己亥建储所引起的中国政治格局的变化主要局限于中国民族资产阶级的中上层，对于下层民众似乎并没有多少直接影响。中国下层民众在甲午战后承受着更多的痛苦，战争的失败使他们的生活更加艰难，他们没有能力和途径就国家大事直接表明自己的态度。以广大农民、手工业者为主体的中国社会各阶层民众自发地再次联合起来，他们用自己独特的应变方式掀起一场以挽救民族危亡为根本目的，并在一定程度上确实具有相当非理性因素的爱国救亡运动。这就是以义和团为组织形式而发动的震动中外、名垂青史的义和团运动。
正如人们久已知道的那样，义和团运动是从1900年初方才引起人们注意的。在此之前的数月间，义和团一直在其发祥地鲁西北慢慢地积蓄力量。至1899年冬，义和团越过直隶和山东交界地区，以迅雷不及掩耳的速度快速扩展到华北平原的大部分地区，甚至蔓延到东北及内蒙古。
义和团运动的迅速崛起，与甲午战争后国际局势的变化以及国内社会经济萧条有着直接的关系。随着外国列强的入侵，中国殖民地化的加剧，外国传教士大量涌入中国内地，中国民间秘密结社的形式及其政治诉求多有变化，他们往往不满“新异族”传教士的所作所为而将传教士作为主要的斗争目标和袭击对象。民间秘密结社成为晚清中国社会中抵抗外来侵略尤其是反对外国传教士斗争的中坚力量。
在甲午战争之前，中国民间秘密结社反洋教的斗争虽然时有发生，但从总体上看，这种斗争既没有形成规模，也没有多少政治深度，更多的只是各地因某些具体的事件而发生的反对教士、教民不法行为的所谓“教案”而已。
甲午战争之后则不然。在甲午战争之后，随着帝国主义列强瓜分中国步伐的加快，不仅中国的民族危机日益加深，而且随着外国洋货的大量输入，近代新式工业的兴起，中国民间的生存状况、生存条件都发生了很大的变化，较之战前不是有所改善，而是进一步恶化。有了这种最直接的个人生命体验，中国人民尤其是广大的农村人民在将这种责任归罪于清政府无能的同时，他们更直接的感受就是那些仰仗帝国主义洋枪洋炮而作威作福的洋教士们几乎没有什么好东西。他们的愤怒无一例外地对准这些洋教士。于是，甲午战争之后的一系列教案不仅在规模上大于甲午战争之前，而且在政治诉求上也与战前大为不同。
就传教士本身来检讨，这些传教士本来是肩负着传播“福音”的使命来到中国的，他们在甲午之前一般地说来除了个别的传教士怀有某些政治野心、不安分于传教而热衷于政治活动外，大多数传教士还是在中国广大地区尤其是农村地区，特别是偏远的农村地区，作了许多有益的慈善工作、教育普及工作。
然而到了甲午战争之后，由于帝国主义列强瓜分中国的步伐在加快，在中国境内的外国传教士也发生了某些分化，相当一部分传教士已不安心于他们的本职工作，而是开始直接或间接地为其国家利益服务，违背了其为上帝传播“福音”的原初宗旨。例如德国天主教会圣言会在山东的主教安治泰，一直要求德国政府为教会的利益采取积极有力的行动。德国预谋侵占胶州湾时，安治泰又多次建议德国政府抢占胶州。巨野教案发生后，他立即向德国外交部建议：“我们现在应该利用机会占据胶州。它对我们在各方面是个最好的、最能发展的据点。”他甚至当面建议德国皇帝说：“如果德意志帝国真的想在东亚取得一个属地，并重新巩固我们几已扫地的威信，这将是最后一个机会。不管代价如何，我们不应放弃胶州——在经济与工业方面，胶州有一个比目前的上海更大的、更重要的前途——胶州的占领不会使东方任何人惊异，因为一切人士早已料到这件事。”这种具有明显政治色彩的行动与言论显然不符合传教士的角色，不符合传教士来华的原初本意，显然是以宗教的外衣从事宗教之外的事务，这自然引起中国人的反感。
像安治泰这样的传教士在当时虽然并不具有普遍的意义，但也为数不少。诸如法国传教士樊国梁和美国传教士丁韪良、李佳白等，他们虽然在近代中国社会文化的变化与转型的过程中起过相当重要的作用，但随着清政府与西方国家尤其是与他们自己的国家发生某种冲突或外交紧张的时候，他们都在某种程度上背弃了他们最初的宗教乃至政治信仰，而屈从于更现实的政治，都曾向他们自己的国家竭力鼓吹瓜分中国，要求其政府动手建立自己的侵略基地。在某种程度上可以说，甲午战争之后帝国主义列强在中国争夺租界地、抢占势力范围，企图通过武力或非武力的手段瓜分中国的阴谋，一直有西方传教士在其间起作用。
