强烈的排外意识是戊戌后中国社会的基本共识，那时朝野各界似乎一致反对西方，最上者如慈禧太后，她虽然是近代中国比较早地认识西方近代发展实质与意义的领导人，但在戊戌之后出于最实际利益的考量，也使她对西方的看法发生了某些变化。她觉得西方国家是故意与她捣乱，因为清政府已明白宣示康有为、梁启超犯上作乱的罪行，而西方国家不仅不帮助中国将康、梁缉拿归案，反而协助他们出逃，给予庇护，甚至允许他们在自己的国家成立什么保皇会，蛊惑人心，发行报刊，肆意攻击、诋毁清政府和她本人。这是专制体制下最高独裁者无论如何也不能理解的，这也是慈禧太后在戊戌后一变而成为西方文明反对者的根本原因之一。
慈禧太后的变化深刻影响了朝中大臣和一般士绅，曾经参与过新政的那些大臣已经在政变之后受到了相应的处分与处理，而现任的这些大臣或者原本就是不满意光绪皇帝和康有为政治改革的守旧人物，或者是因为慈禧太后的态度转而对西方文明比较反感。他们过去或许一度赞美过西方文明，但甲午之后的一系列事实使他们不能不怀疑西方列强对中国的真实态度。三国干涉还辽之后，他们对西方列强一度产生过好感，但1897年底开始的胶州湾危机以及此后俄国人乘机索取旅大，英国人、法国人等也乘机要挟，在在反映了西方国家向中国灌输的所谓文明并不是为了促进中国的富强与进步，而是为了进一步削弱、瓦解中国的一个大阴谋。至于1898年的维新运动，他们也感到其背后有着西方人的影子，西方人和西方国家之所以支持中国的政治变革，可能也是为了瓜分中国。1899年4月28日，英俄两国签署协定，划分并互相承认两国在中国的势力范围，俄国承诺不干涉英国在扬子江流域的事务，而英国承诺俄国在长城以北地区的殖民统治，而德国已经在山东实行实际上的统治。鉴于这种即将到来的瓜分危机，朝中大臣和一般士绅自然感到空前的恐慌，郑观应在当时就明确表示，英、德、俄诸国在中国的瓜分必将引起其他列强对中国的觊觎，全面瓜分中国的可能性越来越大，因此中国必须设法予以解决，否则后果将不堪设想。
一 般民众当然没有朝中大臣和那些士绅们的深刻认识，但他们出于最直接的感受，觉得自五口通商以来，外国商品与传教士毫无节制地涌入中国，他们的日子不是比过去更好些，而是比过去更糟糕。确实，西方国家的经济势力进入中国之后，中国固有的旧式工业受到了前所未有的冲击，失业人口急剧增加。再加上甲午战争后巨额战争赔款的压力，一般民众的日子越来越难过。战争之后大量兵勇的解散，也使流民的数量成倍增加。更为不幸的是，甲午战争后的那几年，天灾连年不断，尤其是华北地区大面积的持续干旱以及黄河连年失修所导致的灾难，造成哀鸿遍野、民不聊生。痛定思痛，一般民众虽然不会有多少深刻的认识，但他们直观地知道他们的日子之所以一天比一天艰难，大概都是洋人来了之后所造成的，洋人在中国大规模地造铁路、开矿山，将中国的龙脉挖短了，地藏的宝气泄漏了；洋人在中国城乡遍设教堂，把中国传统的神祇、祖先得罪了，侮辱了，这些神祇、祖先也不保佑中国人了。基于这种最直观的感受与判断，一般民众的“集体无意识”就是要想恢复往昔的好日子，就非将那些可恶的洋人驱逐出去不可，尤其是非将那些洋教士以及追随那些洋教士为非作歹的汉奸教民杀掉不可。列强侵略日甚一日引起的社会恐慌，导致这种集体无意识的逐步发酵，加上中国传统文化与西方文化的冲突，终于酿成此伏彼起、连年不断的教案。仅德国侵占胶州湾之后的一年半中，山东省境内因铁路、矿山及教案所引发的外交纠纷就有1000余件。排外心理已占据整个中国社会。
