的想法，他之所以不先去触动旧有的行政体制而另起炉灶，除了他想通过这种便捷的办法直接进入权力中心的私心外，主要的是为了减少改革的压力。他并不希望因为改革旧有的行政体制而导致大批旧官僚的失业，更不希望因此而引起政治场上的巨大风暴，他期待以和平的改革先立而后破，待到新体制运行一段时间之后并能够尽量容纳旧有的官僚阶层之后再去处理旧有的行政体制。这就是他后来概括的“选通才以任新政，存冗官以容旧人”的改革策略。
裁撤旧衙门的契机是太仆少卿岑春煊于8月23日提出来的。岑春煊是康有为的朋友，具有很强的维新思想倾向，他的这份奏折是否受到康有为的指使，目前的资料尚看不出来。他在这份题为《敬陈管见伏冀采择折》中所提出的改革思路虽然在个别方面与康有为的思路明显不同，但在大的方面则基本一致，所以当他的这份奏折提出后，许多不明真相的人都将这些见解归于康有为，就连仔细阅读过这份奏折的光绪皇帝也以为这些见解与康有为的主张高度一致。
岑春煊的建议在清政府高层引起了强烈反响。这些建议迎合了光绪皇帝进行行政体制改革的想法，尽管在政府高层有强烈的反对意见，光绪皇帝也有意采纳这些建议，对行政体制进行大刀阔斧的改革，他甚至引证康有为的观点，以为康有为也是赞成这些改革的。其实，在改革行政体制方面，康有为从来的主张是“增新”，即主张通过建立制度局、新政局等全新的机构吸引新的人才，对旧有的衙门维持现状，使其功能自动丧失。当岑春煊的奏议在政治高层引起强烈的反弹、引起更多人对康有为产生误会的时候，康有为觉得有必要为自己辩解，他在一些场合明确表示岑春煊的建议并不合乎他的想法，他的设想与岑氏的建议完全是两码事。
康有为的这些说法引起了军机大臣廖寿恒的注意。明显具有改革倾向的廖寿恒觉得行政体制既要改革，也不能因改革而引起无谓的混乱，否则欲速则不达，过于激进的改革势必引起激烈的反弹。于是他建议康有为将自己的这些想法写出来，供光绪皇帝和政府高层参考，以阻止岑春煊那些过于激进的改革变成现实。
在廖寿恒的督促下，康有为于8月29日呈递了《厘定官制请分别官差以行新政以高秩优耆旧以差使任才能折》，对岑春煊的建议进行了全面批评，请求光绪皇帝在裁撤衙门、裁减官员的问题上要高度慎重，统筹全局，从长计议，不要因这一局部的改革而影响整个的改革大业。康有为根据官、差的界限原则，建议在最初的改革阶段，专论差使，不问本官。他认为，现在政府采用的差使之名出于宋，但官差不别、品秩太峻，结果非集资累格不足以致大位，而达到大位则已年迈力衰。官差不别，则若尚书、侍郎既领枢垣、译署之差，即不当复任本部，任事既不当充各要差。盖以一人之身，才力有限，精神无多，且皆垂老之年，而令其官差杂沓，并归一人，势必一切具文不办而后止。这是政府最高层的一般情况，至于外省督抚亦以年资获得选用，结果和政府高层的政治老人一样，即便想办事也有很多困难。这就是官差不分、官爵不分所带来的必然后果。鉴于这种情况，康有为建议清政府实行官差分离、官爵分离的行政体制，“以高爵待耆旧，以差使任才能”，这样那些老资格的政治家各得其所，获得比较崇高的政治地位和政治待遇，以官终身，而年轻一代的政治家也可以比较自由地获得施展，以差获任。
光绪皇帝果断的决策不仅面临执行上的实际困难，而且使京城内外官场中早些天就已流传的所谓皇上批准康有为的建议，裁撤六部九卿的谣言似乎逐步得到证实，已被宣布裁撤的那些衙门中的官员自然焦虑不安，尚未被宣布裁撤的衙门实际上也陷入一片混乱之中。这对后来发生的恳请慈禧太后回宫重新主持朝廷的日常事务，即后来所说的所谓政变发生了直接的作用。
鉴于裁撤冗署所引起的恐慌，康有为于9月5日代翰林院侍读学士徐致靖起草了一份奏折，建议清政府增设三四五品散卿及三四五品散学士，以容纳那些被裁撤的人员中具有学识与能力的人充当议政之官。因为在康有为看来，既然专门议政的制度局一时难以开设，那么不妨让这次被裁撤衙门中的优秀者充当专门的议政之官，“行政之官不可冗，议政之官不厌多”，借此作为议政、行政分离的雏形。