像丁韪良、李佳白这些传教士在中国多年，精通中国的国情和内部事务。如果没有他们的鼓吹与煽动，甲午战争之后瓜分中国的阴谋或许不会那么严重。正是在这样一种背景下，中国人民反对传教士和外国教会的斗争在甲午战争之后便进入一个新的历史阶段，反对教会与传教士的局部斗争便自然地与反对帝国主义列强瓜分中国的斗争紧密地结合起来。
就甲午战争之后中国各地遭受外国侵略、**的程度来说，山东的情况更为严重。山东人民不仅在甲午战争中遭受日本侵略之苦，而且在战后深受帝国主义列强瓜分之害。德国于1897年强行占领胶州湾之后，便开始把德国视为自己的势力范围，视为自己的殖民地，他们在山东境内大肆修筑铁路，开采矿山，强占民田、民房，破坏水道、坟茔，给山东人民，尤其是铁路沿线的居民带来了沉重的灾难与痛苦。特别是按照中德双方达成的修筑铁路的相关协议明确规定，占用当地居民的土地应该给予相应的补偿和优待，但实际上这些被占土地的农民或者根本得不到补偿，或者得到的补偿非常少，这势必引起被占土地的大量农民的不满，引起一系列的突发事情。按照中德双方的约定，一旦发生这些突发事件，亦应由中国地方官府“从重惩办，如罪而止。各据具在，并无有德派兵听其剿洗明文”。然而德国殖民当局根本不顾及这些规定，一旦山东某地发生骚乱，德国殖民当局就很快派兵直接镇压，结果虽然将这些以反对强占自己土地为主要宗旨的农民骚乱镇压下去了，但无疑激起了山东民众对德国人极端霸道的反感。为了平息山东的民怨，山东地方当局参与处理这些纠纷的地方官吏曾向清政府提出过很好的建议，希望由政府出面协调与德国殖民当局的关系，建议：“以胶澳条约论，凡租界外原归我国自主。所有东省铁路多在租界外，将来保护，或凭官法，或资兵力，固修铁路势所难免，然必归我国自主，庶免喧夺而起纷争。”然而这样的建议或不被清廷所重视，或不被德国人所接受，结果矛盾越积越深，局部的抗争逐步演化成大规模的反抗。
侵占、瓜分山东的不只是德国，其他帝国主义国家也试图在山东建立自己的势力范围。甲午战争之后，威海卫被日本军队占领达三年之久，之后又被英国强行租借。英国还强行圈占文登、荣成等县，逼迫农民交粮完税。
山东在沦为德、英、日的殖民地之后，社会经济遭到了严重破坏，南北大运河的运输业因外国资本垄断的沿海航运业迅速发展而急剧衰落，过去凭借运河之利得以谋生的船夫、挑夫、搬运工人等大批失业，四处流浪。
人祸之外是天灾。山东地区自1895年起不知何故天灾频仍。黄河连年决口，受灾面积仅山东境内就高达50州县。1899年，黄河流域又遇到历史上不多见的大旱，山东境内饥荒严重，饥民遍地，流民遍野，人们流离失所，社会动**不安。处在饥饿、死亡线上的人们最容易被感化，最容易被煽动。正是在这种情况下，领导反教会斗争的秘密结社义旗一张，便立即得到广大农村民众的积极响应，山东地区的反教会斗争由此蓬蓬勃勃地发展起来，并最终演化成声势浩大的义和团运动。
义和团的前身是在中国北方地区有着悠久历史传统的民间秘密结社。这些民间秘密结社具有非常久远的历史，明清易代之后，由于满族人的“异族”统治，以汉族人为主要构成的民间秘密结社在“反清复明”的旗号下获得新的发展，在中国下层社会形成盘根错节、世代相沿的巨大势力和复杂的联系网络。他们活动的隐现起伏，直接反映了政治统治秩序的治乱兴衰。一般说来，在政治统治比较巩固的时期，这些民间秘密结社的活动比较萧条。反之，当外患严重，或统治秩序比较无序的时候，民间秘密结社就比较活跃。
随着甲午战争后社会的大动**，民间秘密结社再度活跃。综合各种文献记载，自1895-1899年间在北方地区至少存在着武圣教（金丹道支派）、如意教（儒门教）、大刀会、红拳、义和拳、诀字、红门、弥勒教、梅花拳、铁布衫、金钟罩、红灯照、八卦教、离卦教、黄洋教、在理教、混元门、六合拳、圣贤道、一炷香、白莲教、江湖会、仁义会、红枪会、天地会、哥老会等等。这些教门、结社的成员主要是游离在传统农业社会经济结构之外的社会成分，诸如和尚、道士、拳师、术士、游勇、流民等。他们浪迹江湖，见多识广，行踪诡秘，飘忽无常；身无所有，勇于反抗，故而在社会动**时期，他们往往充当反抗官府活动的急先锋或组织者的角色。