就最高统治层来说，列强对中国内政毫无收敛的干涉，也使慈禧太后和那些守旧的大臣们相当恼火。追根溯源，他们一致认为作为新政象征的光绪皇帝依然在位的结果。他们越来越倾向于相信，只要光绪皇帝在位一天，甚至只要光绪皇帝还依然活在人世，不仅康有为等流亡海外的所谓维新志士还有精神寄托和从事政治活动的资本，而且西方国家就会继续以光绪皇帝这一问题向中国施压。事实上，慈禧太后重新出山训政之后不断传出光绪皇帝病重甚至已去世的谣言，这些谣言既有清政府政治高层有意向外释放的信息，以便为未来的政治决策留下足够的空间，也有康、梁等人故意夸张的成分。康、梁等人相当清楚，只要光绪皇帝一天不倒，只要光绪皇帝依然活在人间，即便他们现在吃够苦头，他们也终究会有扬眉吐气的一天，因为年轻的光绪皇帝终究要比慈禧太后活得时间更长。
光绪皇帝的存在成为慈禧太后和那时当权者的一个重大心病。起初他们或许真的试图通过宫中太监使用药物的办法摧毁光绪皇帝的肉体，但这一做法很快遭到了各方面的反对，有的公开谴责清廷的这一荒唐做法，警告当局不要违背民意进行这一阴谋。
康、梁等人因新政的失败流亡国外，虽然吃尽了苦头，但获得了许多道义上的同情和支持，而且较清政府拥有更多、更强的话语权势。相反，清政府特别是慈禧太后毕竟用“六君子”的生命换取了政权，不管怎么说似乎在道义上亏了一层。再加上专制政体下的信息不透明，政府在很大程度上反而为话语弱势。所以我们看到，所谓慈禧太后利用宫中太监向光绪皇帝使用药物，企图从肉体上摧毁光绪皇帝的说法基本上来源于康梁系的编造，并没有档案或其他方面的证据作支持。
两江总督刘坤一在新政开始之初对于康有为主导的新政持反对或消极态度，他不惜遭受光绪皇帝的通报批评而故意拖延新政命令的执行；但当新政中止、慈禧太后建立训政体制、国内外关于废黜光绪皇帝的谣言四处传播的时候，他毅然于1898年10月13日致电总署，期待清廷主事者如慈禧太后、荣禄等人不要将新政的问题全部推到光绪皇帝一人的头上，更不要像谣传的那样使两宫离间，而是应该团结起来，结束过去，开创未来，两宫孝慈相孚，尊亲共戴，以维系人心安社稷。对于康有为的余党，刘坤一也建议清廷谨守先前的公开宣示，不再追究。如此说来，即便清廷最高决策层在1898年的最后几个月真的拥有一个废黜光绪皇帝的计划，但经过刘坤一等封疆大吏的劝说，也很快打消了。
10月15日，庆亲王奕劻等总理衙门大臣主动告诉英国驻华公使窦纳乐，中国方面清楚地知道到处流传的关于光绪皇帝身体状况以及阴谋谋害他的谣言，不过他可以负责任地证实这些谣言是不真实的，他请窦纳乐以朋友的资格向中外各方代为辟谣。庆亲王以中国官方的资格告诉窦纳乐，光绪皇帝的健康大为增进，且常和慈禧太后一同听政，处理国家事务。庆亲王还向窦纳乐，并期望通过窦氏向整个西方世界解释，其实慈禧太后并不是完全反对中国进行改革，只是慈禧太后以为准备条件不够，中国不适宜于像光绪皇帝那样实行操之过急而又规模过大的改革。庆亲王奕劻还很诚恳地询问窦氏有什么办法能够尽快使动乱的中国恢复平静。窦纳乐对症下药地建议：一个保证有效的并使不安状态归于平静的办法是找一位外国医生为光绪皇帝看病，并签署一份光绪皇帝的健康证明书，这样不论结果如何，都会使西方世界和中国国内的反对者放下心来。按照窦纳乐的判断，清政府如果真的存在一个废黜光绪皇帝阴谋的话，那么他们就根本不会接受他的这一建议。