署名徐致靖的这份奏折引起了光绪皇帝的注意，他当天即批转孙家鼐妥速议奏。9月9日，孙家鼐议复赞成徐致靖建议的同时，又将徐折摘录要点送呈慈禧太后，结果徐致靖的建议在“慈览”后以“应毋庸议”予以否决。设散员以容纳“下岗官员”的设想终于没有变成现实。
光绪皇帝在行政改革方面之所以逐步走上坚定的道路，可能有很多的原因。先前的旧有体制运转不灵，效率低下，尤其是他个人实在有点指挥不动可能是原因之一；另一方面反对的意见由于各种原因并没有及时上达天聪，而中下级的年轻官僚却一而再再而三地向他呈递必须裁撤冗署、冗员的理由和方案。
光绪皇帝不顾后果、“于变政勇决已甚”的政治姿态，显然对于已经恐慌的人心起到了更大的负面影响，稳定的政治局面实际上已不复存在，已被裁撤的官员和即将被裁撤的官员都成为政治体制改革的牺牲品。从这个意义上说，光绪皇帝主导的行政体制改革即便不是戊戌年间政变的直接原因，至少在很大程度上影响了后来政治局面的发展，为慈禧太后重新出山、垂帘听政提供了契机。
六 设新局
9月13日，光绪皇帝决定于内廷设置懋勤殿，选集通国英才数十人，并延聘东西洋各国政治专家共议制度，统筹全局，将一切应举、应革之事全盘筹定，定一详细规则，然后施行。是日晨，光绪皇帝召见湖北候补知府钱恂，试图通过与张之洞关系密切的钱恂了解张氏对设立议政局的看法，并向钱允诺“议政局必设”。同一天，光绪皇帝特派内侍持《历朝圣训》等相关图书送给谭嗣同，命谭氏查考雍正、乾隆、嘉庆三朝设置懋勤殿的故事并拟一上谕，以便其持此赴颐和园面见慈禧太后，待与慈禧太后讨论并经太后批准后予以实施。
也是在这一天，康有为代宋伯鲁草拟《请选通才以备顾问折》，建议清政府于内廷开设懋勤殿，由皇上亲自选聘天下通才十人入值懋勤殿，作为皇帝的高级顾问，并在此折中推荐黄遵宪、梁启超二人。与此同时，康有为大肆活动，致使京城政治场人人咸知光绪皇帝已经决定设置懋勤殿，“以为今日谕旨将下而卒不下，于是益知西后与帝之不相容”。原本因大规模裁撤冗署、冗员而高度恐慌的京城政治场更加动**不安，谣言四起。凡此，都无形中增加了后来政治变动的几率。
康有为代宋伯鲁拟就推荐奏折之后仍不放心，他于是日午后“面有喜色”地找到王照与徐致靖，将他获知将设懋勤殿的消息大体转告，并称谭嗣同已经请光绪帝开懋勤殿，用顾问官十人，业已商定，但须由外廷推荐，并将此十人名单出示，要求王照、徐致靖二人立即草拟奏折，推荐此十人。王照、徐致靖分别缮写两份推荐奏折，王照参照康有为的名单推荐了康广仁、徐致靖、宋伯鲁等六人，而徐致靖则参照康的名单推荐了康有为等四人。是日夜，这两份奏折呈递清廷。
从光绪皇帝方面来说，9月14日这一天和往常一样，他在按先前的计划在乾清宫召见北洋水师学堂总办候补道严复及办理其他事务之后，至颐和园乐寿堂向慈禧太后请安，并准备就懋勤殿等事务向慈禧太后当面请示。几天来被革职的礼部尚书怀塔布夫妇利用与总管内务府太监李莲英的特殊关系，不停地向慈禧太后哭诉自己的委屈，并离间太后与光绪帝的关系，称“皇上为左右荧惑，变乱朝政，求老佛爷作主”。而那些被怀塔布收买的大小太监们也可能因为新政的改革最终将侵害他们的利益，他们也随着怀塔布在慈禧太后面前肆意诋毁由光绪皇帝主导的新政改革。这在一定程度上影响了慈禧太后的判断。
光绪皇帝在向慈禧太后请安后，慈禧太后劝告他在人事处理上不可操之过急，不要将此辈老谬昏庸之大臣轻易罢黜，不要将那些年轻的汉人政治新锐提拔到政治高层，更不能改变大清王朝的既成体制，由这些所谓“通达英勇之人”去议政。对于慈禧太后的指责与劝诫，光绪皇帝有些能够接受，有些则不免进行了解释与辩白，这反而激怒了太后。在太后看来，光绪皇帝的态度正好验证了几天来怀塔布等人在她面前的那些离间。于是慈禧太后毫不客气地批评光绪皇帝：“小子为左右荧惑，使祖宗之法自汝坏之，如祖宗何？”太后的愤怒终于勾起了光绪帝的满腹委屈，他边哭边向太后说：“时事至此，敌骄民困，不可不更张以救，祖宗在亦必自变法。臣宁变祖宗之法，不忍弃祖宗之民、失祖宗之地，为天下后人笑，而负祖宗及太后之付托也。”
两人不欢而散。光绪皇帝根本无时间也无心情向太后提及与讨论于内廷开懋勤殿的计划，遂极其郁闷地返回自己的住所玉澜堂。