至于义和团的来源，情况甚为复杂。1899年，时任吴桥县令的劳乃宣根据有清一代有关白莲教的上谕、奏疏，著有《义和拳教门源流考》一书，认定义和拳乃19世纪初信奉太平盛世说的白莲教的一个重要教派。劳氏的这一看法影响很大，许多研究者接受了这一看法，认定义和拳的起源与这一以反朝廷为主旨的民间秘密组织有关。不过，后来有些研究者似乎并不完全认同这一看法，或以为义和团源于一种由官方提倡和主导的勤王的民团组织，即担负着村庄防卫的民团；或以为大刀会和神拳在义和团运动发展过程中扮演着重要的角色，但直鲁边界地区的义和拳是这次民众运动的主要来源，即义和团运动显然是义和拳运动的直接发展；或以为义和团运动的兴起和传播主要是因为鲁西地区特殊的文化环境，最具有核心作用的是其具有标志性仪式，即“刀枪不入”和“降神附体”。这种仪式易于接受，又与其本身来自华北农村的文化和风俗习惯息息相关。
综合各家的研究，义和团的成分比较复杂，其组织构成并不仅仅以白莲教为主，而是以金钟罩（大刀会）、义和拳（梅花拳）、神拳、红拳等为核心。这些拳会在18世纪末即已成为秘密教门羽翼。至义和团兴起，以刘士端为首的大刀会（金钟罩）及相关的红拳会，已与坎卦教、离卦教相融混；赵三多为首的梅花拳改名为义和拳，后又改称为“神助义和拳”，也与教门相结合；以朱红灯为首的神拳亦以离卦教为依托，显然也具有教门特征。他们不是一般的拳会，实系分属或结合于以八卦教为主体而区分为文武场的“拳教”组织。
这些拳教组织往往通过揭帖、坛谕、传言等各种方式，宣扬民间宗教的所谓“劫变”观念，宣称义和拳是顺应天意、拯救劫难、有神佛保护的团体，以此作为动员群众、组织群众、扩大影响的工具和手段。他们在习拳练武之外，兼习法术，举行各种具有明显荒诞特征的宗教仪式，渲染各种所谓刀枪不入的超自然本领。尽管这些手段在吸引群众、鼓舞士气、提高义和团的战斗力方面起过重要的作用，但其非理性的色彩自然比较容易受到具有一定文化水准的知识分子的质疑，自然使他们除了能够吸引中国农村的广大农民之外，很少能够获得知识分子的认同。
作为中国广大农村中下层群众自发的斗争，义和团运动不可能产生明确的政治诉求和政治理想。他们之所以坚决反对外国教会，除了外国教会、中国教民的不法行为、为非作歹激怒了他们之外，就信仰层面而言，显然是因为西方的基督教观念与中国传统的宗教观念之间的冲突，是本土文化受外来强势文化的压迫而采取的一种非理性的政治动员和政治斗争。
至于义和团曾经宣扬过的“扶清灭洋”的政治口号，也应该作历史主义的分析。这个口号的历史渊源无疑是清代早期的“反清复明”政治口号的衍生。
从“反清复明”转变到“扶清灭洋”，有着一个复杂的过程，但毫无疑问的是，中国民众尤其是汉族民众面对西方的压迫之后，已经比较自觉地认同了原本是“异族”的满洲人。这是一个历史性的变化。然而值得注意的是，义和团民众所提出的“扶清灭洋”只是一个一厢情愿的政治选择，清廷，尤其是清廷中比较“明智”、比较“清醒”的政治家几乎从来就不愿认同义和团的这一口号。他们几乎从一开始就对义和团充满着敌视，他们不相信义和团这些“乌合之众”有能力赶走帝国主义列强。因此，尽管清廷中某些昏庸的官僚出于一时的糊涂对义和团加以利用，但他们并没有将义和团视为自己可以充分依靠、充分信赖的阶级。这显然是义和团运动最大的历史性悲剧。
清廷不愿让义和团去“扶”，那么义和团的“灭洋”目的也就不可能真正实现。义和团除了在其早期采取某些非理性的手段对外国教会的教堂进行过破坏外，当他们面对帝国主义列强的近代军队时，实际上是不堪一击的。“灭洋”的盲目排外使他们不愿看到，更不愿学习西方先进的东西，非理性使他们排斥一切外国人以及一切外国的商品。这是义和团运动的历史性遗憾，也是中国传统社会面对外来强势压力之后的自发反应。
义和团运动在酝酿发动的最初时期主要局限于鲁西南以及直隶、山东交界地区，其中影响较大的有曹州、单县地区的大刀会的斗争，冠县义和拳的斗争和荏平、高唐、平原一带的神拳的斗争，其规模、声势在最初时期都未能引起清廷最高统治层的充分重视。而且，由于清政府统治层内部的不同认识，他们在义和团运动兴起的最初阶段，并没有采取真正强硬措施加以镇压，而在某种程度上还带有同情、纵容、利用的色彩。义和团运动之所以能够在一个并不太长的时间里造成全国性的影响，成为近代中国一个重大的历史事件，正与清廷中某些人的纵容、默许、利用有关。