窦纳乐的建议代表了西方世界对中国未来的普遍担心，他们觉得光绪皇帝主持的变法运动尽管有许多问题，但在大的思路上合乎西方世界的普遍价值观念，中国如果沿着这条道路持续地走下去，必将成为国际社会比较负责任的一员。而慈禧太后重新训政，不管有多少国内政治的充分理由，她的政治选择肯定要比光绪皇帝落后得多。所以，西方列强通过多种手段干涉中国的内政，他们普遍不希望由慈禧太后取代光绪皇帝，更不希望太后采取废立的非常手段处置光绪皇帝，他们尽量向清政府施加压力，迫使慈禧太后同意光绪皇帝继续留在皇帝的位置上。
庆亲王奕劻对窦纳乐的请求，态度无疑是诚恳的，清政府包括慈禧太后在内确实不希望西方国家对中国政治权力的交替产生怀疑，他们清楚地知道当时的中国已经或正在融入国际社会，外国资本在中国的经济中已经占有相当的分量，如果西方国家对中国的国内政治稳定持有强烈的怀疑态度，势必要影响西方资本在中国的投资，进而肯定会影响中国经济的发展与社会稳定。不过，庆亲王诚恳的态度并不意味着他告诉窦纳乐的那些都是事实。事实上，当时的光绪皇帝不仅健康状况并没有“大为增进”，反而更加恶化。在庆亲王信誓旦旦地告诉窦纳乐光绪皇帝“健康大为增进”两天后，清廷御医率各省推荐来的名医对光绪皇帝进行了全面会诊，其结论是光绪皇帝遍体是病。第二天，慈禧太后异乎寻常地将这批名医的会诊报告批转给六部九卿阅看。
名医的诊断应该是真实的，而慈禧太后将诊断报告异乎寻常地批转给各位大臣，其用意很值得分析。从善意的角度去理解，清廷最高统治层肯定受到了各方面谣言的压力，以为清廷真的有什么见不得人的阴谋，或故意迫害光绪皇帝，所以慈禧太后将皇上的病情及时向六部九卿各大臣通报，以便光绪皇帝万一有什么不测，也好使各位大臣心中有数；另一种可能是从恶的角度去分析，慈禧太后似乎依然不能原谅光绪皇帝在新政后期的作为，尤其是其所谓“不忠”，她之所以向各位大臣公布光绪皇帝的严重病情，似乎是为有一天进行废立而作准备。不过，后一种可能性应该极小，因为就在向六部九卿各大臣公布病情的第二天，清廷又异乎寻常地接受了窦纳乐的建议，请法国驻华公使馆医生多德福入宫为光绪皇帝诊病。20日，多德福向总理衙门出具了光绪皇帝的病情报告书。根据多德福的诊断，光绪皇帝“虽然没有立刻的危险，但皇帝是有了微恙”。言下之意，光绪皇帝的病情并不影响他继续履行他所承担的政务。
多德福的诊断报告公开之后，在一定程度上平息了西方国家对中国政局稳定的怀疑，他们逐步接受了慈禧太后训政的现实。过去的经验使西方国家普遍相信，即便慈禧太后出于国内政局稳定的需要可能会使中国政治一时倒退，但她决没有理由与西方人敌视到底。在过去的几十年间，正是由于慈禧太后的主持，使中国有了一定程度上的开放与发展。所以，他们普遍地相信慈禧太后在本质上并不是一个十足的守旧顽固派，她一旦有效地控制住了局势，中国与西方国家的关系还会很快走向正常。