曹州、单县等地区的大刀会组织最初出现于甲午战争时期，他们的首领是曹州人刘士端，他们的政治诉求是以“保卫身家”相号召，以各种不同的手段秘密地反对外国教会。1896年3月，刘士端邀集大刀会众约十万人在山东单县城关火神庙聚会，唱戏四天，以聚会友，展示功夫。他们大多手持红缨枪，来来往往，公开活动，捏言掐诀念咒，画符饮吞，排砖排刀，浑身上下无所不排，一夜即成，不畏棒击刀砍，不畏火枪洋炮。以其浑身功夫足以抵挡刀枪不入，故又有“金钟罩”、“铁布衫”、“无影鞭”等名号。时值甲午战争之后，社会秩序比较混乱，农村居民为患盗贼，无法处置，闻大刀会功夫能避刀枪，可以保身家，于是争相学习，不惜钱钞，富庶之家堕其术者几乎千万户。这大概是大刀会乃至义和拳最初引起农村居民兴趣的根本原因之所在，也是清政府在最初阶段予以容忍的原因之一。
刘士端为山东曹州烧饼刘庄人（今属单县），幼年时代从白莲教徒赵金环练习武术，习金钟罩。后参与创立大刀会，并逐渐上升为曹州大刀会的首领。与刘士端齐名的大刀会首领还有曹得礼，其家境不错，有田数十亩，为单县大刀会的首领。从他们的身份背景看，大概有点像游走江湖的艺人，他们凭借自己的身手吸引群众，并换得生活费用。当然，由于这批民间艺人常年游走江湖，在他们身上必然存在着浓厚的江湖义气。这种义气在升平时代固然有助于社会稳定和统治，而一旦社会动**，这种义气又不可避免地成为社会动**的因素之一。刘士端此次聚会似乎就带有这种性质。甲午战争后“海疆不靖，民间以此教可避枪炮，传习愈多，几乎无处不有。其愚者以为可保卫身家，其黠者遂借以逞其凶暴。兼以外来游匪从而煽惑，渐至聚众滋事。”“百姓有不随己者，群起而攻之；兵丁偶有触犯，鸠众而击之。”来自西方的天主教基于近代科学背景，当然不会相信大刀会真的能够刀枪不入，甚者或许指责这些江湖艺人为“妄诞”。于是大刀会就此与天主教结下仇恨，“凡天主教堂，思尽烧毁；天主教人，思尽杀灭”。尤有甚者，大刀会聚众数万人，在曹州、城武县、单县、丰县、沛县、萧县、砀山县、考城县、兰仪县同时举事，不仅烧毁了一些教堂，而且伤害了一些教民。这大概是甲午战争后大刀会起事的开端。
大刀会与教会、教民的冲突固然有文化传统等方面的原因，但实在说来也有最实际的物质上的利益。甲午战争后清政府一蹶不振，外国人，特别是占据山东的德国人飞扬跋扈，不可一世。原本只承担传播福音的外国教会也开始渐露骄姿，他们不是感化教民、传播福音，且不分良莠，致使一些流氓无赖为着自己的私利，也跻身于教会中充当教民，寻求保护。当这些不法教民与中国民众发生冲突的时候，教会并没有秉公处理，而每每袒护教民。此点正如山东巡抚李秉衡所调查的那样：“自西教传入中国，习其教者率皆无业莠民，借洋教为护符，包揽词讼，凌轹乡里，恃作爪牙。凡遇民教控案到官，教士必为间说，甚已多方恫喝；地方官恐以开衅取戾，每多迁就了结，曲直未能胥得其平，平民饮恨吞声，教民愈志得意满。久之，民气遏抑太甚，积不能忍，以为官府不足恃，惟私斗尚可泄其忿。于是有聚众寻衅，焚拆教堂之事，虽至身罹法网，罪应骈诛而不暇恤。是愚民敢于为乱，不啻教民有以驱之也。”应该承认，李秉衡的这些分析是合乎情理和事实的。教会的不公，无疑加深了大刀会与教会之间的冲突，且积怨太深，遂至一发而不可制。
1896年6月，江苏砀山县（今属安徽）刘隄头村教民凭借教会方面的势力无理抢割平民地里的庄稼，双方发生械斗。当地大刀会集合1000余人，焚毁了刘隄头教堂以示惩罚。邻近数县的大刀会众闻讯后群起声援，先后焚毁、捣毁教堂20余处。刘士端还派单县大刀会会众1000余人赶赴江苏助战。在山东、江苏交界的马良集，他们捣毁了当地的官署，焚毁教堂，并与清军展开了激烈的战斗。
砀山县的大刀会首领庞三杰闻讯后联络山东大刀会以及牛金声（一作尤金声）、彭桂林、韩秉义、陈玉得、刘仲文等首领，率众前往单县及江苏丰县戴套楼等地找教民复仇，砸毁一些教民家中的家具，并焚烧了薛孔楼洋学等。由此引起清廷的注意，谕令两江总督刘坤一、山东巡抚李秉衡各派队伍，速往镇压。
庞三杰起事之初，率众不过四五百人，他们的活动区域主要集中在苏鲁交界的马良集等地。刘坤一与李秉衡派出的官兵与大刀会在马良集等地鏖战数次，先后杀伤大刀会众800余人，彭桂林、刘士端、曹得礼等首领先后被捕，残部千余人继续活跃于山东曹州、河南东诸、江苏徐州等三省周边地带。
曹州、单县的大刀会斗争是甲午战争之后山东地区第一次规模较大的反教会斗争。这次斗争尽管时间不算太长，尽管遭到了清政府的无情镇压，但它对山东地区正在兴起的反洋教斗争，对于义和团运动的进一步展开起到了相当重要的影响。
山东巡抚李秉衡在对大刀会进行严厉镇压的同时，也曾对山东民间结社的兴起给予高度关切，派人深入了解、调查这些民间秘密组织的情况。当他了解到这些民间秘密结社的情况，尤其是其政治诉求之后，一般地说，他在执行朝廷的政令实施坚决镇压的同时，也对这些民间秘密结社给予相当的同情，期望这些民间秘密结社能够成为清政府解决民族危机时一种可以利用的民间政治力量或外交谈判时的政治砝码。
李秉衡一方面比较清楚地看到这些农村民间秘密结社的主要目的是为了对付外国教会在广大农村的非法行为，因此当官府的力量尚不足以从体制上、实力上制约外国教会在中国的不法行为的时候，这些农村中的秘密结社对于平衡民间社会的结构显然是一种比较有效的自发自治组织，一般说来，并不会对社会的稳定，尤其是不会对官方的政治统治构成多么大的危害。另一方面，他也注意到这些民间秘密结社虽然受到先前白莲教等民间秘密教门的影响，其前身虽然具有反对清朝政治统治的性质，但到了他们这一代传人——义和拳——则性质大为改变，义和拳不仅不再是清朝政治统治的异己力量，而且因其以“扶清灭洋”相号召，反而是清政府进行对外斗争时可以利用的一种民间势力，是可以在与外国列强进行外交交涉时进行谈判的一种政治砝码。因为像李秉衡这些的官僚虽然害怕列强，但他们对列强的飞扬跋扈、指手画脚的行为也总是有些不情愿的。
基于这种认识，包括李秉衡在内的山东几任巡抚对义和拳、大刀会等民间秘密结社进行镇压时，就远不如甲午战争之前清政府对待民间秘密结社那样严厉。如李秉衡在处理这些事件时，就采取了区别会与匪、首与从的关系，对不同成员采取了不同的镇压、安抚政策。对于那些不愿屈从的“悍匪”，李秉衡进行了残酷无情的镇压；对于那些并无政治主见的一般“会匪”，李秉衡则采取了较为温和的处理措施。一般说来，对于大规模武装抗拒者严行剿办，对为首者予以严厉查拿，但对一般会众，则晓谕其解散，既往不咎；对那些能够与官府合作，“但若能悔罪出会者，准其自新”。其结果，“在会者闻朝廷法外之恩，多能洗心革面；其顽梗抗拒者，又即迅速捕获悉与歼除。”
李秉衡这种区别对待处理民间秘密结社的方法收到了一定的效果，在某种程度上使民间秘密结社得到了一定程度的控制。这种方法既为他的继任者们所仿效，也是清廷在向外国宣战前对付山东、直隶一带义和团的一般方针。
毓贤在处理济宁红拳反教会斗争时说过这样的话：“平民学习拳棒，多系自保身家。惟前受教民欺诈太甚，加之外来匪徒乘机煽惑，遂各怀报复之心。”待到朱红灯的神拳起事的时候，毓贤更明确指出：“山东民情强悍，因屡受教民欺侮，积不能报，多习技勇自卫身家，其事容或有之。至于聚众逞凶，只是外匪乘民教不和，从中挑衅生事。”他甚至把那些反洋教斗争的拳民说成是“冒称大刀会、义和拳等名目”进行捣乱的“外来游匪”，以此为大刀会、义和拳开脱和正名。
在毓贤这种指导思想的影响下，一些地方官对于当地民众反对教会的斗争也尽量予以掩盖，实在掩盖不住，就指责是那些“外来匪徒”“假托”拳会之名而捣乱。这在某种程度上纵容或支持了义和团运动的发生。
与李秉衡的“会匪区别”的政策相比，毓贤的办法显然更进一步。他不仅认为应该区分会与匪，而且从根本上否认拳会是反洋教斗争的发起者和组织者。他的目的一是要以镇压“外匪”的名义镇压大规模的反洋教斗争，把人民自发地反对外来侵略的斗争限制或纳入官方许可的轨道上；二是在镇压的同时避免过分损伤人民群众反对外国教会势力的热情和力量，并以此来抵制教会势力的过分嚣张，平衡民间力量，维持社会稳定。