11月5日，慈禧太后与光绪皇帝一起在仪銮殿接见日本使臣矢野文雄；12月13日，慈禧太后又与光绪皇帝一起在宫中召见英、美、德、法、俄、奥、荷、日等各国驻京使臣的夫人，光绪皇帝还与各位使臣夫人一一握手还礼。这一系列姿态不仅向中外表明光绪皇帝的健康已经大为增进，而且两宫和睦，孝慈相孚，共同治理着这个国家，并不像外界尤其是康、梁等流亡人士所宣传的那样帝后之间势同水火。
此后不久，光绪皇帝的身体状况可能日趋恶化，病情越来越严重。1899年1月22日，清廷通过上谕的方式告知中外“朕体违和，近来服药调理，尚未大愈”。此后一段时间有关坛庙大祀等礼仪性的活动不拟参加，“若勉强亲行，精力恐有未周，进退拜献设有衍仪，转不足以昭诚敬”，故而决定次年正月初十日孟春时享太庙的典礼着派庆亲王奕劻恭代，正月十三日祭祈谷坛着派怡亲王溥静恭代。
2月17日，清廷公开宣布光绪皇帝以上年夏秋之交违和，尚未痊愈，命将太医院脉案，按五日一权，抄发各省督抚阅看。22日，清廷再次公开宣布，光绪皇帝以病未痊愈，恭谢各国驻华公使请觐贺年。光绪皇帝实际上停止了所有的政务活动。
1899年1月下旬，慈禧太后连续召见皇族中溥字辈的幼童十余人，从中考察能否有人适合在光绪皇帝死后出而担当皇帝的重任。慈禧太后对皇帝继承人考察的消息在京城内外传播的时候，不能不引起人们更多的猜疑。或许正如张之洞判断的那样，梁启超主编的《清议报》于1898年12月在日本横滨创办之后，专以诋毁中国朝政为能事，蓄意攻击慈禧太后，种种捏造，变乱是非，意在煽惑人心，必欲中国立时大乱而后已。从事后验证的角度看，《清议报》“所说各事皆是虚诬”。但在专制政体下，朝政的非公开性只能导致流言的盛行，康梁系的人马即便不是有意造谣，那也是听信来自京城的传言，以讹传讹。或许是为了以正视听，4月3日，清廷以光绪皇帝的口气以病状谕知两江总督刘坤一：“览奏具见悃忱，朕躬仍日进汤剂，总未大安，且身软气弱，不时眩晕，不耐久于坐立，每日召见臣工尚觉勉强，朕心亦不胜焦急。知卿企念，特谕及之。”期待以此化解中外各方面的误会与误解。
光绪皇帝出面解释以及清廷的努力，都有助于化解因光绪皇帝的病情而导致的中外误解。到了1899年的上半年，不仅屠杀六君子的阴影基本消除，而且中外舆论出现了两宫和睦并有意于重新推行新政的传闻。以康、梁等人为首的流亡海外志士也因应形势的变化，相应改变了自己的斗争策略，不再一味地攻击慈禧太后，逐步放弃先前坚守的“保全中国非赖皇上不可”的立场，强调“今日变法必自调和两宫始”，以为慈禧太后果能诛杀挑拨两宫关系的“贼臣”荣禄等人以谢天下，重走维新之路以振兴中国的目标未尝不可成为现实。
然而到了1899年下半年，情况又发生了变化。9月4日，光绪皇帝以上谕昭告中外，“朕躬服药日久，未见大效”，这表明光绪皇帝的身体状况似乎很难担当更大的责任，期待以其为主导重新启动新政的程序也不太可能，海内外普遍怀疑是清廷内部又在酝酿废立阴谋，于是舆论又增加了对光绪皇帝的同情。海外华侨在此后不久借为慈禧太后贺寿的名义与机会，连电总署，要求慈禧太后将政权交给光绪皇帝，归政以颐养天年。