基于这种考虑，毓贤在镇压人民反洋教的斗争时，也同样采取了“惩首解从”的方针，对那些不堪教民欺侮投身拳会进行斗争的平民，毓贤要求要“分别良莠，悉令解散”，不要因少数人的不法行为而扩大打击面，以免事态的进一步扩大。
显然，毓贤的这种政策并不仅仅是因为拳民人数众多，“如不分别对待，诚恐株累太多”，当然也不是因为担心老百姓“一旦不能忍受，势必铤而走险，溃川决防，不可收拾”，而是因为在他的思想深处，深感仅仅凭借政府的力量并不足以与洋人进行交涉，并不足以抗衡飞扬跋扈的外国教会，因此他真诚地希望在一定程度上保护拳民的积极性和反抗外来侵略的热情，在主观上有利用拳民的力量以与外来势力相抗衡的政治或外交目的。于是他的这种政策在客观上起到了支持和纵容义和团进一步兴盛的效果。
义和团之所以在那么短的时间里迅速发展成长，除了官方的纵容、默许、支持外，也与官方试图将他们“官方化”有关。据记载，在义和团兴起之初，山东当局在采取“会匪区别”和“惩首解从”的政策外，也确曾希望将这一民间自发的反对外来侵略的力量官方化，采取了所谓“改拳为团”的特殊政策。1898年6月30日，山东巡抚张汝梅上奏清廷，称正在山东、直隶交界处活跃的义和拳实际上是清朝咸丰、同治年间创立的乡团，因此他建议清廷充分考虑“化私会为公举，改拳勇为民团”的建议，适时决定“督饬地方官吏剀切劝谕，严密禁察，将拳民列诸乡团之内，听其自卫身家，守望相助”。这样，就可以将民间的力量纳入官方的轨道，利用这些力量以与外来势力的压迫进行有序的斗争。
张汝梅的建议得到了清廷的默许，于是“改拳勇为民团”便成为山东地方当局对待义和团、大刀会的一般方针。至1898年11月，清廷又将这一方针推广到直隶、奉天等地，这些地区的许多拳会会员都被政府强制收编为乡团，使这些原本民间自发的秘密组织公开化、官方化。
毓贤出任山东巡抚后，继续执行张汝梅的这一方针。他一方面禁止民间私立大刀会、义和拳等名目的拳会，一方面命令地方官员认真稽查，“凡属私团，概行归官督率办理”，以杜流弊；他企图以官办的方式将这些民间自发组织转换成为政府所能掌控的一支力量，以消弭或限制民间秘密结社所进行的无序的反教会斗争。
“改拳会为乡团”的政策在最初阶段确实收到了一定的效果，山东等地的秘密结社在这一政策的影响下确实在一定程度上得到了遏制。然而，这一政策的主观目的不是为了从根本上消除民间秘密结社的存在和民间秘密结社产生的土壤，而是期望通过这一政策将民间的反抗外来侵略的力量整合为政府所能凭借的工具。于是这一政策所带来的另一后果必然是，民间秘密结社并不因为“改拳会为乡团”的政策推行而得以消弭，相反却因这一政策所提供的空间与容忍而以不同的形式得以扩大和兴盛。大刀会、义和拳、神拳等都在这一政策的影响下相继兴起，其斗争的规模越来越大，越来越超出政府所能够控制的范围。清政府本想利用这些民间的力量与外国势力相抗衡，不料这些民间力量一旦真的成长壮大之后，便极容易脱离政府所确定的轨道，成为政府的异己力量。
不过有一点必须指出，义和团在山东的势力和影响越来越大的另一个原因是外国势力特别是列强驻北京的公使们过于偏袒传教士和那些中国教民，举凡发生民教冲突，公使们就听信传教士和教民的一面之词，一味向清政府施压，特别是德国公使，为了掩饰其抢占胶澳的卑鄙事实，不断地向清政府寻找借口，甚至不惜制造谣言以影响舆论。这样一来，深悉真相的中国地方政府在不得不承受外交压力的同时，也理所当然地对中国民众产生一种同情，对外国势力尤其是利用外国势力压迫清政府的那些所谓的中国教民深恶痛绝，于是矛盾越积越深。这一点诚如山东巡抚张汝梅1898年2月20日致盛宣怀信中所说的那样，在山东境内，中德冲突越演越烈，而我政府迄今并没有引起足够的重视，一味听从德国人的摆布。德兵占据胶澳，将及两月。巨野教案一月前早已办结，而德国方面忽借口曹州又有欲杀洋人之事。实际上，据该道、府、县禀报，全属捕风捉影之谈，简直就是以势力相凌，故意与我为难。胶澳为南北洋之枢纽，事关全局，如果处理不当，后果不堪设想。因此他建议政府应该坚持定见，维护中德之间已经达成的诸多谅解。他还告诉盛宣怀，在山东，不仅德国人飞扬跋扈，而且英国等国家的人也仗势欺人，无视中国的主权与文化传统。如英教士至曲阜欲游览文庙，守门者以无人带领相阻，致彼此口角。英领事不明真相，竟相信英国传教士被戕害的谣言，向清政府提出抗议。“似此无中生有，令人应接不暇，交涉事何从措手？真令人闷损！”在这样一种委屈心情的支配下，怎能指望中国地方官员一味如列强所期待的那样不分青红皂白地去镇压自己那些可怜的同胞呢？
山东历任巡抚李秉衡、张汝梅、毓贤等之所以对大刀会、义和拳等民间秘密结社采取有限的镇压政策，除了他们个人的思想认识、主观愿望外，更多的是因为当时的历史条件使然，是清廷在外国教会势力、外国政治势力、地方统治势力以及民间反抗外国压迫的势力多种因素中平衡的结果。按照清政府统治者的认识，当外来压迫日益严重的时候，不妨有限度地利用民间力量予以制衡，毓贤就曾明白无误地说过，“当此时局艰难，外患纷沓之际，当以固民心为要图”，企图以民间的自发力量平衡中国与外国之间的矛盾。他们甚至认为，此时如果对民间秘密结社的活动采取严厉的镇压措施，“若必概行拿禁，是即为渊驱鱼，为丛驱雀，必尽成教民而后已。其将何以立国？”在弱势的中国面对西方列强的时候，这些首当其冲的政府中人自然知道仅仅依靠政府的力量去与外国进行交涉是无力的、无效的，因此他们不希望将这些民间力量推到敌对的方面，而希望利用这些反教会的民间力量去制衡外国教会的嚣张，遏制列强在中国的贪婪和野心，“岂知今日时势，不仗兵力而仗民心；各国之觊觎而不敢遽动者，亦不畏兵力而畏民心”。民心既然可用，他们便没有将之彻底镇压，平白无故将他们推到敌对方面去的道理。这就是义和团运动之所以在清政府专制集权统治下得以兴起、发展、兴盛的根本原因。
继曹州、单县大刀会的斗争之后，冠县义和拳领导的反洋教斗争也相继展开。冠县的反洋教斗争始于梨园屯教案。而梨园屯教案的起因也是由民教经济纠纷酿成的。1873年（同治十二年），民教双方开始争夺冠县梨园屯玉皇庙地基，此后相持多年。甲午战争后，冠县、威县一带逐步形成以威县沙柳寨梅花拳第十四辈传人赵三多及梨园屯“十八魁”首领阎书琴等人为头领的拳会组织，他们同受法国保护的天主教方济各会相对立。1897年3月24日，赵三多、阎书琴传帖集合直隶威县、曲周、清河、南宫及山东临清、邱县等地的拳会3000余人到梨园屯“亮拳”3天，向教会示威。27日，拳民攻打梨园屯玉皇庙教堂工地，死教民1人。
纠纷发生后，山东东昌府知府洪用舟前往调解，赔款缉凶，将玉皇庙地产充公。至于教堂用地，由官府另行解决。按理说，这一解决方案照顾了双方的分歧。然而到了同年10月，德军强占胶州湾之后，时局动**，方济各会主教马天恩反悔，推翻原议，坚持拆毁庙宇，索讨原基地，致使拳会与教会的冲突再次发生。
冲突发生后，洪用舟于1898年2月28日率兵勇赴梨园屯镇压，击毙一名拳民，枪伤阎书琴，并将庙宇拆毁，将原基地归还给教会。这种处理方式当然引起了当地拳会及村民的严重不满。再加上当地那时又出现“要来洋兵”的传言，冠县、威县一带的拳民迅速集结，并与外地的拳会取得了联系。洪用舟闻讯后传见赵三多，劝告他不要用梅花拳传单聚众，扰乱秩序。考虑到可能产生的后果，赵三多为其活动牵涉梅拳各支计，以所属梅拳联合其他拳会、民众，打出“义和拳”的名号。“自是以后，各路拳民间或聚会亮拳，遂讳言梅拳，仍旧立义和名目”。由此揭开了义和团运动的序幕，直接推动了山东乃至全国反洋教斗争的深入发展。
3月，阎书琴、赵三多再次以义和拳的名义传单直隶、山东、河南、江苏等地，呼吁“毁教灭夷”，各地拳会数千人闻讯赶往冠县梨园屯援助，并焚毁附近教堂。新任冠县署知县曹倜软硬兼施，一面劝谕赵三多“解散徒众”，一面调集马队攻剿坚持斗争的义和拳余众。
曹倜的手腕使义和拳活动一度消沉，然而法国公使却不就此满足，一再要求总理衙门威逼山东当局严禁拳会，妥善处理梨园屯方济各会的损失，并指名索要“十八魁”。7月，山东洋务局与方济各会主教马天恩就教会损失的赔偿问题达成妥协，由洋务局赔银两万两，严缉“十八魁”。梨园屯教案似乎就此可以了结，然法国公使步步进逼，仍坚持抓获“十八魁”始能销案。