海外华侨要求慈禧太后归政的请求实际上都是接受了康梁系的宣传，这样就势必加剧清廷对流亡者康、梁等人的敌视，特别是康有为的保皇会成立和梁启超主编的《清议报》出版之后，这种敌视并没有因为清廷的许多表白而稍缓。
清廷内部的废立计划再次被提上政治日程。12月4日出版的香港《士蔑报》根据上海、北京方面的传言，确认清政府已决计于明年初即1900年初改元，另立新主，传言李鸿章、徐桐、昆岗数人各效忠诚，苦谏慈禧太后，谓倘必废立，则请先行斩彼老臣，以免干涉此悖乱取危之事。湖广总督张之洞、两江总督刘坤一、两广总督谭钟麟皆有亲信在京打探消息，故慈禧太后正在踌躇之际，忽然接到刘坤一、张之洞各来一电，又有刘坤一、谭钟麟联名电报一纸，均切谏废立，奏请勿为此举，以免国家分裂更早于外人之瓜分。
据传闻，废立计划的启动属刚毅、徐桐、崇绮、载漪以及尚书启秀等人所为。崇绮久废在私第，而大学士徐桐虽然已80高龄，但对于弄权非常有兴趣，尚书启秀在枢廷与徐桐关系不错，他们遂相邀定策功。徐桐、崇绮与启秀三人日夕密谋，拟就内外大臣联名吁请废立的奏稿密呈慈禧太后，太后可之，但命二人须先找荣禄商定。是时，荣禄为军中统帅，实力最强，大权独揽，且为慈禧太后最亲近，言无不从。所以废立的计划如果不能得到荣禄的同意，那也只是纸上谈兵，空欢喜一场。12月30日，启秀退朝后找到荣禄转达徐桐、崇绮的意思，荣禄闻言大惊。待徐桐、崇绮二人到荣禄家详谈此事时，荣禄告诉家人不让二人入门。苦苦想了一整天，待次日罢朝后，荣禄请与慈禧太后独对，太后可之。荣禄遂问太后曰：“传闻将有废立之事，信乎？”
太后曰：“无有也。事果可行乎？”
荣禄曰：“太后行之谁敢谓其不可者？顾上罪不明，外国公使将起而干涉，此不可不慎也。”
太后曰：“事且露，奈何？”
荣禄对曰：“无妨也。上春秋已盛，无皇子，不如择宗室近支子，建为大阿哥，为上嗣，兼祧穆宗，育之宫中，徐篡大统，则此举为有名矣。”
太后沉吟久之，曰：“汝言是也。”
1900年1月23日，上谕命恭亲王溥伟，贝勒载濂、载滢、载澜及大学士、御前大臣、军机大臣、内务府大臣、南书房、上书房、部院满汉尚书等于明日侍候召见。第二天经过御前会议的讨论后发布上谕，宣布封端郡王载漪之子溥隽为大阿哥，继承穆宗毅皇帝同治为子，派崇绮为师傅授读，并派徐桐常川照料。此日为农历己亥年十二月二十四日，因此中国近代史上称这一事件为“己亥建储”。
当光绪皇帝的身体状况不足以应付朝廷中的日常典礼的时候，有了大阿哥的代劳，至少可以使朝廷的日常事务更加名正言顺。同一天，另一份上谕就宣布明年正月初一日高殿奉先殿著大阿哥溥隽恭代行礼。这多少可以使重病在身的光绪帝摆脱若干礼仪性活动，有助于其康复。
国内外舆论在康梁系话语的影响下，总以为己亥建储是清廷废黜光绪皇帝的一个大阴谋，所以当建储的消息传播出来之后，上海电报局总管经元善甚至发起数千地方名流的签名运动，抗议清廷“名为立嗣，实则废立”，呼吁庆亲王奕劻及荣禄“公忠体国，奏请圣上力疾监御，勿存退位之思，上以慰太后之忧勤，下以弥中外之反侧”，由此而引发此后经年不息的所谓“保皇运动”，为此后中国政治变化注入了新的因素。