10月中旬，姚文起以山东文武衙门出票要拿拳民，传帖聚众；又因驻临清小卢防勇至沙柳寨摭拿牛肉，与拳民发生冲突，姚文起遂于10月25日与阎书琴等并威县二门拳民至沙柳寨，拥赵三多到冠县蒋家庄。第二天在蒋家庄马场众人祭旗起义，聚众2000余人，用头帕和长靴作标记，主要武器为火枪或长矛，旗号“扶清灭洋”，公开打出与列强为敌的旗帜。
义和拳蒋家庄起事之后，拳民们首先攻打了冠县、临清交界的黑刘村教堂和红桃园教堂。队伍也随之扩大，活动区域遍及直隶曲周及山东临清、邱县一带，声势浩大，威震四方。
蒋家庄起事引起了清廷的高度关注，清政府急电直隶总督裕禄、山东巡抚张汝梅加速镇压。裕禄、张汝梅遂派两队人马，分路围剿，擒获义和拳早期首领姚洛奇等数十人。义和拳受到一定程度的打击，部分义和拳的拳民在首领赵三多的率领下主动北撤，继续进行一些小规模的反教会的活动。
当冠县义和拳起事发生后，与此邻近的高唐、恩县、荏平、临清、平原一带的拳会及其他民间秘密会社组织在其影响下也纷纷起事，反教会的斗争此起彼伏，声势浩大，并由此逐步形成以朱红灯为首领的、具有山东全省规模的义和团。
朱红灯本名或为朱红登，因自称为明朝皇帝朱元璋的后裔，故有人称其为“朱红灯”，或“朱逢明”，暗示其具有“反清复明”的寓意。朱红灯家无亲属，只身游**，稍有文化，略通医道。1898年春，朱红灯因避水灾来到长清县大李庄（今齐河县）舅父家，以卖药行医为生，并兼设坛练习神拳，招收门徒，也是为了补贴生计。由于朱红灯略通医道，且自称其拳术得自神授，可打击洋教，故其名声越来越大，活动范围也旁及周边一些地区，追随者越来越多。后来由于其受挫于当地民团，转移到山东荏平县五里庄。遂以荏平为基地，发展组织，训练拳众，从事反教会的政治宣传。与此同时，朱红灯的神拳注意与当地及外地的各路神拳的联合，期望能够互相声援、互为支持。这样，在朱红灯的领导下，荏平的反教会力量迅速壮大，在全县860个自然村庄中，几乎都设有供拳众练拳的专门场所。
11日，知县蒋楷闻讯率捕勇数十人前往杠子李庄捕拿。朱红灯闻讯，将旗号并不统一的各路拳民集中改编成“义和拳”，竖起“天下义和拳兴清灭洋”的旗帜。这些拳民在朱红灯的指挥下，“轮伏轮起，轮退轮进”，在杠子李庄大败前来镇压的捕勇，击毙官兵二名，击伤数人，蒋楷率兵仓皇退出，朱红灯的名声由此更加响亮。于是，朱红灯决定乘胜追击，17日，率众攻打恩县刘王庄、庞庄两个教堂，后驻扎于距平原县城18里的森罗殿。各地拳民陆续前来参加，人数扩大到数千人。
朱红灯起事震动朝野，山东巡抚毓贤速派官兵前往镇压。18日，朱红灯的队伍在森罗殿一带受到清军的三路围攻，激战数小时，互有伤亡，情形十分危急。
面对这种险境，朱红灯沉着应战，集中兵力猛攻中路清军。经过激烈的战斗，中路清军终于溃退，其他两路清军也不战而逃。朱红灯率领拳民取得了森罗殿战斗的重大胜利。
森罗殿战斗的胜利在义和团运动史上具有重大的转折意义。通过这次战斗，不仅展示了拳民们的战斗力量，而且使山东反洋教斗争的各种力量很快地集中在以朱红灯为首领的旗帜下，并将各地的队伍普遍改称为“义和团”，明确提出“天下义和拳兴清灭洋”的政治诉求，使先前组织松散、政治目标不明朗的群众性运动变得更加组织化、政治化。
在义和团主导的这场群众性的爱国运动中，民间秘密会社等团体起到过积极的组织、领导作用。但是对整个运动而言，就整个运动的性质来说，义和团运动是一场自发的群众性运动，它既没有统一的政治领导机关，没有严密的领导体制，更没有获得大多数义和团成员拥戴的具有绝对权威的领导人。
就义和团的组织形态而言，它的组织结构比较松散，他们虽然在一些重大的战斗战役中能够紧密团结、相互配合，但他们基本上没有上下级的直接隶属关系，而大多是以自然村为基本单位，多者百人以上，少则二三十人不等。各个自然村设立坛口或拳场，由武艺高强或威望较高、入道较早的人出任首领。这些人一般被称为大师兄、二师兄等等，具有浓厚的宗法社会色彩及秘密结社的特征。
当义和团发展到直隶之后，他们的组织形式较先前稍有改变，相互之间的关系也由先前过于松散的状态变得稍微系统和紧密。平时各坛之间尽管没有上下隶属关系，在组织上互相独立，但当遇到一些大的战斗或某些特殊需要希望联合时，他们往往通过揭帖聚合，将几个坛组成一个团，然后以八卦中的某一卦名为团名，比如乾字团、坎字团等等。